Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_24987	LG6	13492023	13500205	PREDICTED: protein NLP8-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/C	13492413	5_prime_UTR_variant
C/T	13492443	5_prime_UTR_variant
T/C	13492477	5_prime_UTR_variant
C/G	13492519	5_prime_UTR_variant
C/G	13492702	5_prime_UTR_variant
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A/C	13492880	5_prime_UTR_variant
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T/C	13494317	intron_variant
T/A	13494551	intron_variant
T/G	13494557	intron_variant
G/T	13494559	intron_variant
G/T	13494566	intron_variant
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A/C	13496498	intron_variant
A/C	13496698	synonymous_variant	p.Arg591Arg
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T/G	13497017	intron_variant
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T/G	13497076	intron_variant
A/C	13497077	intron_variant
A/G	13497078	intron_variant
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T/C	13497188	intron_variant
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T/G	13497582	missense_variant	p.Ile711Met
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C/A	13498751	3_prime_UTR_variant
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G/T	13499779	3_prime_UTR_variant
G/A	13499930	3_prime_UTR_variant
T/A	13500058	3_prime_UTR_variant
G/A	13500168	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24987.1

MEYPFSSKEREIGDWQSSGTQLVGSTSLDSRMNNSISEDMPNSFSELMNFDTYAGLCNSPSISDHILANELPSFASLPYSLPDGFNLVQQNNGQCYMSGVGRNDNDMESSPIYGEKVACQQVDTLLGFLNDANEENNLNSKLKINGSSQHLNNSDAGNYIMSRPPALSLDERMLRALSFFKESAGGGILAQVWVPIKNGDQFILSTSEQPYLLDQMLAGYREVSRTFTFSAEGKSGCFLGLPGRVFTSKVHEWTSNVGYYSMSEYLRFEHAINHHVRGSIAFPIFDVHSELLCCAVLEIVTTKEKPDFNREIEIVCRALQLVNLSTAKPLRCLPQCLSNNKKATLTEIVDVLRSVCHAHRLPLALTWLPCCYNEGSRGEVTRIRTKGCHSTISGKNILCLEESACYITDRALAGFVRACTEHHIEEGKGIAGKALRSNHPFFCPDVKEYDIGEYPLVHHARKYNLNAVVAIRLRSTYTNHDDYILEFFLPVNMRGGLEQQLLLDNLSGTMQRICSSLRTVSDAELSRIESSPEGFEKTNARYFPPLSCQNSGVPLINGDYHSVPMMSSTPTKARGNEIEPSANQGRYGAKRQVQKNKSTSEKNVSLSVLQQYFSGSLKDAAKNIGVCPTTLKRICRQHGISRWPSRKINKVNRSLKKIQTVLDSVRGVEGGLKFDSSMGAFVARGSIIQETDAHKSLLFPEKNIIKDPAHITQEAVPVPRAPCNEVEEELKKTNAFSVGCCEDSKSMAIDDGSCEMESLCTKVQDCPEQACLGSVLPEEQDKWTGNKSGLRVENCKCSILGQSSNSLIGKEMDIGVDGDAEVVEPNHPSSSSLTDSSNDSGSMMHSISSGSKSFKNQNQSKVKSTIVDSGSKLIVKAIYREDTIRFKFDPSAGCFRLYEEVAARFKLQTGSFQLKYLDDEEEWVMLVNDADLQECLDVLDDIGTCSVRFLVRDLPSILSSSGSSNSYLGGSS*

>Vu_24987.2

CDS Sequence:
>Vu_24987.1

ATGGAATACCCTTTTTCCTCCAAGGAAAGAGAAATTGGCGATTGGCAATCTTCCGGAACTCAGTTGGTGGGATCAACATCATTAGATAGCAGAATGAACAATTCAATATCAGAGGATATGCCCAATAGCTTCTCAGAGCTCATGAACTTTGATACTTATGCTGGTCTGTGCAACAGCCCATCCATATCTGATCATATTTTGGCTAATGAGCTTCCGTCCTTTGCTTCATTACCATATTCATTGCCTGATGGATTCAACCTAGTCCAACAGAACAATGGGCAATGCTATATGTCAGGAGTTGGTAGAAATGACAACGATATGGAAAGCTCCCCCATTTATGGGGAGAAAGTTGCCTGTCAGCAAGTGGACACCCTTCTTGGTTTCTTAAATGATGCAAATGAAGAAAATAACTTGAATTCTAAGCTAAAAATTAATGGCTCTTCTCAACATCTGAATAACTCTGATGCAGGAAATTATATAATGTCCAGGCCACCTGCTTTATCACTTGATGAGAGAATGCTGAGGGCTTTGTCCTTCTTTAAGGAATCAGCTGGAGGGGGAATATTGGCACAAGTTTGGGTACCCATAAAGAATGGCGATCAATTCATCTTAAGCACGAGTGAACAACCTTATTTGCTAGATCAAATGCTAGCAGGGTACCGTGAAGTGTCCAGGACATTTACATTTTCTGCAGAAGGAAAATCTGGTTGTTTCCTAGGACTTCCTGGTCGTGTATTTACCTCCAAAGTTCATGAGTGGACGTCAAATGTTGGTTATTACAGTATGAGTGAGTACCTAAGGTTCGAGCATGCAATTAATCACCATGTTCGTGGATCAATTGCATTTCCCATTTTTGATGTGCACTCGGAATTGTTGTGTTGTGCTGTACTGGAAATTGTCACTACAAAGGAAAAGCCAGATTTCAACAGAGAAATTGAAATTGTTTGCCGTGCACTCCAGCTTGTAAATTTAAGCACTGCCAAGCCTCTTCGATGTCTTCCCCAGTGTCTTTCAAACAACAAAAAGGCTACTTTGACTGAGATAGTTGATGTGTTACGTTCTGTCTGTCATGCACATAGATTACCACTGGCACTGACATGGCTTCCCTGTTGTTACAATGAGGGATCAAGAGGTGAAGTTACTAGGATACGAACTAAAGGGTGCCATTCAACTATTAGTGGAAAAAACATACTCTGCCTTGAAGAATCTGCTTGCTATATAACTGATAGAGCACTGGCAGGATTTGTCCGTGCATGCACAGAACATCATATTGAGGAAGGGAAAGGTATAGCTGGGAAAGCTCTTCGATCAAATCATCCTTTCTTTTGTCCTGATGTGAAGGAATATGATATTGGTGAATATCCACTTGTCCATCATGCACGCAAGTATAATTTGAATGCTGTAGTTGCAATTAGGCTAAGGAGTACTTATACTAATCATGATGATTACATATTGGAATTCTTTCTGCCTGTTAACATGAGAGGGGGTTTAGAGCAGCAACTTTTATTAGACAACCTCTCAGGTACAATGCAGAGAATTTGTAGTAGTTTGAGGACGGTGTCAGATGCTGAATTATCAAGAATAGAAAGTTCACCAGAAGGATTTGAAAAGACAAATGCCCGCTATTTTCCTCCTTTGTCATGTCAAAACTCTGGAGTACCATTAATAAATGGTGACTATCATTCTGTTCCAATGATGTCATCGACTCCAACAAAAGCACGAGGCAATGAAATTGAGCCTTCTGCTAATCAGGGAAGATATGGAGCAAAAAGACAGGTCCAGAAAAATAAAAGTACATCAGAGAAGAATGTTAGCTTGAGTGTTCTCCAACAATACTTTTCTGGTAGTCTGAAGGATGCTGCAAAAAACATCGGTGTTTGCCCGACAACTCTGAAAAGGATATGTAGGCAACATGGAATTTCAAGGTGGCCATCCCGCAAGATTAATAAAGTGAATCGATCACTGAAGAAGATACAGACTGTGCTGGACTCTGTCCGAGGAGTGGAGGGAGGGTTGAAGTTTGACTCCTCTATGGGGGCATTCGTGGCAAGAGGATCAATCATCCAGGAAACTGATGCACATAAAAGTCTTCTGTTTCCTGAGAAAAATATTATAAAAGACCCTGCACATATTACACAAGAAGCAGTCCCGGTACCTCGTGCACCTTGTAATGAAGTTGAGGAAGAATTGAAGAAAACCAATGCTTTTTCCGTTGGTTGTTGTGAAGATTCAAAATCAATGGCAATTGATGATGGGTCATGCGAAATGGAAAGCCTTTGCACCAAGGTGCAGGATTGTCCTGAACAAGCTTGTTTGGGCTCTGTTCTTCCAGAAGAACAGGATAAATGGACTGGGAACAAGAGTGGTTTGAGAGTAGAAAACTGTAAATGCAGTATTCTTGGTCAGAGTTCAAATTCCTTGATTGGTAAGGAGATGGACATTGGTGTAGATGGGGATGCTGAGGTTGTTGAACCTAACCACCCCAGTTCCTCAAGCTTGACAGACTCATCTAATGACTCTGGTTCAATGATGCATAGCATTTCATCAGGTTCTAAGAGCTTTAAGAACCAGAATCAGTCCAAAGTTAAGTCAACCATCGTTGATAGTGGGTCAAAACTAATTGTCAAAGCTATCTATAGAGAAGACACCATTCGTTTCAAGTTCGACCCATCTGCTGGTTGTTTCAGGTTATATGAAGAAGTTGCAGCAAGATTCAAACTACAAACTGGGTCATTCCAACTCAAATATCTAGATGATGAAGAGGAATGGGTAATGTTGGTGAATGATGCTGATTTGCAAGAGTGTCTAGACGTATTGGATGATATTGGTACATGCAGTGTCAGGTTTCTTGTTCGTGATTTGCCTTCCATTTTAAGCAGTTCTGGCAGTAGTAATAGCTACTTGGGAGGCAGCTCATAG

>Vu_24987.2

Promoter Sequence:
>Vu_24987::LG6:13490023-13492023(+)

TCATTTCGTGGAAGAAAAATATTCTTTGCAGCAAATCAAAGCATGACAGCTTTAAGCATTGAAGTTTCCACTATTTGGACAACTCTGTCTGGGGTGGCCAACTGCTGCAGACATTGACAAATAGATGAGAAGAAAATGAGATATCAAATCCCAAAATAAAAGGGAAACCTAATCCCATAATTGTGAATCCCAACATGTCAATTCCATTACCCTTATTTAATTAAACCTTCTTCAAACACAAAGCTTCTTTCGGTCAAACATTTACGCCTTAAGATACTCGTGTTTACAAAATTGCAAAATAAATAAATGCATTAATTTCAACATCACATACACCCTCACAATGCAGCTGCCCTAATACGAGAATAAATTACACTTAAACTTAAACTAATTTTTAAACAGTGTTTAGTTTTTAGTAAAGTGTACATGTTTCAATTGATATAAGTTCTGTAAGATGAATAATACAACATTAAAAGTTATATATAGATATTTTTTAATTAATAATTTGTGTATAATACTGTATTTTTATTAAAATAATATAATTTACTTACACACTTAAAACTCACTTTATATATATTAGCTTTGAATGATTATAAAATTATTTATATTTTAGTATATCATAAACTAAAAATTATCTCTAAAAATAAACCATATTTCAATTAACTATTCAATATCTCTTCTCTAATCTTGAATGTGCAATAACTCTTGAAATTCGTTTAGATAGAAATATTGTTACGTGTGAAATATAATTGTATTTAGAAAAAAAAGGTTTTATTCCACCTTATATATAAAACAATTAGTATTTTAAGAAACCTTAAAAAGAAAAATTTTAAACAAGGCGATTTTTTTTTATAGTTTAATAATTTTAAAAAAATAACGACCAGCTCCATCATTTCATTATTAGAAGTTGACTTAAAATGCCTTCTTTCCACAATTAGAAAAGTCAAAACAATATTTCATTTCTGTCACTTAAAAAAAAAGTATTATTAAGATACCAATTTATATCAACGACGTTATTACAATGGAAGTACTTTAATAAATTTGATTAAATTAAAAGTAAACTAAGAGGTTATTGCGTTGAACGTTCAATTTGGATGAAAATGCTATAATCTATTTAGCCATGAAGTGAAAATAACTACTATAATTAACTTATGCAAACTATTATACCATTGGTAATATTTTTTTTCATAATATAATTTTAATCGATGTAGTTGTAGAATCATAAGTTAAAATTTTATATGCGTTAAATAATTGATTTGCATGTATTTTCATAAATTTATGTCGCATCAATTTAATCATATATGGTATACATATAAGACAAAAAACAATTTCAGATTAATATATTTTTTTTAGATATATCTCGATAAAATGAATTTTTAATTCCATATACATATTATAAATAGAATTTCAAATTAAAATAATTTAGTATAAGCAATTAGTATAAGTTATATAAATTAATATGACATAATTCTTCTATAATAAACAAATCAGTTTTTTTTTTTTCATTCGGATTGAAAATTTTCTCTCATGTTTAAAATAAAATTAACATTTTTTAACTGTAATAATTCAACATACATAAGAAAATTTACAATAAGTTGAACACCTATTTAACTAAATCTGAATTATATATTCAATTTACTTAAATAACTTTGATGTATTATATACTATTTAAGCCAAATTATGGATTATGACAATATTTAATGATATTTTTAACAAAATTTTTTGTATTTATTATTTACATATATATAAAGAATTATTTAAAGCTCCACATTTTTCTTTGTTAATTAAATTATAATTACTCACCAATAAAAATTAACATTGAATTACGAGATATCGAATTCAACGGAATTGACTGCAATAATATTTTACTACATAGGAACCGTAGGAAGCAAAGCAGCGAATTTCTTTTATTTATTTTTAATTATAGATTAAACAGCGAGATTCTTGAAGGAAAGTGAATCAATGGGAGATATTTAATTAATTTATATTTATATTGATAAAAA

Gene Sequence:

>Vu_24987(+)

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