People Important Links Contact Us
Chickpea portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Menu

Genetic Resources

Genomic Resources

Agronomic Practice

Publications

Nutrition

Social Resources
  • Maps
  • Gene Families
  • Gene Search
  • MARKERs  
    • SSRs
    • SNPs
  • JBrowse
  • Download

Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_36793 LG11 29238726 29242001 PREDICTED: tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 29239193 synonymous_variant p.Val156Val
C/T 29239306 missense_variant p.Ala194Val
C/G 29239778 synonymous_variant p.Val351Val
C/A 29239997 missense_variant p.Phe424Leu
T/A 29240085 missense_variant p.Ser454Thr
T/C 29240441 synonymous_variant p.Asn572Asn
C/A 29240450 synonymous_variant p.Ser575Ser
A/T 29240675 missense_variant p.Glu650Asp
A/G 29240686 missense_variant p.Lys654Arg
G/C 29241300 missense_variant p.Ala859Pro
A/T 29241302 synonymous_variant p.Ala859Ala
A/G 29241305 synonymous_variant p.Gln860Gln
A/G 29241327 missense_variant p.Lys868Glu
G/A 29241337 missense_variant p.Cys871Tyr
G/T 29241467 synonymous_variant p.Gly914Gly
T/C 29241629 synonymous_variant p.Thr968Thr
T/G 29241845 synonymous_variant p.Pro1040Pro

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_36793.1
MPSPSSSSSAYSLYNSYMVSNFMVSIIVPLFLFSLFVVHVSSCSQIDKLSLLAFSGNISTSPPFPSLNWSDSLDCCAWEGITCDGDLRVTHLLLPSRGLTGFISPSLTNLSSLSHLNLSHNRLSGGLQHQLFSLLSHLVVLDLSYNRLSGELPPFVGDNSGKNSSGAAIQELDLSSNFFNGTLPNSLLENLAAAAAGGSLVSLNVSNNSFIGHIPTSLFCINDRNSSSLRFLDYSSNDFDGAIQPGLGACSKLERFRAGFNFLSGPIPSDLFDAVSLTEISLPLNRLTGTIGDGIVGLTNLTVLELYSNHFTGFIPREIGKLSKLERLLLHVNNLTGTMPPSLMNCVNLVVLNLRVNLLEGNLSAFNFSGFLSLTTLDLGNNYFIGGLPPTLYACKSLSAVRFASNQLEGEISPRILELESLSFLSISTNKLRNVTGALTILRGLKNLSTLMLSKNFFNEMIPQDVNIIEPGGFQKLQVLGFGGCNFTGQIPGWLVKLKKLEALDLSFNQISGPIPPWLGRLPQLFYMDLSFNLLTGVIPVELTELPALASQQANDKVERTYLELPVFANANNVSLLQYNQLSALPPAIYLGNNHLNGSIPIEIGKLKALLQLDVKNNSFSGDIPVQFSNLTNLEKLDLSGNQLSGEIPESLRKLHFLSFFSVAFNNLQGQIPTGGQFDTFSYSSFEGNSQLCGPVIQRSCSQQNTSTNTTPASHSSNKRIMIALVITASFGFGSLITVLTLWILSKRRVNPGGELDKIEMESISAYSNNGIHPEVDKEASLVVLFSNKNNETKDLTIFDILKATENFSQANIIGCGGFGLVYKATLPNGTTVAIKKLSGDLGLMEREFKAEVEALSTAQHENLVALKGYCVHEGFRLLMYTYMENGSLDYWLHEKPDGASQLDWPTRLKIAQGASCGLAYLHQICEPHIVHRDIKSSNILLNENFEAHVADFGLSRLILPYHTHVTTELVGTLGYIPPEYGQAWVATLRGDVYSLGVVMLELLTGRRPVDVCKPKMSRELVGWVQQMRIEGKQDQVFDPILRGKGFEGEMLKVLDVACMCVSHNPFKRPSIREVVEWLKNVASDNQPAQK*


CDS Sequence:
>Vu_36793.1
ATGCCATCACCGTCTTCATCTTCCTCTGCATATTCCCTTTACAATTCTTACATGGTTTCCAACTTCATGGTCTCTATCATAGTCCCCTTATTCCTCTTCTCCTTGTTTGTTGTTCATGTTTCCTCTTGTAGTCAGATTGATAAACTCTCCCTCTTGGCTTTCTCTGGGAACATATCCACCTCTCCACCTTTTCCTTCTCTCAATTGGTCTGATTCTCTTGACTGCTGTGCTTGGGAAGGCATTACATGTGATGGGGATCTTAGAGTCACACATCTTTTGCTACCTTCTAGAGGCCTCACTGGCTTCATCTCCCCCTCTCTCACAAACCTCTCTTCTCTCTCTCACCTTAATCTCTCCCATAACAGATTATCTGGTGGTCTCCAGCACCAGCTCTTTTCATTGCTCAGTCACTTGGTGGTTCTTGATTTGAGCTACAATCGTCTGTCTGGTGAATTGCCACCTTTTGTTGGTGATAACAGTGGCAAAAATAGCAGTGGTGCTGCTATCCAGGAGCTGGATTTGTCCAGCAACTTTTTCAACGGGACACTTCCAAATTCTTTGCTCGAGAACTTGGCAGCTGCTGCAGCTGGAGGAAGTTTGGTGTCTTTGAATGTTAGTAATAACAGCTTCATAGGTCATATTCCCACTTCCCTCTTTTGCATTAATGACCGTAACTCCTCCTCTCTCAGATTCTTGGATTATTCCTCCAATGATTTTGATGGTGCCATTCAGCCTGGACTTGGAGCATGTTCCAAGCTGGAGAGATTTAGAGCAGGCTTCAATTTTCTGTCAGGGCCTATTCCAAGTGATCTTTTTGATGCTGTTTCTCTCACAGAAATCTCATTGCCCCTCAATAGACTCACTGGAACAATTGGCGATGGTATAGTTGGCCTTACCAACCTCACAGTTTTGGAGCTCTACTCCAATCATTTCACAGGTTTCATCCCCCGTGAAATTGGTAAACTCTCCAAGTTGGAACGGCTACTCCTTCATGTCAACAATTTGACAGGTACTATGCCCCCGTCTCTGATGAACTGTGTCAATCTTGTGGTCTTGAATTTAAGGGTCAATCTCTTGGAGGGAAATCTCTCTGCATTCAATTTCTCAGGATTCCTCAGCCTTACTACACTTGATCTTGGCAACAATTATTTTATCGGTGGTTTACCACCAACCCTTTATGCATGCAAATCACTTTCAGCTGTGAGGTTTGCATCTAATCAGCTTGAGGGAGAGATTTCTCCCAGGATACTTGAACTAGAGTCTTTGTCTTTCCTATCAATTTCTACTAACAAGTTGAGGAATGTTACTGGGGCTCTGACAATACTCAGGGGTCTCAAAAACCTCAGTACCCTTATGCTCTCCAAGAATTTTTTCAACGAAATGATACCTCAAGATGTGAACATAATAGAGCCAGGTGGATTTCAAAAACTGCAGGTTTTAGGATTTGGTGGTTGTAATTTCACTGGTCAAATACCAGGCTGGCTTGTGAAACTTAAGAAGCTTGAGGCCTTGGACCTGTCCTTTAATCAAATCAGTGGTCCAATTCCTCCATGGTTGGGTAGACTTCCTCAACTTTTCTACATGGACTTGTCTTTTAACCTCCTTACTGGTGTAATTCCAGTAGAGCTCACAGAACTCCCAGCACTGGCATCACAACAGGCAAATGATAAAGTAGAAAGGACTTATCTTGAGCTACCTGTCTTTGCAAATGCAAATAATGTTTCCCTACTGCAATATAATCAGCTTTCAGCCCTCCCCCCAGCAATATATCTGGGAAACAATCACCTTAATGGCAGTATCCCTATTGAGATTGGAAAACTCAAAGCCCTTCTTCAGCTGGACGTGAAAAATAACAGCTTCTCTGGTGATATACCCGTTCAGTTTTCAAACCTGACTAACTTAGAGAAACTAGACCTCTCAGGAAACCAACTATCTGGTGAAATTCCTGAATCCCTTAGAAAATTACATTTCTTGTCTTTTTTCAGTGTAGCCTTCAATAATCTTCAAGGACAGATACCAACTGGTGGTCAATTTGATACTTTCTCCTATTCCAGCTTTGAAGGAAACTCGCAATTGTGCGGTCCAGTCATTCAGCGTTCTTGTTCTCAACAAAATACTTCTACTAATACTACTCCAGCTAGTCACAGCTCAAACAAAAGAATAATGATTGCACTTGTCATTACAGCCAGTTTTGGCTTTGGCTCCTTGATAACAGTGTTGACTCTGTGGATACTGTCCAAGAGAAGAGTCAATCCAGGTGGAGAGCTAGACAAGATTGAAATGGAATCAATTTCTGCCTACTCCAACAATGGAATTCATCCAGAAGTTGACAAGGAGGCTAGCCTGGTGGTATTGTTCTCCAACAAGAATAATGAAACCAAGGACCTCACCATATTTGACATCCTAAAAGCCACTGAAAATTTCAGTCAGGCAAACATAATAGGATGTGGGGGTTTTGGTTTGGTTTATAAAGCAACACTACCAAATGGAACCACAGTTGCCATCAAGAAACTTTCAGGAGACTTGGGCCTCATGGAAAGGGAATTCAAAGCAGAAGTAGAGGCTTTGTCAACAGCACAACATGAGAATCTGGTGGCATTAAAAGGCTATTGTGTGCATGAGGGATTCCGGCTTCTCATGTATACATACATGGAAAATGGAAGCCTTGATTACTGGTTACATGAAAAGCCTGATGGTGCTTCCCAACTTGATTGGCCAACTCGCTTGAAGATTGCACAAGGGGCAAGCTGTGGCTTAGCTTATTTGCATCAGATATGTGAACCACACATAGTGCATCGCGATATAAAGTCAAGCAACATACTCCTTAATGAAAATTTTGAGGCACATGTTGCTGATTTTGGGTTGTCCAGGTTGATTCTTCCATATCATACTCATGTTACCACTGAACTTGTTGGTACATTAGGCTATATTCCCCCTGAGTATGGACAAGCATGGGTGGCTACTCTGAGAGGAGATGTGTACAGCTTGGGTGTTGTCATGCTTGAGCTGCTAACTGGGAGGAGGCCTGTAGATGTATGCAAGCCAAAAATGTCAAGGGAGTTGGTTGGCTGGGTTCAACAAATGAGAATTGAAGGAAAACAAGATCAAGTATTTGACCCTATTCTGAGAGGGAAGGGGTTTGAAGGAGAGATGCTGAAGGTGCTGGATGTGGCTTGCATGTGTGTCAGCCACAATCCTTTCAAGAGACCAAGCATCAGAGAAGTTGTTGAATGGCTGAAGAATGTAGCATCAGACAACCAGCCAGCACAGAAATAA


Promoter Sequence:
>Vu_36793::LG11:29236726-29238726(+)
CCATACATTTGACTTCATAATGGTTTAAAGTGGATTAATTAACGGCCTGTAACCTCTATTTTACATTCTAAATAGCATTTTAATGGTTGACTCCTTTGCATTAATGGTTTTTAACTCAGAACTGTAGATTTCATCATCACAATGATAAATTTTCTTGCAGATTTACCGTTTTCAAAGCTCCAATTAAAACCATAAAGTGGTTGTTTAATTTAAACAATAAATTTAATTTTTTATATATATTTGATTGAATTTAATTTGGTGTTCAAGCTTATTATCATTCATGTGTAAAAGGTTAAAAATCTAATATGAATAGTAAAGTTTATATAAAAGAGATGGAGTAAGAAAAAAAATTTTAAGTTGAAAATAATTTTTTGTTTAATTATTATTGATAAAACTAATTAAACTAATAATCTCACAAGTTTAAGTTAATTTATTTTCACACAACTAAGATCTGAAAAGTCGAATTTGTTCCCACATGTAAATATAATATAAATAACGTTTGCAGGTAGTGATATTTAATAGTACCCGATACAATATATTTAACAATTCTCATTAAAATAAACTCTAATGTCACATTAAAATATAAATTTAAACCAAATTAATCCCCATAAAATCAGTTTAAAAGTATTTCAAACTGAGTGCTAACCATGTCAGAATTAATATCATTAATTTAAATCATAAACTAATAAGTTTACTAAATCAACTTGTTTTGTTAAAAAATACAAATTTTAAAAAGGATTAAATATTCCCAAATTATTTTCAAAATCTATATTTCATCCCTGAACTAAACTATGTATTTATTTCTTTACTGTAGTGTATACAAATTTGTAAAATATCATTTTTGGAGGAAACAATACATAAAAATTAAGTTATAGTTGACTAACATATTTTACGGGATCTTCATAAACATACAAATAAGAAATAAATATATAATTTAATTTAGAAACAAAACATAACTTTGTAAAATAATTTCAACATAACATGTTCAACTATTTTAAAAACTACAATGCATTCCTTTTTATATATATAAACTAAACACATGTAAATCATTAGAGTTGCGAAGGTAGAGAGAGACAAGGCATTTTTAAACGATCAAACATGACATGTTAAGCTATCCAAACAGGGAATTGACTGTAGATGGTAAGAGTCATTTTGGAAGACTGATATTTAGACATTTTTTGATAAAGAGAAAATGATAACAATAATAATATAATAATAATATAATGATAATAATAGAATAAGGCCTCCATCAGAAAGAAACTGGTAGGTGCTTCTGTTTGGTGGTGGCTGCGTAACATATCATAACATAACATAATATATCTTATGTAGCAACTAGCTATAAGCAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAACCATTGTACATCTTTTGTTGTCTGTCTGCTTCACACGTTGTTATTGGCGTACTTCTCAATCATGTTTTTCATCATCATCTTTCACATTTTCCACTCTTCCTCCACTTCCACCCTCTAAAGTAAACGCTCCTATTTCTATTTTTCTATTCATCATTTCTTTAATGCCAACCATCCACTCCTACTTTTATATTATCATTTTTATTTTCTACTTTCTTTAAGATCAATGGTAGAACAACAACTATATCAAAAATCTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTGCTTCATCCACAGTTTTTCAAAATAAACATAAACACCAGATGAATTATATTTACTATGAACTGCAATGAGTTGTTACAGTGGTAATGATAATTAAAATCTAAATATTATCTATGTGTATGTATATCTAAATCCCCAGTTGTCAACGTCACCCTTCCACTTTCTCTCTCTCTCTCCCACCCTTCATTTTGCTTCCCTTGTCAATGGATGGTCATGGTCTTCCTTGCTCCCATGCCACCCCAACTATCTCTTCTTACATTGGTTCTTCACCCCCTTATGTCCCCCTCCTCCTCTTCTTTCTCATTTCCACTCTCTCATGACCAACCATCACTTCAAACACTCCATTCTCTCAGTTTTTCTCA


Gene Sequence:
>Vu_36793(+)
ATGCCATCACCGTCTTCATCTTCCTCTGCATATTCCCTTTACAATTCTTACATGGTTTCCAACTTCATGGTCTCTATCATAGTCCCCTTATTCCTCTTCTCCTTGTTTGTTGTTCATGTTTCCTCTTGTAGTCAGATTGATAAACTCTCCCTCTTGGCTTTCTCTGGGAACATATCCACCTCTCCACCTTTTCCTTCTCTCAATTGGTCTGATTCTCTTGACTGCTGTGCTTGGGAAGGCATTACATGTGATGGGGATCTTAGAGTCACACATCTTTTGCTACCTTCTAGAGGCCTCACTGGCTTCATCTCCCCCTCTCTCACAAACCTCTCTTCTCTCTCTCACCTTAATCTCTCCCATAACAGATTATCTGGTGGTCTCCAGCACCAGCTCTTTTCATTGCTCAGTCACTTGGTGGTTCTTGATTTGAGCTACAATCGTCTGTCTGGTGAATTGCCACCTTTTGTTGGTGATAACAGTGGCAAAAATAGCAGTGGTGCTGCTATCCAGGAGCTGGATTTGTCCAGCAACTTTTTCAACGGGACACTTCCAAATTCTTTGCTCGAGAACTTGGCAGCTGCTGCAGCTGGAGGAAGTTTGGTGTCTTTGAATGTTAGTAATAACAGCTTCATAGGTCATATTCCCACTTCCCTCTTTTGCATTAATGACCGTAACTCCTCCTCTCTCAGATTCTTGGATTATTCCTCCAATGATTTTGATGGTGCCATTCAGCCTGGACTTGGAGCATGTTCCAAGCTGGAGAGATTTAGAGCAGGCTTCAATTTTCTGTCAGGGCCTATTCCAAGTGATCTTTTTGATGCTGTTTCTCTCACAGAAATCTCATTGCCCCTCAATAGACTCACTGGAACAATTGGCGATGGTATAGTTGGCCTTACCAACCTCACAGTTTTGGAGCTCTACTCCAATCATTTCACAGGTTTCATCCCCCGTGAAATTGGTAAACTCTCCAAGTTGGAACGGCTACTCCTTCATGTCAACAATTTGACAGGTACTATGCCCCCGTCTCTGATGAACTGTGTCAATCTTGTGGTCTTGAATTTAAGGGTCAATCTCTTGGAGGGAAATCTCTCTGCATTCAATTTCTCAGGATTCCTCAGCCTTACTACACTTGATCTTGGCAACAATTATTTTATCGGTGGTTTACCACCAACCCTTTATGCATGCAAATCACTTTCAGCTGTGAGGTTTGCATCTAATCAGCTTGAGGGAGAGATTTCTCCCAGGATACTTGAACTAGAGTCTTTGTCTTTCCTATCAATTTCTACTAACAAGTTGAGGAATGTTACTGGGGCTCTGACAATACTCAGGGGTCTCAAAAACCTCAGTACCCTTATGCTCTCCAAGAATTTTTTCAACGAAATGATACCTCAAGATGTGAACATAATAGAGCCAGGTGGATTTCAAAAACTGCAGGTTTTAGGATTTGGTGGTTGTAATTTCACTGGTCAAATACCAGGCTGGCTTGTGAAACTTAAGAAGCTTGAGGCCTTGGACCTGTCCTTTAATCAAATCAGTGGTCCAATTCCTCCATGGTTGGGTAGACTTCCTCAACTTTTCTACATGGACTTGTCTTTTAACCTCCTTACTGGTGTAATTCCAGTAGAGCTCACAGAACTCCCAGCACTGGCATCACAACAGGCAAATGATAAAGTAGAAAGGACTTATCTTGAGCTACCTGTCTTTGCAAATGCAAATAATGTTTCCCTACTGCAATATAATCAGCTTTCAGCCCTCCCCCCAGCAATATATCTGGGAAACAATCACCTTAATGGCAGTATCCCTATTGAGATTGGAAAACTCAAAGCCCTTCTTCAGCTGGACGTGAAAAATAACAGCTTCTCTGGTGATATACCCGTTCAGTTTTCAAACCTGACTAACTTAGAGAAACTAGACCTCTCAGGAAACCAACTATCTGGTGAAATTCCTGAATCCCTTAGAAAATTACATTTCTTGTCTTTTTTCAGTGTAGCCTTCAATAATCTTCAAGGACAGATACCAACTGGTGGTCAATTTGATACTTTCTCCTATTCCAGCTTTGAAGGAAACTCGCAATTGTGCGGTCCAGTCATTCAGCGTTCTTGTTCTCAACAAAATACTTCTACTAATACTACTCCAGCTAGTCACAGCTCAAACAAAAGAATAATGATTGCACTTGTCATTACAGCCAGTTTTGGCTTTGGCTCCTTGATAACAGTGTTGACTCTGTGGATACTGTCCAAGAGAAGAGTCAATCCAGGTGGAGAGCTAGACAAGATTGAAATGGAATCAATTTCTGCCTACTCCAACAATGGAATTCATCCAGAAGTTGACAAGGAGGCTAGCCTGGTGGTATTGTTCTCCAACAAGAATAATGAAACCAAGGACCTCACCATATTTGACATCCTAAAAGCCACTGAAAATTTCAGTCAGGCAAACATAATAGGATGTGGGGGTTTTGGTTTGGTTTATAAAGCAACACTACCAAATGGAACCACAGTTGCCATCAAGAAACTTTCAGGAGACTTGGGCCTCATGGAAAGGGAATTCAAAGCAGAAGTAGAGGCTTTGTCAACAGCACAACATGAGAATCTGGTGGCATTAAAAGGCTATTGTGTGCATGAGGGATTCCGGCTTCTCATGTATACATACATGGAAAATGGAAGCCTTGATTACTGGTTACATGAAAAGCCTGATGGTGCTTCCCAACTTGATTGGCCAACTCGCTTGAAGATTGCACAAGGGGCAAGCTGTGGCTTAGCTTATTTGCATCAGATATGTGAACCACACATAGTGCATCGCGATATAAAGTCAAGCAACATACTCCTTAATGAAAATTTTGAGGCACATGTTGCTGATTTTGGGTTGTCCAGGTTGATTCTTCCATATCATACTCATGTTACCACTGAACTTGTTGGTACATTAGGCTATATTCCCCCTGAGTATGGACAAGCATGGGTGGCTACTCTGAGAGGAGATGTGTACAGCTTGGGTGTTGTCATGCTTGAGCTGCTAACTGGGAGGAGGCCTGTAGATGTATGCAAGCCAAAAATGTCAAGGGAGTTGGTTGGCTGGGTTCAACAAATGAGAATTGAAGGAAAACAAGATCAAGTATTTGACCCTATTCTGAGAGGGAAGGGGTTTGAAGGAGAGATGCTGAAGGTGCTGGATGTGGCTTGCATGTGTGTCAGCCACAATCCTTTCAAGAGACCAAGCATCAGAGAAGTTGTTGAATGGCTGAAGAATGTAGCATCAGACAACCAGCCAGCACAGAAATAA

NIPGR © 2020

This project is funded by the Department of Biotechnology
Ministry of Science and Technology
Government of India

Visits: 1322888