Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_11298 LG2 52842781 52857611 PREDICTED: uncharacterized protein LOC108329851 isoform X2
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category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   negative regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription by RNA polymerase II, positive regulation of transcription by RNA polymerase II, positive regulation of transcription by RNA polymerase II, negative regulation of transcription, DNA-templated, negative regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription by RNA polymerase II, negative regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   zinc ion binding, histone binding, transcription coregulator activity
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 52842783 5_prime_UTR_variant
G/T 52842788 5_prime_UTR_variant
G/A 52842843 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/T 52842929 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A 52842967 5_prime_UTR_variant
T/C 52843496 intron_variant
T/A 52843531 intron_variant
C/T 52843826 intron_variant
C/T 52843860 intron_variant
C/T 52843872 intron_variant
A/G 52844133 intron_variant
A/G 52844142 intron_variant
T/A 52844153 intron_variant
G/A 52844334 intron_variant
G/T 52844488 intron_variant
G/A 52844544 intron_variant
A/T 52844632 intron_variant
G/A 52844728 intron_variant
A/G 52844895 intron_variant
T/C 52845059 intron_variant
T/C 52845110 intron_variant
G/T 52845224 intron_variant
G/T 52845326 intron_variant
T/C 52845328 intron_variant
G/A 52845807 intron_variant
T/A 52845808 intron_variant
T/G 52845901 intron_variant
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T/A 52846065 intron_variant
A/G 52846071 intron_variant
T/A 52846305 intron_variant
T/C 52846453 intron_variant
C/G 52846615 intron_variant
T/A 52846616 intron_variant
A/G 52846706 5_prime_UTR_variant
A/C 52846714 5_prime_UTR_variant
C/G 52846747 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A 52846922 missense_variant p.Arg44Lys
A/G 52847288 missense_variant p.Asn166Ser
G/T 52847318 missense_variant p.Cys176Phe
A/G 52847468 missense_variant p.Glu226Gly
T/C 52847475 synonymous_variant p.Ser228Ser
G/A 52847518 missense_variant p.Gly243Ser
A/T 52847809 missense_variant p.Ser340Cys
G/A 52848100 intron_variant
G/T 52848283 intron_variant
G/T 52848301 intron_variant
A/G 52848662 intron_variant
C/A 52848869 intron_variant
C/A 52848878 intron_variant
C/T 52848977 intron_variant
C/T 52849105 intron_variant
C/T 52849151 intron_variant
A/G 52849161 intron_variant
A/T 52849165 intron_variant
C/G 52849171 intron_variant
C/A 52849172 intron_variant
T/G 52849173 intron_variant
G/A 52849177 intron_variant
A/G 52849179 intron_variant
A/G 52849181 intron_variant
A/G 52849183 intron_variant
T/C 52849262 intron_variant
C/A 52849400 intron_variant
A/T 52849401 intron_variant
T/A 52849411 intron_variant
G/A 52849439 missense_variant p.Glu367Lys
T/C 52849445 missense_variant p.Phe369Leu
T/G 52849446 missense_variant p.Phe369Cys
T/A 52849511 intron_variant
T/C 52849514 intron_variant
C/T 52849528 intron_variant
C/T 52849529 intron_variant
A/G 52850005 intron_variant
C/T 52850032 intron_variant
C/T 52850131 intron_variant
G/A 52850227 intron_variant
C/T 52850228 intron_variant
G/A 52850517 intron_variant
G/A 52850556 intron_variant
T/G 52850718 intron_variant
T/A 52851055 intron_variant
C/A 52851064 intron_variant
A/G 52851150 intron_variant
T/C 52851174 intron_variant
T/C 52851337 intron_variant
C/T 52851568 intron_variant
A/G 52851574 intron_variant
G/A 52851681 intron_variant
T/A 52851682 intron_variant
T/A 52852121 intron_variant
C/T 52852370 intron_variant
C/A 52853051 intron_variant
A/T 52853053 intron_variant
A/C 52853059 intron_variant
A/G 52853148 intron_variant
G/C 52853229 intron_variant
C/A 52853232 intron_variant
G/T 52853358 intron_variant
C/A 52853416 intron_variant
G/T 52853479 intron_variant
G/A 52853481 intron_variant
T/A 52853548 intron_variant
T/C 52853558 intron_variant
G/A 52853954 upstream_gene_variant
T/A 52854165 upstream_gene_variant
G/A 52854248 upstream_gene_variant
G/T 52854599 upstream_gene_variant
C/T 52854667 upstream_gene_variant
G/C 52854700 upstream_gene_variant
G/T 52855149 upstream_gene_variant
C/T 52855205 upstream_gene_variant
G/A 52855799 upstream_gene_variant
A/T 52856224 upstream_gene_variant
C/A 52856226 upstream_gene_variant
G/A 52856675 upstream_gene_variant
T/C 52856778 upstream_gene_variant
C/A 52856784 upstream_gene_variant
G/A 52856785 upstream_gene_variant
G/T 52857083 upstream_gene_variant
A/C 52857087 upstream_gene_variant
T/A 52857097 upstream_gene_variant
T/A 52857098 upstream_gene_variant
G/T 52857503 3_prime_UTR_variant
G/T 52857548 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_11298.1
MTENTTPKPKMVYRRKKLRKDSNFKLEPTNMLASANYPSVVSAAAHLLSAEEQPAGFRVNHEMEVDKNPTSPSVLCDGVTKDNIHKNLGISNVNGSCSSSKADMETEMNVNGEWSTSSVIVMDSTREEVTEKDFCINTLRTHGLLGEYSPEDNVASGEDTVITGNNCCSRSCKICDRVDSSLNMLLCDHCEDAYHPSCYNSRLKKLPIDEWFCHSCLKKRQKNLKEPSIHNELGKCRATSVKGESNPILLMLRDTKPYTSSVRVGKGFQVEVLDWSGPIKSDEDTLPEPFEINPSDFNRLLEENTRSPAKLSAIGNWIQCQTVIDRANGTICGKWRRAPFFEVQTNAWECFCAIHWDPSHADCAVPQELETDQVLKQLKYVEVLRPRISAKRKKSDSTQDMD*

>Vu_11298.2
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CDS Sequence:
>Vu_11298.1
ATGACGGAAAATACTACACCTAAACCTAAGATGGTATACAGGAGAAAGAAGCTTCGTAAGGACTCAAACTTCAAACTAGAGCCAACTAATATGCTGGCAAGTGCAAATTACCCTTCAGTCGTAAGCGCTGCTGCACATTTATTATCAGCTGAGGAACAACCTGCTGGTTTTCGAGTAAATCATGAAATGGAAGTGGATAAAAATCCTACCTCACCTTCAGTCTTGTGTGATGGAGTAACTAAAGATAACATTCATAAAAACTTAGGTATTAGCAATGTAAATGGTAGTTGCTCCTCTTCAAAGGCAGATATGGAAACTGAAATGAATGTAAATGGTGAATGGTCCACCTCTAGTGTAATAGTCATGGATTCCACAAGGGAAGAAGTGACAGAAAAGGATTTCTGCATTAATACTTTAAGAACCCATGGACTTCTTGGAGAATATTCTCCTGAAGATAATGTGGCTTCTGGGGAAGATACTGTCATCACGGGTAATAACTGCTGTTCCAGGTCATGCAAAATATGTGATCGTGTAGACAGTTCACTGAACATGCTTTTATGTGATCATTGTGAAGATGCATATCATCCATCTTGCTACAATTCACGTTTGAAAAAATTGCCAATTGATGAGTGGTTTTGTCATTCATGTCTTAAGAAAAGGCAAAAAAATCTCAAGGAACCAAGTATCCACAATGAATTGGGCAAATGTAGAGCTACCTCAGTCAAGGGTGAATCAAATCCCATACTTTTGATGTTGAGAGACACCAAGCCATATACATCTAGTGTGCGGGTTGGTAAAGGATTTCAAGTAGAAGTTCTTGATTGGTCAGGTCCGATAAAAAGTGATGAAGATACCCTTCCTGAACCATTTGAAATTAATCCTTCAGACTTCAATAGACTGCTGGAAGAGAATACGCGAAGTCCTGCTAAACTTAGTGCCATTGGTAATTGGATCCAATGTCAGACAGTTATAGACAGAGCTAATGGAACTATATGTGGAAAATGGCGCAGGGCACCTTTTTTTGAAGTTCAAACTAATGCCTGGGAGTGCTTTTGTGCTATCCATTGGGATCCATCTCATGCTGATTGTGCTGTACCTCAGGAGCTTGAAACAGATCAAGTATTGAAGCAACTGAAGTATGTGGAAGTGCTACGGCCACGAATTTCTGCTAAACGGAAGAAATCAGATAGCACACAAGATATGGATTGA

>Vu_11298.2
ATGTTAATACAAACTTCTCTCCTTAGTTCAGTTGAAGCTGGTCTATGTTATGTATCTGATGATGGGAAAGATGTTCTATGTGATCGGATGCCTAGTGGTGAAACTTGGCAGGTATGTCTCGAATGCAATAGGTACCCTCTTGACTGGTGTAGAAAAGCTGAACCAGTGGAGTCAGATAGAAGGAAAGCTGATGATCCTTACCGCTCAAGCTTGGGTCAGACATCAACTGCCAGTATAATGACGGAAAATACTACACCTAAACCTAAGATGGTATACAGGAGAAAGAAGCTTCGTAAGGACTCAAACTTCAAACTAGAGCCAACTAATATGCTGGCAAGTGCAAATTACCCTTCAGTCGTAAGCGCTGCTGCACATTTATTATCAGCTGAGGAACAACCTGCTGGTTTTCGAGTAAATCATGAAATGGAAGTGGATAAAAATCCTACCTCACCTTCAGTCTTGTGTGATGGAGTAACTAAAGATAACATTCATAAAAACTTAGGTATTAGCAATGTAAATGGTAGTTGCTCCTCTTCAAAGGCAGATATGGAAACTGAAATGAATGTAAATGGTGAATGGTCCACCTCTAGTGTAATAGTCATGGATTCCACAAGGGAAGAAGTGACAGAAAAGGATTTCTGCATTAATACTTTAAGAACCCATGGACTTCTTGGAGAATATTCTCCTGAAGATAATGTGGCTTCTGGGGAAGATACTGTCATCACGGGTAATAACTGCTGTTCCAGGTCATGCAAAATATGTGATCGTGTAGACAGTTCACTGAACATGCTTTTATGTGATCATTGTGAAGATGCATATCATCCATCTTGCTACAATTCACGTTTGAAAAAATTGCCAATTGATGAGTGGTTTTGTCATTCATGTCTTAAGAAAAGGCAAAAAAATCTCAAGGAACCAAGTATCCACAATGAATTGGGCAAATGTAGAGCTACCTCAGTCAAGGGTGAATCAAATCCCATACTTTTGATGTTGAGAGACACCAAGCCATATACATCTAGTGTGCGGGTTGGTAAAGGATTTCAAGTAGAAGTTCTTGATTGGTCAGGTCCGATAAAAAGTGATGAAGATACCCTTCCTGAACCATTTGAAATTAATCCTTCAGACTTCAATAGACTGCTGGAAGAGAATACGCGAAGTCCTGCTAAACTTAGTGCCATTGGTAATTGGATCCAATGTCAGACAGTTATAGACAGAGCTAATGGAACTATATGTGGAAAATGGCGCAGGGCACCTTTTTTTGAAGTTCAAACTAATGCCTGGGAGTGCTTTTGTGCTATCCATTGGGATCCATCTCATGCTGATTGTGCTGTACCTCAGGAGCTTGAAACAGATCAAGTATTGAAGCAACTGAAGTATGTGGAAGTGCTACGGCCACGAATTTCTGCTAAACGGAAGAAATCAGATAGCACACAAGATATGGATTGA


Promoter Sequence:
>Vu_11298::LG2:52840781-52842781(+)
CAATTATAGACTCATTGGCCCATACGCTCAATGACTAGCTTACTTGTGGCGAACTCTAATCATATTTAGCTGAGTTACCTAATGTGATAATGTTTTTAACAAATGAGAATAAGTAGACGACATTCTACTCAAACAAATAACGTGTTTTTCACAAGATGAATGTAACCTTTGGTTTGGGAAACATAGTATTCAGTTGTTGGTACTCACGGTGTAACATTGAACTTACTCATTTTAAGTGCAATATTTGGTATCTAGTAAATAATTCATTATGTTAATTTTAATGACTATAAGACATATGATGCCATATACCAAGTATCCAATTAAATAACCATTTCAAGGCTATAGTTGATAAACCTAAAGAGTATTAAACCATATTCAAAACTGTTGTTTTATTTAATAGTTTTATATTATTAAATAAAATGTTATAAAAATTTCACAAATAAAAATACATTTATTAGGATCATTAATAAATATTAATTAGTTCAACATAATTAATAAAATATTAATGACTTCAATTTTTTATTTATTAGAGTAAAATCACTATAACTTTCAATTTATTAAGACAATTAAGATCATTGATGAAATATTAATTACTCCAGCTTTAATAAAACACAATGTATTCAAATATTTTATGCATCTCTTATAAATCTTATTAATTATTTCAACATAATTAATAAAATATTAATGACTTCCGTTTTTTATTTATTAGAGTAAAATGACTTCAACTTTCAATTTATTAAGATCATTGATGAAATATTAATTACTATAACTTTAATAAAACAACATGCATTCAAATATTTTCTGCATCTCTTATAAATCTTATTAACGATTTCAACATAGTTAATAAAATATTAATGACTTCAGTTCTTTATTTATTAGAGTAAAATTACTTCAACTTTCAATTTATTAAGATCAGTGGTGAAATATTAACGACTATAACTTTAATAAAACACAATGTGTTGAAATATTTTCTCAATCTCTTATAAATCTTCTTTGGTCTATTATAGTTCTTTATCATATGTGGTAAGATTTACTGTCTTTATTTGTATTAAATTCCTCGTCATAATTTTTTTTAAAGAAGATTCAATTTTTAGTTTTGTAACTAATGTACATAGTAAACCAGTAAACCACACTATAAAATATTTCTTATTTTAACTTCAGATATTTGATTAGGTTCTTCATTCTTTAAATTTTCATAAAGAATACAAATATATGTGTTTTATTTATTTTTTAATTACAGAAAACCATTTTTCAAATCACATTGAAATCTAGATTTTTTCAAATAAATATCCCTAACTCGAAGTACAGTAGAAAAAATATCCAAGGCACGATTATAATGTTCAATTTTACCATGGATTTTAACAAATAAGGAATATTGTTCACATAAGTATACTAGATGCTTATTAAATTCAAAACTTAAAACTAATATTTGCAACTCTAAATAATATCATATACCCCCAAATTATCTTGCAATTTGGAGTTTTGTTGTTTGAACTCTCGTTACACCCCTTGAGTAATAAACTTTAAAAATATTAAAAAATAAAACATCTTCATTCCATGTGATTGAATTTTCCTAGAACTTCATTTTTTTTTATTGAAGTTGTTCTTACAAATATTCTTAAACGTGCAATTATTCTATAGACAATATATTTTGGTCTTTATTGGAATGACATAATTTATGATTATTGGGAAACGACAGTTAGCAAATTGAAAAATTAGTCAATACGTTTCTTATGTTAGTCAAGGTTTTTCATCCAAAATTAAAGAAATATATTATTGTGAAATTAAAAAGAAAGTGAAATAATAAATAATAACATTTTATTGAAGAGTTGAATATTAAAAACAATGGAGAAGTATGTTCTACAATTGCTGGTAATGGTTTAATAAATTGAATTTATGAGATTCTTAGCATGCATGATTAACATAACCATTTTCTTAATAAAAAATTTGGGAAGAGAAGGTGGAGAGTTTAAATTGATTGAGGAAATTGGTGAAGGAGG


Gene Sequence:
>Vu_11298(+)
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