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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_31775 LG9 3797845 3802706 PREDICTED: serine/threonine-protein kinase RHS3-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 3797854 missense_variant p.Leu4Phe
C/T 3797856 synonymous_variant p.Leu4Leu
C/T 3797951 intron_variant
T/C 3798065 intron_variant
T/C 3798413 missense_variant p.Val42Ala
A/G 3798763 intron_variant
C/A 3798769 intron_variant
T/C 3798770 intron_variant
T/A 3799444 intron_variant
A/T 3799445 intron_variant
T/G 3799556 intron_variant
T/C 3799797 intron_variant
A/T 3799799 intron_variant
G/T 3800056 intron_variant
T/A 3800059 intron_variant
T/C 3800387 intron_variant
T/G 3800390 intron_variant
A/G 3801012 intron_variant
T/A 3801017 intron_variant
C/T 3801975 synonymous_variant p.Phe341Phe
G/A 3802129 missense_variant p.Ala393Thr
T/G 3802199 missense_variant p.Met416Arg
G/T 3802204 missense_variant p.Gly418Cys
G/T 3802247 missense_variant p.Arg432Ile
C/T 3802254 synonymous_variant p.Phe434Phe
G/T 3802289 missense_variant p.Gly446Val
C/A 3802304 missense_variant p.Ser451Tyr
T/G 3802305 synonymous_variant p.Ser451Ser
G/T 3802307 missense_variant p.Cys452Phe
G/A 3802407 synonymous_variant p.Gln485Gln
G/T 3802473 missense_variant p.Leu507Phe
C/G 3802474 missense_variant p.Leu508Val
G/A 3802635 synonymous_variant p.Gln561Gln

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_31775.1
MLTLTASTMAGVAGMTTGEGAPLLALKLSSALFGGGKCASFGWWEGFEVAFEVGREDGVGDPDTVDGRELVNTHASWASEGDPTDNAAEGSRTEKPLPVQILEMNQAYANSSNNLEMTTKPLLSTPLQVQECLQTTTLQQDHQDILGDHRSGSSSRSDSLESICSAHIKPHTGGDVRWDAINMVSKGNGLDLSHFKLLKRVGYGDIGSVYLVELKGTKAFFAMKVMDKAALASRNKLLRAQTEREILGLLDHPFLPTLYSYFETDKYYCLVMEFCSSGSLHSLRMKQPNKHFTEEATRFYCSEILLALEYLHMLGIVYRDLKPENVLVRDKGHIMLSDFDLSLRCSVNPTLVKSSSTHESSNGPSGGILSHDQTIHGCMQHSSFFPRILPSKKNRKTKSDFGLVVGGCLPELMAEPTNVRSMSFVGTHEYLAPEIIRGEGHGSAVDWWTFGIFLYELLHGITPFKGAGNKATLFNVVGQPLRFPEKPVVSKVARDLIEGLLVKEPKKRFAYYRGATEIKQHPFFHGVNWALVRSATPPIIPESFDFSKYDRKTDVPPMDKKVTDIIASDKSNHTQPDSSYENFEYF*


CDS Sequence:
>Vu_31775.1
ATGCTAACGCTCACTGCCTCAACCATGGCCGGTGTTGCAGGCATGACTACTGGTGAAGGGGCACCACTTTTGGCTCTTAAACTATCATCTGCTCTTTTTGGGGGTGGGAAATGTGCGAGCTTTGGTTGGTGGGAAGGATTTGAGGTTGCTTTCGAGGTGGGAAGGGAGGACGGAGTTGGTGATCCTGACACAGTTGATGGTAGAGAGTTGGTCAACACGCATGCATCTTGGGCCAGTGAAGGTGATCCCACCGACAATGCTGCTGAAGGTAGCCGTACCGAGAAGCCTCTCCCCGTGCAGATTCTCGAGATGAATCAGGCTTATGCAAATTCATCAAATAATTTAGAAATGACTACAAAACCACTACTAAGCACACCACTCCAAGTGCAAGAATGTCTTCAAACGACAACCCTTCAACAAGATCACCAAGACATTCTAGGTGACCATAGAAGTGGCAGTAGTTCTCGTAGTGATAGTTTGGAGAGCATTTGCAGTGCACATATTAAGCCTCATACTGGAGGTGATGTGAGGTGGGATGCAATTAACATGGTTTCTAAGGGTAATGGTCTTGATCTCAGTCATTTCAAGCTTCTAAAGCGTGTTGGATATGGTGATATTGGAAGTGTGTACCTTGTAGAACTTAAAGGAACCAAAGCATTCTTTGCCATGAAAGTAATGGATAAGGCAGCACTTGCTAGTAGAAACAAGCTTTTGAGGGCACAGACAGAAAGAGAGATTCTTGGACTTCTTGATCACCCTTTTCTGCCAACTTTATATTCTTATTTTGAGACTGATAAATACTATTGTCTGGTCATGGAGTTTTGTAGCAGTGGTAGTTTGCATTCTCTTCGAATGAAACAACCTAACAAGCATTTCACTGAAGAAGCTACACGGTTTTATTGTTCAGAAATTTTGTTAGCCTTGGAATACTTGCACATGTTAGGCATTGTGTATAGAGACTTAAAACCAGAAAATGTTCTAGTTCGAGATAAAGGTCACATAATGTTATCAGATTTTGACTTATCTCTTCGGTGCTCTGTGAATCCTACACTAGTGAAGTCCTCATCTACACATGAAAGTAGTAATGGTCCTTCTGGAGGCATTCTAAGTCATGATCAAACAATACATGGTTGCATGCAGCACTCAAGTTTCTTTCCACGGATTTTGCCTTCAAAAAAGAATCGCAAGACAAAGTCTGATTTTGGCCTTGTGGTTGGAGGATGCCTCCCTGAACTAATGGCTGAGCCTACAAATGTGAGGTCAATGTCCTTTGTAGGGACACATGAGTATCTTGCACCAGAGATTATTCGTGGTGAAGGACATGGTAGTGCAGTGGATTGGTGGACCTTTGGAATCTTCTTGTATGAGCTTTTGCATGGGATAACACCCTTTAAAGGTGCTGGAAACAAAGCTACCCTTTTCAATGTTGTAGGACAGCCCTTAAGGTTTCCAGAAAAACCAGTTGTTAGCAAAGTTGCAAGAGACCTTATAGAAGGGTTGTTGGTGAAAGAGCCTAAAAAAAGATTTGCTTACTACAGAGGTGCCACAGAAATAAAGCAACATCCTTTCTTCCATGGAGTGAATTGGGCTCTTGTTAGAAGTGCTACACCTCCTATTATACCAGAATCTTTTGATTTTTCTAAGTACGATAGAAAAACAGATGTTCCACCAATGGATAAGAAGGTTACAGATATTATTGCAAGTGATAAAAGCAATCATACACAACCAGATTCATCTTATGAAAATTTTGAGTACTTTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_31775::LG9:3795845-3797845(+)
GAAAATTTATGGAACCATAAATGGCATTTTCACAACTAACAAGAGAAAAAAATTAAATGGAAAATAAAAATAAAATAAAAAAATAAACTAAAAATATTATTTTTAATTTTAAGAAGCATACTATTAAATTAATAACATAAGTTTTATAATTAAAATTACTATTAAAAACAACAATACAATATAAGAAGGAAGGAAAAATATATAGGTTTAAACCTTTATTTGGTCCTCGTATTTGTGTGTCAATCTCAAGTGGGTCATCTTTTTTTTTCGGTCTCAATCGGGTCCATAAACTTGTAAAAATGAACCAATTAAGCCCTCTCGGTTAAGTTTTCATTAACACCGTGTGCAGATGCCGAGGTGTAATTTTTTTTAGTTGACGTGACAATGTGTATTAAATTGAATGAGTGTTCTATTGTATAATTAACCATTCCACATGGAGAACTATATTTTTTATGTTGGTAGCCCTAACATTTAAAGGGACCTCTGACATCCAAAGATTGTTGCCAATCGCGGTCCAAGGCGTCGCTAGCACCACTGTTCACCGTCGAGGGCATCGTCGACATGGCGTCGGGTCCTCCCTTTTTCTTCTTCTCTTCACGCGTGAGAGAGGAGCTCTCTCATTCCTCCATTAATTGCCTCTTGAGCGGGGCCGACCGCTACGAGCCGTGAGCCACGAGCCAAAGCGCCACCGGTCGCCGCCAAGCTCGCCGTCGGTCACAACAGAACTGTATCGTTTTGAAGCAGTGGAAGAAGAGGTTCGAAAGGAAAGACGAAGCGAGATTTTGGGGATTTTCCCTTTCCTTTTTTTTGCTTGGTGTATTTGCTTGGTCTCCCAACAAGGAATCAACACTTGAGAATCCTGAACTGACCTCATCTTTGCTTCTTCCTAGTTGATCAATTCAATCATACATTCTAATCAAAATTGAGCTGATGGGTACAACCAGCCATTGATAGAAGCTGCAAAACAGAAATACTGCAAGTGCAAAAAGCATATGTACATGGAGATTTCAGAAGCCAAAACTAGTCAAAATTCCCAAAGACCAGCATTAAGTTGCACTCTAAAAAAATCTTGTATTTGTTGTGTTAATTGCAAGTACAATTAATTTGAATTCACAGTTTGTTGTGTTAATTGAAATTATGTTGGGCATATACTGGTTTCTCTAAGTTGTAATTTGAAGAGTTCTGATAATCGACCAATTAGAAACATGGTTTCCAAAACCGGTCTATAGCCTAAGGTTTTTGGATTCACCGGGAACACATTGCTTCTGCAATTTAAAACCTTGATAAGAAGAATATGAGATTAAAGAGGATAAGAAGCTTGCTGATTTCTTATATATAGCTGAGTGTGTTAATGGAACTGATTTGAGAGAGTACCTATTGTCTATAAGCATTTTTGTTGAGAGCAATGAGACCAGCTAAGACCCTTGTGTTCTTCTTGCTATTTCTGCCACTCTTTTCATCATACAAGGCTTCTCCCACTGCATAGACTTAAAAGAGTAATAATCATCACACACTAAAGCTGCAGAAACATAGCACAAACAAAAAAGGTTAAAACATTACTCCGCTGCCACAAGCTACACTGATGCAACAGTACTTACGAGAATTGCTTCCAAGCTGAGAATCGAGAAACGTCACCAGAAAAAAAGACTAATCATGATGCAAATTAAAGAAGGTGAAATAAACTAGAAAATTATCAAATTAGATAATTCACTTCAAACAATTCTAAAGTAGTCGGAACTGATCCTAAATTATACAAAACCATCAAATAATGAAAAAAAAAAACTAAACTTGAAGCATCAACTAAACTGCTACGATGATGATGATTTTACCATGCGTCTTCTCTCTATTGGAAAAAATGCAAAAACAATTGGATAATGTTTAGAACCGCTTGTACCTATAGAAGTTGGAATTTGGGCCAAGACAAGGCATGATTAACAAACCCTTTTTTGTCGTTGAAAGTTGAAATTGTGATGCTCTGTGCAAATTAAATTCCATCAACA


Gene Sequence:
>Vu_31775(+)
ATGCTAACGCTCACTGCCTCAACCATGGCCGGTGTTGCAGGCATGACTACTGGTGAAGGGGCACCACTTTTGGCTCTTAAACTATCATCTGCTCTTTTGTTTTCTGCAGCCCCCGGGATGCTACTTGCTACCAACAAAATCCAACCCTCACAACTTGCCGAGGAACAAAGAAATGCTTCAAGGCTTTTTACACAGCTTCAAGCATAGATCCAAACCACAATCGCTGTTGGAAATCCTAATGAAAGTGACGTGAGGGGTGTTACAGAGAGGGTTTTGGCGTTGGACAAAGCTTATCGAATGCATGGATTGAGGAAAATTATATTTTACTTAATTGTTATATGCCTCATTTTTATTTCAGAAACTTATATTACAATTAAGTATTGACAGTAAGGTATGAACTAGGTTGATAAATTGATAATAAAATATTACAATCATGGATTGACAAAAGTTTAACTGTCAAATTAAACTTGTGGTTTAGATATTAGACTTGTGTTTATATACAAACAGGAAAAAAAATTGAAACTTGCCTCGTTTCTTGAAGTGGGGGTGGGAAATGTGCGAGCTTTGGTTGGTGGGAAGGATTTGAGGTTGCTTTCGAGGTGGGAAGGGAGGACGGAGTTGGTGATCCTGACACAGTTGATGGTAGAGAGTTGGTCAACACGCATGCATCTTGGGCCAGTGAAGGTGATCCCACCGACAATGCTGCTGAAGGTAGCCGTACCGAGAAGCCTCTCCCCGTGCAGGTGCTGATGACGCCGGAATCCACCGTCGGCGACCGAAATCTACCGTCGTGACCTCATAGAGACGACGATAGTACTTGAAGGAAAGATGAAGACGTTGTAGGATGATGAAGCGATGGACACTGGTCACCCCTCTAGGCTTTTGCAAAGAACGTTCAGAAGAACGCTCCAAATCTCTAATTCCCTTTTCAATTTTGCCATGTCATACTTCTTTAATTTAAATAAAAATTCTACATATTGCAACAATGCATATCAGCATAAACACGTCATCACAGTTAGACGTCGTTAGTGAAAACTTAACGGAGAAGACTTAATTGACTCATTTTTACAAGTTTATGGATCCGATTGAGACCGAAAAAAAAACGATGACCCATTTAAGATTGACACACAAATATGAAGACAAAACTAGGGTTTAAACCAAATATATATGAATAAATAAGTATATATGAAAAAATATATTTTCGCAAGGGAATTACATAAACCATTATTTCATAAGAGAATTAGACGCTACTCCATTTATCTTGATGGCAATTACATAATGCATAAACACATTTTAATTATTTATGTATATACACATATTATGGTTCTATTATTATCTTCCCTCTTTTGTTCCACAAATTCCTCTCATGAACTCCAAGTGTTTATGATGGTGGATGTTGATCCAATCAAGAACAAGCTATTTTCAATATCAATTTGTTAGTTCTTTCCTAAAACCAAAGAAAATTCTCGTTTCTTCTCTTTGTTTCTTTCTTTCTCAAAATTTGAAAATTCAAAGATTTCTCTTCATGGATATACATGGCCAGGGAAACATATTGTTTATCTTGTTCAATCTCAGAGAGCCTATGAAGTTATAAGGTGTTATTGATATTTTTTAACTTTTAGTTTCATATGCATTTCTAGCATCTCTTTTAAAGGACACCTTCTTTCTTTTTCTCACCATGTTTATCCACAGTCATATACCATTACTTGTGTCAATCCTTATACAAGATGAAATGGTTTTGATTTCTAATAATTGTAAAAAGGATCACACATGTATTTGACTTTTATATCTCACTTAATTCGTTTGTTTTTTATATTCCATTATGAAATGAGTATTGTTTCTTCACCAATTTGATGCTTATATACAACTACGTTTTATATAATTTCCTTTTGCTGTATGTGAACAAAAAATTATAACACATTTTTAATTAATTCATAATGTTTTTTTTATAATTATGTATTTTGTTCAATTTATTTTGAAAAAATAGCTACTTATTTCTAAAACTTTCTATTAGAACTTTTGGTTAAAAATATTAAAATAATTTTTCATTCAAAATAATTTGTCATGAAATATAGCCGATAATGAGAGAAAATAAACCTGAAATTATATTTAATATGACATGAAATAAACCTATCATAACTAATTTAATTTTTAGCATTTGTGTTTGTAGAAATTCCTCTTAAAGGGTGTCATTGCATTTGTTCCTCAATCGCCTACCCAAAGGCCTCATTTACCTAATTAATGTAAGAGTTATATATCTTGTTCTTTAATTTAGGCATTATTTTTTAACCAAAAAATTATTAATGGAAATTAAATTATATCTTGAATTCCAAATGCAGATTCTCGAGATGAATCAGGCTTATGCAAATTCATCAAATAATTTAGAAAGTCATGTCCACAAAGCAAATCAATATACTACTAATCATGCTTTCATGAGTGACTACAAAACCACTACTAAGCACACCACTCCAAGTGCAAGAATGTCTTCAAACGACAACCCTTCAACAAGATCACCAAGAGCAATAGCAGAAGCTGCAAGAAATTTTAATGTACCTACAAAAAAAAGCATTCTAGGTGACCATAGAAGTGGCAGTAGTTCTCGTAGTGATAGTTTGGAGAGCATTTGCAGTGCACATATTAAGCCTCATACTGGAGGTGATGTGAGGTGGGATGCAATTAACATGGTTTCTAAGGGTAATGGTCTTGATCTCAGTCATTTCAAGCTTCTAAAGCGTGTTGGATATGGTGATATTGGAAGTGTGTACCTTGTAGAACTTAAAGGAACCAAAGCATTCTTTGCCATGAAAGTAATGGATAAGGCAGCACTTGCTAGTAGAAACAAGCTTTTGAGGGCACAGACAGAAAGAGAGATTCTTGGACTTCTTGATCACCCTTTTCTGCCAACTTTATATTCTTATTTTGAGACTGATAAATACTATTGTCTGGTCATGGAGTTTTGTAGCAGTGGTAGTTTGCATTCTCTTCGAATGAAACAACCTAACAAGCATTTCACTGAAGAAGCTACACGGTTAGTTGCTTAAACACATATACATGGCACTTGGATTCCACCAAAGTGAATTCTACAATACCTACAAGACATGATTATATGTTAATATGTTTAATATAAGTTGTTAAACATGGTAGGTTAATAAATATGAAATAAAGTTAAATATGTTTGTAGCTTCTAAACTTTGAACGTGGAATTAAAATTCTTCTTTGTCCCAAACTTTGATAAAATTTAGTCTTCAAACTCTAAAACTGAATGGATATAATTATCTTAATCCAACTACATTAATTTTTTCTGTGTTAAATAGTGTTTCAGGCTAACAATTGAGTTGGAATGTATCGACCAGTATACACAACTCAAATACTAACTTGAAATACCGTTTGTCAATTGGGTTAGAAAAACTACATCTATTCATGTTTAAAGTTTGGATACCAAATTATATCAAGTTTTGAAATATAAATGAATTTCAATTTTATATAAATTTAAATTTCATGTCAAAGTTTAGGATTCAAAACACATTTAACCTTAATAACATGTCGGAGTTTGTGCAATTTACTTATTTCTACCTAATATCCTTTTAACTTAAGGATGAAATAGTGTAACACTAGTTAAAGCTTTTTTAGTCAACCTTTTTGGGCTGTGTTTTGTTTAATGAATTCTTTGTCATTTTGTATTTCTACACACACTTCTTATAACAATTAAAGAATATAGTAACTGCATAACAATTATGTTGCTTCAAAAGAAAGGAAAGTTATACACATGAGTGAATCTTGTCCTTATGTTATATGTTCTATTTCACAGCACAATATAATTACAATTGTTTATCCTTACATTTGTGCAACTGAATTGAACTTATTGATAATCTTTGTTTATCTACGCAAGAGAAAGAAACATGTCAAATCTCTTACCACCTAAATTGTGCACTAATAAAAAAATCTGACATAAACTTTGTAACAAATTTAAGAATTCAATGTCTTATTGCGACAGGTTTTATTGTTCAGAAATTTTGTTAGCCTTGGAATACTTGCACATGTTAGGCATTGTGTATAGAGACTTAAAACCAGAAAATGTTCTAGTTCGAGATAAAGGTCACATAATGTTATCAGATTTTGACTTATCTCTTCGGTGCTCTGTGAATCCTACACTAGTGAAGTCCTCATCTACACATGAAAGTAGTAATGGTCCTTCTGGAGGCATTCTAAGTCATGATCAAACAATACATGGTTGCATGCAGCACTCAAGTTTCTTTCCACGGATTTTGCCTTCAAAAAAGAATCGCAAGACAAAGTCTGATTTTGGCCTTGTGGTTGGAGGATGCCTCCCTGAACTAATGGCTGAGCCTACAAATGTGAGGTCAATGTCCTTTGTAGGGACACATGAGTATCTTGCACCAGAGATTATTCGTGGTGAAGGACATGGTAGTGCAGTGGATTGGTGGACCTTTGGAATCTTCTTGTATGAGCTTTTGCATGGGATAACACCCTTTAAAGGTGCTGGAAACAAAGCTACCCTTTTCAATGTTGTAGGACAGCCCTTAAGGTTTCCAGAAAAACCAGTTGTTAGCAAAGTTGCAAGAGACCTTATAGAAGGGTTGTTGGTGAAAGAGCCTAAAAAAAGATTTGCTTACTACAGAGGTGCCACAGAAATAAAGCAACATCCTTTCTTCCATGGAGTGAATTGGGCTCTTGTTAGAAGTGCTACACCTCCTATTATACCAGAATCTTTTGATTTTTCTAAGTACGATAGAAAAACAGATGTTCCACCAATGGATAAGAAGGTTACAGATATTATTGCAAGTGATAAAAGCAATCATACACAACCAGATTCATCTTATGAAAATTTTGAGTACTTTTAA

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