Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_26178 LG6 38126858 38130732 TMV resistance protein N-like isoform X2
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 38126861 missense_variant p.Phe2Ile
T/A 38126956 intron_variant
G/A 38127055 intron_variant
C/T 38127065 intron_variant
T/A 38127097 intron_variant
T/A 38127338 intron_variant
T/A 38127408 intron_variant
G/A 38127441 synonymous_variant p.Ser27Ser
A/G 38128547 synonymous_variant p.Glu368Glu
A/G 38129306 synonymous_variant p.Pro437Pro
G/C 38129585 intron_variant
C/T 38129719 intron_variant
A/G 38129838 intron_variant
G/A 38129898 intron_variant
C/T 38129944 intron_variant
A/T 38129949 intron_variant
G/T 38130048 intron_variant
C/T 38130178 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_26178.1
MFHPMSRRSSYMPVPTCEWNKNGGQLSKQAAIVVGGMCKISKQQYEEIENVVEEVINILGRDQIWNFGDDLVDMHSRVKKLEELLDLSANDIVHLVGIVGMGGIGKTTLATALFNKISPQFNACCYLDDLSKIYCNFGAASAQKQLLCQALNQGNIEIHNSSHGTMLIRTRLCHLKALVVVDNVDQVEQLKKLGLQSEYLGAGSRIIIISRNCRILQNYGVNKVYQVEVLDKTQSLQLLRKKAFRSNDIGKEHKGLTLDILKYVNGLPLAIEVLGSFLLDRDVCEWRSALTRMEENPSKDIMDVLRISYDGLENIEKEIFLDIACFFSNNNSYSWEPTVKKFLDYRQFYPDIGMKVLIEKSLISRQNGNIKMHDLLKELGKSIVREKAPKEPRKWSRLWNYKDLQKVMKINKCLPNLRNLDLRHSKNLIEVPDLSEVPRLTDLNLQGCIQLVHIHPSIGILRDLRRLNLKSCKNLIEVSDLSEVYLVPRMEIVIPGSEIPKWFSKQKASTSISMDPSAVIDDPNWIGVSICVLFVTHEGPMNLGERDYPINDLFYGVNNFGQKTYEGVSIILKKDLVTVGLDYLLIVFYSRQEFIHPQAVKFETRVASGLRFMVKKCGYRWVFKEDLRQFNSDKFFSRNSSSRKRKLLTSE*


CDS Sequence:
>Vu_26178.1
ATGTTCCATCCAATGTCAAGAAGGTCTTCTTACATGCCCGTTCCTACATGTGAATGGAACAAGAATGGAGGGCAGCTCTCGAAACAAGCTGCGATCGTTGTGGGTGGGATGTGCAAAATAAGTAAGCAACAATATGAAGAAATTGAAAACGTTGTTGAAGAGGTAATCAACATATTGGGTCGTGATCAAATTTGGAATTTTGGCGATGATTTAGTTGACATGCATTCTCGTGTTAAAAAATTGGAAGAACTTCTAGATCTGAGTGCTAATGATATTGTTCACCTTGTGGGAATTGTTGGAATGGGTGGAATAGGAAAGACCACACTTGCAACTGCATTGTTCAATAAAATCTCTCCTCAATTTAATGCTTGTTGTTACCTTGATGATTTAAGCAAAATTTATTGTAATTTTGGAGCAGCAAGTGCACAAAAACAACTTCTTTGTCAAGCTCTAAATCAAGGAAATATCGAGATACACAATTCTTCCCATGGAACTATGTTAATAAGAACTAGATTATGTCACTTAAAAGCGCTTGTTGTTGTTGATAATGTTGATCAAGTTGAACAATTAAAGAAATTGGGTTTGCAATCTGAATATCTGGGTGCAGGGAGCAGAATCATCATAATTTCTAGAAATTGTCGTATCTTGCAAAATTACGGAGTAAATAAAGTTTACCAAGTTGAAGTCTTGGACAAAACTCAATCTCTTCAATTACTTCGCAAGAAAGCTTTTAGATCGAATGATATTGGGAAAGAACATAAAGGGTTGACATTAGATATACTGAAGTATGTGAATGGTCTTCCATTAGCTATTGAAGTATTGGGCTCATTTTTACTTGATCGAGATGTTTGTGAATGGAGAAGTGCATTGACTAGAATGGAAGAAAATCCAAGCAAAGATATCATGGATGTGTTGCGAATAAGTTATGATGGATTGGAGAATATAGAGAAAGAAATATTTCTAGATATTGCTTGTTTCTTCTCCAATAATAATTCCTACTCATGGGAGCCAACAGTGAAGAAATTTTTGGACTATCGACAATTTTATCCTGACATTGGTATGAAAGTTCTGATTGAGAAGTCACTTATAAGTCGTCAAAATGGAAATATTAAAATGCATGACTTGTTGAAAGAGTTGGGTAAGAGTATTGTCCGAGAAAAAGCACCCAAAGAACCAAGGAAGTGGAGCAGGTTATGGAACTACAAGGATCTCCAAAAAGTCATGAAAATAAATAAGTGTCTGCCTAATTTGAGAAATTTGGATCTGAGACACTCCAAAAATCTTATTGAGGTGCCAGACTTAAGTGAGGTTCCACGTCTTACGGATCTTAATCTCCAAGGATGTATACAACTAGTCCACATCCATCCATCCATTGGTATTCTGAGAGACCTTCGTCGTTTGAATTTGAAAAGTTGTAAAAATCTTATTGAGGTGTCAGACTTAAGTGAGGTTTACTTGGTCCCTCGGATGGAAATTGTTATTCCTGGAAGTGAAATTCCAAAATGGTTCAGTAAACAAAAGGCAAGTACATCAATAAGTATGGACCCATCTGCTGTTATAGATGACCCAAATTGGATAGGTGTTTCCATTTGTGTTCTATTTGTCACACACGAAGGTCCTATGAATTTGGGTGAAAGAGATTATCCAATAAACGATCTTTTTTACGGTGTCAATAACTTTGGGCAAAAAACGTATGAAGGAGTTTCTATAATATTGAAGAAAGATCTGGTGACAGTTGGGTTAGATTATTTGTTGATAGTGTTTTACTCTCGACAAGAATTCATTCATCCTCAAGCAGTTAAATTTGAAACTAGGGTTGCGAGTGGTTTACGTTTTATGGTGAAGAAGTGCGGGTATCGTTGGGTATTTAAGGAGGATCTTCGACAATTCAACTCAGACAAGTTTTTCAGCAGAAATTCTTCATCACGGAAGAGGAAGCTTCTAACAAGTGAGTAA


Promoter Sequence:
>Vu_26178::LG6:38124858-38126858(+)
CAAATCATTTTTTACCAATAATTCTATTGAAATTGTTAGTGATTTGAAGGACGTCATAGTATGAATACACTAGCATGGAAATCACAAAAAAATTATGTTTCAAGTCTTAAGTAAACCTTACAAGTAATCCATAATTTAAATACATTGGTTGTGCTTAGAAATTGGGTAGGTCATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGAATCTCAAACACAGCCTTAAGTAATTAATAATCATCAGCATAAATAACAATATTATGAATTTGGGACTTTTTAATCAGATTTGTACTGATAGGTCCCCCAGCACAGACCGGACGACCGCCAAAAGTTGGTGCGTCCGTCCAATAATCTGGACCGAGCGTCCAGACATTCCAGGACGACCGCCAAGAATCCGGACCGAACGTCCAACGAGCGGCCAATCATTCAGGAACAGGGCGTACGTCCAAGGACGTCCGCGCTAGGGTGGCACGTCCGCCTAACAGTCTGGACCGAACGTCCGCAGGAAACGGACATTAGTCCAGGGACGTCTGTCCAAGATGGCTCGTCCACCCAAGAGTCCGGACCGAGCGCCTAACGAGCGTCCACCCATTCAAGAACGGGACGTCCGCCCATGATAGGACGAACGGTATCTATTTGGACGGTGCCGTGATGGAGCGTCCGCCCAATAGATAGGACGTTCGCCCATGATCTTATTGAGGACGAACGACCAGCCACTCAAGAACGGGACGTCCACCCAAGATAGGACGTCTGCCCAAGATGTTATTGAGGACGAACGTCCAGCCATTCAAGAGCTGGACGTCCGCCATGAGTGGACGTTCGCCCATGATATAATTTAGGACGAACGTCCAGCCGCTCAAGAGCGGGACCCGGACGTCCACCCAAGATTGGACGTCCGCCTACCAATTAGGACCGAGCGTCCAATCATCCATACATTGAACCCCTTCCCCAAACGATCCGCACTTAGTTGTGCTAATGACACAGTAAAGTCCTTAACGAGGATTAAGGTGTTATTGGGCCGTTCCCAGGCCCCCAAAAGGTAAAAGCCCATTACAATTCACTATAAATAAAGGTCTCAGGTATGAACTCTAGACTAACTTGAATAACGATGCATACACGCATCACAATCGCCCTGTCATATTACTGACTTGAGCGTCGGAGTGCCTTTAGCAGGTACCCGGCCCCTCCCCAGCATGGAGCAGGAGGGCGTCCGCCCGGCTTGGAGCATGGAGCAGCGCCTGGAGCAAGAGAGTGAACGCCCGGCCTGGGGTGAGGAACAGCGTTCGTCCATCACGGCACCGTCCGCCCGGTCTGCATCAGCTGGAGGAAAGTGTCCGCCCGTCGCCAGCGTTCGTGATCGTTCATCCGCCCGTCTCCAGCGTTCGCCATCGAACGTCCGTCAGCTCAAGTGTGTTTTTACAGGGTCCGCCCGGATCCAACCGAAACAAGATTCATACCTTAGTGAGAGAATCTTTGCGCAATTTTTCAACGAGTGCAGAGGGAATCGAACCGGAGAGGTCATTGTTCTCCAATATAATTGAACCTATGACAGTGAGAATGAACCAAGGAATTTTGAGGAAGCTGCCCAGAATCATAATTGGAAGAAACCTATGCAAGAAAAAATTTCTGCCCTTGAGAAAATTAAAATTTTTAAGAGTTATCAATATACACTGAACCACCAAGTAATGTTCAGAAAAAGAGTATTGAGGGATTTTACAGCCATAACAACTTGTCAGCTTTTAACCACAAAAATCTAAGAAATTGATCATATTAAGCCATATAAATTAACAACTATATCCACATCACCTTTTTCTTTTTATAAATTCACAGCTTCCCTAATTCCTCCCAAATTTCCACCAAAACCTAAACCCCGAAAAGAATCTTCTACATTTTCATCATGGCTGCCAAAACCCAAACCCCAACAAATTGTA


Gene Sequence:
>Vu_26178(+)
ATGTTCCATCCAATGTCAAGAAGGTCTTCTTACATGCCCGTTCCTACATGTGAATGGAACAAGGTTTTTTAAATGAGAGTACTATCCAATACGCACATTAATCTTTTATGCTGGTCACTCTTCGCCTTCTGCAATGGCTTGCAACAAAAATCAACGGAGCTCTTCATCACACACCAATAATTTTGATGTGTTTGTTAGCTTTAGAGGCGCAGATACTCGTAACGGTTTCACAAATCACCTTTTTGCAGCTCTTCAAAGAAAAGGAGTTGTTGCTTTCAGAGATGACCAAACAATCCAGAAAGGGGACTTTTTGGAGTCTGAACTCTTGCTCGCAATTGAAGGATCACGCGTTTTCATTGTTGTCTTCTCAAAGGACTATGCATCATCCACATGGTGCATGAAAGAGCTTACGAAGATCGTCGATTGGGTTGAAGTAACAGGTCGAAGTTTGCTCCCTATTTTCTATGATGTCACTCCTTCTGAGGTCCGAAAACAGAGTGGAGAGTTTGCAAAAGCTTTTGCTGAACACGAAGAAAGGTTCAAAGATGACTTGGAAATGGTAAAAGAATGGAGGGCAGCTCTCGAAACAAGCTGCGATCGTTGTGGGTGGGATGTGCAAAATAAGTAAGTACACATACCCATACTTTTGTTATGCTATTTTTCAAAGTCTTAACTAAACTCTCTGTGATGATTGAACTTTTGCCGCATAGGCAACAATATGAAGAAATTGAAAACGTTGTTGAAGAGGTAATCAACATATTGGGTCGTGATCAAATTTGGAATTTTGGCGATGATTTAGTTGACATGCATTCTCGTGTTAAAAAATTGGAAGAACTTCTAGATCTGAGTGCTAATGATATTGTTCACCTTGTGGGAATTGTTGGAATGGGTGGAATAGGAAAGACCACACTTGCAACTGCATTGTTCAATAAAATCTCTCCTCAATTTAATGCTTGTTGTTACCTTGATGATTTAAGCAAAATTTATTGTAATTTTGGAGCAGCAAGTGCACAAAAACAACTTCTTTGTCAAGCTCTAAATCAAGGAAATATCGAGATACACAATTCTTCCCATGGAACTATGTTAATAAGAACTAGATTATGTCACTTAAAAGCGCTTGTTGTTGTTGATAATGTTGATCAAGTTGAACAATTAAAGAAATTGGGTTTGCAATCTGAATATCTGGGTGCAGGGAGCAGAATCATCATAATTTCTAGAAATTGTCGTATCTTGCAAAATTACGGAGTAAATAAAGTTTACCAAGTTGAAGTCTTGGACAAAACTCAATCTCTTCAATTACTTCGCAAGAAAGCTTTTAGATCGAATGATATTGGGAAAGAACATAAAGGGTTGACATTAGATATACTGAAGTATGTGAATGGTCTTCCATTAGCTATTGAAGTATTGGGCTCATTTTTACTTGATCGAGATGTTTGTGAATGGAGAAGTGCATTGACTAGAATGGAAGAAAATCCAAGCAAAGATATCATGGATGTGTTGCGAATAAGTTATGATGGATTGGAGAATATAGAGAAAGAAATATTTCTAGATATTGCTTGTTTCTTCTCCAATAATAATTCCTACTCATGGGAGCCAACAGTGAAGAAATTTTTGGACTATCGACAATTTTATCCTGACATTGGTATGAAAGTTCTGATTGAGAAGTCACTTATAAGTCGTCAAAATGGAAATATTAAAATGCATGACTTGTTGAAAGAGTTGGGTAAGAGTATTGTCCGAGAAAAAGCACCCAAAGAACCAAGGAAGTGGAGCAGGTTATGGAACTACAAGGATCTCCAAAAAGTCATGAAAATAAATAAGGTATTTTTTTTAATATACATTCTTATCTTGTCATTCTTTAGGAGTTTACAAATTATAAAAAATATGTAATGATTTTTCCCTGTATAAAATGCTTTAGGAAGCCGAAAATGTTGAAGCTATATTTATTAAACAACATGAAAAAGAGTTTCTACAAGGAAGAATAAGAGTGGATTCTTTATCAAAAATGGATCACCTTGAGTTGCTCATTCTGAAGAATGTGAACTGTTATGGAACTCTCAATTTCATTTCTAATGAACTGAGATATCTATTTTGGAATCACTTTCCTTGGTTGTCTTTGCCATCAACTTTCTTTCTAGATCAACTTGTAGAATTGATCCTACCTCATAGCAATATCAAGCAACTATGGGAAGGAAAAAAGGTACTATATTGTTGGTATTTATATTTTTTTTTTCTCAAACAAACAAAAAGATGCTCCATCTCACATAGAGAAAAAAAAAGAGGGGAAGGTTAACCTTTTATCATTTAGCGTTTTATCTTTTAACCTTTTTAATGGAAAATTGAAATTTTCTTACTCATGTTTCTCTTACAGTGTCTGCCTAATTTGAGAAATTTGGATCTGAGACACTCCAAAAATCTTATTGAGGTGCCAGACTTAAGTGAGGTTCCACGTCTTACGGATCTTAATCTCCAAGGATGTATACAACTAGTCCACATCCATCCATCCATTGGTATTCTGAGAGACCTTCGTCGTTTGAATTTGAAAAGTTGTAAAAATCTTATTGAGGTGTCAGACTTAAGTGAGGTTTCATGTCTCACGAATCTTAATCTTGAAGGATGTATACAACTAGTCCACATTCATCCATCCATTGGTATTCTAAGAGACCTTCGTCGTTTGAATTTGATGAATTGTAAAAATCTTGTCCTTAATCTGAATATCCTTTTTGGGATCAGTTCACTCAAGACCTTAAATATCTCCGGCTGTTCAAAATTACTTAATGGTAAGATGTTAATGGTCCCAAGTGACACAAAACATTTGGAGAAAGTTGATAAAAATACAAATATCATCCAATTGCCAACATCCTCTGTATACAAACTTCTAATGTTGCCTTTCCATTTTTTCTACCCTCCAAAACCTCAAGATTCACTTGGTTTGTTATCGTCTTCTTTGTCTTTCTCTGTCCCGTGTTTATGTAATCTTAACATAAGCTTCTGTAATCTACTTCAAATCCCAGATGAAATTGGGAACTTACGTTCTTTAGAAAAATTAAATTTGGGGGGAAACAAATTTGTGACACTACCAAGCACCATCAAGCAACTTTCCAATCTTCGATGTTTGATTTTGACACACTGCAAGGAGCTAAAATATTTGCCCGAGCTTCCAACAATACAAGAAAAAACAATTGACAGAGACAGTAGGCGCTTATACACTTTTGACTGCCCCATGTTGAGTGATATGGAACACTGTTATAGCATAGTTTTTTCTTGGATGACGAAAAATCTTGAGGTGACGACGACTCCATCCTTTCTTTTGTGTCTCACTTTTTCTGTGTACACTATTTATGTATAACTGGATTTGCTTTAATCAGGTTTACTTGGTCCCTCGGATGGAAATTGTTATTCCTGGAAGTGAAATTCCAAAATGGTTCAGTAAACAAAAGGCAAGTACATCAATAAGTATGGACCCATCTGCTGTTATAGATGACCCAAATTGGATAGGTGTTTCCATTTGTGTTCTATTTGTCACACACGAAGGTCCTATGAATTTGGGTGAAAGAGATTATCCAATAAACGATCTTTTTTACGGTGTCAATAACTTTGGGCAAAAAACGTATGAAGGAGTTTCTATAATATTGAAGAAAGATCTGGTGACAGTTGGGTTAGATTATTTGTTGATAGTGTTTTACTCTCGACAAGAATTCATTCATCCTCAAGCAGTTAAATTTGAAACTAGGGTTGCGAGTGGTTTACGTTTTATGGTGAAGAAGTGCGGGTATCGTTGGGTATTTAAGGAGGATCTTCGACAATTCAACTCAGACAAGTTTTTCAGCAGAAATTCTTCATCACGGAAGAGGAAGCTTCTAACAAGTGAGTAA