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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_34698 LG10 13518411 13522067 PREDICTED: adenylyl-sulfate kinase 3-like isoform X1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09102 Energy metabolism   C 00920 Sulfur metabolism [PATH:ko00920]
SNP Position Effect Amino acid change
A/G 13518827 upstream_gene_variant
T/C 13519079 splice_acceptor_variant&intron_variant
G/C 13519173 upstream_gene_variant
C/A 13520900 upstream_gene_variant
G/A 13521203 upstream_gene_variant
T/A 13521604 stop_gained p.Lys72*
A/T 13521659 synonymous_variant p.Ile53Ile

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_34698.1
MSVVQALYPPCSCGMLQIVKCGHSATEKLGFTILSGIEAIGLSRHRKSLLKPILAKEDNGASRIEDGHQVKKSNGLTPLANHSAALFGKNLGEKSGIGNSMNILWHECPIQKLDREHLLQQKGCVIWLTGLSGSGKSTLACFLSRSLHSRGKLTYILDGDNIRHGLNRDLSFRAEDRSENIRRIGEVAKLLADAGLICIASLISPYRKDRDACRALLPEGNFIEVFIDVPLEVCEARDPKGLYKLARAGKIKGFTGIDDPYEPPYSCEIVLHQKGSECTSLSDMTKIVISYLDKNGYLRA*


CDS Sequence:
>Vu_34698.1
ATGAGCGTTGTACAAGCACTGTACCCGCCGTGTAGTTGCGGAATGTTGCAGATCGTCAAATGCGGACATTCGGCGACGGAGAAGTTAGGGTTCACAATATTGTCTGGAATCGAAGCCATTGGATTAAGCCGTCATCGTAAAAGTTTGTTGAAGCCTATTCTGGCAAAGGAAGATAATGGTGCGTCTCGGATCGAGGACGGACATCAAGTGAAGAAGTCGAATGGCCTGACACCTTTGGCCAATCACTCTGCTGCATTATTCGGTAAAAATCTCGGCGAGAAGTCAGGTATTGGGAATTCGATGAACATTTTGTGGCACGAATGTCCTATTCAGAAACTTGATAGAGAGCATCTTCTTCAGCAAAAGGGCTGCGTCATTTGGTTAACGGGTCTCAGTGGTTCAGGAAAAAGCACTCTGGCATGTTTTTTGAGTAGAAGCTTGCACTCCAGAGGAAAGTTGACTTATATCCTTGATGGGGACAATATTAGACATGGTCTAAACCGTGATCTTAGTTTTAGAGCAGAAGATCGTTCAGAGAACATACGAAGGATTGGTGAGGTTGCGAAACTCTTGGCAGATGCAGGTCTTATTTGTATCGCTAGTTTAATATCACCCTACCGAAAGGATAGGGATGCTTGTCGAGCTTTATTGCCAGAGGGAAATTTTATCGAGGTTTTCATAGACGTGCCACTAGAGGTGTGTGAAGCAAGGGATCCGAAGGGACTTTACAAGCTTGCTCGAGCTGGAAAGATCAAAGGTTTCACGGGGATAGACGATCCGTATGAACCACCTTACAGCTGTGAGATAGTATTACACCAAAAAGGAAGTGAATGTACGTCTCTGAGTGATATGACAAAAATAGTAATATCGTACTTGGATAAAAATGGATACCTCCGAGCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_34698::LG10:13522067-13524067(-)
ATTTTTTTCATTGACTGTTATTACAATCGGTTATAACATTTTGAATGTTGAGATAGTACTCTTGCTAGAAAGAAATATTGGTGTATTTGTTTGATAATAATCTTTCAACATTGGTGAAGGAGATCAAGTATGAAAAACTAACGGACGAAGAACATACAGAGATATGTAATAACTTGGATTGTTCTAAGCTCTCACATCACATTCTGGTTGAATGTATTCAAAATTCTCGAATGTCACTCAAATTCATAATGAGAGCGATACTCATGGAGCATATCAAAACTCGTCGCTCCCTTGTTGCGACAGTCACCACTACTATGCATGAAACAGAACAAAGGTCACTGATGGAAATTCTCCAACCAGACATTACTCATTGTCACACAACACATATAGAAGATGCAATGGATTCCACCTACTATCGTATTCAAAGCCTTGAGAAAGAATTAAGGGATATGAAGAACCATATTCAACATCATCATCAATTCATGAATAGGAATAAGAACAATAATGTGTTGAACCAAGAACGTTCAATGAGTTTTCATTTTGAACCACCAGAGGATAGTAAAATACGAAGGGGAGGAAGAGGGTCCATTTCGTCATCAAGTTTTTTTCTTGATAATATTATAACGAAGAAACCTAACGAGGTGGAGATGTTCCCTACAGGCAAAACCTCATCAAACAAGAGAAAGTCTTTTCGCTACAAATTCATAAGTAGTTTCATGAATGTATTCGGATGTCGAAATCAACAACAAACTAAAAGGAGTTAGAAAATTAGTTATAGTGTTATTACATTCTCATTTGAGAAATTAATTTACTTATGAATGTGGAGGTAATCAGTAATCATGACTCAGTATAATGTTACATATGACCAGTGGATATTCTGTTATATATATATTTTTGTTGCTTCGTAAATATACATTCTTTTTACTATTGATTTCATTTTTTTTAATCTGTTATGATGATTAGTAGTCAAAGTCTTTTATCGTTACCAATCATATTAAAATAAAAACAGATTTTAAACATAATTCTATATTATAAAATTGTTTTTACAAGGTTTATAACTAGTTGCATGACTTTTTTTCTAACCATTGTGGGATTTTCAACGTATATTGTGAAACTTAAAAAAAAATGAAAAACATTTATTGTAAATTAAACATTTAATTTTTCTTCAAATTATTTAGAAAAGATATTAATCTAATGATAATGCAACTACTATTTTAATAACAGAAAAAAAGTCCACTACCCTTAAATTCCAAAATTTCTTTAAAAAAATCAATGGAGGTTGCGCTGACAAGGAATAAGATGAAGCACCGAAGCAGTGACCCACATTAGCAGTGCACACTGTCTCCACTTAAATCATAACTATTGATTTAACACAATCACTGGTGCTAAGTTTGATATCAATCATTATTTCCTTAAAGATAAAAGGATATACCATTGGCTTGGCCACATCAGAATCCATACCAAACGAGTAATGACAAATCATAATATTCTCAGTTTTATCACAATCACAACTCTCTAATTGGTAGTAGTATTAAAGAAAAAACAATAATTGAGAGCAAGTAGTTACCATACAGGTTACGAAAGTTCTTTTGAGAAAAAACAAAGAAATACATATATATTTTATAATTTCAATAAAATATGTATATATATTTTTATTTCTGCACCCAATAAATACATATAAATTAATTAAATATCAATTACAATGATATAAATAAAAAGTAATAATCAATACTGTCTTAAAAAACTTTAAAAATAACAGTGAAATAATTTTTTTTTAAAAAATACAATACCTAAAGTGGGATTTTTAATGTGTTTAGGCAACAATTGGACACAAAAGTTGAACATCATTATTAAGACCAACGACAAATGCTTGGGTTGTGACTACTGACGTGGCAGCACACATTACTTTTGAATATCCAATGCACCATACGTAGTTCGCTCCCGCCACCACCACATGATGTGTCTTCGCTTTAGCTTCTGCTTCAGTTGTCTGAAACCAC


Gene Sequence:
>Vu_34698(-)
GACACTCACTGGCATAAATTTTGTAGGCTATATAAATTTCACTGCTCCAGCAAATTTCTTCTACCAACTGCATACATCACATTTCACAGGGAAATCTACCTTCGCAAGGTACTTCCAGTTTCTTAAAGATCTATAAGAGCCAGGAAACTTGTGTATATGTTATTTGATTTCATCACTTGTAGTGTATTCTATGTTTTCGGCTCTAGCTTTAACGCAATCTTCATTTTAATTTTTTTTTCTGTTGGTGGAGATGAGCGTTGTACAAGCACTGTACCCGCCGTGTAGTTGCGGAATGTTGCAGATCGTCAAATGCGGACATTCGGCGACGGAGAAGTTAGGGTTCACAATATTGTCTGGAATCGAAGCCATTGGATTAAGCCGTCATCGTAAAAGTTTGTTGAAGCCTATTCTGGCAAAGGAAGATAATGGTGCGTCTCGGATCGAGGACGGACATCAAGTGAAGAAGTCGAATGGCCTGACACCTTTGGCCAATCACTCTGCTGCATTATTCGGTACTATCTATATTTTCAGATTCTATCAAGATCTTGAATCTGGTTTTTTTAATGCTCTATTTGTTTATTACATTATTCTTGTTATTTTCTGTGTTTGTCAATGTAATGTGAGATTACGTTTTTAATCATTATTCATAGATGACAGTGGATTGATCTTGGAATGTAAATGTTGATAGTTTTATATTCAATAAAAATTGACAAATTGATGTTCTTGAACTTGCTATATTGTAAATTAATGATGAACTGTCGTCACTGTGCAAAATGGCCATATCATCATTTGTTGAACGTTATATACTATTCATTGATCTGTTGTCCTTTCTCTAACACATAAAAGTCTTCAGTAAAAATTTATCCATCCACTCGATAATGCTTTAAAGGCTAACATGGCACGAATTAAATGATCAGGTGTGATAAAGTTTGGTTAGAAGATGATCTGGTTTGTAATGTAAGAGAATATTTTCACGATATTGGTGTTGTGTGTAAGTCTCTCTTGGGCTAAACGGCCAATTTAAAATCTGGGCACAAGTTCACCAATATTTTTTAGTTGTAAAACATAAAGAGAGTAAGTGGTTCTTGGAAGATGGAGAACAAAAAATTTAGAGTGATTGATTTGTCAGGGAGATCTGATCCTTGGTGAAACATGTGGATAGATCAGGGAAAAAATTAAGGTTACGAAGGTCGTTGTCCAAGTAAACATAATTTCGTTGAGAGAAAAAAGGAGTGTTTCTGTGCACTGCTCATTTTTGAAACCGGAAATCTCATGGACTTCACCAAATAGCTGTTTGGGCTTTATAAATGCTGTTTACCAGGCTTTGACAACATTTTTGTAAGAAAAAAACTGAACTTTTTAATATCTACTACTAGTTCTAAGCAAAGCAATATATGGTTACGATTAAAAAATAATAATTGAAATATTTAACCTGTTTATTATCTATCTAGGTAAAAATCTCGGCGAGAAGTCAGGTATTGGGAATTCGATGAACATTTTGTGGCACGAATGTCCTATTCAGAAACTTGATAGAGAGCATCTTCTTCAGCAAAAGGGCTGCGTCATTTGGTTAACGGGTCTCAGTGGTTCAGGTTTGTGATCGTTTCTGAATCCTCGCTTTAGTTTATTGTTGTTAAGCTGAAGTAAGCACACAATTGTGAGTAATCGAGTCCTATCCTCCTTTTATCATTCTTAAATGCATCCTAGATTCCAATGTGTTCTGATTGCTCGTATTTGATTTTATTTTTTATACGACGTTCATTATTTCCATAGACATGCAAAGGCAGAAACATTAAACATTTATTTTTACATACGTAACATTCTCTGCCACTTCCTATGGTACAATCTGAACTTCTATTAAAGTACAGTTGATCACTTGGACTCATAAGAATGAAATAATGAAGAGAAGCCTGTCAATTCTAATTATTTCTTCGCATATGAATGCTTTAAATAACAGTAAGGTCTTTTATGAATCAAAGTTTAACGTTACTTTCCAATTATAATTGTCTCTCTGCTGTAGAATATACACTGATAGTGAACCAAGAAAATGAAAGCAATTGTCTTTAGTTTCTTTACATTATAAGGATATTCCCTTACCTTTCATTCTTCAATTCTAGACACTGGATACCGGCACTCTCACTCTCTCTGCTTAATTTGACTCTTAAGAGACATTGATTTCAGGAAAAAGCACTCTGGCATGTTTTTTGAGTAGAAGCTTGCACTCCAGAGGAAAGTTGACTTATATCCTTGATGGGGACAATATTAGACATGGTCTAAACCGTGATCTTAGTTTTAGAGCAGAAGATCGTTCAGAGAACATACGAAGGATTGGTTAGTTACTGCATAAGAACATATATACATACACACAAAAGTTCTTCTCTCCATCTTGAACTTTGCTGTAAATATGTTATTTATTAGTATTAAAACAAAATGACAAATAAATTTCAGGTGAGGTTGCGAAACTCTTGGCAGATGCAGGTCTTATTTGTATCGCTAGTTTAATATCACCCTACCGAAAGGATAGGGATGCTTGTCGAGCTTTATTGCCAGAGGGAAATTTTATCGAGGTACTTATTGCGGAGAGTTATGCTACTTGTTTCGCATTTGCTAAGTGCTAACAATGATGAACACTGTGAATCTGTGATCATCAAACAAGACAGTAGGTTCATTATTTCCTTTGCAAAGTTTACAATTCTCATTACACATGTTGCAGGTTTTCATAGACGTGCCACTAGAGGTGTGTGAAGCAAGGGATCCGAAGGGACTTTACAAGCTTGCTCGAGCTGGAAAGATCAAAGGTATCTTGGTTTAATATTTTAATAGGTATCTTCTTGGACTATTGGTTATGTGTAATAGTCATGTTTGTACTGGTGTTTGTTATTTAACTATACCAGCTTAACCAGGTTATCTGCTATGATTGGCCTTATTTCTATTTTTGTTCCTGATCGAATTTGTATTAGTCTTGAGTTATTATTTCCGAAAATTTTCAGGTTTCACGGGGATAGACGATCCGTATGAACCACCTTACAGCTGTGAGGTGGGTATTTATTGCTTAACTTGTGTTGCACTAGCGTTACATTAGCACAGTGGTTGGTGTTGTGAAATAAGAACAATACGAATAAATTTAGCATGCTAAATTTACTTAGTTATAAAACTTTATCCAACTTTGATGGAAAATTGACATTAATGAGATGTCAGAATAAATTTGTCCCTGCTTTCCCTCTGAAACTTAAGCAGAACTTTCATCAAATTGACTACACTTTCTCGTTTTCTTGCAGATAGTATTACACCAAAAAGGAAGTGAATGTACGTCTCTGAGTGATATGACAAAAATAGTAATATCGTACTTGGATAAAAATGGATACCTCCGAGCTTGACATAACCTGAATGGGGTTTGTCTTCTTCCCTGTTTCTTGTCGTAGGTATTAATGTATGTAACACAGTCTGAGGCACAAAAATCTGCTCATTCCAGCAGCAAGGAAATCATCGTTTGCTTCTGATTATGTAGGTGGAAGTAGTTGAGGTAGATCTATGAGGAAATGTATGTATTAACCTTTAGCATATTTGTCATTGAGTGTGTACTGTAGCCCTGTGAGGATTTGTTCGCTTCCCCATGCTAATGTTTTCATTCTTCGAACCAGTCTTGTCTTAAACTAC

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