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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_30911 LG8 42386192 42394271 PREDICTED: mitogen-activated protein kinase kinase kinase YODA-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04016 MAPK signaling pathway - plant [PATH:ko04016]
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 42386236 5_prime_UTR_variant
T/G 42386384 5_prime_UTR_variant
C/T 42386527 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/A 42386556 5_prime_UTR_variant
T/A 42386626 5_prime_UTR_variant
A/G 42386699 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
A/T 42386927 5_prime_UTR_variant
A/T 42386934 5_prime_UTR_variant
G/A 42387345 5_prime_UTR_variant
A/G 42387970 synonymous_variant p.Leu120Leu
T/G 42388693 synonymous_variant p.Pro319Pro
T/G 42388699 synonymous_variant p.Pro321Pro
C/T 42388705 synonymous_variant p.Pro323Pro
T/C 42389537 intron_variant
T/A 42389542 intron_variant
T/A 42390286 intron_variant
A/T 42390421 intron_variant
G/T 42390481 intron_variant
G/A 42391142 intron_variant
C/T 42391311 synonymous_variant p.Asn649Asn
G/A 42391423 missense_variant p.Ala687Thr
T/A 42391533 upstream_gene_variant
T/A 42391635 upstream_gene_variant
T/G 42391638 upstream_gene_variant
T/A 42392255 upstream_gene_variant
G/A 42392273 upstream_gene_variant
T/C 42392275 upstream_gene_variant
G/A 42392276 upstream_gene_variant
A/G 42392277 upstream_gene_variant
A/T 42392279 upstream_gene_variant
T/C 42392325 upstream_gene_variant
C/A 42392941 splice_region_variant&intron_variant
G/T 42393213 synonymous_variant p.Gly779Gly
G/C 42393803 3_prime_UTR_variant
C/A 42394137 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_30911.1
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>Vu_30911.2
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CDS Sequence:
>Vu_30911.1
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>Vu_30911.2
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Promoter Sequence:
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ATAGAGTATATAACAAAAATCCATTAAAAAAATATAAATCAAACTCCTTTCAACAAATAAATCATTTTTTAAAGTCATTTTCCTCTCTTGTATTTTTCATCACTAATTATCTTATACTTTTCTCTATTTTATTATTTTGTTCACATTTCTCTTTTATTTACCTATCATCCAAATTGAGCACAGAGCCCTATCAAACAATAGGGTGTTCAAATAGAAAACTATTTGGAAGTTTGTGATACTATTGTGGTGTGCACCGAAGTATCTTTTTCATTCAATAAATAAACATTATATTTTAAATGAAAAAGATTACTAAAGTAAACTTTATCTATTCTAATACCTTTCATATGCATACCTATGATTTAGATGTTGATCCATATATTCAAGTGGCTTAACTGTTTACCATTTATAATTTTATACTCACACACATATGTTAAATCTTAAATCATATTATTATTATTATTCTAAAATTCGTATCACCGTCACTCTTCTCTTTTAAGCCTAAACTTTATAATTTAATATACAAAGGTGGCAACTAAAATCATAAAAGCATGATTTTCTCTTTCGGCTTTAAATATTAGCAATCTGATACCTTCGGTTTGAATGTGTAAGATGTTGTGTCAAATTGAACGACTTTTTCTGGCTAAAGACTACATTCCATAATTTGATTCCTCTCACAAACAATTATCCAACCAAATTCATTGTATTTTGTACTAATATAATAAACCATAAGTTATATCATCTATGTTATTTTTGCACAGTTAAACAATAATAAAAATTAAATTCAACATCTCATGATGTTTCCTTTGGTTAAAGTATTTGTAATACATGAATTTAACCAAACACTTAAAAGATTTTAGTTCAATTCAAACTAACCACATGTCTCAATTCGACGTATATCTTACATTCAAAATTGAATCAACAAAGAAAAGAGTTAAAATTACAATTAATATTGTGTTTTCTAAAATATAAAATGAATTTTAAAAATAGTTTTTGTATTTCTAACTTTATTGTATTGTCTAAGCTGTGATTTTATTTATATTATTATTAGTAAAAATTCATGTGTATTAGTTTTTTTATGACAATAGAAAATAATAATACTATAACTATAAAAAAAATATAAATATTATTTTTGTTATAGATATTTTTTATTTATTTTTTATGTAATATTTTACTATAAATAGTTATTTTAATTTATAAAATATTAAATTTTAAAACAGGTTGAATTTTTAAAAAAATATGAAAACAATTACTTAAAGGATAAAATTGATAAACAATTACTTAATAAAAGGTAAAAGTAGAAAGTAGATGTGTACATTAAAATGGAATTTCCTAATAGAAAATTTCATTTATATAATAGTATAAATATGACCGTATAGATAATGTCCAAGTTAATGTATAATTTTATCCTTAGTTTAAAGGTATCTCGTATTAATTATTTTTTCATGAAATACCATTAATAAAGCTTTTCTTTAATTTCCATAATCAGAAACATTAGTTTTTAATACTCGACGAAAGGTAGTATGATTTCTTTGGAAATTTTGTACTATGGATCAAATTTCAAACATAATATACATTTTTACCTTATGCAAGAAAGTGAGAGCACCATAATTAATCAATGTTATTTACAAAAGTAATTTGAGAAAAAAAAACATTAATATAGGATAAATTAACTATTAATTTACGAAATAACTTTGTTAATGGTATTTCATGAAAAAATAATTAATACAACATACGTTTCAATTAAGGATGGAGTTATGGTTTTATTTTTTCTAATGGGATAGTAGATAATTGAATTTTATAATAATCTAAAATAATTTTAAAAACAATTAATATAGAATAGAATCAATATTTTAAAAGTAAAATTTTAAAAATATTGGGTGTTTGAATGAATTAGTGGAGCTAATATGTTTTTTAATGTCCGCAGTATGTTTGGAAGGGTTCAAATGAAACGTGGTAATTGGCAATTAATATTTATATCAAGTAATTATTTTTAATTATTA


Gene Sequence:
>Vu_30911(+)
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