Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_25875	LG6	28496403	28502702	PREDICTED: homeobox-leucine zipper protein HDG2-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09182 Protein families: genetic information processing		C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/C	28499191	synonymous_variant	p.Pro200Pro
A/G	28499236	synonymous_variant	p.Gln215Gln
G/T	28499425	missense_variant	p.Glu278Asp
T/G	28500485	intron_variant
C/T	28500487	intron_variant
A/G	28501426	intron_variant
A/C	28501495	intron_variant
G/T	28501525	intron_variant
C/T	28501589	intron_variant
C/T	28501614	intron_variant
A/G	28501816	missense_variant	p.Asn606Ser
G/C	28502274	intron_variant
A/G	28502277	intron_variant
T/C,*	28502283	intron_variant
T/C	28502284	intron_variant
C/T	28502479	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_25875.1

MFQPNLMEALEMGQNTSESEVPRIREDEFDSATKSGSENHEGASGEDQDPRPNKKKRYHRHTQHQIQEMEAFFKECPHPDDKQRKELSRELGLEPLQVKFWFQNKRTQMKTQHERHENTQLRTENEKLRADNMRYREALSNASCPNCGGPTAIGEMSFDEHHLRLENARLREEIDRISAIAAKYVGKPVVNYSNISPSLPPRPLELGVGAGFGGQPAIGVDMYGAGDLLRSISGPTEADKPIIIELAVAAMEELIGMAQMGDPLWLTTLDASSTILNEDEYIRSFPRGIGPKPSGFKCEASRETAVVIMNHVSLVEILMDVNQWSTVFSGIVSRAMTLEVLSTGVAGNYNGALQVMTAELQLPTPLVPTRESYFVRYCKQHSDGTWAVVDVSLDNLRPSPSARCRRRPSGCLIQEMPNGYSKVTWVEHVEVDDRGVHNLYKQLVSSGHAFGAKRWVATLDRQCERLASAMATNIPTVDVGVITNQEGRKSMMKLAERMVISFCAGVSASTAHTWTTLSGTGADDVRVMTRKSVDDPGRPPGIVLSAATSFWLPVPPKRVFDFLRDENSRNEWDILSNGGVVQEMAHIANGRDTGNCVSLLRVNSANSSQSNMLILQESCTDSTGSFVIYAPVDIVAMNVVLNGGDPDYVALLPSGFAILPDGTISHETGPGGSLLTVAFQILVDSVPTAKLSLGSVATVNNLIACTVERIKASLSGETA*

>Vu_25875.2

CDS Sequence:
>Vu_25875.1

ATGTTCCAGCCGAACCTGATGGAAGCCTTGGAGATGGGTCAGAACACTTCGGAGAGTGAGGTTCCTCGAATCCGTGAAGATGAGTTCGACAGTGCCACCAAGTCTGGTAGTGAAAACCATGAAGGTGCCTCTGGTGAAGACCAAGACCCTCGTCCAAACAAGAAGAAGCGTTACCACCGCCACACCCAACACCAGATCCAGGAGATGGAAGCATTCTTCAAGGAGTGTCCACACCCAGATGATAAACAAAGGAAAGAACTGAGCAGGGAATTAGGGTTAGAACCATTGCAGGTTAAGTTTTGGTTTCAGAACAAACGTACCCAGATGAAGACACAACACGAGCGGCATGAGAATACACAACTTAGAACCGAGAACGAGAAGCTTCGAGCTGATAACATGAGGTATAGGGAAGCTCTCAGCAATGCTTCGTGTCCTAATTGTGGTGGACCAACAGCAATAGGAGAAATGTCATTTGATGAACATCACTTGAGGCTTGAGAATGCAAGGCTTAGAGAAGAGATTGATAGGATTTCAGCAATTGCTGCTAAGTATGTAGGGAAGCCTGTGGTGAATTATTCAAATATTTCTCCTTCCCTCCCTCCTCGTCCTCTAGAACTTGGGGTTGGTGCTGGTTTTGGAGGCCAACCAGCTATTGGTGTGGACATGTATGGAGCTGGAGATCTTCTGAGATCAATTAGTGGACCCACTGAAGCTGATAAACCCATCATAATAGAGCTAGCTGTTGCAGCTATGGAGGAGCTCATTGGAATGGCACAAATGGGTGATCCCCTTTGGTTAACTACTCTTGATGCCTCATCTACTATACTCAATGAGGACGAATACATCAGATCTTTCCCTCGAGGAATTGGCCCAAAACCTTCTGGCTTCAAATGTGAAGCTTCTCGAGAAACTGCTGTTGTTATCATGAACCATGTCAGCCTCGTTGAGATTCTCATGGATGTTAACCAATGGTCCACAGTGTTCTCTGGTATAGTCTCAAGAGCCATGACTCTGGAAGTGCTATCCACAGGAGTGGCTGGGAACTACAACGGTGCCTTACAAGTGATGACAGCAGAATTGCAACTACCTACCCCTCTTGTGCCAACTCGTGAGAGTTATTTTGTAAGGTATTGTAAGCAACATTCGGATGGAACTTGGGCAGTGGTGGATGTGTCTCTGGATAATTTGCGCCCTAGTCCTTCAGCCAGATGTAGGAGAAGACCTTCTGGTTGCTTAATTCAGGAAATGCCAAATGGCTATTCAAAGGTCACGTGGGTCGAGCATGTTGAAGTGGATGACAGAGGTGTTCATAATCTTTACAAACAGCTTGTTAGCTCTGGACATGCATTTGGTGCCAAACGTTGGGTTGCAACCTTGGATAGACAGTGTGAAAGACTTGCCAGTGCTATGGCAACAAATATTCCCACAGTTGATGTTGGTGTGATAACAAACCAAGAGGGGAGAAAGAGTATGATGAAACTGGCTGAAAGGATGGTGATAAGCTTTTGTGCTGGAGTGAGTGCTTCCACTGCTCACACATGGACAACACTGTCTGGAACAGGTGCCGATGATGTAAGGGTGATGACCCGAAAGAGTGTGGATGATCCTGGAAGACCTCCTGGCATTGTTCTCAGTGCAGCCACTTCTTTTTGGCTTCCAGTTCCACCTAAACGAGTTTTTGACTTTCTCCGTGATGAGAACTCTAGGAATGAGTGGGACATTCTTTCCAATGGTGGAGTTGTGCAAGAAATGGCACACATTGCAAATGGACGAGATACTGGAAACTGTGTGTCTCTACTTCGAGTAAATAGTGCAAATTCAAGTCAGAGTAACATGTTGATACTGCAAGAGAGTTGCACCGATTCAACAGGGTCTTTTGTGATATATGCTCCAGTAGATATTGTTGCAATGAATGTAGTTCTAAACGGAGGAGATCCAGATTATGTGGCACTTCTTCCTTCAGGGTTTGCAATTCTCCCAGATGGAACTATATCTCACGAAACTGGACCTGGTGGATCTCTTTTAACTGTTGCGTTTCAAATACTGGTTGATTCGGTTCCAACTGCTAAGCTTTCTCTTGGATCTGTTGCCACTGTCAACAATCTCATTGCATGCACTGTTGAGAGAATCAAAGCATCTTTGTCTGGTGAAACTGCTTGA

>Vu_25875.2

Promoter Sequence:
>Vu_25875::LG6:28494403-28496403(+)

GACCAAATAAATTCCTCACTTATTTTAAGATATTATTAGATGACAATATAATTTTTTAAACATTTTTTAATATTTATAATTGTAAATCGTCACTAAAATAAAACTATATATATCAATTAAATTAATTTTTGATTTGTATAAAAAAATAACATTTTTTGTTACTAAAAATATAAACAGGCTAGCACTATCTAACAAACTGGGTCATGCACTTATCATAAATTTTATTCATATAAAGGTAAAACCTACGTCACATATAAAATATACTGCATAGAATAAAAAAAATTCCACCGCAATTTTTTTATATTGGATAAGTTTGGTTAAGCTTGAAATAAATATTTAAAAAAAAAACACTTGTTTAGTAAGTAGATAGAAAAGGAATGAATAAATTCTCTCATGTCTTATCTTATTATATTAATTATAAATAACCTGATTTCTCTAACTTAAAATTCAATTTTTCCATAAAAGAAGTTAATTTTCAATTGTTTCATATCAAATGCTTCCATAATAATCTACGAGTTCGAGCCATAAATATACAGTTATAATTTCATATCATTTTTATGACATTTAAGATTTTGACACAAATGTTAAGAAATATAATTAATATTTGAATTTCATAAAAAAATATGTTACTTTTTAAGTACTTTTTATTTCTCTAATTAATTATCCATATTATTTTTAATCCATAAAGTATTGATAACGAGTAATGTTAAAAATATTTAATGCATAAATAATTTTATAAAATAAAGACTAATCTAGAATTATGTTTATTCTCTAAAATATTTGTGGAACAAGAAAATGTTTTAAAGAAAAATGTGATTTGAAAGGAGTGTTTTTGTCAAACAGAACAAAAATAATAATAATAACCTAATCATTCCAATATTTTTTTAAAGTAATATTTCATGTATAAATATTATAGACAGAGAAAATATGATTGAAAAGAGAAGATATCACTAAATATGATAAACTAAATTACTAGAAAAAGTTTAAAATTTTACAAACAAAGCTTATATATAAAGAAAAGTTTTATGGTTTCCTTATTTTTTTTAACTTCTTGTTTTCTTTCAATAAAATTTCTCAAACAAAGCTTATGAATAAATGCCTATAAAGAAAAGTTTTACTTGTTTCCTTATTTTTTTTAATTCCTTATTTTCTTTCAATAATAATTAAAAATAAAACTCCCAGTTTTCCTTTTAAGGATTGCTATGAATATTTCACCAAAAAGGTTCTCAATGCTAATCACTTCTTGTTGACAAGCGTCTGTGAAAAAAAATACAAATGAAAAATCATTAAAAATGACATTTAAATTTAAAATCACATTAAAAGCATTTAAAAATCCGAGTAAAGAGAATTAATAATATTTTTAATAAAACTATTCTAATTATTTAATCAACTACTCTTCACTGAATGAAATTATTCCACACTTATTTCAGTTGCTTAATTTCTATAACTTAACACAATTATCAACAAAAAAAGGACAACTTCAGGTAAACTAATATAGAATTAATTCAATTAATTAATATTAACCTACATTAACAGAGGAAAAACTTTATACCACCCTCAATAATCTTACTTACTTCCAATCAAGAATGTGTAAGAAAAAAAAAATCCCTATTTCCTTATCATAATCCTTACTTTGAATATTTCATTAACAAAACCTAAATCACGAAGGAAACACCAGAGTCTTTCTGAGCAGGTGAAAAACTTTCATTAAAAAGCATATTAAGAATGGCATTAAAACATATTAAAAACGTCATTAAAGCACATTAATAATATTTTGAAGAAAAAGCTCTTGTAATTCTTGAGCCATTACTCTTATATTAATGAGAAATATATACACTTATGATCGGAATGGTGTAGCATAAGAGAAAGAAAGAAGATGATGTTAATGGAGTTACAGGCAGAAAATTAATTTGAAGATAGCAGCATAACACTTAGCATTTGTTTGGTAGCCGTCATTCGTTGCATTGTTTTGTTTTGTTTTGCATTGCATTGCACCGTCA

Gene Sequence:

>Vu_25875(+)

AACTCTCAAAATTTTATACACCAAAAATATGCTGCGTCTCTTTCTCTCTCCCCTCTCTAGCAATTACACCTCTTTTGCCCTCCATTAAATGCAATTGCACCCTCTCTATACGCTCTGCAATTACTCTTCGCTGCCACATTTTCCTCCATCTGTTCCCCACTTCCCTCTCTCTCCCTCCTTCCTTCAATGCCCTTGTCCCTATCTCTTCATCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTTCTTTCTCTCCCTAACAAACCATCTTCTTCTTCTTTTTCTTCTCTTCAAATGGCTCCTCACTTTTCTACTGCTTTTTAGTCCCTAAACAGATCTACTACTACACCTTCTTCATCTTCCACCACCCCTCACTGGTAAGTTAAAGAGTTTGTCAGTCAAACTGTCGTGGCATCCACTGTTACGATGGCTTGTTACAGTTCTGTGAGGTCACTGGTTTTTTGAGTAATGGGGTGTTCGGTACATGTTTTTTGAGTTCTAACAGGTTTTTAGAAAGTGGCTAGAAACTAGGGCTGGGTTAGAGTGAAAGGGAACGCTAGGTTTGTAAGAAAGAGAAATATCCTGAAATACATGAAGCGTGTAGGATTCTCTGAGATCTTCGTGGGAGTTGGATTTTCTTGAAAAAAGTTTTGATCTTGCTCTTTGACAAGGCAAGATCAGAAAAGGGTATCGGTGTTTCTCCGCTTTTTGATTCATATGTGCATTGATGTGTATATCATTCTATAGGGTATGTTTGTTTTTGAGCATTTGATTTTTGTTTTTTAATCTTTTTCTCCCTTGCAGGTCACGTTTGCGGATGTTTGAGTTTTGTAGTAACACACTGACTCGCTTTGACATTGCCATCTGACAGAATCCGAGGACTCGTCGTTTTTAGCTTCTTCTTCTGTATCCAAGGACCTCTGAAAACACAACCAACCCTTGTGGTAAGAGAGAGAAAGTGATTGGAATATATAGAGAGAGAAAAAGAGAAAAGAGAAGAGAGAGAGAGAGAGTCAATTCAGAATATAAATGTTGGTGGTGGTGGTGGTTTCTGAGGTGTGTGAAAAACACAAGGCGGTATTATGATTCCAGCGAGAAACATGCCGTCGATGATAGCTAGGAAGAACAAGAACAACCTTGGTGGGTTTGGATCATCTTCAACTTTCACTCTTGCGCAGGTGGGTGTTTTAACTTTTCACCTTCTCTTTCAACGCATTTGACTCGCTTTTTTTATTCTTCACCACTTCAATTCCCCAAACTCGGTTTTAATTAAAATTTTCAAACAAATTTGACTCCTTTCATATTTTCACTTTTTAACTTTGCATCACAGCAACAAAATAAACAAACCCCTTTTTTTGTACCACCAACCAGGCCAAATATCCTTCTCGATATTAGAAAGCCGCGTTTTCCCCAAAACTGCGTTATATTTTCTCAAAAAAAAAAAGTCAAAAGGAAAAGTTTACAAATAGTTAAAAAAAAAAGAAAGAGAAATTATCTTACAAAGAAATAAAATGTTGATGTCTGTGTCTTTTTCTCTATGAGTGTACCGTACTATACTACATGTTTCTGTGCTGTGTTTTGTTAGATTGAGAAAGCATAAGCCTCTGGAACCTTGAAGATCTGTAACAATGTTCCAGCCGAACCTGATGGAAGCCTTGGAGATGGGTCAGAACACTTCGGAGAGTGAGGTTCCTCGAATCCGTGAAGATGAGTTCGACAGTGCCACCAAGTCTGGTAGTGAAAACCATGAAGGTGCCTCTGGTGAAGACCAAGACCCTCGTCCAAACAAGAAGAAGCGTTACCACCGCCACACCCAACACCAGATCCAGGAGATGGAAGCGTAAGTTACTCCAAATATACTCCATCTTCTTGATTTTTCTTTGGGTAAAATACTACATGTATGCTTCACCAAACACAGGTAATCCCTGTGCAAACCAGATATAACTATGAACAACAAAAGTGACATTTTTTCACAGAAATATTGTACCGGTTAGATATACTAGCTATTTCAAGTCTTGAACACCCAAACTTTTAATTAGTTTTATAAAGAAGCATCTAACATATTCTTTAAAGGAACTGATCAAATTATGTCTGTGCAGATTCTTCAAGGAGTGTCCACACCCAGATGATAAACAAAGGAAAGAACTGAGCAGGGAATTAGGGTTAGAACCATTGCAGGTTAAGTTTTGGTTTCAGAACAAACGTACCCAGATGAAGGTATATATCTGTATAACTGTGGTGCATGTGTTAGGTTTTGCCTTAACTTTTTTGTGAGATGTTCGTTAAAGGGGGTGTTTTGTTTTTGCAGACACAACACGAGCGGCATGAGAATACACAACTTAGAACCGAGAACGAGAAGCTTCGAGCTGATAACATGAGGTATAGGGAAGCTCTCAGCAATGCTTCGTGTCCTAATTGTGGTGGACCAACAGCAATAGGAGAAATGTCATTTGATGAACATCACTTGAGGCTTGAGAATGCAAGGCTTAGAGAAGAGGTACATCAGTTAAATAGCCAACATTTTATGTGACTTTATTAGTTGGTTACTCTAACTACTCCTTGGACCAATTAAGAAGGACCTTAATAAAGTCTCGAGTTATGTGTTACAGTTAGAAAATTAAAATGAATATTAAAAGGGAATTTTTAAGCAATGGACTAACAGTTACAAACCCCAGAGGGGTAGTTGATTATTATAACATTTTGTTTTTGGCTTTTTTGACAGATTGATAGGATTTCAGCAATTGCTGCTAAGTATGTAGGGAAGCCTGTGGTGAATTATTCAAATATTTCTCCTTCCCTCCCTCCTCGTCCTCTAGAACTTGGGGTTGGTGCTGGTTTTGGAGGCCAACCAGCTATTGGTGTGGACATGTATGGAGCTGGAGATCTTCTGAGATCAATTAGTGGACCCACTGAAGCTGATAAACCCATCATAATAGAGCTAGCTGTTGCAGCTATGGAGGAGCTCATTGGAATGGCACAAATGGGTGATCCCCTTTGGTTAACTACTCTTGATGCCTCATCTACTATACTCAATGAGGACGAATACATCAGATCTTTCCCTCGAGGAATTGGCCCAAAACCTTCTGGCTTCAAATGTGAAGCTTCTCGAGAAACTGCTGTTGTTATCATGAACCATGTCAGCCTCGTTGAGATTCTCATGGATGTTGTATGTTTCACTTCCTTTACTCTATTTCAATAATGTTTATTCTATGTTATTCACTGAAGAGAACTAAAGAAAGTTATATCAGGTCTAACTATTTCTCTGGACTTTGCCCTTATTTTCTTTATTGTTTTCAGAACCAATGGTCCACAGTGTTCTCTGGTATAGTCTCAAGAGCCATGACTCTGGAAGTGCTATCCACAGGAGTGGCTGGGAACTACAACGGTGCCTTACAAGTGGTACACATATAGAAATTATCTCTTTTATTTGTTAAAGTACTTTAGTCTTAACAAATCAAACAATACAAAATGAAACTGATGTTTGTTTCTGCAGATGACAGCAGAATTGCAACTACCTACCCCTCTTGTGCCAACTCGTGAGAGTTATTTTGTAAGGTATTGTAAGCAACATTCGGATGGAACTTGGGCAGTGGTGGATGTGTCTCTGGATAATTTGCGCCCTAGTCCTTCAGCCAGATGTAGGAGAAGACCTTCTGGTTGCTTAATTCAGGAAATGCCAAATGGCTATTCAAAGGTATAGTCGAGACACTTATAGGGTAATTTTGTACATGTTGGATTCTTACTTGTATTTACAATATTGTTGAAATTGTAAAGATCAGTTACATTGACTTTTCCCATATACCTACTAAGTAGGAGGCTTTGATTTTTAGACCTAGGCCATACCCTTTATTTCATTTTTTCTCCTCAATGACTTAATCTATAATATCTATGAATTAGGTCACGTGGGTCGAGCATGTTGAAGTGGATGACAGAGGTGTTCATAATCTTTACAAACAGCTTGTTAGCTCTGGACATGCATTTGGTGCCAAACGTTGGGTTGCAACCTTGGATAGACAGTGTGAAAGACTTGCCAGTGCTATGGCAACAAATATTCCCACAGTTGATGTTGGTGGTAATAATAGATTCTCATTTCCTGTTCTTTCACCATAACCATATCCAAAGTAATTAACTTTTTATTCTGAATATGTTTATCAGTGATAACAAACCAAGAGGGGAGAAAGAGTATGATGAAACTGGCTGAAAGGATGGTGATAAGCTTTTGTGCTGGAGTGAGTGCTTCCACTGCTCACACATGGACAACACTGTCTGGAACAGGTGCCGATGATGTAAGGGTGATGACCCGAAAGAGTGTGGATGATCCTGGAAGACCTCCTGGCATTGTTCTCAGTGCAGCCACTTCTTTTTGGCTTCCAGTTCCACCTAAACGAGTTTTTGACTTTCTCCGTGATGAGAACTCTAGGAATGAGGTATGCCAACCATTCAAAAAGGCTAATTAAGTTAATTAATAACGTTTTAGGCTGCATTATTGTGTTCTCTTAGGTCCCTTATTAATGGATAATTAACCTCCCTTTGGTAATCTTGCTTACTTGGTGGATTTATTGTTATGAATTGCTCCTTCTCTTTCTTTCTCAAGTTTTGACTGCCTAGATTTTACACCAATTACCTTCTATCAAGTGCTTTGGATTACATATCCTTTTCAGGTTGCCAAACACGGTATGATAGATGCTTTTCAATAAAAGCATAATAAGTTAGATGAAAAATGTTAGGTAGAATAACTATAGATATCTACTTTTACACCCACGTACACTATTTTACAGTTAGCTGATATGTTCATTATCTAATTGGTCCTCATTTCGTTTTCTGAACACCTATTTTCGGATTCTACTGATGTAAAATGACGTTTTCAAATGTATACCAGACATTGTTACATTAGATAAGAACCTTTACTTCATGTCATCCTAATAAAAAGTAACTTTATTTTCTTTTATCCATGAATTTTAACAAAATAATTTCGACAATATAAAAAGTATAAGTATTTTATATGGGTAATTAT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