Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_27421	LG7	28120395	28127240	PREDICTED: casein kinase II subunit alpha-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09122 Translation		C 03008 Ribosome biogenesis in eukaryotes [PATH:ko03008]

SNP	Position	Effect
T/A	28121300	downstream_gene_variant
A/T	28123184	intron_variant
C/A	28124556	intron_variant
A/T	28125044	intron_variant
A/T	28125151	intron_variant
A/G	28125183	intron_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_27421.1

MCYCPYTRIKYAHEPPALLLRFLLVCTLVALRAPVAQPPNLRISTHLIETKTITTLHQLHRTQISGSNSQSMSKARVYTDVNVLRPKEYWDYESLTVQWGDQDDYEVVRKVGRGKYSEVFEGINVNSNDRCIIKILKPVKKKKIKREIKILQNLCGGPNIVKLLDIVRDQHSKTPSLIFEYVNSTDFKILYPTLTDYDIRYYIYELLKALDYCHSQGIMHRDVKPHNVMIDHELRKLRLIDWGLAEFYHPGKEYNVRVASRYFKGPELLVDLQDYDYSLDMWSLGCMFAGMIFRKEPFFYGHDNHDQLVKIAKVLGTDELNAYLNKYHLELDPQLDALVGRHSRKPWSKFINADNQHLVSPEAIDFLDKLLRYDHQDRLTAREAMAHPYFSQVRAAESSRMRTQ*

CDS Sequence:
>Vu_27421.1

Promoter Sequence:
>Vu_27421::LG7:28127240-28129240(-)

GGATCCAACAAAGATCATAACCCATTTATTGTGATGATAAATACATCGGATGCTCCCGTTCACCACATAAATTGCAGATACCCCTCTATTAAACCATTGAAGAATGCTTGTATTTGAAAGACACAATAGATCTATTGGTCCAGATGAACACATAAGGATAACCATGAATCAAATGGCTCTATATATGATAAATGATGTCATTTGGTATCGAGTCTTCTCCACATTGTTAAAGGGAGACACTGACTTGATTTTCTTTACTTCCACTAAACTTTATTGATTGTTATATGTCTCTTTTGATTATAAAAACATCCTGATTAAGCCCACAATGAGGTTTAAACGAATTTGGGCCGTAATAGACTCTAATCAAAAGTTCATTAGGAACGACGGATCACTTGAAACAAATATTAATTATTTTATATTTAAAAAAAATCTAAAATTTTTTTTAGTACTAATTGTTTTAAGTACTAATTGTTTTAGTTTTCTAAGAATAAAAAACTTTAATAAATTCAAAAAATAAATTTTAAATAAAATAACAATAAAAATTATTTTAGGTTTTCTAAACTTTTGAATCGTATCTGTGTATACTCCAAGCGGTTTCATCGGGTTCGACCTCTCATCTCTGAATTAATAAGCTTGGTTAAGTTACTAACAATGTTTGTTTGTTTATTCATACCAAGTGGTTATAACTAGTTCAAACATTTTCTTGAATGTCTTTTTTAACATATGGGAAAACCTTAATTCCTCCGTCAATTTTAAGATCGAAACTTTTTATTGTAGATATATTTAAGACATTTAGAAATACATGGTGATTAGAGTCTGGTATTATTTTTAAGGTGCAACAACAGGTCCATTGCAAAGCTTTGATTTGAAAGTTAGAAGTCTGTCTATTCTATGCTAAACGAATGGACAATTTGGAGGTTATATTCATAATGGGGGCAACAACTTCTTACATCAGAATTACTTTTGAGAGTTTGGCATTTTTCAATTGGTATTGCACACACCTGCTACCATGCGCTCATTTGAAAAGACTTCATATGTGTAAGGCTATTATCAACTTTTTTAACATTCTAAATAATTTTTATCGCTGTTTTTCAATCTAGTTAATACAAAAATGTATTATTCAATTTACGTACACATTTAAAACATGCTCCGAGCGTTGTGATACAATTTTTAATTAGTTTATTGTAAGTCCTGTTTATCATATTTGGAACTCTGATTAGATATTATTAATCATAAATTAAAATTAAAATTTATAAATATGGGTCAAAGTAAAATGATAGACAATTGTATTTAATATTTTGTATTAATTGTGAATTTAAAATTTTAATATGATTATGATTATTTAAATTATTGACCTGAGTATTTGGTGTCTATGATAAGTATCATTAGTATTGATTGACGTTTAAACATTATAAACAAAACAAAAATACATAACCTAAAAAGAAATTCTAAAGAAAGTGTAAAGAAGTGTTTTTCTAAAGATGTTTAATCCACTTGAAACAAAATTTATTATTAAGTTATTTGCCAACCATATCTGAGCTTTCATTTTGATGATAAATCCGATTATACCAAAGAGCCTATGATGAATATTTTTTGAGAAAATGACACTTGAACAACCATTTTTGACAACATTTAGACACGCGCACACGTGTCAAAATCTGAGTGGTCCATTTTCATTTAATTTTTCCAACTGGACCACTCAGATTTTGACACGTGTGCACGTGTCTAAATGTTGTCAAAAATGGTTGTTCAAGTATTATTTTCCTATTTTTTGTGCATGGTAAAGCATCACCTCAGACGAGTTTGGTAATTGAAATAAAATAATTTTAAGGACCTAAAACGGCATGAGGGAGAGCCTAGTATACCAGCTTTATTGAGTAAGGGAAATGATCCTCAAACCTCAAACCATTCCAAAAAAAGTTACCGCAAAATCGGATGGGTAGGTACTATTGGTTTGACACTTTTACATATAAAAAAAAATATCAGAGAATGTAAATAGT

Gene Sequence:

>Vu_27421(-)

ATGTGTTATTGTCCCTACACACGCATTAAATATGCGCACGAACCACCGGCACTACTTCTCCGCTTCTTGCTAGTATGCACCCTTGTCGCCTTGCGTGCGCCGGTTGCGCAACCCCCTAACCTGCGCATCTCCACCCACCTCATCGAAACTAAGACCATCACAACCCTTCATCAGCTCCACAGAACCCAGATCTCGGGTTCCAATTCCCAATCCATGTCGAAGGCGCGTGTCTACACCGATGTCAACGTTCTTCGCCCCAAAGAGTACTGGGATTACGAGTCTCTCACCGTTCAATGGGGGTATTATTCCCATCTCTAATATACTTCTCATCGTTTTGTTGATTTCTTATCTAATTTGTTTTCAAAGCTTTCTGTTGCGCCTTGATTAGCCACAATTCTCAATTGATGGATACTTTTCTTTTTAGGTTATGACCCTTAGGTGCTGTTTTTCTTGTTTTGGTTACTTGTCCTCCATTTCAAATACCTAAACCTTTAACAATTTTTTGTCACATTCTTTTCAAGTCTTTATTTCCAATGGGGATGCTGAATGTTGTCGTTTGTGTTATGATTATATTATTGGATCTCTCGGCCCTCTTACGTTCGTTATGTGGTATGAACTCGGTGAAGCCGATTGACCATGACGAATCACCTTGTCATTTGAAATTGGTTGATGTAATTGTTATATGTAGTCTAAATTGAAATACTTAAAGATTTTGTTGATTCTGTGAGCAAGGTTCATCGCCAGGGTATTCATTAGGTCTAATATTGATGGGGCTTTACGTTTCCCATTCCAATTATCTTATTTATGAATTTTCTGTGTGCTCTTTTCAGCGATCAGGATGATTATGAGGTTGTGCGAAAAGTGGGAAGGGGGAAGTACAGTGAGGTTTTTGAAGGCATAAATGTTAATAGCAACGACCGCTGTATAATCAAGATTCTCAAGCCTGTTAAGAAAAAAAAGGTGAGAGATTTTGTTATTACATTGATGCTGTTTTCGAACTTTGGGACCTGCAGAGTACGAGTAAAAGGTAGAGCAGGGGTGCTTCATGAGAAGTTTTCTCCTAAAATTTACGCACAAGTTTCACACATACTCTTTCACTATTTTCTTTTGAGCTATTGGATAACAACTTGACAACTCTGCACAATCTCCTAACACAGTTCTGCAATAATTATTTCCAAAAGAAAAAACATAAAATAAAATACATAACATTTGACCTTTGGAAGTTATACTTTGAATAGAGAAGAGTAGCTTCAAAGTTCGAACTAGTTCACCTTAGCTGAAAATTTGTGTAATTATGTGTCCCCCTCAATTTTGGTGGGCTTTAAGGATTATGAATTACACGAGGCTGTTTGCATGGATCACATGACACTCTTTCCTTCAATTATAATACTGTAGTTCCAACAATGTTATTTTGGGAGATCTCGCATTGATTTGAGATAAGACTAATTTATTGTATATAAGTGGGTCAATTCTCACCGTACCTTATAAACTAGTTTTGTAAAAATGAGTTAGACTTAAACCCACTTCCTAATATGATATCAAAGCCTAGTGAGGTTTATTGGACTTATTGTGTCACTTGCTATTGGACCACCTCTAAATATATAGTCCCAAGCATGAGATGTCTATGTCTCATCATGAAAGGAGGTGTTGAAGATTCTACGTGGATTAGAGATCAGATCAAATCCTCACCTTACTAGCTGGTTTTGTAAGAACGACTTAAGTTTAAACTCATTTCTTAATAGTTATTTACAATGAAATCCTTGTTGACTACTTCCTCCAATGCGTATTGGCTTCCCTCTCCTCTTCATAGAAACCAAAACCATGTATTATTCCTCTAGTTCTTCCTAGGTCTTCTTTATACATGTATAAACCACTTTTATCGATGCATCTCTCATCATATACAATCATTCCGTACTTTTTTCTTTCTTTCTTGTATGACCACACATCTATCTTTACTTGTTTATGCTATTCCAACATTTTTTCTTGCTGTCCCTTTAAGCCCCAACGTCACTACAATAAAATATTGTTGAGTGTATGGCACTAGGATAAAACTGGCCTTTGAATTTGGTTGGCACTTTTCAAACATAAATAGCCCCCACTATATTTCTACATTTGTGTAACATTCTCGTTTTTTTTCCTTGCATTTTTTATTATTTGTTCTAGACTTTAAATATGCTGTATGACATCTTTTCTCAGTTTATCTTGAGTCACATTGTCTCTTGCTAAAATTACAGTGCATATACTTTGTCTTAATTCTGCTCTAGTGTTGGCCCTTAGCTTTCAAAGTTGTCTCTGGAGTTTTGAGTTGAGAGTTAACTGCTTCCCTTGGTTTCTTAGCCAACATCGTGCCATCTACAAAAGTGCATCAGCATGCAATAAGGGGTAGACTTTTTTGTATATCCCTAGTATGCATATCCATGATTAGATTTAAACAAGGACTTTAGGCATCTGTGGGGCATCCACTTTTTGGAACAAAATGCTGGAAAGGAGGGGTTGAGATTGCACACCGAAAACAGGACATAGAGCTGTTCTGCTTCACCTCGGCAACCTGCTTCTGCAATTCTTAATTTTTAAATTATTAGTGGAGTTGGTGGCCAAACCTTAAGTCCAACTTGTAATGTGAATCATTTGGGGCATGAAGAAATACGACTTCAATTCCAATTTTTTTATTAGAACTTCAAAGTGCTCTTCACATTTTTAGATTTAGTATATGTCTTCTATTTTTTGAAATACATTTTTTATTATATGGTGTTTCATGTAATGAAACATTCAGTTTTAAGAGATTTTTATGTTACATTCTGATATATTTAACTTCTTTTTGCAGATTAAAAGAGAGATAAAAATACTTCAGAACCTTTGTGGGGGGCCAAATATTGTTAAGCTTCTTGATATTGTCAGAGATCAACACTCTAAAACTCCTAGCTTAATATTTGAGTATGTCAACAGTACGGATTTTAAAATTTTATATCCAACCTTGACGGATTATGACATACGCTATTATATATACGAGCTTCTCAAGGTAACCTGATTTTTCAATCTCTCATGCTATACCTGAACTATATATTTTTCCTTAAAAGTAATTGTAGTATCTTTGTTTTGAACAAGGTTTAAATAAATTTTGCTTCTGATTACGTGTATAGGCTTTTTGTGTATGCATCGTGTAAAATATTATTACTTTACATTTTCAGAAATACATGTCAAGGGCCTTTTTCTTGTTAAATGAAAGCTTTTTGTGTATGCATCGTGTAAAATACTTTACATTTGCAGAAATACATGTCAAGAACCTTTTTTTTGTTAAATGAAAGCTTTATTTGTGAATTGCAGGCCTTAGATTACTGCCATTCCCAAGGCATAATGCATAGAGATGTGAAGCCTCATAATGTTATGATAGATCATGAATTACGGAAACTCCGGTTGATAGATTGGGGTCTCGCTGAATTTTATCACCCTGGAAAGGAATACAATGTTCGTGTGGCTTCAAGGTAATGTTCTGACCAATTGACTATGGTCACAACTCTATTTCTGAAGTACAATAATAAAAGATTTATACAATGGATGAGCCTAAGGATATTAGTATATAGCATAAATCAAAAGCATCAAGGTATAGTGAGCTCATTTGAGTATGAATTTTTGATACAAATGAATTATTGGAATTATTGCTTCCCAAGTAGGGATATATCCGCTAACATGATTCAGAAGATGTGGAAACTTGATCAAAATATTTTATGATTGAAAACTAAAAATCAAAATAACTTTTTGGTTTTAAAAATTGAGTTCAAAGTGTTTCAAAATTGAGTGAAAAAATAATTTAGCTCCTCTCTAACTAAACACGGATTGTTTTAATAATTGTATTTGAAAACCAATGTTTAAAACCATGCAACCACCTCAAACTGGTCTATTCCTAAAGTATTTGTCAACCAATTGTGTTTTCCTTGGTTATCAAACTCAAGTTTTAACTCCCAAAAACGTACAAGCTCATGCCTCTTGTACGAGTTGACTCGTAGAATCGTATTTGAGTGTTTGAGTGGGCTCCATGTAAACTCCGGTGAACTTGTTTGGAGGTCGCATCCCAATTGGCGAGTTCAGCTTCTTCTTTTTTAATTATTTGTTTGATTGAAAACGAGGCCGCTTTATGTCATTTTGCTTGCAAAGATAAGAGAAAGGAGAAGAATAGGGTTCTTGGCTATCCCATTTCTTTGTTATTTCTCTTTGTTGCTGCTAGTGGAAAGTGGGGACAGCTGCTGCGCTCATCATTATGGTTGGTCTGCTCTCACCTCCCTTCTCTGTTTGCGATACAATCATGACATCCTTCTCTGTTCTTGTGAAGCCTGACTTCTTTGCTCTTGCCATGCTGTTCTCTGTAATGTCCATCACCAGCCATTCTCTGTTTTGAGGCTGAAGCAAGCAGCAACAACATCTTCTCCCTGCAGTGCTGTGGATTGTGAATGTGTTGAAGCTGCACAATCATTCTTATTCTCTCTGCTGCGCATAATTTGAAACTCAATCTTATTTGAAGATATTTCTCTTTTCTTAGTTATTTTAATTTTATCGTATTAAGAACTTACGTCTTGTATGAGCTTATGTTTTACTTGGTGTTGCTTTATTATTAAGGTTTAATATTTTGCATTATTATATAATTAAAATGATCAATCGTCATGTTATTTATAGGTATTTTAATAGTATCCTATATGAAGTAAACCCTTAATTACAATTCGACTTTACAAGTGTACAAACATCTCATGAGCTTATTTAAGCTCTCGTTTTCAGCTACCTTTTATGTTTAACCTTTCAAGAGACAATTTTGAACAATTACTAGACTATTTTTTTCAGAAGCTTATAGTACACTAAGCTCTTCATAAACATGCATAATTGAATGAGTACTGTCAAGGATCAATGTGCAAGTGTTATCTAAAGAGACAGGTGACTAGTTCAGGCATATTTTTGTTGACACTGAAGCAGTTTAACCTTAATGATGCGAGCTTGATGTAGCAGCTAATGTA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