Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_31134	LG8	44699638	44701728	hypothetical protein	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/A	44699666	missense_variant	p.Ala279Val
G/T	44699702	missense_variant	p.Pro267Gln
T/C	44699705	missense_variant	p.Glu266Gly
C/T	44699714	missense_variant	p.Gly263Glu
G/C	44699734	missense_variant	p.Asp256Glu
A/G	44699843	missense_variant	p.Ile220Thr
A/C	44700062	downstream_gene_variant
T/C	44700084	downstream_gene_variant
C/A	44700134	missense_variant	p.Gly163Val
T/A	44700324	downstream_gene_variant
A/T	44700342	downstream_gene_variant
G/A	44700353	downstream_gene_variant
G/T	44700359	downstream_gene_variant
T/C	44700393	downstream_gene_variant
G/A	44700401	downstream_gene_variant
T/C	44700413	downstream_gene_variant
T/C	44700414	downstream_gene_variant
C/T	44700459	downstream_gene_variant
C/T	44700469	downstream_gene_variant
C/A	44700518	downstream_gene_variant
G/A	44700539	downstream_gene_variant
C/G	44700544	downstream_gene_variant
T/C,*	44700550	downstream_gene_variant
G/T	44700556	downstream_gene_variant
A/G	44700601	downstream_gene_variant
A/G	44700627	downstream_gene_variant
T/A	44700669	downstream_gene_variant
C/T	44700702	downstream_gene_variant
T/A	44700858	downstream_gene_variant
A/G	44700898	downstream_gene_variant
A/G	44701004	downstream_gene_variant
G/T	44701090	downstream_gene_variant
A/G	44701220	downstream_gene_variant
T/G	44701239	downstream_gene_variant
A/T	44701289	downstream_gene_variant
T/A	44701292	downstream_gene_variant
T/C	44701294	downstream_gene_variant
T/C	44701420	synonymous_variant	p.Ala103Ala
G/A	44701646	missense_variant	p.Thr28Ile

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_31134.1

MASVSFTLFSFLRFLCVIVIISQSRAQTPCDNSKGNYTINSTYHNNLNTLLSSFSSHTQINYGFYNLSYGQGEDQVFAIGLCRGDLKPDECLKSLNDSRVSLAASCPNQKEAITWTVECMLRGYMAPEYAIHGQFSAKSDVFSFGVLILEIVSGQKNSGINNGENMEDLLSFAWRSWKEGKAINIVDPSLNSNSRNEMLRWIHIGLLCVQENLVDRPTMAIIVLMLNSHSLSLPIPAEPAFYMNSRTRSFPEMQSWDYNSRERGSSEPILKSAQESENEASITELYPR*

CDS Sequence:
>Vu_31134.1

Promoter Sequence:
>Vu_31134::LG8:44701728-44703728(-)

TAAAATTGATATAATTTTTTGTTTATTTATTAAAAAAATGTAACCATATCACTTTCTATACCGATTATACTATAATCCGTATAAATAATTTTCTTATTTATTATGAAGACGTTACCCTGCTTACTTTCTATACTTGGTATATTATAAGTAATATACATAATCGTTATAAATGTTTTTTTCACTAATATTTATTTGATACTCTAATTTAAAATATATAAAATTATAATTTTTATCCAGGAGATGACAATAAATTTTTTTATATTAAATATGTGATAATATTAAGTTTTTTTGTAATTTTTTTTATAATTTTATAAAAATTAATTAATTGATAGTAAAATAGTACGAAATCAAGTATCAGTATAAAGATATATCCGTTATCTAGTAAAAATGAGAATGAGACCAAAATTTAATAGTTGAATTTACAATTAAGATGAAAAAAATATTTTTTTTAGGATAAGTATGAAATAAATAAACACTTTTCTGTCCTGTCTTGTTATCATCACTAATATGGACACTCACAAAAATACTAATGTTTTAAATTATTTTAGTTTTTAATTTAAAATAATAATACGTATGATTGTATTATTAAAATAATGAAATCGTTTTTAAAATTTATATTTGGTTGCCGGGTTTGAAACGAAACACGTTTAATTTTTTATTTATTTTGATGTGAAGTAGAAACAGAACTCTCTCAATTCAAAAGGGACCTTAATGTTTCGTAGGTGATATTGATCTCGATAGGTTTCCAAAAAACATATATTTTACATAATTGACGGACTAGAGGAGGACTTAAGTTAACCATATATAGTTCAAATTAAATGCAGACGCTGATTTAGTTGGTCCATTTCCATGTCCCACACTCCATAGTTTTAATTTTGTTTTGTTTTTGTGGTGAATGAAATAAAAGAATAAACTCTAAAATTAGTGAAACAATGGTTGACTTGTCAGAAATTAACAGTCTTCCATTCACATCTCTTGGTACTGAAAAGTGTGGTGCTTTTTCCGGACAAGTGCTCCAAACTTTTTTTTCCAGTTAAGAAAATTGCACCAGATATAACTTTAATATAGATTTTCAATGGTCAAGCGAGCATTATAAGCTTTCCTTTGGTGAATTTTCCTATTTTTCTTTTTAAATTTATTCATCTATTATAATATAAGAAAAATATGTTAGAAATTTATTTTATAATTTATATTTATTAATATATATAGAAAATTCTTTTCAAACACAAATTAGATATTTTTTTAATACACATTAGACAAATTTATTGATACACTTATTAAATGAATTTTAGAATAAATATTAAAAAAGTATGTTCATTCATTAGATAAGTACAATGAAAAATATTAGACAAGTTTAGCAATAGATATTAGACAAGTTTCTTCATACATGCAGAATGTATTTGATGAGTCATTTCATACATTGAAAAGATAAGTTTGAGAATATACATTAGACAAATATGTCCATACACTGATCACGAGTCTTATAATACACATTAGACAAATTTGTCTATACATTAATTAGACAAGTCTAACAATATACATTAAACGAGTCTAATAATATACATTAAACAAGTTTATACACATATTCGATGAGTCTATTAATACACATTAGACGACTTTATTCTTTATTTGATTAAACGAGTTTTACAATATGCATTAGAGTGGTTTGTTTACACAAAATAGATAAATCTAACAATACACATTATATGAGTTTATCCATATACTAATTAGACAAGTGTAACAAAATATAATTTTATCAATACAATGATAAGAGAAGTCCAACCATACATATTAGTCCAACAATACTTTATATATATTTTTTATATCTTTTATATTTTTAAACCGTCTATTCTATATTTTTCACATGCTTTATGATATGATTGACTTTTTAAACCTATAAAACAATTTTGATGTTCATTTTACTTAAAACTTAATTATTAATTTAAAAACTTATGTAAGGCTTGGATCAGAATTCAGAACAGAAAAAGTGGAAGACTACA

Gene Sequence:

>Vu_31134(-)

ATGGCCTCTGTTTCTTTCACCCTCTTTTCCTTTCTCCGTTTTCTCTGTGTCATCGTAATCATATCACAGAGCAGAGCCCAAACACCCTGTGATAACAGCAAAGGAAACTACACAATAAACAGCACCTATCACAATAACCTCAACACCCTTTTATCCAGCTTCTCTTCCCACACACAAATCAACTATGGTTTCTACAATCTCTCATATGGCCAAGGGGAGGACCAAGTATTCGCCATTGGGCTCTGCAGAGGCGATCTTAAACCCGATGAGTGCCTTAAATCTCTCAATGATTCCAGAGTGTCTCTGGCAGCGAGTTGTCCAAACCAGAAGGAGGCCATTACGTGGACGGTAGAGTGCATGTTGCGGTACACTAACCGCTCCATATTTGGCGTTATGGAATTACAATAATAATAGTTATAAATTATTTAATTAAAATAATTTAAAAAAATGTGATTAATTTAATAACAAAAATAATTTTATTTATTTAATAATATTTAGAAACTTTAAATATTAATTATATATAATTTTTAATATTTTAAATACATTTAAATATATAATTTAAAAATTATAAATCATTTTAAATAAAAAAAATAATAAAGTGAAAGTGTATGGGGGAGCACGACTTCAGTACAAGAAGTCGTTAACCCCCTCCACAATTTTAGTTATTTAGTCTTTTTTATTAATTTAATTAGTTTATATTTAATAATTTTATTAATTTAAATAGTTTATAATGAAAAAAATTATTATTAATTAATTATAATTTTGTAAAAAAATATACTATAATAATAAAAATTAAAAACAATAAATTATAATAATTTTTTTTTTAATTTTTAATTAGATAATTATAATAGTTATAGTTATAAATTATTTAATTGAAATTCTTTTATAAAAAATTTAATTTAATTACAAAAATAATTGAAAGTATGAAATTTATTTATTTAATAATATTGAAACTTTTTATTATTAATTAGTTATAATTTTAATTATTTTAAATACATTTAAAAATATTTTTTAGAAATTATAAATGATTTTAATTAATAAAAGTTAAAAATTAAAAGAAAGTAAAGTTGTCTTGGGGGTGCACGACTTCTTTATTGAAGTTGTGAAACCCCCTACGATTTCAATTTTTTTTTATATTTTTTTATTAAAAACGGTATGGTAATCGATTACAACATGTGATAATCGATTACCATACCCAGAAGTCGTTTTTGGGGTGCACGACTTTAATACTGTGCATATGAACAGTGTGAAGTCGAGCAGGGGGGACACGACTTCTTCAATTGAAGTTGTTTTGGCTCCCCACGACTTCACTTTAAGTCAAAGTTTGCCCATTTTAGTAATAAAGAGGGCATATTTGCCTAGTTTGATGCAAAAACCGAAAATCACTGACAAATAGATGAAAAAAATTTATACTTAGATGAGTCATAATACTTATGAGGTATGACTAAAATTCTCTCTTACTGGAATACAGTGGATATATGGCACCAGAATATGCAATCCATGGACAGTTTTCAGCAAAATCAGACGTCTTCAGTTTTGGTGTACTGATTCTTGAGATTGTAAGCGGCCAGAAAAACAGTGGAATCAATAATGGGGAGAATATGGAGGATCTGCTAAGCTTCGTAAGTCTTTTTTTGGTCACTCACTTCTTCTTTGCCGCCTAAATTATGGATTAGAAGATTACATGCTCCAAAACGTTAATGTAGAAGTGAATCCGTGATCTGATAACAAATTTTGCAGGCTTGGAGAAGCTGGAAGGAGGGGAAGGCTATAAATATTGTAGATCCATCACTCAACAGCAATTCACGGAATGAAATGCTGAGATGGATCCATATTGGTTTACTCTGTGTTCAAGAAAATTTAGTTGACAGACCAACCATGGCTATCATTGTACTGATGCTTAATAGCCATTCTCTGAGTCTCCCTATTCCTGCAGAACCTGCATTTTATATGAACAGTAGAACTAGAAGCTTTCCAGAGATGCAGTCATGGGACTATAATTCAAGGGAAAGAGGATCAAGTGAACCGATACTTAAATCAGCTCAAGAATCAGAAAATGAAGCTTCAATTACTGAGCTATACCCTCGCTAG