Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_30643 LG8 39403067 39413701 PREDICTED: probable lysine-specific demethylase ELF6
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, negative regulation of long-day photoperiodism, flowering, negative regulation of short-day photoperiodism, flowering, unidimensional cell growth, negative regulation of long-day photoperiodism, flowering, response to brassinosteroid, response to brassinosteroid, negative regulation of short-day photoperiodism, flowering, unidimensional cell growth, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, negative regulation of long-day photoperiodism, flowering, histone H3-K9 demethylation, histone H3-K9 demethylation, negative regulation of short-day photoperiodism, flowering, histone H3-K9 demethylation, unidimensional cell growth, negative regulation of short-day photoperiodism, flowering, chromatin remodeling, negative regulation of short-day photoperiodism, flowering, negative regulation of long-day photoperiodism, flowering, negative regulation of long-day photoperiodism, flowering
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   histone demethylase activity, protein binding, histone H3-tri/di/monomethyl-lysine-4 demethylase activity
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 39403235 3_prime_UTR_variant
T/A 39403236 3_prime_UTR_variant
T/A 39404131 missense_variant p.Glu1354Val
C/T 39404315 missense_variant p.Glu1293Lys
T/C 39404335 missense_variant p.Glu1286Gly
T/A 39404338 missense_variant p.Gln1285Leu
G/A 39404520 synonymous_variant p.Ser1224Ser
T/A 39404653 missense_variant p.Asn1180Ile
C/T 39404660 missense_variant p.Gly1178Arg
T/C 39404702 missense_variant p.Ser1164Gly
G/A 39404751 synonymous_variant p.Asn1147Asn
G/T 39404855 missense_variant p.Pro1113Thr
C/T 39404912 missense_variant p.Val1094Met
C/T 39405693 synonymous_variant p.Ser833Ser
T/C 39406028 intron_variant
C/G 39406082 intron_variant
G/T 39406271 intron_variant
A/G 39406298 intron_variant
T/C 39406315 intron_variant
C/G 39406635 intron_variant
G/A 39406667 intron_variant
G/A 39406720 intron_variant
C/T 39406775 intron_variant
A/C 39406777 intron_variant
C/T 39407468 intron_variant
G/A 39407562 intron_variant
A/G 39407568 intron_variant
C/A 39407579 intron_variant
A/T 39408240 missense_variant p.Ser561Thr
T/C 39408243 missense_variant p.Thr560Ala
A/C 39408245 stop_gained p.Leu559*
T/C 39408346 synonymous_variant p.Lys525Lys
A/G 39408480 intron_variant
A/C 39408491 intron_variant
T/C 39408779 intron_variant
A/G 39408789 intron_variant
G/T 39409045 intron_variant
T/C 39409055 intron_variant
T/A 39409179 intron_variant
A/G 39409651 intron_variant
A/G 39409666 intron_variant
G/A 39411409 intron_variant
A/T 39411453 intron_variant
G/T 39411623 intron_variant
A/T 39411997 intron_variant
A/G 39412000 intron_variant
T/C 39412271 synonymous_variant p.Val327Val
C/A 39412562 missense_variant p.Met230Ile
A/T 39413284 5_prime_UTR_variant
G/A 39413352 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/C 39413353 5_prime_UTR_variant
T/A 39413370 5_prime_UTR_variant
G/T 39413478 5_prime_UTR_variant
C/G 39413495 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_30643.1
MGSVEIPNWLKELPLAPEFRPTDTEFADPIAYISKIEKQAANFGICKIIPPLPKPSKKYVFSNLNRSLLKCPDLSPDNSSLGVCNSLKFGSGDGSSDGVSRAVFTTRHQELGQTQSVKKAKGTVQNPQSGVHKQVWQSGEVYTLEQFESKSKSFARSLLGSVKDVSPLVIESMFWKATLEKPIYVEYANDVPGSAFEESKGQFHYSHRRLRKRTYYKSRLDSSDCKQTVMGCGRDTQIDDTKGASVQSDADKCLRMTKSVDTVSTFSSNDDSQSFKEKSSDTGNDMQGTAGWKLSNSPWNLQVIARSSGSLTRFMPDDIPGVTSPMVYIGMLFSWFAWHVEDHELHSMNFLHTGSSKTWYAVPGDYAFAFEEVIRTEGYGGNIDHLAALKLLGEKTTLLSPEVIVASGIPCCRLTQNPGEFVVTFPRAYHVGFSHGFNCGEAANFGTPQWLSVAKEAAVRRAAMNYLPMLSHQQLLYLLTMSFISSVPRTLLPGVRSSRLRDRQKEEREFLVKQAFIEDMLQENKLLSILLGKEAAKRAVLWKAELLPDSSKGFQLPDLTSTTGTSVANMPNISSAKKSGHYLLDDEMSLYMDSLTNIDIGGDDLPYHFETDSGALACVGCGILGFPFMAVIQPTEKLTMELPDNHLIQVSSSDSTAGLHSSISRDLSFSELSSVKEMPDQSLNKCSKCWNTSSKFFRPRIFCLGHAVQIVDMLQSKGGANVLIICHSDYQKIKAHASEVAVEIHSAFDYNEVPLDTASPENLTLIDLAVDGEELDECEDWTSTLGINLRNWVHTRNNAPSKQVPWTLGTLFHDKCPASNILALNWQSRRFRSKRSSHLAQTKSSHSIERKKDDRLGGRINDSTADKKLIQYSRRKFKSKHTCFPVANMVCELQEKSQKVSATLSANHDSCVSKTLQAEDLRTECALPCTSACTEMSSMHPEIQIAEMPISTKMIADKSQPSNSIPDHVLMIEKLGAEIESQTMQESYVDRNNDLTLSHSKMHHNTNVSEICGKESQDCQYKKCSSTLSNAPDGNIEMIKKTEIAEAVIIDSHCNRLTLDDQGHQEYQSNYKSNNEEAAVSTASMVNQSTLASVDGNVESPNNNHISERISSPIFLEKANEEGIDSISEMDKEPRINESPISKHTPNEVCEVRRELYASVDLQSNGILDDEQQVTQGGKNSKREITHVSTEQCCPSSGQCQIESVKKINEDPVCSYAAKGENKSVTSIELGCSEVSVEACPSKDSCMQFIPDKEKEMTNQSVNRIDEELFSGSDTSTKDSFLSVQECSKIENEIYVTENINEIKADLSQYKRGLESCELATEVPRLNSENKKKRKVERTGNRSNSDNFIRSPCEGLRPRAGKFAAGKSGVEINQVDKENQVAKRARRSSEVLVLRKNKKDGVKKSHKCDLDGCRMSFKTKAELLLHKRNLCPHEGCGKKFSSHKYALLHQRVHDDERPLKCPWKGCSMSFKWAWARTEHIRVHTGEKPYHCKVEGCGLSFRFVSDFSRHRRKTGHHVKPPA*


CDS Sequence:
>Vu_30643.1
ATGGGTAGTGTTGAAATCCCCAATTGGCTGAAAGAGTTGCCACTGGCCCCGGAATTTCGCCCTACGGACACCGAATTTGCTGACCCAATTGCTTACATTTCAAAGATTGAGAAGCAAGCTGCCAACTTCGGGATTTGTAAGATTATCCCACCATTGCCCAAACCTTCAAAAAAATATGTTTTTTCTAATTTGAATAGGTCACTCTTGAAGTGCCCGGATTTGAGTCCAGATAACAGTTCATTAGGTGTTTGTAACTCATTGAAATTCGGTTCTGGGGATGGTAGTAGTGATGGGGTGTCTCGAGCTGTGTTTACTACTAGGCATCAAGAACTAGGCCAGACTCAGAGTGTGAAAAAAGCCAAAGGAACGGTTCAGAATCCACAGTCAGGTGTTCATAAGCAAGTATGGCAAAGCGGGGAGGTTTATACTCTGGAACAGTTTGAGTCTAAATCGAAGTCTTTTGCAAGAAGCTTGCTAGGGTCAGTGAAGGATGTTTCTCCGCTGGTTATAGAGTCTATGTTTTGGAAGGCAACTTTAGAAAAGCCAATATATGTGGAGTATGCGAATGACGTGCCTGGGTCTGCTTTTGAAGAGTCAAAGGGTCAATTTCATTATAGTCATAGAAGGCTAAGAAAAAGGACTTATTATAAGAGTAGGCTAGATAGCTCTGATTGTAAACAAACTGTAATGGGTTGCGGAAGAGATACCCAAATTGATGACACTAAGGGTGCTTCTGTCCAAAGTGACGCTGACAAATGTTTACGGATGACCAAATCAGTTGATACTGTGTCAACATTTTCATCGAATGATGATTCACAATCTTTTAAAGAAAAGAGTTCAGATACCGGCAATGATATGCAAGGGACTGCTGGTTGGAAGCTTTCAAACAGTCCTTGGAACCTGCAAGTTATTGCACGATCGTCTGGCTCATTGACACGTTTTATGCCGGATGATATTCCTGGTGTGACTTCACCTATGGTATACATTGGTATGCTGTTCAGTTGGTTTGCTTGGCACGTAGAGGATCATGAGCTTCACAGCATGAATTTTCTTCACACTGGCTCATCAAAGACATGGTATGCTGTTCCTGGAGATTATGCGTTTGCTTTTGAGGAAGTCATACGCACTGAGGGTTATGGTGGTAATATTGATCATTTAGCCGCTTTGAAACTTTTGGGTGAAAAAACAACTCTTTTGTCACCTGAGGTAATTGTTGCATCTGGAATTCCTTGTTGCAGGTTGACACAGAACCCTGGTGAATTTGTTGTGACTTTTCCAAGAGCTTATCATGTAGGATTCAGCCATGGTTTTAACTGTGGGGAAGCTGCTAACTTTGGAACTCCACAATGGCTTAGTGTAGCCAAGGAGGCTGCAGTGCGCAGAGCTGCAATGAACTATCTTCCCATGCTTTCCCATCAGCAACTGCTTTACTTACTGACCATGTCTTTTATTTCAAGCGTTCCAAGGACACTATTACCTGGGGTGCGCAGTTCTCGATTGAGAGACCGTCAGAAAGAAGAGAGGGAGTTTTTAGTAAAACAGGCTTTCATAGAAGACATGCTACAGGAAAACAAACTGCTATCCATTCTTCTTGGAAAGGAAGCTGCTAAAAGAGCCGTTTTATGGAAAGCTGAGTTGCTGCCAGATTCCAGCAAAGGTTTTCAGTTGCCTGATTTAACTTCTACAACTGGAACCTCTGTGGCAAACATGCCAAATATTAGTTCTGCCAAAAAAAGTGGTCATTATCTGCTTGATGATGAGATGAGTTTGTATATGGATTCTTTGACTAATATAGATATTGGTGGCGATGATCTTCCCTATCACTTCGAAACTGATTCCGGAGCATTGGCTTGTGTGGGTTGTGGAATCCTTGGCTTTCCATTTATGGCTGTGATACAACCAACTGAGAAATTGACAATGGAACTTCCTGATAATCATCTAATTCAAGTTTCCTCTTCGGACTCTACTGCTGGTCTTCATAGTTCCATATCACGGGATCTATCTTTTTCTGAACTTTCATCAGTAAAGGAGATGCCAGATCAATCATTAAATAAGTGCAGTAAGTGTTGGAACACCTCCAGTAAATTTTTTAGGCCTCGGATTTTCTGCCTGGGGCATGCTGTTCAAATAGTAGATATGTTGCAGAGCAAAGGTGGAGCCAATGTGCTTATAATTTGCCATTCAGACTATCAGAAAATAAAGGCACATGCCAGCGAAGTTGCGGTAGAGATACATAGTGCTTTTGATTATAATGAGGTTCCATTAGATACGGCATCCCCAGAAAATTTAACCTTGATAGATCTGGCTGTTGATGGTGAAGAGCTTGATGAATGTGAAGACTGGACATCAACACTTGGCATTAACCTACGGAATTGGGTCCATACAAGAAATAATGCTCCTTCTAAACAAGTTCCTTGGACACTTGGGACATTGTTCCATGATAAATGTCCTGCTTCAAATATTTTAGCTTTAAATTGGCAGTCTCGGAGATTCCGGTCGAAAAGGTCAAGCCATTTAGCTCAGACTAAATCCTCTCACAGCATTGAGAGAAAGAAGGATGATCGGTTGGGTGGAAGAATAAATGACTCCACTGCTGACAAGAAGCTAATTCAATATTCAAGAAGGAAGTTCAAGTCAAAGCACACGTGTTTCCCTGTAGCAAACATGGTCTGTGAACTCCAAGAGAAGTCCCAAAAGGTGTCTGCTACTTTAAGTGCGAATCATGATAGTTGTGTTTCTAAAACTCTTCAAGCTGAGGATTTAAGGACAGAGTGTGCATTGCCATGTACTTCTGCTTGTACTGAAATGTCTTCAATGCATCCTGAAATCCAGATTGCTGAAATGCCCATTAGCACGAAAATGATTGCTGATAAGTCACAACCTTCAAATTCCATTCCTGATCATGTTTTAATGATTGAAAAACTTGGAGCAGAGATTGAGAGTCAAACGATGCAGGAATCATATGTAGACAGAAATAATGATTTAACGCTCAGTCATTCTAAGATGCACCACAATACCAATGTCTCAGAAATATGTGGCAAGGAGAGCCAGGATTGTCAGTACAAGAAATGTTCTAGCACACTTTCAAATGCACCAGATGGAAATATTGAAATGATTAAAAAGACTGAAATTGCAGAAGCAGTTATCATTGATAGCCACTGTAATAGGTTAACATTGGATGATCAAGGGCATCAAGAATATCAGTCTAACTACAAAAGCAACAATGAGGAAGCTGCTGTATCAACTGCTTCAATGGTAAATCAATCTACACTTGCTTCTGTGGATGGAAACGTTGAAAGTCCAAATAATAATCATATCTCAGAAAGAATTAGTAGTCCTATTTTCCTAGAAAAGGCAAATGAGGAAGGAATTGATTCTATAAGCGAAATGGACAAGGAACCTCGAATTAATGAAAGCCCAATTAGCAAACATACTCCAAACGAAGTTTGTGAAGTTCGAAGAGAGCTTTATGCTTCTGTAGACTTGCAAAGTAACGGAATCTTGGATGATGAGCAACAAGTAACTCAGGGTGGAAAAAATAGCAAAAGGGAAATAACTCATGTTTCAACTGAACAATGTTGTCCTTCGTCTGGGCAGTGTCAGATTGAAAGTGTAAAAAAAATTAATGAGGACCCTGTTTGCAGTTATGCTGCAAAAGGTGAAAATAAAAGCGTAACTTCAATAGAGTTAGGATGTTCTGAAGTTTCAGTGGAAGCATGTCCTAGCAAAGATTCCTGTATGCAATTTATTCCAGATAAAGAAAAAGAAATGACAAACCAGTCAGTTAATAGAATTGATGAGGAACTTTTCTCTGGATCGGATACATCGACAAAAGACTCTTTCCTATCAGTGCAGGAATGCTCAAAAATTGAGAACGAGATTTATGTTACAGAAAACATAAATGAAATCAAAGCTGATTTGTCACAATATAAAAGGGGGCTGGAGAGTTGTGAGTTAGCTACAGAAGTTCCCAGATTAAATTCTGAGAATAAAAAAAAGAGGAAAGTGGAACGAACAGGGAACCGATCTAATTCTGACAACTTTATTAGAAGTCCATGTGAGGGGCTGAGGCCAAGAGCTGGGAAGTTTGCCGCTGGAAAAAGTGGAGTGGAAATCAACCAAGTTGACAAGGAAAATCAGGTGGCTAAACGGGCAAGGAGATCTTCTGAAGTTTTGGTTCTTCGCAAAAATAAAAAAGATGGTGTTAAAAAGTCCCACAAGTGCGACCTCGATGGTTGCCGAATGAGTTTCAAGACTAAGGCAGAGTTACTGTTGCATAAACGAAACCTTTGCCCACATGAAGGGTGTGGTAAGAAGTTCAGTTCCCACAAATATGCTTTGCTTCACCAGCGAGTTCATGATGATGAGAGGCCCCTTAAGTGTCCATGGAAAGGTTGTTCCATGTCGTTCAAGTGGGCTTGGGCAAGGACAGAGCACATACGCGTACATACTGGGGAGAAGCCTTATCACTGCAAGGTGGAGGGATGCGGCCTTTCATTCAGGTTTGTATCTGATTTTAGCAGACACAGACGGAAAACGGGACACCATGTGAAACCTCCTGCTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_30643::LG8:39413701-39415701(-)
GAGTTCAATCAATTAGAAATGTATTTATTTCACTTAGTTGTTAGTAGAAATTTTTTTTTTATATGTACTATAGGATCACTCGTGACCGCCCTGTTACTAGGGATGGCAAAAAAATCCGCGCCCGCAGATATCCGCGGATAAAATCCGCGACGGATAGTTGATACCCGCGGATATTTACTACCCGCAACCCGCGGGTAGCGGATATTTTAATACCCGCTTATAATCGGGTCGGGTGCGGATATTATATTATCCGTACCCGCGGATACCCGCTACCCGCAAAAAATAAAAATAAAAATTTAATTTATATTTTATTAAGTTAAATTTAATTAAAATTAACATTAATTTATATTTTACAATATTAAATTTAATTAAAATTTATATTTAATTTAATTTATATTATATTTTATATATTTTTTATAATTTTATTTAAATTTTATTTTATTAATTTATTAAAATATATATTTTTTTAATATTTGCGGGTATCCGTGGATATCCGCGGGTTTTAAAATACCCGCGGATATTTTTTAAGCGGATATCCGTGCGGGTAGCGGGTCGGGTAGCGGGTGGATTTTTTTTTGTCGGGTCGGGTTGCGGGTAGGCACTATCCGTGCCCGACCCGACCCGTTGCCATCCCTACCTGTTACTCCTTCATTCGCTCTCTTTCTTCTATTTATCTAACTCGTGTGGGAAAATATCTATCAAAGAGTATCCAACACTTAAGTTAGTGACTTAGATAATAATCTCGTAATAAAAATTCATATCAGAATTAATTACTTGACATTTTTGTCAAACATATATTTATAAATATTAAAATTTTATTATTTATATTAATTTTTAACCAATGATTATTATTCTCATTAATTATAATTGTTATTGTTCATATTCATTATCAATTAATAATTATTCTAGGACCGATGGGTATTTTTTGTTGGATGATCGACCGTCCGTCCTTGATTGACTGAGTGATCCTATAATACAATATACATACATAAAATAGTTGGCAATTTAATTATTTGTATACATTTAGTATTGAATATTTTTATCTCAGTATTACAAACATTCATTATCTTTATTTCCTTTAATTTTTAAAATAAATACCTACCTCTTCTTCTTTAAATATTTTTCTTCTAAAATTTGACATACAAAATGAAGTACTAGAATTCTACATCACAACTTCATGGACAATATCTTTCTCGTTGTTTAAAATAAAGGTTTTATATTCAAAGGCATGAAAATGAAAGATACTTAATTTTCTTCATTTTGCAATGTTCATAAAGAGTTTTTTTTATAAGCTTTCAAACATAACCATCAACTAAGTTAAAGAAAAGTGTTTCATTAACAGCTCATACAATTGTTTTTTAATTATATGTACAGATTTAAAATGTGTTAAGATATTAATAATAATTAAACTAAGTTACTAATCACTAAATCATACTCATGCGAGTTCTTGTATAATGAATGCCATCAATTTAAATTTAAAAACAAGATTGATTTATTTTCTTTATTACAAAGTGATATTAATTTCAATTTAATATTATTCAGTGAACAAAATATTAGAAAAGAAGTTGGCAATATAAAAAATAATTTAACATTTCAATTAAAAATCGTTAAACAATTTTGAAGACTGAAAAAATAATTTAATTATAAATTTTCAATTTTAGCATAATATCAAGGATTCAAAACATCTGATCAATTGTTTAGAGAACCAAGTTTTGTCACTTAAATTAATCACGTCTTGGTCTCTCATACTTTCTTTCTATTTACTTTTATAAAAAAAATGTATATTGTTTTGAAAGATCAATCGATAATTATTCATTATATCTCTAAAATATAATTTATATATTTAAAATATTTGTTATATAAAATAAATGTTTAACTTATATATTTACAGGATATAATAATGAATTAGTATTTATTTAATATTAATAAATAATTAATAATTAGCAAAAATTAATGATTAGAAGTATAAGACATTTTGCCGATAAAGAAAAAGAGATTTT


Gene Sequence:
>Vu_30643(-)
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