Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_21284 LG5 31651936 31668469 PREDICTED: nodal modulator 1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Cellular Component   is active in   endoplasmic reticulum membrane, endoplasmic reticulum membrane, endoplasmic reticulum membrane
Cellular Component   located in   endoplasmic reticulum, endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, extracellular region, extracellular region, plant-type cell wall, cytosol, plant-type vacuole
Molecular Function   enables   mRNA binding
SNP Position Effect Amino acid change
A/C 31652386 intron_variant
C/T 31652526 intron_variant
G/T 31652801 intron_variant
G/T 31652874 intron_variant
A/G 31652888 intron_variant
G/A 31653365 intron_variant
A/T 31653371 intron_variant
T/C 31654038 intron_variant
G/C 31654039 intron_variant
T/A 31654041 intron_variant
C/G 31654048 intron_variant
A/G 31654050 intron_variant
C/T 31654051 intron_variant
T/A 31654511 intron_variant
G/A 31654738 intron_variant
G/T 31654749 intron_variant
G/T 31654867 missense_variant p.Gly138Trp
T/C 31654953 synonymous_variant p.Ser166Ser
T/A 31655134 intron_variant
T/A 31655136 intron_variant
C/T 31655164 intron_variant
T/A 31655176 intron_variant
T/G 31655185 intron_variant
A/G 31655289 intron_variant
C/T 31655377 intron_variant
A/G 31655968 intron_variant
T/C 31655975 intron_variant
C/G,* 31655992 intron_variant
G/T 31656091 intron_variant
C/T 31656115 intron_variant
C/T 31656160 intron_variant
T/C 31656313 intron_variant
A/G 31656632 intron_variant
G/T 31656963 intron_variant
A/T 31657075 intron_variant
T/A 31657226 intron_variant
T/A 31657232 intron_variant
T/C 31657434 synonymous_variant p.Asp272Asp
T/A 31657440 missense_variant p.Asp274Glu
A/T 31657634 intron_variant
C/G 31657637 intron_variant
T/A 31657868 intron_variant
G/A 31657936 synonymous_variant p.Thr298Thr
G/A 31658573 intron_variant
A/C 31658667 intron_variant
C/T 31658672 intron_variant
T/C 31658673 intron_variant
G/A 31658920 missense_variant p.Met374Ile
A/C 31658927 missense_variant p.Lys377Gln
A/G 31658928 missense_variant p.Lys377Arg
A/G 31658929 synonymous_variant p.Lys377Lys
A/T 31658948 stop_gained p.Lys384*
A/T 31658949 missense_variant p.Lys384Met
T/G 31658953 missense_variant p.Asn385Lys
G/A 31658956 synonymous_variant p.Leu386Leu
A/T 31658958 missense_variant p.Glu387Val
T/A 31659200 intron_variant
T/C 31659261 intron_variant
G/T 31659681 intron_variant
T/A 31659686 intron_variant
C/T 31659730 intron_variant
G/A 31659887 intron_variant
G/A 31659889 intron_variant
A/G 31660252 intron_variant
A/G 31660365 intron_variant
G/T 31660491 intron_variant
T/A 31660660 intron_variant
G/A 31660694 intron_variant
G/C 31660833 intron_variant
G/A 31660923 intron_variant
G/T 31660996 intron_variant
T/C 31661066 intron_variant
G/A 31661160 intron_variant
T/G 31661264 intron_variant
G/A 31661276 intron_variant
A/G 31661419 intron_variant
C/T 31661421 intron_variant
A/C 31661434 intron_variant
G/A 31661694 intron_variant
A/T 31661711 intron_variant
C/T 31661752 intron_variant
A/T 31661780 intron_variant
T/A 31661874 intron_variant
A/G 31661880 intron_variant
C/A 31662343 intron_variant
A/G 31662355 intron_variant
T/G 31662660 missense_variant p.Asp504Glu
A/T 31663077 missense_variant p.Gln607His
T/C 31663083 synonymous_variant p.Asp609Asp
G/T 31663271 missense_variant p.Gly644Trp
C/T 31663281 missense_variant p.Ser647Leu
A/C 31663719 intron_variant
T/C 31663724 intron_variant
T/A 31663895 intron_variant
G/A 31663981 intron_variant
A/T 31664140 intron_variant
T/A 31664162 intron_variant
A/T 31664448 missense_variant p.Glu776Asp
G/A 31665145 intron_variant
A/G 31665801 synonymous_variant p.Ala922Ala
T/C 31665837 synonymous_variant p.Ile934Ile
C/T 31665841 stop_gained p.Gln936*
A/G 31665963 upstream_gene_variant
T/C,* 31666154 upstream_gene_variant
C/T 31666160 upstream_gene_variant
C/T 31666166 upstream_gene_variant
T/C 31666170 upstream_gene_variant
T/C 31666174 upstream_gene_variant
C/T,* 31666178 upstream_gene_variant
C/T,* 31666184 upstream_gene_variant
T/C,* 31666186 upstream_gene_variant
T/C,* 31666188 upstream_gene_variant
T/C,* 31666190 upstream_gene_variant
T/C 31666199 upstream_gene_variant
T/C 31666201 upstream_gene_variant
T/C 31666203 upstream_gene_variant
T/C 31666205 upstream_gene_variant
A/G,* 31666212 upstream_gene_variant
C/T,* 31666215 upstream_gene_variant
A/G 31666218 upstream_gene_variant
T/C 31666225 upstream_gene_variant
G/A 31666234 upstream_gene_variant
T/C 31666241 upstream_gene_variant
T/C 31666245 upstream_gene_variant
T/C 31666467 upstream_gene_variant
G/A 31666561 upstream_gene_variant
G/A 31666591 upstream_gene_variant
G/T 31666595 upstream_gene_variant
A/T 31666728 upstream_gene_variant
A/T 31666733 upstream_gene_variant
A/C 31666782 upstream_gene_variant
C/T 31667339 synonymous_variant p.Thr1022Thr
A/G 31667342 synonymous_variant p.Glu1023Glu
T/C 31667347 missense_variant p.Ile1025Thr
G/C 31667351 missense_variant p.Lys1026Asn
C/T 31667372 synonymous_variant p.Phe1033Phe
G/A 31667381 synonymous_variant p.Pro1036Pro
A/G 31667384 synonymous_variant p.Glu1037Glu
C/T 31667402 synonymous_variant p.Cys1043Cys
C/T 31667405 synonymous_variant p.His1044His
T/C 31667408 synonymous_variant p.Val1045Val
C/T 31667417 synonymous_variant p.Asn1048Asn
A/C 31667423 synonymous_variant p.Thr1050Thr
A/T 31667432 synonymous_variant p.Leu1053Leu
C/T 31667642 synonymous_variant p.His1123His
G/A 31667663 synonymous_variant p.Arg1130Arg
G/T 31667779 upstream_gene_variant
C/T 31667809 splice_region_variant&intron_variant
C/A 31667842 missense_variant p.Pro1146His
T/A 31668148 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_21284.1
MTIGDAFLRLLFIATCWISAASADSIYGCGGFVEASSSLVKSRKQSDTKLDYSDVTVELQTVDGLVKDRTQCAPNGYYFIPVYDKGSFVIKINGPPGWTWDPEKVPVVVDNNGCNGNEDINFRFTGFTISGRVVGAVGGESCSIKNGGPSNVKIDLLSLSGDLLSSVLTSSSGSYLFTNIIPGKYTLRASNPDMEVEVKGSTQIELGFGNGVVDDIFFVPGYSISGFVVAQGNPIVGVHIFLYSDDVSEVECLQGTATGPRQERALCHAASDADGKFTFNSIPCGSYELVPYYKGENTVFDVSPPSVSVNVKHQHVTVPQKFQVTGFSVGGRVVDGNGMGVEGVKIIVDGHERSITDNQGYYKLDQVTSKHYTMEAKKEHYKFKNLENYMVLPNMASIEDINAISYNLCGLVRMANGGLKAKVALTHGPDNVKPQKKQTDENGNFCFEVLPGEYRLSAIAATPENAGGLMFTPSYIDVVVKSPLLNIEFSQALVNIHGAVSCKDKCGPFVHVTLVRQVEKHNGERKAISLTTESSEFQFSNVIPGKYRLEVKHSSPESVTLKDSWCWEQNFIDVNVGAEDVEGILFVQKGYWVNVISTHNVDGYLTQPDGSIVNLKIQKGSQHICVEHPGVHEFSFVNSCIFFGSSSVKINTATQSPIHLTGEKYLLKGQINVQSGSLDALPEKIVVDIKHEGAGVIDYTTATVKSHGKDQTETAIFEYSVWANLGEKLTFVPWDSRSDGQKKLLFYPREHQVSVTDDNCQAYIPTFSCEVGAYIEGSVSPPLSGVHIRVFASGDSSITALKNGELVLETTTGTDGSFVAGPLHNDIGYNVEASKPGYYLKQVAPHSFTCQKLSQILVHIHHKDDAEEPIPSVLLSLSGDNGYRNNSVSGTGGTFQFDNLFPGMFYLRPVLKEYAFSPPAQAIELGAGESREVIFQATRVAYSATGVVTLLSGQPKGEVSVEARSESKGYFEETVTDSNGNYRLRGLQPDTVYVVKVAKRDAVGSSNIERASPDSIAVKVGTEDIKGLDFIVFEEPEMTIISCHVEGNGTDELRKHLMVEIRSASDLNKIESVFPLPISNFFQVKGLSKGRHLLQLQSGLPQSSLKFESDTIEVDLEKNVQIHVGPLVYRIEDQLKQELTPAPVFPLIVGFLVISLFISMPRLKDLYQATVDIPTPGLNAASRKDVKKPMLRKKTY*


CDS Sequence:
>Vu_21284.1
ATGACGATCGGAGATGCTTTTCTACGCTTACTATTCATCGCGACTTGTTGGATTTCAGCTGCTTCTGCTGATTCCATCTATGGCTGCGGTGGTTTTGTCGAGGCGAGCTCATCGTTGGTAAAATCGAGAAAACAATCTGATACCAAGTTGGACTATTCCGATGTCACGGTTGAGCTTCAAACTGTGGATGGACTGGTAAAGGATAGAACACAATGCGCTCCAAATGGATACTATTTTATTCCAGTATATGACAAGGGTTCCTTTGTAATTAAAATTAATGGACCTCCAGGATGGACATGGGATCCGGAAAAGGTTCCTGTGGTGGTTGACAATAATGGTTGCAATGGAAATGAAGATATAAATTTTCGTTTCACCGGGTTCACTATATCTGGTAGAGTTGTGGGAGCTGTAGGGGGAGAAAGCTGTTCAATAAAAAATGGAGGCCCATCAAATGTAAAAATTGACCTATTGTCCCTTTCTGGGGATCTGCTCTCGTCTGTCTTAACTTCATCATCAGGGAGTTACTTGTTTACAAACATCATTCCAGGAAAATATACACTACGTGCTTCAAATCCTGATATGGAAGTTGAAGTTAAAGGTTCCACACAGATTGAATTGGGCTTTGGAAATGGGGTAGTTGATGATATTTTCTTTGTCCCTGGATACAGTATCAGTGGTTTTGTTGTTGCTCAGGGAAATCCGATTGTTGGAGTCCATATTTTCTTATATTCAGATGATGTTTCTGAGGTAGAATGTTTGCAAGGCACTGCTACTGGCCCACGACAAGAACGAGCTCTCTGTCATGCTGCATCAGATGCTGATGGAAAGTTCACATTCAATTCAATACCTTGTGGGAGTTACGAACTTGTTCCATACTATAAAGGTGAAAATACGGTATTTGATGTTTCGCCACCCAGCGTCTCAGTTAATGTCAAGCATCAGCATGTAACCGTGCCTCAAAAATTTCAGGTAACTGGATTTTCTGTTGGAGGCCGTGTGGTTGATGGAAATGGCATGGGAGTGGAGGGTGTTAAAATCATAGTTGATGGTCATGAAAGGTCTATTACTGATAATCAAGGATATTACAAACTTGATCAGGTTACATCCAAGCACTATACCATGGAAGCCAAAAAGGAGCATTACAAATTCAAGAATTTGGAGAATTATATGGTATTGCCAAATATGGCTTCAATAGAAGACATCAATGCCATTTCATACAATCTCTGTGGTTTGGTTAGGATGGCTAATGGTGGACTGAAAGCAAAGGTAGCTTTGACTCATGGACCTGATAATGTGAAACCACAAAAGAAGCAAACAGATGAAAATGGAAACTTCTGCTTTGAGGTTCTTCCCGGGGAATATCGTTTGTCAGCCATTGCTGCAACTCCTGAGAATGCTGGTGGACTCATGTTTACTCCATCTTACATCGATGTTGTGGTCAAAAGTCCCCTGTTGAATATTGAATTTTCACAAGCTCTGGTCAATATTCATGGTGCTGTATCCTGCAAGGATAAATGTGGTCCATTTGTACATGTTACCCTGGTGAGACAAGTTGAGAAACATAATGGAGAGAGAAAAGCAATTAGCTTGACCACTGAGAGTAGTGAATTTCAGTTTTCAAATGTTATTCCTGGAAAATACAGGCTTGAGGTCAAACACAGTTCCCCTGAATCGGTCACATTGAAAGATAGTTGGTGCTGGGAACAGAACTTCATAGATGTAAATGTTGGTGCTGAAGACGTAGAAGGAATCCTTTTTGTTCAAAAAGGCTACTGGGTCAATGTTATCTCGACTCACAATGTTGATGGTTACCTGACTCAACCAGATGGGTCAATTGTGAATTTGAAAATTCAGAAAGGTTCTCAGCATATATGTGTTGAACATCCTGGTGTACATGAATTTAGTTTTGTTAACTCGTGTATCTTCTTTGGGAGTTCGTCGGTGAAAATTAATACAGCTACTCAATCGCCTATTCACCTTACTGGAGAAAAGTATCTTCTCAAAGGACAGATAAATGTGCAGTCTGGCTCACTTGATGCATTGCCTGAGAAAATAGTTGTTGATATTAAACATGAGGGAGCTGGTGTTATTGATTATACCACAGCCACAGTCAAGTCCCATGGGAAAGATCAAACAGAAACTGCTATATTTGAGTATTCTGTTTGGGCCAATCTAGGAGAAAAGCTTACCTTTGTTCCTTGGGACTCTAGGAGTGATGGGCAGAAGAAACTTTTATTTTATCCTAGAGAACATCAAGTATCAGTGACAGATGATAATTGTCAAGCTTATATTCCTACATTTTCTTGTGAAGTGGGCGCATACATTGAAGGATCAGTTTCACCTCCTCTTTCTGGCGTCCATATCAGAGTTTTTGCTTCTGGAGACAGCAGCATTACTGCACTTAAAAATGGCGAACTAGTTCTTGAAACAACCACTGGTACTGATGGTTCCTTTGTTGCAGGACCTCTGCACAATGATATCGGTTACAATGTCGAGGCTTCAAAGCCTGGATATTATTTAAAACAAGTTGCGCCTCATTCCTTTACTTGTCAGAAGCTTAGTCAAATTTTAGTACACATACATCACAAAGATGATGCTGAAGAGCCCATTCCTTCTGTTCTGTTATCTTTGAGTGGTGACAATGGTTATAGAAACAACTCGGTATCAGGGACTGGAGGGACATTCCAGTTTGATAATTTGTTTCCTGGAATGTTCTATTTACGTCCTGTTTTAAAGGAGTATGCTTTCTCACCTCCAGCACAGGCAATAGAGCTTGGGGCAGGGGAGTCCAGAGAAGTTATTTTCCAGGCCACGCGTGTAGCCTACAGTGCTACTGGTGTTGTCACTTTGTTGTCCGGACAACCCAAAGGAGAAGTTTCAGTTGAAGCCCGGTCAGAGTCAAAAGGCTATTTTGAGGAAACAGTGACAGATTCCAATGGAAATTATCGTCTGAGAGGACTACAGCCTGATACTGTCTATGTTGTCAAAGTGGCTAAAAGGGATGCTGTAGGCAGTTCTAATATAGAACGTGCATCTCCAGATTCAATTGCTGTAAAGGTTGGAACCGAAGATATCAAGGGTTTGGATTTTATAGTTTTCGAGGAGCCGGAAATGACAATTATAAGTTGCCACGTTGAAGGAAACGGTACAGATGAACTACGTAAACATCTGATGGTAGAAATTAGGTCAGCCAGTGACCTTAACAAGATAGAATCAGTCTTCCCCCTTCCAATTTCAAACTTCTTCCAAGTGAAGGGCTTATCAAAGGGAAGACACCTTCTACAGCTTCAATCTGGTCTCCCACAAAGCTCGCTTAAGTTTGAATCTGATACCATTGAGGTCGACTTGGAAAAAAATGTTCAAATCCACGTGGGCCCGCTGGTATACAGGATCGAAGATCAACTGAAACAGGAATTGACTCCCGCACCAGTGTTCCCTCTTATAGTTGGATTCCTAGTTATTTCACTGTTTATTAGCATGCCAAGATTGAAGGATTTGTATCAAGCCACGGTAGACATACCCACTCCAGGACTCAATGCGGCTTCAAGAAAAGACGTGAAGAAGCCAATGTTGCGAAAGAAGACTTATTAA


Promoter Sequence:
>Vu_21284::LG5:31649936-31651936(+)
TTTTAATTTTATTGTAACACATTGTTGTTATTTGTATTTAATTTTAAATCATATTTAGTTTTTAAGAAAAAATAATAATTAATTAACTTTATATATTAAAATATATTTTTAATCTATCATATCTATTATATCATACGTAAACTTTAATAAACCTTTTTTTCAAATATCTACTTTCGTTTTTTTCAAATCTCTTATTTCAAAAAATTTCACAATCTATTATTTATCCTCTCAAATTCATTCGTAAAATCTTTGTCTTAATCAAAACACTGTATTGAAAAACTCTATAACCAATTACTAGATAACTTACATTGCCTATTAAAGAATTAGTTTTTATCTTATATCTGTATTAAGGATCATAAATATATTTTTTTAAAGTAAAGTTTCTATAGAAAATTTGCTGTCATATACATTTTTGCTTTTTCTAACACCACTAAACACAATTTTATACAAAGAGAAAATTTAAAATGAATTTATGTTTGGTGGTTAAAACATATGAAAACTTCCTATTATTCATATCTCCCTCTCCTTAGCACACATTTCAGTATTAGTAGAATAAATTTTTAAAATTAAATATGTTTTTAGATGAACTTTATTCTGATAATTATATTTTAAAAGTACATTAAAAATATGTAAATTTAATTTTTATATCACCTTTGTGATGATAAAAAAATGTCACTAAATATTAAATTTAAATATAAACATACTAAAATTACAACATAAGTTTAGTCTTTTATCAGTTAATGGTAAAAATTATTAATAAATATTAAGTTTAAGTATAAAGAAGGAGTAAAATCTCGTATTTTTAAAATTTTGGAAAACTAAATTCATCAATTTCAAAAGTAAAAGAATCAAAATTAATTTTGAAAAAGAAATATAGAATAAAGAAATATTTACGATAACTCTCACTCGTATTATTTTATTTTATTTGTATCTGTTACAAATTCACATTCACGTGAATTGTTTTTTTTCCCTATTGTTGAGTTACTATGTGCACAGGTCTATAAAGATATTTTCATTATTCATTAGCCTGTTGTTTGGTATTATTTTTTTAATTGAATAATTGATATCTTTCGCATTTATTCTCTATTTACGCATGTATTTTTTCACAGTATATTATTATTTTTTCATAACAACCTTTAAATTTTGTTTATGATTCTGAATATTTTTTTTCCTGTTTTCAGTTTTTATCGATACTGAAATATAACATTATTTAAAAAAAAAACACCATTGTAATTGAAGAAGTAAAACAATGCATAGGTGTTTACCTCTCAACAGTATTTTGTTTCTAGTTACACTTCTAACACATAGGTGTTATTCTGTATAGTTTGTAAATACCTTTTTCATATTATGGATAAAGTACCACAAACATATTACTAAATTTTTTGAAACGGAATTTGTTTTTCTTTTTAAAATATTCAAATCTCACAAATAAAGAAATATACAAATTTTGATATAAAGATTAAAATATTAAATAAATATTAACGATTTGTTTTCGTTAATTATGATCCAATATTATTTTCAATAGTATGATCACCCAAATTATTAGTCTTTGTTTTTTTCTTACCACGAATGCTTTAGTAATTAAATGATCACTGCATAATCATTTTTTTTAAATGCTTAAAAATACGTGAAACCCATTGATATTTAAAGAAATAAGAACGTTTATTTTAAAATAAAAAAGAGGTAGAAAGTGTTTTTTTAAACATCTATAAGTGAGTTTTACTCTTATTTTCAATGTATATTTACTAAATCATTATTTACTAAATAACAGATATTCTTGCATTTGTTTCCAACTTATTTATTTGCATTTAGAAGAAAAATATTTCTCAAATTACTAGGTATATTAAAAAAACTCGCAATATTTATATTTTTTGACTAGTTACAAAATATCTCAACTTATATTATTAAAAAATGTTAAAAAAAAGAGTTCACAAAAATTATTATTTTAAATACAATAAATAATTCTTAAATATATTTATTTTTCTCAAAATTAACTATCA


Gene Sequence:
>Vu_21284(+)
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