Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_35166	LG10	18258956	18262835	PREDICTED: plant intracellular Ras-group-related LRR protein 4-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/T	18259191	3_prime_UTR_variant
A/T	18259330	3_prime_UTR_variant
G/T	18259454	3_prime_UTR_variant
C/A	18259455	3_prime_UTR_variant
A/T	18260083	synonymous_variant	p.Ala526Ala
G/A	18260200	synonymous_variant	p.Ser487Ser
C/T	18260201	missense_variant	p.Ser487Asn
A/T	18260624	stop_gained	p.Leu346*
G/T	18260953	missense_variant	p.Ser236Arg
C/T	18261079	intron_variant
T/C	18261256	missense_variant	p.Asn194Ser
T/A	18262025	5_prime_UTR_variant
C/T	18262032	5_prime_UTR_variant
T/C	18262033	5_prime_UTR_variant
C/A	18262038	5_prime_UTR_variant
T/C	18262043	5_prime_UTR_variant
T/G	18262070	5_prime_UTR_variant
T/A	18262075	5_prime_UTR_variant
A/T	18262330	5_prime_UTR_variant
G/T	18262338	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_35166.3

MESWTSVDGVVEEIMRIHRSLPPRPSIEEVEVARGLIVNVEKEDQARLEAIARQSKGVDVPEELFMVLQEMQRNVVYYQSKEQKREALKLLDLDNVHSLFDELIQRASKCVSSPSAPASRKTSYSNGPVSSVSSNLSMNSVSASVSVGGFDKPPPVPAATAATSKMFHADKERPELVTRDDSYVKKVKSSFYSNGYGVIGVEPTIPSKASILNPSLKATAPAGQDGDKLSLIKLASLIEVSAKKGTRDLNLQNKLADQVDWLPDSIGKLSSLVTLDLSENRIMALPATIGGLSSLTRLDLHSNKISELPDSVGNLLSLVYLDLRGNQLTLLPASFTRLIRLEELDLSSNQISALPDTLGSLVRLKVLNVETNDVEELPHSVGNCSSLRELRLDYNRLKALPEAVGKIQSLEILSVRYNNIKQLPTTMSSLTNLKELNVSFNELESVPESLCFATSLVKMNIGNNFADMRYLPRSIGNLEMLEELDISNNQIRVLPDSFRMLTRLRILRAEENPLEVPPRDIAEKGAQAVVQYMAELVEKSEKKDIKSQPLKQKKSWAQMCFFSKSNKRKRDGVDYVKT*

>Vu_35166.1

>Vu_35166.2

CDS Sequence:
>Vu_35166.3

ATGGAAAGTTGGACATCGGTGGATGGGGTGGTGGAGGAGATTATGAGGATTCACAGATCTCTGCCGCCGCGTCCTTCGATTGAAGAGGTGGAGGTGGCCAGAGGTTTGATCGTCAATGTCGAGAAGGAAGACCAGGCCAGGCTTGAGGCCATAGCGCGACAGAGCAAGGGTGTGGATGTGCCCGAAGAGCTCTTTATGGTGCTCCAAGAGATGCAGAGGAACGTCGTGTATTACCAGAGCAAGGAGCAGAAGAGGGAGGCTCTCAAACTTCTCGATCTCGACAACGTTCATTCTCTGTTCGATGAATTGATTCAGAGAGCTTCCAAGTGCGTTTCATCTCCCTCTGCACCTGCTTCTCGCAAAACATCCTACTCTAACGGTCCCGTTTCCTCGGTTTCCTCGAATTTGTCCATGAATTCTGTTTCTGCTTCGGTTTCCGTTGGTGGTTTTGATAAGCCCCCACCTGTACCTGCTGCCACTGCTGCTACTTCTAAAATGTTCCACGCGGATAAAGAACGTCCTGAATTGGTCACGCGGGATGACAGTTACGTCAAGAAGGTCAAGTCCTCGTTTTACTCCAATGGGTATGGAGTTATTGGAGTTGAACCCACTATCCCTTCCAAAGCCAGTATATTGAATCCATCGTTAAAGGCCACAGCTCCCGCAGGTCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATAAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAGTGTCTGCGAAGAAAGGGACTCGTGATCTCAATCTGCAGAACAAGTTGGCGGACCAGGTTGATTGGCTGCCTGATTCGATAGGGAAGTTGTCGAGTTTGGTTACTCTTGATTTGTCAGAGAATCGGATTATGGCCCTACCTGCTACGATTGGAGGGCTTTCATCATTGACCAGATTGGACTTGCATTCCAATAAAATCTCTGAGCTTCCTGATTCTGTTGGAAATCTTCTCAGTCTGGTTTATCTTGATCTGCGGGGAAACCAGTTAACTCTTCTGCCTGCTTCTTTTACCAGGTTGATACGTCTGGAGGAGCTTGATTTGAGTTCAAATCAGATTTCAGCGCTTCCCGACACTCTAGGGTCGCTTGTTAGACTAAAAGTATTGAATGTGGAAACGAATGATGTAGAGGAACTTCCTCACTCTGTTGGTAATTGTTCTTCCCTCAGGGAGCTTCGTCTTGACTATAACCGACTCAAGGCCCTGCCTGAAGCTGTTGGAAAGATTCAGAGCCTCGAGATTTTGTCTGTGCGGTACAATAACATCAAACAACTACCTACGACAATGTCATCTCTAACAAACCTCAAGGAACTTAATGTGAGTTTCAATGAGCTCGAGTCTGTGCCCGAGAGCTTGTGTTTTGCCACCTCGCTTGTCAAGATGAACATAGGCAACAATTTTGCTGACATGAGATACTTACCGAGATCCATTGGGAATCTTGAAATGCTTGAGGAATTGGATATCAGCAATAATCAGATACGTGTGCTTCCTGACTCGTTTAGGATGCTCACTCGACTGCGCATCCTGCGAGCAGAAGAGAATCCTCTTGAAGTTCCACCAAGAGATATAGCTGAGAAGGGAGCTCAGGCTGTTGTTCAATACATGGCTGAGCTTGTTGAGAAAAGTGAAAAGAAGGATATTAAATCACAGCCTCTTAAGCAGAAAAAGAGTTGGGCTCAGATGTGCTTCTTTTCAAAATCTAACAAGAGAAAGCGTGACGGGGTTGATTATGTGAAAACATGA

>Vu_35166.1

>Vu_35166.2

Promoter Sequence:
>Vu_35166::LG10:18262835-18264835(-)

AATCACCAATACACATGCAAGTGATGGTCGGATTCGAGGAGAACCTGTGAGAACCTTAATCGCAAAATCTCCTATCAAGGTTTGTACAGAACATGTTTACTTCTGATAAACGTTAATGAGAAAGATTATAAAAATGAAGTTGCAGGTGATGCTTAGCACAAGGAATAAAAATGTTACAGAGGAGATGGCGTGTAAAGAATAGGAGAAGGAAAATTAAGTTTCATGCTTTATTTCATGGCTACGTTGAAGGAGCTGAATGAAACAAACTACCTATTTCATATTTTCATGCTTTATTTCATTAAATCTTACCGATACATGTATCATTTTCATTTCCTCATTTCGTAATAAAAGGGAAAATTTTAAAATTTTTTAACACATTGCATCATGTCTTTCTAATAATAATATTACCGAGTGTGTAGATGGGAAATTTTGAAGTAATTAATTTTTTAGAGAATTTAAAATTTAGAGTTGCGAAATATATTATCTGAATATGAAATTTAAAAAAAAACTGAAATTTTAAAGTTTATGAAAGTAATTAGATTCTTCAAATTTAAAACTTTCAAATTTTTTGTAGTTTCTTCTTAATTTTAATTTTAGTTGTATCTATTTGACTAAGATGAAAACATTAAAGGAATTATTATTTTTCAACTAATATTAATAAAACAATTTTTTATTGATATTAATAAAAGTCTTCTGTGATTTAAGTTATTAATTGTTTTTCGTAAATAACTATTATTTCTTGATATTTAGTTAAAATTTTCTTTATGAGAAGGTTATTTTTTTTATGAATGTAAATTTGATTTTTAATGTTAATCAGAAAAACAAATTTCTCTATATGCAACCTCCTCAATCGAAATTAAATTTATTTTATCAAATATCAATTAAAAATTTGTTAAAAAAAAGTCAATAGAAAAAAATCCACTATCAACATTATAAAAATCACCTCAATCAATATCAGACTAAATAATTCTAACTGAAAATAATCTCAAGTTGTTTGAAATATACTTTTATATTTCTGAAACACCCATCTTTTCTCTCTCCTTCACATCTTCACCTTTTCATCATCTTACATAAGTAACTTTTCTTAATATAGTTATGTTCTAGAATTTGCTAGTTTTTGGTGGTCCTCTTTTCTGTTTCTTTACCTTCATTTTTTCTTTTAAGCTTTTAAGACACAGAAGATCAAAAGTGACGTGTGATAAAAAAATGGCGTAGGCCGGTTCACGAAGAAGGATTTCTTCTGGAAGGTTTGGATCCGTTGGAAGGAATTGCAAGTTTGGTATTTTAAATGTACTTTCAAACAAATAACCTTAAATTCCTCAAATTTTAATCCTTTAGCAGCATCCATCTTTTGCAACCGTTGATGTCTTATCACAACTTGTTCCAAAAATTAAAAACATGTATGAGTTTCATTTTATGAGCTGATTTCACCCTACCCAGTTAAACATGCTTTAAAAACATTTACTCACTTTTTCATGAGTTAAATAGTTATTGTTCTTGCAAACCTGTGGATTGAGCTGGTTTAAGGCATTTAAAAAATATATATATACTATTTATTTAATTTTCTAAATTAGGTTAACCAGTTGGTAAGTCAACATACTTAACTCAATAATAGATTAAGCGAAGTCGTGTATTCTGTTAGCTGATTCATAAGAGGGTAAATCAGATTAATTTTACCCATAAAGAATGAAAATGAGTTGCGAGGTTGTTCACCGTCACAAATCCAAAAATACACTAACAGTGCTTAAGCTTCACTACAAATAACGTGCGTGTTCGGGGAAGATTCCATCTTTACTAAGAAAAAAAACTGAACTAATTAAAAAGCATGTCGCTTTCACCAACACTGCAAATGCGCGTTTAATACAGACTGTTTTGGTAAATAAGTATATTGTGGGTATTTTGAAGCAAGTGTGACAGAAGTTGAATGGAAAAAAAATGTAAACTTTGAATAGTGTTGAAGAGGTAAGTTTATGTTTGATTACGTATGGGATGGAAAGGTG

Gene Sequence:

>Vu_35166(-)

AAAAATTGGAGAAGAAAGGGAATATATTTAGAGAAAGGGTATTGGAGAAGAGTGGATGAGGATGATGATGATGATGCATAATGGTGGTTGGTTGGTTATGTAGATACTAAATAGGTGTAGGAGGAAGATGGTAACATGTACACGGGGTTCGCCTGAAGTTAAGGGGACAGGTAATGGCAGAGCACGTGAGGGTGAATCAGAGATCCATGGAGATCATGGGACGACTATCATATCACATCATGTCAAGCATTGATCCAGAGTTTGAAAGAGGCCCATGAACACAACCCTGGTAACACTAACAAACAAGGATAATAAGGGAAGAGGGGTTGGAAAAAAGTGACCGAGTCCATAAATCCAGTGTTGTATCTACCTGTTCCGTGATGAGTTGCAGTCTTGTGTTGGGTTAGCCGCAGAAAAGGGTTATGGCATTGCCAGTGCCAGCTGGATACACCTTTCGACGTGTCCCCCCTCTTCCCTTTCCTACAAACTTATTTATTCTTATTATTATTTTTTATTATATGCTCAATTTTGTTTCTATCTCATAACTGGGTGTCACTGTTACGTGGGATAACTCAGGAAATTATGATGAATTTATTTGAATTTGTTGGGTATAAATAGGTGGGAATCAACAAAATAATAGAGCCTGAGGCTGGTTTGACGAAGGCGTTAATAAAACAGCGGGCCGGGGAAAACAAAGTTAACGGGGACAGAGGGTGTGGTCGTCCTGTTATTTAAGGAAAGGGAGGAGGGTAAAGGGGGAAACTAAAAAAAGTGGCGCATAAGACAAAAGAGAGAGGGAAGTAGAACAAGAAGTAGAAGAAGAAGAAGTAGTAGTAGAAGAAGTTGAAGAAGTTGAAGAGGGAAGAAGAAGAATAATAAGAGAGAAGGGTAGGAGATGTTTTGTTTACACTGAAAGCACAATCCTTTTCCTTGTGGGATTTCAGATCTCTCTCTGGAATGAGGTGGGGAGGTTTGTGAAAATTTGGGGTGGTTCGGAAGATGGAAAGTTGGACATCGGTGGATGGGGTGGTGGAGGAGATTATGAGGATTCACAGATCTCTGCCGCCGCGTCCTTCGATTGAAGAGGTGGAGGTGGCCAGAGGTTTGATCGTCAATGTCGAGAAGGAAGACCAGGCCAGGCTTGAGGCCATAGCGCGACAGAGCAAGGGTGTGGATGTGCCCGAAGAGCTCTTTATGGTGCTCCAAGAGATGCAGAGGAACGTCGTGTATTACCAGAGCAAGGAGCAGAAGAGGGAGGCTCTCAAACTTCTCGATCTCGACAACGTTCATTCTCTGTTCGATGAATTGATTCAGAGAGCTTCCAAGTGCGTTTCATCTCCCTCTGCACCTGCTTCTCGCAAAACATCCTACTCTAACGGTCCCGTTTCCTCGGTTTCCTCGAATTTGTCCATGAATTCTGTTTCTGCTTCGGTTTCCGTTGGTGGTTTTGATAAGCCCCCACCTGTACCTGCTGCCACTGCTGCTACTTCTAAAATGTTCCACGCGGATAAAGAACGTCCTGAATTGGTCACGCGGGATGACAGTTACGTCAAGAAGGTCAAGTCCTCGTTTTACTCCAATGGGTATGGAGTTATTGGAGTTGAACCCACTATCCCTTCCAAAGCCAGTATATTGAATCCATCGTTAAAGGCCACAGCTCCCGCAGGTAATCGATCGTATATGATATGCTGCTCAACGTTCAATTTTGTTTTTATTGGCTTTGTTGTTTAGTTACTGAGTGGTGGAATTAGGTTTTGTCGTTGTTATTTGGTATTTTGCTGCTTGTATTGGACGTTGGGAGTGAAAGTGTGGGAAATCGTGTTTGTTAATGTTGTTTTGCAGGTCAAGATGGGGATAAGTTGAGTTTGATAAAGCTTGCTAGCTTAATTGAAGTGTCTGCGAAGAAAGGGACTCGTGATCTCAATCTGCAGAACAAGTTGGCGGACCAGGTTGATTGGCTGCCTGATTCGATAGGGAAGTTGTCGAGTTTGGTTACTCTTGATTTGTCAGAGAATCGGATTATGGCCCTACCTGCTACGATTGGAGGGCTTTCATCATTGACCAGATTGGACTTGCATTCCAATAAAATCTCTGAGCTTCCTGATTCTGTTGGAAATCTTCTCAGTCTGGTTTATCTTGATCTGCGGGGAAACCAGTTAACTCTTCTGCCTGCTTCTTTTACCAGGTTGATACGTCTGGAGGAGCTTGATTTGAGTTCAAATCAGATTTCAGCGCTTCCCGACACTCTAGGGTCGCTTGTTAGACTAAAAGTATTGAATGTGGAAACGAATGATGTAGAGGAACTTCCTCACTCTGTTGGTAATTGTTCTTCCCTCAGGGAGCTTCGTCTTGACTATAACCGACTCAAGGCCCTGCCTGAAGCTGTTGGAAAGATTCAGAGCCTCGAGATTTTGTCTGTGCGGTACAATAACATCAAACAACTACCTACGACAATGTCATCTCTAACAAACCTCAAGGAACTTAATGTGAGTTTCAATGAGCTCGAGTCTGTGCCCGAGAGCTTGTGTTTTGCCACCTCGCTTGTCAAGATGAACATAGGCAACAATTTTGCTGACATGAGATACTTACCGAGATCCATTGGGAATCTTGAAATGCTTGAGGAATTGGATATCAGCAATAATCAGATACGTGTGCTTCCTGACTCGTTTAGGATGCTCACTCGACTGCGCATCCTGCGAGCAGAAGAGAATCCTCTTGAAGTTCCACCAAGAGATATAGCTGAGAAGGGAGCTCAGGTAACTTCCTTTTTTGTTTTTCTTGTTTAATATTGTTCCCTTGATATTTCAATCTGTGTCATTTACCTCAATTTCCATGTGTTGGTTCATCCTAGGCTGTTGTTCAATACATGGCTGAGCTTGTTGAGAAAAGTGAAAAGAAGGATATTAAATCACAGCCTCTTAAGCAGAAAAAGAGTTGGGCTCAGATGTGCTTCTTTTCAAAATCTAACAAGAGAAAGCGTGACGGGGTTGATTATGTGAAAACATGATTTCATTCGGCAACACCGATGTTGGCAAGCAACAGATTCCATGTGTAAGTTGATTTGTTTTCTAGTTCTGTATACATCTACTGCAAAATTGATATTTGGGTATTAACCATGAAATATTTGTTCTAGGCTTAATTCTGGGTGAGTGTTCCCACTTACTGATTATTTAAGGGTGCATTTGGGTAAAAACAATTTAATTAAGCATTTATTCAATCTGTTCGTATCATATGAGAGCTCATCTCGTAAATTTAACCCAGAAACTTGTTGAAATAATCTGAAAATAACTTATTTGATAAGCTTACTCATGAAGATGATTAAAATGAGCTTGTATAGAGAATGATATGAGCTTATTTTCATCAGTTCAAGCTTCAAAGAGGCTCATCTAAACACCCTGTTCAGTGATCAATACTTGTTGCATGGTTGGATTTCTGTGGAGGGGACGATAGCAAAGAGGGAAGTAATGGCTGCTGATGTTTATTATTTTCCTATGTGACAGGGATATGCATTTAAAAATAGAGACAAATATATCCCTCAGTGTGCGGTCAATAATATGCAGAGATATGGATCGTGCGTGCATAAATTGACAGCCTTCGTAGGCAGTTATAATTTGCTTTGACTTGACGGCACAAATTGTAGATTTCTTGTTCAATATTTTCTGATTTTCTTTCCCTGTATAATTTGAATTTTCTATTTATTTCATTTGTATTCTGTTGTCTTGAAAGTAGAAAGAAGTGTACACAATCCAAAAGGCAAACAGCGATGGATAGTGGGAGAGGAACCGAAGATGAATATGTACTATCTATCGTTATGTATGTACAATTGTAACTTCACTCTATTGTTAAATGAATTACAGGTTACCCTTTGTACCACGTTCAC