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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_37194 LG11 33240134 33251651 PREDICTED: F-box/LRR-repeat protein 14-like isoform X1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 33240141 5_prime_UTR_variant
T/C 33240163 5_prime_UTR_variant
G/C 33240204 5_prime_UTR_variant
G/A 33240218 5_prime_UTR_variant
T/C 33240227 5_prime_UTR_variant
C/A 33240247 5_prime_UTR_variant
C/A 33240267 5_prime_UTR_variant
G/A,* 33240299 5_prime_UTR_variant
T/C 33240392 5_prime_UTR_variant
C/G 33240425 downstream_gene_variant
C/T 33240439 downstream_gene_variant
C/G 33240447 downstream_gene_variant
C/T 33240619 downstream_gene_variant
A/T 33240621 downstream_gene_variant
C/T 33240668 downstream_gene_variant
G/A 33240732 downstream_gene_variant
A/T 33240734 downstream_gene_variant
C/T 33240737 downstream_gene_variant
T/A 33240743 downstream_gene_variant
T/G 33240744 downstream_gene_variant
A/T 33240747 downstream_gene_variant
A/T 33240757 downstream_gene_variant
G/C 33241121 downstream_gene_variant
G/A 33241151 downstream_gene_variant
A/T 33241209 downstream_gene_variant
A/C 33241242 downstream_gene_variant
G/A 33241263 downstream_gene_variant
A/G 33241270 downstream_gene_variant
G/A 33241283 5_prime_UTR_variant
G/A 33241313 5_prime_UTR_variant
T/A 33241334 5_prime_UTR_variant
G/A 33241432 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/T 33241707 synonymous_variant p.Asn64Asn
C/T 33241719 downstream_gene_variant
C/T 33241821 missense_variant p.Ser72Leu
A/T 33241997 downstream_gene_variant
T/A 33242114 synonymous_variant p.Ser141Ser
G/A 33242115 missense_variant p.Asp142Asn
T/A 33242239 downstream_gene_variant
T/C 33242250 downstream_gene_variant
T/G 33242382 downstream_gene_variant
T/A 33242556 downstream_gene_variant
C/A 33242564 downstream_gene_variant
A/T 33242586 downstream_gene_variant
G/A 33242600 downstream_gene_variant
T/A 33242630 downstream_gene_variant
G/A 33242789 downstream_gene_variant
C/T 33242809 downstream_gene_variant
A/T 33242865 downstream_gene_variant
G/C 33242969 downstream_gene_variant
A/G 33243162 downstream_gene_variant
A/T 33243168 downstream_gene_variant
G/A 33243252 missense_variant p.Met198Ile
T/G 33243255 missense_variant p.Ser199Arg
C/G 33243403 downstream_gene_variant
A/G 33243435 downstream_gene_variant
C/T 33243438 downstream_gene_variant
T/C 33243484 downstream_gene_variant
G/T 33243523 downstream_gene_variant
C/A 33243546 downstream_gene_variant
G/A 33243573 downstream_gene_variant
T/G 33243619 downstream_gene_variant
A/C 33243730 downstream_gene_variant
T/C 33243805 downstream_gene_variant
G/A 33243820 downstream_gene_variant
T/C 33243927 downstream_gene_variant
A/T 33243948 downstream_gene_variant
A/G 33244399 downstream_gene_variant
T/G 33244671 intron_variant
A/T 33244672 intron_variant
A/T 33244727 intron_variant
C/T 33244761 intron_variant
T/C 33244762 intron_variant
A/G 33245154 intron_variant
G/T 33245223 intron_variant
A/T 33245305 intron_variant
T/G 33245502 intron_variant
T/C 33245811 intron_variant
T/A 33245830 intron_variant
A/G 33245896 intron_variant
A/G 33245903 intron_variant
C/G 33245905 intron_variant
G/A 33245907 intron_variant
C/T 33245940 intron_variant
G/A 33245994 intron_variant
G/A 33246018 intron_variant
A/C 33246030 intron_variant
G/C 33246031 intron_variant
T/A 33246049 intron_variant
G/C 33246060 intron_variant
A/T 33246135 intron_variant
T/C 33246142 intron_variant
C/T 33246205 intron_variant
T/C 33246329 intron_variant
C/T 33246609 missense_variant p.Thr339Ile
G/T 33246770 intron_variant
T/G 33246855 intron_variant
C/G 33246934 intron_variant
G/T 33247004 intron_variant
G/C 33247143 intron_variant
G/C 33247152 intron_variant
T/A 33247607 intron_variant
A/G 33247838 missense_variant p.Lys374Glu
T/C 33247852 synonymous_variant p.Cys378Cys
T/A 33248064 intron_variant
G/A 33248090 intron_variant
C/G 33248095 intron_variant
T/A 33248114 intron_variant
A/T 33248123 intron_variant
C/A 33248126 intron_variant
A/G 33248127 intron_variant
C/A 33248130 intron_variant
A/G 33248230 intron_variant
T/C 33248240 intron_variant
A/G 33248294 intron_variant
G/A 33248390 intron_variant
T/A 33248395 intron_variant
A/G 33248574 intron_variant
T/A 33248744 intron_variant
A/T 33248807 downstream_gene_variant
A/C 33248816 downstream_gene_variant
T/A 33248870 downstream_gene_variant
C/T 33248874 downstream_gene_variant
T/A 33249021 downstream_gene_variant
G/T 33249063 synonymous_variant p.Leu400Leu
G/T 33249100 missense_variant p.Gly413Cys
A/T 33249185 missense_variant p.Asn441Ile
G/A 33249312 downstream_gene_variant
T/A 33249593 downstream_gene_variant
T/G 33249756 downstream_gene_variant
T/C 33249778 downstream_gene_variant
A/G 33249797 downstream_gene_variant
G/T 33249831 downstream_gene_variant
A/T 33249847 downstream_gene_variant
G/A 33250325 downstream_gene_variant
G/A 33250381 downstream_gene_variant
G/A 33250594 downstream_gene_variant
C/G 33250821 downstream_gene_variant
T/A 33250850 downstream_gene_variant
T/G 33250956 downstream_gene_variant
T/C 33250988 downstream_gene_variant
G/C 33251038 downstream_gene_variant
C/G 33251116 downstream_gene_variant
G/A 33251303 missense_variant p.Glu543Lys
G/T 33251305 missense_variant p.Glu543Asp
G/C 33251484 3_prime_UTR_variant
C/A 33251485 3_prime_UTR_variant
T/C 33251533 3_prime_UTR_variant
C/T 33251590 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_37194.1
MGGACSRKREQDNEDSIIRGLSRSYSRCGSLKWWTSSFSYPSVDFHLRKGECPPLLDLCIQKINEDIDKYNSFSMLPRDISQLIFNNLVYSRCLTSASLEAFRDCALQDLYLGEYDGVNDNWMDVISSQGSSLLSVDLSGSDVTDFGLTYLKDCGSLISLNLNYCDQISDRGLECISGLSNLTSLSFRRNDSISAKGMSAFSGLVNLVKLDLERCPGIHGGLVHLRGLTKLESLNLKWCNCITDYDMKPLSELGSLKSLEISSSKVTDFGVSFLRGLQKLALLNLEGCLVTAACLDSLAELPALSNLNLNRCNISDNGCEKFSRLENLKVLNLGFNVITDTCLIHLKGLTKLESLNLDSCKIGDEGLVNLAGHKRLNCLELSDTEVGSNGLQHLSGLSNLQKINLSFTMVSDGGLSKLRGLSSLKSLNLDAYQISDIGLSNLTSLTGLTDLDLFGARITDFGTNYLKKFKNLRSLEICGGALTDAGVKNIKELSSLVCLNLSQNSNLTDKTLELISGLTGLVSLNVSNSRITNAGLQHLKALENLRSLTLESCKVTANDMKKLKSIYLPNLVSFRPG*

>Vu_37194.2
MGGACSRKREQDNEDSIIRGLSRSYSRCGSLKWWTSSFSYPSVDFHLRKGECPPLLDLCIQKINEDIDKYNSFSMLPRDISQLIFNNLVYSRCLTSASLEAFRDCALQDLYLGEYDGVNDNWMDVISSQGSSLLSVDLSGSDVTDFGLTYLKDCGSLISLNLNYCDQISDRGLECISGLSNLTSLSFRRNDSISAKGMSAFSGLVNLVKLDLERCPGIHGGLVHLRGLTKLESLNLKWCNCITDYDMKPLSELGSLKSLEISSSKVTDFGVSFLRGLQKLALLNLEGCLVTAACLDSLAELPALSNLNLNRCNISDNGCEKFSRLENLKVLNLGFNVITDTCLIHLKGLTKLESLNLDSCKIGDEGLVNLAGHKRLNCLELSDTEVGSNGLQHLSGLSNLQKINLSFTMVSDGGLSKLRGLSSLKSLNLDAYQISDIGLSNLTSLTGLTDLDLFGARITDFGTNYLKKFKNLRSLEICGGALTDAGVKNIKELSSLVCLNLSQNSNLTDKTLELISGLTGLVSLNVSNSRITNAGLQHLKALENLRSLTLESCKVTANDMKKLKSIYLPNLVSFRPG*


CDS Sequence:
>Vu_37194.1
ATGGGGGGAGCATGTTCTAGGAAGCGAGAGCAGGACAATGAAGATAGTATTATCAGAGGACTATCACGAAGCTATTCTAGATGTGGGAGTTTGAAATGGTGGACATCCTCTTTTTCTTATCCATCTGTTGATTTTCACTTACGAAAAGGAGAATGTCCACCACTTTTGGACCTGTGCATACAGAAAATAAACGAGGACATTGATAAATATAACTCATTTTCTATGCTGCCACGGGATATAAGTCAGTTAATTTTTAATAATTTGGTTTACTCGAGATGTCTAACCAGTGCTTCCTTAGAAGCTTTTCGTGATTGTGCTCTACAGGATCTTTACTTAGGAGAATATGATGGTGTTAATGATAATTGGATGGACGTCATCTCATCCCAGGGTTCATCTTTACTTTCTGTAGATCTTTCTGGGTCTGATGTCACTGATTTTGGGCTGACATACCTTAAAGATTGTGGAAGTCTAATTTCTTTGAATCTAAATTACTGTGATCAAATTTCAGATCGTGGACTAGAGTGTATCAGTGGCCTGTCAAACTTGACAAGTTTGAGTTTTAGACGAAATGATTCAATTTCTGCTAAGGGAATGAGTGCCTTTTCTGGTCTTGTCAACTTGGTCAAGTTGGATTTGGAGAGATGTCCTGGTATTCATGGAGGCCTTGTTCATCTTCGAGGTTTGACCAAGTTGGAATCTCTCAATTTAAAGTGGTGTAATTGCATAACAGATTATGATATGAAACCTCTTTCAGAGCTTGGTAGCCTGAAAAGTCTGGAGATTTCATCCAGTAAAGTCACTGATTTTGGCGTCAGTTTCCTGAGAGGGTTACAGAAGCTTGCCCTGTTAAATTTGGAAGGGTGCCTTGTAACAGCTGCATGCTTGGATTCTCTTGCAGAGCTTCCTGCGCTATCAAACTTGAATCTTAATAGATGCAATATCTCTGACAATGGATGCGAAAAATTCTCACGACTGGAAAATTTGAAAGTATTAAACTTGGGATTTAATGTCATAACAGATACATGTTTAATTCACTTGAAAGGACTGACAAAGTTGGAGAGCTTGAACCTTGATTCATGTAAGATTGGTGATGAAGGGTTGGTCAATTTGGCTGGCCATAAGCGATTGAACTGTTTGGAATTGTCTGATACAGAGGTTGGTAGCAATGGACTACAGCATTTATCAGGACTGTCTAATCTGCAGAAAATAAATCTTTCTTTTACCATGGTTAGTGACGGTGGTTTAAGCAAATTGCGTGGACTCTCATCTCTGAAGTCCCTTAATTTGGATGCTTACCAAATTTCTGACATTGGGCTGTCAAACCTTACAAGTTTGACTGGCCTCACTGACCTGGATTTGTTTGGTGCACGAATCACAGATTTTGGTACAAACTATTTGAAAAAGTTTAAGAACCTGAGGTCTTTGGAAATATGTGGTGGAGCTTTGACTGATGCTGGTGTGAAAAATATCAAAGAGCTTTCTTCTCTGGTCTGCTTAAATTTATCACAAAACAGCAATCTTACAGACAAAACTCTTGAGTTAATTTCAGGGCTCACTGGGTTGGTTTCTTTGAATGTTTCAAATTCTCGTATCACCAATGCTGGTCTGCAGCATTTGAAAGCACTCGAGAACTTGAGATCTCTGACATTGGAGTCCTGTAAGGTGACAGCAAATGACATGAAGAAACTGAAATCAATATACCTCCCGAATCTGGTAAGCTTTCGGCCAGGTTAG

>Vu_37194.2
ATGGGGGGAGCATGTTCTAGGAAGCGAGAGCAGGACAATGAAGATAGTATTATCAGAGGACTATCACGAAGCTATTCTAGATGTGGGAGTTTGAAATGGTGGACATCCTCTTTTTCTTATCCATCTGTTGATTTTCACTTACGAAAAGGAGAATGTCCACCACTTTTGGACCTGTGCATACAGAAAATAAACGAGGACATTGATAAATATAACTCATTTTCTATGCTGCCACGGGATATAAGTCAGTTAATTTTTAATAATTTGGTTTACTCGAGATGTCTAACCAGTGCTTCCTTAGAAGCTTTTCGTGATTGTGCTCTACAGGATCTTTACTTAGGAGAATATGATGGTGTTAATGATAATTGGATGGACGTCATCTCATCCCAGGGTTCATCTTTACTTTCTGTAGATCTTTCTGGGTCTGATGTCACTGATTTTGGGCTGACATACCTTAAAGATTGTGGAAGTCTAATTTCTTTGAATCTAAATTACTGTGATCAAATTTCAGATCGTGGACTAGAGTGTATCAGTGGCCTGTCAAACTTGACAAGTTTGAGTTTTAGACGAAATGATTCAATTTCTGCTAAGGGAATGAGTGCCTTTTCTGGTCTTGTCAACTTGGTCAAGTTGGATTTGGAGAGATGTCCTGGTATTCATGGAGGCCTTGTTCATCTTCGAGGTTTGACCAAGTTGGAATCTCTCAATTTAAAGTGGTGTAATTGCATAACAGATTATGATATGAAACCTCTTTCAGAGCTTGGTAGCCTGAAAAGTCTGGAGATTTCATCCAGTAAAGTCACTGATTTTGGCGTCAGTTTCCTGAGAGGGTTACAGAAGCTTGCCCTGTTAAATTTGGAAGGGTGCCTTGTAACAGCTGCATGCTTGGATTCTCTTGCAGAGCTTCCTGCGCTATCAAACTTGAATCTTAATAGATGCAATATCTCTGACAATGGATGCGAAAAATTCTCACGACTGGAAAATTTGAAAGTATTAAACTTGGGATTTAATGTCATAACAGATACATGTTTAATTCACTTGAAAGGACTGACAAAGTTGGAGAGCTTGAACCTTGATTCATGTAAGATTGGTGATGAAGGGTTGGTCAATTTGGCTGGCCATAAGCGATTGAACTGTTTGGAATTGTCTGATACAGAGGTTGGTAGCAATGGACTACAGCATTTATCAGGACTGTCTAATCTGCAGAAAATAAATCTTTCTTTTACCATGGTTAGTGACGGTGGTTTAAGCAAATTGCGTGGACTCTCATCTCTGAAGTCCCTTAATTTGGATGCTTACCAAATTTCTGACATTGGGCTGTCAAACCTTACAAGTTTGACTGGCCTCACTGACCTGGATTTGTTTGGTGCACGAATCACAGATTTTGGTACAAACTATTTGAAAAAGTTTAAGAACCTGAGGTCTTTGGAAATATGTGGTGGAGCTTTGACTGATGCTGGTGTGAAAAATATCAAAGAGCTTTCTTCTCTGGTCTGCTTAAATTTATCACAAAACAGCAATCTTACAGACAAAACTCTTGAGTTAATTTCAGGGCTCACTGGGTTGGTTTCTTTGAATGTTTCAAATTCTCGTATCACCAATGCTGGTCTGCAGCATTTGAAAGCACTCGAGAACTTGAGATCTCTGACATTGGAGTCCTGTAAGGTGACAGCAAATGACATGAAGAAACTGAAATCAATATACCTCCCGAATCTGGTAAGCTTTCGGCCAGGTTAG


Promoter Sequence:
>Vu_37194::LG11:33238134-33240134(+)
TCCAAAATGATTCAATGGATGGTTATACTATTGCATTTGGGATAAGAAATGTCACACACATAGAGAAAGTACTCAGTGAAGCTCATAGGTAGGTTTGCACTTTTTCAAGAATTTGCTATAACTTGTATGCCGGAGCAGTGATGGCAATCAATTAAAACGTATGATGAATCATTATTATATTTATTATTTCTTTTTCTCTTTAACAGGGTATTGAAACCAGGAGGAAGGTTCCTTTGCCTTGAACTTAGCCACGTTGGTATTCCTATATTTAAAGATTTGTAAGTATCATTTGCGAGAATCATGAGTATTGGTGGGTTGACATATGGTAAGGAAAATTGAGAATGACGATATGCATTCTACTCACGTTTGAGAAAGAAAATATAACTAAGATACACTTTAATTTACATGGAAAATTCAAATTTGGATTCTCGATTGGGTTTTTCTATGTTGTTCTTTTAGAGCCTTTAAAGTATAATAGACACTGATTTTGATGTTTTAAAATATATTAAAAAGCTTTTGAAGGTACAGTAAAGGACAACACAAAGAAACCTAGTCGAGAATCCGAACTCGAAAAATTCTGGAAACCCCTTTGGGATAGATATGAGTAGATGATAGGATGAAATGATAGTTCTCTAAATACAGGCATTCCTTGCCAACCAAATGTAACTATACTCCATAAACTGGCCACTATTATAGAATCATGGCCTCCTTTTGTACTCAGTCAACTTTCAGCTTGATGTTACTCATCTTCTTTTGCATGTAGGTATGATTATTATTCTTTCTCAGTTATTCCATACATGGGCGAGCTGGTTGCTGGTGATCGAGAATCCTATCAGTACTTAGTTGAGAGTATCAGGCGTTTCCCCTCACAGGTTATCACACTTTCCATCTATTCATAGCTATCCATGTTCTTTATTATCTGTTCTCCAGTTTTGTGTAGTTTTTATTTAATATCTATAAACGATGGAAAACTTGCTTATGTTTACTTGGCATCATGAGAATTGTGCAGAAACCTCTCTTATGGATCTGAAGGAATTTTTCTTCGGAGTCATCTACTTCTTTTTTCTTATTGTGTTAACTGATGTGTTGTAATTGATGAATTCCAGGAAAAATTTGCATCAATGATAGCCAATGCTGGGTTCCAGAAAGTAGAGTATGAGAATCTAGTCGGGGGAGTGGTTGCTGTCCATTCAGGGCTAAAAATCTGATATCCTTAGGAACTTTGCTCTCTATTATAGCCAATAATTCATGAATTGAGATTGAAGATCGAACGTGATGTTATTCATTAGAAGTCGTAGAGAAGATTTGTACTGTTAGAATGTGTACTGTAATTTCCACCGGATGGCGCTTTCAATTCTTTTGGTGTAATAATATTTAATTATTTTTCCAAAATAATAAATTGTTTCATTGAATTCATCACTTCCATTGTTAGTATTACAATTCAATTATGAATTCATGCTCAAATTTTCAATAAAATTAAATATACGACGAAACTTTAATTAAAATCTCATTGACCAGTGATTCTAAAAATTTCAATGTGAAACTCAATTACGCACTGAAGTGTTATATTAAGAGAATTCCGTCAATTATACAATTTGAAATTTGTTGGATTGATTCGTGCAATAGCGTAAAGGAATAATGGTTAAGTGGGTTGGAAGTAAAAACAAACAAGTGATGCCATGATTGTTAATTAATAAACGGAGCCATAAATTAATTAATTAATAAAATATAAACGAAGATATAAAGCAATGGTTAATTTAAGTAGCGTGATGATCGAATTGAATGAAGCATATTGCGTGTACACAGTTCGCAAGGCAACGGAGTGGGTCCCACCTACTCCTCCAAATGGATAAAGTCATGAGAATTGCGCCTCCCTCTCAATCCCTTACCTACCATTTTCGCCACGTGTAATCCGATGTTTGCTTCGGATGGAGCCTCGGTTACGAGCCACGTACCCACCCACCACTCTTTTCTTCTAGCACTCACTCCCAGGTTTTCAA


Gene Sequence:
>Vu_37194(+)
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