Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_34299 LG10 10222125 10225221 PREDICTED: protein SMG9-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03019 Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 10222211 synonymous_variant p.Phe29Phe
C/T 10222409 downstream_gene_variant
A/G 10222434 downstream_gene_variant
G/A 10222627 downstream_gene_variant
T/A 10222646 downstream_gene_variant
T/A 10222667 downstream_gene_variant
G/A 10222833 splice_region_variant&intron_variant
T/C 10222964 downstream_gene_variant
T/A 10223101 downstream_gene_variant
T/A 10223361 downstream_gene_variant
T/A 10223420 stop_gained p.Cys191*
G/A 10223584 downstream_gene_variant
G/T 10223607 downstream_gene_variant
T/C 10223731 downstream_gene_variant
A/T 10223888 downstream_gene_variant
T/C 10224099 missense_variant p.Ser228Pro
C/A 10224209 downstream_gene_variant
T/A 10224392 downstream_gene_variant
T/G 10224411 downstream_gene_variant
T/A 10224482 downstream_gene_variant
T/C 10224487 downstream_gene_variant
T/A 10224801 missense_variant p.Val305Glu
C/A 10224808 synonymous_variant p.Ala307Ala
T/A 10224952 downstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_34299.1
MAGSEPFPSPKILLAKPGIVTGAPVAGKFGRGGAGDDDSVQHRSRLPSVASLNLLSDSWDFHIDRFLPFLTENTDFTVIGVIGPPGVGKSTIMNELYGFDSSSPGMLPPFALQSEETRAMARHCSTGVEPRISTERIILLDTQPVFSASVLAEMMRPDGSSTISVLGGETMPAELAHELMGIQLAVLLASICHIVLVVSEGVRDDSMWQLMLTIDLLKHGISDPSLMASSLSQSSSSVLEKDRHLEHEEYVATPVFVHTKLQDQDFTPNNFVQLKKALMQYFRPSSFVRQHIGNKPEEHALSSTVRGSQMESNLIKLYAIPLKKKDENPRAQHENFIHEVTIFHEISLRAGMVKELCQDLGTGNELPNHIRVL*


CDS Sequence:
>Vu_34299.1
ATGGCGGGTTCTGAACCTTTTCCTTCTCCAAAAATCCTTCTAGCAAAGCCGGGAATCGTCACCGGAGCTCCCGTTGCCGGTAAATTCGGCCGTGGAGGCGCCGGCGATGACGATTCCGTTCAGCACCGTTCTCGTCTCCCTTCCGTCGCGTCCCTCAACCTTCTCTCCGATTCCTGGGATTTCCATATCGATCGCTTTCTCCCATTTTTGACTGAGAATACGGACTTTACTGTGATTGGAGTGATTGGGCCACCTGGAGTGGGAAAGTCCACTATTATGAATGAACTTTATGGTTTTGATTCAAGTTCCCCTGGGATGCTACCACCTTTTGCCTTACAGTCTGAAGAAACTAGAGCTATGGCAAGGCATTGTTCCACGGGCGTTGAACCAAGGATTTCAACTGAACGCATTATTCTTCTCGATACCCAGCCTGTATTCAGTGCTTCTGTTTTAGCTGAGATGATGAGACCAGATGGCTCTTCAACAATTTCAGTGCTAGGTGGAGAAACCATGCCGGCTGAATTGGCTCATGAACTTATGGGTATTCAGCTTGCTGTTCTTCTAGCATCCATATGTCATATTGTGCTGGTGGTGTCAGAGGGAGTTCGTGATGATAGCATGTGGCAATTGATGTTGACGATTGATTTGTTGAAGCATGGCATTTCAGACCCGTCCTTGATGGCATCATCCCTATCGCAAAGCTCTAGTTCAGTGCTTGAGAAAGATAGACATCTTGAACATGAAGAATACGTGGCCACCCCTGTGTTTGTACACACGAAGTTGCAGGATCAAGACTTTACTCCTAATAATTTTGTGCAGTTGAAAAAGGCACTCATGCAATATTTCAGACCATCTTCTTTTGTGAGACAACACATTGGAAACAAACCTGAAGAGCATGCTTTATCTTCTACAGTTCGTGGCAGCCAAATGGAATCTAACTTAATAAAGTTGTATGCGATCCCTCTAAAGAAGAAAGATGAAAATCCAAGAGCTCAACATGAAAATTTTATCCATGAAGTCACCATCTTTCACGAGATCAGTCTCAGAGCGGGAATGGTTAAAGAACTCTGCCAAGATCTGGGAACAGGTAACGAACTCCCCAACCATATTAGAGTATTGTAG


Promoter Sequence:
>Vu_34299::LG10:10220125-10222125(+)
ACAATTACCATACTTTCATGGAAAAGACACCTAGGGGGAAATGGTCAAAACAAGATACCGAACTGTTTTATGAGGTATTTCTGTAATTCGCACAAGATGTCTGACATTATTATGTCTCTTAAACAATACAGTAAATTACCTAATTCTTTTTCATTATTTTGACATAGGCTATTAGGGAGTTGGGTACAGATTTTTCTATGATACAACAGCTTTTCCCTGATAAAACCCGCCGTCAAATTAAGTTGAAATACAAGAAGGAAGAGCGGGAGCATTATTTACGGTTAAGAGACGCTATACATAACCGTGCAAAAGGTTTTACTGTTTAATTGCTATTGTTCTGCGCTGTTCTCTGATAGATTAATTGTGTTTATTGTTGAAGCAGTCTAGTAACGATCCTCAAGATTATTTCTATAACTTGTCATGACAAATATAATTTTAGAATGGTTAGCCTTAACGCTATTCAATACTCTTTCTTGTAGATCATTCTCATTATAATTTGTTGATTGAACGATTGCAACAATCTTCCACCAAGGCAGAGGAGGTTATGGACCTGGCAACAGGAACTAATGTATGCAATTTTTGCCTCTCCAATTTATACTCTGATATCACCGTTTTTGGTGCACATAGTTTATGATTTCAGTGGCGAATTTATCGGTGAAATATTCTTAACCGCATGTTTTCCTGAGGAAGGTGGAACGTAGCAAGTCCATTGATAAAACTTAACATTTTTACTTGGTTCTGGCTTTCATTTCCTAAATAAGTTTCTGTGAGGGTTAAAGCTATTTCTTCTCTATTCATAAGGTCCATGCTCTGATATTTCCTAATTGGCCCTGCTGATTTCCACAAATTGTTTTATCTTAAATGAAGGAAGAGGTTGTGGAGGCTGCAACAATTAAGCATGATGTGGATGTTAAAGAACAGGAAGTTTCTGCGGCAGTTCAGAGTCCAGAGGAATATGATGACAGTGAGGATGACTCTCTAAAATGGTCTCAGTATAAAAGTCTCTATTAGGGACAGAATGAAAGTAAATCACTTTTATCTCATTTTATTTTCAGAATAGGTAGTGCGAAATTCTTTTACTTGCTCAAAATTTGTGAAATTATTCATTTAACCGTCCTCTGCTACCATTGTCCAGCAGGGCCTCTTTTCAATTTTGTATGTAATAATGTACAATTTATCTATGAAAAACGTATCGTTAATTTGTAATCAACGTTCTAGCTCATCGATTTCTTTTATATTGTGTTATTTGTTCTTGGATAAGCGGAGAATCAGTCTCTAAGATTGGGTATGACGCTGGAGGATAACTAATCTAGCAATTATGCTTATCAGTTAATTTTAAACAATGCTTTAATAAATTTTAAAATTCCTTGAAAGTTTTGATAAATTTTGAAATTTGTTAAAGATTTCGAAATTTGATTAGTCAACAAATTTCAAAATTTATTAAAGTTTTCGAAAAGTATTTTAAACAAATTTTGAAATCCATTAAAACTTTTGAATTTTTTTTAATAAATTTCAAAATACGTTGGAAAATGACATTTAATATTTTAATTGATGATCATTATTTTCTATAGGTCAAAAATTTTATTTGAGGGCTATGTCTAATTTTACTCAACTTAACAATATATATCAGTTGCGTTATTTAGTTTTATAAATAGAATATAAAAAAATATTATTTTGTTTTTATGTTCATGCGTAACGAATTAATGAATCAGAGTTGTAGAGTCAGAAATTTGGAAAAAAAGATTCATAGACAGGTATCCAAAAATAAGTTTTAGTTGAATATATATATATTCAGATAAGTCATACAGATGAAAACTAAGATTTATTATTTATCTCGATAAATTCTCATGAAGATACAAAAAAATAAATTATTTTCATATAAAAATATTTTTGTCAAAAACTCGTAAAAAAATGTGTAGAGAAGTTTGCAAAAGAGCCCATTATTATTCGATAACATGACTCAATTTCGAATTTCACGCTCACTCGCCCAAACCAAACAA


Gene Sequence:
>Vu_34299(+)
ATGGCGGGTTCTGAACCTTTTCCTTCTCCAAAAATCCTTCTAGCAAAGCCGGGAATCGTCACCGGAGCTCCCGTTGCCGGTAAATTCGGCCGTGGAGGCGCCGGCGATGACGATTCCGTTCAGCACCGTTCTCGTCTCCCTTCCGTCGCGTCCCTCAACCTTCTCTCCGATTCCTGGGATTTCCATATCGATCGCTTTCTCCCAGTACTAACCTAAATCTCTCTTTACCTCTCTGTTTTTCTTTTTACCGCCAAATGTTTACAATTAGGTTAGACGTTTATGGGCGCCTGAAGTAGACTGACCGTGATTACCATTGTATTTTGAAAATGTTGCAGTTTTTGACTGAGAATACGGACTTTACTGTGATTGGAGTGATTGGGCCACCTGGAGTGGGAAAGTCCACTATTATGAATGAACTTTATGGTTTTGATTCAAGTTCCCCTGGTCAGTTTATTCGCACTATGTAATTTATGTCCTCTTTGGATGATTTTCATAAGCACTCGTAAATGAAGAAAATGAGATAGTAAATTACTTAAAACTTCTTCTGTAAGTTGAAACAGCATATAGACCTTAGTTTAGGAGAAGTTAATATGGAAGAATTTCTACAATGGACAAAAGTTGAGGGCATAAATGATTTTAACTAATACATTAACTTCATTTTACAATGAACAGAAAGCTTAGTTTCTTTAACTTTTGATCTATAAGCCTGCAGGGATGCTACCACCTTTTGCCTTACAGTCTGAAGAAACTAGAGCTATGGCAAGGCATTGTTCCACGGGCGTTGAACCAAGGATTTCAACTGAACGCATTATTCTTCTCGATACCCAGGTACTACTGCCTATAATATCTTCAATTTTGTTTCCTTTTTTTATGTTTTATTGTACTCATTCATTGGTGTGCTTCATTTTTCATTTATGGCTTTGTTTCTCTTCTATTGCTTTCACTGTTCCCCTTTTTCCCCTTAATTTTTGTGGCATTGAGTTTTTTTTTTCTTCTTTTTTTTCACCTGTAGCCTGTATTCAGTGCTTCTGTTTTAGCTGAGATGATGAGACCAGATGGCTCTTCAACAATTTCAGTGCTAGGTGGAGAAACCATGCCGGCTGAATTGGCTCATGAACTTATGGGTATTCAGGTAAGAGTAGCTTCCAATTAGAGAATACATTCTCAGGAGAAATACTATTTATTCCTAGCTTAATAGTGGTTGGTGTTTCCTTGAACCGTTCCTATATCTTCTTATGTTTGTTGGGTTGCTGCAAGGAATCTTTTTAGCTTGCTGTTCTTCTAGCATCCATATGTCATATTGTGCTGGTGGTGTCAGAGGGAGTTCGTGATGATAGCATGTGGCAATTGATGTTGACGGTATGTGTGTTGTATTTGTAGATGCTTCATGTCCCGTTCAATAACTCAATAACCTTTTTTGTGTTTATGCAAATTAAGTAGTCATTTGAAACACAGTAGTGCCTGTTGATTCCATCCATTATTGTTACTTACACGAAAATATTCACTGTCTGGCCTACACTATATAAAATCAAGTTGCTTTATACCATCCATTATGTATAAAATGATCATTTTGGTGAATAGTTGCAATCGCATAGTGTGTTGTAAGTATTTTGTGTTGTGGAAGCAATTGGCTATTATTTGCTGCTGCTAACAAAATGACTATAACTCTCAATTTTTTTATGCTTTTCAAACATGTGACTTGATTAATCTCTAGTCAGATTTGTGTTTTTGTAGATTTAAGATTACAGTCAATTTTAAGGGAAAGTACGTGATGTTGCTGATTGATAACAAATTTGTTTTAGGCATCCTTGTTTATTTTTATTTGAAAGTCTTTGAACATCATGTGCAGACACTTTATAGTTTTGGTAATTTACACTCTAAAGACTACTGATATATTGAAAACTGACATGCTGTATTTGAATAGTGTAGATTGATTTGTTGAAGCATGGCATTTCAGACCCGTCCTTGATGGCATCATCCCTATCGCAAAGCTCTAGTTCAGTGCTTGAGAAAGATAGACATCTTGAACATGAAGAATACGTGGCCACCCCTGTGTTTGTACACACGAAGTAAGAAACATCATTCTGCATCAACATATTGGCAGGAAATTATTAGCATAATGAATCTTATAGTTACTGTATGCAGCCACAATAATGAAGTCTAAAATCATGATAAACAAAGGAGGGTTCCTGAAAAAGACAAGCCAAGCCTTGACCTAGAGGGAACTGGTGAATGAGAATTAATGAATGGTTGACTTGTTTGACATATTTCATCTTGGCTAGAGTTTTATTTTTTTTTCTCTTTACATTTCTTCAAGTATCCTTTAAAGTCAAGCTCTGTGTCTCCTACTGCATGTGTCTCATTGACTGTTTGAAAATATAAGAAAATTTGACTGACTTAAATATATTCTCCATCTACAAAAATGTAATTTTAGGGTGCGTTTGTCACAGTTATTTCTTGTATCCACTTCCTTTCCTTTGTTGGAACAGTTTGCTGATAGTGAAGCACTCATCGGTCTTTTATTTTTTATTTTTATAGGTTGCAGGATCAAGACTTTACTCCTAATAATTTTGTGCAGTTGAAAAAGGCACTCATGCAATATTTCAGACCATCTTCTTTTGTGAGACAACACATTGGAAACAAACCTGAAGAGCATGCTTTATCTTCTACAGTTCGTGGCAGCCAAATGGAATCTAACTTAATAAAGTTGTATGCGATCCCTCTAAAGAAGAAAGATGAAAATCCAAGAGCTCAACATGAAAGTTACGTTTCTGCCCTATGGAAATTGCGTGATCAGGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAAGTACTACAGTACAGGATTTGTCAAGTTTCTTTACTTTGCTAGTTGATGCTGTTATATTTCTTCCTTTCTTGTAGACCCTTTAGTTTTAATAATAAACAAAATTTAAGAGACGTGATATGTTTTCTCATGTCAGATTTTATCCATGAAGTCACCATCTTTCACGAGATCAGTCTCAGAGCGGGAATGGTTAAAGAACTCTGCCAAGATCTGGGAACAGGTAACGAACTCCCCAACCATATTAGAGTATTGTAG