Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_29884 LG8 31535794 31538483 PREDICTED: pto-interacting protein 1-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09159 Environmental adaptation   C 04626 Plant-pathogen interaction [PATH:ko04626]
SNP Position Effect Amino acid change
G/T 31535886 splice_region_variant&intron_variant
A/G 31535925 intron_variant
T/C 31535979 intron_variant
G/T 31536382 intron_variant
T/A 31536588 upstream_gene_variant
T/C 31536600 upstream_gene_variant
T/G 31536782 upstream_gene_variant
G/A 31536784 upstream_gene_variant
A/G 31536828 missense_variant p.Thr161Ala
T/C 31536927 missense_variant p.Tyr194His
G/A 31537144 upstream_gene_variant
T/C 31537342 upstream_gene_variant
A/G 31537370 upstream_gene_variant
A/C 31537436 upstream_gene_variant
C/A 31537440 upstream_gene_variant
T/C 31537645 upstream_gene_variant
T/A 31537650 upstream_gene_variant
G/A 31537687 upstream_gene_variant
G/T 31537760 upstream_gene_variant
G/A 31537770 upstream_gene_variant
T/G 31537915 upstream_gene_variant
A/C 31538116 upstream_gene_variant
T/C 31538264 upstream_gene_variant
A/G,T 31538265 upstream_gene_variant
T/A 31538308 upstream_gene_variant
G/A 31538357 missense_variant&splice_region_variant p.Met317Ile
C/T 31538369 synonymous_variant p.Ala321Ala
A/G 31538405 synonymous_variant p.Pro333Pro
T/C 31538481 stop_lost&splice_region_variant p.Ter359Glnext*?

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_29884.1
MSCFSCCEEDELQKSAESGGPYVVKNPAGNDGNYHASETAKQGTQPVKALPIEVPNIPADELKEVTDNFGQDALIGEGSYGRVYYGVLKSGQAAAIKNLDASKQPDEEFLAQVSMVSRLKHENFVQLLGYCIDGSSRILAYEFASNGSLHDILHGRKGVKGAQPGPVLSWAQRVKIAVGAARGLEYLHEKADPHIIHRDIKSSNVLIFDDDVAKIADFDLSNQAPDMAARLHSTRVLGTFGYHAPEYAMTGQLNAKSDVYSFGVVLLELLTGRKPVDHTLPRGQQSLVTWATPKLSEDKVRQCVDTRLGGEYPPKAVAKMAAVAALCVQYEADFRPNMSIVVKALQPLLATRPGPAGETPN*


CDS Sequence:
>Vu_29884.1
ATGAGTTGTTTCAGCTGTTGCGAGGAGGATGAACTCCAGAAGTCTGCTGAAAGTGGAGGACCCTATGTAGTAAAAAATCCAGCAGGGAATGATGGAAATTATCATGCTTCTGAAACTGCAAAGCAGGGCACTCAGCCGGTTAAAGCTCTGCCCATTGAAGTTCCTAATATACCAGCAGATGAACTGAAAGAAGTTACAGATAACTTTGGTCAAGATGCTCTGATTGGAGAGGGATCCTATGGAAGAGTATATTATGGTGTTCTTAAAAGTGGGCAGGCAGCCGCAATCAAGAACTTGGATGCCAGTAAACAGCCTGATGAGGAATTTTTAGCCCAGGTTTCAATGGTATCAAGGCTGAAGCATGAAAATTTTGTTCAGTTGCTTGGATATTGCATTGATGGAAGCTCCCGTATTCTTGCTTATGAGTTTGCATCTAATGGATCTCTTCATGATATTTTGCATGGCAGAAAAGGTGTTAAAGGAGCACAGCCTGGTCCAGTTTTGTCATGGGCACAAAGAGTAAAGATTGCAGTAGGGGCTGCAAGAGGACTTGAATACTTGCACGAGAAGGCTGATCCCCACATTATCCACCGGGACATCAAGTCAAGCAATGTGCTAATCTTTGATGATGATGTTGCTAAAATTGCAGATTTTGATTTATCAAATCAAGCTCCCGACATGGCTGCACGTCTTCATTCTACTCGTGTCCTTGGAACCTTTGGTTATCATGCTCCAGAATATGCAATGACTGGACAATTGAATGCTAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGGGTTGTTCTTTTGGAACTTCTGACTGGAAGGAAACCTGTAGATCATACACTACCACGCGGACAGCAGAGTCTGGTTACTTGGGCTACACCAAAACTCAGTGAGGATAAAGTCAGGCAGTGTGTTGATACAAGACTAGGAGGAGAATACCCACCCAAAGCTGTTGCTAAGATGGCTGCTGTTGCCGCACTTTGTGTGCAATATGAAGCTGATTTCAGACCAAACATGAGCATTGTAGTCAAAGCTCTTCAACCTTTGCTGGCTACTCGACCTGGACCTGCCGGTGAAACACCAAATTAA


Promoter Sequence:
>Vu_29884::LG8:31533794-31535794(+)
ACTTTCTAGAACCTTAAGCGATTACAGGATTATTTAATGCATTTTATGCTTAAAGGTCTTTTAAATGCGTGATAGTTATTCTCAGTAATTAATACTGCGTCCGACCTTTTACATAGTATTTTATTTTAGTTTTTATTGAAGTTAAAATTTAGTTATTATTATGATTATTATTGTAGGTTTTACTATTTTATATATAGATATGTACATAATTTTAATTTTAGTGTATTTTTAAAAATTCATTTATTTATTTTATTTTGTTTTTGTTTCAATTTAAGGTATTAATTAAGCGATTAAAATTTAAGAACAAACAGACATTGCTATAAATGATAATAATAATAATATTAATAAATAATTATACACGTACAAATAGTTTTGGCAAATTGATTGACAAATATTGATATTTAGTTTTTCTTTATAATCATTGTAAATTTGTAAATAGAGTTAGTTAGTTTTGTGATGAAATCTTGATATGTTTGATAAGTTTTAATTAATTTACATTCTGTTTAAAAGAAATTCCTCATAACTATTTATACTAGAGAAAACAGCTTGCGAAATAAAAGTTTTTTTTTTCATTCAACTATGAAAATGATCGAAGAACTTATGTATACATATTGAAAGGGTCTTTCTAACTTTATAACTCATGTTTTTTTAATATATAGATAAGATAAAAATGATTTTCTTAGAAAGTTTTTTTACAACGTGATTTTATGAAAAGTTGTTCACGATAAAAAAATTATTTATTGTTTTAACTTAATATTAAAGTAAGCAATAAACATATTTTGAAAATTTAAAAAGTTATCGATTTTTTTTTTCTTAATGTAAACCGAAACACGGCGAGGAGTGGTGTGTATGTGCAATGTTTGTAGCTCGGAAGTCAAGTCTGGCCAGCAGGGTCGGTGCGGAACACGTAAAAGGAGAGAAAAAGAGGCTGAATTAGTGGCTTTTAAATACTTCATGAATCATTATAATTAGTTGTATTTTAGAGAATATATAATAAAAACAAATAAACCCTGTATCTAATAATACACTTGTAACTCTGTAACACCAACGCAACCACCATAATTCCCATTCAAAGAGAGTCAAGAACTTCTTCCACTCTTTTATCCTACGCACTCCTTCCTGCTTATCCTGCGCCTCTCTTTGGCCGGAACCGAGATCCTCCCCTTGTACCGTCGCTCTCCGCGCCTCTACACTCTCAATTTCGCCATTTTGTCATATCATTTCGTTTCAGGTAGTAATCGATCTATCACACTATTCAATGTCACTTCGCAGAGATGTTTTCTCCGTGCTGTTTTCAGTTTTCCGATTGGTTCTTCTTTTGTGGATGAACGTTATTTTTAATATTTCTTCAAACGTTGATTTCGGCCGTTATAACTTGTTCTCGGTTTCATTGATCTGTGACTGATGGCATGGACTTTAGTTGCACTTTACTCTGATTGGCGGAAACTTTTTCGATCCGTTTCCGTTTAGATTCTGTATCGATTTAGACTTTGCTAATTAAAACTCTGAGTTTATCATAGTGGACTGGAAGCAAACGCTGATTTCACGTCTCCGAAGTTCTTACACATCATTTGTTGTTGAAGGATGGTGAAATTGTGCAAATAATTTAGACTATAATAATCTCGGTTTTCTATTTGATGGTATTTGTAAGAGTTAGACAATGTTATATTGCGTGTTTTAATTGATATGAATGAAATGAGTGAAAGCATTGCGTGTATTCAAATTTCCATATCATGCAAATGAAACGAAGCTATGCTGAAATACTTCAAAGTACAAATCATTGTAAATGGACAGAAACCACACCAAATAGCGCTACCTCTTTCCTTCTTTTCTTTTGAATTGATGAAAACTGCAATTGTCGCTGGGATGTGTGTTATTTTGTAGGAATGGACTTCTTCATCGATGCCTTTTTTTTTTTAAATACAATATTAAAAATTAAAAGTTGTCTGTTATCTAGTGTGATTTAATGGGCTAATAAATATTTCAGTGAGAAAGAATCA


Gene Sequence:
>Vu_29884(+)
ATGAGTTGTTTCAGCTGTTGCGAGGAGGATGAACTCCAGAAGTCTGCTGAAAGTGGAGGACCCTATGTAGTAAAAAATCCAGCAGGTAATTTGGTTCATACAATGCTAGAGCAATGTATCAGGGATGATATATGTATAGTTTGCTACTCTAGGCATTCTTGCATCTTCGAGTGATAATTCCATGTTAATTGGATGGATTGTGTATGTGATTGAAAAGCTTCATTATGAATACTTCATTGTTTTAATTTGTTTGATGTTATTTTACATGAAAATTGAATTTGACAAAGTTATTTTGATAAATTCAATATATGCAGGGAATGATGGAAATTATCATGCTTCTGAAACTGCAAAGCAGGGCACTCAGCCGGTTAAAGCTCTGCCCATTGAAGTTCCTAATATACCAGCAGATGAACTGAAAGAAGTTACAGATAACTTTGGTCAAGATGCTCTGATTGGAGAGGGATCCTATGGAAGAGTATATTATGGTGTTCTTAAAAGTGGGCAGGCAGCCGCAATCAAGAACTTGGATGCCAGTAAACAGCCTGATGAGGAATTTTTAGCCCAGGTACGTATGTATATGACGATCTTGGTTTAATACTTTTTTGTCTGATCATTAAGTTGTTCAATTTCCATAAACCCTCTTATTTGTAATATTTTAGGTTTCAATGGTATCAAGGCTGAAGCATGAAAATTTTGTTCAGTTGCTTGGATATTGCATTGATGGAAGCTCCCGTATTCTTGCTTATGAGTTTGCATCTAATGGATCTCTTCATGATATTTTGCATGGTAAATAATTTTTCTTTGGTTAAATTTTTAAACTACTGACATCTATAAACGGCTAATTGAATTTTTTTTTCTTTTTAATAGAAGAACTGATGAGATTACGGATTTTGACATTATTTTCTTTTCGTTTTGTTACCTTCACTGGCAATCTCAGCATTTGAGCGATATATTAGTCAAGTCTGTATCTTTTTATACATAAATGTTCTCGCAATTGTCATTGTACATGCAGGCAGAAAAGGTGTTAAAGGAGCACAGCCTGGTCCAGTTTTGTCATGGGCACAAAGAGTAAAGATTGCAGTAGGGGCTGCAAGAGGACTTGAATACTTGCACGAGAAGGCTGATCCCCACATTATCCACCGGGACATCAAGTCAAGCAATGTGCTAATCTTTGATGATGATGTTGCTAAAATTGCAGATTTTGATTTATCAAATCAAGCTCCCGACATGGCTGCACGTCTTCATTCTACTCGTGTCCTTGGAACCTTTGGTTATCATGCTCCAGAGTAAGACATGATTACAAACCAATTTCCCTTCTGTAACAGTTGACTAAATTCACTAAACAGAATTGCCATTCATATAAATTTTGTCTCTCTATCATAGTATCAATTTGGAGAAACAAACTTTTTATTGTATCTGGCACACTACCCTGGCCTCAGATAGAATGCCGAATTACTATCTGTCTAATCTTGTGGATGCTGAATTACCTTTGGTTATCATGCTCCAGAGTAAGACATGATTACAAACTCATCAATTTCCCTTCTGTAATAGTTGACTAAATTCACTAAACAGAATTACCATTCATATAAATTTTGTCTCTTTATCATAGTATCAATTTGGAGAAACAAACTTTTTATTGTATATGGCACACTACCCTGGCCTCAGATAGAATGCTGAATTACTATCTGTCTAATCTTGTGGATGCAGATATGCAATGACTGGACAATTGAATGCTAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGGGTTGTTCTTTTGGAACTTCTGACTGGAAGGAAACCTGTAGATCATACACTACCACGCGGACAGCAGAGTCTGGTTACTTGGGTACTAATTCATCCTATATCTTATCTTTACTCCTCCTCTAACACACTCCAATCGAAAGGAGGAAAACCTAAGCCTTTTTATCACTGTCTATTGTTGACACTAAAATTCTAGCTTAATGACACTGATGACAGCAATGGATATATGTTGTTTCAGGCTACACCAAAACTCAGTGAGGATAAAGTCAGGCAGTGTGTTGATACAAGACTAGGAGGAGAATACCCACCCAAAGCTGTTGCTAAGGTGCTTACTGTCATTTCGTATACCGTTCTTCACAATTTACTTTATTTTTCCATTTTCTTGCTAACGTTGTATTAAATGTACTGGAAAATATTCTATTGCTTATATATTATTTGAAATTGTATGCATATGAATTGGAAAACTATGCAAAGCAGCTCACTAGAGGTAGGATTAGAATTCTATATTTTGTTTAGGTAGTAAATACTAAATTTGCATAAGACCAAACTTTGAATCTAAAATGTTCTATCAGTCCCTTCAGGTGGAAATTTGTTGGATGTATTAATTAATTGAGCAATTGGAAGACAGTATTAATTATGCCAGAGGAAAATATACAAATTTTTAATATAGGAAACATACCCATTTTTTTTTTTTGCTGAGAATCTTAATAGTAACTAAAGATACCCAGGACAACTGTCCTTAACGATAAAAGATCAATTTAAGAACAATATTCATGGATAACAACATGATACTTGGTTAATTACAGATGGCTGCTGTTGCCGCACTTTGTGTGCAATATGAAGCTGATTTCAGACCAAACATGAGCATTGTAGTCAAAGCTCTTCAACCTTTGCTGGCTACTCGACCTGGACCTGCCGGTGAAACACCAAATTAA