Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_26941	LG7	21209532	21216070	PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 69	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09182 Protein families: genetic information processing		C 04121 Ubiquitin system [BR:ko04121]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/T	21209572	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
G/A	21209584	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/A	21209585	5_prime_UTR_variant
A/G	21210058	intron_variant
T/*,A	21210069	intron_variant
T/A	21210073	intron_variant
T/A	21210081	intron_variant
G/T	21210085	intron_variant
G/T	21210089	intron_variant
T/A	21210143	intron_variant
A/T	21210172	intron_variant
A/C	21210180	intron_variant
A/G	21210282	intron_variant
T/A	21210998	missense_variant	p.Ser101Arg
A/G	21210999	missense_variant	p.Ser102Gly
T/A	21211629	intron_variant
A/G	21211694	intron_variant
A/G	21211707	intron_variant
T/G	21211718	intron_variant
T/A	21211768	intron_variant
C/A	21211861	intron_variant
G/C	21211900	splice_region_variant&intron_variant
T/G	21211901	splice_region_variant&intron_variant
T/C	21212701	intron_variant
T/A	21212759	intron_variant
C/T	21212765	intron_variant
A/T	21212768	intron_variant
G/A	21212862	intron_variant
G/A	21213023	intron_variant
T/G	21213108	intron_variant
T/C	21213295	intron_variant
G/T	21213296	intron_variant
C/G	21213314	intron_variant
A/G	21213341	intron_variant
T/A	21213346	intron_variant
T/A	21213349	intron_variant
G/A	21213496	downstream_gene_variant
T/A	21213706	downstream_gene_variant
T/G	21213708	splice_region_variant&intron_variant
T/C	21214455	downstream_gene_variant
T/A	21214484	downstream_gene_variant
T/G	21214525	downstream_gene_variant
C/A	21214531	downstream_gene_variant
A/G	21214540	downstream_gene_variant
G/A	21214542	downstream_gene_variant
C/T	21214867	downstream_gene_variant
T/C	21215095	downstream_gene_variant
G/A	21215221	downstream_gene_variant
T/A	21215222	downstream_gene_variant
A/T	21215371	downstream_gene_variant
G/T	21215415	downstream_gene_variant
T/C	21215524	downstream_gene_variant
T/A	21215530	downstream_gene_variant
T/C	21215534	downstream_gene_variant
G/T	21216005	3_prime_UTR_variant
T/G	21216007	3_prime_UTR_variant
T/C	21216018	3_prime_UTR_variant
A/G	21216024	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_26941.2

MSKRVLCKFFAHGACLKGEHCEYSHDWKDPPNNICTFYQKGVCAYGSRCRYDHIKASQAQSSIPSSSAIEHHTLVSDTGAFGNIITTSNGVGTAADLSLSSSPYILPSEPAWNHELVWNPEIEYYEILGEDNVGQSIITSPSELSICSFAAAGNCPRGEQCPHIHGDLCPTCGKHCLHPFRPEEREEHMKTCESRHKYLDALKRSQEIECSVCLERVLSKPILAERKFGLLSECDHPFCISCIRNWRSSNPTLGMDVNSTLRACPICRKLSYFVIPSVVWYSTTEEKQEIIDKYKEKLKSIDCKHFDFGDGNCPFGSSCFYKHAYRDGRVEQVVLRHLGAADGNTVIAKDIRLSDFLSNMHLR*

>Vu_26941.1

CDS Sequence:
>Vu_26941.2

ATGTCTAAGAGGGTTCTTTGTAAGTTCTTTGCTCATGGAGCCTGTCTGAAAGGGGAGCATTGTGAATATTCTCATGACTGGAAAGATCCTCCAAATAATATATGCACATTTTATCAGAAAGGAGTCTGTGCTTATGGTAGTCGTTGCAGATATGATCACATCAAAGCTTCTCAAGCGCAATCTTCCATTCCATCTTCTTCAGCAATTGAACACCATACTCTGGTTTCAGATACTGGTGCTTTTGGAAATATTATAACTACTTCAAATGGTGTTGGTACGGCTGCAGACTTGTCTCTTTCCAGTAGTCCGTACATTCTTCCTAGTGAACCGGCTTGGAATCATGAACTGGTTTGGAATCCAGAAATTGAGTATTATGAAATTTTAGGGGAAGACAATGTTGGTCAATCCATAATCACTTCACCTTCTGAGCTTTCAATTTGTTCATTTGCTGCTGCTGGCAACTGTCCACGAGGGGAACAATGTCCTCATATTCATGGGGATCTGTGTCCCACCTGTGGAAAGCATTGCTTACATCCTTTCAGACCTGAGGAAAGAGAAGAGCATATGAAGACTTGTGAAAGTAGGCATAAGTATCTTGATGCACTGAAACGAAGTCAAGAAATTGAATGCAGTGTTTGCCTTGAGCGTGTTCTGTCAAAGCCTATATTAGCTGAGCGCAAGTTTGGGCTGCTATCCGAATGTGATCATCCATTTTGCATATCCTGTATTAGGAATTGGCGGAGTAGTAACCCAACATTGGGGATGGATGTTAATAGTACATTGAGGGCTTGTCCTATTTGTCGTAAGTTATCGTATTTTGTCATTCCAAGTGTCGTTTGGTACTCAACAACTGAAGAGAAACAAGAAATCATTGACAAATACAAGGAAAAGCTCAAGTCAATTGACTGCAAGCACTTTGACTTTGGGGATGGTAACTGCCCTTTCGGATCTAGTTGTTTCTACAAGCATGCATATCGAGATGGCCGTGTGGAGCAGGTAGTATTGCGACATCTAGGTGCTGCAGATGGAAATACCGTAATTGCAAAAGATATCAGGTTGTCGGATTTCCTTTCCAACATGCATTTAAGATGA

>Vu_26941.1

Promoter Sequence:
>Vu_26941::LG7:21207532-21209532(+)

TCGCTCCACTAAAATGTGAAGCTTCATTTCTATCTACTAGCCCAATATCTATGAATAAATATGGATTAATTTCTATCTACTATCCCAATATCTAAAAGCTCAAGTGTGACAGTTAAATAGGAACCTAGACTTTGAACACTTAAAATCAAATAAAGAAGGACTAAGAACTTACCTCCATGGTCTATGAGGAAGTTAACATTTTGGGGATTCTGCACAACCACGAACTCCCACGACGAACATACAGCAAGCACAAACCTTCGCAGTAATAATCCCTCGACAATAGAAAAACTCATGATAAATGAGTTTAGATTACAATTACAATATATAACTACAATGTTGTATTAAAAATTGAAATGCAATGATAGCAAGTGCAAGACAAATCTGAAAGCTTATGGAATGGTAATCCTAGAATGAACAATGTCATCATATGATGTACACCAAAATGCAGAAATATATGAAAACCAAACCTAAATCTGAAAGCTTATGGAATGGTAATCCTAGAATGAAAAATGTCATCATATGATGTACACCAAAATGCAGAAAGATATGAAAACCAAACCTATAATAGGTACTACTAAAACACATGTAAGCTAGCAAACATCATTAAGGCAATCAATTAAACTAATTTCAGAATTAAAACAAGAAGGCAATCCATTCAACACATACTTACCTCCACCAGACCTTCACTGTCAGTTTAGGGCTTTTAGACAACCACAAACCCCTTACCACCACCAACCATCATGGCGCAGCGACCACCGTCACCCAGCAACATGCAGAGCGACCACCAGTGCGCCACTAGTCACTAGTGTCGCCCACCATCCACTAGTATCACGCCAGCGTAGCTCCACCGTCGTGCCACCAGCGTCATGCTCGCACCATCAACGTCGCACCACCACCACCAGTCACCTGCATCATCCATCACGCCACCACCTAGGGTTGTTTCAGATTAGGGGTTGGGGGAGAGGGTTATTTTTGGAAAATGAAAATGAGGGAGAAGGGAACCATGTTCTAATTTAATAAACTTGAAGAATTTACTGACGATCATCGCCTGTCGACAGTGATTGATGACGTTTACTAACAGTGTTATCAGCGATATATCGGTCAGTAAGTAACGAAGTCTATTATTGACGGCCATAGGCCCATCGGTAAGTACCATTATGCATTTCGTCAGTAAATTTGTCAGTAAATGTGTGTTACCGACAGATAATTAGTTGTCGGTAAAAATCCACCAATAATTGTAATAATTCTTGTAATGGACAACATCTAAATGATTTGACTATGCCAATAAAGATGTTGACAAACAAAGATTAAGAAACACAACACAAGGATACATGCAAGCATATAATCCCATACAACCTGGTAACATAAAGAAGACGATGAAAATGGAGTGGAAACTAACTTATCCCAAAATAGAAACCAACCAATTGATCTTGACAAATTTGCCACAAGAAAAAAATCCTATTATAGAAAAAATAGTAGATCCTAAAAAATCTTAAAAAAAGAAAAGACCTATTTAAAAAAGAGTTTTTATAAAAATAAAGTGTTTTTATGTTTTATAAAATTTTAATTTATATAAAAATATTTTATCATTAAAATAATTAAATTTTTTTTTCTAAATTCTCACATAATAACATTTTATCTATTACTCTCAACAACTCAACTTTTACTTCTCTTTTCTTTTAAATATACATATTTTCACTAATTTAAATTGATATTTTATCCAAACACAAACTTAAATATTTAAATTGAAAAATAATACAAACTGGATTGTATGTGTTAGCTATTTTACCTAATTCAACATATCTAATTCGTCCGATTCAAGTGTAACCCTAGAATTGTCCATATTTTTTGCAACATTTTCCGAATAACAATTTGAATTAACAAAATTGGAAGGTATGTGATAAACAAAGAAAATATCAATGTATTGATTCATGTATGTTGTGGGAACAATGTGATAGAGAACACGTGTTCATAGGAGAAAACAAATTCACGTACACGTG

Gene Sequence:

>Vu_26941(+)

GATACAGAAGTGAGAGTTTGGGAAGTTTTGAACACAGGGAAGCTGTAACATTGTGTTCTTACTTTTCTCTCCCGTAATTTTTACCATCCAAATCCAATTTCCAATCTTCCCTACAATTTCTATTCCTATTATTATTAATATCTCATTGCCACCATCCATCCAACCTTAACCACCACCGTTTCTCTTGTGCTCTCAATCTTTTCTTAATTTGAGTGGCTGCAAAGCCCCACGTGTTACCTCCTTCACGTTTTTGGTTGCCCCCTTTTTTTGTTCACCACTTTCTTTGTCCAATAATCCCTTTGGAGGTTTAGGGTTTTGATTCTCTCAACAACTCTCGCTTAATTTAAGGATATTTCATTCTTTTCAATAACTGCCATGTCTAAGAGGTGAGCCTCACCATCCTGTTTTTTCCCATGGTTGATTGACTTTTCTTGATGTGGGTTTTCTGTCTTTTGTTCTCTTGATTCTTCAATTTCTGTTGATTCTTGATTGATTTCTGTATGTTTATGCTATTTGTGTTACTATAATCGTGGTTCTTTTTTTTTTTTTTTATGTTTGAACCCGATTCAGATTATTTTGTTTTCTATCTGGTGGTGTGTCCCATTCGTTGATCAGAATTCAGAAGAAAAGGGCTGGTTGAAGTTGCTAACTTCTTTGTTGCCCCCGTTTGTTATTGACTTTTGAAAATCGTTATTTGATTCGATTCGATTCGGATGACTTTTTGTTATTGGAACTCAATCACGTTATAATATTTAGCGTATCATTATTCTTAACATAGATTTCTATGATCATGACGGACAGTAAACCGTTCCTGGATGCCATAACAATGTTGATTTCTGTAGTAGGTAGAAGAATGATATTTGGCATTGCTATCTTTTTTGTGGATTGTATTGAAATAATTTGAATCCATCCTTTTGTTTTCCTTTGTGGAAATTTGGATAAAAGGTTTTCATTGGGGACCTTAGTTTTTTATACACAGGATAAGTCTTGTGTGGGCCTTTTCTCTCTCTCCTTTCTTATGCAACTTGAGATTATTATAAGTTTTGTAATTTCTTTCTTGTCTTCTGAATTTTGTAGGGTTCTTTGTAAGTTCTTTGCTCATGGAGCCTGTCTGAAAGGGGAGCATTGTGAATATTCTCATGACTGGAAAGATCCTCCAAATAATGTTGGTGATGCAAACTCTTCTTTGTTGCAGACCACCTAATTGATTATTATTAATGTACATGTCTCTTATAATTTCTGCTTGCTGTCTTGTTATGACAGATATGCACATTTTATCAGAAAGGAGTCTGTGCTTATGGTAGTCGTTGCAGATATGATCACATCAAAGCTTCTCAAGCGCAATCTTCCATTCCATCTTCTTCAGCAATTGAACACCATACTCTGGTTTCAGATACTGGTGCTTTTGGAAATATTATAACTACTTCAAATGGTGTTGGTACGGCTGCAGACTTGTCTCTTTCCAGTAGTCCGTACATTCTTCCTAGTGAACCGGCTTGGAATCATGAACTGGTTTGGAATCCAGAAATTGAGTATTATGAAATTTTAGGGGAAGACAATGTTGGTCAATCCATAATCACTTCACCTTCTGAGCTTTCAATTTGTTCATTTGCTGCTGCTGGCAACTGTCCACGAGGGGAACAATGTCCTCATATTCATGGGGATCTGTGTCCCACCTGTGGAAAGCATTGCTTACATCCTTTCAGACCTGAGGAAAGAGAAGAGCATATGAAGACTTGTGAAAGTAGGCATAAGTATCTTGATGCACTGAAACGAAGTCAAGAAATTGAATGCAGTGTTTGCCTTGAGCGTGTTCTGTCAAAGCCTATATTAGCTGAGCGCAAGTTTGGGCTGCTATCCGAATGTGATCATCCATTTTGCATATCCTGTATTAGGAATTGGCGGAGTAGTAACCCAACATTGGGGATGGATGTTAATAGTACATTGAGGGCTTGTCCTATTTGTCGTAAGTTATCGTATTTTGTCATTCCAAGTGTCGTTTGGTACTCAACAACTGAAGAGAAACAAGAAATCATTGACAAATACAAGGAAAAGCTCAAGTAATTTCTTGATCTCTCACAAACTCTTATGACTTCTTTTTCTTTTTCTATCCAATTAATTCATGATCTGATTACATTTGAAGTTCAGAGAGTTTTAACTTTAGTTCACCGTTGTATGCTGTCTTATTGATGCGGGACGACCCGTTTCCATTACCCCTTCTTTATATTGATTTGCTTGTGCCAGTGCAGCTGATGGCGAGCAATATATCATATAGTTCACAACAAGGAAAAAAAATATCTCAGCTGAGTGAAATAGTTAATGACTATATCTTTTATGATACACTTTTGGTAATTGTTTAATTTCTTTTGTAGGTCAATTGACTGCAAGCACTTTGACTTTGGGGATGGTAACTGCCCTTTCGGATCTAGTTGTTTCTACAAGGTAATTTAGTGAATATATCTAGTTCTATTTTGACAAGCTCTCCCCCTGCCAGCCATTTTTCTATTTTCCTAATAAACACTTAATAAATATCTTTTGTTTGTTGTGCCATAATATATATGGTTTTTTATATACTATAGAATTTGTTGCATTAGAAACAGTGGTGCAACTTCTACGTTTCTGGTATCTAAGTCTATTAGTATTTTCAGGCATACAGCTTCAATTCCCCTACCTTGTGTTGAATTGTGATGTCTAGATTGTGGTTTGGGGTTTGAATTGTGTTAAAAGTGAGTCTTGAGAAGTGTTTTGAGGTATCTGTTTGCAAAATTTGACTCGAGATTGGTTTTTTAAATCAATAATTGCAGCATGCATATCGAGATGGCCGTGTGGAGCAGGTAGTATTGCGACATCTAGGTGCTGCAGATGGAAATACCGTAATTGCAAAAGATATCAGGTTGCTCTTTTCCTTCTCATTATCTCTGACCTTAACCTTGCTATGTTCCTCCTTTTTTTTTTCCATTCACTAACATAAAACATGATGCTTTCAGGTTGTCGGATTTCCTTTCCAACATGCATTTAAGATGAACGGAGTAAGTTTCAAACTTGTGTTTCCTTTACTTAAGTTGAGGGTGACTTTTGTATATGATTTAATGTATAATAATATTTCTTTTGTATTTGATGCGTAGTTTATTTTATTGTTAGTTCCTATCTTTGAAGCCTCAAATATGATTGTTGTTTGGGAAGCATCACCATTTGTTCAATTGTTTGATAAACTCGTGCTTTTATGGTTTTTACATAAGTTTGATGATCCCTTGAATGACTATTAGCTTTATGGGTATCTAGAGGCCACATGAAATTTAGTGTCTGTTGATATTATCTTTTACATAAACAGGTTCTATGTAAGAAATGAATGTGTTTAGTGCTCTTAATTGTAGCCTTTTGAATGTGAGAGTACATATGTGCCTTTTAAATTGCTTTATCTTTTACATTTAGACATCGAGGCCAATTTAAGCAATCTTTTATGGCCTTCCAGAAAATTGGGAATGAGGGACGTAAAGCTTATGAACATCAGCCTTAAATGATCAAATAAAGAGAAGATAAAATGATTGTCTAAGATTGGGGATGATTATGTAGGGTTTAGTTCTAATTATTTCACTTTCTCCAACCTTAGATATGGTCATCAAATGAATATTTATCAGGAAAGTGCAAAGAAAATAGAAACACTTTCTATCTGTTTTTTTTGTATCTTTAATTGGCCTTTGTTTGGTAGAAATTTGGTCCCTGATCCACTTAGGTTATACACGATTAGGAATCCGATCATGTATGGAGAAAACTTAAGTTTTCATTATCATACACTCATATTTGTGCAAAATACTAATATTAAACCATAAACCCTAAACCCCATACACTCATATTAGTACACGTTGGTCCCTGCTTTTCTGTGCTTCTCAAGTCCTAGCCCTAAAAATCATTAGTTCTAGTTCCTATATGCCTTAATCGGAATTAAACTTTAAGGCTTTTTTTTGTCACTTTCCTGTACAGTGACATATTCATAAATGAGCCAAATATTAAGTTTAGCCTTGCTTTTTACGTCATTTTTTATTCCGAAAACGTCTAGCCCTAATGCTAATTGTATTTCCCTTCTAAGCATACTTTTTTTAGTTGAACTGATGTTGAGCTTAGTGCCTCTGTTTTTCTTTGTACCCTAGTTGTGTTAATTGCTACCTGTGTGTTATCTCTGCAGGATACTTGCTAAAAAAAGGCATCCTTCAATGTCAAAAGTTATTTTTATATTGCAAGTCAAGCTCCTCTTCTTGTTTCTATGATAGGTGCTTTTTCAGTAAACCCATATGCAATTGATAACCTCAATATTTTCTGAAATGTAAGTTTTGTCGGTCTTGATTTTAGATTTATCTTTAAGCTTGTCTACTATCTGAAGTTTATACCCACAGTATTAATTAATGCTTTCAATTATTTTCTATCACGTATGGCATATATACACATTTTCTCACTTTCCTTGAGATTGTTTGTGTATAGAATATTTGGTCCAGTGGCCCCAATATGAAAGGAACCATATATCCTTGAAATCTAATCCCTTTTTTCGGTCTTACTTTCTTCTGTTTTCATTTGGTCAGAGTTTATCTTAATGTTATGTTGGTAGGCATTTGTGAAGTGATGTAATCCAAAACCATTTCTTCTGGTATTGTTGCTTCTTGTCTTCTTGACTTGGTATGGAGTCCCAATGACTAAGTGGCGTATTGCTTATGGTAGTTAGGATAATGTTCTGACTAGTAGAATCACTGCTGAGCAGAACCGGTAGACTCACCATGCAGAATCATACAAATGGTAGAATCAGAGTTTTCCTAGTTTGCATGGATCATATTTTTGTGTGCCAGCTTTCAGCTGTGGGTCAAGTTTCTTTGCGTGGTTCTTTTGTTGGCTAAGGCTATCTTAGTCACATGTAGCATTGCTAGGAACCCTCTGTTTTATCCCTACAAGCCACACCATTGCTCTCCCTAAAAGTTTTTGCCTCCCTCTTTAATAAATTGGGTCTTGTCCTC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