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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_26142 LG6 36163576 36171367 PREDICTED: pollen receptor-like kinase 1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 36164774 missense_variant p.Ile634Val
T/A 36165048 upstream_gene_variant
A/T 36165051 upstream_gene_variant
T/G 36165224 upstream_gene_variant
G/T 36166105 upstream_gene_variant
C/T 36170313 upstream_gene_variant
A/T 36170549 upstream_gene_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_26142.1
MQIRTESMQITTELESDSDSEAAAIWKEIEASESFLVCSMYQEAASLASSILERLRHGSLATLDMLESTAMVLLQALIHLPRTQHIIDQLRLHFISVKAIPPRVLLAGACFQIAQGSGLGVQEFVEDFLNGWILEEARYCAVITEKNAEDGIRKDIDLAISWVENASLPEENRQGLLRRLRSMHSPESTILSQPFPQSPTNRNEDYSLKERNISEGLPQAFKTKHLNNEKDRSKNALIKLSKQIEAYFCCFRGIHLKIGSTKFVITSGKIMLGCLLVFIFYVFRKKQATIKRILRRQAISAKRALVDLWQLAFSYQVNPLAAVQPPSVATRQDRPVWRACTAHPSLCVCQPCPFTMALSTSLTPFTFLLSSSFLSHILLIVTASDKELLLGFKDSIENKHALSSWNESVPPCSPKQPNWPYVQCYKGHVWGLTLENMRLKGVVDVQTLEKLPYLRTLSLKNNDFNTEWPYINGILGLKALFLSNNKFFGEVPSQAFQDMKWLKKIHLSNNRFTGHIPTSLASMPRLIELRLEGNQFTGSIPNFQRPLKSFSAADNKLEGQIPEGLRDLPISAFSGNEGLCGAPLEACPSKKLSLLSIIVTVVLVVVALVVIGAVVLLVLRRRRKRVPDVSEEDSPSMSHKKARSREPSEEGSHRSRSSSRISKGDTMMLSFVRDHKDRFDLHELLRASAEVLGSGCYSSSYKACLVNGPAMVVKRFKQMNNVGREEFQEHMRRFGRLNHPNLLPLIAYYYRKEEKLFVTDFVHNGSLAVRLHGYQALGQRSLEWGSRLKIVKGIAEGLQYLYREMPSLIAAHGHLKSSNVLLNESLEPLLTDYGLVPVINQDLAPDIMVIYKSPEYLQHGRITKKTDVWSLGIVILEILTGNLPVNFLQGKGSDLSLANWVHSVSEECSSEVFDKDMEVSTNSEGEMIKLLKIALACCERDVDKRWDLKEVVDRIHQVNETDNEDHNSRSSSNASEVEIRQTQSGEVSFPIDMT*


CDS Sequence:
>Vu_26142.1
ATGCAAATTAGGACCGAGTCGATGCAAATCACGACGGAGTTGGAGTCAGACTCAGACTCTGAAGCTGCTGCTATATGGAAAGAAATTGAGGCTTCAGAGAGCTTCCTTGTTTGTTCTATGTACCAAGAAGCCGCATCGTTGGCATCCTCTATTTTGGAACGCTTGCGTCATGGCTCCCTTGCAACTCTAGATATGCTGGAATCCACTGCCATGGTGCTTCTCCAGGCACTTATCCACCTTCCCAGGACTCAACACATTATTGATCAACTTAGACTGCATTTCATTTCAGTCAAAGCTATTCCTCCCCGTGTTCTTCTTGCTGGAGCTTGTTTTCAAATTGCACAAGGTTCTGGACTTGGTGTTCAAGAATTTGTCGAGGATTTCCTTAATGGATGGATTCTTGAAGAGGCAAGATATTGTGCAGTCATTACAGAGAAGAATGCAGAGGATGGAATTCGAAAAGACATAGATCTGGCAATCTCCTGGGTTGAGAATGCTTCATTGCCTGAGGAAAATCGACAGGGACTTCTAAGAAGGTTACGTTCCATGCATTCTCCTGAAAGTACTATTCTGTCACAACCTTTTCCTCAGTCACCTACAAATAGAAATGAAGATTATTCTTTGAAAGAACGAAATATTTCTGAAGGATTACCTCAAGCCTTCAAAACCAAACATCTAAACAATGAAAAGGATAGGTCCAAGAATGCTCTTATAAAATTGTCTAAACAAATAGAAGCATATTTCTGTTGCTTCCGTGGTATCCATTTGAAGATTGGCTCTACTAAGTTTGTCATAACTAGTGGGAAGATCATGCTTGGCTGTTTACTAGTGTTCATCTTCTATGTTTTCAGAAAGAAGCAAGCCACTATAAAAAGGATTTTAAGAAGACAGGCTATCTCCGCAAAGAGGGCTTTGGTAGATTTGTGGCAGCTTGCATTTTCGTACCAAGTGAATCCTCTGGCAGCTGTTCAACCTCCATCTGTTGCAACACGTCAAGATAGGCCTGTCTGGAGGGCGTGCACGGCGCACCCTTCCCTGTGCGTGTGCCAACCCTGTCCCTTCACTATGGCACTCTCCACTTCTTTGACTCCATTCACGTTTCTCCTTTCATCTTCATTTTTATCGCATATTCTCCTCATCGTAACTGCTTCAGACAAAGAATTGCTCCTCGGATTCAAAGACTCCATTGAAAACAAACATGCCTTGTCTTCCTGGAATGAATCCGTCCCTCCGTGTTCTCCCAAACAACCTAACTGGCCTTACGTTCAGTGTTATAAGGGGCACGTCTGGGGTTTGACGCTCGAGAACATGAGACTCAAAGGGGTCGTTGACGTTCAAACCCTCGAGAAGCTACCCTATCTCCGAACCTTAAGCCTCAAGAACAATGATTTTAACACTGAATGGCCTTACATCAACGGCATTCTGGGTTTGAAGGCCCTTTTTCTTTCCAATAACAAGTTTTTTGGGGAGGTTCCTTCTCAGGCTTTTCAGGACATGAAATGGTTAAAGAAAATCCATTTGTCCAACAACCGCTTCACGGGTCATATTCCAACTTCCCTCGCATCCATGCCCAGGCTTATCGAGTTGAGGCTCGAAGGAAACCAATTCACCGGCTCCATACCCAATTTTCAACGTCCATTGAAATCTTTTTCTGCAGCTGATAATAAATTAGAGGGACAAATACCAGAGGGCCTCCGTGACCTGCCAATTTCAGCTTTCTCTGGTAATGAAGGGCTATGTGGAGCACCGTTAGAAGCATGCCCGTCCAAAAAGCTATCACTTCTGAGTATTATTGTGACTGTTGTTCTTGTTGTTGTAGCACTGGTTGTTATTGGAGCAGTAGTGTTGTTAGTCCTTCGCCGGAGAAGAAAGCGGGTGCCAGATGTGTCTGAGGAAGATTCACCATCAATGTCCCACAAGAAAGCAAGAAGTAGGGAACCATCAGAGGAAGGAAGTCACAGGTCCCGCTCCTCGAGCCGCATCAGCAAAGGAGACACCATGATGTTATCGTTTGTGAGGGATCACAAAGACCGGTTTGATTTGCATGAACTACTGAGAGCCTCAGCTGAGGTACTGGGCAGTGGTTGTTACAGCTCTTCCTACAAGGCTTGTTTGGTAAATGGACCAGCTATGGTGGTCAAGAGATTCAAGCAAATGAACAATGTCGGAAGGGAAGAGTTTCAGGAGCACATGCGACGGTTTGGTCGCTTAAATCATCCTAATCTGCTTCCTCTCATTGCCTACTACTACAGAAAGGAGGAGAAACTCTTCGTTACTGACTTTGTTCACAATGGCAGCTTGGCTGTTCGCCTCCATGGATACCAAGCTCTAGGGCAGCGAAGCCTGGAGTGGGGAAGTAGGTTGAAGATAGTGAAAGGCATAGCAGAAGGACTTCAATATCTCTACAGGGAGATGCCAAGCTTAATAGCGGCGCATGGACATCTCAAATCCTCGAACGTTCTTCTGAATGAATCTTTGGAACCCCTTCTGACGGACTATGGGTTGGTACCAGTGATAAACCAAGATCTTGCTCCTGACATAATGGTGATCTATAAGTCCCCAGAGTATTTGCAGCATGGTCGCATTACAAAGAAGACTGATGTGTGGAGTCTTGGGATAGTTATTTTGGAGATTCTAACGGGAAATCTTCCTGTTAACTTTCTACAAGGTAAAGGAAGTGATTTGAGTTTGGCAAACTGGGTCCATTCGGTCTCGGAAGAGTGTAGCAGTGAGGTGTTTGATAAGGATATGGAGGTAAGCACAAACAGTGAGGGAGAGATGATAAAGCTTTTGAAGATTGCATTGGCTTGTTGTGAAAGGGACGTTGATAAGAGATGGGACTTAAAAGAAGTTGTAGATAGAATTCATCAAGTAAACGAAACTGATAACGAGGATCACAATTCCCGTTCTTCTTCTAATGCTAGTGAAGTTGAAATCAGGCAGACTCAGTCAGGTGAAGTTAGTTTCCCCATAGATATGACTTAA


Promoter Sequence:
>Vu_26142::LG6:36171367-36173367(-)
AACAGCTTCCCCGTACCAGTGCTGAAAGATAAGGCAGTCACCGAACCACGTGTAGAATGTGTAAATGAAACCAACTCTTCATCATAACGAATGTTGTGAACATGTATCCTTCCATCTGAACAGCCAATAGCAACAACGTCCAAGGCAGGGGATGAAACACAACAGGATATGGGTGAATTCCATCCATTAAACTCAAAAATCTTTTTCTTTGTGCTAATGTTCCAAAGCTGCATGGAACCTTGCTCACTTCCAATAAGAACCTGCTTACATGCTAATAATCACAAAGGGACCAATATAATTTTCTACAAATATTCCAGAGGGAAAAGGATGATTACCTTATTCAGGTAAGTATCTGGATGCATTATACAGCTGGGGTTAAATTTCTCGTGCAGCATAATGTGCCCAAACGGAGCAAGGTTATCTTCAACTCCCTTAAATGGCCACAAGAACATGTTGCCACAAACATCCACACTGACAATATGTTCTCCAAACAACAGGAGCAACTTAACTTTAGCATTATGGCTGCTCCAAGTTGCAACCTGGAAAAACATCCAATGTTAAAACTCCTCAAATGCTCCTAAAGAATAAAAAAAAGGAACTGCGTAGTGTTGGTGTGGTTCTCCATAAATCATTCTAATAGAGAAAAAGTAACCCACAGGTTAAAAAAAATTAAAGAAGTTGTATGTGAGAGAACTTCTACAAATTAGTCCATAAAAAAATTCATTTTAAGTTTTCTTCTTTTTGCATTGGAAGGAATTTATGGAGAAGCTCATCCAAATAGGACTTTATGTAGAACCTGGTGTGCACGCTTGAACACTGCAATGTTCTTTCCATAAGCAGCAAAAGTGTATTCGCGATAAGATGCTAGTGCACTAATCTTCTTCGGCAGCTGAGGACCTTCACGGAAAATGACAAATTTGAAGATAACAAAAAATTATGAAGATGAACAAGAAAAAACTGGAGGCTTACCAACTAGAACTAGAGTGAGCTTTGCACACTGCAGAGAGAAAATGAAGAAAATATCAAGTAAATTGAAGAAAAATATCAAGTTAATATCACATTTGAATCTGGAATAGGAAATAAAAACAGAAAGAATATAAAAAAATGTGCGTATGGGTGTGATTGAGAAATTACGTTAAAAATCTGAAAAGCCTTTCCAACGCTGACAGTAACGAAAGTTTCAGTACCGAGCCTCTGAACAGAGAACGGGACGCTGGTTGTGATGCACCCAATTGCTCTGTAAGGTTCAAATATACCCATTCTTGTACTTTCTCTTCTTCTTCTTCTATCAAATGGATTGACGAGGATGATTGGCCTCAATCCAGCACAACTCTCACCGCCCTAGCTTCTTCTCTGTAACAGGGGAGGGTTTTGGGGTTAGGGTTTTAGGTTATTGATGAATTGAAGTGAAGCCCAAATACGCATAGTTTCACATCTTATTAAATTAATTTTAAAATAAAAAATAAACTATTACTTTTTTCAAGTATAAATTTGAATCTGGTAATTTTTTTATTATTGTAAGGTTACCGGAATCATGCCTCTTAAAGATTTGCTTTTACTATAATTATTTTGCATAGAATCAGTTTTATACTTAATTACTTTAAATGTGTACTTAGTCTAAAATTCCAAAATTTACTTATATTAGTAAAAATCTAATAAATTTGAAAGTAAAGTTGATTATTAAATTTGTAAGAGTTTATTTTAAATAAGAAAATTAAAATTATTTATAAATAATATAATTCTTTATAATTATATGATTATCTAAATAATTTTATAATATAATATCATTATTATTATTATTAGATTTTTATATTTTTAAATATTTTATTATATTTGTCTTATATTACTACTCTTTTAAATAACTTTAATTAATTACATTATATAATATACTATTATATATGTGTGTGTAATAGATAATACATAGATGAATTGTTGAAGAAAGGAGGTGCTGTTGATTTTTCCCTTTTTGTGGTTTTGATTTGTGAGGTGAGGAGGAGACT


Gene Sequence:
>Vu_26142(-)
ATGCAAATTAGGACCGAGTCGATGCAAATCACGACGGAGTTGGAGTCAGACTCAGACTCTGAAGCTGCTGCTATATGGAAAGAAATTGAGGCTTCAGAGAGGTAATGAGTGAATCAATTGCAGAACTACCCAAAACCAGAATCTGTCTGATGATGTGTTTTTTCCGATGCAGCTTCCTTGTTTGTTCTATGTACCAAGAAGCCGCATCGTTGGCATCCTCTATTTTGGAACGCTTGCGTCATGGCTCCCTTGCAACTCTAGATATGCTGGAATCCACTGCCATGGTGCTTCTCCAGGCACTTATCCACCTTCCCAGGTTTTTTTACATTCCCATCTCCATCTTCTCCACATTTCCTTCTAAAATTGAATCATCGTTGCTTTGGTGCAGGACTCAACACATTATTGATCAACTTAGACTGCATTTCATTTCAGTCAAAGCTATTCCTCCCCGTGTTCTTCTTGCTGGGTCGGTATGCTTGCTTTCTTTAACATCTTCTGGTTAATAACAATTTCATGTACCATACCAGTTGGCTTCAGCTCAACTCTTGTTCAGCGTCACTCAATTTAATACTCACCTTGTCCATTTATTCATTGTAAAGTTTAATACATCCAATCACTGCGGATTGAACAGGTTTCCAAACACACCCAATGTCATGTATGATTGCCATTTTTTACTTTTATTCTTGATGTGAGCATTTCATTTCTGATCCCTGAATACCCGAGATAGCTTATTCGTTCAGGATCATGATTCTGCAGGATCTGTGTCCTTTCTATATAGTGTTTGACAATAGGGTTCCACTGTTTTTATGTTTTCCATATAGATATGTCTGCCAACAGGGTATTAGTGAAAGACCATGTGTAAGGAGAGTGATACTACCAATGTTTTTACTTTTGGTTCAGTGTAACAATTGCAGCTGAGACTAGTAACCAAAAAATTAATAACAGAGGCAGAAGAGTCAATTACTGATGCAATTCAGCAGGGACAGCTGACAGCAGATCCTGATGATCATGGAGGCAGGAAAAGCACGAGAATTAAAATAACTAACTCTAGGTTGAGGGATTTTGATTGGTCAAGAGTTTAGTATAAATTCTGTTGTAGTTAGAGAAAAGGAGGGACGATTGATTTTGTCTGAATTTCTCTTTCTGGACCTGTTTCTCCTTTTGATGTTTGCGTTCATACTTGTTTTGGTCATTCTCTCTAATTAACATGCTACCTTGTATGCATTCTGAGTTTTAATAATACTGCTGCAGAGAATTGATTTTGTTATTGGGTAAATTGTTCTTCTGTTACACAGAGCTTGTTTTCAAATTGCACAAGGTTCTGGACTTGGTGTTCAAGAATTTGTCGAGGATTTCCTTAATGGATGGATTCTTGAAGAGGCAAGATATTGTGCAGTCATTACAGAGAAGAATGCAGAGGATGGAAGTATAAAAGAAAACACATAGTTCTTGAAATTAATGAATATTTGGAAGTTGTCGAGCTTTATGGCATCACACTTCTTGCAACAGTTCGAAAAGACATAGATCTGGCAATCTCCTGGGTTGAGAATGCTTCATTGCCTGAGGAAAATCGACAGGTATGAATGTTCTCCGCAAATCAAGTTTTCATGTGTCATATAAGTCAAGATTAATGGCTTTGTAATCAGGCATCTGAATTAGAAATGAGAAACAAAGTTATGGTGTAATTTTGATTAATTGAAAAAAAAAACAGTTCACTGCATTCTCTTTTGTCTTTATTGGTGGAAGGAATCGGATGTATACTTTTATCAGTACGTTGAATTTATTAATCTAAGCTGACATTTGGAAAAATTACTTCGCCAACTTTTTTTTTTTTATAGTGTTGTTTATTTTGCTGTCTGCAGGGGTTATTTCGTTGGTAAACTTTATCTCTAGCTGAATAACTACTCTAAATATTACAACCATTCTCTGAATACAATACCTTATGTTAGGAGTCCTCTTCATTGATTTAAGTATCAGACTCGTACAAAATCAGAGGTAAATACAAGTATGCCATCAAAAGGAGCCCTCTCCTTCTCACACCAGAAAAGTCCACTTAAAAGAATTATTTCAAAAAGTCCTCCCAAATCAATAGAGGGCTTATTTATAGCCTATACAATAACTGATTTAACTTAGTTTCCCACACCAAAATTATAACTTGACCTTCTTTCTTCTTCTAAATTAAACCTGCAGAGTTTATAATACTCCCTAAATTTATTCCTAGCATAACCAATAAACTCTTCTTGTCTTTTTGTAAGTGTTGGCTTGTTTGCTCTTAGGCAGTGTCCTTCCCTCATTCATTTGGTAACTATTTGTATGACATTATATTTTGTAGGGACTTCTAAGAAGGTTACGTTCCATGCATTCTCCTGAAAGTACTATTCTGTCACAACCTTTTCCTCAGTCACCTACAAATAGAAATGAAGATTATTCTTTGAAAGAACGAAATATTTCTGAAGGATTACCTCAAGCCTTCAAAACCAAACATCTAAACAATGAAAAGGATAGGTCCAAGAATGCTCTTATAAAATTGTCTAAACAAATAGAAGCATATTTCTGTTGCTTCCGTGGTATCCATTTGAAGATTGGCTCTACTAAGTTTGTCATAACTAGTGGGAAGATCATGCTTGGCTGTTTACTAGTGTTCATCTTCTATGTTTTCAGAAAGAAGCAAGCCACTATAAAAAGGTACTCACTTAAATTTGTAGCTCCATAGTAGAATGTATCTCTAGTATCTGTTTTCTGCATCCTCTCATCTTTAGCGGATACAACACCCTTTCATATCAAAATCATCTTTAGTTGTATATTAGTCATTTTTGTTTTTACCTGTTTAGTTGCTGTAATTCATCTTAAGCAAAATATCACCTCTTTAGGACCTTTATTAGGGTTCAGATTTTAGCTTTGCTTCGGAGATAGGAGAGAATCCTGCTACCTTTGAAAAGTTCCTAAGGAAAACCAGAAAATGTTCCCTAACAGAATTCCCATAACTTTTCTGCCCTTAACAACTTTCTAGAATTTAGGACAAGTGAATAAGAATTAATAACAAATTTCCCTGATGATAAGAAACTTAGAATCACATAGCAATAGAAGATTCCTCCTAGTGTTCCAAACCTGTCAACTACTCTCATACTCCGCCTTTCTACTTGGGCTCTATCACATTAATTCAGCAATCTTTTGACTCTCTTGAGTTATTTTCTTAGTTGGGGTTAGTGGGGTTTGTGAAAAGCTATTGTAATGTTTAATTTTAATGGGTGTGTGGAGGGACTATCTTATATTGATGCAATCCTTATTTAATTTATATTTTGATAACTTGTTATGTGGTTTGTATGTAAAATACAATAGGAACATGGGAATATTATAATGTTAAAACTTGAAAAGGAGTGTGTTTTAGACCATACCTGATGGACAGCAAGATTATGAAGAGGCAGCTTGTGAGTTGTGTTTTTTGACTTGAAAGCTTGTGATTCCTGGTATTTTTAGTTATAGAATTTGTAGGATATTTAGTAACCTCTCAAGAACCATGTCATTGCAAACGGATTGACCTATATTTGATACTAGCTTTTAATTAAAACGCCCCCCACCCCCTCATGTGAATTTTTTATTCTCTTGTAATTTCTTATGGAATCTGTTATGATCATGAGTAAAATCCATTTCACTTTCTTCTGTCTCATGGTGAAGAATCTGCATTTTATTTATTCTAAGGTTGAGGCACCCTTGGTTAACAAGCAAGTGTTACTATACTGAATACCAAATTAATAATATGCATTTTTTACTGTAACCAAACTTATTGAATGGATTTATAAGGGTTATAGCAAGTTTTGCAATATATATTTGCTCTCTTTGTGCTTCAGAGGGATTACATGATTCTGAATGACTGAGACTATTCGTGATTTAGGATTTTAAGAAGACAGGCTATCTCCGCAAAGAGGGCTTTGGTAGATTTGTGGCAGCTTGCATTTTCGTACCAAGTGAATCCTCTGGCAGCTGTTCAACCTCCATCTGTTGCAACACGTCAAGGTCAGTGAGGCCATGATGGAATTGTTGACCGATCGAGCATTTCCTTAATCAGAAGCTTGTCATAACGTAACTGATCCTCAACCAAAGTTTCATTTAGGCAAATATTGTTTGAATATGCGCTACAGTATGCTAATCAATTGAACCTTTGGATAATAATATATGTAACAATGTAGCACCACCCAGCCTTCTATTAGCACAAAGTTTTCTTAATTTATCATTCTGTAGCTATATGTTATGTCAGGAAAAAGTGAAATATTGTGTGTAATTGCATTAGATGTCAGGAAGTGTTGGCGTGATTTGTCCTAAAACTTTGTACATTTAGAAAAGTGGACAAAATTACACAACCCGGTTAAAAAATAATGATTCACCAAATAAATGTACCAGTGAAAATTTTTCCAGAGACGCTATTGAAGTCGTCTTCTTATATGCCAACGCCGAAATATAAAAACAATTAAATTTAGAATGTTTAGAGGTTGCAATGGTTGTATAACTTATTATTTTCTAAAGAAATGTAACTTTAATTTGATACAATGTATCGAACTAGTTAAAACAAAAAGTGAAATTTATGAAATAGTTTTGAAATGAACAAGAATACAGCCGAATTTAAATTAGTCAATATGACTATAACTCTTAAAATTATTGTTTTTTGAATATGAATACGATTAAAAAATGTACAATAAAGCTTCATAGTTATAGTGCATAAAAATAAGGTATCAGTACTTGTTAGTCTATAATCATCATGTATAACCGACACCAGAAACAAGTTACAATCTTATTCTGGTACGTGATACTCCCTACGAATATACAACAAATTATACAATTCAAGGCAAAAAGAAAGATTTAACATTTATTTTGCCAATTGATTTTTATATTTTTGCCGTAATTTTTTAACTCTAATTTAATTATAGATGAAATCTATGATAAAACTTTAACAATATTATGCATATTGTTAAATTGATAATTGTTACTAATTTAATATTTGAGCA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