Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_27171 LG7 25111422 25113970 PREDICTED: homeobox-leucine zipper protein HAT3-like
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/C 25111446 missense_variant p.Gly9Arg
C/T 25111461 synonymous_variant p.Leu14Leu
A/G 25111485 missense_variant p.Asn22Asp
T/G 25111569 missense_variant p.Leu50Val
T/G 25111735 intron_variant
C/T 25111756 intron_variant
C/T 25111864 intron_variant
C/A 25111867 intron_variant
A/T 25111958 missense_variant p.Thr66Ser
A/T 25111997 missense_variant p.Thr79Ser
G/A 25112057 missense_variant p.Glu99Lys
A/G 25112077 synonymous_variant p.Glu105Glu
C/T 25112123 stop_gained p.Arg121*
T/A 25112198 missense_variant p.Ser146Thr
T/C 25112234 stop_lost p.Ter158Glnext*?
C/T 25112388 intron_variant
G/A 25112398 intron_variant
G/T 25112547 intron_variant
G/A 25112639 intron_variant
A/C 25112648 intron_variant
A/G 25112649 intron_variant
T/C 25112928 splice_region_variant&intron_variant
C/T 25113425 intron_variant
G/A 25113652 missense_variant p.Arg194Lys
C/A 25113870 missense_variant p.Arg267Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_27171.1
MAEKDDGLGLGLSLRWGENDDNNMNEQHPFKMHKPPQPVPNQRASSFNSLFHFHGASHVTNRSSEPLPFFFGIDVNLPPPSVAPCYEENGVSSPNSAVSSISAKRNEREENERGSCSRGGSEDDDGGGCVDADGDTSRKKLRLLKDQALVLEETFKEHNTLNPKQKQALAKQLNLSPRQVEVWFQNRRARTKLKQTEVDCEYLKRCYENLTDDNRRLQKEVQELRALKFSPQLYMHMNPPTTLTMCPSCERVAVSSASSSSASMPSVPPSDNHNPLGPTIRRPVPVNPWAAMSIQHRPPP*


CDS Sequence:
>Vu_27171.1
ATGGCTGAAAAAGATGATGGGTTGGGGTTGGGGTTGAGTCTGAGATGGGGAGAAAATGATGATAATAACATGAATGAACAACACCCTTTCAAAATGCACAAACCTCCTCAACCTGTTCCAAACCAAAGGGCTTCTTCTTTCAATAGTTTGTTCCATTTCCATGGTGCCTCTCATGTGACCAATCGAAGCTCTGAGCCACTACCGTTCTTCTTTGGAATAGACGTCAACTTGCCACCACCATCGGTGGCACCATGCTACGAGGAGAACGGTGTGTCTTCGCCGAACAGTGCAGTTTCGAGCATCAGTGCGAAGAGGAACGAAAGAGAGGAGAATGAGAGAGGGTCATGTTCTCGAGGAGGAAGCGAAGATGATGATGGCGGAGGGTGTGTTGATGCCGATGGCGACACGTCGAGGAAGAAACTGAGGTTGTTGAAAGATCAGGCCTTGGTGCTTGAAGAAACATTCAAGGAACATAACACTCTGAATCCTAAACAAAAGCAAGCTTTGGCAAAGCAGTTGAATCTGAGTCCTAGACAGGTTGAAGTGTGGTTTCAAAACAGAAGAGCAAGGACCAAGCTGAAGCAGACTGAAGTGGATTGTGAATACTTAAAGAGGTGCTATGAGAATCTAACGGATGACAATAGGAGGCTACAGAAGGAAGTGCAAGAGCTAAGAGCATTGAAGTTTTCCCCACAGCTCTACATGCACATGAACCCTCCAACCACTCTTACAATGTGCCCTTCCTGTGAGCGTGTTGCTGTCTCATCTGCATCCTCCTCATCGGCCTCCATGCCTTCTGTGCCGCCTTCAGACAATCACAACCCATTAGGCCCTACCATCCGGCGGCCAGTGCCTGTCAACCCTTGGGCCGCGATGTCAATTCAGCACCGTCCCCCACCATAA


Promoter Sequence:
>Vu_27171::LG7:25109422-25111422(+)
ATGACAAAATATAAAATAATTACATAAATATTGGATATATTATGATGAATGCTAATAATAATTACATAAATATAATGGATATATTATAATGAATAATGTGATAATATTTTCATAATAAATAGTAAACAGATAAGTTATTACTAAACCTAATATATAATAATTAGTTACAATTGTAGGTTCACTTATGACACATTTCTGCCTTGAGTATTCACTTGAAAAAATATGGGAGATCTTAGAGAAATTTTATAATAATTAATGTTACCTTTATGTTTTATATTTAGTAACAGTGGGACCCATTTAATGATGACACATAAACATACACCTAGCTATCTATCATCATCTCTATGATGAGGTCATGATTCCAAAGTGAAACCACATCTTTTTCTGCCTCTTCTGCTCTACAAATTCAACAGTCAACCATGAAAAAGCAAATCACATGACTATCATAAATAAATGAATAAATAAATTGGTAAAATAATAATAAAATTTATGATTCTTAATATAAATAACTTATCAAAATAAATTTTGGCATTTTGTACTATATTTGTTGCACTGAACATGTATAATTTTGATGTTAGAATAAATTAAAATTATCACTTTACTGATTTTATAGAAATATCATTTTTTAAAAAGAGTTAGAAGATTAATAAATAAAAATACCTATATTTATCAAATTAAACGTTGCTTTAAACAAAAAATCACATCAATAATAACTAATATTACTTCTACTATTTTCTTATTTTAGTATTAGATTTCAATTCTACTCTTTTAAATTATAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAATAAGTATATATTGACTTATACTATCTTTTTACACACTATTATTAAATGAAAAGTATGTTTGTATAAAAAAATTATATAGTTTTCTTGCAAATACTTTGTAAATCAGGATACAAATTTTTGAAACTGCTATAATATTATCTTATACTATATTTTTACTTTTATATAAAAAAATATAGTTTTTAGAATTATTGTACTTTATTTTTTAGTAAGATTATTTTTTATTTTATTAACCTAAAATAATTCTATTTTTATTCTCATCTCAAACAATAATTGATGTAATTCCTCCATTAAAACAATAATTAATTAATTTTTCTTTTAAAATATGTGCATGCAAGTACAATTTGTTTTTATTGGTCATACATGGTTATTAAACTCTTTAAATATAAATATTAAAATTAAAATTAAGATAAATGAGCTAAAAATAATACGTGTTATTAACATTAATAGATAAAACTAAATAACACAAGCCAAAAAAATTTAATCGAGTATAAATTTCTTATCCTATTTGGTTTTTAATAAAAGGAAAAGAAAATATCTTTAACTGGTTGCAGGTAGTAATGCATGATTAAACAAATGTATATAAAATATCTTAAAGTGCATTGTAACTAAAACCATAAAATTTAAAGTTGGTCAACTTAAAAATATAAAAATCCTAAATTAGGTAAGTTACTTTTCTTCTAATTACCCTTCAACCCTATGCAATAAATGAATTTCGGAACTCCAAAAACAGGACTTGAATGCATCATTCTCATCTTTTTCACAGCACAACACAACCATGGTTAAAAAGCAACCACATTTTCATGGTATATGTATCTAAGCTTTGAAATTCATCATAGGACAATGTTGCTTTGTAGTACCCAGTACAAGCCATGTCATATGATGATTGAGCCAATTTGGTTGTCTGACACATCTCATCATTAACTCTATTGTGCCTATTTACTCTTTCTCAGTTTTCTCTTTCACACCCTCTTCAGTAGTATTTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATCTATAGATATATACACACACTTCTGTGTTCTGTTCTTTTCCTGTTCTTCAAAAAGCTTCCTCACTGCCACTAAAGTCTACCCCATTTGCTAATCTTTTCTACACAGTCCAAAATCAAAGAAAAGTCTTCACTTTGACACAACAA


Gene Sequence:
>Vu_27171(+)
ATGGCTGAAAAAGATGATGGGTTGGGGTTGGGGTTGAGTCTGAGATGGGGAGAAAATGATGATAATAACATGAATGAACAACACCCTTTCAAAATGCACAAACCTCCTCAACCTGTTCCAAACCAAAGGGCTTCTTCTTTCAATAGTTTGTTCCATTTCCATGGTAAAGTTTCTAATCACAATCTCTCCATTTTTTTCAATTCATTTCTTCATGCTTTTAACTTGTTCCCTTTCCCTGGCTTCTAGTTTCCTCCAAATGTTTATTTTTTAAAATAAAAAAAACTGTCCTTTTTTTTTTCTTTCATACACACTTTTTTTTGCTTAAATAAGAAACCCATTTCTCATAATTTTCATGCTGTGAAGAACACTCATCCTTGATTTTTTGTTGTTGTTGATATATTAGTAGAAAATCATGCAAACAGGAACAAGGTGTTTTTTTTTTCTTCATTTTTTATAACCTTTGAAATTTCTTTGTTAAACCACGCATGTTATCATTGCTAAGGTGCCTCTCATGTGACCAATCGAAGCTCTGAGCCACTACCGTTCTTCTTTGGAATAGACGTCAACTTGCCACCACCATCGGTGGCACCATGCTACGAGGAGAACGGTGTGTCTTCGCCGAACAGTGCAGTTTCGAGCATCAGTGCGAAGAGGAACGAAAGAGAGGAGAATGAGAGAGGGTCATGTTCTCGAGGAGGAAGCGAAGATGATGATGGCGGAGGGTGTGTTGATGCCGATGGCGACACGTCGAGGAAGAAACTGAGGTTGTTGAAAGATCAGGCCTTGGTGCTTGAAGAAACATTCAAGGAACATAACACTCTGAATCCTGTGAGTCAAAGATGATAAAATTTTTGTAATTTCTATTGCAATGATAATGCCTATTTTGGAATAATCAAACTCGTAACCACAAAACTTAGATACTGTTTCTTCAAGTGATTTCGGTGTTGTTTGATTTAGATTGAAGTTCATGCAATGCGCTATTTTGACTGAAAGTGTGGTCAAAGTGACCTAGAACTGAACACTTTGAAGCTGAAAATATAACACCAAAGACATTACATTCCAGCCAAAATGGTGGTTAATGATGCAAGATGAAACCATACACCTTTCATCCGAAATTGTGGTCACGGCCGAGAACCTTTTGGCAGAAATTGTGCATAACCGAGAACCTTTTGACAGGTGGCTAAAATTGTGGTTGGGGTCATCTTAAAGCCTTGCATGAATTCTTCAAATAAACGAAGAAAAGCCCTTATTTTAGTATAACTTCTTAATCTAGTGTAAATTGACTCTAATGTCTAACTTTTGTGATAAATCATTCTGACTTTTTTTTCTTTTCACAAAGTGACAGTAAAATTATTGGGGAAAGTGATTGAAATTGTAAATATCAGCTGCTAAATCAAACTTTGTTTACAATTTCAGGATAGAATGATGTTTATTCTGAATTATTCATTTGTGTTGGAAGTATGATTCAATGCTGGCATTTAGTCTCAAAATTATTTTTGTTATTTGTAGAAACAAAAGCAAGCTTTGGCAAAGCAGTTGAATCTGAGTCCTAGACAGGTTGAAGTGTGGTTTCAAAACAGAAGAGCAAGGTGAGGATTTTCATCCAGGGGACATTCTTGACACTTTTGTATATGATTACTGAATGATGAATATTGTGTTGTGACATTGTTTATTGTCTTTCTTCAAACAAGTTTTTATAACATGTATGCTCCCATTGTGTTGTTATCTAGTTAAAAGGATTTGTTGTTCCCCATCAATGCCATTCTTCTTTAACAGTAATTTCAAGACAACTCCAACTTTCATGATGAGATTTGACCAATTTGAATGTAATCAATAACACAACTTTTGTGAGACATCAAAGTATATAAAGTTGTGGATGGTTTAGATTTTAAGGCATGTGTAAATAACTTACATGTGTATGCTGTGGCCCACAGCACTGACAAACATGCAGTAATTTGGTGATGATGGATTTTGAAGTCAAATTTGGGAACCTTTGGTGCTTACTTGAGTTCATTCATTTTTTCTTTAGTTAATGGAAGTACACAAATTTCCAACTTTACAATGATAAACTAATAAAGTGATATAAAGTAAAGTAAAGTGTGATTAGCAACGAAAATTGATGTGGCTTTGTTGTTGTGTGTCATGTCACGTGTTACTTTGTCTTGGATTGTGTAATGAAAAAAAGAAAGTGATGTCAATGCTTTTGGTTCAATAGGACCAAGCTGAAGCAGACTGAAGTGGATTGTGAATACTTAAAGAGGTGCTATGAGAATCTAACGGATGACAATAGGAGGCTACAGAAGGAAGTGCAAGAGCTAAGAGCATTGAAGTTTTCCCCACAGCTCTACATGCACATGAACCCTCCAACCACTCTTACAATGTGCCCTTCCTGTGAGCGTGTTGCTGTCTCATCTGCATCCTCCTCATCGGCCTCCATGCCTTCTGTGCCGCCTTCAGACAATCACAACCCATTAGGCCCTACCATCCGGCGGCCAGTGCCTGTCAACCCTTGGGCCGCGATGTCAATTCAGCACCGTCCCCCACCATAA