Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24773 LG6 11557985 11562219 PREDICTED: GATA transcription factor 11 isoform X1
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Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 11558215 5_prime_UTR_variant
G/C 11558231 splice_donor_variant&intron_variant
G/A 11558514 intron_variant
A/T 11558571 intron_variant
G/A 11558711 missense_variant p.Asp20Asn
G/A 11558756 missense_variant p.Asp35Asn
T/A 11559143 intron_variant
T/A 11559214 intron_variant
G/A 11559328 intron_variant
A/G 11559643 intron_variant
T/A 11559725 intron_variant
T/G 11559821 intron_variant
T/A 11559932 intron_variant
G/A 11559938 intron_variant
T/C 11560103 intron_variant
A/T 11560182 intron_variant
A/T 11560599 intron_variant
T/C 11560609 intron_variant
A/G 11560617 intron_variant
C/A 11560621 intron_variant
T/C 11560622 intron_variant
T/A 11560630 intron_variant
G/A 11560977 intron_variant
T/A 11561034 intron_variant
G/A 11561106 intron_variant
A/T 11561110 intron_variant
T/C 11561506 synonymous_variant p.Asn107Asn
C/A 11561572 synonymous_variant p.Ser129Ser
C/T 11561972 missense_variant p.Arg263Trp
T/A 11562071 missense_variant p.Ser296Thr

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24773.1
MKDSWFFDNNFNGLSDDIFDDVVGFFDFPLEDVEDDWDSQFKCLEHQHSEVFSASSNGLCAKTQTENPQFGTEFSVSCNGISPIKQLEKAPGPTYGKTIPLKNVTFNGKDLHRFRTYSPVSVFESSSSSSVENSSFDRPVIPVKRARSKRHRRLSFSPLFSIPVVQALQKQQRTSASESDFGTNVAGNMSNKVKSHKKKDLSLPSEDVELMRSSHLVSDPPRKCTHCEVTKTPQWREGPMGPKTLCNACGVRYRSGRLFPEYRPAASPTFVASLHSNCHKKVVEMRSLVQEDVRGSVFASSNLHGNSVG*


CDS Sequence:
>Vu_24773.1
ATGAAGGACTCTTGGTTTTTCGACAATAACTTCAACGGTCTGTCAGATGATATTTTTGATGATGTCGTGGGCTTTTTTGATTTCCCACTGGAAGATGTAGAAGATGACTGGGATTCTCAATTTAAATGCCTTGAACACCAACATTCTGAGGTTTTTTCAGCATCATCAAATGGGCTGTGTGCCAAAACACAAACTGAAAATCCTCAATTTGGGACGGAGTTCTCTGTTTCTTGTAATGGGATTTCCCCAATCAAACAGCTGGAAAAGGCTCCTGGACCAACATATGGAAAAACCATTCCCCTCAAGAATGTCACTTTCAATGGAAAAGATTTGCACCGATTCCGAACCTACAGCCCAGTTTCAGTTTTTGAAAGCAGCAGTTCTTCCTCTGTTGAGAATTCGAGCTTTGATCGACCTGTCATTCCAGTAAAGCGTGCTCGAAGTAAACGGCATCGTCGATTAAGTTTCAGTCCTCTATTTTCCATTCCTGTCGTCCAGGCTTTGCAAAAACAGCAAAGGACATCTGCCTCTGAATCAGATTTTGGAACAAATGTTGCTGGGAATATGTCAAACAAAGTAAAAAGCCACAAGAAAAAGGATTTGTCCCTGCCATCAGAAGATGTTGAGTTAATGAGATCCTCACATCTGGTGTCAGATCCACCAAGGAAATGCACGCATTGTGAGGTGACAAAGACCCCACAATGGAGAGAGGGACCTATGGGTCCCAAAACACTGTGCAATGCTTGTGGTGTTCGGTACAGGTCCGGCCGCCTCTTTCCCGAATACCGGCCGGCAGCTAGCCCAACTTTTGTTGCATCATTGCACTCAAACTGTCACAAGAAGGTCGTGGAGATGAGAAGCTTAGTCCAGGAGGATGTTAGGGGTTCTGTGTTTGCTTCATCAAATCTCCATGGAAATTCTGTAGGATAA


Promoter Sequence:
>Vu_24773::LG6:11555985-11557985(+)
TATAATTACAAATTAATTCTTATAACAAATTTTATTAAAAAAATTACCAAAATTTATGTTAAAAATATAAAAGATTATATAGGTAAAAATAACCTTTTTTAATTAATTTTTATTATATTTTAATTTTTTATGAAATAAAAAACATATGATGAAATTCATATTAAAAATAGTTATAACATATTTTAATTTACATATATGAAATCAATATAAAAATTATATAATAAAAACATTTTTTATCTTTACAGAAAACTTTTATATAATAAAGACTAAAAATTTGATTAATAAATATAATAAAACAAAAATAGAAAATATTAAAAATATATAAAAATATTTAAAAAGTTAATCCTCATTATTAATTATTATAGATTTTGAGTAAGTGATGTTGTATGTGTTTACTTTTAAGTGGAAGATATATACAAAGTCTGGGTTGACTTTCTAGTTCTACTACCCAAATTAATTTTTGTAATATTCTATTCTTATATAATATTACTTATACATTGAATATGAAAATATTAATAAATATAAATATAGATTTTATTACACCATCCACTTTGATATATATATATATTTTTTGTGATATACTTATTTATTTACTTTGTAATAAATAATAAATCATTTCTCTTTTAGGTTTTTTATTTTTTATAAGTCATTGTTTGTATAGTATACTCAATGTTGGGATTAACAAATTATAAATATTTTTTTAATTTTTTCTGTTTATGCGAGCTAGACTATAGATCTACAAACTTGCAGTTATGCTGCAGAGACCAAACTTATTAATTTATAAATATTACGTAAATCAGTCTCCTTTCAAAAGTGGGACAAGTTGGTCCTCATTGTGATTTTTATTTAAAAAATATATTTAAATACCTATATTTTGAAATTTATTACATATGTTTAATAAAAAATTTAACACTAAAAAATTATGCATTATTATTTGAATAAAAATAATAATAAAAATTATACTATAGTTTCAAATCTTATTCATGTGATACAAAAGAAATAAAAATCTAAGTCAGAAGGAGAGCTTAATCTTCATATATTATCAAAGTAATATGTTATTAATTAATTAAGAATAATGTACACCCTTTTAAGTAATTATTGTGATATAATAAAGTAATAGCTAGATAATAATATCACGGTTTAATAAAATTCTCATAAAACAATTTCTTACAAAAGGTAAAAGAGAAAGTTTCAAAGTTCTACAAACAAGGTTTATTCTTACATGTGATATAAAGTTGAACGTGCTATGCTCATTTTTTGAAAATAAGATAAAAATAGTTGTATAATATTTCCTCGTTCTTTGTCGGTGATCTGCATGAATTTTTGTATTTTCGCTTGCAAATAAATGAATATATTAAATCTGGAACGATACAATGATTTAAAAAAATAATAATAATTTGTTTGAGATCCACCTATTTTTGCTTAAACAAATGGTTTTAGATCCATATCTCATGCTCCTCCATCACTCTTACCACTACATTTGACCAACCCTTCTTTATGTTTTTCCTACTTCCCACGGTTTCTTCACCTACAATTTTATGAACTATACCATTCATTCATTAACCCAATGCATATAGGTCAATTTGTTCTACCTTCACAATACCACAATTAAAAAATATTTTATTAAGATTATTTAATTTCCCTTTTAGAAAATATTTTCCATAATTAAAACGGATTATTCTTAAATTTTTCTTTTCCTTAAACTATATTTAAAGAATTTTGGTTCGGTTTCTCTCGAGCAATGTTCCTAAAGGTTTAGCATGAGAATAACGCGTTTTAACGTTAAGAATGCAAAACAAAAAGCATAAATCTTATAAATTATGAGTGAATGATAAACGTTAGATATTGTTTTTATAACTCTAACTTTTGGAAGTGTATAAAACCATAATAATTACTCGTGCGAACAATGAGAAAAGGTTTTGATAAAGGAGAATTAAATAAATATAAGAAATTAAAATTTGGTATGAAATAGATGGAATACTATTATGGAAAGGGAAATA


Gene Sequence:
>Vu_24773(+)
ATTGATTGAAGTCACGAGAGGAGGATGAGGGTTTCCGCATGGTAGTAGCGCCAGTGGCGCAGGAAAATAAAACCTAATTTACCAAATTCAGACACAGAGATTCTCATTCCTCAAGATCTTCTTATGTGTTGTCTCTGATTAATCCTCAAATTTCTTCTTTTTTTTTTCTCTCACTCTCTCTCTCTTTCGGTTCCCAAATTACTACAATGTGCTCCATTTCCTCACTCCACCCAACCCATGTCTGAGGTCTTTCAAGCTCTTCCCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTCTCCCTTGGTTTATCTCTTTTATTTTTCCCTTTTAACGTCAGATATTGCACGCATTTTTCCTTTTTGTTTTCGATTTTGTTTTTCTTTCCAAATTTGAAGAGATTGTGAAAGACTGGCGTTTTACTGTTTTTAGCTGGGCTTTTTTTTTTCTTTGTGGATATTTTACGAGGCACATCCTCTCAGTTAATTACCTTGTTATCCAAATTACAACAGAGAGCATGCATAAATTCTAGTTTTTTTTGGTGATGTTTAACTAATGATAGGTGGTTTGGGTTGTTTTTTTTTTTCAAATGTCTTTATTGTTGTGTGCAAGCAAGGAATGACAATGTGTGTGTTGCTGTTTCTTGTGTAGTGTAGTGTTTCGGAACAGATATTGCTAACATGAAGGACTCTTGGTTTTTCGACAATAACTTCAACGGTCTGTCAGATGATATTTTTGATGATGTCGTGGGCTTTTTTGATTTCCCACTGGAAGATGTAGAAGATGACTGGGATTCTCAATTTAAATGCCTTGAACACCAACATTCTGAGGTTTTTTCAGCATCATCAAATGGGCTGTGTGCCAAAACACAAACTGAAAATCCTCAATTTGGGACGGAGTTCTCTGTTTCTGTGAGTATTCTGTCTGCAGTTATGGTGTGTAGGAATGTTGATTGTGATATCTTTAACCTACTAAACTTCTTCTCTTGTATGTTGCCCCCATGGTTTTAAATCCTGGTCCTGGTTTTAGTTTTGTTGCTGAAAATATGGGAAAATGCATGACCTTTGTGATGTGGCTTCAATTGTGGTTGCAGACTGTTTTTTGAGATCATGATTGTCCATACCCTCTTAGTTATGTACATCCTAAGTCATGCAGAACCGTCATTGCACTGCACTTATATTTGAAGAATTAACTATTTGTATGTTTTTATTATGTGAAACGGCACTTATATTTGATGAATTAACTGTGTGGATGTTTTTGTTATGTGAAACCAAAATTACATAATTGCAGCTAAAGGATAAATTTTGTTGATCTAGGTCGTTTAGTTTGGTTGCTGGAATGACTGGTTTGTTTCGTGTTGTCTATACTTTCTGAATGAAATTGTTCTTGCTGAACTTTCATCACAAACCTTTGACAATTCTGTTTGTTTGGTGATGTTAATTCTGTTACTTTGAGAACTGAGTTTTTACTGTTGTTATTCCTAAAATGTTGTCTAGGAATTTATCGGATTTGCAAAACAAAATTATTGGTAATTAAAATACTCATTGGGTAAGAGAATATATTTGTGATGAATTTGTTATAATCTTGGAGAATTAAGCAAAGAGGGCAAACCCTGGCACAATTGTAAAGTTATGCCTTGACGACAGGTTGGTCAGGGACTCATGTCCCCAAAGAGCCTCTTTGCATGTGCAATGGGCCCTCCCCCATACCTTCATGTAACGAAGAGCCTTTCACTATCAGTGTACATTACTTAGGAGAATTGGACAATTAGTGTATTAAGGTTGAAGATTCAGGGGACTAGGTGCATTTACTTAATGGGCAGGATTATTGAGCGACTTTAATTGCATTCCACATGCTTTATTGTTTACTAATGATCTGTTTCCCCAAGTAAAGAGTAGTAGAAGAAGCAGTAGTCTGAATTCTCTTGAAACTATGTTGCCAATCTAATTTTCCCAGTCTTTGCAGTAACAGGATACAATAATAAAACGTGTAGCTGTTAACAAATTTGCAGGAAAAATTTCTACATTTTATCTACTACCGACTCAAAATGACCTCAAGATGTTACTACTATTCTGTTTGTAGTGCTCAGCGTTTATGGACCTGAAGTTAGAACTTCATGGTTGTGTGACTATGTGAGGATTAAGGTTGGAAGCATGATGTTTATCTCCTTCCTCTCCCATTCATGTTACAGAAACTCCCTCTCTTGGTATACATTTTTGAATGGCATTAAACGGCTTAGAGAAAGACAAAAGAGGAGGGAAGTGAGAAAAAGTGAAGAAGATTGGCCAGAAAATGAGTCATCTGATTAATTTTTTATACAGTCCATCAATCATAACTGTCCAGTTCTAAAATTCAAAACTTTTACTATTGTTGAATATGGGGTTTTAGGCATAGAGTGAGGAAGAGAGATAAAAGAGTTTCAAACGCTAAATTAATATTGACAAAGATGTATTCATGAAACCTAAAGCACTAATCCTTGTGTCTATGATCAGAATCCTACTAACTTATTATCGAAACAAATCATGATAACTAAGGAGGAAATAGGAAAACTAATCCTATAAGATAATTTAAGATTTTAGACATTGTAAGAATTACTTAAGTTAAATTTGTGTTAAAATGTTTGGAAGAGGTGTAATAACACGAACTTCTTTATAATTAATTTGCATGCTAAGTTGATATTTTTAAATTTACAGGTGAATAAATCTTAAATCTCAACAATACCTTAGAACTCATGCCATATATTATCTTGGGTGTTGCCCTCATAAAGTGATCGACTTCTGGTAACAAAGCTTGGAACTTGTGAGTGTTTAGTTATTTTGAATGGTGAATGAGTGTGACATGTTCGTAGAAAGATGTAAAATTTGCTCTCATAAGAAGTAGATGATTAAAAGAATGCATGTCTTGTGTTCTTGTATTTGGTAAATGGTAAGATACAGTTCTAAATATCAGATCCCTTGCCCAAAGCTATTTCCGTCTCCATGGCTGAAGTAAAGAAACTCCTTGGCATGGTTGTATTGGATGGCCGGGGATGATTATTGAGTTCTCGTTTGTGCATGTGTATGTATGTGTATACTGTTTTATGGCTATGGAATAGAAAATGATTTACAATGTCTGTAATCACACTTTCTTAAGGGGCAAGACTACCACATGGTATTGCAAATTGAAATTGTAAAAAAGGCTAGCAATTTGAGTGACGTGTGTCTTTTCATGTTGGACCCTGGAATGATGATGTAAGCATATGGTAATTGATTACTATGAGTATCAATTTTAGAACAGTAGCAGTCCTTTCATGTGAGTAGATTTGTGGAGTATAAATGTAAATGTTGGATGAAATCAAATGGAATCCTCTCACTTGTTTATTAAAATAATCAAATCCACTGATGTTGCATCCGATTCTTGTTCTTTTTTATTTTTGTTGGTTTGATGATTGTTTGGCATTGCAGTGTAATGGGATTTCCCCAATCAAACAGCTGGAAAAGGCTCCTGGACCAACATATGGAAAAACCATTCCCCTCAAGAATGTCACTTTCAATGGAAAAGATTTGCACCGATTCCGAACCTACAGCCCAGTTTCAGTTTTTGAAAGCAGCAGTTCTTCCTCTGTTGAGAATTCGAGCTTTGATCGACCTGTCATTCCAGTAAAGCGTGCTCGAAGTAAACGGCATCGTCGATTAAGTTTCAGTCCTCTATTTTCCATTCCTGTCGTCCAGGCTTTGCAAAAACAGCAAAGGACATCTGCCTCTGAATCAGATTTTGGAACAAATGTTGCTGGGAATATGTCAAACAAAGTAAAAAGCCACAAGAAAAAGGATTTGTCCCTGCCATCAGAAGATGTTGAGTTAATGAGATCCTCACATCTGGTGTCAGATCCACCAAGGAAATGCACGCATTGTGAGGTGACAAAGACCCCACAATGGAGAGAGGGACCTATGGGTCCCAAAACACTGTGCAATGCTTGTGGTGTTCGGTACAGGTCCGGCCGCCTCTTTCCCGAATACCGGCCGGCAGCTAGCCCAACTTTTGTTGCATCATTGCACTCAAACTGTCACAAGAAGGTCGTGGAGATGAGAAGCTTAGTCCAGGAGGATGTTAGGGGTTCTGTGTTTGCTTCATCAAATCTCCATGGAAATTCTGTAGGATAATTTTTATGTTGGATTGATTATACTGAGGAAGAAACGGTAGTCCTGAACAGGATCCTCCTTGTTTGTTGTTTTCATTATAGTCTAATGTTATATTGCTTAGCTTC