Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_31197	LG8	45231685	45239878	PREDICTED: homeobox protein HAT3.1	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	chromatin organization, positive regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, positive regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component	is active in	nucleus
Cellular Component	located in	nucleus, nucleus
Molecular Function	enables	sequence-specific DNA binding, chromatin binding, DNA-binding transcription factor activity, protein binding, DNA binding, protein binding, DNA binding

SNP	Position	Effect	Amino acid change
C/T	45231742	5_prime_UTR_variant
T/C	45231796	5_prime_UTR_variant
T/A	45232377	intron_variant
A/T	45232378	intron_variant
T/C	45232659	missense_variant	p.Ile69Thr
C/T	45232821	missense_variant	p.Ser123Phe
G/T	45233263	missense_variant	p.Leu270Phe
C/A	45233450	intron_variant
A/G	45233482	intron_variant
C/T	45233489	intron_variant
G/C	45233559	intron_variant
G/T	45233672	intron_variant
C/A	45233711	intron_variant
G/T	45233815	intron_variant
C/T	45233942	intron_variant
T/C	45233981	intron_variant
T/A	45233998	intron_variant
G/T,C	45234005	intron_variant
G/T	45234059	intron_variant
T/A	45234486	intron_variant
A/G	45234545	intron_variant
T/C	45234626	intron_variant
C/G	45234861	intron_variant
A/T	45234976	synonymous_variant	p.Arg364Arg
T/G	45235487	missense_variant	p.Asp460Glu
A/G	45235782	missense_variant	p.Ser559Gly
T/C	45235950	intron_variant
T/C	45235953	intron_variant
A/T	45235959	intron_variant
A/T	45236151	missense_variant	p.Thr631Ser
A/T	45236212	missense_variant	p.Asn651Ile
G/A	45236221	missense_variant	p.Arg654Gln
T/A	45236247	missense_variant	p.Ser663Thr
T/C	45236252	synonymous_variant	p.Pro664Pro
C/G	45236559	upstream_gene_variant
T/A	45236702	upstream_gene_variant
C/G	45236704	upstream_gene_variant
T/A	45236917	upstream_gene_variant
G/A	45237161	upstream_gene_variant
T/A	45237176	upstream_gene_variant
C/T,*	45237429	upstream_gene_variant
T/A	45237431	upstream_gene_variant
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A/C	45237475	upstream_gene_variant
C/G	45237519	upstream_gene_variant
A/G	45238053	upstream_gene_variant
A/G	45238152	upstream_gene_variant
A/G	45238494	upstream_gene_variant
C/T	45238719	missense_variant	p.Pro775Leu
A/T	45238730	stop_gained	p.Lys779*
A/T	45238785	missense_variant	p.Gln797Leu
G/A	45239308	3_prime_UTR_variant
A/G	45239463	3_prime_UTR_variant
C/T	45239615	3_prime_UTR_variant
T/A	45239627	3_prime_UTR_variant
T/C	45239632	3_prime_UTR_variant
T/G	45239634	3_prime_UTR_variant
A/T	45239635	3_prime_UTR_variant
C/A	45239722	3_prime_UTR_variant
C/A	45239728	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_31197.2

MTRPFGELTSNNSAAGRMSTERSELSEKTQLGTEHLLKEQRESGTVLTSSVIHEKSNQVSANATENSVILLPAPPQHDSEKNCQTVEGSHLQQSTDKEVSLQLSNDKPENPSQPLSENEPVESVSASAGDGQKQFSPAQANTSYVNKLLDPPSEDVVTSISEKVSNSPANSQLRRKGKKNSKLLKKTYMLRSIGSSDRALRSKTKENPKTPEPSSNLVDFNNNNNSNGGGKRKTSRKKRKSGEVGITDQFSRIKSHLRYLLNRISYEKSLIDAYSGEGWKGYSMEKLKPEKELQRAKSEILRRKLNIRDLFRDLDSLCAEGKLPESLFDSEGEIDSEDIFCAKCHSKELSSNNDIILCDGVCDRGFHQLCLCPPLLTEDIPPDDEGWLCPGCDCKDDCMDLINDSFGTSLSISDTWESVFPEAAAAAGNNMDNNLGLPSDDSDDDDYNPNGPEDLKIEGDESSSKESDYASASENLEGSHGDQYLGLPSEDSDDGDYDPDAPDVDNKVNEESSSSDFTSDSEDLAAAIVDNTSPGQDEEIRSASLDDVKHLRSYGKKKSKAGKKLSMADELSSLLEPDSSQEGSILVSGKRNLERLDYKKLYDETYHSDTSEDEDWTATVTPSRKKKDNATPVSPNGNASNNSSMHTPKRNGHRNKFENTKNSPAKSLDRDVKFDSREQTSRSPGGNRLREAVVQRLHISFKENQYPDRATKESLAQELGLTYQQVGKWFDNTRWSFRHSSQANSGRNTLRKATDSRAENECESPEVSGEKAKAPSSGKRKHLSENQLSEDNAHQTQRGKKMKTRRRK*

>Vu_31197.1

CDS Sequence:
>Vu_31197.2

ATGACTAGACCATTTGGAGAATTGACAAGCAATAACAGTGCCGCTGGAAGGATGAGTACTGAACGATCTGAATTGTCTGAAAAAACACAGTTAGGGACTGAGCATTTACTAAAGGAACAACGGGAGTCTGGTACTGTGTTAACCAGTTCAGTTATCCATGAAAAATCAAATCAAGTTTCTGCTAATGCGACAGAGAATTCTGTTATTTTACTGCCTGCACCACCTCAACATGACTCAGAAAAGAATTGTCAGACTGTAGAAGGTTCACACCTGCAACAAAGTACCGATAAAGAAGTCTCTTTACAGTTATCTAACGACAAGCCAGAAAACCCATCCCAACCATTGTCTGAAAACGAACCTGTGGAATCCGTTTCTGCCTCTGCTGGGGATGGCCAAAAGCAATTCAGTCCAGCTCAAGCGAATACAAGTTATGTGAATAAATTGTTGGATCCACCTTCTGAAGATGTTGTGACCAGTATTTCAGAAAAAGTGTCTAATAGCCCCGCTAATTCGCAATTGAGGCGCAAGGGTAAAAAAAACTCAAAATTGTTGAAGAAGACATATATGCTACGATCAATAGGAAGCAGTGACAGAGCTTTGCGGTCAAAAACAAAAGAAAATCCCAAGACACCTGAACCAAGTAGTAATTTGGTTGATTTTAATAATAATAATAATAGCAATGGTGGAGGGAAGAGGAAAACTAGTAGGAAGAAGAGAAAGAGTGGAGAGGTTGGAATCACTGATCAATTCTCCAGAATCAAATCTCACTTAAGATATTTATTAAACAGAATAAGCTACGAGAAAAGCTTGATTGATGCTTATTCTGGCGAAGGCTGGAAAGGATACAGTATGGAAAAATTGAAGCCTGAGAAAGAACTTCAACGGGCCAAGTCTGAAATTCTTCGACGCAAATTGAACATTAGGGATCTATTTCGAGATTTGGATTCATTGTGTGCTGAAGGAAAGCTACCAGAGTCTTTATTTGATTCTGAGGGAGAGATTGACAGTGAGGATATATTCTGTGCAAAATGCCATTCCAAAGAGTTGAGTTCTAATAATGATATAATTCTCTGTGATGGTGTCTGTGACCGAGGCTTTCACCAGCTCTGTTTGTGTCCTCCGTTGTTAACTGAAGACATTCCACCTGATGATGAGGGTTGGTTATGCCCTGGATGTGATTGCAAAGATGACTGCATGGACCTTATTAATGACTCCTTCGGAACAAGTCTCTCTATTAGTGACACCTGGGAGAGCGTTTTTCCTGAAGCAGCAGCAGCTGCTGGGAATAATATGGATAACAACTTGGGACTCCCTTCTGATGATTCTGATGATGATGATTATAACCCTAATGGTCCAGAGGATTTGAAAATTGAAGGAGATGAATCAAGTTCTAAGGAATCTGACTATGCTTCTGCTTCTGAGAATTTGGAGGGTTCACATGGGGATCAATACTTGGGCCTTCCATCTGAAGATTCTGATGATGGTGATTATGACCCTGATGCTCCAGATGTTGACAATAAGGTCAATGAAGAAAGTTCAAGCTCTGATTTCACATCTGACTCTGAGGATCTTGCCGCTGCAATTGTGGATAACACATCCCCTGGACAGGATGAGGAAATCAGATCTGCATCATTGGATGATGTTAAGCACTTGAGAAGTTATGGCAAAAAAAAGAGTAAAGCTGGTAAGAAGCTATCTATGGCTGATGAACTGTCTTCTTTACTAGAGCCAGATTCTAGTCAAGAAGGTTCTATACTTGTTTCTGGGAAAAGGAATTTGGAAAGGTTGGACTACAAAAAGTTGTATGATGAAACATACCATAGCGATACTAGTGAAGATGAAGATTGGACAGCCACTGTTACTCCTAGCAGAAAGAAGAAAGACAATGCGACTCCTGTGTCTCCAAATGGAAATGCTTCAAATAATTCTTCCATGCACACTCCTAAGAGGAATGGCCATCGGAATAAATTTGAAAATACAAAAAATTCACCTGCCAAATCACTGGATCGCGATGTGAAATTTGATTCCAGGGAACAAACGTCTAGATCTCCAGGAGGCAATAGACTACGAGAAGCAGTAGTTCAGAGACTTCACATATCTTTTAAAGAAAATCAGTATCCAGATAGAGCTACTAAAGAAAGCTTGGCACAGGAACTTGGACTTACTTATCAGCAGGTTGGCAAATGGTTTGACAATACACGATGGAGCTTCCGGCACTCATCACAAGCTAATTCAGGTAGAAATACATTACGGAAAGCTACTGATAGCAGAGCTGAAAATGAATGTGAATCCCCGGAGGTCAGTGGAGAAAAAGCAAAAGCCCCAAGCTCTGGAAAAAGAAAGCATTTGTCAGAAAACCAACTATCTGAAGACAATGCTCATCAAACCCAAAGGGGGAAGAAAATGAAGACAAGGAGAAGGAAATGA

>Vu_31197.1

Promoter Sequence:
>Vu_31197::LG8:45229685-45231685(+)

TTTTTTATCTCTCTCACTCCAACATTTTCTCTGTTATTCCTACGATAGCCCCAACTAAAAAAATCAGAAACACTCGCGGTTAAATAATTTCTTACAAAAAAAGATTTTATAATGAGTTTTCATTTTATAATTTTTGTCTTATATAATTTTATCTAATTTTCACAAGCATAATGACATTAAAAAATTGGTAATTGGCCTGAAAAAAAATAAAAAACATTTGATGTTAAACAATTTCTTAAAAAAATGATTTTGGAATGAATTTTCATTTTATAATTTTTGTCTTATCTAATTTTATCTAATTTTCACAAGTACAATGATGTTTGAATGAATTGGTAATTGACCTAGAGGATTTTTGTAGAGATGTCAACATCCGCATATGATGAAATTAGAGAGGTTAGTAAAGATGATGAAATTAGAGAGTTTAGTAAAGATGATGAAATTAGAGAGGTTAGTAAAGATGATGAAATTGAAAACCTTTGCTTAAAAATGAATATGCCAATGAATTTACAAATGTAAATTGTTTAACTGTGTTTCTTATTTTTTTCAGTTACACGGCTACAGTAGGAATGACAGAGAAAATGTTAAAGTGAAAGAAATGAAAGAGAAATAATTGAAAGGAATGAATGAGGTGAGTAAGAATTTGGAACTACTGTATAGATAAGGTATATATATATATACATATATTCATGAGTTAGGTTGAGTATAGGTAATGCGCTGTTTATTATGTGCCCCTCGGCTAAAAATTTCTGTTCATTACCCGCCTGTTTCCCTAACAACGCATACGTAAACTTTTAATATTACAACACTCTTAAAAGATAATATTTTCAATAGTTGAAAATTTTTGTCCTGTTAATTTTTCTTTATTTATTTTAATAATTTGACAAGTATATGCACTAAGATAATCCGTATTATTGTATAAGTTAGCATATTAGATTAAATCATAAAACTATAAAGTGTATTAATTTGTAGTTTTTTTTAGTTATAAGTATTAGTAGTGGGCCAGTCTCCAGAAAAAAGAGGTCGGTTGAAGGTAATTTCTTCACGCACCCCTATGTTTACTTCCTTCACCCATACTTTTAGAATTTCAATTATACTCTAACTGAAATTAATAGAAAATAATTTTTTAAGTTCTTCCGTGTTTTAGTTATAGTTTCAAACTGTGTAATCATATATATTTTGGATTTCATAATTTGGAGTTCAAAAATTTTATTTTTATATGTTTCATATGGTACAATTTAAAAGGTAGATTTGCATTTTAAATTATACAATTTGTAATAAAAATTTGAATTTTAAATTGTATAATTTGTTATATGAATTTAAAATATATTTCCAAATAGAGAAAAAAATCTTCCAAAATCAATCATCTTAGAAAAATCACAAATCGAAATTTTAAATTATATTTTGAATTATATAATTTATAATCTGAGTTTATATTTTTGATTATATAATTAATGATATAAACTTAAAAATTAAATTTCGAATTATATAATATATAATACAAATTTAAAAACAATCAAAATGTAAATTATATATTACAAATAGTAAAATCCACAACGAAAAAGTCTCTCCTCCAATAGCACTGTTGTCCCTTTTGACGTGGCTTTCCAAATTTTGGGCCATATTCTCTCCCACAAGGAGAAAATACTAACGCTAGGTTCCAAAGGCATTCTCTCAATAAAATGAAACGGCTCTTCAAAGTTCCCAAATGGAGTTGGGTGTAGGACGTTGCAGGCTTTCGGCAGTGGAGGTGTAGGCTTTCGACAATGGAGGACGCTGATGCTGTGAAAGAAGGGATAATATTAGGATTTTTAATATCTTTTAGTCAAGGATAGTTAGGTAATTTTGGTAAGACTATGGGGGTGTAAAAAAGAAAACATGGAATTGCAGTAAGAAAGACCCCTAGATGAAATCCACGAAGATCCAGTACCCGCCGTTGTGTGTTTGGTGGCCCATATTTGGAGGAGTAAGAAATATAAACGAAGCACCGTTTTTTTCTCACT

Gene Sequence:

>Vu_31197(+)

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