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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_28592 LG8 11209323 11211809 PREDICTED: probable L-type lectin-domain containing receptor kinase S.5
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 11209448 synonymous_variant p.Glu42Glu
T/A 11209659 missense_variant p.Ser113Thr
T/C 11209703 synonymous_variant p.Phe127Phe
A/T 11209941 missense_variant p.Asp176Val
T/A 11210205 missense_variant p.Leu264Gln
G/A 11210219 missense_variant p.Gly269Ser
T/A 11210592 downstream_gene_variant
G/A 11210634 downstream_gene_variant
G/A 11210640 downstream_gene_variant
A/C 11210945 intron_variant
A/T 11211293 intron_variant
G/A 11211508 stop_gained p.Trp435*
T/C 11211515 stop_lost p.Ter438Argext*?
G/C 11211537 missense_variant p.Arg445Thr
A/G 11211538 synonymous_variant p.Arg445Arg
G/T 11211554 stop_gained p.Gly451*
T/C 11211593 missense_variant p.Phe464Leu

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_28592.1
MHNTTTMLIMLLVFINLLIQTQLGASTVVDHNTFSFVTFTSESCTNGELLCMGSATAGNGYLSLTPEPQQSSNSSSTLSNTTRNVGRVLYPHPVNVWPAIISTTFTLRITPFSENSTSYGDGVALVFANDNRPSPNGSYLGIFDQSSPGGGFQQLAVEMNTVMNEFDQDGSHIGIVTTSITNPLASESLNSTGIDLRSGRDIEVKVDYDGWSKMIFVSVGYPESQLKNVLNHSIDLPDILPSSIYVGFTASTGNTFPESHQVLNWVFTSVPLPFLSVQHSRVGTIKTLLVIALVCLFPFISIVVWRRYVRGKKKGDIESLSKKAADIPKVFTYKQLSRATCNFSQENLLGKGAFGSVYKGIISYSGKTVAVKKISATSKQGYLAPELSFTGRATPESDVYSFGMVVLEVICGKRLNWIKQGNSFVDSVWNLHAENGLVECVDKKLENKFDEEEAKRALIVGLACLHPDSMLRPRMRKVVNIFQNPNEPLMQLPKVRPAGVYVSVSCSSSSSNTTSKTEMQLQSSTTSSHEKFNSI*


CDS Sequence:
>Vu_28592.1
ATGCACAACACAACAACCATGTTGATCATGCTTTTGGTGTTCATCAACTTGCTGATACAAACTCAACTTGGAGCAAGCACTGTGGTTGACCACAACACTTTCTCCTTTGTAACTTTCACTTCTGAGAGTTGCACCAATGGTGAGCTGCTTTGCATGGGTTCAGCCACTGCTGGCAATGGGTATTTGAGTCTCACCCCAGAGCCACAACAAAGCAGCAACTCAAGTTCAACACTGTCTAACACAACCAGAAATGTTGGACGGGTTTTGTACCCTCACCCTGTGAATGTTTGGCCTGCAATTATCTCCACCACTTTCACTCTTAGGATCACTCCTTTTTCAGAAAATTCAACCAGCTATGGGGATGGAGTGGCACTGGTGTTTGCTAACGATAATAGGCCCTCACCAAATGGCTCATATCTTGGCATCTTTGATCAGTCTTCACCAGGTGGGGGTTTTCAACAGCTAGCTGTAGAGATGAACACTGTCATGAATGAATTTGATCAAGATGGAAGCCACATTGGGATAGTGACAACAAGCATCACAAATCCACTTGCTTCTGAGAGTCTCAATAGCACTGGCATTGACCTCAGAAGTGGAAGAGACATTGAGGTCAAAGTAGACTATGATGGATGGAGTAAAATGATTTTTGTCTCTGTGGGATACCCAGAAAGCCAATTGAAGAATGTCCTCAACCATTCAATTGACCTACCTGATATACTTCCAAGCTCCATTTATGTTGGTTTCACAGCCTCCACAGGCAACACTTTTCCTGAAAGCCACCAGGTCCTCAACTGGGTATTCACATCGGTGCCACTTCCTTTTCTTTCTGTTCAACACAGTAGAGTTGGCACCATCAAGACCTTGTTGGTAATTGCCCTGGTGTGCTTATTTCCTTTTATTTCGATAGTTGTTTGGAGAAGATATGTGAGGGGTAAAAAGAAGGGTGATATAGAAAGCCTATCAAAGAAGGCTGCAGATATCCCCAAGGTGTTCACCTACAAGCAATTATCAAGAGCCACATGCAACTTCAGCCAGGAAAATCTTCTGGGTAAAGGTGCATTTGGCAGTGTTTATAAAGGAATCATATCATACTCTGGAAAAACTGTTGCAGTAAAGAAGATTTCAGCAACTTCTAAACAAGGATATTTGGCTCCTGAACTAAGCTTCACAGGGAGAGCTACACCAGAATCAGACGTGTATAGCTTTGGCATGGTAGTTCTTGAAGTGATATGTGGGAAAAGGTTAAACTGGATCAAGCAAGGGAACAGTTTTGTGGATTCTGTGTGGAATTTGCACGCAGAAAATGGTTTGGTTGAGTGTGTTGACAAAAAACTAGAGAACAAATTTGATGAGGAAGAAGCTAAAAGGGCACTGATAGTTGGTTTGGCATGTTTGCATCCTGATTCCATGTTGAGGCCAAGGATGAGAAAAGTGGTGAACATTTTTCAGAACCCAAATGAACCTTTGATGCAGTTACCAAAAGTGAGGCCAGCAGGAGTTTATGTATCAGTTTCTTGCAGTTCATCATCCTCAAACACTACCTCTAAAACTGAGATGCAGCTCCAATCATCCACAACATCATCACATGAAAAATTCAACAGTATATGA


Promoter Sequence:
>Vu_28592::LG8:11207323-11209323(+)
GGTGGTGTATATAAAGTAAATAGTAGACTCATTGACCAGATTATCCAAATTTATGTCGAATTCTAAAACCATCAAGTCTTTTAATGTTAGAAGAGTTTATTGTTGGAATCATATAACATTCCACACATGTTTGGAAACTATTTGAAAAATAGACATTTTCATAAAGATTCTAACTGAAACTGAAAAAAAGAGAGGAGAAGATATAGTCATAAAGAACGAACACATTTTATTCTAACCTCTTTGTTGTGTAAAAGCTAACACGTCATTGTCTCAAATCAAAAACATCTAAATATACTTTAAATAGAAAGTCTTATTTATTCTTTTTCACATTAAAAAATCTTTTGAAAACTCGCCTTCGGTAACATGGTTGTTGAAAAACATAAAATTTTTTAATTATAAAAATGGTAAAAGTAATAGATATCAATTCATTGTATAATTTTGTTCAAATCTCAATCTAGCATTTCTATATTTGAAATAGCACATTCATTTTAAACAAAACCATAAAATATTTCACACCTAAGAAAAAAATAATATTTTGAAATATATGTACTATAGAAATAAATAAATGAGAATGAATATTAGTGCTAATGAGAAATATACTTTAAAATTGTGTACTCATGATCCGAGACAGATCTAGAAATTTGCTTAACAAAGATAAAAAAAAATTATAGTATTTTTTTATCTAAGGAATAATCTAAAAAATCTAATTATTTTCATATTTTAAAAATATTATATGACTTCTTTATTCTCAATACTATAATTATTTTCCCTATATGAACCAAACAACGATTAAACCATTTACCTCCAAATAATTGCACATAGATGATGTATTTTTATGTCATATTAATAGTATTTAAAAAACAATTAAAATTAGAAGAAAATATAATAAAATCAGTATCAATTCATTTTTTACATTTATTTATTGTATTAAAGATTGTTAATTGTTCTTAGATGATAAAAAATCCACATTTGCGGGTATCTTTGATAAAATTTGCTGAGAGATAATTAATATATGTGGATATTTACTATTGTGGATTGCGGGTGACGGGTATTTTTAATACCTGTTTATAAACGTATCCGATGTGGGATTATACTATCCGTATTTGTGGATATCTACTGTCCAAAAAATAAAAATAAAAATTTAATTTATATTTTATTAAATTAAATTAAAATTAAAATTAATTTATATTTTATAAGATAAAATTTAATTAAAATTAAATTTTAATTTATACTATATTTTATATACTTTTTATAATTTTATTTTAATAATTTATTAAAATATATTTTTTAAATACGTATATGTGAATATATACGGATATTCGCCAAGTTTTAAAATATGTATGAATATTTTTTTAAATAGTATTAATGCAAATAGTGAATCAGATAGTTGAGGTTTTTTTTTTTTCTTTTTCAGGTCGGATAAGGATAGATAGTATCCGTGTTATCCTCCCTAATTGCTTCACCCATATTCTAGACCAATATTATTAATTTTTAAAATTAAAATGTAAATAAGGGTTGACCGGTGAGAAAGATATACAGGGGAATGTAAAATATTAATGTATGACTACTATTATTTCTTTTGCCCCACACGTTTTCATCCTTCATCTGGGTTGAAAAAAATTAAGGGTCAAATTTTAGAAAATGAAAGAACCAAAACATGTGTAAATTCCTAGGTAGTATCAAAGTTCCTTTTGTCCTTTCTCATATTTGCATGTACCATTGTACCTTATGAGACCCCACTTACCAACTTCCAAATAAATCAACAAGAAGCATATTTTTGGTCCAAAGTCAACTTATCTGTAAAGTAAAACTCATGAGTGCTACTCTGGCTTTGCTCACTTCTCTCAACAATAACAACACAACATTCAAAACACAAGAAAAACTTCACCACCACATTCTACATATACATTCACAGGTACACCAAACATGGAGCAAGTGAAAAAGGAAAAAGGAAAAAGGAAAAAGGAAAAAACCCTTCTAAGTTATTTCAAGGTTGAGCA


Gene Sequence:
>Vu_28592(+)
ATGCACAACACAACAACCATGTTGATCATGCTTTTGGTGTTCATCAACTTGCTGATACAAACTCAACTTGGAGCAAGCACTGTGGTTGACCACAACACTTTCTCCTTTGTAACTTTCACTTCTGAGAGTTGCACCAATGGTGAGCTGCTTTGCATGGGTTCAGCCACTGCTGGCAATGGGTATTTGAGTCTCACCCCAGAGCCACAACAAAGCAGCAACTCAAGTTCAACACTGTCTAACACAACCAGAAATGTTGGACGGGTTTTGTACCCTCACCCTGTGAATGTTTGGCCTGCAATTATCTCCACCACTTTCACTCTTAGGATCACTCCTTTTTCAGAAAATTCAACCAGCTATGGGGATGGAGTGGCACTGGTGTTTGCTAACGATAATAGGCCCTCACCAAATGGCTCATATCTTGGCATCTTTGATCAGTCTTCACCAGGTAAAAACACTTTTATGTTAGTACATGATATACATGAAAATAGATAAGTTATAAGACTTTGATTCATTAATTTTGATGAATGTTGTGCAGGTGGGGGTTTTCAACAGCTAGCTGTAGAGATGAACACTGTCATGAATGAATTTGATCAAGATGGAAGCCACATTGGGATAGTGACAACAAGCATCACAAATCCACTTGCTTCTGAGAGTCTCAATAGCACTGGCATTGACCTCAGAAGTGGAAGAGACATTGAGGTCAAAGTAGACTATGATGGATGGAGTAAAATGATTTTTGTCTCTGTGGGATACCCAGAAAGCCAATTGAAGAATGTCCTCAACCATTCAATTGACCTACCTGATATACTTCCAAGCTCCATTTATGTTGGTTTCACAGCCTCCACAGGCAACACTTTTCCTGAAAGCCACCAGGTCCTCAACTGGGTATTCACATCGGTGCCACTTCCTTTTCTTTCTGTTCAACACAGTAGAGTTGGCACCATCAAGACCTTGTTGGTAATTGCCCTGGTGTGCTTATTTCCTTTTATTTCGATAGTTGTTTGGAGAAGATATGTGAGGGGTAAAAAGAAGGGTGATATAGAAAGCCTATCAAAGAAGGCTGCAGATATCCCCAAGGTGTTCACCTACAAGCAATTATCAAGAGCCACATGCAACTTCAGCCAGGAAAATCTTCTGGGTAAAGGTGCATTTGGCAGTGTTTATAAAGGAATCATATCATACTCTGGAAAAACTGTTGCAGTAAAGAAGATTTCAGCAACTTCTAAACAAGGTATGTTTTGGCAAATAACACACACCTTAACAAAGTACTCTAACAACTGCAAGGGATAATGTTACCATTTAAAAGACTGAGAAACTGGTCTGGTAATGTTCATTATTTAAAGTTAGAATGCAAGTGAAGTGTGTAAAAGTCCAATTGATAATGGATAACTTGATCTGCATACAAAATAAGAAGGATTTGGAAATCTAATGTATCTTAAATTTACCTGGGTTTGAATGATCTATGACTTGTATTCCATTCAATAGGAGCAAAAAACTATATGCATGGATATGTACTCCATATCTTTGAACCTATAATTAAAGAAATTGCTTCTTATTTGTTTACACCTTCCATAATTTCCCTTTGATTTTGATTGTTCTTCTATTCTTAACCATTTTTTGCCACTTGTTTCTTTGGGTGTGTACACAGGTGAAAGAGAGTTCTTAGCTGAAATATGTACCATAGGGCGTCTTAGCCACAAAAACTTAGTGAAGCTCCAAGGCTGGTGCATTGAAGGCAAGAATCTTCTCTTGGTTTATGAATACATGCAAAATGGAAGCCTTGATCACTTCATAGCCAAAGGCAGTCTGAACTGGCAACTGAGGCACAGAGTATTGACAGGATTGGCATCAGCATTACTCTACCTTCATGAAGAGAGTGGAAACCCTTTTGTTCACAGAGATGTTAAGCCAAACAATGTCATGTTGGACTCAAATCACGATGCTCATTTAGGAGATTTTGGGCTAGCAAGACTACTCAAAGGTGAAGGCTCAGTGACCACAAATCTAAATGGAACTCTAGGATATTTGGCTCCTGAACTAAGCTTCACAGGGAGAGCTACACCAGAATCAGACGTGTATAGCTTTGGCATGGTAGTTCTTGAAGTGATATGTGGGAAAAGGTTAAACTGGATCAAGCAAGGGAACAGTTTTGTGGATTCTGTGTGGAATTTGCACGCAGAAAATGGTTTGGTTGAGTGTGTTGACAAAAAACTAGAGAACAAATTTGATGAGGAAGAAGCTAAAAGGGCACTGATAGTTGGTTTGGCATGTTTGCATCCTGATTCCATGTTGAGGCCAAGGATGAGAAAAGTGGTGAACATTTTTCAGAACCCAAATGAACCTTTGATGCAGTTACCAAAAGTGAGGCCAGCAGGAGTTTATGTATCAGTTTCTTGCAGTTCATCATCCTCAAACACTACCTCTAAAACTGAGATGCAGCTCCAATCATCCACAACATCATCACATGAAAAATTCAACAGTATATGA

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