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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_28967 LG8 16634700 16637540 PREDICTED: probable protein kinase At2g41970
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/G 16635379 intron_variant
C/T 16635434 intron_variant
T/G 16635466 intron_variant
G/A 16635493 intron_variant
G/A 16635537 intron_variant
A/T 16635538 intron_variant
A/T 16635541 intron_variant
A/T 16635542 intron_variant
A/T 16635543 intron_variant
A/T 16635546 intron_variant
T/C 16635547 intron_variant
A/T 16635753 missense_variant p.Asn68Ile
T/C 16635797 missense_variant p.Trp83Arg
G/C 16635969 intron_variant
C/T 16635979 intron_variant
A/T 16636484 stop_gained&splice_region_variant p.Arg249*
T/C 16636540 intron_variant
C/T 16636861 missense_variant p.Pro274Leu
A/G 16636873 missense_variant p.Gln278Arg
C/A 16637118 missense_variant p.Pro316His
C/T 16637446 missense_variant p.Pro338Leu

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_28967.1
MSCCGGAEEEFGIPPTNQYNASVEKGSVYGGGGGDRGEPRGNIVKTGAPKKELPIEIPAISLDKLNQLTDNFGTKALIGEGSYGRVYFAKMDGDKEVAIKKLDTTSSPEPDSDFATQLSVVSRLKSDHFVELLGYCLEENNRILVYQYASLGSLHDILHGRKGVQGAEPGPVLNWSQRVKIAFGAAKGLEFLHEKCQPSIVHRDVRSSNVLLFDDYESKIADFNLTNQSSDTAARLHSTRVLGTFGYHAPEYAMTGQITQKSDVYSFGVVLLELLTGRKPVDHTMPKGQQSLVTWATPRLSEDKVKQCVDPKLNNEYPPKAIAKLAAVAALCVQYEADFRPNMTIVVKALQPLLNSKPTGPDPNSNSNSNA*


CDS Sequence:
>Vu_28967.1
ATGTCGTGTTGTGGAGGTGCTGAAGAGGAATTTGGCATTCCACCTACAAACCAATACAATGCATCAGTCGAAAAGGGTAGTGTATATGGTGGTGGAGGAGGAGATAGAGGAGAGCCAAGGGGCAATATAGTCAAAACTGGTGCTCCAAAAAAAGAATTACCAATTGAGATACCTGCCATTTCATTGGATAAGTTAAATCAGTTAACAGACAATTTTGGTACAAAGGCTTTGATAGGAGAAGGTTCTTATGGAAGGGTTTACTTTGCAAAGATGGATGGTGATAAGGAAGTTGCAATCAAGAAGCTAGATACTACTTCTTCTCCAGAACCTGACTCTGATTTTGCAACACAACTATCAGTTGTTTCAAGATTGAAAAGTGACCATTTTGTGGAATTGTTGGGATATTGTTTAGAGGAAAATAACAGAATTTTGGTTTATCAATATGCGAGTTTGGGTTCTTTGCACGACATATTACATGGAAGAAAAGGAGTACAAGGTGCTGAACCCGGTCCGGTTTTAAATTGGAGCCAAAGAGTAAAAATTGCATTTGGTGCAGCAAAAGGACTTGAGTTTCTTCATGAAAAATGTCAACCTTCTATAGTTCACCGCGATGTTAGATCTAGCAATGTCTTACTCTTTGATGACTATGAATCCAAGATTGCAGATTTCAATTTGACAAACCAATCTTCTGACACTGCAGCTCGATTACACTCAACAAGAGTTTTGGGAACATTTGGTTATCATGCTCCAGAGTATGCAATGACAGGACAGATAACCCAAAAAAGTGATGTTTATAGTTTTGGAGTTGTTCTTTTGGAACTTTTAACCGGAAGAAAGCCAGTTGACCATACAATGCCTAAAGGGCAACAAAGTCTTGTAACTTGGGCAACTCCAAGATTGAGTGAGGACAAAGTGAAACAATGTGTGGATCCTAAATTAAATAATGAATACCCTCCTAAGGCAATTGCTAAGCTAGCAGCGGTTGCAGCACTTTGTGTGCAATATGAAGCCGATTTCAGGCCAAACATGACAATTGTTGTCAAAGCTCTCCAACCACTTCTCAATTCTAAACCTACTGGCCCTGATCCTAACTCTAACTCTAACTCTAACGCTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_28967::LG8:16632700-16634700(+)
TTTAACTTAAAAACCCAAGTAATTGACTCATTTTCACTCCAAACCCCTTTGAATTAAATTTCAATTCTTAAATATACTTCATTACTCATAATCATAACAGCAGCAACATTAAAATCACACCATATCAAGCATCCAAACATCATACAATCGTTCATTATCATCTAAATACAAAGATTAGCAAGAACATAACAATTTTACTTAAATAATCTTATCATTCATGGAGATACTAAATTTATAATGCAAACACATTCTAAAGAACTCCCAATCATTGCTTCCACCGCAAGGAACTCTGAAAAAGCCTACAACTCACTAATTGGTGATCGAAATCAAACCTTAGAACCTCAAATTGACCAAAAATCAAGGAAGAAGCACATTTGATACATGAAAAAACATATTTCTTTGCATGATCATAATCGAAAAATAAAAAGGAAAAAGTGGTAGAAACTTACTTGCTCTAATAAAAGAACTGATCGGGTAGAAGTAGAGATTACTCTATCGTGATCTCTTAGGGACTTCTTGATCGTTAAACAGATGATCGATGAGTTAAGACTCTTAGAGAGAAGGTAAGGAGTTCAAGAGAATATTGTTTAGAGAAAAGATGAGTGTTTAAGATAATAAGACGAGTTTAAAATTTTTTATTTATTTAATCAACTTATTTTTAAATTTTATAATACCTTGTCTCATTATTTTAAAACACCTACCAACTCTAATATTCTATTTTTAAATAAATAATATATAAATACACACATCAATTTATCATCTATATATATATATATATATATATATTATCACTTTTATAAATTCAACTTGTGTCTCCATTAAGTCAAGATATACTCAAATATTCATAAATATTTATAAGTTATTTCTTTATTTCCTCTAAAAAAAAGTTAATCTTTTCATTTCAATATCCATGAAACGAACACATGTTTCTATTTTTTTAATATAAATTTTTAACTATATTTTGCATGACAATGATCATAGTTTTTCCACATATTTATTTAGGTTTTGATTCTTTTAGACTTCTAATTTAGAAAAAAAGACATTAAAGTTAAAATTATATATATTTATTTTTCATTAGAAAAATGTGTTTCACTAGTATTTATGTGCATTAAAATAGTAAGAAACTAACTAGGTGCATCGTGGTGGTATATACACAAACTTCGGAAAGGTAAGGTTAAAGACAAGACTTGGTTCAAGTTATGGTTTTTTTGGCTAAAAGCCGTTTATATCGGGAGACATACAAACATGTCATTTTTGTTCAGAGTGGAGCTTCATTTGATTTGGAAGGAGTTGAAAGAAAAACAACAAATTATGTGTTTTTCTTCTTCTTCTTCCCACCCAACATAATTTTCTCTATATAATCCTTTAGGTTTCATCATCCACACATATTGTCTCCTTGGCATTTCTGGCTTGTCCAACAACAAGTCAGAGGTAATGTCTTCATCTTTTTTTCTTTCTGCACATTTTAATTTTCTTTACGTTTTTGTTCACGATTACTTACAGAATGTTACAATGACAAGATACATTATAGCAACATAATTTCTCCATCTTTACCTTTTATTTTTCTCACATGTTCTTGATAATTGAGAATCTTGTTTTTCTCGTTTAGATCGATATATTTCAATGTTTGATCAGAACATAAACAAGGAGCAAATTTCTCAAAATAAATAAAAAAAATAGAAAATCAATATACTGAGACGTGGTTATATTTGAATTTGTTAAACAACCATTTTTTTTCCTTCCCATTTTATCTTTATGAAACCACAGCTTTTATTCTTGTCGAATCTAATTTGTGATATTATTTTACAGTAATATTCAATTGCAGGTGGCTTGAATTTGAATTTCAAAGACAAGCTTCCTTCTTTAACACCAGTGTTAGTAAATAAACTATTGGAATGAAAATCTGGGCTACAATAATTTCATATAATTCATTAGACATTATTTAATTTCAGTGGCTTATTGAGAACACATGTTTTTTTTTTTCAGACTATTTTAAGCTA


Gene Sequence:
>Vu_28967(+)
ATGTCGTGTTGTGGAGGTGCTGAAGAGGAATTTGGCATTCCACCTACAAACCAATACAATGCATCAGTCGAAAAGGGTAGTGTATATGGTGGTGGAGGTATCACACTTGTTACACCCTTTATTTTATTCACCATATGAATAATTGTTTTACCTTAAAAACCATTAGAAATGTTTCTTTTTTTTTTTGGATAAGAAAAGTTTTACAATGATAAGTATAAGAACATAATTGTTCTTGAAACTTGTTTAAGGTTGATTGACACTTACATATTGTCATCTATGGTGTAGTATGTTTTATAATATCTGTAATGGACAAAACTTACATGTATTTACTAAGTGCTTTTGATGTTGTTCTTCAATTAAGATTATATTTTTAACTTGGATAATATAAAGAATGCTATAATCTAATTGAAAAATATTTAAGAAATTGTATTTAAGTTTTGTCCTATTTATAACTTCCTTGTTTATTGTTGAAGACTAGTTGTAGGTAGTGTTTAATGTTTAATACTTGACACACTATTCTTATGGAGATATAAAGCTTGATTTGAAACATTAGAGGCACATTATGGATTACTTTTTAAAAATAAATGAAAGAGTATATATATATATGAGAGGAATGAAAAATAAAGAGGATATTTAATCTAAGTTTTAGGAATTTTCCTAAAATATATTCAAACACAAACTAGTTACGGATAATCTTGGTCTTAAAACCTTTTTTAGATTTTCAATTCCATTATCTATGTATGATGTAAATGATGTATGAAAAATTTATTCGTATTTTTTTTCCATAATGTATGTGTTATAATTTATTATCTTAATTGTTTAATTAATATTTATCTTGATGAAACAATAAGATACATTTGATAGTTTATAAATGATTGATAAACCTATTAGTATAGGTTGACTAATAATCTACATTATAGTGAGTTATTAACCTCTTTGAATATAGGAGGAGATAGAGGAGAGCCAAGGGGCAATATAGTCAAAACTGGTGCTCCAAAAAAAGAATTACCAATTGAGATACCTGCCATTTCATTGGATAAGTTAAATCAGTTAACAGACAATTTTGGTACAAAGGCTTTGATAGGAGAAGGTTCTTATGGAAGGGTTTACTTTGCAAAGATGGATGGTGATAAGGAAGTTGCAATCAAGAAGCTAGATACTACTTCTTCTCCAGAACCTGACTCTGATTTTGCAACACAAGTAGGCCTTTTTTTCATTCAAAATTTTGAAATTCACTCATACATTGTTTTAGGTAGTGAAATTTTTGTAGTTTACATCACGTCATTATTGATCATGCAGCTATCAGTTGTTTCAAGATTGAAAAGTGACCATTTTGTGGAATTGTTGGGATATTGTTTAGAGGAAAATAACAGAATTTTGGTTTATCAATATGCGAGTTTGGGTTCTTTGCACGACATATTACATGGTAGGCCAAACAATACTAATAAACGGATCTTGTATTGGTGAAAACATTACTCTACCTTAATTAAACATTATGAGTTTGGTGTTGTAGGAAGAAAAGGAGTACAAGGTGCTGAACCCGGTCCGGTTTTAAATTGGAGCCAAAGAGTAAAAATTGCATTTGGTGCAGCAAAAGGACTTGAGTTTCTTCATGAAAAATGTCAACCTTCTATAGTTCACCGCGATGTTAGATCTAGCAATGTCTTACTCTTTGATGACTATGAATCCAAGATTGCAGATTTCAATTTGACAAACCAATCTTCTGACACTGCAGCTCGATTACACTCAACAAGAGTTTTGGGAACATTTGGTTATCATGCTCCAGAGTATGCTTGTACTTTTAGCCTTTAGTTTTATAGGAGATTTAGTTATGTTAAGCTATGCATGTTTAGTATTTTATATAAGAATAAAAACATTGGAATCTTAATTAGTGAAGTAAGCTTAAGTAATCTTAATGCAATAAAAAAAAGTTATATAAACTTTATAGTGGAAAATATTATTAAGTTTTATATAGATATCATAAAACAGAAGTATAACACACTAGCTTCTTAATTAATATTTAGGTTTGTTGTATTTTAAATGAAAAATAATTTCATATTTTCAAAAAAATTAATTTCACTTTCAGGTATGCAATGACAGGACAGATAACCCAAAAAAGTGATGTTTATAGTTTTGGAGTTGTTCTTTTGGAACTTTTAACCGGAAGAAAGCCAGTTGACCATACAATGCCTAAAGGGCAACAAAGTCTTGTAACTTGGGTATGTCTTGTTCATCAACATATAACTATGGTTTGATGATTATACTCATAATTTTATTTATTCCTAGACTTTGAATTTTATTTCTATTATTACATATTCTTATAGTGATGTGATTCTCAACAATTATAGGCAACTCCAAGATTGAGTGAGGACAAAGTGAAACAATGTGTGGATCCTAAATTAAATAATGAATACCCTCCTAAGGCAATTGCTAAGGTTAGCTTTTTTGTTCTTTCTCTTCATCAACAAAAAAAATGTAAAAAGTTATTGGTCATACTTTTTGTTTAGTGAATCCTTTTCATGACTTCATGAATTATTTTCCCATGATTTTGTAGTTTTCAAAACATTGAAATTTATAATAAGGAGTTTGTTTCTAGCATTCATCGAGTACAAATTTATCAATTAAATGTTCAATCAAGTATATTCCATATTCAATATAGTATGAGGTTTCTAACTAATGTTTAATATGATTATGTAGCTAGCAGCGGTTGCAGCACTTTGTGTGCAATATGAAGCCGATTTCAGGCCAAACATGACAATTGTTGTCAAAGCTCTCCAACCACTTCTCAATTCTAAACCTACTGGCCCTGATCCTAACTCTAACTCTAACTCTAACGCTTAA

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