Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24975 LG6 13387216 13390030 probable transcription factor PosF21
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 13387334 missense_variant p.Arg346Met
C/A 13387958 downstream_gene_variant
A/T 13388387 downstream_gene_variant
T/C 13388454 downstream_gene_variant
G/T 13388509 downstream_gene_variant
G/T 13388518 downstream_gene_variant
G/A 13388529 downstream_gene_variant
T/A 13388530 downstream_gene_variant
G/A 13388549 downstream_gene_variant
T/C 13388657 downstream_gene_variant
A/G 13388676 downstream_gene_variant
A/T 13388733 downstream_gene_variant
C/A 13388818 downstream_gene_variant
G/C 13389016 downstream_gene_variant
T/G 13389055 downstream_gene_variant
A/G 13389225 downstream_gene_variant
C/A 13389621 missense_variant p.Gly137Val
C/T 13389770 synonymous_variant p.Pro87Pro
C/T 13389857 synonymous_variant p.Gly58Gly
G/T 13389991 missense_variant p.Pro14Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24975.1
MDKDKSLGHGGGLPPPSARYSGYSPSGTAFSVKSEPPSSSTSSYLPLAPGISTPESSGFSHDISRMPDNPPRNRGHRRAHSEILTLPDDISFDSDLGVVGGADGPSFSDEAEEDLLSMYLDMDKFNSSSATSTFQMGEPSGAVGASGSASASASGAPTSSAENSAVGTLERPRVRHQHSQSMDGSTTIKPELLVSGSEDLSAADSKKAMSAAKLAELALIDPKRAKRIWANRQSAARSKERKMRYIAELERKVQTLQTEATSLSAQLSLLQHLKILTGQAIPPNGGGPMLNFASFGGGQQFYPNNHAMHTLLAAQQFQQLQIHPQKQHQFQQLQQQMLQQQQQQQQREQQHQQSSDMKMREASPTPCHPKDNALSDVNPSGAKDC*


CDS Sequence:
>Vu_24975.1
ATGGATAAGGACAAATCTCTAGGTCACGGTGGAGGTTTGCCACCTCCCTCGGCACGTTATTCGGGTTACTCACCTTCCGGAACTGCGTTCAGTGTGAAATCTGAGCCGCCGTCGTCGTCGACGTCGTCGTATCTGCCACTGGCTCCGGGAATTTCCACACCGGAGTCTAGTGGGTTTAGTCATGATATTAGCAGAATGCCCGATAATCCTCCGAGAAATAGAGGTCACAGGCGTGCTCATTCCGAGATTCTTACCCTTCCGGATGATATTAGCTTTGACAGTGACCTTGGTGTGGTTGGAGGTGCCGATGGGCCTTCCTTCTCCGACGAAGCCGAGGAGGACTTGTTGTCTATGTACCTTGATATGGATAAGTTCAATTCGTCGTCGGCGACGTCCACGTTTCAAATGGGCGAACCGTCTGGTGCAGTGGGAGCGTCGGGTTCGGCATCGGCATCGGCATCGGGGGCACCCACCTCTTCTGCAGAGAATAGTGCTGTTGGAACTCTTGAACGGCCCAGAGTTAGACACCAGCATAGTCAATCCATGGATGGATCAACTACCATCAAGCCTGAGCTGCTGGTTTCTGGTTCGGAAGACTTGTCTGCGGCGGATTCCAAAAAAGCAATGTCAGCTGCTAAGCTTGCTGAGCTTGCCTTGATTGACCCCAAACGTGCGAAAAGGATATGGGCAAATAGACAGTCTGCTGCGAGATCAAAAGAGAGGAAGATGCGGTACATTGCTGAGCTTGAAAGGAAGGTACAAACGTTGCAAACGGAAGCAACATCTTTGTCTGCACAATTAAGTCTCTTGCAGCATTTGAAAATACTGACTGGACAAGCTATACCACCTAATGGAGGAGGACCTATGCTGAACTTTGCCTCTTTTGGAGGGGGGCAGCAATTCTATCCCAATAATCATGCCATGCACACCCTTTTAGCTGCACAGCAGTTTCAACAACTCCAAATTCATCCTCAGAAGCAGCATCAATTTCAGCAGCTTCAACAACAAATGTTGCAACAGCAGCAGCAACAACAACAGAGGGAACAGCAGCACCAACAATCAAGCGACATGAAAATGAGAGAAGCTTCACCTACGCCATGTCATCCCAAAGATAATGCGTTGTCAGATGTAAATCCTTCAGGAGCTAAGGACTGTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_24975::LG6:13390030-13392030(-)
TGCGCAGTACTTAAGAGATGAACGTGTCCGTCTGCCGCATGACCTCACCTCCATATTTAATAAATACAACCAACTTCATTATTCTTTTTTCTCTCTTCGTTACTCCTTCTACCTTTATCATTGCGGACAGTGTTCACAAGCCTTGTTCTTATCATGATCCAGTGCTCTATTCTTTGTATTTTAGAAAGGGACCCATGTGACTCTGAAAAAAGTGTTATTGTACCATTTTCTTTGTAGAGAAATCTACGTTTCGGTGATTCATTAGCTAGCGGATCGTTTACTTTGATTTCTGAACCATGTGATTTACAGATACAATACTTTTCTATCATAATAAATTTTGAATCGTTCCCGATGGATTGATTGTTCATACGAGATTGTTTGAAAAAGAGTTATTACATTTAGCGTTGCTTCACTTGACTTTCTTTCGCAATAGTTTAATGATAAATGAGCCAACTTGCTTTTATAATATACAATTCTAATCATGCCAAGGCGAAAGGCATGTGAGTACAACTTCTATTCATAAATTGAAGAATTTAAGGTGAATGTATGTTAGTATTTTTTTTTTTGTACCTCTCTTTAATAAAACCAAGCGAACAGAGGTTAATGAATTATACAGAATAAAAGAAAAAGAAAGGAAGTAAACAAATTGTTATTCTTTTTTCCCAGCCACTTTTAGGAATCAAACAAATTTTTATAAATAATTAAGATAAAGCAAAATGTACCTTAAACATTACTAACACTAGAGCAATAATAGTCACAAAGAAAATTGCGAAAATTAAATGGAGAAAGATATTTTAATAAAGAAAATAAAAACTTGCAGAGAATTCTCTTAGAGCCTTTTCTCTTTAAAACTCTCTCTTTCTCTGTATTCTATTTGAACACGAAGGATGTATCTTAACATGACGAGGAACTTCTAAAAAAAGATGAACTGTTACAGTACTACGTACATACAACATTACTTCGATTAGTACAGTAATTAATTCACGCTATTGGATTCTCTGCCACCTCATGAAAAAATTATTATGAACATTTCAAGAGAAAATTAATTAGAAATAAAAATATCACGAGTTCAATCCACATATAATATAAGAAATTGACATCATATTTTAATTCAAAATTTGATATGATGTTTAATTTTCTTATATCTTCTCAATGTCATGCTCAGACTTATAGATTAATTCCTTGAATCTTAAAAAGATGATTTGATATTCAAGATTGACTTAGACACCAACTACAAAATTTGTACTTGAAAATTGGCTTCCTTTCACATCAACTATAAAATTCATAGAGAGACCGCTCTCTTAATCTACCGTGTCAACAAGATTTTAAAAATTCGTAAATATGGGATTTTAATTTTTCACTCACACTCACATGTATTTGTAATATTTCAGATTTACAGTTCAATAAATTTTTTTTGTTATTGTTTATATGATTTAACATAATTTTATAATTTCAGTGCTGAATGTCACCCTCAATCTAATTGAATGATAGGTTTGAATAAAGCAGCGTGTTATGGAGGATCAGACATGTGGCACATAAAGTTGGTTTATGAAAAAAAGATAAACATGTGAAATGGCTAAATTTAATAAGATAAAGTGAGTGTTGTATTTATTTATTATTTAATTATTTAATTTGATTACATTCCGACATTTATTTATTAAACAATAAATAATAGTGTCTGAGAGAGTAAGGGTATGTCTATGCCTAATCTATCGTCCAATGTCTTAATGTTGAATATCTTGAGCTGGAAACTTCGGTTTTGTTCTTTCTCTCTCTTTCTCTCTCAGATCTCTTAGGGTTTTCACTTTCACCGTTTCTGCTACTTCCGATCTTCCACCATCTTCGCCTGAAGGTACCACCGTGCTTTGTCTTTAGCTTCAAGCTACTATGTTTAATTCAATTCGCCGTTTCTAATTTTCATTGTCTAACTAGATATTGCTAGCTAGGGTTTTGGAGTAGTGGAATAGACGGATTACGATTAAGGATTCTGTTTTGTCTTT


Gene Sequence:
>Vu_24975(-)
ATGGATAAGGACAAATCTCTAGGTCACGGTGGAGGTTTGCCACCTCCCTCGGCACGTTATTCGGGTTACTCACCTTCCGGAACTGCGTTCAGTGTGAAATCTGAGCCGCCGTCGTCGTCGACGTCGTCGTATCTGCCACTGGCTCCGGGAATTTCCACACCGGAGTCTAGTGGGTTTAGTCATGATATTAGCAGAATGCCCGATAATCCTCCGAGAAATAGAGGTCACAGGCGTGCTCATTCCGAGATTCTTACCCTTCCGGATGATATTAGCTTTGACAGTGACCTTGGTGTGGTTGGAGGTGCCGATGGGCCTTCCTTCTCCGACGAAGCCGAGGAGGACTTGTTGTCTATGTACCTTGATATGGATAAGTTCAATTCGTCGTCGGCGACGTCCACGTTTCAAATGGGCGAACCGTCTGGTGCAGTGGGAGCGTCGGGTTCGGCATCGGCATCGGCATCGGGGGCACCCACCTCTTCTGCAGAGAATAGTGCTGTTGGAACTCTTGAACGGCCCAGAGTTAGACACCAGCATAGTCAATCCATGGATGGATCAACTACCATCAAGCCTGAGCTGCTGGTTTCTGGTTCGGAAGACTTGTCTGCGGCGGATTCCAAAAAAGCAATGTCAGCTGCTAAGCTTGCTGAGCTTGCCTTGATTGACCCCAAACGTGCGAAAAGGTATGCTTTATGATTTTTTCGTGCATTATTTCTCGGTCATATTTTGGGTGATAAATCAATTGTAAACATCATGCTTAGCACACACATTCTCAAAACCCTTGCATTTTTGTTACCTCATTTCTTGTTAGGGCTAAATTTAGATACAGAACAGTAGAATGTGATGCTTTGGACCATATAGGAACTTGGGATTTAAAATTTTTTCTTTTATGAAGCATGGTAGAATTTGATGATATTTTCTACAGTAATGTTTTAACCAGGACAATATACTTTTCTAATGTTAGAGATGTGTACTTTTAGTTGATAACATAAGAGGCAGTAGTACAATTGTTGATTACAAAATCTATGCTTGAAGTTGTAACTTCTTTTTTTATTATTTATACATATATTTTTTTTCACAATCACGACAGTTGACTTCTCTTCATAGTTGGAAATCCGTTCACTTTCACACTTTATGAGAGTAGTCAAGGTCTCTTCGCTAATAATCTATTAATTGCTGTATGTTTCAATCCTTTGTGATTGTCTAATAGTTACGGGCATTTGACTTTTGAAGAATGACATTATGTATCTAGTTATTTATCATTTCTCATTGTGTGGAACACGGATAATAACTGGTAGGCTGTATTAAACTCAATGTATCAGAGGAAATAGTGAAAGATAGGAAGGCTTAAAGGTGTTAGTTTGTTTCAGTCTATTAAAAGGAAAATGCTAACATTCTGTTGGTTGTATCTCTAATCTGCTATACAGTAGACCATGTTTTGGAAGTACTGCCACAGTACGCTACTTTCTAAAATTGCATTATGACTCCTCTGTTTAAAATGTCACGTTTTTGGCCCTTTCGACCCTCTGCCTAGTGGGCCACATCAAACACCCTTAGAGGATATGCGGAGTCTGCTCATATTCCTTTAGTTGTAAATTGACATTTGCGGTTGTCTTTATGGCAACGCCCGGATGCTGGACCTATTTTGTATTATCACTTGTATCTCCTGCACCTGAAAATTGGAATGACAAACAGGCAAACATTACTTTTAATTGTGTACCAGGATATGGGCAAATAGACAGTCTGCTGCGAGATCAAAAGAGAGGAAGATGCGGTACATTGCTGAGCTTGAAAGGAAGGTACAAACGTTGCAAACGGAAGCAACATCTTTGTCTGCACAATTAAGTCTCTTGCAGGTAATGACTTTTCTGCCTGTTATATTTAGACAAACCGTGTTTTAGTACTGTATTACCATTTCACATTCCAATTGAAAAGCTAATGGGAGGATTATAATTTACACATCATTGTTGATTATATGCAGAGGGATACAAATGGCTTGAATTCTGAGAACAGTGAACTGAAGCTGCGGTTACAAACCATGGAGCAACAAGTTCACTTGCAAGATGGTAAGATCAGAAAATTTTAAATTTCTCTAAAGCTATTACTGAACTATATTAAACAAGATGATCTTTGTATGTAATATCTGCTGCTTCCATTGCTTTTTTCTATACCTATCTTTGAAAATATTTTGGTAAACTATATTAAACAATATGATCTTTGTATGTAATATCTTAGTTGGCGATGGATTAGTAGTCTTGGATGAAATTGCATTTTAGTCTATAGCTGGTATCTAAATTTTGTTGTTGGATTTGTGGTTCCCTGTATGATGATTAAAAACTCACTGTCTTGCGTGAAATTTGATCTGTAAGTTTGAGCATACGGAATCTTTATTTTGTTTATCTCTTAACATCAAGAAAATTAATTGAATCTTTTTCTTGTAGCACTAAATGACGCATTAAAAGAGGAAATTCAGCATTTGAAAATACTGACTGGACAAGCTATACCACCTAATGGAGGAGGACCTATGCTGAACTTTGCCTCTTTTGGAGGGGGGCAGCAATTCTATCCCAATAATCATGCCATGCACACCCTTTTAGCTGCACAGCAGTTTCAACAACTCCAAATTCATCCTCAGAAGCAGCATCAATTTCAGCAGCTTCAACAACAAATGTTGCAACAGCAGCAGCAACAACAACAGAGGGAACAGCAGCACCAACAATCAAGCGACATGAAAATGAGAGAAGCTTCACCTACGCCATGTCATCCCAAAGATAATGCGTTGTCAGATGTAAATCCTTCAGGAGCTAAGGACTGTTGA