Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_34636	LG10	12899429	12905724	PREDICTED: two-component response regulator-like APRR2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/A	12899514	5_prime_UTR_variant
A/T	12899606	5_prime_UTR_variant
G/T	12900040	5_prime_UTR_variant
C/T	12900223	5_prime_UTR_variant
G/A	12900450	synonymous_variant	p.Glu32Glu
T/A	12900946	intron_variant
G/T	12901275	intron_variant
A/G	12901277	intron_variant
G/C	12901279	intron_variant
T/C	12901801	upstream_gene_variant
T/G	12901807	upstream_gene_variant
C/A	12901808	upstream_gene_variant
C/A	12901815	upstream_gene_variant
A/T	12901918	upstream_gene_variant
A/T	12901920	upstream_gene_variant
G/T	12902108	upstream_gene_variant
G/C	12902296	upstream_gene_variant
A/T	12902847	missense_variant	p.Lys314Met
T/A	12902884	upstream_gene_variant
T/G	12902887	upstream_gene_variant
T/A	12902889	upstream_gene_variant
A/G	12902897	upstream_gene_variant
C/G	12902978	upstream_gene_variant
T/A	12903120	upstream_gene_variant
C/T	12903130	upstream_gene_variant
G/A	12903164	upstream_gene_variant
A/T	12903165	upstream_gene_variant
T/G	12903522	splice_region_variant&intron_variant
G/T	12903584	missense_variant	p.Gly336Cys
T/*,A	12903693	upstream_gene_variant
G/T,*	12903695	upstream_gene_variant
C/A	12903699	upstream_gene_variant
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C/T	12903703	upstream_gene_variant
A/T	12903826	missense_variant	p.Gln372Leu
G/A	12903829	missense_variant	p.Ser373Asn
A/T	12904322	upstream_gene_variant
T/A	12904557	upstream_gene_variant
A/G	12904566	upstream_gene_variant
G/A	12904730	missense_variant	p.Val512Met
C/A	12905030	3_prime_UTR_variant
C/T	12905053	3_prime_UTR_variant
A/T	12905116	3_prime_UTR_variant
A/G	12905123	3_prime_UTR_variant
T/G	12905193	3_prime_UTR_variant
A/T	12905197	3_prime_UTR_variant
T/A	12905246	3_prime_UTR_variant
A/T	12905248	3_prime_UTR_variant
T/A	12905254	3_prime_UTR_variant
T/G	12905255	3_prime_UTR_variant
C/T	12905541	3_prime_UTR_variant
T/C	12905675	3_prime_UTR_variant
C/T	12905701	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_34636.2

MVCTANDLQGWKDFPKGLRVLVLDGDRSSAAEIGEQLEAMDYHVSTFYDENEALSAVSSSPEDFHVAIVEVSTSSSLGGFKFLENAKDLPTIMISKNQCLNTTMKCIALGAVEFLSKPLSEDKLKNIWQHVVHKAFNSRANGLSESLKPVKESVESVLQLQTGNEQDKTHKRTMSIDLENVSRFGDNVNEQSVCDKYPAPSTPQLKHGTRLLDDGDCHEQTNFSTEKESGEHDGECKSVETSCENLNAESTPQPTEPEETLIKEEEDFANGSKGERAVSLNLQNEKFLSNADGHTSPKKMGVFNDSCEIKANRKKMKVDWTPELHKNFVKAVEQLGIDQAIPSRILEIMKVEGLTRHNVASHLQKYRMHRRQSAPGEEDRKWHNQRDAMQRNFYLQRPIMAYPPYHSNQTISPAPIYPMWGQPGSQTAAVQIWGPPAYPLWHPTESWNWKPYPGMHVDAWGCPLFPPPQAPGFHFNQNIPGLHTPKPVDYRFSMPRSSFEHHPAEEVVDKVVKEAINKPWLPLPLGLKAPSTDSVLAELSKQGISSIPLGNKGSSAPKPC*

>Vu_34636.1

>Vu_34636.3

CDS Sequence:
>Vu_34636.2

ATGGTTTGCACTGCCAATGATTTACAAGGATGGAAAGATTTTCCAAAGGGACTCAGGGTTCTTGTACTTGACGGAGATAGAAGTTCTGCTGCTGAGATAGGAGAACAACTTGAGGCCATGGACTATCATGTTTCTACCTTCTATGACGAGAACGAAGCTTTGTCAGCAGTCTCAAGTAGCCCTGAAGACTTCCATGTTGCCATAGTGGAGGTGAGTACAAGCAGCAGCCTTGGAGGTTTCAAATTTCTTGAGAATGCAAAGGACTTGCCTACCATTATGATTTCAAAGAACCAGTGCCTGAACACCACGATGAAGTGCATTGCGCTTGGTGCCGTTGAGTTTCTCAGTAAACCACTCTCTGAGGACAAGCTCAAAAATATTTGGCAGCATGTTGTTCACAAGGCCTTTAATTCTAGGGCAAATGGTCTGTCTGAGTCACTAAAACCTGTCAAAGAATCTGTAGAATCAGTGCTGCAGCTTCAAACAGGCAATGAACAAGATAAAACTCATAAAAGAACCATGTCGATTGATTTAGAGAATGTGTCCAGATTTGGTGATAATGTCAATGAGCAATCTGTATGTGATAAATATCCGGCTCCTTCAACCCCACAATTGAAACATGGGACACGGTTATTGGATGATGGAGATTGCCATGAGCAGACTAATTTCTCAACAGAAAAAGAAAGTGGAGAACATGATGGGGAATGCAAATCAGTCGAAACTTCATGTGAGAATTTGAATGCTGAAAGTACTCCTCAACCAACTGAACCTGAGGAGACTCTGATTAAGGAGGAAGAGGATTTTGCCAATGGTTCCAAGGGCGAGAGAGCTGTTTCACTGAATCTACAGAATGAAAAGTTTCTCAGCAATGCAGATGGTCATACATCTCCAAAAAAGATGGGAGTTTTTAATGATTCATGTGAGATTAAAGCTAACAGGAAGAAGATGAAAGTAGACTGGACGCCCGAGCTGCATAAAAATTTTGTGAAGGCAGTTGAACAACTAGGTATTGATCAAGCCATTCCTTCTAGAATATTGGAGATAATGAAAGTGGAAGGATTGACAAGGCACAATGTGGCAAGCCATCTTCAGAAATATAGAATGCACAGGAGACAGAGTGCACCTGGGGAAGAAGATCGAAAATGGCACAATCAAAGAGATGCAATGCAAAGGAATTTTTATCTGCAAAGACCAATCATGGCCTACCCTCCCTATCACTCTAATCAAACCATTTCTCCAGCACCTATATATCCTATGTGGGGACAACCAGGAAGTCAAACAGCTGCTGTACAGATTTGGGGGCCTCCTGCGTACCCCTTGTGGCATCCTACAGAAAGTTGGAACTGGAAGCCTTATCCGGGGATGCATGTGGATGCTTGGGGATGCCCATTGTTCCCACCTCCTCAAGCTCCTGGTTTTCACTTCAATCAAAATATACCTGGATTGCACACTCCTAAACCAGTGGATTACAGATTCAGCATGCCGCGTAGTTCCTTTGAGCATCATCCGGCAGAGGAGGTGGTAGACAAGGTTGTGAAAGAAGCAATTAACAAGCCATGGCTACCATTGCCCTTAGGACTCAAAGCTCCTTCCACGGATAGTGTGTTAGCTGAGCTCTCCAAACAAGGCATATCTAGCATCCCTCTTGGCAACAAGGGTTCTTCTGCTCCAAAACCCTGCTGA

>Vu_34636.1

>Vu_34636.3

Promoter Sequence:
>Vu_34636::LG10:12897429-12899429(+)

ACATTTTTTACAAATAATAACTATACCCTAGAAAAAAAATGGAAGAAATAAGTTATGAAACTTTATTATTTAAAATATTATGTGAAATGTTATTATTAAAATAACGGTGATAAATCATTAATCCAAAAAAGTTATATAATTGTAACCCACTTTAAGACTTATTACATGTGTGGTGGCATTTTTACAAGGAAAGTGACTAAAATAGTACATGATGCATCACATGGGACGAAATATGATGGCAAAACACTATTGAGGAAGGTCAAAAGTCATGTCAATTTTCTTTTTGGCAATTATTGTTTCATTGATTTAGTAAAAGGTAATTAGCTATTATTGTCTTTCAGGAGACATTTTGCCCAGCCAAAAATATTCTCTTTTCTACCTTTTTGGAGTTGGTAATCAACACACCCTTTATACCAATGTGATTGCTAATTAAATGTTGTGTAATCATCATAATTAATAGTAGCTTTTTACACTTTTATCAAAAAATAAATAAATCAAATGCCCATACTTCCAACATAATTATCTTTCAACTAACATACATATAGAATGTGAACAAAAATACTCAATGTTGAATTTGTTCTTCATCAAGATTACCAGAAATGGTAGACATTATAGATGTTGTACTTGAATTTAACATAAAAACCTTTAGTATTTGGTTTTACTTAATAATTTTTTAAACTAAATGTCATTTGCATATCTTGACTAAAATTATTCTGTTGGAGACTATGCAGATTAGTTTGTCCCAATCATTGATCTGCACAAACTACATATTAATTAAACAAATTAAAATACGTCTTATATTTTTTTAGTGAACTAATGGGCACATAGTTAATTTTGTATTATTATATAATTGATGGTTATGATTATGTAATCCAATTTCTTCTTAATTTGGAAATCGATCCACATCTAATTAAGTTATTATTTCAACAAATTTATATGATTTTAAAAGGAAAAATATTCAACTTGTGTATTTTCCCTTTTATTTCTTGCAAAGTATATAGTTGTGTTTCAAAATTTGAAAAAAGTGATCAAATAAAAATTTTGAAAAATATATCTTTGATGCAAATCAATAACTTAATAAGAAACTTGCATACTAAATTTACCTAACTTTAAAGTCTCACAAACGAACTAAGATAGATCTTTTATGGACTAAACTTGACTTCTACATTTTGCATTTTGTGTGTACTTTTTTTACTATGAAATTTGACATTTTACCGTACTGACATTTGGTTAACATATTACCAAGATTTAAACTTAGTTATCTATGTGTTGTTTTTCTCTATGCAATAAATTTTGATACCATTTGACTTAAAAAGCACTTTTGTCAGTGCCTGAAAAATTAACATTCTTATCCCTCTCCCTGTTTAGCATTGTTCCCATATAAGGAATATTTCCATTATATACATTTTTCAGCAATTTCTAATTGTAGGTACACAACAATAATGATAAACTGTGGTACATATGACTAATTGCAGTGTATTCTGAAAGTGCTTTATTTATAGATTTATGAATTTATACCATTTAACTTTTTTTCACTATTACCATATACTTTTGTATTTTTTTATGGTTCTAAGGTAAACCTGTATTGAAACTGCAAGAAAAAAAAAATGACCATTCAATTGAAGTAGATTTTTCAACAATTTTTATTTGTCAGTAAAATCTGTAGCACCAATGGCTGAAACAAGAAAATGAAGAAATGTATGATCATGTCATAATGATTCAATACAGAAAGAAAGAAGTAAAGAGAAAAAGTCCATCTTACGGGAACACAGTGTTCTCGCTTCCAAGATAAATAAAACACTGAGATCCATTGTAAAGAAAAAAAAGTTTCAAACTTTATGCAGTCCAAGACAATGTATTTATTTGGAACTCAAATTATAGAAAATAGCAGGTAAGATTTTGACAGAAGAAGTGGTAAAAAAAATGAGGGTAGATTTGGAATAGGAGCCTTGAAATTGTGGCAGAATAGTTAATTGACTCTTTTTTCTGCATATTATGTG

Gene Sequence:

>Vu_34636(+)

GGTTGTTAAGGAGCGATTGCAATTGTTCAGTATTCACACAGACACCCTTCAACGACCGTAGTTAAACCCCCTTACTCACTTCTCTTCTCTTCCCTCTCCCTTTCTATGTGCTTTCTTTGTCTTCGATGAAATAGGAAGAGAAAGTGCACAACTTTGGTTAGAGGAGTTGGTGGGGCAATTTCCTTTCAGCCAAGGTAGTAGAAGAAAAGAAAAGTCTTGGAAAAGAACCACTTTCACTGTGCATGTTGATTCTCCCTTGTTCATGTGTTCATAATTGGAGAATTCAGCTATTTTGGTTTGGTTTGGTTTTGTTTTGCTTTCTCTTCTCCTTTTTTAGATTATAATATGTGTGCATGTCATGACATGTTTTCCACTTTGGGTTGTTTTGTTTACTTATTTTCTGGGTTGGTTCACGGTTTTTTGTTGCTGTCTGGCCCAGTTTCTTGTCATGTTCTGCTATGATAGTTGGAGATCTTGCTTGTTTCTTTGTCTGTTTGCTGTTCTGTGAAGGTTTCATTTCTTTTGTAAATGAGATCTTTACAGTTTATGGTATGAAGTACATATTTTTATTTTCTTTCTTTTTTGGAGGAAATGTGTTGGAGAATGAGTACGAATCTTCTGTTTTTTTAATTAAGAGCTGTTTCATGAGCGATCAGAGCTTGTGATTCTCGAACTGAACTTTGATATGGTTTTGACTTCTGACTTTAGATGTCTTGTTAGCATTCCACATTTTGAAAGCTTTTTACCATGTGAGCAAATTCAAGTTTCTGTGGACTTTCTGCTTCACTTTTTTCCTTGCTTTTCTGTGCTCCGTTCAACAAATTCAAGCTTGTGATCTCACGGATCTTGCAGAAGGGATTCTATGTTCGAAGTCAACATTGATCTGTTACATCAGTTGGGAGCTGAGTGACGATGCCAAACCAGCTATGGTTTGCACTGCCAATGATTTACAAGGATGGAAAGATTTTCCAAAGGGACTCAGGGTTCTTGTACTTGACGGAGATAGAAGTTCTGCTGCTGAGATAGGAGAACAACTTGAGGCCATGGACTATCATGGTGAGACTTTTTGGATCCCTTTAATATTTTTTTGGTATGTTTCACATCTTCTTGAAACTTTGGCATAGCTAATCTCACTTTCCTTAATTAGTGGGTAAAGTTGGTCCCCATTTTATAGAATGGCATCTGGTAAAGCGGCACTGCTTTAGATAGCCCTTATTTGGTTCTTTGGGAAATTGTGGAATGGGATTTTATTTCATTGAAGATTTGAAATGTGTCTAGATTTGCCCTCCTTTTTTGATGCTTGATGTTAGCATATGTGGTATTTCTCTAGATGGTTTATTAAGGTGCAAAAGTTTTCATTTGCGCTTTAGGCTATATGCCCTTAAGCGTTTTGAAAGCTGGAAGTGGTCCAAATTCCAAAGGTATTTTGGATAAAGGAATGCTTTGTTATCTGACTTTATGGACTAATGAATCTATTCTATTTTTGGTGGTGCATTTGGATTTTGATGGGCTTCTAATTTCTCAGAGAATATGAATCAGTTGACACCAACCTAATTATACTTTGACTGACATAATTACATTCAAAGCATTCTTTTCATCCACTACCACACTCTTCCTTGTTTCCTGCACATTCTTGTTATTCATTCAATTTTTTATGTAAAATTTCTGTGCAGTTTCTACCTTCTATGACGAGAACGAAGCTTTGTCAGCAGTCTCAAGTAGCCCTGAAGACTTCCATGTTGCCATAGTGGAGGTAATGAACTTTTGTTTTCAGTATAAGCGATAAATCATCATGTCATAGTTGTAAAATTTGAACAAGAGGTAAACAAAAAAGGGATGTTATTTAGTATGCTAGTTTAGAATGGGGTGAATACGGAAAGTTGGTAGTTCTCTGGCATAATGATTAGGTGATTCCAAACATAATTTATCACCTTGTGAAAAGCTGATAATAACTTGTGCATTTTTCTCTAATAATATCTCGGCACTGTTTGTCTCACTTTGGCAATGTGTACATCTTAAACTTGGAATTGATCTTTTTTGCTTTGTAATGTGATGATTTGTAACCACTGGCTTCGATCTGAATTGTAGGTGAGTACAAGCAGCAGCCTTGGAGGTTTCAAATTTCTTGAGAATGCAAAGGACTTGCCTACCATTAGTAAGCACAAATACAAGCCTGAATTTGCTGGTTAATTTCTTGTATTTTTTATCATCAACAATTTCATTGTGGTGGTGTTTGCAGTCAACTGTCTGGTCTGCAGGTCAACTCAAATTTAATTCCCAAAAGAAGGAAAATTATTGTTTCTTGCAAAACCAATTTTAATTGTCACTTATTAGAGTAATAGAAATTAGTAATACTTGAAGTTTCTTTTTATTTAATCTCTATTTCCTCTTTTTTTTTTGTGATTGTTGCTTGCTTTGGTTTTATAAAATGAAAACTTCTTTTCAAACTTTAAGCAATTTAATGGATGAATGATCGACAAGGAAGCATGACATAGGAAATATGAGAACAAAGTTTTCTTTAGGCCTATCTAGTGCTTGTTATAAATTTTCTAACCAGTGATACTTACTACTTACAATTTTTCATGCAGTGATTTCAAAGAACCAGTGCCTGAACACCACGATGAAGTGCATTGCGGTAAGATTTTGGTTTATTGTACAATCATGATTGTTGATGCATACGGCTTTAATTTGTGATATATTTTCTTCTTTTGAAGCTTGGTGCCGTTGAGTTTCTCAGTAAACCACTCTCTGAGGACAAGCTCAAAAATATTTGGCAGCATGTTGTTCACAAGGTTTGTTGGTTTTGGCAACATTTTCATGGCATTTATTGTTAGAATGAAATGAATGAAGTAGTTTTTAATGTTGTTGAATTTCATGCAGGCCTTTAATTCTAGGGCAAATGGTCTGTCTGAGTCACTAAAACCTGTCAAAGAATCTGTAGAATCAGTGCTGCAGCTTCAAACAGGCAATGAACAAGATAAAACTCATAAAAGAACCATGTCGATTGATTTAGAGAATGTGTCCAGATTTGGTGATAATGTCAATGAGCAATCTGTATGTGATAAATATCCGGCTCCTTCAACCCCACAATTGAAACATGGGACACGGTTATTGGATGATGGAGATTGCCATGAGCAGACTAATTTCTCAACAGAAAAAGAAAGTGGAGAACATGATGGGGAATGCAAATCAGTCGAAACTTCATGTGAGAATTTGAATGCTGAAAGTACTCCTCAACCAACTGAACCTGAGGAGACTCTGATTAAGGAGGAAGAGGATTTTGCCAATGGTTCCAAGGGCGAGAGAGCTGTTTCACTGAATCTACAGAATGAAAAGTTTCTCAGCAATGCAGATGGTCATACATCTCCAAAAAAGATGGGAGTTTTTAATGATTCATGTGAGATTAAAGCTAACAGGAAGAAGATGAAAGTAAGCTGAATCATGACTACTAGTTATTTTATCATGTGCATATTTATATAATGTAAACCTCTCGCTTAGTTGGGAAATACCAACATTAACATTAACACTAATGATACTATGCTCTTCATTCTTTCCCTTTAACATTTTCTTACTCATGTTCATGTAGTTTATATCAATGACACTAGTTTGGCACATGTAACTACAAATTATTTCAAAAATTTATTTAACCTGTCTGTGTTTTTAACACGTTGTAGCTGCATGCTTTGAATTGTTAAAGAAAACATGTACAAGAGATTGTCAAATATTAACTGCTTCGAGATTGTCAATCTTAGAAGGTACACTTCCAATGGGATTTCGCTACTGAAATAGCTTGATAGAATCGCATGGCTAGCTCTTATCATCATCTCTATTCCTTGTGTACTGTTTTAAATATAATGTGTTGGCCTGTTTACAAAATTGTGGAGCTTGGATCTGTAACTGCTGATCTGCATTTCAACTACATCTTATCCATGAACTGTTTTTCACCTGAAACACTTGGATTTGTTGTCAGAGAGTCTTAGTAAATCTTGTGTTGTTTGTTGCTTATCCTTATTTTTCTCCATAACATTTTTTACGGTTGTGCAAAATGATATCCTTGTATGATTATCTGAAAACAGTCATTGTACGTGATTTTTGATTCAGGTAGACTGGACGCCCGAGCTGCATAAAAATTTTGTGAAGGCAGTTGAACAACTAGGTATTGATCAAGCCATTCCTTCTAGAATATTGGAGATAATGAAAGTGGAAGGATTGACAAGGCACAATGTGGCAAGCCATCTTCAGGTTCTTATTTTACTTCTGGCTATAGTTTCTATCCCAATGCTGCAACATAAAATGACTATTTTATTTTCAAAATCTTTCTGGTAGTGAAGAAAAATCATGTTGTAAGATCAAGTAACAACTTTATGTTGAACAGAAATATAGAATGCACAGGAGACAGAGTGCACCTGGGGAAGAAGATCGAAAATGGCACAATCAAAGAGATGCAATGCAAAGGAATTTTTATCTGCAAAGACCAATCATGGCCTACCCTCCCTATCACTCTAATCAAACCATTTCTCCAGCACCTATATATCCTATGTGGGGACAACCAGGAAGTCAAACAGCTGCTGTACAGATTTGGGGGCCTCCTGCGTACCCCTTGTGGCATCCTACAGAAAGTTGGAACTGGAAGCCTTATCCGGGGGTAATCTTTTTATTTGGAATAAAAGCAGAATATATGTTATTTCATATCATCAAATATGCTTTTTGTGGTATGTTATGCAGTTTGATATTCGGTGACTTGATGTTTCAGATGCATGTGGATGCTTGGGGATGCCCATTGTTCCCACCTCCTCAAGCTCCTGGTTTTCACTTCAATCAAGTAAGTTTCAACAACTTAATTTGACTCCATTTCAATGCTACTTGTTTATGTAATATAGCCACATGTGCGTAATTTACCCTTTAGAGTAATTAAATTATCTGTCAAAGTGATGCTAATCAGATATTGTTATGAAACTGCAGAATATACCTGGATTGCACACTCCTAAACCAGTGGATTA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