Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_10628 LG2 46940198 46946887 PREDICTED: topless-related protein 1-like isoform X1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/G 46940746 intron_variant
C/A 46940785 intron_variant
A/G 46940792 intron_variant
G/T 46940860 intron_variant
A/G 46940886 intron_variant
C/T 46940909 intron_variant
G/A 46940926 intron_variant
A/C 46940989 intron_variant
T/C 46941022 intron_variant
G/A 46941024 intron_variant
C/G 46941079 intron_variant
A/G 46941104 intron_variant
G/A 46941121 intron_variant
C/T 46941128 intron_variant
T/G 46941267 intron_variant
G/A 46941334 intron_variant
T/A 46941387 intron_variant
C/T 46941397 intron_variant
C/A 46941519 intron_variant
T/C 46941540 intron_variant
C/T 46941543 intron_variant
T/C 46941608 intron_variant
G/A 46941730 intron_variant
G/T 46941787 intron_variant
G/T 46941804 intron_variant
G/A 46941956 intron_variant
T/C 46942011 intron_variant
A/G 46942119 intron_variant
T/C 46942124 intron_variant
C/T 46942130 intron_variant
C/T 46942132 intron_variant
T/C 46942168 intron_variant
A/G 46942177 intron_variant
A/*,T 46942187 intron_variant
T/A 46942215 intron_variant
G/A 46942218 intron_variant
T/A 46942520 missense_variant p.Leu157His
C/T 46942755 missense_variant p.His191Tyr
T/A 46942819 missense_variant p.Leu212His
G/T 46943150 intron_variant
A/G 46943198 intron_variant
C/T 46943335 intron_variant
C/A 46943457 missense_variant p.Pro284Thr
G/T 46943501 missense_variant&splice_region_variant p.Lys298Asn
C/A 46943509 splice_region_variant&intron_variant
G/T 46943531 intron_variant
T/G 46943750 intron_variant
T/C 46944110 synonymous_variant p.Leu353Leu
A/T 46944116 missense_variant p.Ser355Cys
T/A 46944256 downstream_gene_variant
A/G 46944380 downstream_gene_variant
A/G 46944411 downstream_gene_variant
T/A 46944464 downstream_gene_variant
G/T 46944476 downstream_gene_variant
A/T 46944582 downstream_gene_variant
T/A 46944583 downstream_gene_variant
C/G 46944881 missense_variant p.Leu421Val
C/T 46944962 downstream_gene_variant
T/C 46945021 downstream_gene_variant
G/C 46945132 splice_region_variant&intron_variant
T/C 46945290 downstream_gene_variant
A/G 46945292 downstream_gene_variant
A/T 46945298 downstream_gene_variant
T/A 46945553 downstream_gene_variant
C/T 46945749 synonymous_variant p.Ile578Ile
T/C 46945776 synonymous_variant p.Ile587Ile
G/A 46945827 downstream_gene_variant
A/T 46945842 downstream_gene_variant
T/A 46945914 downstream_gene_variant
C/T 46945921 downstream_gene_variant
T/C 46945943 downstream_gene_variant
G/A 46945967 downstream_gene_variant
C/T 46946061 downstream_gene_variant
T/C 46946100 downstream_gene_variant
A/G 46946110 downstream_gene_variant
G/T 46946137 downstream_gene_variant
T/C 46946142 downstream_gene_variant
C/A 46946169 downstream_gene_variant
G/A 46946202 downstream_gene_variant
C/A 46946216 downstream_gene_variant
C/T 46946229 downstream_gene_variant
C/G 46946232 downstream_gene_variant
A/G 46946246 downstream_gene_variant
C/T 46946379 downstream_gene_variant
C/T 46946409 downstream_gene_variant
C/G 46946436 downstream_gene_variant
C/T 46946449 downstream_gene_variant
A/T 46946451 downstream_gene_variant
T/A 46946465 downstream_gene_variant
A/C 46946473 downstream_gene_variant
C/T 46946488 downstream_gene_variant
G/C 46946544 downstream_gene_variant
T/A 46946555 downstream_gene_variant
T/A 46946593 downstream_gene_variant
G/A 46946604 downstream_gene_variant
T/C 46946649 downstream_gene_variant
G/A 46946712 downstream_gene_variant
C/A 46946856 missense_variant p.Arg623Ser
C/A 46946861 missense_variant p.His624Gln

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_10628.1
MENSALSKDLVFLTLQFLNEEGLKETAQRLECESGLYFNMKHFEEMLVVGKWNEAESYLSRFTRIDDNMHSTKIYFEIRKQKYLEALDIHDRGKALDILLKDVKVFFPGHEDLFNEMTQLLTVNDIREHASLSTYGDANSVRKIVADGIIKLVEENPQFHGKLKFPTFRKQRLYYLLNQSLNWQHKLCKDPHGVSDMKTFLMDRVSGSSLNPSPLQSEGSDSIENLQSETTMEDHNVLSLQGRPSQVSKENGYGKGLEDRRSNSIEESHKNSKLSNYLDICESSPCQFLELPTHPKISKIVRLTYTNEGNGILALASNGNHLLWKWPCNNLNPDGKATTQVSPHIWQPRSDFQLMSNELASSYSGDPISSFSLSKNDLYLISTSGGPISFFNMFSFKSLMTIMPPPPMATCLAFYPRDYNILAIGLDDFSIIIYNASTNKIISKLEGHTQRVSDLAFSVSFDLLVSIGVNDQIFVWNTNEWKKLKDGYLKIYGQRVPDIPSETHIQFHLYQKHFLVVRSDCLAMYEATDLKCCNQWVPRVAGVICQATFSSDGQAVYVSFVDGTVAILDTLKFQLRCKISLSTYIPTIPSSSMSPIAIAAHPHIPSQFVVGLTDGRAFVFEPRTSQDWSRFSI*


CDS Sequence:
>Vu_10628.1
ATGGAGAACTCTGCTCTAAGTAAAGATCTTGTTTTCTTAACCTTACAATTTCTCAATGAAGAGGGGTTGAAGGAAACTGCACAAAGGCTTGAATGTGAAAGTGGGCTATACTTCAACATGAAGCATTTTGAGGAGATGTTAGTTGTTGGAAAATGGAATGAAGCAGAGAGCTATCTTTCTAGATTTACAAGAATAGATGACAACATGCACTCAACCAAAATATACTTTGAAATCAGAAAACAAAAGTACCTTGAAGCATTGGACATTCACGATCGTGGCAAGGCTTTAGATATTCTCCTTAAGGATGTAAAAGTCTTTTTTCCCGGGCACGAAGATCTGTTTAATGAAATGACTCAGCTTTTGACAGTCAACGATATAAGGGAGCATGCATCACTTTCAACGTATGGAGATGCAAATTCTGTGAGGAAAATTGTTGCAGATGGTATTATAAAACTCGTTGAGGAAAATCCTCAGTTCCATGGAAAATTGAAGTTTCCTACCTTTAGAAAACAGAGATTATATTATCTTCTGAACCAAAGTTTGAATTGGCAACATAAACTTTGTAAAGATCCACATGGAGTTTCTGACATGAAAACCTTTCTGATGGACCGTGTTAGCGGGTCGAGCTTGAACCCTTCACCTTTGCAATCAGAAGGCAGTGATTCAATTGAAAACTTGCAATCTGAAACTACAATGGAGGATCATAATGTATTATCACTGCAGGGAAGACCCTCCCAGGTGTCAAAGGAGAATGGGTATGGAAAAGGCTTGGAAGATAGGAGGTCAAATTCAATTGAAGAATCTCATAAAAACTCAAAGCTTTCAAATTACTTAGATATTTGTGAGTCGTCCCCTTGTCAATTCTTGGAGCTTCCAACTCATCCCAAAATATCCAAGATAGTTAGACTGACTTACACCAATGAGGGAAATGGCATTTTGGCATTGGCATCAAATGGTAATCATCTACTTTGGAAGTGGCCATGTAATAATCTTAACCCGGATGGCAAGGCAACTACACAAGTTTCTCCTCACATTTGGCAACCAAGGAGTGACTTTCAATTGATGAGCAATGAACTTGCAAGTTCATATAGTGGAGACCCAATTTCTTCTTTCTCCTTATCAAAGAATGATTTATATCTCATCTCAACATCTGGGGGACCAATCTCCTTCTTCAACATGTTCTCGTTTAAGAGTTTGATGACTATCATGCCACCACCACCTATGGCAACTTGTCTCGCCTTCTACCCTCGTGATTATAATATACTCGCTATTGGTTTGGATGATTTCAGTATAATTATATACAACGCTAGTACAAATAAGATTATAAGCAAACTTGAAGGTCACACCCAAAGAGTTTCCGACCTTGCATTTTCAGTTAGTTTTGATCTCCTTGTTTCCATTGGTGTAAATGATCAGATTTTTGTATGGAACACCAATGAATGGAAAAAACTGAAAGATGGGTACTTGAAAATATATGGACAAAGAGTGCCAGATATACCATCTGAGACACATATTCAATTTCACCTATATCAGAAGCACTTTCTTGTTGTACGAAGTGATTGTCTTGCAATGTATGAAGCAACTGATCTCAAATGTTGTAACCAGTGGGTTCCAAGAGTTGCAGGGGTTATCTGCCAAGCAACTTTTTCATCTGATGGTCAAGCTGTGTATGTCAGTTTTGTTGATGGAACTGTGGCAATACTTGATACTTTAAAGTTTCAACTACGTTGTAAGATCAGTCTCTCAACTTACATTCCTACAATTCCAAGTTCAAGCATGTCTCCAATAGCTATTGCTGCACATCCACATATCCCAAGCCAATTTGTTGTGGGGCTAACAGACGGTAGAGCTTTTGTGTTTGAGCCTCGAACGTCACAAGATTGGAGCAGGTTTAGCATTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_10628::LG2:46938198-46940198(+)
CTTTTTCATACTTGACAATCATTTTATTAAATATTAAATTACACATCCCTTTATTAGAAGGCGTTACAAGTTTTTTAACAATATAATATGTCAAAACTCTCTCACACAACATCAAACTTGTCTTGATTATCTCATTTATCTTCAATTGAACAAAAGGTTTAAAGATGGAAGATGGAAGAAGAGAGCTTAATTTGTTTGATTAGAGTCTTATTTGAATGATTTAAATATTAGGGTTTTAGAAAGATTCATAAATTCCAATTTTAATTGTATGAATAATTTCCTAAAAAGTTTACTTTGGTAAAAGATTTTAGTGTTTCAAAATTGCTTGAATTATCAAGTAAAATTAAAATTGGGTTCAAACTAACGGGAAAAGCTAAAATGGTAATGACTTGTTGATGTATGACCTATTAATTTTAATAATATTTTGATGAGATATATTATTTTATTAATGTATAGAATATTATATCTTTAATTTGTTCATATTAGTACAATAAGTTGTTATTATAACTATAATTTATTTAATATATTTTTATTGTACATTTTATTTAAGGATAAAATTACATAAAATTTAGTATTTCTCTTATCTAATTTATTTGTCAATTATTTTTCCTCAACATGGCAGAAAAAAATTATAACATCCCACAAAATGTTAAAAATAATAATTATCTTTGAGTAATATATCTTCAAGAAATAAATATACTGTAATGAATAATAATAAATGTATAATTGTAATTGTACAAGGCATTTAATGAATTATTTAGTTATATAATGTTTTTATTATGAAAATTAATGAACTAGTTAATTTTAATAGAATAAATAGTTCATTACTATTAAAGATTTTGGAACTTTTATTAAATTATGAATTAAAACGAAGAAGTTATGATGTAAGACAGTTTGACATCCTGTTTTATAATAAATTATAATAATCATTTGAAAAGCTCCAATAATATAAATAATAAATGCAGGACAATTAAATATAAATAAGAATATTTTTAATATACATTATATATATATATATATTATGAATTTTTTGTTATAATCTAAAGAGGATTATTTATAAATTGAATAAATTTTTAATAAAAAAAACTTTCATATATTTAAGTAAGATCTATATTAAAATGCTACTAAGTTTGCATAAATTAAGAACGAGTTTGTTTAATGTTTTCTATATCATAAAAATAAATAATTTCTATAATTTTTTCTAATCAAAATTATCAAACATGGGCAAAAAACTTTACACATAAAAATAGGAACATTTAAAAGGAAGCCTGTTAGTAATTATTTTTAAATAATTGAGATTGTTGATAACTTAATACTAAATAAAAAACAGTACCATTATATATAATATATACACTAATTAATTTGATATAAAAAAACAATTATTCTAGAATTAGAGTTACTCTTCATTTAAATTTTTATACTTTTTATTTAATAAACATTACAGGATTAAAATAACTTCCTTTCACTTGCATTAATTATATATAATAAAATATTATGAGATTTTATTAAATATTTAATGTACCAGTTACAGAAAAAACCATGTGTTCTAGTGGTCCCCACCGAGACACTTAGGAACAGAAAAGATAGATAAGTCACTGTGCTTATCATAATAAGTTATTTTTCCTTCTTGTCCACCTGCTACTGATCCTTATATATTAACCTTGGTGGTTTGGCCAACATTTCTTACACAAAGGTTTATTTTCATAAAAACCTTCAAAAAAACCTTCTCATGTTTTCTTCTTAATTTTCATCTCTTTTTTTCTCCTTTGCGCTGTGGGTGAACCTTTGCACCTTTCTGTGTTTCATTTCCGATCCCTTATTTTTTTTCTCATTTTTTTAATAGTGCATGCAAATTTTCTATAGTCAATTAGTTTGTCATTTCAATAAAAGAACTGTTCTGAGTATTTGAATTGGACAATTATCATGATTTGAGAAAAAGTTTTGATTTTTATATAATTATGATGCAGGATTGATAATATAGAAAAGATACATATTTGTAA


Gene Sequence:
>Vu_10628(+)
ATGGAGAACTCTGCTCTAAGTAAAGATCTTGTTTTCTTAACCTTACAATTTCTCAATGAAGAGGGGTTGAAGGAAACTGCACAAAGGTGGGTTATCCTCTGTATGTAAATCCAGTTCTGAGTTTGGTTTTCACCATTGATCTTTTTACATTTTGTTTCCTTTAATTTTTTATTCTTTTATTCATAGGCTTGAATGTGAAAGTGGGCTATACTTCAACATGAAGCATTTTGAGGAGATGTTAGTTGTTGGAAAATGGAATGAAGCAGAGAGCTATCTTTCTAGATTTACAAGAATAGATGACAACATGCACTCAACCAAAATATACTTTGAAATCAGAAAACAAAAGTACCTTGAAGCATTGGACATGTAAGCTTTATACTGTCTTAGAAATTGGATGGACCTTGTCAGTTTAAGAAAAACCTCATTGGGCTAATCTTATTATTCTCAAAGAAATCCTAAGTTTTCATTTAGGGATAAATTTCCATATCTATGTTTCTTGATAATTAAATTGTAAAATAATTGTAGAGGGCTTGATTACACTCTCAATCCTTTATTTATAAAAATAAATTGATACAAGAGTACATGATCATTAGGATAATCCTAGACAAAATATAATCATGATAATTAAAGTAATTCTAGACACAATATAATCATGATAAATAGGTAACTCTAAACACAATATAATCATAATAAATATGGTAATCCTTGATACAATATAATGATGATAAGTAGGATAAATATCCTAACACTCCCCCTCAATCTGGATCATACAAATTGTATGTACAACTATAAACTGTAGAGACTAAATTGACATCACTGACTGATGGGGCCTGTAATAATTGGAAGCAACAAAATTACAGGAACTATCATCAGTGACTGACCAGGTGATGGGGCCTGCAGTGGCTGAAAGGACAAAACTGCAGGGACTGCCATCACTGACTGATGGGGCATGCAGTGACCCCTCACAGCAAATGACAGAAATGACAATGCGCCGATGACAAATCCTGAGGGTGGAAGATCGTAATGCTCTCCTTTATTCATCAAAGCATCCAAAAACAGATCTAACAAGTGACTAGTGAAATTGTTTGACTAAGATTCTGAATCTTTCCAGAAATAGACTCCTTTCATGCCATGAGGAACCTTCAACCTATGACTTTGGTGTTGAAATTCCTTGGTGTTAACCAGCTAATAGCACTGATCCTCCTTGGAGATTTGTAAATAAATGACGCAAGCCATCAGGAACATCACAGGTGCTAAATATGCAAAACACACATTATGAAAGAGGCTAAGGAACAATGCTGAAATAAAGAATTTTTTTTTTCTTTAAGTCCAGCGAGACGAATGGCAGTGGCACGATATGATTCTAACATTGGAAAGGTGACTTGTGACACACACGTGCCCGAAGCTGATTGGAAAGGAGTCGTTCGTGACGGTGCGTGTGGAGGAGAATGAGGCAGCGACCTGGGTTATGCTCCTTGAGAATGAGGCGCGTGTGGCGGTGCCTGGATGAGAACTAGCCCTCAACACCGGCGGGATTGGTCGCCGCTCAAGGAGGCGATCCCGATTGACTGGTCATCAAACTATACTAAGGCAGTGGATGGTGGCAGATGACGGTGGAAAACTGCTAAAAAAGGCATTGGAAATATATGATATTATTAGGAGAGCAGAGCAGGACTATTCATCGAGATATTTCAGAAAAGATGAAATTTTTAAGAGACAACAAAGACAGAGTAGGAAAAAAGTCAGACAACCTGCTCTGATACCAACTTGAGAATTAAACTGTAAAATAGGTTTAGAAGACTTGATTGATCCTTTCGTAATCTTTTATTTATAAAAATAAATTGATACTTAAGTAATCCTAGATACGATATAATTATGATAATTAGAGGAACCTAGACACAATATAATCATGATAAATAGGATAACTCTAGACACAATATTAATCATGATAAATAGAATAACCCTTGACATAATATAACAATGATAAATAGGATAAATACCTAACATCTCTGAACTGTTTGTTTCATCTTTCATTAGTCACGATCGTGGCAAGGCTTTAGATATTCTCCTTAAGGATGTAAAAGTCTTTTTTCCCGGGCACGAAGATCTGTTTAATGAAATGACTCAGCTTTTGACAGTCAACGATATAAGGTACAACTCAATTTTCAGTGTTCTAATTTTACATGTGAGGTTGATGTGCTTTAAGGTTAAATTTTTTCTGGGTCTGATCAGGGAGCATGCATCACTTTCAACGTATGGAGATGCAAATTCTGTGAGGAAAATTGTTGCAGATGGTATTATAAAACTCGTTGAGGAAAATCCTCAGTTCCATGGAAAATTGAAGTTTCCTACCTTTAGAAAACAGAGATTATATTATCTTCTGAACCAAAGGTTTCACTATTTTTTCCAACTTAGAGATGATAATAATATACATATAGCAATTGTGTTTGCTTGTTTCTATTCTCGACATAGGCCTGTGCTTTTCAGCTGTTGGTGTAAAATTTACTTGCTGTTCATTCTGTCAGTTTGAATTGGCAACATAAACTTTGTAAAGATCCACATGGAGTTTCTGACATGAAAACCTTTCTGATGGACCGTGTTAGCGGGTCGAGCTTGAACCCTTCACCTTTGCAATCAGAAGGCAGTGATTCAATTGAAAACTTGCAATCTGGTATGCATCTCTCAAATAGCAATTCTAACTCTTATGCTTTAATTGTCTTTGTGGCATTTTGTGCTGTATTAGCAAATCTGGGTGCTCTTGAGATTTTTTCTTGCTTAATGAAATCATTTCAATTATTGTCTATGATGGTAATAATCCATGTCCTTTCTCTAGAAACTACAATGGAGGATCATAATGTATTATCACTGCAGGGAAGACCCTCCCAGGTGTCAAAGGAGGTTAGTTGGATTTCTTTTGTTAAACACTGTTGATTATATAAAAGATATAGGAAGGTTTGAGAAAAAAAAAAAACCAAAAGCATCTCCAACAACATTGTTTTTATCCATGATTACTGTTATGACTATTGTTTTTGCTGCTTGCTAAACCTCTAATCTTGGTTTTGTTATTATTTCCAATTTTCAATTTCACTTGAAAAGCATTGTCACATAATATAATTTTTTTTTGTTTGCCCTGATTTCAACTTGGGTTTTGTAAAAGAATGGGTATGGAAAAGGCTTGGAAGATAGGAGGTCAAATTCAATTGAAGAATCTCATAAAAACTCAAAGCTTTCAAATTACTTAGATATTTGTGAGTCGTCCCCTTGTCAATTCTTGGAGCTTCCAACTCATCCCAAAATATCCAAGGTATGACCTTTTAAGGCAATGCTTTATAGGATTATTGCTAAAAGTTACACGTATTATCACTAATTTTAAAAGATAGTTGAACATGACATCCTTTATTGTATATAGCTCTATTTGAAATGTTTAACTCCCCTTTCACATAAATTTTCAAAGATAATTGCCATCAAACATAACAATTACTACCGGATCACATGGATTAATTACATTATTGTCACACATACTAAGTTGAGAATGAAAGTTTTAACAATTTTTCACAAACAGTTAGAACTTGTCGGTTCCAAAAAAAACAAGAAATTATCATTAACTTCTGTATGATAAAACAGATAGTTAGACTGACTTACACCAATGAGGGAAATGGCATTTTGGCATTGGCATCAAATGGTAATCATCTACTTTGGAAGTGGCCATGTAATAATCTTAACCCGGATGGCAAGGTAAGTGGAAACATAAAATCCATTTTATTTTATTTTTTAATTTTCCCTTTTCCCATCCTACCTTCATATCTTTAGTTTTCTTACTTTGTAGTTGAATTTATCATAAAATACAAGTAATCCATGTAGGCAACTACACAAGTTTCTCCTCACATTTGGCAACCAAGGAGTGACTTTCAATTGATGAGCAATGAACTTGCAAGTTCATATAGTGGAGACCCAATTTCTTCTTTCTCCTTATCAAAGAATGATTTATATCTCATCTCAACATCTGGGGGACCAATCTCCTTCTTCAACATGTTCTCGTTTAAGGTAAACCAAAAAGATAAAAAATTATTATATCAAAGAAATGTTCTTCATTTATATGAAATTGTTTAATCTTAATATTTTGATATTATTATGGAAGGTTTGATTCTATTTATTCAAGTATAAATGAGAGAGTTAAATAATATATAAGAATATAAAAACCTACAAACATTAAATATTATGATTTTATGTTAAAAATAATGGTAGTTATTTAATATAAGTAACTCTTATCATATCAAAGACGATCAATATTTTTAGTTTCTTTAATAAAAATCTCAACTATCCTTATATTTATAAGAGTTGTAAAAGCTATCATTATGCATAAACTTTTTCCAGAATCAAAATAATTGATTTTTCATTTTGTCATGACGTTGTATACCTCTTTTTCATCCTATGCTCATTCATGTTGTATACCTCTTTTATTATGCTCATTCATTTATAAATATTACCCATTTGTTATTTTTGTTTTTTTATTTGACATTACGCTACCATTTATAAGTTTGCTAGGACATGTTTACTATGAAACTATGATTTGTTTGATAATATATGTTATACATTGTCAAATAAATACAGAGTTTGATGACTATCATGCCACCACCACCTATGGCAACTTGTCTCGCCTTCTACCCTCGTGATTATAATATACTCGCTATTGGTTTGGATGATTTCAGTATAATTATATACAACGCTAGTACAAATAAGGTATACAAGTTTTATGTTGAGAAACATATGTTTCATGACCTTTCTACTTAAAAGAGGTTCAAGGTATAACTTTTTGTGTCTTATTTTTGTACAGATTATAAGCAAACTTGAAGGTCACACCCAAAGAGTTTCCGACCTTGCATTTTCAGTTAGTTTTGATCTCCTTGTTTCCATTGGTGTAAATGATCAGGTTAGTATATAATACCTTATTTTGAAATTATTTTTATATATTAAAAATAATTTAATAAGTGTGAAGGTAA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