Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_27733	LG7	37561872	37566693	PREDICTED: auxin response factor 2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/A	37563451	downstream_gene_variant
A/T	37563491	missense_variant	p.Gln218His
C/T	37563492	missense_variant	p.Pro219Ser
G/A	37564879	missense_variant	p.Gly510Glu
A/T	37564974	stop_gained	p.Lys542*
C/A	37565184	missense_variant	p.Gln612Lys
C/A	37565433	synonymous_variant	p.Arg695Arg
G/T	37565737	3_prime_UTR_variant
G/T	37565811	3_prime_UTR_variant
A/T	37565980	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_27733.2

MASSEVSIKGNSVNGKAENSSGGFNGCNDVRNAGGELQNASSSSSARDAETALYRELWHACAGPLVTVPREGERVFYFPQGHIEQVEASTNQVAEQHMPVYDLPPKILCRVINVMLKAEPDTDEVFAQVTLLPEPNQDENAVEKEGPPAPPPRFHVHSFCKTLTASDTSTHGGFSVLRRHADECLPPLDMSKQPPTQELVAKDLHGNEWRFRHIFRGQPRRHLLQSGWSVFVSSKRLVAGDAFIFLRGENGELRVGVRRAMRQQGNVPSSVISSHSMHLGVLATAWHAILTGTMFTVYYKPRTSPAEFIVPYDQYMESLKNNYTIGMRFKMRFEGEEAPEQRFTGTIVGIEDADQKRWPNSKWRSLKVRWDETSNVPRPERVSQWKIEPALAPPALNPLPMPRPKRPRSNVVPSSPDSSVLTREASSKVSVDPLPASGFQRVLQGQELSTLRVNFAESNESDTAEKSAWSSAADDEKIDVVSTSRRYGSESWMSMGRHEPTYPDLLSGFGVHGDQASHPSLVDQNGPVANLSRKHFFDREGKHNVLSPWPVVPSSLSLNLLDSNTKVSAQGGDQVRGNLRFSSAFGDYTVLHGHKVDHSHGNFLMPPPLSTQYESPRSRELLPKPISGKPSEVSKPKDSDCKLFGISLLSSPIALDPSVSQRMLQSSQLVTCIPHINSAHMKMTQSLRIQGDRNRLMVC*

>Vu_27733.1

CDS Sequence:
>Vu_27733.2

ATGGCGTCGTCGGAGGTATCGATCAAGGGAAATTCGGTGAACGGTAAAGCAGAGAACAGTTCCGGTGGCTTCAACGGCTGCAACGATGTTAGGAACGCTGGAGGAGAGCTTCAGAATGCTTCTTCCTCATCATCCGCCAGAGACGCGGAAACAGCGCTTTACAGGGAGCTATGGCACGCGTGCGCGGGTCCGCTGGTGACGGTGCCTAGAGAAGGAGAGCGCGTGTTCTACTTTCCTCAAGGACATATTGAGCAGGTGGAAGCGTCGACAAATCAGGTAGCGGAACAGCATATGCCGGTTTACGATCTACCACCGAAGATCCTTTGTCGGGTCATCAACGTCATGCTCAAGGCGGAGCCAGACACAGACGAGGTGTTTGCCCAAGTAACCTTACTTCCTGAGCCAAATCAAGACGAGAATGCGGTGGAGAAGGAGGGTCCTCCGGCACCGCCTCCCCGGTTTCACGTCCATTCGTTTTGTAAGACACTTACGGCTTCTGATACGAGTACGCACGGTGGATTTTCGGTGTTGAGACGACATGCTGATGAATGCCTTCCCCCGCTGGACATGTCAAAGCAGCCACCTACCCAGGAGTTGGTGGCCAAGGATCTGCACGGGAACGAGTGGCGATTCAGGCATATTTTTCGGGGTCAACCGCGTAGACACTTGCTGCAAAGTGGTTGGAGTGTTTTTGTCAGCTCCAAGAGGCTGGTTGCTGGGGATGCGTTTATATTTTTAAGGGGTGAGAATGGGGAACTTCGAGTTGGTGTTAGGCGTGCAATGAGGCAGCAGGGTAACGTTCCCTCCTCGGTTATCTCGAGCCACAGTATGCATCTTGGTGTTCTTGCAACTGCTTGGCATGCCATATTGACTGGAACCATGTTTACCGTGTATTACAAACCTAGGACTAGTCCAGCCGAATTTATAGTTCCGTATGATCAATACATGGAATCACTAAAAAACAATTACACCATCGGGATGCGCTTCAAAATGAGGTTTGAAGGTGAAGAGGCTCCCGAGCAAAGGTTTACCGGTACCATTGTGGGAATAGAAGATGCTGATCAAAAAAGGTGGCCTAACTCCAAATGGAGAAGCCTTAAGGTGAGGTGGGATGAAACTTCTAACGTACCTCGTCCTGAGAGAGTTTCCCAATGGAAAATAGAGCCCGCTCTCGCTCCTCCTGCTCTTAACCCTTTACCAATGCCCAGGCCTAAAAGGCCTCGATCTAATGTGGTTCCATCATCCCCTGATTCCTCTGTTCTTACCCGTGAAGCATCATCTAAAGTGAGTGTGGACCCTTTGCCAGCAAGTGGATTCCAAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAATTATCGACCTTGAGAGTAAATTTTGCCGAAAGCAATGAATCTGATACGGCAGAGAAGTCTGCATGGTCATCTGCTGCAGACGATGAAAAGATTGATGTTGTTTCCACCTCTAGAAGGTATGGATCAGAGAGCTGGATGTCAATGGGAAGGCACGAACCAACTTATCCAGATCTGCTTTCTGGCTTTGGGGTTCATGGAGATCAGGCTTCCCATCCATCGTTGGTTGATCAAAATGGTCCTGTAGCTAACCTTAGTAGAAAACATTTTTTCGACCGCGAAGGCAAACATAATGTTCTTAGTCCTTGGCCTGTAGTGCCATCTAGTCTATCACTCAATCTATTGGACTCTAATACAAAAGTCTCTGCTCAAGGTGGTGATCAAGTTCGAGGGAATTTGAGATTTAGCAGTGCATTTGGTGACTATACTGTGCTTCATGGACACAAAGTTGATCATTCGCACGGAAACTTTTTGATGCCACCACCACTGTCAACTCAATATGAGAGCCCTCGTTCTAGAGAACTGTTACCCAAACCAATATCAGGGAAACCTTCTGAGGTATCAAAACCGAAGGACAGTGACTGTAAGCTATTTGGCATCTCACTTCTTAGTAGCCCCATTGCTCTGGACCCTTCTGTATCACAAAGAATGTTGCAATCGAGCCAGTTGGTCACATGCATACCACACATCAACAGCGCACATATGAAAATGACCCAAAGTCTGAGAATTCAAGGGGATCGAAACCGGCTGATGGTGTGCTGA

>Vu_27733.1

Promoter Sequence:
>Vu_27733::LG7:37559872-37561872(+)

TTTGCATATTTATTTTGTGTGTGTTGAAAGGTACATGTTTTACTGGCTTATTTTCTTTTTCATGCATGATTTGAATAGAACATAACTAGACAATGATAAGAAATTTGCTAACAAAAGGACACTTGTAGGTGGTCAAACTCACTTAATATAAAATTACATATTGACCAAATTATATATTAATATTTTGGAATCGTGTACTTAGAAGAAACAAATAGATTTGAATTGTATTACAATGGAGAATTAACAAAATAAAAAACAAGTTGTTTTTATAGGAGAGACAACGCAAAGATGTTCCTGCAAAGAAACTATTAAACCATGATAACAGTGCAAATATTTTCAACTCTGTCATACTGGCTAAACTCCACATACCCACCCTAATTTAAGAAGAGTTAAGAAAGATTAAAAGGATTGGAAAGAAAGATGAATTTGGTAGGGTGTGAAGTGTTTGGCATGTAATGTAATATTGCAATAATCACTTGTCCCCCTAATATATACATGTCTCTCACGGTATTTATGTGTATTTAATACGTGTGTAATTGAAACAAGACGTGTCGTGTTGTAATTAGTTTAAGCGAGAAATTCTATTCTATACATGTATGAATCGTGGCTGGCATGAGTTCAGGAATTCTTTTTTCAACTCAGCGATAACAAGAACATCAACATGTCTTTTTGTACACTTGTAATCTTCCATTCATTTCCTGCTTCCAACATCAGAAAAATGAACAAGGCTGTGTGGTTTATTACGATCTCCTCGGATGTATTTACATGTGTCGCTCACAAAGTCTGGTTCTGTTCGTGTGTGGTCCGGGGCTGTGGCGAAGGGAAGAAATTAATATTTGAAGATCGCGCACGTATCTATTTGTTGTGAAATAATTTGAGAAATAAAATAATAATAGTAAAGTATATTAAATATATCTGTGTGAGATGGTTAAAAATGGAAAATAGTTGCGTATTAAAAAAGGAAATACAATAGTTGAACTGTGTGCTGGTGACGAGTATACAGAATTGTATGTGTGGATATTCTTCGTAGACTTTGTTGAACTTGAACAAGTTTTATTGGGCTTTTGACTAGAGAGTTTCTGGACTAAATGAAATGAGGTAAAATTAGTAAAAGGAAGAAATTTTAGAAAAGCAAGAGAGAATTTAAAAGGGATATTCTATTAATGGGAGTTTCCTAGTTTGAATGAGAAAATGAAATGAATAAATATTATATTATAATAAAAAAGAATATAGGAGATGAGTAAAATGAAGGTGGGAGATTTGGATATGGTGAGATGAAAGAAGGAAGTTGAGTGGTTAACGCAAAATGGATAAAAAGAAAAATGGTAGATGGAAAGAGGGTTTGGATTGCGATATGAAAATGCATAAATGCAATGGCCATTAAGATGGATGGGATAAGAGAAAGATGAGAAAGACCCAAATGGGGGCGACAACTGCTGTTCAGTCTTCACAGTTGTGTGGTGCCCTACCGTCCTGCCGCATCAAACTTCTTATCACAATTCTAAAAATAAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAACAGCTAATACCACTGCCAATTTATTAAATGGCTAAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAACAGAAAAGGGAAACTATGGTTAAGTTGCGCGGGTGGTGTTAAATGCACCCTCGTTGCAAATGCATATCGCTGCCCGTTCACAGCAAGACAACGCCATTTCCCAATAAAAACAGTGCAACTTTCCCGCCACCGTCAAGACAAACGGCGTTATATGCCTCGTCCAATAACTCATCCGCGTCTGTTAACGCCGTTAGAACAGACGTCTTTCACTGTCCAGGAGCCGTCAAGGAGATCGCGCTGCCTTGCCAGGGAAAACAATCCCACCTGGTGTAGCCGGTTCCCAACGGGGCTCAACCGGTAAAAGCCGGTTGCTTATAGTGGTTAAGAATTGACCGCGGTTTAAATGATTGCACGCTGTTTTGACCACTCTGGTTAAGTCTCCCCTTCCGACACTGGTTCTGGTG

Gene Sequence:

>Vu_27733(+)

GCTGCAATGCGAGCCATTTATCAACTCGGAGACAACAAATAAAATATAAAATAAAATATAAAAAGAGAGACAGAAGGAGATAGAGAGAGAAACAAAGAAAGAGAGAGAGATTGGTTGAAAGGGTGCTCCGAAGGTAGAGAGAGATACACAGAGAGAGAAAAAAAGTTTCTGTGAATTCGTGTTTCTTCTTCGTGTGCGTTAATTTGCTCGCACGGTTTGAGGATTTTTTGCTTAGATTCTGCAACAGTGAAGAGAAGCGGAGGCTCCGATCTTGCCATGTGGTGTGCGAGAGATCTGTGAGGAGCTTCAACGGAAAAAAAATGGCGTCGTCGGAGGTATCGATCAAGGGAAATTCGGTGAACGGTAAAGCAGAGAACAGTTCCGGTGGCTTCAACGGCTGCAACGATGTTAGGAACGCTGGAGGAGAGCTTCAGAATGCTTCTTCCTCATCATCCGCCAGAGGTAACGTGGTTTTTTCCGCGAAACCATTACTTCGTGCCTTGTGTCGTGTTTGGCTTGACGATGACATGTTTTTGGTTTCAGACGCGGAAACAGCGCTTTACAGGGAGCTATGGCACGCGTGCGCGGGTCCGCTGGTGACGGTGCCTAGAGAAGGAGAGCGCGTGTTCTACTTTCCTCAAGGACATATTGAGCAGGTGAGTGTTCTTCCACCGGTTCGGTGAGAGGTAGTTCAGATGCGGCGCTACTCGGCGGAGTTCCGCTTCTGGCGCTGTCTCTCGCAAGCGGACTTGGTTTCTACAGTGAAATTTGGTGTACTTGTGTTTTCTATATTTGGTTTTGAACACGAGTGTTTGTTTTTATGGCGCACACGCACATTAGGTGGAAGCGTCGACAAATCAGGTAGCGGAACAGCATATGCCGGTTTACGATCTACCACCGAAGATCCTTTGTCGGGTCATCAACGTCATGCTCAAGGTAGCAATGGTTAATTTTTCGGCTTTAGAACTGAGTTGGTGGATGAAGTTATAAATAACATGGTACTTATTTCTTTTTTGGCGAAATTTTTCAGGCGGAGCCAGACACAGACGAGGTGTTTGCCCAAGTAACCTTACTTCCTGAGCCAAATGTAAGTTAATTAATTTATTTTTAGTTTCTGGGTATGGAGTAATTCCGCAACGCCGTCGTCCTTATGTTTCTTTGTGGATCTGGATGATAGCAAGACGAGAATGCGGTGGAGAAGGAGGGTCCTCCGGCACCGCCTCCCCGGTTTCACGTCCATTCGTTTTGTAAGACACTTACGGCTTCTGATACGAGTACGCACGGTGGATTTTCGGTGTTGAGACGACATGCTGATGAATGCCTTCCCCCGCTGGTTGGTTTGCTATTTTTTTACCATTTTACCCTTCCACGTGCTTTGTTTGTTTTGTGTGCTGAAGTTGGGGGTGTCTTCCCCTGTTTCGTGTTTGTTGGCAGGACATGTCAAAGCAGCCACCTACCCAGGAGTTGGTGGCCAAGGATCTGCACGGGAACGAGTGGCGATTCAGGCATATTTTTCGGGGTGATTATTAATTATTAACTACAGATCTTGTTTTTTAACTTCGTGTTCTTACGTTTTTTTTGTTTTTCCTATTATAATGAGTGGATTTAATTTCAGGTCAACCGCGTAGACACTTGCTGCAAAGTGGTTGGAGTGTTTTTGTCAGCTCCAAGAGGCTGGTTGCTGGGGATGCGTTTATATTTTTAAGGTTTGTTAATTATGAATAGGGTTTTAGATTCAGTTGGTTTAGTTTGCTTTCTCGGCAGACGGACTAATTTGGGAACTTTCAGGGGTGAGAATGGGGAACTTCGAGTTGGTGTTAGGCGTGCAATGAGGCAGCAGGGTAACGTTCCCTCCTCGGTTATCTCGAGCCACAGTATGCATCTTGGTGTTCTTGCAACTGCTTGGCATGCCATATTGACTGGAACCATGTTTACCGTGTATTACAAACCTAGGTTTGTACCTTGTTGTTCCTTGGACAACCGCATGGACATGAATGAATTTGAGTATTTTCTTTTCGTTGTTTCCGTACGCAGCATTTACAGTAATGTCCAATTTATTTACAGGACTAGTCCAGCCGAATTTATAGTTCCGTATGATCAATACATGGAATCACTAAAAAACAATTACACCATCGGGATGCGCTTCAAAATGAGGTTTGAAGGTGAAGAGGCTCCCGAGCAAAGGTATGAATGTGTAGCTTTTTTGTTTTCCTGATTAAGATGTAATTGTCTATGTAACTTATCAGTGCTGTATTATTATTGAACATATAATTGTAACGAAAGAAATTACTAGACTTGAAATGACTACTTTGTAGGTTTACCGGTACCATTGTGGGAATAGAAGATGCTGATCAAAAAAGGTGGCCTAACTCCAAATGGAGAAGCCTTAAGGTTGCATTCCGGCTGTCAATTTTCACTATGTTATCTCTCTGTTGAATTTGACATGTTATAATGGAGTTTCCTTTATGTGATGTTTTTCCAGGTGAGGTGGGATGAAACTTCTAACGTACCTCGTCCTGAGAGAGTTTCCCAATGGAAAATAGAGCCCGCTCTCGCTCCTCCTGCTCTTAACCCTTTACCAATGCCCAGGCCTAAAAGGCCTCGATCTAATGTGGTTCCATCATCCCCTGATTCCTCTGTTCTTACCCGTGAAGGTACAGACAAGTTACTTTTGATATTTGATATATACAAGATTTTAATCTTTGCTATACATTTGAGTTTGCAAAACCTGATATTTGTTGGTGATTAACAGCATCATCTAAAGTGAGTGTGGACCCTTTGCCAGCAAGTGGATTCCAAAGGGTCTTGCAAGGTCAAGAATTATCGACCTTGAGAGTAAATTTTGCCGAAAGCAATGAATCTGATACGGCAGAGAAGTCTGCATGGTCATCTGCTGCAGACGATGAAAAGATTGATGTTGTTTCCACCTCTAGAAGGTATGGATCAGAGAGCTGGATGTCAATGGGAAGGCACGAACCAACTTATCCAGATCTGCTTTCTGGCTTTGGGGTTCATGGAGATCAGGCTTCCCATCCATCGTTGGTTGATCAAAATGGTCCTGTAGCTAACCTTAGTAGAAAACATTTTTTCGACCGCGAAGGCAAACATAATGTTCTTAGTCCTTGGCCTGTAGTGCCATCTAGTCTATCACTCAATCTATTGGACTCTAATACAAAAGTCTCTGCTCAAGGTGGTGATCAAGTTCGAGGGAATTTGAGATTTAGCAGTGCATTTGGTGACTATACTGTGCTTCATGGACACAAAGTTGATCATTCGCACGGAAACTTTTTGATGCCACCACCACTGTCAACTCAATATGAGAGCCCTCGTTCTAGAGAACTGTTACCCAAACCAATATCAGGGAAACCTTCTGAGGTATCAAAACCGAAGGACAGTGACTGTAAGCTATTTGGCATCTCACTTCTTAGTAGCCCCATTGCTCTGGACCCTTCTGTATCACAAAGAATGTTGCAATCGAGCCAGTTGGTCACATGCATACCACACATCAACAGCGCACATATGAAAATGACCCAAAGTCTGAGAATTCAAGGGGATCGAAACCGGCTGATGGTGTGCTGATTGACGACCATGAAAAGCCTACGCAAACTTCTCAGCCACATCTGAAAGATGTTCAACCCAAATCTAATGGTGGTTCTGCTAGAAGTTGCACTAAAGTACGTCCCCCTTTCTAATCTGATTTTAACTTGTAAGCATCAACAAATTTTTCAGGAAAAGTTTAATGCTTTTTTTTTTTTTTTATTTTAGGTTCACAAGAAAGGGATTGCACTTGGTAGGTCGGTGGACCTCACAAAATTCAGTGCATATGATGAATTAATTGCTGAATTGGATGAGCTATTTGAATTCGGAGGTGAATTAACATCTCCCCAAAAAGATTGGCTTATTGTCTACACTGATAATGAGGGCGATATGATGCTTGTTGGTGATGATCCTTGGCAGTAAGAATCTCTGATTGCACTCCTTAGGTTTATTCTATACTGGTGTATTTTTTTTTCTTGAAAATGACGCGTGATGTTGCATAATTCTATTTAATTCAGGGAATTTGTTGCTATGGTACGAAAAATTTATATCTATCCCAAAGAGGAGATTCAGAAAATGAGCCCGGGTACCTTAAGTTCAAGGAACGAAGAGAATCAATCGGCTAGTGAAGGTGCAGACGCTCAACAAGAAAATAAATGTCAGCTGAATCATTCAGCTTCAGAGGCCTGATAATTCGTATAGATTTTGATTTCCATAGCTTCCAGGTAACTTCATAATTTATTGTGTTCCCCATGTATGAATTTTGAATCCAGTTTACTGGGAGAATCTGATGGTATAAAATGTGTTGTCTTGATACAGATTCCGAACTGGAGTGAGTGGAAAGTAGTAGGTGACTGTCATAAAGCCATCCCCAGTTGGAGAATATGACCTGAAGAAGAAAATTCTAATTCTGGACCTGACTGTTTTATAAAGTGACTGCTTGTGTTTGGAATCAGAATATGGATGGCATGAAGGAGTATCCATCCAATTTTGGACCTCGTCGTTGAAGTAGTAGTATTAGTATATATGCCTTCCCTGTTAGAAACTCCTAATATAGTAGTATGTAATTTCCTACCCTGTACATAGTTTTACTCTTTGCTTCCTTAGAACCCGAACTCATTAATGTAATTAAGTTCATATACAAGGGCGGTGATCTGATTTTAAATATGATTGTCTCTTATTTTAGTGGGGTAGTTTGTGCCAGTATTGTGAACTCGTGGAAATGACTGGATATTTAAATATTGATTGATATGCTTTTGGGGATGTATAATTTAATTTTGCCTCG