Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_36062 LG11 11187532 11190755 PREDICTED: scarecrow-like protein 6
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/G 11187813 3_prime_UTR_variant
T/A 11188161 synonymous_variant p.Arg641Arg
G/T 11188380 synonymous_variant p.Arg568Arg
A/G 11188855 missense_variant p.Val410Ala
T/A 11189269 missense_variant p.Glu272Val
T/A 11189314 missense_variant p.Glu257Val
G/A 11189588 stop_gained p.Gln166*
C/A 11189591 missense_variant p.Asp165Tyr
A/G 11189601 synonymous_variant p.Phe161Phe
G/T 11190284 intron_variant
A/T 11190730 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_36062.1
MKAMPFPFEEFQGKGVLDFSPGSDSFSLLLHHPQAKWTIDKEDYCYVGSTEPTSVLDSRRSPNSSTVSSSLGSSNTISKGGSGGSTNNTTCYTPTLSQNPQTALETSTEKCGVRMEDWESQDQSILRLIMADAEDPSVGLSKLFQGSGCGSQQTVDFNAGFGVVDQGLNMVSIVDPSGNYPGFPFIAENIDGHNGSKTGSLSVGESMFSVSGNNSLLLSTSPGGFNSQQQVIGEVDEKPQVINPQFELNQTQLQFSENPSFFVPMMYPQLQEQQVFSQHPAKRPVFEPAGYSYQAPRLPLLDSGQEMFGRRQQTQLPLFPHHMPPQIVPSAKPQKASSTGEDASQQLQQAIFDQLYKTAELIEAGNPVHAQGILARLNHQLSPIGRPFQRAAFYMKEALLSLLHSNPHNVLAFSPISSIFKIGAYKSFSEISPIIQFANFTSNQAIIEALERFDRIHIIDFDIGFGVQWSSFMQALAMRSNGVPSLKITAIVSPLSYDEFELNVTQEKLNQYAKEINMSFELNVLSIESLSSPSCPLSVQYYDNEATAVNMPLSCFTNYPTLFPLVLRFVKQLRPKVVVTLDRNCDQLDAPFSTNIVHALHCYSALLESLDAVNVNLDVLQKIEKHFILPALKKTITCPLRSQEKLPTWRNMFLQYGFSPFTFSNFTEAQAECLVQKAPVRGFQLERKHSSLVLCWQRKELITVSTWRC*


CDS Sequence:
>Vu_36062.1
ATGAAGGCCATGCCCTTTCCTTTTGAGGAGTTTCAAGGGAAGGGAGTGTTGGATTTTTCTCCAGGCTCAGATTCATTTTCATTGCTTTTGCATCATCCACAAGCAAAGTGGACCATAGACAAAGAGGATTATTGCTATGTGGGCAGCACTGAGCCCACCTCAGTTCTTGATTCCAGAAGAAGCCCAAACTCTTCCACCGTGTCCTCTTCCCTTGGCAGCAGCAACACCATCAGCAAGGGTGGCAGTGGTGGTTCAACCAATAACACCACTTGTTACACCCCAACCCTTTCTCAGAACCCTCAGACAGCATTGGAAACCAGCACAGAAAAATGTGGAGTGAGAATGGAGGACTGGGAGAGTCAAGATCAATCCATTTTGAGACTAATCATGGCAGATGCTGAAGACCCTTCTGTAGGTTTGAGCAAGCTCTTCCAGGGCAGTGGCTGTGGCTCTCAGCAAACCGTTGATTTCAATGCTGGTTTTGGTGTTGTGGATCAAGGGTTGAATATGGTAAGTATTGTTGATCCTTCAGGGAATTACCCTGGTTTCCCTTTTATTGCTGAGAATATAGATGGCCATAATGGTAGTAAGACTGGTTCTTTGTCTGTTGGAGAATCCATGTTTTCTGTTTCTGGTAACAATTCTCTGTTGTTGTCAACATCTCCTGGTGGGTTTAACTCTCAGCAGCAAGTGATTGGAGAGGTGGATGAAAAGCCTCAAGTCATTAATCCCCAGTTTGAGTTAAACCAGACTCAACTTCAATTCTCTGAGAACCCATCTTTCTTTGTGCCAATGATGTACCCCCAATTGCAGGAACAGCAAGTTTTCTCTCAGCATCCAGCAAAACGCCCTGTTTTTGAGCCTGCTGGGTACAGTTATCAGGCTCCAAGGTTGCCCCTTTTGGATTCTGGGCAAGAGATGTTTGGCAGGAGGCAACAAACACAGCTTCCATTGTTTCCTCATCACATGCCACCACAGATTGTGCCATCTGCTAAACCGCAGAAGGCTAGTTCCACCGGAGAAGATGCAAGCCAGCAGCTTCAGCAGGCTATATTTGACCAGTTATACAAAACTGCTGAGCTGATAGAAGCTGGGAATCCGGTTCATGCGCAAGGGATATTGGCGCGGCTCAATCACCAGCTCTCCCCAATTGGTAGGCCTTTTCAGAGGGCTGCTTTCTACATGAAGGAGGCCTTGTTGTCTCTGCTTCATTCAAATCCTCACAATGTCTTGGCTTTCTCACCCATCTCTTCCATTTTCAAAATCGGAGCTTACAAGTCCTTTTCGGAGATATCACCTATCATTCAGTTTGCCAACTTCACCAGTAACCAAGCCATCATTGAAGCCTTGGAAAGGTTTGATCGTATTCACATTATCGATTTTGATATTGGGTTTGGAGTGCAATGGTCTTCTTTCATGCAAGCACTTGCCATGAGGAGTAATGGTGTGCCTTCCCTCAAAATCACTGCCATTGTGTCACCCCTCTCTTATGATGAGTTTGAGCTCAATGTGACTCAAGAAAAGTTGAACCAATACGCCAAAGAAATCAACATGTCTTTTGAGCTCAATGTCTTAAGCATTGAGTCATTGAGCTCTCCTTCATGTCCACTCTCTGTTCAGTACTATGATAATGAAGCAACTGCTGTGAACATGCCACTTTCCTGTTTCACAAACTACCCTACATTGTTTCCCTTAGTCCTTCGCTTTGTGAAGCAGCTTAGGCCAAAAGTGGTAGTCACTCTTGATAGAAATTGTGACCAATTGGATGCACCATTTTCCACCAATATAGTCCATGCTCTTCATTGTTACTCAGCCTTGCTTGAATCACTTGATGCTGTGAATGTCAACCTCGACGTCCTCCAAAAGATCGAAAAGCATTTCATCTTACCAGCCCTTAAGAAAACCATAACATGTCCCCTTCGATCACAAGAAAAACTTCCTACTTGGAGGAACATGTTTCTTCAATATGGCTTCTCTCCATTCACATTTAGCAACTTCACAGAAGCTCAAGCTGAGTGTTTGGTGCAGAAGGCACCTGTAAGGGGATTCCAATTGGAGAGAAAGCACTCATCTCTTGTTCTTTGCTGGCAGAGGAAAGAACTCATCACAGTTTCAACTTGGAGATGCTGA


Promoter Sequence:
>Vu_36062::LG11:11190755-11192755(-)
CATCCAAGATAGCTTTTCGAATTTAATATTGATTGTCAACCAAAAATTAGACAATACATACTTCTCGAATTTAATATAATTTTCATTACTTATATTACATTTTATATCACATTTCATCATAGGATAAATTGATAAACATCTATTTTTATCAATTAAAATATTTTTTAATCTATCATCATTCACAAACTCATAAATTTTTCATTAAAATTTAAGTCATTCCTTCAAATCTTTTAATCCAAACAATCTCATAATCTACTTTCTATTTCTCAAAATCCATTTATTCACATTCTATTAAATCTTCTTCCTGATCCAAAACACTACCTAAATAAATCAATTCTGATAATAAATTAAATCATATTAAAAAATTTGAGATTCATAAAAGAAAATAGTCAACTGAATTAAATCAACTCATTTATAACTCGAACTCATTTTAAAAACCTATAAAGTCACAATGTATATATTAGAAGTTATATTAATAACTCAAAAGAAAAAAAAAACAACTAAGGAGAAAGTAGTGAATTTGAAAATTTTGAACTTTAAATCAATAAAAATGAATTTTAATTTAAAAATGAACTTTTATTGTTTAAAAAAATTATTATCTGTTTTTCTTCGTCTCTATTTTCTTTTCCTGGACTAAAAATAGCATATAAAAAAACACTGACAAAGGACCTTGGATTGGAAGGAAACTAGAAACCAAACATGGTCCTAAGATGTCAACACAGAAACATAATGCCATGGCAAAACATAATGATGTCTTGCTATGGAATGATAGCAAAAGCATGACAACACATGATATATATTGCTTCTAATAGTAGGTTGGTAATTAAACAGCAATTATTGTCGATCGTTATTATGAGATTTTCTTAATTTCATTGCAAATTTTAGATAATCAATTTATTTAATATCTAGAAAGGAATCTCAATAACTACTCTTCCCATAAAAATAACACTCTTTCTCTTTTCTTACTTGTTAGGGACATTACTTTATTTTAACATGCTAGCAAGTATAATAATCCAATTCTAGCTACACGTTCACAAGTATACCTACTCACAACCACTAATGACAAAAGAAAAAATAAAGAGAATATAAATACAAAACTTAGTTACAAAAATACTATAAAATAAAAATTATTTATTTATTTGTTTGATACAATAAAATTAGGTGAAAAATCGAGAAAAATACTTCAACATTATATAAGTTGATTGATTTGAAAATAATAAAAAAAGTATAAATAATATACAAGGTTCTACAAATTTTCAAACTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTCTCTTATTTTATCAAACACAACTTTTAGTTGTGTCATAATTATTTCCCACAATAGTAAAATCATACCGAAATGTTATATAAAAGAATTCAAGGGTTTCATTATTTTAATGTTTTGGAAATGTTTTATTATTATTAAATATTTTTTTCGAATTTTCTTTAAAAAATCAATAATTAATTATTCAGTTTCAAATAATTTTGTATTTTTTAATTTATTTGCAAAAAAAATTATATTAATAGTCATATTTGCAATCGTAAAGATAATATATTTATTAAGAGTGTGAAATTATTCAAAATGATAATTTATACTTATTTTTTTTAGCGAGAAAATAACTTTTATTAATGAGTTTCAAAATTTTATCTATATGTAAGGTTAGGGAACTTATTTAATTTTATTCAAAGCTATTTATGAAAGACTATTACAAAGTTAGTTAGGCAAGTTCAAACAATTGACCAAATCAAAATATCATATGATATGGGGATAAGTTAAAATTGCCACCCTGCAATGCAGTGAGCACTATGCATGTAGATGCAGTATGTGGACTATGCATGTATGGAGTATGACCTAAAAATAATAATTATATAAATAAATAAATAAGAGATATGTGATGCTCACGCGCTACATTTGAGAATGGGAAAACACAGTGAGATGAAAGCAACATTAGCAAAGGGAGAAAAACTACTGTGCAGACAAC


Gene Sequence:
>Vu_36062(-)
ATAGACAACATAAACTAAAAAAAGTTAAAAAATAAAGTAGAAACAGTGATAGAGAGAGAAAGATAGCACTCCATCCCAGAAAACACAAGTAACAAAGAGTGTTTCCCACAGAAAACATAAGCAACAAAGAATCACATTCATGGCATCCTCCCTTTACTTCAACAACTATTTGGAGCTTAATAAGCCACGGATCCAGAAAGAAAAGGACAAGCTTTGAGGGTGTTCTTCAAGGGGTCTTCCTTTTTTTTTCTTTATTTTCTTAAACAAGCAACAAAGAAGAATCACACTCATGGCTTTCTTCCTTCACTGCTGCTGTTTGGAGCATAACAAGCCACAGATCCAGAAAGAAAAAAACAAGCTTTATGGATGCTCAAGTTTTCATCTTTGGAACCCTGTATGTGAGTTAGTGTCCATCACCAATTTTGAATATCCCACCAAAATTCGGAGCCTTCTTGCAGCCCAAAATTTCACCTTTCTGAACTTTAGCATCTGAGTTTGCTTCATTTTCTAAACGCTGTTTGTTTCTGGTTTTGTAGGCCAACCCCATTTGTTCAAAAATAGCTGCTTTCAAACCGGTTTTGAACAAAGGTGCTAACTTTTGAAGAAACTGGAGTCTTTTGGGGGTGGTTGGTTTTGTGGGCTCTTGACACTCTTGTTAGTTAACTTTCTTAGATGAAGGCCATGCCCTTTCCTTTTGAGGAGTTTCAAGGGAAGGGAGTGTTGGATTTTTCTCCAGGCTCAGATTCATTTTCATTGCTTTTGCATCATCCACAAGCAAAGTGGACCATAGACAAAGAGGATTATTGCTATGTGGGCAGCACTGAGCCCACCTCAGTTCTTGATTCCAGAAGAAGCCCAAACTCTTCCACCGTGTCCTCTTCCCTTGGCAGCAGCAACACCATCAGCAAGGGTGGCAGTGGTGGTTCAACCAATAACACCACTTGTTACACCCCAACCCTTTCTCAGAACCCTCAGACAGCATTGGAAACCAGCACAGAAAAATGTGGAGTGAGAATGGAGGACTGGGAGAGTCAAGATCAATCCATTTTGAGACTAATCATGGCAGATGCTGAAGACCCTTCTGTAGGTTTGAGCAAGCTCTTCCAGGGCAGTGGCTGTGGCTCTCAGCAAACCGTTGATTTCAATGCTGGTTTTGGTGTTGTGGATCAAGGGTTGAATATGGTAAGTATTGTTGATCCTTCAGGGAATTACCCTGGTTTCCCTTTTATTGCTGAGAATATAGATGGCCATAATGGTAGTAAGACTGGTTCTTTGTCTGTTGGAGAATCCATGTTTTCTGTTTCTGGTAACAATTCTCTGTTGTTGTCAACATCTCCTGGTGGGTTTAACTCTCAGCAGCAAGTGATTGGAGAGGTGGATGAAAAGCCTCAAGTCATTAATCCCCAGTTTGAGTTAAACCAGACTCAACTTCAATTCTCTGAGAACCCATCTTTCTTTGTGCCAATGATGTACCCCCAATTGCAGGAACAGCAAGTTTTCTCTCAGCATCCAGCAAAACGCCCTGTTTTTGAGCCTGCTGGGTACAGTTATCAGGCTCCAAGGTTGCCCCTTTTGGATTCTGGGCAAGAGATGTTTGGCAGGAGGCAACAAACACAGCTTCCATTGTTTCCTCATCACATGCCACCACAGATTGTGCCATCTGCTAAACCGCAGAAGGCTAGTTCCACCGGAGAAGATGCAAGCCAGCAGCTTCAGCAGGCTATATTTGACCAGTTATACAAAACTGCTGAGCTGATAGAAGCTGGGAATCCGGTTCATGCGCAAGGGATATTGGCGCGGCTCAATCACCAGCTCTCCCCAATTGGTAGGCCTTTTCAGAGGGCTGCTTTCTACATGAAGGAGGCCTTGTTGTCTCTGCTTCATTCAAATCCTCACAATGTCTTGGCTTTCTCACCCATCTCTTCCATTTTCAAAATCGGAGCTTACAAGTCCTTTTCGGAGATATCACCTATCATTCAGTTTGCCAACTTCACCAGTAACCAAGCCATCATTGAAGCCTTGGAAAGGTTTGATCGTATTCACATTATCGATTTTGATATTGGGTTTGGAGTGCAATGGTCTTCTTTCATGCAAGCACTTGCCATGAGGAGTAATGGTGTGCCTTCCCTCAAAATCACTGCCATTGTGTCACCCCTCTCTTATGATGAGTTTGAGCTCAATGTGACTCAAGAAAAGTTGAACCAATACGCCAAAGAAATCAACATGTCTTTTGAGCTCAATGTCTTAAGCATTGAGTCATTGAGCTCTCCTTCATGTCCACTCTCTGTTCAGTACTATGATAATGAAGCAACTGCTGTGAACATGCCACTTTCCTGTTTCACAAACTACCCTACATTGTTTCCCTTAGTCCTTCGCTTTGTGAAGCAGCTTAGGCCAAAAGTGGTAGTCACTCTTGATAGAAATTGTGACCAATTGGATGCACCATTTTCCACCAATATAGTCCATGCTCTTCATTGTTACTCAGCCTTGCTTGAATCACTTGATGCTGTGAATGTCAACCTCGACGTCCTCCAAAAGATCGAAAAGCATTTCATCTTACCAGCCCTTAAGAAAACCATAACATGTCCCCTTCGATCACAAGAAAAACTTCCTACTTGGAGGAACATGTTTCTTCAATATGGCTTCTCTCCATTCACATTTAGCAACTTCACAGAAGCTCAAGCTGAGTGTTTGGTGCAGAAGGCACCTGTAAGGGGATTCCAATTGGAGAGAAAGCACTCATCTCTTGTTCTTTGCTGGCAGAGGAAAGAACTCATCACAGTTTCAACTTGGAGATGCTGAACTAATTATTACCTTATATTAAGGTGATTCATAACTCACTACCTAGTTTATGTAATTTCTTATGTATTTAGGCTTTTCAATGAGATTCACCACCCATCTAGATTCTAAGATTCTACAGTTGTGTGTTACTTACTACTTAAAATATTTCCCATTTCTATTGTCTAAGGATTGGTGAGTTTCCTGGTTGTTATCTTGAGGGCAAAGCAAATTGCTTTGGAAGAAAAGAACAATTTAGCCAAGAAGGGTGGTGACTCTGTTCATCTCCATGCTTTAGCTTTGTCTTGTTTGGTGATGATTGCTGTGTTAGGTTCTGAATTTGGCATACATGATCTTAATGTGTAGCATGAACATCTTGTGCCAATTTTATGTATATATATGCAGGTATTTTGTTATAGCATTTAATCTAGTTAACTTTGATGCAT