Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_30856 LG8 41772988 41778320 PREDICTED: transcription factor VIP1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09132 Signal transduction   C 04016 MAPK signaling pathway - plant [PATH:ko04016]
SNP Position Effect Amino acid change
G/C 41773033 missense_variant p.Asp16His
G/T 41773179 synonymous_variant p.Pro64Pro
A/T 41773196 missense_variant p.Gln70Leu
T/C 41773276 missense_variant p.Phe97Leu
G/T 41773419 synonymous_variant p.Ala144Ala
G/T 41773433 missense_variant p.Arg149Met
A/T 41773747 intron_variant
A/T 41773754 intron_variant
G/T 41773769 intron_variant
A/C 41773899 intron_variant
T/A 41773903 intron_variant
G/T 41773913 intron_variant
C/T 41773920 intron_variant
A/G 41773998 intron_variant
T/A 41774064 intron_variant
A/C 41774330 intron_variant
T/G 41774339 intron_variant
C/A 41774480 intron_variant
C/T 41774719 intron_variant
C/G 41774737 intron_variant
T/C 41774860 intron_variant
C/A 41774864 intron_variant
C/T 41774868 intron_variant
C/A 41774879 intron_variant
G/T 41774886 intron_variant
G/A 41774888 intron_variant
A/G 41775349 intron_variant
T/C 41775781 intron_variant
T/C 41775838 intron_variant
T/G 41776803 intron_variant
A/T 41776817 intron_variant
G/A 41777238 intron_variant
G/A 41777467 intron_variant
C/T 41777476 intron_variant
A/T 41777538 intron_variant
C/T 41777730 intron_variant
G/T 41777753 intron_variant
G/T 41777894 stop_gained p.Glu236*
T/A 41778097 intron_variant
G/A 41778129 stop_gained p.Trp248*
G/A 41778146 missense_variant p.Glu254Lys
G/C 41778168 missense_variant p.Arg261Thr
C/T 41778186 missense_variant p.Ser267Leu
T/C 41778190 synonymous_variant p.Phe268Phe
A/T 41778236 missense_variant p.Thr284Ser
C/T 41778283 synonymous_variant p.Thr299Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_30856.1
MENNDIGAPSDASLFDQIVATEQPYIPIHSDPSYPLLDTFVDLLNVDTKHFDFEMFNSPLPPPPPPTAPQVSVHSETSEKPNEQSSKPAPVGSTDGFDSGKSVVSDDLCMEGGAKNSGENKQKPRRQNVPLDASLTALMQAGPAISLARRPMGPEELAELAMVDPKKAKRILANRESAAKSKERKKRYLIELQKNVELLEIQITNLFNNICMLQMGNRGRSLHVKEVRVKLDIKREEDRLKDALSVVLNGEIQGLKDENRNLDVLLSCRFQGNFFSPFSSKLPLQQFHNPPSQQHLNPQQPQLSRGHYGPNI*


CDS Sequence:
>Vu_30856.1
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Promoter Sequence:
>Vu_30856::LG8:41770988-41772988(+)
AAATTCAAATACTCATTTACTACAAACATTCAGTAAAGATTGAATAAAAGAATTCAATTTACAATTAAAACTTAATTAAACCTCTTCAAAAACACTGATACTTAAATTTACATTTTAGTATATTTCTTAAAACAAATTAGGACAAATATCACTACCATAAAAATGGTTAAATTTTATTATATAATGGAGTAATGATCATTTGAAGAAAGAGAATAAAATATTAATTATATATTATTGGAACTCAAAACCGGGTGCCAATAAATACCCAGGTCAAAACTAATTAATTTAACCCCCTTAAATATTTCCAAAAGATATTTGTTAACGCGCTTACGCCGGTTATTCCTTAATGAATTATTTTTTATTTAAATAACTTATATTAATATATTGGTTTTTAATTTTTAATATTTTTAATTAAACTCAATTACATAAATATATTAAAAAAGCGATTTTAAATTTAAATTTTATAAAAGATTTAGAAAATAATAATTATTTAAAAATAGTGAGATTTGATTATTTTAATGTTAAAAGATTTAAGGTAGATAATTTTATTATAAATGAGTTATATTATTTGTAATATTACATTATGTTTTTGTAAATTAATTTTTTAGAACCCTTTTAATTTCTTCCAATAGTTTTTGATCTGTCCTTGTCTTATTGAAAAATTGAGATTATAAAATTGACTTATTTGACAAATTCTTCAACTTAAACCAATCAATTGACGTAAACATACGAGGAGATAGGTATTAAAACATGTCTAATGAAAAAAATTATATTTTAGAGTATTATTTTTGATTGACTAGTGATTTTTTTTAATTATTTTAGATATATTTTGTTATTACAACTTTTTTATAACTATATTAATATTATGTATTTGTATATTGAGATAATATATTTTGTTTATCTTATTTCATTAATAAGAGGTTAAAATTGAGATGTTATAACATCTTTTATCTTTAATTACGATTTAATTTTCTAATACAATTAAAATTAGTGTTGACTACTTTTATTTTATTTTATTTCAATTTCATTATACTATTTTAAATATTCTTAATTTAATAAAACCTGTTTAAGTTGAATTAATACAATACTTCCTATCAAATTAATATCTCCGTTAGAAATTAATGATGCTATACTGTAATAAAATTGATCGTACGTTGCTATCAGTTTAACAAAAGAAGTTGTTTTCAAAAAATGAAATGAAATTAAAAGTATTGAAAAATAAATGGAAGTGAATTAAATATATATGATTTAATGGTTTTGTGTTTTTTTTTTCTTCTTTTTACGAGGAACAATGCTGTTAAAACGGGTCGATTGACCCAATTCGGTTTAGTCCATCAGGAATTGACTACTTAGTGAGTAATGAAACTTAATTCATTTATTTATGAACTGAAAAAAATTTGAACTCGGTCTAGTACACTATGTTTTTGTGAGTTAAATGTGTTGACTCACTAGTTACTTAATTACAAGTTTTTCTCTAAATCCAAAAAAAAATATTTTTTTTAATTCAAATTTAAATAATTTTGCTCTAAAATGATTTAAACTCTAAAATAATTCAAAATATAAAAATTAACATATAACTAAAATATAATCCAAAAATAAATTTAAAAAATAAATAAATAAATTTATAAATTTTTGTATCATTTATATATTTACAAAATTAGAGTCTTTAATAGAAAAATTTATTATATTTTACTTTTTTTAAACATCGTTTTTTTATTTTTATTTACACTACAATAAAAATATTATTAATTAATAGTATTAAAATATAAAATAATAAATAATTAAATTAAATTAAATGATTTCAAAATCCGTTAACAGCCAGTTAAGAGAGTCGAGTGATTATATATACAGCGACGGACATGCGTCGAGTCACACCCAACACCTCCTTCCCCCAACATCCGTTTATCAGTTTAACTTCAGTTTCCTGTCACCACTTAACGTTTCAACAAAACTCCAAATCACAAATTCCAAAGGGAAAGCGTTTTTCTCATTTTGTGTGA


Gene Sequence:
>Vu_30856(+)
ATGGAAAACAACGATATCGGAGCTCCGTCAGATGCCTCGCTCTTTGACCAGATTGTGGCGACGGAGCAACCATACATCCCCATACACTCCGACCCCTCCTATCCTCTCCTCGACACCTTCGTCGACCTTCTCAACGTCGATACCAAACATTTTGATTTCGAAATGTTCAACTCTCCACTGCCTCCTCCTCCGCCGCCAACCGCTCCTCAAGTGTCCGTTCACTCCGAAACCTCGGAGAAACCCAACGAGCAGAGCTCGAAGCCTGCACCAGTAGGGTCCACAGACGGATTCGACAGTGGAAAGTCCGTGGTCTCGGATGATCTCTGCATGGAAGGCGGTGCTAAGAATTCCGGAGAGAACAAGCAGAAGCCGCGTCGGCAGAACGTTCCCCTGGACGCGTCACTGACAGCTTTGATGCAGGCCGGGCCAGCGATTTCTTTGGCGAGGAGGCCCATGGGGCCGGAGGAACTTGCTGAACTTGCTATGGTTGATCCTAAGAAGGCTAAGAGGTCTTCATTTTTTTTTCCATTTAATTTATTCTTTAATTAAATCATTTTTAAAACTTTGAAAATTTATTTTATTTTTCAGTTATATCTACAAATTATACATGTAGAGTTATGGTTGAATTAGGAAAAATAAAAAATTTCGTTTTCACCGGTAGTAAATAGGGTATTTAAATTATCCAGTGAGATAAATATAATATAATATTTATGATATTCTTTCTGCGAATATTTTCTACCTATTAATAATTATTAGTGAATTTTTTAAATATTTTTAAAAAGTTAAATGAATAAAATTATTAATAAAATAATATTAATCATAGAATAATCATTTAAAATTTAATTTTGTATAATTCTATTATTATTTAAAAATATGAAATTAAAGTTATTTTTTAAAAGATTTATTTTTTAAAATTTATAATTTTGGTGTAACATATTTAAATTTTTTAAAGCAAAGTCAAATTCATTTGTATTAATATTTTATTGAATAACTTGATTTAAATTGTATTAAAAAAATGTTTTTATCTAAATTTATTAGTTAAAAAATTATTTTAAATTTTTTATTTCATTTTTTTTTAAAATAAAATATAAAAATATAAAAATATAAATAACTATAGATATAAAAAAATTGGGGATATTTTTTCATGAATACCCAATAAATAATTAAACAAACGAGATTTTTATTTTTCAAACAAGACGGTAATATACAATACAATACTTATACCTGAGCTGACTATATTTTAAATTATTTTCGTAAAATACAATCACCAAATAAGTATATATCTAGTTTAGAAATAAAATCCAATATTTGAGAATAGTTTAATAAATATATTTAATTCAAAAATAAATTATAACTTTTAGATTTTTTTTATTGCGTTGTCAATCACTTATGTTATTTTTTTACTTAAAAAAAACATAATTAATCTTAAAATTACTTTTTTAAACAACTTTTGTAGATACTCAATTTTAAGAACTTTTCATTAAAAAAATTGCATGAAACTTTAATCCTTTTGTAGTTAAAGTTATCAAATAGCAGTTTTGATATGATCTAAAGTATAAAAAATTATTAGAATAACATAGGTAAACTTTAAATAATTATCCATATGAGTAAATTGTCTTTAGAAGTAAATGCCAAAAATAAATAAATCTCATTTCAAATATACGACTTTGTTTTCAAATTATCTGTTTTACAATTTAACAACAATAAAAAGTTATATTTGCATGAACCTTTCTTAATTTTTTTTATAACCGAAGTCGTGTCTGTACATACAAATTTCATCTTTCCAATGGTAGTTGTGCTTTTATGTGTAATTTCATTATTTTCTTAAGAAAATGTGTTTATATTAATTTTTATTTTTATTTTTTAGTTTTATCCACCAACTATGTAGAAACCTCAGCGGGTAGAATAGAAATGTCCAAGAAACAATAAATATTGTTAGGATAGGCTCTAACCATGACCTCGATAACATATTAGAAAATGGGTTTAAGATCTAACTTAATCTTACAAAATCGGTTTCTAAGGTGAAGTTTGCACCTCATTTATATATTATAAATTGGTCTTGTTTTTAGTCGACGTAAGACTTCCAACAAATTGAGAGTTCTCTTCATAGACGACTTCTTTCACCAAAGATATTTGGAGCATTTTGTGACTTTGTTTGTGGATAGTATACTTGAAATTTGCCATTCTGAGTACAAAACTGCATATATTGTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTCTTCATTTAAAAGTCGATAGAATGAATTAGTTATAGCCTTCACCAACTTAATAGTATAATCTTATTAAAACGTTGGTCCAAGGGGTTGTTAGTTCAATTCTTTTCATATAATTTTATTGATTAGAAGACACATGAGAAACAAGTTTCGGGGTTGTGGGATTGATATTCTCACACTGATATACGTTGAATTTTTTGTGTTTTGTAGGATTCTTGCTAATAGGGAATCTGCTGCTAAATCAAAGGAAAGGAAAAAGCGTTATTTGATAGAGTTGCAAAAGAATGTGGAATTGCTTGAAATTCAAATAACTAACCTGTTTAATAATATTTGCATGCTTCAGGTATGTGTTTTCCTTTCAATTTATTATGGTTCTATACATAACAAAAATATTACACATGTTAGATCTTTTTCCCTTCATATATTAATTATAAACGATTTGAAACTAAATATATATGGATTTTTTTAAAACTAAATATGGATGTTGTCTTTCTTAAACAGCTATGCCTTATTATGAATAAAAAAGGTAGTAATAATTAGATTAAATTACAATATTTGGCAGCAACGGGGATCCTAGGGCTGGGTAAGGAGTTCAAACTTAATTGAAATTTCTAATGTCTTCCTGTGTGGTTTTACACACACCTGGTCTCTAAAATTGTGTCAATTCCATACTTTATGAACTTTGAGAAAATTTGATTATATACAAGAGACTTTCAGAAAATTATATTAACTTTTCATATAGATCTCGCCCTACCAATCAAACCTATATATAAAAAACCCTTTAAAATCCTTCCACATTAGTTACAATAAGCAAAATAATACTATACTGAATTATCTTCTACATCGAAAACTTTATAATTCAGTTCACTATATATACGAATAGCCTTATCCCTCTCACAAATTTTAGCACTTGTATAAAAGAACTAAATCATGATAACCTTTGTTTTCCACCAAAATAGTTTTCAAAATTCTATTTGCACATATGTCTCATGATGTCCCTCCTCCTTTCTATTCCATTCCGTGCTTTAAAAATATGTATATCATACGAGGATTAGAATAGAAGGATAAGCCAATTATAGAGCCAAGAAAAACCATGACAGAAGTTGTTTCAGATTAAGAAAAAGTTAAAAAAAAATACATTGATGATTCGATGTCTTATTACCAAAACTCGAAGAGCTGCAAGCAAAACTGAAACAGTTTAAATATTAATGCATAAAGTTAGGTGTTCAGCTTGTTCCTCCTTTTATCGCCAATTAGTTCTTTCACAACTTTCACCACCTATGAGAGCTTCTTTTACCAAAACTATGTATGATATCTTATTGTTGAAACTGTTTTCACTACCTAATTTGTTGTTTAACCCATATAACACAAACCCCTAACAAGTTTTAGTGCTCTTAATACTTAATCTTTCTCTTTACTACATATATTAGAAAGACTTGTCTGACCATTGTATACCAACCTTAATGTTCATTTTTAACAACTATGACTAAATGTTCTAGAATGTGATTATGTAAAAAAATACTACTTGCGGTATATCTATAAAGTAATCCTACCTCTAAGGTTTTATTTGTTAAAAAAAAAACAATTAATACTTCTCTTTTTTGATCGGCAAAGTTCGGTCTACACCGCATTTCACTGTATCTGATATAATATATCAGGCATATCTTGAATTCCCCAATTACTAGAATCTCACGTGAGTGTTTAGAACCTAAAATCTCAAAGGGCTGGTCTTCAAATAGTAGACTTAAGCATGATCATATACATAATCAATTCATGTTGTATCCTAAGTTTTTAAACATCACATACTTTAATATGGTCGAAACGATTTTACTAACGATTAGGTTGGTTATGTTAATAACTCCATTTGGTGATAATTCTTCCCTTGTATTCTTCACTTGGTGATTTTTCTAACTCCATAGGATCAATACAGTTTCAAGAAATATAATCAAATTCACTATACCATCTACCTATGACTTGATTTGTTATACTCGCATATTACGGTGACATGATTTCCTAAATGGTTAATCATAATACCTTGGTAATTAGGTTTACGTCCATGACATTATGATAGTTGAGAGAGTGACTTGTGTGTTTACGGCTAAATTAATGACATATGTTTATTTTGTAATTATTGAAGTAGTAAAACTCTCTTGGTTTCTTTTAAAGAGTTGCATTACAATTTTGTTTTTATTTCACTGTTAAATTGATTCTATTACTTTTTTTATCCAGTCTTTAATCATACACACACATATATACATTTATTGCATATAGAAATAAGAAATTTTATAAATATTTTATTAAAATGAACTTTTTATTATGTTTCTTCCTTTTTACAAAATAATATTAAATCACACTTAAAAAATAAAGTTTGTAATACTTAAAATATGATATTATGACTGGAACCATTAAATAATGCTGTGCAATTTTGAAGATGTAATTTCTGTCCCGATGTATACTTTTTTCATTCATGTTATATACTTGCTTTTATTATCATTACCTTGGGTCAATTGATGAGGAGCTTAATAACTTTCCTCTAATAGAATAAAAATTTTGTTGATTTCGTATGTTTAATTACGTACACATATGCAGATGGGGAACAGAGGAAGGTCTCTTCATGTAAAGGAGGTCAGAGTAAAATTAGACATCAAGCGAGAAGAAGACCGACTTAAAGATGGTATATGCATAGTTTCATAGTTGTTTACTCCTATAGCACTAACAATATCATCATATATCTGCATTTCTACATTTA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