Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_35000 LG10 16537607 16540262 PREDICTED: protein SHI RELATED SEQUENCE 1-like isoform X1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 16537699 5_prime_UTR_variant
G/A 16537747 5_prime_UTR_variant
A/T 16537749 5_prime_UTR_variant
A/T 16537764 5_prime_UTR_variant
G/T 16537768 5_prime_UTR_variant
A/G 16538390 missense_variant p.Asn14Ser
A/G 16538667 synonymous_variant p.Gly106Gly
A/C 16538673 synonymous_variant p.Gly108Gly
G/C 16538818 missense_variant p.Glu157Gln
T/C 16539010 intron_variant
C/A 16539947 missense_variant p.Pro303His
T/C 16540002 synonymous_variant p.Ser321Ser
C/T 16540018 3_prime_UTR_variant
C/A 16540117 3_prime_UTR_variant
T/C 16540132 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_35000.1
MAGLFSLGGRGNNNNNEEEIPPPPDTLYWYNNKNDDVSSYHRGGGFELWNQQQLQQQQQHFMGQGPPQPRPLFHQDLYSALGVGPSRPISDDQSSSRSSFMVGGSGSGSGGISCQDCGNQAKKDCPHMRCRTCCKSRGFDCQTHVKSTWVPASRRRERQQQLSALQQNMETSGDLPRRQRERDHNNPTSSSPLACTRLPSNPSSSGLEEVNFPAVVRSSAEFRCVRVSSIDEAEEEYAYSTAVNIGGHVFKGILYDYGPEGNSNFLGGAGESSSTGVGGLNLTTGAVVSEPLLDPSSSLYPAPLNTFMPGSGTQFFPHPRS*


CDS Sequence:
>Vu_35000.1
ATGGCGGGTTTATTCTCACTAGGAGGTAGAGGGAACAACAACAACAACGAAGAGGAAATTCCTCCCCCTCCTGATACCCTATACTGGTATAACAACAAGAATGATGATGTTTCTTCTTATCACCGAGGAGGTGGCTTTGAGCTATGGAACCAACAGCAGTTACAACAGCAACAACAACACTTTATGGGTCAGGGTCCTCCACAACCACGGCCTCTCTTTCACCAAGATCTATACTCCGCCTTGGGTGTTGGACCCAGCAGACCCATATCCGACGATCAGTCATCGTCAAGATCCAGCTTCATGGTGGGAGGAAGCGGAAGTGGAAGCGGTGGAATTAGCTGTCAGGACTGTGGGAACCAAGCTAAAAAGGATTGCCCTCACATGCGGTGCAGAACATGCTGCAAGAGCCGGGGCTTCGATTGCCAGACCCATGTCAAGAGCACATGGGTCCCCGCTTCACGCCGCCGCGAGAGACAGCAGCAACTCTCTGCGTTGCAACAAAACATGGAAACTTCTGGAGACCTTCCCAGAAGGCAGAGAGAAAGAGATCATAATAACCCCACTTCCTCTTCTCCTCTTGCTTGCACTCGCTTGCCTTCCAATCCCTCCTCTTCAGGGTTAGAGGAGGTGAATTTCCCGGCGGTGGTGAGATCTTCTGCGGAGTTCAGGTGCGTACGTGTGAGCTCGATAGATGAGGCGGAAGAGGAGTATGCGTACTCAACTGCTGTCAACATAGGAGGGCATGTGTTCAAAGGGATTTTATATGACTATGGTCCGGAAGGTAACAGTAACTTCTTGGGTGGTGCTGGGGAAAGCTCGTCCACTGGTGTTGGAGGTTTGAACCTCACTACTGGTGCCGTTGTCTCAGAGCCACTCCTTGATCCTTCTTCTTCCTTGTATCCAGCTCCTCTTAACACCTTCATGCCTGGTAGTGGTACGCAATTCTTCCCTCACCCACGATCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_35000::LG10:16535607-16537607(+)
AGTTCATGGAACACTCTATATTTACCAAGAACCTACATTAGATAAAGATTGTGCATAAAAACTGTTATTTTATAAGAATCTTCAAATATTAGTGAAACCTTAAAATATAAAATACCCTAATTAATAATATTATATTTATTATTAATGATATTATGTTTATGAGATGTATTATGTACCTTTCAACATGCTTTCTGTATGAATTTGAAATAGATGTAAAATAACTTTTTTTATAAATTTTAATATCATTATATATTTTTATAAATGACATAATTTATTAACTAATCATATGACACGAGAAAGTTTTACATGTAATAATCTAAATTTGTAATGTTTCTAATGATTAGAAAATAATTAACAAGTAATTTGTATTTGTAATTTATTTTGTTTGGATAAATATATTTTAATTTTGTTTATAAAATTACTGAGAATATTTAAAATATACCGTCCCTCTTTTTATAATCAATATTAAACTAACATACATGTCTAACTTTGTTTTTGTAGATTATTTGTCTTCTACGGACACTATAAGAAGATTAAAATGGTAAATATTTTATTTTTCTCTATAAGTTTAGAGCTATAATTAAGTGTTATTGATTTAACTAAAATTATTAAATAGCACACTTTTGAATTATTTATTTTTAATAATAAAAAACAAATTTAACTTTTAATTAATTTTGACATGTTTTTTGCTATCTATATTTTATCCGTTATATTTATTCTCTAGAAGTAAAAATAGATAGAAATATAAAAGAAAAATTAAACACATGTTTGATGACTATAACATAATAAAGAAAAATTTAAATAAAAAATATAAAAAGAAATTAAAAGTCTGAGTTATATCAGAAATCATTACTGAATTTGATGGTTTTTGAATTTTGTTATTCTAAGGATGCATGAATGATTAAAAGAGTTTTAGTAGGTAAAGAGTGTAGTGATGCATGGTGAAAGAGTGTATAGATACATAAAATAAAGAAGAGTACGGTTAGAGGGATGTGGCATGAGGCATGAGGGTGATGCTCATGCGCTGGTATTGCAGGTCGGCGCCTTCTCTTTCTCTTTCTCTCAATTCTCTAACCGTATTAATTCATCACTGTCCCACTTCATTTTAACCCATTAAACTATTCATCATGCGTTCCCACACACCTTCAATGCCCGAGTCAACCCCTTCTTCTCTTCTTCTAATTGCACATTGTTTAAGGAGACACTCACATAAACCTAAGAGTCACTCCATATTATTATAATTATCATCGCTCCACTCTTTGCTTCAACACCTTTCACCTCATTCATTCATTTTTCTAGCTACCTCTCTTTTTTTCCTTTATTAAAATTTAAATATTTAATACCAAAAGAATACACGTACGATCACGATGTGGTGGCGCTCTGTTCCCCTTCATCCACACATAATGTTTGAGGCCACATGATTATTTTTATGGAAACCCGATCAAGTTACCTCTTTTTCACCATCCAAAATCTCTCTACCTCAATAAACTATTTACACCAAAGTTGATTCGTTCATTGTCATAGGGAAAACCAAACCCTCCCTTATGGAAACGCCACAAGTTTTTTCCAACCTCCAATGTTTCTTTTAATTCAATACTCCTTCTATACATACCTATACTTATGTCATTGTCTCACAATATTTTACAAAAATTCTCCCTACTCTTTCATCTAATTTTAACACCCACATATAGGATTATCTCTGGAAATTAATACTAATCAGTAATTTATATAAATAGATCAGGTAGAGGGAAGTGAAGAATTTGAATATAAACGAAAAGGATAATAATAATATCTCACGAAAAAGAAGCGGGTTTTCCGGTAGGAAAGGACAGGGCGCAGAAAGGTATTTGAGGTGACACGTGGAATTATATGGAACGCAGGATATGGATGGGAAGTAATATGGGCCGTGGAGATGAGGTGAATGACATCCATTCCATTAGAATTAGAATTTGAATTTTTGTTTTTGATAAAAAAGAATGAGAGGACTGGTAACTTACTTA


Gene Sequence:
>Vu_35000(+)
ACTGTGGAGTGGGTTTGTTTTTGTGATAGTACTCAGTTGCTAACTTAACCACACCACAGGCCACAGACACAAAAGGAGAAGTGGTCAGAACAAAAAAAAAAGGTCTCATAAACTCTGGCCAAGAATCAGAGAGAGAGAGAGAAAACAAATAAAGGAGAATGGGATTGGAAACTTAAATTAGAGGTGCAGCACACAGAACAGCACAGCAGAGAAGGCATGGCGGCGTTTGCAGTGCTGTAAATCGCGCTTTTGTGATTGTGGCTTCGCTCTAATTTATTAATGCACCTTGGCACTGGCCGAGGGAGAATGAGTTGAGGGCGCGATTAACGCTGCCCCGACACTGTTCCTCCTCTGTCCTCCACCAACAACCCTTCAAATCAATTCTCTCTTTAACCACCCACCCCACAACACCTATTACTACTACTTCTATCACTTAACCCATACCCAGAAAAATCAAGAGAGAGAAACACAGCACAAGCATACAAAAACCTAAAATTTTTAACTGAAAAAAAAAAAAAATACAAAACAAAAGATCCCTAGTGGTTGTGTAGTTCTCTCTCACCTCTCTCCCAAATTGAGAACACAATTAATTGAAGCAGAATTCATTGTCGCGGATTGGAGTATTTTAGTAATTAATTATTTATATTTATAGTTGTGTGTAGAGAGGGTTGTTTGGTTGGAGATCGAGGTACTGTTCTTGATATGGATTTTCGAAGGACAGAAGCAGTAGAGGAGGCAGAAGAATGGCGGGTTTATTCTCACTAGGAGGTAGAGGGAACAACAACAACAACGAAGAGGAAATTCCTCCCCCTCCTGATACCCTATACTGGTATAACAACAAGAATGATGATGTTTCTTCTTATCACCGAGGAGGTGGCTTTGAGCTATGGAACCAACAGCAGTTACAACAGCAACAACAACACTTTATGGGTCAGGGTCCTCCACAACCACGGCCTCTCTTTCACCAAGATCTATACTCCGCCTTGGGTGTTGGACCCAGCAGACCCATATCCGACGATCAGTCATCGTCAAGATCCAGCTTCATGGTGGGAGGAAGCGGAAGTGGAAGCGGTGGAATTAGCTGTCAGGACTGTGGGAACCAAGCTAAAAAGGATTGCCCTCACATGCGGTGCAGAACATGCTGCAAGAGCCGGGGCTTCGATTGCCAGACCCATGTCAAGAGCACATGGGTCCCCGCTTCACGCCGCCGCGAGAGACAGCAGCAACTCTCTGCGTTGCAACAAAACATGGAAACTTCTGGAGACCTTCCCAGAAGGCAGAGAGAAAGAGATCATAATAACCCCACTTCCTCTTCTCCTCTTGCTTGCACTCGCTTGCCTTCCAATCCCTCCTCTTCAGGTATATACCACTGCATATCACTATTGTCTTTGCTCTATACTTATTGAATACATTTTCGTCATCATGTTTTACTTCGTCTCGTCTTGTCACACTGCTACATGCGCTACCACAAGCACCTCACAGTTTGGGTGATTGACTCCTGAGAGAGAGAGTAAAGAAAAGGAAAGCAAAGAAAGGAAACGTGTATGTGTTACGAAAGAAAAGAATAACGGAGAGACCCGTCCAGGAAAATTCTCTGAAAAGATATATGCAGCGACTGAGAAAGTTTTAGAAGCATACATCCAAACAAGGACGGTATCGATTGCGTGTGTGAAGCAAAATTTCTCTTTTTCTCGCCTTTTTCTTTACCGCAACACTGTTATTTTAGTAGCCCTGACCTGACGATTAGATTGACAGTGAAGAAGAACCTGTTCTCACTCTCTCTCTTACTCTCTTTCTCTCTGAGCGACTGACTGTACTCCTTCTTTCTTTGCTAACACTCACTGGCGCATACCAACACAACACTACACATTCATTTTCAGCTTCGCTCTTTCTATCATATGTATTTGTCTCAGTATCTTTACTTAGATTCTATTTCCTTTGTTAACTCTCACAAACATAATTCATCTACTTCTAAAGTGCATCTAACCACTGACTTGTTTTGTTTTGTTTTCACTTTCTCTCTCTACACATTTTACCCTATAAAAAAAGGGTTAGAGGAGGTGAATTTCCCGGCGGTGGTGAGATCTTCTGCGGAGTTCAGGTGCGTACGTGTGAGCTCGATAGATGAGGCGGAAGAGGAGTATGCGTACTCAACTGCTGTCAACATAGGAGGGCATGTGTTCAAAGGGATTTTATATGACTATGGTCCGGAAGGTAACAGTAACTTCTTGGGTGGTGCTGGGGAAAGCTCGTCCACTGGTGTTGGAGGTTTGAACCTCACTACTGGTGCCGTTGTCTCAGAGCCACTCCTTGATCCTTCTTCTTCCTTGTATCCAGCTCCTCTTAACACCTTCATGCCTGGTAGTGGTACGCAATTCTTCCCTCACCCACGATCTTGAACAAACAAAAGCCAAAACAAAGCAAACAAACAGAATTTTTATGTTGTTTTTATGTTTTAATTTACTGCATCTTCACTCGCCAACTTCGGTTTTTTAACTATTTATGATCATCTTGTAGTCTGAAATTGATGCTCATTCATTCCAATAGGCTGAGAATGAGAAAAAAAAGTGAAAAGAAAAGAAAATGCAGACCTGTCACGTTTTGTTTTTTATGCAAATGCAAATCATCAATGCTTAATTAGTCTGATAATGTATCA