Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_29938	LG8	32183797	32188593	PREDICTED: transcription factor PIF3-like isoform X2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09132 Signal transduction		C 04075 Plant hormone signal transduction [PATH:ko04075]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/A	32186146	missense_variant	p.Lys445Met
T/C	32186147	missense_variant	p.Lys445Glu
T/C	32186148	synonymous_variant	p.Lys444Lys
A/T	32186154	synonymous_variant	p.Gly442Gly
T/A	32186180	splice_region_variant&intron_variant
A/T	32186400	missense_variant	p.Asn391Lys
G/T	32187852	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_29938.2

MPLYELYRLAREKLGTENNSTRASDQCSSPENDFFELVWENGQISSQGQSSKVRRSPSCKSLPSHCLPSHSPKGRDKDVGYGANRIGKFRDLDSGLNEISMSVPSREVDFCQDEDVLPWFDYPTMDSSLQHDYDSDFLPAPTSFTLSDKKSNSRMALRDSHKTSEEQGNAFKDSSAEQVGTVEPKASTNQLYPPSLHHCQTSFVSSRSRTSDITENNNTSNANQDATYGEITNFLSSSSDFSSPKGKKQEPPLPGNGSSSTIMNFSHFARPAAKVRANLQNIGLKSGLSSARSDSMEIKNKDAAATSSNPPESIVIDSSGECPKELTIHCQQNVDQSKTDLNTSLSKAVEQNAILSKQSETACNESSTKIDQIADQVLGDSGAKGQTTAENSMEAAVASSSVCSGNGADRGSDEPNKNLKRKRKDTDDSECHSEDAEEESAGVKKASGGRGGTGSKRTRAAEVHNLSERRRRDRINEKMRALQELIPNCNKVDKASMLDEAIEYLKTLQLQVQIMSMGAGLYMPPMMLPAGMQHMHAPHMAPFSPMGVGMHMGYGMGYGVGMPDMNGGSSRFPMIQVPQMQGNHIPVAQMSGPTALHEMAGSNLPRLGLPGQVHPMPMPRAPMLPFSGGPVMNSSALGLHACGLSGLVETVDTASASGLKDQMPNVGPLVKQSTGGRDSTSQMPTQSETAVVGFEQSAMVHNSGHTSGANDNGALNPCPSR*

>Vu_29938.3

>Vu_29938.1

CDS Sequence:
>Vu_29938.2

ATGCCTTTGTACGAGTTATACCGTCTGGCCAGAGAAAAGCTTGGTACAGAGAATAACAGCACACGTGCATCTGATCAATGTTCCTCACCTGAGAATGATTTTTTTGAGCTAGTTTGGGAGAATGGTCAGATTTCTAGCCAGGGTCAGTCTAGTAAAGTTAGAAGGAGCCCATCTTGCAAGAGTTTGCCATCTCACTGCTTACCATCTCACAGTCCCAAGGGTAGAGACAAAGATGTAGGATATGGTGCCAACAGGATTGGAAAATTTAGAGATTTAGACTCTGGATTGAATGAAATTTCAATGTCGGTGCCGTCCCGTGAAGTTGATTTCTGTCAAGACGAAGATGTGTTACCTTGGTTTGATTACCCAACAATGGATAGTTCCTTGCAACATGACTATGATTCTGATTTCCTCCCTGCCCCAACTAGCTTTACTCTATCGGATAAAAAAAGTAATAGCAGGATGGCTTTGAGGGATTCTCATAAAACTTCTGAAGAACAAGGGAATGCTTTCAAGGATTCTTCAGCTGAGCAGGTTGGAACTGTCGAGCCCAAAGCTAGCACCAATCAGTTATACCCTCCATCATTGCATCATTGTCAAACATCTTTTGTATCTTCAAGATCCAGAACATCAGATATAACTGAAAATAACAATACTAGTAATGCAAACCAGGATGCCACCTATGGCGAAATTACCAATTTTCTATCTTCCTCAAGTGATTTTTCTAGCCCAAAGGGGAAGAAGCAAGAGCCACCTCTGCCTGGCAATGGTTCCAGTTCCACCATAATGAATTTCTCCCATTTTGCTAGGCCTGCGGCAAAGGTAAGAGCTAATCTTCAGAACATTGGCTTGAAGTCTGGTTTGTCTTCAGCAAGATCAGACAGTATGGAAATTAAGAATAAAGATGCAGCTGCAACTAGCAGCAATCCTCCTGAATCAATTGTTATTGATTCAAGTGGTGAATGTCCGAAGGAACTGACTATTCACTGTCAGCAGAATGTGGATCAATCCAAGACAGATTTGAATACTTCACTGTCGAAAGCTGTTGAACAGAATGCCATTCTTTCTAAGCAGTCAGAGACTGCTTGTAATGAGAGTTCCACTAAGATTGACCAAATTGCTGATCAAGTTCTTGGTGACAGTGGTGCTAAAGGGCAGACAACTGCTGAAAATAGTATGGAGGCAGCAGTAGCCTCTTCCTCTGTTTGCTCTGGCAATGGAGCTGATAGAGGTTCAGATGAGCCAAATAAAAATTTGAAGCGAAAAAGAAAAGACACCGATGATTCTGAGTGCCACAGTGAAGATGCTGAAGAAGAATCAGCGGGTGTTAAAAAGGCATCTGGAGGGCGTGGAGGTACAGGTTCCAAGAGAACCCGTGCAGCTGAAGTGCATAACCTATCTGAAAGGAGGCGAAGGGACAGAATCAACGAGAAGATGCGTGCGTTGCAAGAACTCATTCCAAATTGCAATAAGGTGGATAAAGCCTCAATGCTAGACGAGGCAATCGAGTATCTTAAAACACTTCAGCTCCAAGTTCAAATTATGTCAATGGGAGCTGGTTTATATATGCCTCCAATGATGTTACCTGCAGGAATGCAGCACATGCATGCACCACATATGGCTCCATTTTCACCTATGGGTGTTGGCATGCATATGGGATATGGTATGGGTTATGGGGTGGGAATGCCCGACATGAATGGTGGATCTTCAAGATTCCCTATGATTCAGGTGCCCCAGATGCAAGGAAATCATATCCCTGTCGCCCAAATGTCTGGACCTACTGCTTTACATGAGATGGCCGGATCAAATCTTCCAAGGCTCGGGCTTCCTGGACAAGTACATCCCATGCCAATGCCTCGAGCTCCCATGCTGCCGTTTTCTGGAGGACCTGTCATGAACTCATCAGCTCTGGGACTACATGCTTGTGGATTGTCAGGACTTGTTGAAACCGTGGATACAGCTTCTGCATCTGGCTTAAAGGATCAAATGCCAAACGTTGGCCCACTAGTTAAGCAAAGCACTGGTGGCCGTGACTCAACAAGTCAGATGCCTACACAGAGTGAAACAGCTGTTGTTGGATTTGAGCAATCTGCTATGGTTCATAACAGCGGTCATACCTCTGGGGCTAATGACAATGGAGCTCTTAATCCTTGTCCCAGCAGATAA

>Vu_29938.3

>Vu_29938.1

Promoter Sequence:
>Vu_29938::LG8:32188593-32190593(-)

GTGGTTGGAAAGAAAGAAATCCAAGTTGTAACGACAGAATGACCTGTGGCGTCTTACCTTATATAGATAGATAGACGGCTGCAAATTGCAGAGCAGAGCTGCAAAACAATAATGACAAAACATCTCACGCATTACTCGAATTAAGGTGGCTATTGCAGTTCAGAGAGGACCGAAATCGTGTCCTCTTTTCGAAGGAAGTAGTCACACATGATTCTATGTGACTTCCAAAAACAGCAAAAGTGAGAAAAGAAGAAAAGAACGTGTCTGTCTCGTGAATTTCACCATCGCACGTGAAACCCACATGCACTGCTCATGGTTGTCGCTCCCTCACTGTTTTCTCCTTCAGATAATTAAATACCATAATAATAATATTCAATCTGGAAATGCAAATGCAATGCACCAGAAAAAAGATAGAAGGTCCACATGGATGGAGCCAAATCCCGAACCAGGTCAAGAAGGCTCCAAGTGGACGTTGCTCATTCACCATGTCTCCTCATATAATAAAAACTATTTCAAACCATATAAGCCTTCTTCCATAATGCTCACGTTTTTTTAAACTTTAATTATTCAATTTTCATAAAAAATTATAATTTTTTTCGTATGAAATTTAATATATTTACTCTCAAACTTTAACTTTTTAAATAAATTAATATAGTTTATACAAGAGGCATTTCACATATAAAAGAAATAATTGAATTGAACTAAAAAAATATATCTATCCCTAACCATATTTAAACTTTTTCTTTTCTCTCCTCTTTTACCAACAATGAACTTAATTTTTATTTTATTTTATTTGAAAAGACAACGAAACATCCAATCCTTGTGGATTATCTCGTTGACCCATAACTAATCCTGTTTTCGCTTAACTCCCACTTTTGGCGTCTCTTTCCTCTTTCTTTGTTCTAATTTTCTACAAACAAATCTCAAATCCTTTTTATAACCTCTTTAGGTGGTCCCTACACGCAATCTAATTAGTGTTTATATTACTAATGCAATCTATGGAAATAAAGGGACCACATCTAATGAAACCAACTCAAGGGTTACCAATTTATGAGATTCTACATCAGCCTTTCAATTCTTTAACAAAACTGCCATTAATTAAACCACTTTAACTCTTATAATTTCAAATCATTCTTCTAAACCCCTTCCTTACAACAAATTTAAAAAAAAAACTGAAAGAAACATTGAACCACTCCTCTTCTGGCATCATTGCAGTGGCCAGCAATCGGAACCCACCACTCAATTAATCAGAGTCTTTCCAACAACGAAGGCAAGAAAGATTGCACTTTTTGTCAATTTGGATAGTGTCATTGACTTTGTTAATCTTTTAACCCTCAATTTATTAAGCACAGGGATCTGATTTGAGTGTTATTTTTCATGATTATCTACTTCAAAGAGTGTCATTGCCAAAACAGGTTATAATGATATGGATATGATTCTGTTGGTTGCATTATGGATGCACTCATACACATCCACATTTTGCTAAGATAATATATACAAAACCACAAAACATGGAAGATGATACTTTCCTTCTAAGTACACAGAATACAGACACGCACACAGACAAATACTCCTCCTATCTTAATGTGGTGTCACAACATGCCAAACCTACCCATCATTGAATAATATTTTTTGTGTTGCTAATTGTTTATCAAATTATACCAAAATAATATTTATATTTTTAATGGATTTTAATCAATAACACAGTAATATATGTTTTTAGTTATTTCGTTAGAACAAAAATTAGACGAAAAATTTTAGACTTTTTTTATTAATTTGGTTAAAGTAACACCAGAACACTCCAGAGATTGCATTTAAGTATTTTTAAGAAACAAGAGGAGCGTGTGATCCACTCGCTTAAGAGGAAGGTGACCGTGTGGTTTTGGAAGGGTCCCAGAAACTTAAACCACGACATCTTCTTTGTGACTAAACCATGGTTAGAACTTAGAAACCCCTGAATTTCGCACTCTCTTTATGTTTCTGTCTGTCTCATTTGTGTC

Gene Sequence:

>Vu_29938(-)

ACCGCTAGACACAGTTTTCGTCTGCATTGCCTCTCTGCAAATCTTTCGCCGCTTTCTGCGTCCATTTGGGTCTTCTGAAATTTTGAGTCTTCTCTTTCTTCGAGCTCAGACACAGTCTCTTAGGCCTCAAAGCTTACTTTTTGATACTACCCAGTGGTTGTGCAGATTGGGAATTATTACTCCCACTCAAATAGTAGTGTTGTTGCATTTGGATTAGGAATACCTCGTTGGTATCTATTCTCGAGGAACTAATGCTTTCCAAAAATTTCGTATCTCTTTTGGTGCCCGTTTGAGAAGATTTCACTGGCTTTCATCCTGAAATTATTGGGGTTACATGGGTTTCCATGATCTCAGCCGACAATCGGTGTCACTATTGTCGATGGAACTCAACTGGGTGGTTGTATTTGCCAATCTGAATGCTGCTGATTAGGGAAAAAAAAAGAGAACCCAAATAGTTCGAATCTTTTAAAGTTCCTTACTATACTTTGCAAGGTTTGTTCATGATATATACTTATATACATACATTGAAGTTGTTTAAGTTATTTTTTTTGACTGATGCTGTTTTATTAATTTAATTATGTGTTAAAGTCTTGTTTCTCCCTGACAAGGACTTGAGATATTAAAATAAAATGGTTTTAGTTTTGTAAATTATTGGTGCTGTGATGTAATGTTAGTGTAAGCTTGTTTCTTTTTCTTTTATAATTATGGCATAGTAAGACTAGGTTGGCTTACGTCAGGTTTCTTCTATGTCTTCCAACCTCATTTGGATTCCAAAGGTTTCCCAGTTAATATACTAGAGTATGTTGGAAGCAACATTGAGGGGTCTGAGTGCCTTAATTTTGATTTAAGGCCTTTCTGAGTTTTGGTACTTTGGTTCCGCGGATCGATTGATTCATCATCATCATCATGCCTTTGTACGAGTTATACCGTCTGGCCAGAGAAAAGCTTGGTACAGAGAATAACAGCACACGTGCATCTGATCAATGTTCCTCGTAAGTTCATCAGTATAGGCTGTTGCAAGTTTTTATTTATGTGTTTGAATTTTAATTTTATTCTTTTGTTTTTTTTTTCTTAACCCTGTTTTTTGGTTTGAAATTGGATGTGTAGACCTGAGAATGATTTTTTTGAGCTAGTTTGGGAGAATGGTCAGATTTCTAGCCAGGGTCAGTCTAGTAAAGTTAGAAGGAGCCCATCTTGCAAGAGTTTGCCATCTCACTGCTTACCATCTCACAGTCCCAAGGGTAGAGACAAAGATGTAGGATATGGTGCCAACAGGATTGGAAAATTTAGAGATTTAGACTCTGGATTGAATGAAATTTCAATGTCGGTGCCGTCCCGTGAAGTTGATTTCTGTCAAGACGAAGATGTGTTACCTTGGTTTGATTACCCAACAATGGATAGTTCCTTGCAACATGACTATGATTCTGATTTCCTCCCTGCCCCAACTAGCTTTACTCTATCGGATAAAAAAAGTAATAGCAGGATGGCTTTGAGGGATTCTCATAAAACTTCTGAAGAACAAGGGAATGCTTTCAAGGATTCTTCAGCTGAGCAGGTTGGAACTGTCGAGCCCAAAGCTAGCACCAATCAGTTATACCCTCCATCATTGCATCATTGTCAAACATCTTTTGTATCTTCAAGATCCAGAACATCAGATATAACTGAAAATAACAATACTAGTAATGCAAACCAGGATGCCACCTATGGCGAAATTACCAATTTTCTATCTTCCTCAAGTGATTTTTCTAGCCCAAAGGGGAAGAAGCAAGAGCCACCTCTGCCTGGCAATGGTTCCAGTTCCACCATAATGAATTTCTCCCATTTTGCTAGGCCTGCGGCAAAGGTAAGAGCTAATCTTCAGAACATTGGCTTGAAGTCTGGTTTGTCTTCAGCAAGATCAGACAGTATGGAAATTAAGAATAAAGATGCAGCTGCAACTAGCAGCAATCCTCCTGAATCAATTGTTATTGATTCAAGTGGTGAATGTCCGAAGGAACTGACTATTCACTGTCAGCAGAATGTGGATCAATCCAAGACAGATTTGAATACTTCACTGTCGAAAGCTGTTGAACAGAATGCCATTCTTTCTAAGCAGTCAGAGACTGCTTGTAATGAGAGTTCCACTAAGATTGACCAAATTGCTGATCAAGTTCTTGGTGACAGTGGTGCTAAAGGGCAGACAACTGCTGAAAATAGTATGGAGGCAGCAGTAGCCTCTTCCTCTGTTTGCTCTGGCAATGGAGCTGATAGAGGTTCAGATGAGCCAAATAAAAATTTGAAGCGAAAAAGAAAAGACACCGATGATTCTGAGTGCCACAGTGAAGTGAGTTAAAGTCTTGTATTTACAGTGTTTTATGTGTTTAATTGTTTACTTATTAATTCCCCTCAAATAATCAAGAAGACATTTTACATGAAGGATGCTGAAGAAGAATCAGCGGGTGTTAAAAAGGCATCTGGAGGGCGTGGAGGTACAGGTTCCAAGAGAACCCGTGCAGCTGAAGTGCATAACCTATCTGAAAGGGTTAGCAAGACCTATGTGTATCTGTGTAGCATTAATTGTAAAATACATTTTCCCTCGAGTCTCACTTTATGGTATTTCTGATTATAATTTGTGCCTACAGAGGCGAAGGGACAGAATCAACGAGAAGATGCGTGCGTTGCAAGAACTCATTCCAAATTGCAATAAGGTTGGCTTGGCTTTATCTGTTTTTTCAGTTTTTTAGACACCTGAAAAACTTTGTAAGATCATGGAATGAGGAAGATTTATCAAATCATCAGAAGTTACAACCTAATATCCTATAAAACCAACCTGAAGTTAAGCATTTTTGTTTACAGGATTTAAATCCTCAATTTGAATATGAACTTTGATCTTTTATTAAGTATATTGGTTATAAAAGTCGGAGAAGTTCAATATAGACTACTAAATACTTTGTATACATATTCTTACATACTTGATACTCGATTCCTCATTTACTTTGGTTTTTCTGACTTCGTATCTATTATAATAGGTGGATAAAGCCTCAATGCTAGACGAGGCAATCGAGTATCTTAAAACACTTCAGCTCCAAGTTCAAGTAATGCCTTTGGTTAAAGTTTTCTGATGATAAATGATATACTTGTGGTGAGAGTTTGATTCATATCTTCCTTTGCAGATTATGTCAATGGGAGCTGGTTTATATATGCCTCCAATGATGTTACCTGCAGGAATGCAGCACATGCATGCACCACATATGGCTCCATTTTCACCTATGGGTGTTGGCATGCATATGGGATATGGTATGGGTTATGGGGTGGGAATGCCCGACATGAATGGTGGATCTTCAAGATTCCCTATGATTCAGGTGCCCCAGATGCAAGGAAATCATATCCCTGTCGCCCAAATGTCTGGACCTACTGCTTTACATGAGATGGCCGGATCAAATCTTCCAAGGCTCGGGCTTCCTGGACAAGTACATCCCATGCCAATGCCTCGAGCTCCCATGCTGCCGTTTTCTGGAGGACCTGTCATGAACTCATCAGCTCTGGGACTACATGCTTGTGGATTGTCAGGACTTGTTGAAACCGTGGATACAGCTTCTGCATCTGGCTTAAAGGATCAAATGCCAAACGTTGGCCCACTAGTTAAGCAAAGCACTGGTGGCCGTGACTCAACAAGTCAGATGCCTACACAGGTATGTTTACGGACAGATTTCTAGAGCTTTTATATAAATGCATCTCATGATACAGGTTCAGCACAAAGTTTACTTCGTTGATTTAATTGTAACAGGCATGCATGAAAGTATTAGCAATACCATGACATTGTATTCAGTTATGATTGCAAATATTATTAAATCCTTCAGAAATTTCTGCCAAATCTTCTTATGCACTTGCTTCCCTGGACAGAATTAAAAAGTGAAAAGCCTATTGCACTCTATTTCTGCCCTTGTGCATTGTGTTACTAGTCATTCTAGGTCACCTGAAATCACCAAATGAATTGTTCTAGTTATTTGATTAATATTACTTTTATAAAGAAGGTGCACCGGATGTCAACTTTGACAATTATAGATTTTACCGTTTGAATGAACATTTTCAATTTTAGAAACTGAAAGAAACATGTAAAAAGGTAAAGGTTGAAATGAAAAGTAATTACGCGGTCTTCTAGAACAAGTATTAAAGCATCGCTATCCCCATGATTAATTTTCATTTCAATGAAAATATTCTGCTTCCATTCTTTTACTCATCTCTTCATGTCTGTGTTCTCCAATTTTGTTATGCTAGAGTGAAACAGCTGTTGTTGGATTTGAGCAATCTGCTATGGTTCATAACAGCGGTCATACCTCTGGGGCTAATGACAATGGAGCTCTTAATCCTTGTCCCAGCAGATAACGTTATATCTGGTAAATCTTCTGAGTATCTATCACTATGCGCATACATGTGGACAAAGGCACATACAGACTAACTGTTGAGTTGTTCTTGCAGGTTATGATCCACAATAATACCGTGCCTGATTGAAATTTTAGAAAACGTGAGTCTTAATCTCCCTGCAGATTACCCCATACAGGATACTTTAGAGTCATTGAGGTTAACCCGATCACAATAACTGCTGACTGAATCCTAATTTCCGGACTTACGAAATTGCACGGATTTTGTAATATCTTAAGAGGTGCAACTCATTTGTACATCCATTTAGCAACCTGTTCAATCAATTGGCATAGAAATTCGATATATTTTTACATATATGTATTCAAGTGTTTGATCATATCTATCATAGCGATTCTTTGGTTTAATGAAATAATAGTTTTTTGCCTTTGGCATCTA