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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_25733 LG6 26549784 26556868 hypothetical protein
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/A 26549981 upstream_gene_variant
A/G 26550133 5_prime_UTR_variant
G/A 26550188 splice_region_variant&intron_variant
A/C 26550193 splice_region_variant&intron_variant
G/T 26550290 intron_variant
C/G 26550536 missense_variant p.Gln18Glu
T/G 26550610 splice_region_variant&intron_variant
A/G 26550627 intron_variant
C/T 26550668 intron_variant
G/A 26550669 intron_variant
G/T 26550702 intron_variant
G/T 26550749 intron_variant
T/C 26550775 intron_variant
A/G 26550822 intron_variant
T/G 26550980 intron_variant
T/C 26550981 intron_variant
A/G 26551015 intron_variant
T/A 26551077 intron_variant
G/A 26551081 intron_variant
A/G 26551270 intron_variant
A/G 26551424 splice_region_variant&intron_variant
T/A 26551594 intron_variant
C/T 26551748 intron_variant
G/A 26551876 intron_variant
G/T 26552134 synonymous_variant p.Leu199Leu
A/T 26552194 intron_variant
G/A 26552443 splice_region_variant&intron_variant
A/T 26552531 intron_variant
C/G 26552689 intron_variant
T/G 26552696 intron_variant
A/T 26552697 intron_variant
G/T 26552813 intron_variant
G/T 26552814 intron_variant
G/A 26552884 intron_variant
C/T 26552953 intron_variant
A/G 26553021 intron_variant
C/A 26553161 missense_variant p.Leu269Ile
G/A 26553291 missense_variant p.Gly312Glu
T/A 26553472 missense_variant p.Asp372Glu
G/T 26553477 missense_variant p.Gly374Val
G/C 26553498 missense_variant p.Ser381Thr
A/G 26553503 missense_variant p.Met383Val
T/A 26553545 intron_variant
T/C 26553641 missense_variant p.Val391Ala
A/G 26553815 missense_variant p.Glu449Gly
A/G 26553837 synonymous_variant p.Glu456Glu
G/A 26553870 synonymous_variant p.Pro467Pro
T/C 26554224 intron_variant
G/T 26554252 intron_variant
A/G 26554306 intron_variant
G/T 26554345 intron_variant
C/G 26554399 intron_variant
T/A 26554426 intron_variant
C/T 26554451 intron_variant
T/G 26554454 intron_variant
A/G 26554461 intron_variant
C/T 26554572 intron_variant
C/A 26554574 intron_variant
T/G 26554614 intron_variant
C/T 26554771 synonymous_variant p.Ser591Ser
T/C 26555033 intron_variant
T/G 26555041 intron_variant
G/A 26555044 intron_variant
T/A 26555176 intron_variant
A/T 26555387 intron_variant
G/C 26555389 intron_variant
T/A 26555390 intron_variant
C/T 26555633 intron_variant
A/T 26555639 intron_variant
G/C 26555691 intron_variant
C/G 26555937 missense_variant p.His729Gln
T/C 26556187 intron_variant
C/T 26556191 intron_variant
T/C 26556283 splice_region_variant&synonymous_variant p.Ser784Ser
G/A 26556390 3_prime_UTR_variant
T/G 26556394 3_prime_UTR_variant
T/G 26556401 3_prime_UTR_variant
T/A 26556492 3_prime_UTR_variant
T/G 26556500 3_prime_UTR_variant
A/G 26556518 3_prime_UTR_variant
A/G 26556559 3_prime_UTR_variant
C/A 26556604 3_prime_UTR_variant
T/A 26556621 3_prime_UTR_variant
T/C 26556782 3_prime_UTR_variant
G/A 26556831 3_prime_UTR_variant
C/G 26556863 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_25733.3
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>Vu_25733.4
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>Vu_25733.2
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>Vu_25733.1
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CDS Sequence:
>Vu_25733.3
ATGGATTGGAAGAGATCTGCTTTGGAGTGCCAGAGAGTAAAGATCTGTGGACAAGTTCTGTTGGGATTTTTGTTGATCTGCATAATTCACACTTCAAGTGCCGTCACCGATCCCACTGATGTTGCTGCAATTAATAGCTTCTATGTTGCACTGGGATCCCCTGTCCTTCCTGGGTGGGTTGCTAGTGGAGGAGATCCATGTGGAGAAGGGTGGCAAGGCATTTCTTGTAATGGGTCATTCATACAAAAAATAGTTCTAAATGGTGCAAATTTGGGAGGAGAACTGGGAGATAAACTGTCAACTTTTGTTTCAATCTCAGTAATTGATCTAAGCAACAACAACATTGGAGGAAATATTCCATCTAGTTTGCCAGTTACCATGAAAAACTTTTTTCTTTCAGCCAACCAGTTTACTGGAAGTATTCCAACCTCTTTATCCACTCTGGCTGGACTGACAGACATGTCTCTTAACAACAATTTCTTAACTGGAGAATTACCGGATGCTTTTCAGTCACTTACGCAATTGATCAATCTTGATTTATCGCATAATAATTTGAGTGGAGCATTGCCTTCTTCTATGGATAACTTGTCATCTCTGACCACCCTACGCTTACAAAACAATCAATTGTCTGGGACACTTGATGTCTTACAAGACCTTCCTCTGAAAGATTTGAATATTGAGAACAACCAGTTTGCTGGCCCAATACCTCCAAAGTTGCTGAGCATCCCAACCTTCAGGCAAGCTGGAAACCCATTTAATGTTAATGGTACAACACCTCCAGCTTCTTCACCTCGCTCCCCAGCACTAGCACCACCAGGAACTCCCATTTCTGGGGCACCACCGGGAACTCCCACCTCTGGGTCACCACCATCTTCTGGCCGTGTACCTACTAAACAGGCCGATGGACCAGCTGCAGCAAATGAATCGCACACTGGGAAATCCAAAAATTCCACAAAAAGGGTGGTTTGGATATCTATTGGTAGTGTGTTAGGATTCATTATTTTGTTACTAGGATTCATTCTCTTTATTCCAAGATGCAGCAGAAGAGAACGGGATGGCAGAAGGTCCAAGCATCAAATTGGTGCGTATGGGGCTGAAAGGGAAATGACCAGGGATAACGGGAGTTCAGTCCAACCACCTAGTCAAATGGAAAAAGTACCAGTAGGGGATGTTCCAAGGCCAAAAGAGGACCATCAGGCGGAGAATAGGACAGCCTGGGCTAATCCAAGGCAAAACGAAGGTCGTCAGGCAGAGATCAGGACAGTCTCGGCTATTCCAAATCCACGGAGTAAGCAAGAGAATGATGTGCAAAGAATGGCAACAATACCAAAGCCAAGAGATCATGAGATAGATATTAGTACACTAGAAGTATATTCAATGCCTCCTCCCCCTCCACCCCCGCCACCTCCTCCACCCCCACCTCCACCTCCACCTCCTACTACTGAGAAGGTGACTGTTGAGCCAGCCACATCCCGCAGAGCAACTAACGTCACTACGCACAAAAAGAGTGCAGTTCCTCCTACTTTTGCGAAGTTTTTTGGTATTGCATCCCTTCAACAGTATACAAATAGCTTTTCTCAAGAAAATCTTATAGGAGGAGGCATGCTTGGTAATGTGTATAGAGCCGAGCTTCCTAATGGCAAGTTTCTTGCTGTAAAGAAACTGGACAAGAGAGCTTCGGAGAACCAGAAGGATGATGAATTTCTTGAATTGATCAATAGTATTGACAGAATAAGGCATGCAAATGTTGTTGAGCTTGTTGGATACTGTTCCGAGCATGGTCAGAGGCTTCTTATATTTGAGTACTGCAGTAATGGGTCACTGTATGATGCACTCCACTCAGACGATGACTTCAAAACCACACTCTCATGGATTACTAGAATTCGAATAGCTCTTGGGGCAGCCAGAGCCTTAGAATATCTGCATGAGCTATGTCAGCCACCTGTAGTACATAGAAATTTGAAGTCTGCCAATATTCTGCTTGATGATGATCTATCCGTGCGGGTCTCTGATTGTGGTTTAGCTCCATTAATAGCTTCAGGATCAGTCAGTCAGCTCTCGGGGAACCTGTTAACTGCTTATGGATATGGAGCTCCTGAATTTGAGTCTGGAATATACACATACCAAAGTGATGTGTACAGCTTTGGAGTGATCATGTTAGAACTTTTGACTGGCCGTCAGTCTCACGACAGGACACGTCCCCGGGGTGAGCAGTTTCTGGCCAGATGGGCAGTTCCCCAACTTCATGATATTGAAGCCTTATCGAACATGGTTGACCCTGCTTTGAATGGAAATTACCCAGCAAAATCATTGTCAAATTTTGCAGACATTATCTCTAGATGCCTTCAGTCTGAGCCAGAATTTAGGCCAGCAATGTCCGAGGTTGTCTTATACTTACTAAATATGATAAAGAAGGAGTCTCAGCTAGGTGAATCAAATGAAAAATGA

>Vu_25733.4
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>Vu_25733.2
ATGGATTGGAAGAGATCTGCTTTGGAGTGCCAGAGAGTAAAGATCTGTGGACAAGTTCTGTTGGGATTTTTGTTGATCTGCATAATTCACACTTCAAGTGCCGTCACCGATCCCACTGATGTTGCTGCAATTAATAGCTTCTATGTTGCACTGGGATCCCCTGTCCTTCCTGGGTGGGTTGCTAGTGGAGGAGATCCATGTGGAGAAGGGTGGCAAGGCATTTCTTGTAATGGGTCATTCATACAAAAAATAGTTCTAAATGGTGCAAATTTGGGAGGAGAACTGGGAGATAAACTGTCAACTTTTGTTTCAATCTCAGTAATTGATCTAAGCAACAACAACATTGGAGGAAATATTCCATCTAGTTTGCCAGTTACCATGAAAAACTTTTTTCTTTCAGCCAACCAGTTTACTGGAAGTATTCCAACCTCTTTATCCACTCTGGCTGGACTGACAGACATGTCTCTTAACAACAATTTCTTAACTGGAGAATTACCGGATGCTTTTCAGTCACTTACGCAATTGATCAATCTTGATTTATCGCATAATAATTTGAGTGGAGCATTGCCTTCTTCTATGGATAACTTGTCATCTCTGACCACCCTACGCTTACAAAACAATCAATTGTCTGGGACACTTGATGTCTTACAAGACCTTCCTCTGAAAGATTTGAATATTGAGAACAACCAGTTTGCTGGCCCAATACCTCCAAAGTTGCTGAGCATCCCAACCTTCAGGCAAGCTGGAAACCCATTTAATGTTAATGGTACAACACCTCCAGCTTCTTCACCTCGCTCCCCAGCACTAGCACCACCAGGAACTCCCATTTCTGGGGCACCACCGGGAACTCCCACCTCTGGGTCACCACCATCTTCTGGCCGTGTACCTACTAAACAGGCCGATGGACCAGCTGCAGCAAATGAATCGCACACTGGGAAATCCAAAAATTCCACAAAAAGGGTGGTTTGGATATCTATTGGTAGTGTGTTAGGATTCATTATTTTGTTACTAGGATTCATTCTCTTTATTCCAAGATGCAGCAGAAGAGAACGGGATGGCAGAAGGTCCAAGCATCAAATTGGTGCGTATGGGGCTGAAAGGGAAATGACCAGGGATAACGGGAGTTCAGTCCAACCACCTAGTCAAATGGAAAAAGGGGATGTTCCAAGGCCAAAAGAGGACCATCAGGCGGAGAATAGGACAGCCTGGGCTAATCCAAGGCAAAACGAAGGTCGTCAGGCAGAGATCAGGACAGTCTCGGCTATTCCAAATCCACGGAGTAAGCAAGAGAATGATGTGCAAAGAATGGCAACAATACCAAAGCCAAGAGATCATGAGATAGATATTAGTACACTAGAAGTATATTCAATGCCTCCTCCCCCTCCACCCCCGCCACCTCCTCCACCCCCACCTCCACCTCCACCTCCTACTACTGAGAAGGTGACTGTTGAGCCAGCCACATCCCGCAGAGCAACTAACGTCACTACGCACAAAAAGAGTGCAGTTCCTCCTACTTTTGCGAAGTTTTTTGGTATTGCATCCCTTCAACAGTATACAAATAGCTTTTCTCAAGAAAATCTTATAGGAGGAGGCATGCTTGGTAATGTGTATAGAGCCGAGCTTCCTAATGGCAAGTTTCTTGCTGTAAAGAAACTGGACAAGAGAGCTTCGGAGAACCAGAAGGATGATGAATTTCTTGAATTGATCAATAGTATTGACAGAATAAGGCATGCAAATGTTGTTGAGCTTGTTGGATACTGTTCCGAGCATGGTCAGAGGCTTCTTATATTTGAGTACTGCAGTAATGGGTCACTGTATGATGCACTCCACTCAGACGATGACTTCAAAACCACACTCTCATGGATTACTAGAATTCGAATAGCTCTTGGGGCAGCCAGAGCCTTAGAATATCTGCATGAGCTATGTCAGCCACCTGTAGTACATAGAAATTTGAAGTCTGCCAATATTCTGCTTGATGATGATCTATCCGTGCGGGTCTCTGATTGTGGTTTAGCTCCATTAATAGCTTCAGGATCAGTCAGTCAGCTCTCGGGGAACCTGTTAACTGCTTATGGATATGGAGCTCCTGAATTTGAGTCTGGAATATACACATACCAAAGTGATGTGTACAGCTTTGGAGTGATCATGTTAGAACTTTTGACTGGCCGTCAGTCTCACGACAGGACACGTCCCCGGGGTGAGCAGTTTCTGGCCAGATGGGCAGTTCCCCAACTTCATGATATTGAAGCCTTATCGAACATGGTTGACCCTGCTTTGAATGGAAATTACCCAGCAAAATCATTGTCAAATTTTGCAGACATTATCTCTAGATGCCTTCAGTCTGAGCCAGAATTTAGGCCAGCAATGTCCGAGGTTGTCTTATACTTACTAAATATGATAAAGAAGGAGTCTCAGCTAGGTGAATCAAATGAAAAATGA

>Vu_25733.1
ATGGATTGGAAGAGATCTGCTTTGGAGTGCCAGAGAGTAAAGATCTGTGGACAAGTTCTGTTGGGATTTTTGTTGATCTGCATAATTCACACTTCAAGTGCCGTCACCGATCCCACTGATGTTGCTGCAATTAATAGCTTCTATGTTGCACTGGGATCCCCTGTCCTTCCTGGGTGGGTTGCTAGTGGAGGAGATCCATGTGGAGAAGGGTGGCAAGGCATTTCTTGTAATGGGTCATTCATACAAAAAATAGTTCTAAATGGTGCAAATTTGGGAGGAGAACTGGGAGATAAACTGTCAACTTTTGTTTCAATCTCAGTAATTGATCTAAGCAACAACAACATTGGAGGAAATATTCCATCTAGTTTGCCAGTTACCATGAAAAACTTTTTTCTTTCAGCCAACCAGTTTACTGGAAGTATTCCAACCTCTTTATCCACTCTGGCTGGACTGACAGACATGTCTCTTAACAACAATTTCTTAACTGGAGAATTACCGGATGCTTTTCAGTCACTTACGCAATTGATCAATCTTGATTTATCGCATAATAATTTGAGTGGAGCATTGCCTTCTTCTATGGATAACTTGTCATCTCTGACCACCCTACGCTTACAAAACAATCAATTGTCTGGGACACTTGATGTCTTACAAGACCTTCCTCTGAAAGATTTGAATATTGAGAACAACCAGTTTGCTGGCCCAATACCTCCAAAGTTGCTGAGCATCCCAACCTTCAGGCAAGCTGGAAACCCATTTAATGTTAATGGTACAACACCTCCAGCTTCTTCACCTCGCTCCCCAGCACTAGCACCACCAGGAACTCCCATTTCTGGGGCACCACCGGGAACTCCCACCTCTGGGTCACCACCATCTTCTGGCCGTGTACCTACTAAACAGGCCGATGGACCAGCTGCAGCAAATGAATCGCACACTGGGAAATCCAAAAATTCCACAAAAAGGGTGGTTTGGATATCTATTGGTAGTGTGTTAGGATTCATTATTTTGTTACTAGGATTCATTCTCTTTATTCCAAGATGCAGCAGAAGAGAACGGGATGGCAGAAGGTCCAAGCATCAAATTGGTGCGTATGGGGCTGAAAGGGAAATGACCAGGGATAACGGGAGTTCAGTCCAACCACCTAGTCAAATGGAAAAAGGGGATGTTCCAAGGCCAAAAGAGGACCATCAGGCGGAGAATAGGACAGCCTGGGCTAATCCAAGGCAAAACGAAGGTCGTCAGGCAGAGATCAGGACAGTCTCGGCTATTCCAAATCCACGGAGTAAGCAAGAGAATGATGTGCAAAGAATGGCAACAATACCAAAGCCAAGAGATCATGAGATAGATATTAGTACACTAGAAGTATATTCAATGCCTCCTCCCCCTCCACCCCCGCCACCTCCTCCACCCCCACCTCCACCTCCACCTCCTACTACTGAGAAGGTGACTGTTGAGCCAGCCACATCCCGCAGAGCAACTAACGTCACTACGCACAAAAAGAGTGCAGTTCCTCCTACTTTTGCGAAGTTTTTTGGTATTGCATCCCTTCAACAGTATACAAATAGCTTTTCTCAAGAAAATCTTATAGGAGGAGGCATGCTTGGTAATGTGTATAGAGCCGAGCTTCCTAATGGCAAGTTTCTTGCTGTAAAGAAACTGGACAAGAGAGCTTCGGAGAACCAGAAGGATGATGAATTTCTTGAATTGATCAATAGTATTGACAGAATAAGGCATGCAAATGTTGTTGAGCTTGTTGGATACTGTTCCGAGCATGGTCAGAGGCTTCTTATATTTGAGTACTGCAGTAATGGGTCACTGTATGATGCACTCCACTCAGACGATGACTTCAAAACCACACTCTCATGGATTACTAGAATTCGAATAGCTCTTGGGGCAGCCAGAGCCTTAGAATATCTGCATGAGCTATGTCAGCCACCTGTAGTACATAGAAATTTGAAGTCTGCCAATATTCTGCTTGATGATGATCTATCCGTGCGGGTCTCTGATTGTGGTTTAGCTCCATTAATAGCTTCAGGATCAGTCAGTCAGCTCTCGGGGAACCTGTTAACTGCTTATGGATATGGAGCTCCTGAATTTGAGTCTGGAATATACACATACCAAAGTGATGTGTACAGCTTTGGAGTGATCATGTTAGAACTTTTGACTGGCCGTCAGTCTCACGACAGGACACGTCCCCGGGGTGAGCAGTTTCTGGCCAGATGGGCAGTTCCCCAACTTCATGATATTGAAGCCTTATCGAACATGGTTGACCCTGCTTTGAATGGAAATTACCCAGCAAAATCATTGTCAAATTTTGCAGACATTATCTCTAGATGCCTTCAGTCTGAGCCAGAATTTAGGCCAGCAATGTCCGAGGTTGTCTTATACTTACTAAATATGATAAAGAAGGAGTCTCAGCTAGGTGAATCAAATGAAAAATGA


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