People Important Links Contact Us
Chickpea portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Menu

Genetic Resources

Genomic Resources

Agronomic Practice

Publications

Nutrition

Social Resources
  • Maps
  • Gene Families
  • Gene Search
  • MARKERs  
    • SSRs
    • SNPs
  • JBrowse
  • Download

Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_32065 LG9 9410012 9413139 PREDICTED: zinc finger AN1 and C2H2 domain-containing stress-associated protein 16-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 9410869 downstream_gene_variant
A/G 9410891 downstream_gene_variant
T/A 9411363 downstream_gene_variant
C/T 9411603 downstream_gene_variant
C/A 9411892 downstream_gene_variant
A/G 9412412 missense_variant p.Lys44Arg
C/A 9412959 synonymous_variant p.Ala226Ala
T/A 9412971 synonymous_variant p.Ser230Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_32065.1
MGTPEFPDLGKHCSVSDCKQIDFLPFTCDRCHQVYCLEHRGYIKHQCPKADNQDVTVVVCPLCAKGVRLVPDQDANITWENHVNTDCDPSNYEKVTKKKKCPVPGCREILGFSNTIKCRDCMVDHCLKHRFGPDHKCPGPRKMETSFSFRNLLNVSKKQESKPQPSSSASSRWSTGFLNAVSNIRSSAEAGVSKLSEANQGWWKASGGVGASQSSGQVEQCPQCGAKFSSVTALVDHVQKVHERSGNRSGPKVAIDACPKCSRGFQDPVALVEHVERDHGGNSRS*


CDS Sequence:
>Vu_32065.1
ATGGGAACTCCCGAATTCCCAGATCTGGGAAAGCACTGTTCGGTCTCTGATTGCAAGCAGATCGATTTTTTGCCCTTTACCTGTGATCGCTGCCACCAGGTGTATTGTTTGGAGCACAGAGGTTATATTAAACATCAGTGTCCAAAAGCAGACAATCAAGATGTAACTGTAGTTGTATGTCCACTTTGCGCTAAAGGAGTTCGTTTAGTTCCTGATCAAGATGCAAATATAACTTGGGAGAATCATGTCAACACTGACTGTGACCCATCGAACTATGAGAAAGTCACGAAGAAGAAAAAATGCCCTGTCCCAGGATGCAGAGAGATATTAGGATTCTCAAACACAATTAAGTGCAGGGACTGCATGGTAGACCATTGTTTAAAGCATCGGTTTGGACCTGATCATAAATGTCCTGGTCCCAGAAAAATGGAAACAAGTTTTTCATTCAGGAATCTTTTGAATGTGAGTAAAAAACAGGAGTCCAAACCGCAGCCAAGTTCATCTGCATCATCTAGATGGTCTACAGGCTTTCTTAATGCAGTTTCTAACATTCGATCATCAGCAGAGGCTGGTGTGTCGAAGTTGAGTGAAGCTAACCAAGGCTGGTGGAAAGCATCAGGTGGGGTGGGAGCTAGCCAGAGTAGTGGTCAAGTGGAGCAATGCCCTCAGTGTGGTGCCAAGTTTTCCTCTGTTACTGCTTTGGTGGACCATGTGCAAAAAGTTCATGAAAGGAGTGGCAACCGATCTGGACCAAAGGTTGCAATTGATGCTTGCCCTAAGTGTAGCAGAGGATTTCAGGATCCTGTTGCCCTTGTGGAACATGTTGAGAGGGATCATGGTGGCAATTCTAGATCATAA


Promoter Sequence:
>Vu_32065::LG9:9408012-9410012(+)
CACACAAAGACAACAAAAGAAAATAATTTCTCTATATATCCTTATCATTTCCTATTCTTGTGTCAAACAACAAAATCATGGCAATAAAAGAAAAAGTGCAATAAACTCATCTCCTAAAGAAATAAAGAACGTGAATGGGTGAAAATCTTGCTATCAATCATTCAACAAATTCCACTTCCAAATTTATATTTAATATAAGTCATTAATCATGCCATGGTATTTAGATAATCAATGAGATTTTCACCATTTTGGATTATTAATATAGACATATATTTCAACATAGTCCTCTTTTATGACCAACTGGGATAGTCATACAAGGAAAAAAGTCAAACACTAACAATAGAAAGGTTAGAATTTAGAAAATGCTGATGTAATCTTTTCTACTTGATACAGTAATATTGTATACATGGTTATATGGGTTGGAGCACTCTAAGTGTTTCCATATTAATTTTTTTTTTCTGAACAAAAAAAAAAGTCATTTAATCACCAAAATAATAACATTTGCAAATTGTAATTTAAATCAATTTACATTTAATTTTAACATAACGTGCAAACTTGGTTTGTTATTGAGAACTGTTGTAGCGTAGTGAAATCTTAATGGGTAATTTTTTTTTCTTGACCCTATTAGTAATCAGACCCATTTTTTGTGCTCCACATGTTGTTTTGATTTGATTTTAGTCATTTGTTTTAATTTGTTTTTGGTTATTTTTTGTTTTCATGTTTTTTTATTTTATTTTCTTGTCTAATAAAATATGATTGATGATAACTAACACTTTACCTTTCATTAATTTGATATTAAAGAACAATTTTACAAACTTCTTATTATTAAGTCACCTAATGTCAATTAATACTATTAATTTATAGTACAATATCAAATCCTATAACTTATTTTGGATAATTTTTTTTATCTAATTTATATTTGTTAACAATAAGAGTTATATGTCTCCCATATTATCCACCTCAAGTTTTATTTATTTTTTATCAATTTTACAATTATAATCATAAAATCATGGTATTAACTATGATTCAATTTTGATTTTATTGATTGAAAAAGGTCAGAAAATTCTTATTTAAAATTAATTTTCAGTTGTTCCACTTTGCCTAATATATTTTTTGATAATAATGTAAAAGTTCCTCATATGGTGAGAAATTAAACACATAATAAAACGTTAACGTGTTGAAAATACACTTGATGAATAGGCTAACGTGTTTGGAATATATAAAAATTCATCACCATCATTTCATAATTTAATCAACACGTCATTAAACACTTAAAAAAAATAACAATTTTATGTTTAAAATTTTTCAGAGAAACGTTTCTTTAACTTCCTGGAACTATTTTAATTCTTTCTATGCATGAGCACACTTTTATACATTTAACAAATTATAAAGTAAAATAAATTTAAAATCTAATAATAAAATAAGATAAATTTGAAAGCTCCAGTACTTTCATTAATATATAATTTGGATTTTTATAATAGTTTAATTACACATTCCATAGTCTAATACTTTTAAATTAATCATTTCATTAGATTGTCATTTAATAATAGTTATATGTTATTATGTTGATACATTGATATTATTTATGATCGAATAATATGTTTATAACTGAATAAAACCATTTAATTTCAAATAAATTAAAAGATGAATACAAAATTGAATTTTTAAAAGGAGGAAGATTATAATTTAATGAAATTATAAAAACTATAAGTGAATATTTAAGCCAATTTGTAAATAATAAAAGAAGAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAATTTATTATAATAAAAGAAAAAATAGATAAATATATAAATAGTTTAGAATGGAATAAGATGGGTTTTGGGAAGGGTCAAGGTCAGCCCAGGAAGACTCATTCTTTTCCCTTTCTCTTCCCACCTACCTTCATTGTCTGCTCAATTTCAATTTCAACAATTTCATTTTCATCTTCATTTGAGTTGTGTTTGCAAGTGTGTTGGA


Gene Sequence:
>Vu_32065(+)
ATGGGAACTCCCGAATTCCCAGATCTGGGAAAGCACTGTTCGGTCTCTGATTGCAAGCAGATCGATTTTTTGCCCTTTACCTGTGATCGCTGCCACCAGGTTCTTCCCTTTCTCTATCTCTGTTTTCCCCAAAAAAGTGATTTTTTCAAATGATTTACTCCTAATGCTGTAATTTTATTTAGTACTTGTATTACATGAACTATGAGAACAAACCTATTGGACTATTCATCTGGGTATGTGTTTCTTCCAATTTATTTTAATACTGTTATTCTCTAAACTAACTTTTGATCTGATCCATAATACCATTTTTCTTTGCTGGCATAATCTGTACCTAATTGAGCGAAACTCTATTTTCTTATATTGACCAATTTAATTTTTAAAGAATTATGGTGATGAGATGATGAGTTGCTTTTGTGATGAAAAGCTATGAAAGGATGGACTTGTTTTTAATTTTATGTTGAAGTAGGGATGGGAAGTTGGCTAGTTGTACAAGTGTGCAGACTTGAAACAATTCAAGAAATGTGCAGAGGAAGTTGCTTCCAGAATTAGGAGTTGCAGTAAAAGTAGTTATAAACTACGGGAAAAGTGGTAAAGATGTTATAGAGCGGGAGACCAAAGAGGTGGGAATGGTTGGCTCCTTATTATTGCAGCTTATGGTTAGTTGTAGGATAAGACTTAGTGCAGTTTCAGGGGGATTTTTGGGTTTTAAATAGAAGTTTTAACCAATGCCAACCGTTATTGTGGGGTCAACTTCAATTATAACTGGAGAATAGCACTAATAGCACTAAGGAATTGCTTCTTAGTATTGTTCTTATTTTTATTTCCGTGACCCTCAAATTCCACTAAAAGAAATACCATCATGTATATGTTTGTGTGAAAATGGGTATTATAAACTTTTTAACAATTTTTATTGAACTCTTGAGTTAACTCGTAGATCCTTGTAAGATTACAATTAGCTAGAGAAAATGAGCTAACTCAACTCACTATTAAAGTTTTTTATTTGGTAAACTTAGGTATAATACTCGTTAAGGTTGTATAAACACTTGAGTCAAGAACTGAGTCAATAAGTTTAAAATCAAAGCAATCAGCTCTCATTGACCACATTGTGACAATGCTTTATATGAACCATACATTGTTTTTGAAGCTAATGCTGACATTTTATTGGGATCAAGTTATTTTAAGAAATTAACTCTTGTTTTAAAATGTTTTCCCCATAGAAATTTGTGTTTTTATGAATGTATGTATGATTCAATCATTTAGATAGTTTAGTTTAATACTATAGTACTACTAAACTTTATTATTGTAGTTGGATACTTTGTTTTATTGTGGAGCTGAAATGTTGAATTATTGTTGTGTTAAAAGCATAGTTATAAAAAATCTTGCTATTCATGAATGAATCTGTTCAAACTCATATCATTGATATAAATCATTCGATTTGTTCTTTTTCCACCAATTCTCATGAAAAAAAATTGAAAGTCCTATAAACTTAAATTGTTAAATGAAAATGAATTGATGGAACACTAAACTTATCTAATTTTATTGTTCGACTACTTATGTTTCTCTCCCACTCATTCAATGTAAGTTATTTAGTCATTTAATTTGTTCTATTTTTCTAAAATAAGGATTTATAAACTCAGATATAACTAAGAACTAATAATTTTGCTCTATAAGACGGTTGCTCAAGCTGTTTTATTTATGTCTGTTTTAAATTAATGGACACTGCACATCATCGGTACGATCTGTTATGATTCTCAGTTCAAAAATTAGCTTCATGATTCATGATTTGATAAGATTACCTTGGTTTGGTTGAAAGTATTATGTTATGCATTTATGTTATCAATAGGTTGTGTATGAATATTATTTCTTGCATTATGTAGACTCAAAAGTCAATTCTGAAGTAGTTCCATGATTCATGATTTGATAAGATTACCTTGGTTTGGTTGAAAATATTATGTTATGCATTTATGTTATCAATAGGTTGTGTATGAATATTATTTCTTGCATTATGTAGACTCAAAAGTCAATTCTGAAGTAGTTCCATGAGTTTAGGCTACTCTTGAATTTCACAATCATATTTTAAACTTCTAAATTTGAACTAAGCTTAAAACATTTGCACACCTCAAAAGTCAGTTTTGAGTAAATTCTGCTACTGCAATTTTCTGTTTGGTTTGGTTAAGTATTAATTTTTCTTTGGTTCTGAGTAGCACATAAACTTTGGGGTTCGCGCATAAAACACTGTTCTGATTATTGATTTTGTCTGGTGACGTTCTGGGAATTTGTCTGAGTGTGGAATTATTGATTATTATTCCACCTGTGCTAGTTTTAACAGCTTATTGTTTTGATCAAACTTATCAGCAAAATCTTTGCAGGTGTATTGTTTGGAGCACAGAGGTTATATTAAACATCAGTGTCCAAAAGCAGACAATCAAGATGTAACTGTAGTTGTATGTCCACTTTGCGCTAAAGGAGTTCGTTTAGTTCCTGATCAAGATGCAAATATAACTTGGGAGAATCATGTCAACACTGACTGTGACCCATCGAACTATGAGAAAGTCACGAAGAAGAAAAAATGCCCTGTCCCAGGATGCAGAGAGATATTAGGATTCTCAAACACAATTAAGTGCAGGGACTGCATGGTAGACCATTGTTTAAAGCATCGGTTTGGACCTGATCATAAATGTCCTGGTCCCAGAAAAATGGAAACAAGTTTTTCATTCAGGAATCTTTTGAATGTGAGTAAAAAACAGGAGTCCAAACCGCAGCCAAGTTCATCTGCATCATCTAGATGGTCTACAGGCTTTCTTAATGCAGTTTCTAACATTCGATCATCAGCAGAGGCTGGTGTGTCGAAGTTGAGTGAAGCTAACCAAGGCTGGTGGAAAGCATCAGGTGGGGTGGGAGCTAGCCAGAGTAGTGGTCAAGTGGAGCAATGCCCTCAGTGTGGTGCCAAGTTTTCCTCTGTTACTGCTTTGGTGGACCATGTGCAAAAAGTTCATGAAAGGAGTGGCAACCGATCTGGACCAAAGGTTGCAATTGATGCTTGCCCTAAGTGTAGCAGAGGATTTCAGGATCCTGTTGCCCTTGTGGAACATGTTGAGAGGGATCATGGTGGCAATTCTAGATCATAA

NIPGR © 2020

This project is funded by the Department of Biotechnology
Ministry of Science and Technology
Government of India

Visits: 1322398