Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_33526	LG9	44017681	44021554	PREDICTED: auxin response factor 18-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/A	44017708	5_prime_UTR_variant
A/T	44017742	5_prime_UTR_variant
C/T	44018310	5_prime_UTR_variant
T/G	44018311	5_prime_UTR_variant
A/G,*	44018370	5_prime_UTR_variant
T/A	44018594	5_prime_UTR_variant
T/G	44018603	5_prime_UTR_variant
G/A	44018913	missense_variant	p.Ala81Thr
A/G	44019113	synonymous_variant	p.Pro147Pro
A/T	44019447	stop_gained	p.Arg259*
C/T	44019519	missense_variant	p.Pro283Ser
G/A	44019630	missense_variant	p.Glu320Lys
C/A	44019753	missense_variant	p.Leu361Ile
C/T	44020038	intron_variant
G/A	44020494	missense_variant	p.Cys514Tyr
G/C	44020549	missense_variant	p.Lys532Asn
C/G	44020553	missense_variant	p.Pro534Ala
A/G	44020640	missense_variant	p.Thr563Ala
A/G	44020665	missense_variant	p.His571Arg
A/G	44020761	missense_variant	p.Gln603Arg
G/A	44020883	missense_variant	p.Glu644Lys
A/G	44020892	missense_variant	p.Arg647Gly
A/G	44021001	splice_region_variant&intron_variant
A/T	44021327	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_33526.1

MREMITFMDSKEKSKEAEKCLDPQLWHACAGGMVQMPAVNSKVYYFPQGHAEHACGPVHFRTCPKVRPLVPCRVTAIKYMADPDTDEVYAKLRLAPLSVNEADYDREVVGPETQDKPASFAKTLTQSDANNGGGFSVPRYCAETIFPRLDYSADPPVQNILAKDVHGETWKFRHIYRGTPRRHLLTTGWSTFVNHKKLVAGDSIVFLRAENGDLCVGIRRAKKGIGGGLEGSSGWNPAGGSCPMPYGGFSPFLREDDNRILRNGNGNGLNPSVSMTGRGKVRPEAVVEAANLAANKQPFEVVYYPRACTPEFCVKAPLVEAALQIRWCSGIRFKMAFETEDSSRISWFMGTISSVQVADPLNWPNSPWRLLQVTWDEPDLLQNVRRVSPWLVELVSNMPAIHLSPFSPPRKKLRLPQHPDFPLEGQIPLPTFSGNLLGPSNTNQFGCLPESTPAGMQGARHGHYGLPISDLHFSKLHSGLFPAGFPPIDHAATPMRISNNQPLQKPSISENVSCLLSMANSTPSSKKTAEGKTPQLVLFGQRILTEQQISLSSSVDTFSPVLTKNCCSDGHADKVPNISDCSGSALHQQQGLQEQRSSCERFQWYKDNPQETEAGLEAGHCKVFMESEDVGRTMDLSLLRSYDELYRRLADMFGIEKSEMLSQVLYRDSNGAVKHIGDEPLSDFIKSARRLTILTDSGSNNVGV*

>Vu_33526.2

CDS Sequence:
>Vu_33526.1

ATGAGAGAGATGATTACATTCATGGACTCGAAAGAGAAATCGAAGGAGGCAGAAAAGTGTTTGGATCCTCAGCTATGGCATGCGTGTGCAGGTGGCATGGTGCAGATGCCAGCAGTGAACAGCAAGGTCTATTACTTCCCCCAGGGCCATGCTGAACATGCATGCGGACCGGTTCACTTCAGGACCTGCCCCAAGGTTCGGCCTTTAGTTCCATGCAGAGTGACTGCCATCAAGTACATGGCTGATCCCGACACCGACGAGGTGTATGCAAAACTCAGGCTTGCTCCTTTGAGCGTCAACGAAGCTGATTATGACCGAGAAGTTGTTGGCCCTGAAACTCAGGACAAGCCTGCTTCATTTGCAAAAACCTTGACCCAATCTGATGCCAACAATGGTGGGGGGTTTTCTGTTCCGAGGTACTGTGCTGAGACAATTTTCCCAAGACTAGATTACTCGGCTGATCCTCCTGTTCAGAACATCCTTGCCAAGGATGTTCACGGGGAAACATGGAAATTCAGGCACATCTACAGGGGCACGCCGAGGCGGCATCTGTTGACAACTGGATGGAGTACTTTTGTGAATCACAAGAAGCTTGTTGCTGGAGACTCGATTGTGTTTTTGAGGGCAGAAAACGGAGATCTCTGCGTCGGGATTCGGCGAGCGAAGAAGGGGATTGGCGGGGGACTTGAGGGCTCCTCTGGCTGGAACCCTGCGGGAGGAAGCTGTCCTATGCCCTATGGTGGATTTTCACCTTTTCTGAGGGAGGATGACAACAGAATCCTGAGAAATGGTAACGGCAATGGGTTGAACCCAAGTGTGAGCATGACGGGCAGGGGCAAAGTGAGACCAGAAGCTGTAGTTGAAGCTGCAAATCTCGCGGCCAATAAGCAACCATTTGAGGTTGTTTACTACCCTCGGGCATGTACTCCTGAATTTTGTGTGAAGGCTCCACTGGTAGAAGCAGCACTGCAGATTAGGTGGTGCTCTGGTATAAGGTTCAAGATGGCCTTCGAAACGGAGGACTCCTCACGGATAAGTTGGTTCATGGGAACCATATCGTCAGTTCAGGTTGCCGATCCCCTTAACTGGCCTAACTCACCTTGGAGACTTCTCCAGGTGACATGGGATGAGCCGGATTTACTTCAAAACGTGAGAAGGGTGAGTCCATGGCTGGTTGAGTTGGTGTCAAACATGCCTGCCATTCATCTTTCTCCATTCTCACCACCAAGGAAGAAATTGAGATTGCCTCAACACCCAGATTTCCCCCTTGAAGGGCAGATTCCTTTGCCAACATTTTCAGGAAATCTTCTTGGTCCCAGCAACACCAATCAGTTTGGTTGTCTACCCGAAAGTACTCCTGCTGGCATGCAGGGAGCCAGGCATGGTCACTATGGTCTTCCCATATCGGATCTCCACTTCAGCAAACTACATTCAGGTCTCTTTCCTGCTGGTTTCCCGCCTATTGATCACGCTGCTACGCCAATGAGAATCTCTAATAACCAGCCATTGCAAAAGCCCAGCATCAGTGAGAACGTCTCTTGCTTATTGTCTATGGCAAATTCTACTCCATCTTCAAAGAAGACGGCCGAGGGGAAGACACCCCAGCTCGTGCTTTTCGGCCAGAGAATTCTCACCGAGCAGCAGATATCTCTCAGCAGCTCCGTTGACACATTCTCCCCAGTTCTTACCAAAAATTGTTGCTCCGATGGACATGCAGATAAAGTACCTAATATTTCTGATTGTTCTGGATCGGCTCTTCATCAGCAGCAAGGCCTACAGGAACAACGTTCCTCTTGTGAGAGGTTTCAATGGTACAAAGATAACCCCCAAGAAACTGAGGCCGGTCTGGAGGCTGGTCATTGCAAAGTTTTCATGGAGTCAGAAGATGTAGGCAGGACTATGGACCTCTCGTTGCTTCGGTCCTATGATGAACTGTACAGAAGGTTGGCAGACATGTTTGGCATAGAAAAATCTGAGATGTTAAGTCAGGTGCTCTATCGCGATTCTAATGGAGCTGTCAAACACATTGGTGATGAACCATTGAGTGACTTCATAAAATCAGCCAGGAGGTTGACTATTCTAACGGATTCTGGCAGCAACAATGTAGGAGTGTAG

>Vu_33526.2

Promoter Sequence:
>Vu_33526::LG9:44015681-44017681(+)

TCAATTTCAATTTCTTAATATAATCCCCATGTTATGCACACATGTAGAGATTAGAGTTAATAATGTAGTTACCAAATCACAAAGCAACTAAGTCTTAAAGGATTAGTTCTAAAACATTTAAATTTTACGGCTAATTAATACCGTCGTTTAAATGATATCCAATGCGGTAAATGTAGGGGTTATTTACATTGTAAAATACTAAACATTTTCACCATTTTTAAAATTTTAAAATATGTAACACGGTTTTTTTTAAAAGCAGCTCATAAGTTATTAACTAATAATATTTCTTTTATGGGTTAAATTGTGAGTTGAATTTTTAAAACACAAATGTGTCTAAAACCATATCTACCGAGAAGAGAGTAAAAAGTGGGGTCATAATCGAGTCTTGACTACGTTGGCTTCAAAGACCATGGAACCGCGGACCCACCATTAAACTTCACAAAAAATATAATGTTTGGTACGATACTACCTGAATTTTAAATACACTTAATCATACGTGAATCAATATCATTTTTTTTTATATCGGATAAGTATTGCATGTTCACTATACGATGTTATCTTCTTCTGTTTTCAAAATATCACATCTTAATTAGAGATTTAGTAAATAATCAATTCATTTAACACAGATAAATTAGGTCGGTAATTTAAATAATTTTGGCCAAAAAACACATTCACATGCTTTGAATTATGGTAATGTGCATCCAATAAACCATGTTTGTGTGTGCTAAAACTCCTTTTTGTAAGCTAAGCTATGAAGAAAATGTTAAAAACTAAACCGTGGGGTTGAATCTATTACCTATTGCACAGTCCCACACCCACATACACTAACCACTTCCTTCGACCAAAAATAAAACCTCAACTTAACTTTATCACGGATCATTTCTGTCACCAATTTAATTCATATACAATCACTTTCATTTCATTATCATTCTTTTATAAACCATTTTGTTTTCTTCTCTATAGACTTTTCCAAATATTATATTTTTGTAAAAGTGCTTACTTTATGAGTATGAACGCGTAATACTTTTCTTGAAATAAATTAAACCCTTCTGTTAGATAAATTGACGAAGTATTATTTTTATTTTTAATAATTTGATCAATCGATATTCTTCTCCTCTATTATTAGGTAGTTACATTGATGAATAAAAAATAAAATAGTTTACGCAATAAATAAATTTATGCTTTCGATAAGATAAACCCATTTTTGTTCTTACTTTAATTTTTACTCTTTTCTGTCAGCTTATGATCCTCGATGCATAAAATGATTAAGGAAGCTTTTAGATAACTTTTGCATATTAGTAGACAAAGAAAGAAGCAAGCACATATTAATCATATTAAAATAGTGACAGAAAACTTTGGTGTTTATTTTTGGCACTATAAAAGCAAAACATGTTATTATATTTTTTAAAGACTATAATAATAATAATAATAATATTATTATTATTATTATTATTGTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTTGAGTTTGTTCACTAGATTTTAGAAAAATCTATCAGCTAAAAATGTGCATATATTGTTTTTAAAACAGCGATACAACTCAGCTTCCTTTAATATGTCTTTGTTGTTTTGCTGGCTTCTGAAGATAAGGGTTTACTTTTTCAGATCCGACGAAAAAGGAGAAAACAAATTTCATTTACGAGGATCTGGCTAAAAGAAAATTTATAGTGTGATGATTAAGTCTAAATATCTTTAGATTATGAATTAATTAGAAAACATTTTGAACATAAAGGTTAAAAATGTAACAGTGAATAATGTTTTTCTGAAAGGGAAAATAGGAAACAGTTGCAGAGACAGAGAGTGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGTGGGATTATTATTATTACTAAGGGAGTCCAACAAACAGCAGGGAAGGAGCAGAGTCTGATATTTGTTGCTAAAGAAAAGGGGTTTTTGTTTATTTATTGATTTATTAATTAGTTAATTAATTAATATTTAATTTAGTGTTAGTTTGTTTGGTGTG

Gene Sequence:

>Vu_33526(+)

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