Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_30642	LG8	39398700	39399983	PREDICTED: protein LYK5-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
C/T	39399123	synonymous_variant	p.Glu287Glu
A/G	39399159	synonymous_variant	p.Thr275Thr
G/A	39399165	synonymous_variant	p.Ala273Ala
G/A	39399315	synonymous_variant	p.His223His
G/A	39399384	synonymous_variant	p.Thr200Thr
G/A	39399737	missense_variant	p.Arg83Cys
G/T	39399738	missense_variant	p.Ser82Arg
T/C	39399741	synonymous_variant	p.Ser81Ser
A/T	39399745	missense_variant	p.Ile80Asn
T/A	39399788	missense_variant	p.Thr66Ser
T/C	39399796	missense_variant	p.Asn63Ser
A/G	39399874	missense_variant	p.Leu37Pro

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_30642.1

MCKSRKSTAAAQPESRRSTNSNRSMTNSPRPHRTQTLTSSSSNYDTSTSEVPVTESRSYVFENNNTNTNDLLEWSKTSSISSRASLSSLKDTLPESPNIYHFSEISAATANFSAPRLSSSSWRCLIRHRDVVVSRRNFRQQIDLPELSHRLAIICRSHHSSLVKLLGASVSGGVIFLVYEFVPGASLADCLRNRRNPSYTDLVTWTSRMQIASDIAHGLDYIHNFSGSDSGSGSGSGFIHNHIKSSSIVITEDNLRAKICHFGSSHLCGEAVAGTGEESGARRVRIEGTRGYMAPEFQVSGVATKKSDVYAFGVVVLELLSGEEAVKFKFNDDGSYQRTSVVDTARVAAGEYGGVRKWVDRRLRDSFPLSVAERMVRVGLDCVGNDPNERPDMGRVSIEVSKLYLESKDWDQKMGTDIDLTVSLAPR*

CDS Sequence:
>Vu_30642.1

ATGTGCAAATCCAGAAAGAGCACCGCTGCGGCACAACCCGAAAGCAGACGAAGCACAAACTCAAATAGAAGCATGACCAATTCCCCTCGTCCTCACCGGACGCAAACCCTGACATCGTCATCGTCCAACTACGATACCTCCACGAGCGAAGTCCCCGTCACAGAATCAAGAAGCTACGTGTTCGAAAACAACAACACCAACACCAACGACTTATTAGAGTGGTCAAAAACCTCTTCTATCTCAAGCCGCGCCTCTCTCTCAAGCCTCAAAGACACGCTCCCTGAAAGCCCTAACATCTACCACTTTTCAGAGATTTCCGCTGCCACCGCCAACTTCTCCGCCCCACGCCTCTCTTCCTCCTCCTGGCGCTGCTTAATCCGCCACCGCGATGTTGTTGTCTCTCGCCGCAATTTCCGCCAACAAATCGACCTCCCGGAGCTCAGCCACCGCCTCGCCATCATCTGCCGGAGTCACCACAGCAGCCTCGTCAAGCTCCTCGGCGCCTCCGTCTCCGGCGGTGTCATCTTTCTCGTTTACGAATTTGTCCCCGGCGCCAGCCTCGCCGACTGCCTCCGTAACCGCCGAAACCCTAGCTACACCGATCTCGTCACGTGGACCTCTAGGATGCAGATCGCCTCCGACATCGCGCATGGCCTCGATTACATCCACAATTTCTCCGGTTCAGACTCCGGTTCGGGATCCGGTTCTGGTTTCATTCATAATCACATCAAGAGTTCCAGCATTGTTATCACGGAGGATAATTTGCGCGCGAAAATATGCCACTTCGGCTCGTCGCATCTGTGCGGCGAGGCGGTCGCCGGAACTGGTGAGGAATCCGGTGCGCGGAGGGTGAGGATCGAGGGGACAAGAGGGTACATGGCGCCGGAATTTCAGGTCAGCGGCGTAGCGACGAAGAAGAGCGACGTGTACGCGTTCGGCGTGGTGGTTTTGGAGCTGCTGAGCGGGGAAGAGGCGGTGAAATTCAAATTCAACGACGACGGCAGTTATCAGAGGACGAGCGTGGTGGATACGGCGAGAGTTGCGGCGGGGGAATACGGCGGTGTAAGGAAGTGGGTGGATAGGAGGCTGAGGGATTCTTTTCCGTTGAGTGTGGCGGAGAGGATGGTTCGGGTCGGATTAGACTGTGTCGGGAATGACCCGAATGAGAGACCGGACATGGGTCGGGTCTCGATTGAGGTGTCAAAGTTGTACCTGGAGTCGAAGGACTGGGATCAGAAAATGGGAACCGATATTGACTTGACGGTCTCGTTGGCCCCACGGTGA

Promoter Sequence:
>Vu_30642::LG8:39399983-39401983(-)

TCGTAGGAAACATATGAACCAGTTTAGGTTTATTATTTCAATGCTTGGTTTGGATCGTAATTTTGTTTTATTAAATTAGATTGCCAACAGTACGTTCGCGGAAACAAACACTACCCAAAATCTTATTACAGTAAAACGTATTATCACCACAAAACTTTATTTTGTTTCAAGGAAACCTAAACAAATATATTTTTTAATCAAGAATTAGTACAAAGTTTGTTTTCACTTAATAATCAATATCTAGGATGAATCTTTATTCATATTGAAAACAAATATTCAGAAAAGGCTTTAAGATTCATAATAATCTTATTATAACACTTTTTTGTAAAAATATATCATGTGTAATAAAAAAAAAACTCACTTGCTTACAGAAGAAATTATTATTTTTCTTCTCACATGACTCTGATTAAAGGTGTAAATGAAATAAATCGTACTAAAAGTTTGAATTTAGCTTTTTCAGAAAAATATTTAATTTTAATTTGATTTGTTTAATGCATTTATAACTTAATTAATTTTGTTTTCATGAAAAAAATATTTATTGCTTAATTTTATCAATACAATATTTACAATTATTTTAATACTACAAACAAAAATCATGCATAAATAAACAATTCGTATATTAAAATAGAAGTTAGTCTGTTAAAAATGTAATTCAATATTAGCTAATGGAACCTAAACTTTAAAATTGTAGTATAACATCTCAATAAAACATAAGTATAATATTTTTTATTGTAAACTTTTATATCTATATATGTATGTATAAACAAGCCATTAATTGGTTTTTAATGTTAAGTTTTTAAAGTTTGAGAAAAACTCATTTCATAATCGAACTTAAACAAAAGTTGAAATTTTATTTATTTAACTTAACAAAGGGATCAAATAAATAATTTACAAATCAAATCTAAATAGTTAACGAATTTAAGTATGAGTTAACAGGTTCCTTTAATGTGTTTAAAGTTTTATTAGAAACACATATTTTAATTGGGTTAAATAAATTGAGTTCGTAAAATATTTTTTTTGAAGATCAGTATTCAATTCGTTGTCTTAAATTTATTATCCACGATATCATATTTTGGAGTCCAATTTCGAGATCCAGATATATCATAATCGTTATACTTGTCTTAAAAAACTCAAATTCATTATCCCGAACACTCAAATTATAATAAGTTCAGTTTTCATTCTATTGCTAAATTTTATTAAACTAAAAATATCATGTTATTTGTATTTGTAACGAAATATTTCAAAATTCACAAATTTAAAATTTAAAATATTTGAAATTAAAAGTCAGAGTTTTTTAGCTAGAGTCACTTGCCTAATGATATTGGTAGATAAGTCTATTCATCCCTACAGATGTATTAATTCACTCCTTTAAATCCATAGTTCTAAATTTGGGAATGATAGGGCGAAGCTATAACACTAAGGTCAGAGTTTGACTCTCGTAATGTTTTTGGTTGCTGTGTTGAGATAAAATAAGACAAGATTATATTTTGTCGTTTAATAAATTTGTACAGTTATCTTATATTCATTGTTTTATTTTTCATATTTTTTACAAAATATAAAAGTTTATTTGTTAAATCATCGAGGGTTTTAGAAATGATATTCTAATACATCATTTTTATATTTTAAAAGAAAAAAGAGAATGAAAAAAAATAAGATAATAATATAAAATGAGTGGAAAAAATGGTTGTTGAGGTAAAAATATGATGGTGGAAATGAAGTTATGAACTGAAGGGGAAAATGGGAGTAGCAGCCACGTGTGAGGCATATTTGAACCGAATGTACACCTCACCAGAACATCAGCAAAATAAAGGCGCCGCCCAATCACGAACACAACATCCTACGAAACAGACAGAAGTGTTGGAATTGGAACAGAACACTAACCTTCTAAACTGCGTGTACGTCATTCTCACGCCCACGATCACAGAACCAAACAACAGAGCTAAGCCATGCAATGAGGTTGTTCTCCGGCGCACATTAGCCACCGGCACAATCTCCCTTCG

Gene Sequence:

>Vu_30642(-)