Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_28716 LG8 13245909 13247642 PREDICTED: transcription factor PCL1-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus
Molecular Function   enables   DNA-binding transcription factor activity, DNA-binding transcription factor activity
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 13246229 3_prime_UTR_variant
A/G 13246304 3_prime_UTR_variant
C/G 13246427 3_prime_UTR_variant
G/A,T 13246496 3_prime_UTR_variant
G/A 13246551 3_prime_UTR_variant
T/C 13246565 3_prime_UTR_variant
A/C 13246649 3_prime_UTR_variant
G/A 13246656 3_prime_UTR_variant
G/A 13246989 missense_variant p.Ala178Val
C/G 13247024 missense_variant p.Gln166His
A/T 13247097 missense_variant p.Val142Glu
G/A 13247338 missense_variant p.Arg62Trp
G/A 13247621 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/A 13247622 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_28716.1
MREEESNWFEELPSPEELMPLSQTLISPHLAVAFDITNSSHHQFPLQPPSAAEDEPARTLKRPRLVWTPQLHKRFVDAVAHLGIKNAVPKTIMQLMSVDGLTRENVASHLQKYRLYLKRMQGLAGGSAADSATDHLFASSPVPPHFLHPATRPASDHYLPFVPGLQQHRNHHHHQHMAVPAHFGSPRNAHFELPVLSRMGASVPGYVEDVESGGRKVLTLFPAGDD*


CDS Sequence:
>Vu_28716.1
ATGAGAGAAGAAGAATCAAATTGGTTCGAAGAGTTACCTTCACCGGAGGAACTCATGCCCTTATCCCAAACCCTAATAAGCCCTCATCTTGCCGTAGCTTTTGACATAACAAACTCTTCCCACCACCAATTTCCACTTCAGCCACCTTCCGCCGCCGAGGACGAACCGGCGCGAACACTCAAGCGGCCCAGACTCGTGTGGACCCCACAGCTCCACAAGCGCTTCGTCGATGCCGTCGCCCACTTGGGGATCAAGAACGCCGTTCCCAAGACCATAATGCAGCTCATGAGCGTCGACGGTTTGACCCGGGAAAACGTCGCCAGCCACCTCCAGAAATACCGCCTCTACTTGAAGCGCATGCAGGGTTTGGCCGGAGGTTCCGCCGCCGACTCCGCCACGGACCACCTATTCGCCAGCTCGCCTGTGCCGCCGCACTTCCTGCACCCCGCTACCCGCCCGGCCTCTGACCATTACCTGCCCTTTGTGCCGGGGTTGCAGCAGCACCGCAATCACCACCACCACCAGCACATGGCGGTGCCTGCTCATTTTGGCTCGCCACGGAATGCGCACTTTGAACTCCCCGTTCTGTCGAGGATGGGAGCTTCGGTGCCGGGTTACGTGGAGGATGTGGAGTCGGGAGGGAGGAAGGTTCTTACTTTGTTTCCAGCTGGAGATGATTGA


Promoter Sequence:
>Vu_28716::LG8:13247642-13249642(-)
TTCCTTTGATGTCATTATGCTTGTGAAAATTAGATAAAATTAGATAAGACATTTTTCAGTTTTGAGAATGAAAATTATTAAAATACCCTTAACCTTAAAACTTATAATCCATGATATATAAGGGTATTTTTGTCTACTAAAACCCGGTACACATTGCTAAAATGTACCAACTGAAAAACAGACGTACGAGTATAAATTGAAAGACCAATCTTATTATTAATTAATATATAAAAAATTAAATACCAATTATTAATTAATATAAAAAAAATTAAATAACCAATTGCTTCTTGATTCACTAATTTCCCAAGTTACATGTCTTTGTTTCTTCAATTAAAAAATCATCAGGGTCCTCACAAAACCTAGTTCTTGTTTTGGAACTTCTAGGCAAAGTGTTAGACCAATACCCAAATATCAAAACATTGAAAAAATGTGCATTCAAAGGCTTTTAATCTCAGTTTTTGGGGTTTTGCAACCGAGGCGTTTGGCGGTGGAGGAATTTTTTGATGGGGTCAATGTTTGGGAAGAAACAGTGGGAGCAGATGTAGCGAGGAGTGTAGGGGAACCAGATAAGGCTACTTCCTGTGTCAAGAATGAAGGGGGAGGTTTGGGGTGGGGTTCCAAAGTTGAGATCTATGGAGTAGCCACCATAGCTTTTGGGGTAGACTTGGGTTGTGGCGACTGAGGGAGCATTTTGACGGTGTTTGAGGTGGTGGGCTCGAGTTAGAGAAGCTGAAGCGGAAGAGACCAGAGGATTGGGGTTTGATTAGTATAGGGGAGAGAAGGAGAATGATGGGTTTCATTAAATATCAGAAATACACTTTCAAAAAACAAAAAATTCACCTCACTTTGCCGGTAGGGAATCCACGTGGGTAGTTAAATGTCATCTCAACACTGTTGTACACACCTGGATTGTCTGTCGTTAACGATTTAAACGGCGTTTGCAAAAAGGACCAAATTGAACATATTTTACATTCTTTAGGACAACATTAAAAAAAAAACAGGAAGCAAATCGAACACGCTTGACGAAAATAGGGACCATCAGGAATATTAAGCCTATTATATTTTATATTTTTTATGATTTTATTTTAAAAATTTATTAAAATTTTTTTAGAATATTTACAAATAGTTATATATTTTAAAATACTCATAAGTATTTTTTAAATAAATATTCAGTAAGTAATAAAACAAATAATAAATGAGTTTTTTTTATCGGTGATAAATAAACACTATTCTTTACCTTATTCATTATCATCTATCTAGGTGAAATCCATTTCCACTAATAGGTTTGTTATAAAGAAAATATATTAGCAAATACCAATATTTACAAAAGCCAAAAAAATTATTTGACAAAAAAAAACATGTTTTTATAACATATTATTCATCTATAATTATAAAAAATTAATTAAGTTTCAAATTTATTGAAAATTTAAATATTTTTAATTGAATTTTTTATAACATATTATTCATCTATAATTATAAAAAAATTAATTAAGTTTCAAATTTATTGAAAATTTAAATATTTTTAATTGAACTTTTATTAAATTTTGTATATATTGAATATTTAAAATATGTACATCTTTTTATGTTTATTTTTTTTCATATTTTGAAAATTTTTTAAATACCTTATTTAATAAATGCGAAACTTTCCAGTGATTAATATAAAAAATTGCAAAACAAAATAAAATATTAGTAAAATTTTTTTAACTAAATTAATTTTATTTGAAAAATTTACTAATGATTAAAGTACCAATTAGTAAAAACCTATTTAATTATATTAATTATTAACATAATTCAGAGAAAATAAATAAAATTGAAGTTGTTGTATTAAATAATTGTTTTATTATATTAAAAAGGATATATGAACATTTTCTACATGAAAGGAATTATAATAAATGTAAAAGACGAAAAAAGAAATAATGATATAAATTTTTGATTGATTATGAAAGTATGATAGTATGATGTTATTCTTCCTTAAAAGGCCTAACAATAGGAAGGAGAAA


Gene Sequence:
>Vu_28716(-)
ATAACAAGACAGAATGAAAAGCTGAAAAGAAGAAAACAAGATCCACCTCGAACCTCTCTCCAATTTCATCAGAAAAATTCAAAATTGATTAGGAAGAAGAAGAACAAGAAAAAAACAAAGAATGAGAGAAGAAGAATCAAATTGGTTCGAAGAGTTACCTTCACCGGAGGAACTCATGCCCTTATCCCAAACCCTAATAAGCCCTCATCTTGCCGTAGCTTTTGACATAACAAACTCTTCCCACCACCAATTTCCACTTCAGCCACCTTCCGCCGCCGAGGACGAACCGGCGCGAACACTCAAGCGGCCCAGACTCGTGTGGACCCCACAGCTCCACAAGCGCTTCGTCGATGCCGTCGCCCACTTGGGGATCAAGAACGCCGTTCCCAAGACCATAATGCAGCTCATGAGCGTCGACGGTTTGACCCGGGAAAACGTCGCCAGCCACCTCCAGAAATACCGCCTCTACTTGAAGCGCATGCAGGGTTTGGCCGGAGGTTCCGCCGCCGACTCCGCCACGGACCACCTATTCGCCAGCTCGCCTGTGCCGCCGCACTTCCTGCACCCCGCTACCCGCCCGGCCTCTGACCATTACCTGCCCTTTGTGCCGGGGTTGCAGCAGCACCGCAATCACCACCACCACCAGCACATGGCGGTGCCTGCTCATTTTGGCTCGCCACGGAATGCGCACTTTGAACTCCCCGTTCTGTCGAGGATGGGAGCTTCGGTGCCGGGTTACGTGGAGGATGTGGAGTCGGGAGGGAGGAAGGTTCTTACTTTGTTTCCAGCTGGAGATGATTGAATGTGATCGATGGGTGATGTCAAGGTTTTAAATTATGGGTGGGGTTGTGATTTATTAGCGTTTTTTTATGTTGTAAAAAGTTGCAGACAAATGTGGTTGATGCAGTTACAATAGTGGTTAACTTCAAAAAGTTGTGACTGAGATTGCTGTTGCTTACTGTTTTTGATGATAACGATGGTTTTTTCATTGTTTTTCATAGGTATTATCTTTGTTTGTACTGTGTTCCGCCCCGTGAAAATAATGTTTGATGGTGTATTTTAGGTTTGGTTAGGGTCAAGGATTTTAAGAACTGTCTGTGACCACAATTTCAGGCTCAATCTGAAAGCTTTCGAACTCTTTGCAACCGCAATTGAGGCTGCTTCTGTCTGCAATGATTACGATCTTGACGAGAAGGCATTTTGAAACCTCGGCTAGTGTCTAAGTAGGTAACTCTGTTTTTTAAGAGATGTATCAATTGGTCAGGCTTAGGTTGCATAAACGAGTGTGTTGTAATCATGGGAATTTTGAATTCATTGTACATCCAGCTGTGACGACCTTCCTATAGACAATGGCTAGCTATTTGTAATTAGTTACTTTGTTGGAGAAATCATGTTTTGTTATTCATTTTTTGTGTGGATCAGTAGTTTTGTATATGTTGCTTTGTCCAGCAGATCGGCTGCACTCAAAGCTATCTAGATTCTACGGTGTTACCAATTGTGAAGTTTATATCAGCATTGGCAGGAACAAGTTTTCTATTTAGGAGGCTGAAGATAGTAATAAGTGAAGTGTGCTTTGTGCTGGTTAGAGATATCGAAGGAAGCTAATCAAATTGGCCCATTGTTAGATACAGAATGTGCTTTCTTCCCTGTTTCTTGTTAGAATTGTATATTGTTTGGCTCTGTAGAAGAATTAAATGTGTAATGGAAAGCTGATTAAAAGCCAGTTTATATTTC