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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_29854 LG8 31116549 31121398 PREDICTED: proline-rich receptor-like protein kinase PERK3
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 31116628 missense_variant p.Tyr668Phe
C/A,* 31116630 synonymous_variant p.Pro667Pro
G/T 31116631 missense_variant p.Pro667Gln
C/T 31116636 synonymous_variant p.Ser665Ser
T/A 31116819 synonymous_variant p.Ala604Ala
G/A 31117080 missense_variant p.Pro550Leu
A/T 31117102 missense_variant p.Leu543Met
G/A 31117601 splice_region_variant&intron_variant
T/C 31117753 missense_variant p.Ile391Val
T/A 31117849 missense_variant p.Arg359Trp
A/G 31117985 splice_region_variant&intron_variant
A/T 31118021 upstream_gene_variant
C/A 31118031 upstream_gene_variant
C/T 31118033 upstream_gene_variant
C/G 31118101 upstream_gene_variant
T/C 31118260 upstream_gene_variant
C/T 31118456 upstream_gene_variant
C/A 31118815 missense_variant p.Gly272Val
G/A 31119071 upstream_gene_variant
C/G 31119131 upstream_gene_variant
G/A 31119309 upstream_gene_variant
G/T 31119450 upstream_gene_variant
T/C 31119460 upstream_gene_variant
A/C 31119749 upstream_gene_variant
A/T 31120019 upstream_gene_variant
G/A 31120158 upstream_gene_variant
A/T 31120583 missense_variant p.His126Gln
G/C 31120770 upstream_gene_variant
C/A 31121192 missense_variant p.Ala40Ser
A/G 31121199 synonymous_variant p.Pro37Pro
A/G 31121367 missense_variant&splice_region_variant p.Ile11Thr
C/A 31121383 missense_variant p.Gly6Cys

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_29854.1
MSLVAGSTSSIGGFKLLLGLLSCTVWFVVEYGECGRTLQQQTPSLSPAALPPVVDGDLPLLANAFGLKHLPAPIPSRANFTKGRVQLEPPGSAFKNIAPVHPIADAIPALAQPPLSPFVSDCCRHDMVWKRGSEICQCAYPIKLDLLLLNVSLNPDWNVVFLDDLATQLELNTTQIEIIKFYLLSLSTLNISMDITPNKGISFSASEAAKINSSLSLHKVQLDSRYVGNYSVLNITWFKAPPPSQAPTIATSPKRAPHRRAPPTTLSSTSSRGKHSNLPLILGIVTGVLFISIVCVLTLCLCTMRPKTKTPAMETEKPRTESTVPAVGSLPHPTSTRFIAYEELKEATNNFELASVLGEGGFGRVFKGVLNDGTAVAIKRLTSGGQQGDKEFLVEVEMLSRLHHRNLVKLVGYYSNREASQNLLCYELVPNGSLEAWLHGPLGINCPLDWDTRMKIALDAARGLAYLHEDSQPCVIHRDFKASNILLENNFHAKVADFGLAKQAPEGRANYLSTRVMGTFGYVAPEYAMTGHLLVKSDVYSYGVVLLELLTGRKPVDMSQPTGQENLVTWARPILRDKDRLEELADPRLGGRYPKEDFVRVCTIAAACVAPEASQRPTMGEVVQSLKMVQRITESHDPVLASSITRPNMRQSSTTYESDGTSSMFSSGPYSGLSAFDHDNISRTAVFSEDLHEGR*


CDS Sequence:
>Vu_29854.1
ATGTCGCTGGTCGCCGGTTCCACCTCTTCAATCGGTGGGTTTAAATTGTTGCTTGGGTTGTTATCTTGCACGGTGTGGTTTGTGGTTGAGTATGGTGAATGTGGTAGAACCCTGCAACAGCAAACACCTTCTTTATCTCCAGCTGCTCTTCCACCTGTGGTTGATGGTGATCTGCCACTACTGGCAAATGCTTTTGGGTTGAAGCATTTGCCTGCACCAATCCCATCACGTGCCAATTTCACCAAAGGAAGAGTACAATTAGAACCTCCGGGTTCTGCGTTTAAGAATATTGCCCCTGTGCATCCCATTGCCGATGCAATTCCTGCTCTCGCTCAACCACCACTGTCCCCTTTTGTTTCCGATTGTTGCAGACATGACATGGTGTGGAAACGAGGCAGTGAGATTTGCCAATGTGCTTATCCCATAAAGCTAGACTTGCTTCTTTTGAATGTCTCTCTAAACCCTGACTGGAATGTTGTTTTTCTCGATGATTTGGCCACCCAACTTGAGCTGAACACTACCCAAATTGAAATTATTAAATTTTACCTACTGAGCTTGTCGACATTGAATATATCGATGGATATCACTCCAAATAAAGGGATCAGTTTCTCCGCCAGTGAAGCCGCTAAAATAAATTCGTCGCTCTCATTGCATAAGGTTCAACTAGACAGCAGATATGTGGGCAACTACAGTGTCCTCAATATAACCTGGTTTAAAGCTCCACCTCCTTCTCAAGCTCCTACAATTGCTACATCACCTAAGAGAGCTCCTCACAGGAGAGCACCTCCAACCACATTATCGAGTACTTCTTCCAGGGGAAAGCATTCAAACTTGCCTCTTATTCTTGGAATTGTGACTGGCGTACTCTTCATTTCCATTGTATGTGTACTTACACTTTGCTTATGTACGATGAGGCCAAAAACAAAAACACCTGCCATGGAAACTGAAAAGCCAAGGACTGAAAGCACAGTGCCAGCTGTTGGGTCTCTTCCCCATCCAACCAGTACACGCTTTATTGCTTATGAAGAACTGAAAGAAGCTACCAATAATTTTGAATTAGCAAGCGTACTCGGAGAAGGAGGTTTTGGTAGAGTTTTTAAAGGTGTCTTGAATGATGGAACTGCTGTTGCAATTAAGAGGCTTACTAGTGGAGGGCAACAGGGTGACAAAGAATTTTTGGTTGAGGTTGAGATGCTTAGTCGGCTGCATCATCGTAACCTTGTAAAACTAGTGGGATACTATAGTAATCGTGAGGCATCACAAAATCTACTTTGCTATGAGCTTGTTCCGAATGGAAGTTTAGAGGCCTGGCTTCATGGTCCCCTGGGAATAAATTGCCCTTTGGATTGGGACACTAGAATGAAGATTGCCCTTGATGCTGCAAGAGGACTTGCATACCTGCACGAAGATTCACAGCCCTGTGTTATACACAGAGATTTCAAGGCATCCAACATATTACTTGAGAACAACTTTCATGCAAAAGTTGCAGATTTTGGTCTAGCTAAACAGGCACCTGAAGGCAGGGCCAATTATTTATCTACTCGAGTCATGGGCACATTTGGGTATGTAGCTCCTGAGTATGCTATGACTGGACATCTTCTTGTTAAAAGCGACGTTTATAGTTATGGGGTTGTCTTGCTGGAACTGTTGACCGGAAGGAAACCAGTGGATATGTCACAGCCAACTGGACAAGAGAACCTTGTTACTTGGGCAAGACCTATTCTTAGAGACAAGGATCGGTTGGAAGAACTTGCTGATCCAAGGCTTGGGGGAAGGTATCCAAAAGAAGATTTTGTACGTGTTTGCACTATTGCTGCAGCCTGTGTTGCTCCCGAAGCAAGCCAGCGACCTACAATGGGTGAAGTGGTACAGTCACTTAAAATGGTGCAGCGGATCACAGAAAGTCATGATCCTGTGTTAGCCTCATCCATTACACGGCCCAACATGAGACAGTCTTCTACCACGTATGAGTCGGATGGGACATCTTCAATGTTTTCTTCGGGTCCGTACTCTGGTCTAAGTGCCTTTGACCATGACAACATTTCAAGGACGGCTGTTTTCTCGGAAGATCTTCACGAAGGACGATGA


Promoter Sequence:
>Vu_29854::LG8:31121398-31123398(-)
AAACTGCTCTTATTCTCATCATAAACACAAATTCATACGTAATTTTTTTTTGTCATCAAGTCACTAGAATAATTACTATATGTAAAGGATAGTAATGTTCTACTACCAGCTCCTATCTTGTATCGGATTTCCAAATTTGTTATTCCTTTTACATATCATAACTCTCTTTGTTGTAAGCCAATGTTCCATAGTATTACTGGTCATAAATTTGATTATTAAGCTCATTGTATACATTAGATCCAGTGTAGTAAGTATTGCATACATCAAACTTCCAATTAGTTGTTTAAATATCTTGATTCTTAGATATAGCCTTGTTCCTATAACCATTGGATTCTTCACATAATTGTTATCCTGCATTTGCAAATCTGGATAACACCTCCTGTGCATACGTTCTTTAATAGATAAATACTTCATTTGAATATTATTACTTAACTTCAAGCCTGAGAGAATGACTCGTCTTCCTAAATCAGAAATATCAAAAAGTAACATCATTGAATGTTTAGAGTCATCACACATAGTTTTACATTCCTAGTAAATATTAAGTCATCAACATAAGGTTGACTATTAATAATTTACCTTATTTTGATTCAAGATGTATTCACTAAGACACTTTTCAAACTCTTCTTGTGCAAAATAGGCTTTAATCTAATTATATCAAGCTCGTGGTACCTATTTGAGGCCATATAATGGCTTCTTCAAATGATAAACTTTATTTTCTTCTCCTTCTTTTAGAAATTTCTTGTGTTGCAATACAAAAGTCTCTTCTTTGATGAAAGAGACACTCTTCACATCAAGTTTAAATACCACCTAGCTAAATTGAGCAATTATACTCAACATCACTCCTATGGTATCAAGTCTTGTCACTGGAACAAAAATTTCAGCGTAATGAGTTCCATACCTTTATGCATACCTTTTTGTCACGAGCCTTACTTTGTATTTCTCCACTTGCCCATTTGCACCCAGTTTTGTTTTAAACACTCATTTAATTTCAATTGGTTTGACTTTTCTAAAGCTTCAATTTCTTTCGTTATTGCTTTTCTCCAGTGTTTACTTATCACAACTTCTTCAAATGATATTGGATCATTTTTGGTCATCATCAACATCACATTTAAATTTTATTCTTTATACAATCATTTCCCAGATTCATAATATGTCATATATTTTAGTGTTCTTCTTATTCTTCCTATAAAATAAAAACACAACTGCAAAATAGAAACAAAAAAGATTCTTTTAATTAAAACCTAACATTATTATTTATTTATGTTTCTTGTTTTTATATTGTTTGAACTCGCGACAATATTTTTCACTTAAATCATTTGAACATGTTAATTAAGGTTGAAATTCTAACACACTAAAGATTTCGTTTAATTTAACAATTATTTTAGTTAATGAAAATAGTGTTTTAAAGGCGTAGTTTATCAAATTTCATATTTTGTAAATGTTGAAAAACAAAAAAATGTTTTTTGAATTAGTTAAAAAAGAAGAAGGAATTGTCAACTAATACTCAGAGAATAAACTTACCAATATTCTTAAAACTTTTTTTAATAATATTTCTGCGAAAAAAAAACCTCCTCAGCGTGGAAAGATATAGAAGAGACGTGACGAGGCGTCTTATCACTGCACTTATGTAGTGTTTCAAGAGAGCTACCTGTCCTTATAACTTCTTACCGTTAGTTTACCGTTAATGTCATTCTTTTTCCGTCAACGGTGGCCACCACCTTTGGGGGACCCAAAACAATTAATTAACCCCTTCCACACCAAAATCCACAAAAAATAACACCGTCGTTCACCCACACCCATTTTTTCCCCCAAACCCAAACCTTCTCCGTCAGGCCACCGGCAAGTAACCGTGAGTAACCGGTAACAGTGACACCTCCGATTCAGCTCAGTCATGCACACCTTCTTCACTCGGAGTCCCACTTCACTCCCCCAGCTCAATTTCCACCGTTGATTTTATCGCAACCCCGTAGATCTGATCTGAACCGTTCCCGGCATCGCCG


Gene Sequence:
>Vu_29854(-)
ATGTCGCTGGTCGCCGGTTCCACCTCTTCAATCGGTAATGATAGGTTTTCGTGTGCAGACCAAGCTTGATTTTTTTTTTTTTGTTAGGTTGGGTCTGTTTGACATTTGGCAAATAATGCAGGTGGGTTTAAATTGTTGCTTGGGTTGTTATCTTGCACGGTGTGGTTTGTGGTTGAGTATGGTGAATGTGGTAGAACCCTGCAACAGCAAACACCTTCTTTATCTCCAGCTGCTCTTCCACCTGTGGTTGATGGTGATCTGCCACTACTGGCAAATGCTTTTGGGTTGAAGCATTTGCCTGCACCAATCCCATCACGTGCCAATTTCACCAAAGGAAGAGTACAATTAGAACCTCCGGGTTCTGCGTTTAAGAATATTGCCCCTGTGCATCCCATTGCCGATGCAATTCCTGCTCTCGCTCAACCACCACTGTCCCCTTTTGTTTCCGGTAATTCGAGCAAAATTGTTTTCTAATGGAGTTAAGTTAACCCTCATTTTAGTCCTGAACTTGGAAAGTGCTGTCACGGAATCTCTGTTAGGAGCTATAATTATCGCAAGTTATAAAATTTAGAAACTAATGATAGTGAGTTGTATATTCCAGAGACTAAAATGATGAGAATTTTTGTTTCAAATATTTTTAAATTGATTATTTTCTGATTCTTCTGACTGCTCTCACAAATTTAGGGGCTAAATGGGAGTTCACTTGAAATTCGTTTTTTAGTGCCACTGTCTGTTAGTTGGATTGTGTTTTTTAAACTTGTAATTGCTCGATTAATTTTATTATAAAACACGAACAGATTGTTGCAGACATGACATGGTGTGGAAACGAGGCAGTGAGATTTGCCAATGTGCTTATCCCATAAAGCTAGACTTGCTTCTTTTGAATGTCTCTCTAAACCCTGACTGGAATGTTGTTTTTCTCGATGATTTGGCCACCCAACTTGAGCTGAACACTACCCAAATTGAAATTATTAAATTTTACCTACTGAGCTTGTCGACATTGAATATATCGATGGATATCACTCCAAATAAAGGGATCAGTTTCTCCGCCAGTGAAGCCGCTAAAATAAATTCGTCGCTCTCATTGCATAAGGTTCAACTAGACAGCAGATATGTGGGCAACTACAGTGTCCTCAATATAACCTGGTTTAAAGCTCCACCTCCTTCTCAAGGTATCTAAAATCATTGAACATGTCATTACAAATCATTATACTTTACTGTTGTTGATAATTGGAACTAACACAGTGAAACATTGTTGTATAAAAACAGCCACATATAATGTTTATTTGGAACTTTTTAAAATATGTAAATCTTACTGTCTTGACTACTTCCATTTAACTGTTTTAATTTCACATCCTTTTTTTAATGTTTTTGCTAAGTGGTAAGGAAAGAAGAGAGATATTTTGATGCTCTAAGGAATAATACATTGATAACAAGTGACACGGACCTAACAAATTTTGTTAGGATAGACTCTAATATTATCTTAGAAATTGAACTTTAAGTTTAACTATATGCCTCACAAAATTAGTTTACAAAGTACGGTCTCCATCCTTTTATATACAAAAATTTGGTTATATCTCTAGTAGATATTAGCTCTCCTACATGTACCAATAAATATAAATCATGTAACTTTGATACTTATGAAAGTGTTATCCAAATTTGTGAAATGTTAATTAAGATAGTTCCTTGTATATTGCTTCTAAGTCATAACATCGAACTGTTTAGCTCTGCTTGCTTGTGGTTTGTGTTAGGATCCCATATCAATTATAGATATATATGACTTAGGGTTTCTAAGATTTGGACTATCTTCACCTCATAAATTAGTTTTGGGGGTGGAGTTAGACCTAGCCAAAATTTAAGATGACTTATCATAGATTTTGTATCGGCCAACCCTCAACTGTCCAAAATACTTGTTGCCTCTTTGGCTTTCCTAGTATAAAAGAATATCCATGCTTTAGATGTCTAATCCTATGCATGAGGAGGGTATGCTACGATCCCTATTAACTATAGATACAATACAACTAATTGTCCCTTTGGCTTTCCCACTATAAACAAAGTCTTTTAATATTGATGCTTTAGATGTACAATCCTAGGTAGTGCGCTCTAAGAGATCCCTATTGACTATAGATAAAACCAAAATTGAGTTGAACCAAACCCAAATCCCAGAGTTTGCATCTGTGATTCCACAACTACTACACTTCAATGCATGTGTTAGTCTTTCTCGTTGGCTTGTTGCCACATATTTGTATAATTTCAATGAGTTATAAGTAATTTTGTAGTAAATTGTCCAATGTTCTTTCTCTGGTCTCTCATAGCTCTAGAGGATGCACTCAACTAGTCTATTGTGATACCAGATTTTTTGTGGTTTCTGAATTTACTCCTTTGGAAGAGGAACTTCAAACAACCGCCTCTTCGTGGGGGCCTTCAAGGATGTGTTAATAATGAAATCAGTGCATTATATGTATAATATAATATGATAACATATATTTGGGTTCTAATGCAGCTCCTACAATTGCTACATCACCTAAGAGAGCTCCTCACAGGAGAGCACCTCCAACCACATTATCGAGTACTTCTTCCAGGGGAAAGCATTCAAACTTGCCTCTTATTCTTGGAATTGTGACTGGCGTACTCTTCATTTCCATTGTATGTGTACTTACACTTTGCTTATGTACGATGAGGCCAAAAACAAAAACACCTGCCATGGAAACTGGTAAATATTTCTATTTCTAACGTGTTATTTTTCTTCTTTTCATTCCTATAACAGCATATTAAAGTTAAAAGCCGGTACTGATTATGCTTGGTGTCCTTTTTATATTTGGATGTTGTAAAGGCAATAAGTATATCAACTAGAAGAGGGCAACCTGGGTTCCCTCAAACAAAATTTTTCTCATGACGCAGAAATAAGGACAGAAGAAGTTCCCTGAGCTTATTAATTGCAAGTGTTCATTATGAGTATTTTCAGAGTGGTTTATTAGTTGCACGACAAAATATTCATTGGAATTCAATATGGCTGTGTATATTGTAAATTGTGATCATTGATTGTGAAAATTAATATAGTTTATAATTTTTTCAACTGAAGCAAGAATATCTATGCTGTTGGAGCAGTGAAGGTTGCCAATTTTTCACATAGTTATAAGTCTGTTTGGAGGAAAATAGCGAAGGCCACATTTTACCTTATTGAGATACTTAAATTTAGGATTTCAACCCAACATGAGTTTACTTTTTCAGATATTAAAAGGTAGAAATGCTTGTGATTCAACTTATATACTTAGTATTTCTGGAGAAATCAGATGTGCATTGATGAACTCAGACTGAAGAGAAAATACAGGAACTTATGGCACTCTTATCTGTTCATTATTTTCGTGTTAGTCTTTTGTCTTCTAGGTTTGCTACTAAGTTTGCTCTCTTTTTTACAGAAAAGCCAAGGACTGAAAGCACAGTGCCAGCTGTTGGGTCTCTTCCCCATCCAACCAGTACACGCTTTATTGCTTATGAAGAACTGAAAGAAGCTACCAATAATTTTGAATTAGCAAGCGTACTCGGAGAAGGAGGTTTTGGTAGAGTTTTTAAAGGTGTCTTGAATGATGGAACTGCTGTTGCAATTAAGAGGCTTACTAGTGGAGGGCAACAGGGTGACAAAGAATTTTTGGTTGAGGTTGAGATGCTTAGTCGGCTGCATCATCGTAACCTTGTAAAACTAGTGGGATACTATAGTAATCGTGAGGCATCACAAAATCTACTTTGCTATGAGCTTGTTCCGAATGGAAGTTTAGAGGCCTGGCTTCATGGTAATACAACTTCTCGTATCGTCTTTGTAGTCTTGTACATGTTTTCTACAATGGTGTTGTTTCTGAAACTATATATTATGCTTAATTGAAATTGGCCGACTTGTCCTAGGTCCCCTGGGAATAAATTGCCCTTTGGATTGGGACACTAGAATGAAGATTGCCCTTGATGCTGCAAGAGGACTTGCATACCTGCACGAAGATTCACAGCCCTGTGTTATACACAGAGATTTCAAGGCATCCAACATATTACTTGAGAACAACTTTCATGCAAAAGTTGCAGATTTTGGTCTAGCTAAACAGGCACCTGAAGGCAGGGCCAATTATTTATCTACTCGAGTCATGGGCACATTTGGGTTAGTCTCAGTCTATTCTTTCTTGTATTATACTAATCATTTTCATTTAATTTAGTTTTAAGATGAAATCAAACTTTTATGTAGGTATGTAGCTCCTGAGTATGCTATGACTGGACATCTTCTTGTTAAAAGCGACGTTTATAGTTATGGGGTTGTCTTGCTGGAACTGTTGACCGGAAGGAAACCAGTGGATATGTCACAGCCAACTGGACAAGAGAACCTTGTTACTTGGGTTAGATTCATACCTTGGCATTCCCTTGTTGAGTTCAAAATTTTCATTTGGAGTTTTATGTTGATTATACAATAATTACGTGGTTATCCCTTTCAGGCAAGACCTATTCTTAGAGACAAGGATCGGTTGGAAGAACTTGCTGATCCAAGGCTTGGGGGAAGGTATCCAAAAGAAGATTTTGTACGTGTTTGCACTATTGCTGCAGCCTGTGTTGCTCCCGAAGCAAGCCAGCGACCTACAATGGGTGAAGTGGTACAGTCACTTAAAATGGTGCAGCGGATCACAGAAAGTCATGATCCTGTGTTAGCCTCATCCATTACACGGCCCAACATGAGACAGTCTTCTACCACGTATGAGTCGGATGGGACATCTTCAATGTTTTCTTCGGGTCCGTACTCTGGTCTAAGTGCCTTTGACCATGACAACATTTCAAGGACGGCTGTTTTCTCGGAAGATCTTCACGAAGGACGATGA

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