Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_28855 LG8 15199000 15203127 zinc finger CCCH domain-containing protein 30
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
A/T 15199126 5_prime_UTR_variant
C/A 15199206 5_prime_UTR_variant
A/T 15199272 intron_variant
T/A 15199313 intron_variant
C/T 15199321 intron_variant
G/C 15199443 intron_variant
T/A 15199501 intron_variant
A/G 15199503 intron_variant
G/A 15199531 intron_variant
T/G 15199656 intron_variant
C/T 15199684 intron_variant
A/G 15199702 intron_variant
G/A 15199747 intron_variant
T/C 15199817 intron_variant
G/A 15199853 intron_variant
G/T 15199892 intron_variant
A/G 15200102 intron_variant
T/C 15200125 intron_variant
T/G 15200210 intron_variant
G/A 15200356 5_prime_UTR_variant
A/C 15200373 5_prime_UTR_variant
G/A 15200375 5_prime_UTR_variant
A/C 15200377 5_prime_UTR_variant
C/T 15200379 5_prime_UTR_variant
C/T 15200382 5_prime_UTR_variant
A/C 15200385 5_prime_UTR_variant
G/A 15200388 start_lost p.Met1?
T/A 15200688 synonymous_variant p.Ala101Ala
A/T 15200778 synonymous_variant p.Arg131Arg
A/T 15200964 missense_variant p.Gln193His
T/A 15200965 missense_variant p.Leu194Met
T/C 15201024 synonymous_variant p.Pro213Pro
T/C 15201276 synonymous_variant p.Phe297Phe
C/A 15201498 synonymous_variant p.Val371Val
C/T 15201573 synonymous_variant p.Pro396Pro
C/G 15201585 synonymous_variant p.Val400Val
G/T 15201684 synonymous_variant p.Pro433Pro
T/A 15201813 synonymous_variant p.Ser476Ser
A/G 15201906 synonymous_variant p.Gln507Gln
T/A 15202015 missense_variant p.Ser544Thr
T/C 15202221 synonymous_variant p.Asn612Asn
A/T,* 15202563 3_prime_UTR_variant
T/C 15202577 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_28855.1
MNHLTIETEDSFASLLELAANNDVEGFKRMIERDPSCVDEVGLWYSRQKGSRRMVNELRTPLMVAATYGSIDILDLILSLSGYDINKPCGLDKSTALHCAASGGAENAVDVVILLLAAGADPNSVDGNGHRPVDVIVVPPKHETVRNSLEALLQTDDSIAVCNLRVITAPSNAYSPPLSTSPENGSPSAPDFQLKSKLNDGFVSSASEKKEYPVDPSLPDIKNSIYSTDEFRMYSFKVRPCSRAYSHDWTECPFVHPGENARRRDPRKYHYSCVPCPDFRKGACRRGDMCEYAHGVFECWLHPAQYRTRLCKDGTSCSRRVCFFAHTAEELRPLYVSTGSAVPSPRSSTSSAMEFAAAMNMLPGSPSSMSVMSPSPFTPPMSPSANGMSHSSVGWPQPNVPALHLPGSNLHSSRLRSSFNARDIPMDEFDMLPEYDAQQQQQLLNEFSCLSKQPNAMNRSGRIKTLTPSNLDDLFSSESSSPRFADPALASAVFSPTHKSAILNQFQQQQSLLSPVNTNFSSKNVENPLLQAASFGVQTSGRMSPRNVEPISPMSSRISVLAQREKQQQFRSLSSRELGSNSATVAAAAAGSPVNSWSKWGPSNGTLDWAVNADELRKHRRSSSFEHGNNSEEPDFSWVQSLVKESPTEIKENSTATVSSGAAAGSSSEVSNMSTQMDSVDHAVLGAWLEQMQLDLVAQQN*


CDS Sequence:
>Vu_28855.1
ATGAACCACTTGACCATTGAGACAGAGGATTCTTTTGCAAGCTTGCTTGAGCTTGCTGCTAACAATGATGTTGAAGGTTTTAAACGAATGATTGAGAGGGATCCTTCCTGTGTAGACGAGGTAGGACTATGGTACAGTCGGCAGAAGGGATCTAGGCGGATGGTCAATGAGCTCAGAACCCCATTGATGGTTGCTGCTACTTACGGGAGCATTGATATTTTGGATCTGATTCTCTCACTTTCTGGTTATGATATTAATAAACCTTGTGGTCTTGACAAAAGCACTGCTCTTCACTGTGCCGCTTCAGGCGGTGCTGAAAATGCTGTTGATGTTGTTATATTGCTTCTAGCAGCCGGGGCTGATCCAAACTCTGTTGATGGAAATGGTCATCGACCAGTTGATGTCATTGTTGTTCCTCCCAAGCATGAAACTGTTAGAAACAGTCTTGAAGCACTTCTTCAAACTGATGACTCCATTGCAGTGTGTAATCTCAGGGTGATCACAGCCCCATCAAATGCATATTCTCCACCATTGTCAACTTCACCAGAGAATGGCTCTCCTTCTGCACCAGATTTCCAATTGAAGTCAAAGTTAAATGATGGCTTTGTTTCTTCTGCATCAGAGAAGAAAGAATATCCTGTTGATCCATCCCTTCCTGACATAAAAAATAGCATATATTCAACAGATGAATTCCGGATGTATTCTTTCAAAGTTCGACCTTGTTCACGTGCTTATTCACATGATTGGACAGAATGCCCTTTTGTTCATCCTGGGGAGAATGCTCGGAGAAGGGACCCAAGAAAGTACCACTACAGCTGTGTCCCTTGTCCTGATTTTCGGAAGGGTGCTTGCCGACGTGGAGATATGTGTGAATATGCTCATGGAGTTTTTGAGTGTTGGCTGCATCCAGCACAGTATCGTACTCGTCTTTGCAAAGATGGGACAAGTTGCTCCAGAAGAGTTTGCTTTTTTGCTCACACTGCTGAGGAGCTTCGGCCATTATATGTTTCAACTGGTTCTGCTGTACCATCTCCTCGTTCAAGCACATCTTCTGCTATGGAATTTGCTGCAGCTATGAACATGTTACCTGGCTCTCCTTCCTCAATGTCTGTCATGTCTCCTTCACCGTTCACCCCACCCATGTCACCCTCTGCCAATGGCATGTCACACTCTTCCGTTGGCTGGCCCCAGCCAAATGTCCCCGCCTTGCATCTTCCAGGAAGCAATCTTCATTCCAGTCGATTGAGATCTTCATTCAATGCCAGAGATATTCCTATGGATGAGTTTGACATGTTGCCGGAGTACGATGCTCAGCAGCAGCAACAGCTCCTTAATGAGTTCTCTTGCCTCTCTAAACAGCCTAATGCCATGAACCGCTCCGGCCGCATTAAAACACTGACCCCTTCAAATCTTGATGATCTATTTTCTTCTGAGAGTTCATCACCTCGGTTTGCTGATCCAGCATTGGCTTCGGCTGTTTTTTCTCCAACACATAAATCAGCTATTCTTAATCAATTTCAACAGCAGCAAAGCTTGCTGTCGCCTGTGAACACAAATTTTTCTTCTAAAAATGTTGAGAATCCTTTATTGCAGGCTGCCTCATTTGGGGTTCAAACATCAGGTAGGATGTCTCCTCGGAATGTGGAACCTATTTCTCCAATGAGCTCTCGGATTTCTGTGCTAGCTCAACGTGAGAAGCAGCAACAATTCCGGAGTCTTAGCTCCAGGGAACTTGGCTCCAACTCTGCTACTGTTGCTGCAGCTGCTGCTGGGTCCCCAGTGAATTCTTGGTCAAAATGGGGACCCTCGAATGGTACATTGGATTGGGCTGTCAATGCTGATGAGTTAAGGAAACATCGTAGATCATCTTCGTTTGAGCATGGGAATAATAGTGAGGAGCCTGATTTCTCATGGGTGCAGTCACTTGTTAAAGAATCTCCAACTGAGATTAAGGAGAACTCAACTGCAACTGTCTCAAGTGGTGCAGCAGCTGGATCCTCCAGTGAGGTATCAAATATGAGCACACAAATGGACTCTGTTGATCATGCTGTGTTAGGAGCATGGCTTGAACAAATGCAGCTCGATCTTGTGGCTCAGCAAAATTAA


Promoter Sequence:
>Vu_28855::LG8:15197000-15199000(+)
TAAACTCGACTTATTGAATACTTACACCTCATACGACATATTATTATCAAATAACTACTCCAACAAGTCTTAATTGATCACAAAATACCATATGTGACTCAATTTTACTCTTTCAACTCCTAATTCAAAATCTCCCCTATGAACACCTTCCTTTTTTACTAAAAAGACCTATTGCTCCACCTAATCTTCCCTTCTCAATAATTTAGCAACATTTAACACCACCAACATCCAATAACACATAAAATTCATAATCAAAGCAAATCCAAACAACATCATATTTAAGAGATATCATTCACAACCTTAAACGTTCAAAGATTGATTAGAATCATTCCATTACCATTAGTACTAAAACTGATATTTATCTTTCAACCAAATCAACATAATTTACTACCAATTCATAAATCATGCATTTCACAATAGAATAGAAACAAAGAAAAGTCACTAACTTCCCTTACCTTAAAAGAGAACTATCACAATTCTAGATAGCTCACAAACCTCGCTTCTAGCTCAAGGAATCCTAGAAATGCCTGCATAACACAAAAATGTGATCGAAGAGGGTCCTTAAAACCTTTAATCAATAAGGAACTAGGTAAAGGGACCATACGACACATGCGATAAGAAATCGCTACGAATGATCTCAAACTAAAGCAAAAGAAAAAAGGAGTCGAAACTTACTTGCTCTAAACTAGAAATTGATCAGTAAAAAATGGAGGATTCACCGTCATGATTTCTTAGGCACTTCCTAATCATTAAACAGACGATTCGGGAGTTAGATAACTTAGAGAGAAGGTAGAGAAACTCAAGGAACGAGTTTTTAGAGAAATGATTTATGTTTTAGATAATAAGAGATGATATAAAATTTAGTTTATATCATAAAAAATTTATTATTAAAATAAAAACACCCATCTACTTTAAATACTGAAATTTCTAGGTTATCACACAATCTTATTTAAAAATAATTTAATTTTTAAAAAATTAAATTAATGTAATAACTTTATATTAACAAATATTTATTTTAAAATCCATTTTCAAATTTCATTAAATGTAATTCTGCTTAGTTTTTAAAAGTTAAATTCATACAACAATTCCATATCATTTTTAAAAAGCTAATTCAATTTAATACTAATTTGGTTTTCTTAAAATATTTTAAACCCACCTTATTTCTCTATTTATTGTCTTCCAACACAACTAGTAACATTGATTAACATTTCTTTCCATTATATCTATGATCTCTTTTCCCACATCAACTCACCCCAAACATGATCTTTTATGTTTCCATATTCTTCCTTAAAACATGTATTTTCTTTCTCACCATGCTTAACAATCCTAAAACAACTCTTTATCATTTTATCAAGAATTTTACCTAAGATCATTATCAAATAACAATTTAATTCAAAATTAAAATTACGAAAAACCAAATACTAAATACAACATTATTTCAAACAAATCAAATCACCTTATTATATCAAAATACTCAGTAAGCAACACTACTAGTGACAGTATGCAAGAATCAGCATCACAACAATGCAAATTAGATAGTTGTTTAACAAATGTAATAAGTTGATATACTTGACTCGACCTAAATTTGGTGTTAGACCTAATTGGTAAACAGATATCCAAACATGCTATTAATAGAAGATTCACCTCAATCAACAACAACTGAAATATAACTCCTAGGAAAAGGAAAGGTGTAAAAACACATACACAAAAGAAAAGTACACATCCATCCCCAAAATTTGAAGAGAATGACGATCGTACCCTTGATGCAGTGACAAGGCATGATGTGATTGGCAAATAAAGAAAGGCACAAAGGTGAGGTGCAGTGCAAGAATAATGAACCCGTAACTCTCCAGTGCGCTTAGCCTTTTCCCTTTTCTTTTTTCCTTCTCTCTTTTTATTGGTTTGGCGATTTTATCCGAACAAAAACAATTACGTGGGAATTAATTAATTAAAATAATAAGTCTTTTTTATTTTTATTTTTACTTTTATTTTATTTTCTA


Gene Sequence:
>Vu_28855(+)
ATTCAAAGGGCATAGGAAATGGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGCTCTCTTCTGGCTCCTCTTTTCTCGCGATCGTTTTCTCTGTCAAACTATTTTCCTCTCCAAGTCCCAGTTTTTCTCGGAATCCAAACACCCTTTTGCTGAATCTCGCTTCTGCTGAGATCTGCCTTCTCTCTCGCTCATGGGTTTCTCCTCTGGACTCAACAGCACTGGTAAGATTCACTTCCATCAGAGTTCAGATCACTGTTCAAGTTTCCTTCTTTTTTTCCATCTATTGTGTTTTTGCTGCTTTGATTGTACGAGACCAAAAAAACTGTTTTCACTTCAATTGTGTTGCTGTTCTGTGCGATTTTGTTCCTTTTCACTTTCCTTGGACCTGCTTTTTTTATTTTTGTTTATTTTTTAGATGATGATCGTAATTGCTGTAATGCAAATTTTGGGTCGGTGTTTTCATTTCTTCTAATATAATTCTTTTTTAACAGACCGTATGTGTTTTTAGGAGTCAATCTTTGGTACCCTATTTGTAGCAAAGGTCTTTTTTGAAGTACGGATTCTTAACCACTGGGTAAACTAGAATAACCCGTGTGAGTTGAACTAGTAGTTGAGTTTCAGAACTTGTTAGATAGTGATTTTATGTTTGTTTTTCACAAATAAAAATGGGTGGCGGAGGTATCTTTAAAAGTTGCCTTTTTGTTTGATCATGAGTTTGTTTTCTCCTTAATGGGTGCTTGAGGTCAGCGCATACCTTGCTGGTTCAATTGCTGTCTGTTTTTGACTGTGTTTTAGATGACATAATCTGGACTTTAATTTTTGTTGTATCTCTCTTGCCATGTGCTGAAAAGTGAAGATCCCTTGAGGACTTAATCTTGTTTGGAATGATGTTCTTTTGAGGGGCTTATGAATATCTGGTTTTTTCTTATAGCGGATTCAATGTTGAGTGAGGTTCACTGGGTCGATCACTGTTCGATTTACATGACCTTTGTTTAATAAATGGGTTTGTCTTGACTCTAAATTATGTCCTTTGATATATTTAGTTTCTTTCTTGTCTTGGGTGTGTCTTAAAATTGGAAAACCATTGGCATTTCCTTTCTTCCAATTTAGAAATTTAATTTGATACATAGTTACCTATGGAAACTTCATCTGTTTGGAGGTTCAGTAACTTAACTTTTTGGCATGAGGGTTTATGCAGTTTGGTGCTTAGTTATTTTGCTTTTAATTTCAAATAATTTAGCAATTGATCTTTAAAGTTTAACTTCAACAAAGTTGTGTTTGTTTTTTCCACAGGTAAGCCTGCTGTCGATGAAAGCATTTGGAGAGGTTAAAGTCAGTGCTGTTACTAACTCTGTTTGCTAATTTTGTAACTGCATCTCAACCAAGAAGCCACATAATGAACCACTTGACCATTGAGACAGAGGATTCTTTTGCAAGCTTGCTTGAGCTTGCTGCTAACAATGATGTTGAAGGTTTTAAACGAATGATTGAGAGGGATCCTTCCTGTGTAGACGAGGTAGGACTATGGTACAGTCGGCAGAAGGGATCTAGGCGGATGGTCAATGAGCTCAGAACCCCATTGATGGTTGCTGCTACTTACGGGAGCATTGATATTTTGGATCTGATTCTCTCACTTTCTGGTTATGATATTAATAAACCTTGTGGTCTTGACAAAAGCACTGCTCTTCACTGTGCCGCTTCAGGCGGTGCTGAAAATGCTGTTGATGTTGTTATATTGCTTCTAGCAGCCGGGGCTGATCCAAACTCTGTTGATGGAAATGGTCATCGACCAGTTGATGTCATTGTTGTTCCTCCCAAGCATGAAACTGTTAGAAACAGTCTTGAAGCACTTCTTCAAACTGATGACTCCATTGCAGTGTGTAATCTCAGGGTGATCACAGCCCCATCAAATGCATATTCTCCACCATTGTCAACTTCACCAGAGAATGGCTCTCCTTCTGCACCAGATTTCCAATTGAAGTCAAAGTTAAATGATGGCTTTGTTTCTTCTGCATCAGAGAAGAAAGAATATCCTGTTGATCCATCCCTTCCTGACATAAAAAATAGCATATATTCAACAGATGAATTCCGGATGTATTCTTTCAAAGTTCGACCTTGTTCACGTGCTTATTCACATGATTGGACAGAATGCCCTTTTGTTCATCCTGGGGAGAATGCTCGGAGAAGGGACCCAAGAAAGTACCACTACAGCTGTGTCCCTTGTCCTGATTTTCGGAAGGGTGCTTGCCGACGTGGAGATATGTGTGAATATGCTCATGGAGTTTTTGAGTGTTGGCTGCATCCAGCACAGTATCGTACTCGTCTTTGCAAAGATGGGACAAGTTGCTCCAGAAGAGTTTGCTTTTTTGCTCACACTGCTGAGGAGCTTCGGCCATTATATGTTTCAACTGGTTCTGCTGTACCATCTCCTCGTTCAAGCACATCTTCTGCTATGGAATTTGCTGCAGCTATGAACATGTTACCTGGCTCTCCTTCCTCAATGTCTGTCATGTCTCCTTCACCGTTCACCCCACCCATGTCACCCTCTGCCAATGGCATGTCACACTCTTCCGTTGGCTGGCCCCAGCCAAATGTCCCCGCCTTGCATCTTCCAGGAAGCAATCTTCATTCCAGTCGATTGAGATCTTCATTCAATGCCAGAGATATTCCTATGGATGAGTTTGACATGTTGCCGGAGTACGATGCTCAGCAGCAGCAACAGCTCCTTAATGAGTTCTCTTGCCTCTCTAAACAGCCTAATGCCATGAACCGCTCCGGCCGCATTAAAACACTGACCCCTTCAAATCTTGATGATCTATTTTCTTCTGAGAGTTCATCACCTCGGTTTGCTGATCCAGCATTGGCTTCGGCTGTTTTTTCTCCAACACATAAATCAGCTATTCTTAATCAATTTCAACAGCAGCAAAGCTTGCTGTCGCCTGTGAACACAAATTTTTCTTCTAAAAATGTTGAGAATCCTTTATTGCAGGCTGCCTCATTTGGGGTTCAAACATCAGGTAGGATGTCTCCTCGGAATGTGGAACCTATTTCTCCAATGAGCTCTCGGATTTCTGTGCTAGCTCAACGTGAGAAGCAGCAACAATTCCGGAGTCTTAGCTCCAGGGAACTTGGCTCCAACTCTGCTACTGTTGCTGCAGCTGCTGCTGGGTCCCCAGTGAATTCTTGGTCAAAATGGGGACCCTCGAATGGTACATTGGATTGGGCTGTCAATGCTGATGAGTTAAGGAAACATCGTAGATCATCTTCGTTTGAGCATGGGAATAATAGTGAGGAGCCTGATTTCTCATGGGTGCAGTCACTTGTTAAAGAATCTCCAACTGAGATTAAGGAGAACTCAACTGCAACTGTCTCAAGTGGTGCAGCAGCTGGATCCTCCAGTGAGGTATCAAATATGAGCACACAAATGGACTCTGTTGATCATGCTGTGTTAGGAGCATGGCTTGAACAAATGCAGCTCGATCTTGTGGCTCAGCAAAATTAAATAAGTTTTGCTGATCCCGAGATAGTCGTCAACCAGAAAAGTTTCACTTAAGATTAGAATGTTTTTATTTTAATTTTTGTTGTGCTGATGGAAGAAGATAATAGTAACTATGAAAGGAAGCAGAAGAGGAAATTTCAAATGTAGTGTTACATGAGTAGCTTAGGAAGCTCACAAAACTACTGGGTAGTATTAATGCAACTGCTCCCAGTTTTCGCTTGCCCATAGAGTGAAATTTTAGCTTCACATTCCAGTCCCTCCAGGAGTAAATGTTCTGTTTTTCTTCCTTTTTCATTTTGGGGTAGAAAATTACAAGGGTCATTGGAGTTATAATTTCCTTGAGACTCCTTTTTGGTCCAGTTTTGGGGATGAAAATACAGGATGTTGGATATGATATTTTTCATGTAATTTGAAATAAATAATAGTGGATATGCTAGGTAGTGGGTAAGTCAGGGATATTGGAAGGTTGATACTTGGGTTATGTAACATTCAATTAAAGTTTGTTGCTGTATTAATCCTAATGCCTTTGTTTTTTTTTTTCTTTTTTGCTTTTGTTTTCTTATTCCATGTTGATCCATTACGTGAACTGTTCTGAATTTCTAAACATCCATGGATTTTTAATGTGCACAGGTTTCAATT