Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_33099	LG9	32758178	32763014	PREDICTED: transcription factor PIF3-like isoform X2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09132 Signal transduction		C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]

SNP	Position	Effect
T/A	32758184	3_prime_UTR_variant
A/T	32758186	3_prime_UTR_variant
A/G	32759002	downstream_gene_variant
A/T	32759122	downstream_gene_variant
G/A	32759151	downstream_gene_variant
T/A	32760587	downstream_gene_variant
A/C	32760588	downstream_gene_variant
C/T	32762199	5_prime_UTR_variant
A/G	32762261	downstream_gene_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_33099.2

MPLYELYRLAREKLGTENNSTRASDQCSSPENDFFELVWENGQISSQGQSSKVRRSPSCKSLPSHCLPSHSPKGRDKDVGYGANRIGKFRDLDSGLNEISMSVPSREVDFCQDEDVLPWFDYPTMDSSLQHDYDSDFLPAPTSFTLSDKKSNSRMALRDSHKTSEEQGNAFKDSSAEQVGTVEPKASTNQLYPPSLHHCQTSFVSSRSRTSDITENNNTSNANQDATYGEITNFLSSSSDFSSPKGKKQEPPLPGNGSSSTIMNFSHFARPAAKVRANLQNIGLKSGLSSARSDSMEIKNKDAAATSSNPPESIVIDSSGECPKELTIHCQQNVDQSKTDLNTSLSKAVEQNAILSKQSETACNESSTKIDQIADQVLGDSGAKGQTTAEKSMEAAVASSSVCSGNGADRGSDEPNKNLKRKRKDTDDSECHSEDAEEESAGVKKASGGRGGTGSKRTRAAEVHNLSERRRRDRINEKMRALQELIPNCNKVDKASMLDEAIEYLKTLQLQVQIMSMGAGLYMPPMMLPAGMQHMHAPHMAPFSPMGVGMHMGYGMGYGVGMPDMNGGSSRFPMIQVPQMQGNHIPVAQMSGPTALHEMAGSNLPRLGLPGQVHPMPMPRAPMLPFSGGPAMNSSALGLHACGLSGLVETVDTASASGLKDQMPNVGPLVKQSTGGRDSTSQMPTQSETAVVGFEQSAMVHNSGHTSGANDNGALNPCPSR*

>Vu_33099.1

CDS Sequence:
>Vu_33099.2

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>Vu_33099.1

Promoter Sequence:
>Vu_33099::LG9:32763014-32765014(-)

TGAACTTATTTTTGAAAATGAAGGAAGGAATAGATAAAAAAAGAAAAAAAAATAGAAATTGATTACGTGGTTGGAAAGAAAGAAATCCAAGTTGTAACGACAGAATGACCTGTGGCGTCTTACCTTATATAGATAGATAGACGGCTGCAAATTGCAGAGCAGAGCTGCAAAACAATAATGACAAAACATCTCACGCATTACTCGAATTAAGGTGGCTATTGCAGTTCAGAGAGGACCAAAATCGTGTCCTCTTTTCGAAGGAAGTAGTCACACATGATTCTATGTGACTTCTAAAAACAGCAAAAGTGAGAAAAGAAGAAAAGAACGTGTCTGTCTCGTGAATTTCACCATCGCACGTGAAACCCACATGCACTGCTCATGGTTGTCGCTCCCTCACTGTTTTCTCCTTCAGATAATTAAATACCATAATAATAATATTCAATCTGGAAATGCAAATGCAATGCACCAGAAAAAAGATAGAAGGTCCACATGGATGGAGCCAAATCCCGAACCAGGTCAAGAAGGCTCCAAGTGGACGTTGCTCATTCACCATGTCTCCTCATATAATAAAAACTATTTCAAACCATATAAGCCTTCTTCCATAATGCTCACGTTTTTTTAAACTTTAATTATTCAATTTTCATAAAAAAATATAATTTTTTTCGTATGAAATTTAATATATTTACTCTCAAACTTTAACTTTTTAAATAAATTAATATAGTTTATACAAGAGGCATTTCACATATAAAAGAAATAATTGAATTGAACTAAAAAAATATATCTATCCCTAACCATATTTAAACTTTTTCTTTTCTCTCCTCTTTTACCAACAATGAACTTAATTTTTATTTTATTTTATTTGAAAAGACAACGAAACATCCAATCCTTGTGGATTATCTCGTTGACCCATAACTAATCCTGTTTTCGCTTAACTCCCACTTTTGGCGTCCCTTTCCTCTTTCTTTGTTCTAATTTTCTACAAACAAATCTCAAATCATTTTTATAACCTCTTTAGGTGGTCCCTACATGCAATCTAATTAGTGTTTATATTACTAATGCAATCTATGAAAATAAAGGGACCACATCTAATGAAACCAACTCAAGGGTTACCAATTTATGAGATTCTACATCAGCCTTTCAATTCTTTAACAAAACTGCCATTAATTAAACCACTTTAACTCTTATAATTTCAAATCATTCTTCTAAACCCCTTCCTTACAACAAATTAAAAAAAAAAACTGAAAGAAACATCGAACCACTCCTCTTCTGGCATCATTGCAGTGGCGAGCAATCAGAACCCACCACTCAATTAATCAGAGTCTTTCCAACAACGAAGGCAAGAAAGATTGCACTTTTTGTCAATTTGGATAGTGTCATTGACTTTGTTAATCTTTTAACCCTCAATTTATTAAGCACAGGGATCTGATTTGAGTGTTATTTTTCATGATTATCTACTTCAAAGAGTGTCATTGCCAAAACAGGTTATAATGATATGGATATGATTCTGTTGGTTGCATTATGGATGCACTCATACACATCCACATTTTGCTAAGATAATATATACAAAACCACAAAACATGGAAGATGATACTTTCCTTCTAAGTACACAGAATACAGACACGCACACAGACAAATACTCCTCCTATCTTAATGTGGTGTCACAACATGCCAAACCTACCCATCATTGAATAATATTTTTTGTGTTGCTAATTGTTTATCAAATTATACCAAAATAATATTTATATTTTTAATGGATTTTAATCAATAACACAGTAATATATGTTTTTAGTTATTTCGTTAGAACAAAAATTAGACGAAAAATTTTTAGACTTTTTTTATTAATTTGGTTAAAGTAACACCAGAACACTCCAGAGATTGCATTTAAGTATTTTTAAGAAACAAGAGGAGCGTGTGATCCACTCGCTTAAGAGGAAGGTGACCGTGTGGTTTTGGAAGGGTCCCAGAAACTTAAACCACGACATCTTCTTTGTGACTAAACC

Gene Sequence:

>Vu_33099(-)

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