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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_33927 LG10 2929064 2932469 somatic embryogenesis receptor kinase 4
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 2929918 intron_variant
T/C 2929921 intron_variant
T/G 2929953 intron_variant
A/T 2930060 intron_variant
A/G 2930089 intron_variant
G/T 2930220 synonymous_variant p.Leu294Leu
G/T 2930905 intron_variant
T/A 2930925 intron_variant
T/C 2931020 intron_variant
G/A 2931308 splice_region_variant&intron_variant
G/T 2931489 missense_variant p.Trp393Cys
G/T 2931494 missense_variant p.Gly395Val
A/T 2931916 upstream_gene_variant
C/G 2931927 upstream_gene_variant
A/C 2931932 upstream_gene_variant
T/C 2932125 upstream_gene_variant
A/T 2932442 synonymous_variant p.Ile557Ile

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_33927.1
MIYQWLFIIKLVYLVVCFVAAQNSSNSQQPLDYRYACLDQSSAPPSASYQTNLDNLFTSLSSDSATSNGFGNRTSGVNQDMVYGLYLCRGDVNTSLCNTCVQNSSILLMQHCPNNASAILWYPYCLLRYSNQNFFGNLTLTPRIPMFDATQNSTSAGEFDSDAQVLMNGLIQIGSEAPLKFGTHMFNINGTQRRYGWVQCSRDITAEECRTCLSNMLEDVDNCCQEKKVWRIFSPSCIVMYETQPFFLNGTDSAPPPQQDNAATDGNNRRWWPIVIIVIAGIVVLALLAISIYYCYLKRKKDKQTIQEEGLNSIFSQEQTEKEESMNTDLPMIPLNTKKGVHLDWKNRLNIINGIAKGLLYLHEDSRLRVIHRDLKASNILLDHEMNPKISDFGLARTFGGDQRQANTIRVVGTYGYMAPEYAMEGLFSVKSDVFSFGVLLLEIISGKMSSKFYQSDKGQSLLVYAWNLWCESKGLELMDPSIEKSSVHSEVVKCMHIGLLCVQEDAADRPTMSSVVHMLASDTMSLPCPTRPAFSVGRAAIERESSSNTSMHYSLNEITVSEVIPR*


CDS Sequence:
>Vu_33927.1
ATGATCTATCAGTGGTTATTCATCATCAAACTGGTATACCTCGTTGTTTGCTTTGTTGCTGCTCAGAACAGCAGCAACTCACAGCAACCACTTGATTATAGATATGCTTGTTTGGACCAATCTTCTGCTCCTCCCTCTGCTTCTTACCAAACCAACCTCGACAATTTGTTCACTTCCCTCTCATCTGATTCTGCTACCAGCAATGGTTTTGGGAATAGAACTTCAGGTGTTAATCAAGACATGGTTTATGGACTCTACCTTTGCCGTGGTGATGTGAACACCAGCCTTTGCAACACTTGTGTCCAAAACTCTAGCATCTTGCTCATGCAGCACTGCCCCAACAATGCCTCTGCTATTCTCTGGTATCCCTATTGTCTTCTGAGGTACTCAAACCAGAATTTCTTTGGAAATCTCACCCTTACGCCAAGGATTCCCATGTTTGATGCCACGCAGAATTCTACTAGTGCTGGAGAGTTTGACAGTGATGCTCAGGTTTTGATGAATGGTTTGATACAAATAGGGTCAGAGGCACCCTTGAAGTTTGGAACACATATGTTCAACATAAATGGCACTCAGAGAAGGTATGGTTGGGTGCAGTGCAGCAGAGACATTACAGCTGAGGAATGCAGAACATGTTTGAGCAATATGCTTGAGGATGTTGACAATTGCTGTCAGGAGAAGAAGGTGTGGCGTATCTTTTCTCCAAGTTGTATAGTTATGTATGAAACTCAGCCTTTCTTTTTGAATGGTACTGATTCTGCACCACCACCTCAGCAAGATAATGCAGCCACAGATGGGAATAACAGAAGGTGGTGGCCTATAGTAATCATTGTCATAGCTGGAATTGTAGTACTAGCTCTATTGGCTATCAGCATATACTACTGCTACTTGAAAAGGAAAAAAGACAAACAAACTATACAAGAGGAGGGACTAAATTCAATATTTTCACAAGAACAAACAGAAAAGGAGGAGAGTATGAACACTGACCTTCCTATGATACCTCTGAATACCAAGAAGGGTGTCCATCTGGATTGGAAAAATCGATTAAACATTATAAATGGGATTGCTAAAGGGCTTTTATATCTACATGAAGACTCAAGATTAAGGGTTATTCACAGAGACCTGAAAGCAAGCAACATTTTGCTAGATCATGAAATGAATCCTAAAATCTCAGACTTTGGATTGGCAAGAACATTTGGAGGAGACCAGAGGCAGGCCAACACAATTAGAGTTGTTGGAACATATGGATACATGGCTCCAGAGTATGCTATGGAAGGTTTGTTTTCAGTGAAGTCAGATGTTTTCAGCTTTGGTGTTCTTTTGCTAGAGATCATCAGTGGAAAAATGAGCAGTAAATTCTATCAGTCAGACAAAGGCCAAAGCCTTCTCGTATATGCATGGAACCTCTGGTGTGAAAGCAAAGGGTTGGAATTGATGGATCCATCAATAGAAAAATCAAGTGTACACAGTGAAGTTGTGAAGTGTATGCACATTGGACTGTTGTGTGTGCAAGAAGATGCAGCAGATAGACCAACAATGTCAAGTGTTGTTCATATGCTTGCAAGTGACACGATGAGTCTTCCCTGCCCCACACGCCCTGCATTTTCTGTTGGAAGAGCAGCCATTGAAAGAGAATCTTCATCAAACACTTCTATGCATTACTCTCTCAATGAAATAACAGTCTCTGAAGTGATACCAAGGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_33927::LG10:2927064-2929064(+)
ATTTGTTAGATCTATAGTGTATATAGTTTTGTACTAGGCGCGCTGTTTATAAAATTTAAATTCTATGGTTATTTTAGATAATTGTAAAGTTTATACTTATATTATAATTTCTAACTATTGTATCATATTAGATATGTGATAACTCTTCTATATAGTTCATTACTATATTTTTGAGATGTTACACAAATAATTATAAAATAAATAATTTATATACTTTTTTATTATTAAATATTCTTTATTATAAATAATTATTTGAATTAAAAAATAATTATTAAAAAGATAAAATAATAAAATATTAGTTTTAATTTATAACACATGTAAATTTATACCAATAGTTATTTAAAGGATAAAAATAGTAATGTAATTATTTTTATTTAAAATAACGATTAATTAAGATATAAAATTGAAAAAAGTATGTACAAAAAAAAATGTTACAGATAAATAAAAAATAAAGTAATTAATTAATTTTTATATTTTAACAATAATAATTTATAAATAATATTTGAATATTTAATTAAAAAATATTTATTAATTTTTAGATAATTTATTAACAAAAGTTAATTTACATTGTTATCAAATAATCACACAAACTAATGCATTATTCTCCTTATTTCTTTAAAAGGTGAATTGAATGACATATTTTTTTGAAAAAAGTACGAATGACACGACGTAGCATTTGGTTTATCCTATTTCATAAATAAACCTTTCCAACACTCTATACTCTATTATGTTGTAATTAAGTTTGACTTATAATTCCATCCTAACATGACAATTTTTACATTCATTTAAAATATAATATACAAATAAAATAATTATAAAAAAATAAATTTTTATATTTTAAAAAAGTATATATATATATATATATCATATAAATATAAAATTTTATATATATCAAAATATTATATCTCTTGTAAGATTGAGACAAATTTATAATTTGGTTATTTTTCCTTGATCTTAGCCAAATTATACTTTAATCATTTATTTTTCTTTTATGTCTCATTCAGTATACTCCTAATCTGCCAGAAAAAATTAAAATAAAAAATTATAAATTATAAAGTGTTTGGATCATCAATCCAAAGACATATACTTTCAACATTTATGAATATCTTAACCAAACATGATGAAGACATTGGATGGTGTATTACCTCAATTATTTGTATGCCAAACATGGTTTTAACTTTATCAGAGGTACCAATGTTGACCATGATTATGTTTTTAATATTAAACTATTTGTTCATTGGTTATAAACACCAACCCTCTGCTATTTGATTTTTCAATCTCACAAATTTCTATCTTATCTGGCTAAGCCTCACCAACGCGCTTCCAAATATGAACCAAACTAGACGAAATTCAAAAATGAACATAAGAATAAGATTTTATTAAATAATACTTTTACACTCTGTCTAATAATCTTACATTATTTAAAAAGTTGATATTTAAAACAGTTTAAACATTATTTTTTATATTTTTTGAAATACTTTTTAAGAATAAAATTGTACGGAATGCTAAGTTCCAAAACAGATAAATTTTCTATTGTTATTTTTTTATTTGTTTTTAAAATATAAATTGTGATTAGTATAAAATGATATAAATTTTATGATTAATATTAAATAATATTACTCTTAATGTATTAAGAGTGATTTTTATTATTTTGACTTTTACCAGTGTGAATGTAATAAAAATATAAAAAACATAAAATATAATAAAAATTCAATTGAAAATACATAAATTATAAAATTTGATACTTAATTAAGCCCGAACAATTTCTATAAAGTTAATTTAGTATTAACCAATTTTTGAATTTTTCTAATACTATATGGGTTTCACACTTTGCGTTTTGGAGGGTCAAAAAGTTGATGCTACAAGCTAAGAACATGAAAATGAGCAAATGTCAAACGGTTGACAAATTGATGATGTATAACTTCGAAATCTAGGCCTCTGAAGCACTCCTCACATAATTATGCTGATGATACACAGTGGTGATTGCAGCAAAAGAAGAA


Gene Sequence:
>Vu_33927(+)
ATGATCTATCAGTGGTTATTCATCATCAAACTGGTATACCTCGTTGTTTGCTTTGTTGCTGCTCAGAACAGCAGCAACTCACAGCAACCACTTGATTATAGATATGCTTGTTTGGACCAATCTTCTGCTCCTCCCTCTGCTTCTTACCAAACCAACCTCGACAATTTGTTCACTTCCCTCTCATCTGATTCTGCTACCAGCAATGGTTTTGGGAATAGAACTTCAGGTGTTAATCAAGACATGGTTTATGGACTCTACCTTTGCCGTGGTGATGTGAACACCAGCCTTTGCAACACTTGTGTCCAAAACTCTAGCATCTTGCTCATGCAGCACTGCCCCAACAATGCCTCTGCTATTCTCTGGTATCCCTATTGTCTTCTGAGGTACTCAAACCAGAATTTCTTTGGAAATCTCACCCTTACGCCAAGGATTCCCATGTTTGATGCCACGCAGAATTCTACTAGTGCTGGAGAGTTTGACAGTGATGCTCAGGTTTTGATGAATGGTTTGATACAAATAGGGTCAGAGGCACCCTTGAAGTTTGGAACACATATGTTCAACATAAATGGCACTCAGAGAAGGTATGGTTGGGTGCAGTGCAGCAGAGACATTACAGCTGAGGAATGCAGAACATGTTTGAGCAATATGCTTGAGGATGTTGACAATTGCTGTCAGGAGAAGAAGGTGTGGCGTATCTTTTCTCCAAGTTGTATAGTTATGTATGAAACTCAGCCTTTCTTTTTGAATGGTACTGATTCTGCACCACCACCTCAGCAAGGTATGAGTTCAGTTTTTTTCACCTTCATTCTGACACATTCATTTGCTACGGTTTATAAGATCAGTGAAAATTCATTTCCTTAAATTTGGATTGATGGTTAAAGTGTTGTTATTAACATCTTCTGTTGAAGATTATCTTGTCACAGATTTCAAAATTCATACCCCTTGCTCCCCAACAACTTTGGGCTAGTTTGATCCTGAGTTTTTATAAGGCCTGAAATAAAAATATTTTCACTTCTCACCATTTTACACATTAAACTTTCTTTTTCTCTAGATAATGCAGCCACAGATGGGAATAACAGAAGGTGGTGGCCTATAGTAATCATTGTCATAGCTGGAATTGTAGTACTAGCTCTATTGGCTATCAGCATATACTACTGCTACTTGAAAAGGAAAAAAGGTAAGCATAAAGAACGTTGGATAAACCTCTTCAGAAACTCTTGTAGGAGAAGAAAATTGATATAAGAAATATGAGATAAAGCTTTTCCACAAACTAGAATTAGTTTATGTACATATGTTAAACTAATTTGTAAAAGCTTTATCCTGTTAACTACAAAAAAAGTTGATGTTTAACTTATTTATAAGCTAATTTTAGTCTGTGGAAAAGATTTTTGATTTCTTATTTTCTTCTTTTGCAAGTGTTTCTAGAAATAAAGTTCCAATCATATCATAACTCAAAGTGTTCTCTCAGCCAAGGCTATCTATCACTTCCTGTTTATGTCTGATAATTTCATCTTTGCAGACAAACAAACTATACAAGAGGAGGGACTAAATTCAATATTTTCACAAGAACAAACAGAAAAGGAGGAGAGTATGAACACTGACCTTCCTATGATACCTCTGAGTACTATTCTAAAATGTACAAACAATTTTTCTGATGAACAAAAACTGGGGAAAGGTGGATTTGGACCTGTCTATAAGGTAGTGAATTAGGATATCAGACATGATGTTTACTTGTTTGGTTTCTCCACTTACTTATACATTTGAAATATATTCTAGGGTATATTACCAGATGGAAGACAAATTGCTGTTAAAAGGCTTTCGAAAACATCAGTTCAAGGTGGGGAGGAATTCAAGAATGAAGTAATATTGATTGCTAAATTGCAGCATCGCAACCTTGTGAGACTGTTGGCTGGCTGCATTGAGCAAAATGAAAAGCTGCTAGTCTATGAATTCATGTCAAATTCAAGCCTTGATTTCCACCTATTTGGTATGACTCCAAAACAATGACCCAGTTGTTCATTATTTCATTTCTCATCGTTGAAATAAATCAGCAATTTGGCAGAAGATCTTGATATATATTCCGATATAAATTTCTGAGTTTGATTACATATAATAGAAGTTAGTTCATGCACAAACACCAACACAACATTTTGCTACCTAGTTCATATTTGCTGTGGATGTAGTCATATTTCTCACTTTGAATGGCATGTTTTTGAATATTGTGATCATATTTCTTAGAATTGCGTTTCAGATACCAAGAAGGGTGTCCATCTGGATTGGAAAAATCGATTAAACATTATAAATGGGATTGCTAAAGGGCTTTTATATCTACATGAAGACTCAAGATTAAGGGTTATTCACAGAGACCTGAAAGCAAGCAACATTTTGCTAGATCATGAAATGAATCCTAAAATCTCAGACTTTGGATTGGCAAGAACATTTGGAGGAGACCAGAGGCAGGCCAACACAATTAGAGTTGTTGGAACATAGTATGAACCATTCTCCTTCTTTCAATTGTGTACCAAATTCTTCACATGAATATGTAACTATGAATTGCCACATAGCATCACAATTCATTTTCTAGCCTTCTCCTCTTGCTGAATTTACATGATATTGATAAAGCTTACCGTTACATTGATTTTGAGCAGTGGATACATGGCTCCAGAGTATGCTATGGAAGGTTTGTTTTCAGTGAAGTCAGATGTTTTCAGCTTTGGTGTTCTTTTGCTAGAGATCATCAGTGGAAAAATGAGCAGTAAATTCTATCAGTCAGACAAAGGCCAAAGCCTTCTCGTATATGTATGTTTCCAACTTATGTTTATGTTCAAATATCTTCATGGTACATGCACATGATATGCTTTTACTCCCAAAATGTTTGTTGTCACCTACTCTAGCATAAGACAAATGTTTTATGTTGGTTTTACCTGTGTTTTAGTCTTAAAGCTTCCTTAAATATCCATTATAAGAAGAGTACTAATAATACTTTTGCTCTTGGTTGAAACAAATTCACTCCTAGAATTTCTCTATTGTTTAACCTTATGTTCTCTTCATTTTCTTCAAGTGGTTCTATCTAAATCATCTGCATTTACTATCGTAGGCATGGAACCTCTGGTGTGAAAGCAAAGGGTTGGAATTGATGGATCCATCAATAGAAAAATCAAGTGTACACAGTGAAGTTGTGAAGTGTATGCACATTGGACTGTTGTGTGTGCAAGAAGATGCAGCAGATAGACCAACAATGTCAAGTGTTGTTCATATGCTTGCAAGTGACACGATGAGTCTTCCCTGCCCCACACGCCCTGCATTTTCTGTTGGAAGAGCAGCCATTGAAAGAGAATCTTCATCAAACACTTCTATGCATTACTCTCTCAATGAAATAACAGTCTCTGAAGTGATACCAAGGTGA

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