Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24652 LG6 10174831 10179012 PREDICTED: chondroadherin
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   seed development, seed development, seed development, seed development, cellular component biogenesis
Cellular Component   located in   nucleus, plasma membrane
Molecular Function   enables   molecular_function
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 10174876 3_prime_UTR_variant
T/C 10174953 3_prime_UTR_variant
C/A 10174956 3_prime_UTR_variant
C/T 10175174 3_prime_UTR_variant
T/A 10175332 missense_variant p.Glu444Val
T/A 10175431 missense_variant p.Glu411Val
C/T 10175432 missense_variant p.Glu411Lys
T/A 10175456 stop_gained p.Lys403*
T/G 10175461 missense_variant p.Lys401Thr
G/C 10175469 missense_variant p.Asn398Lys
T/A 10175536 missense_variant p.Lys376Ile
C/A 10175574 missense_variant p.Glu363Asp
C/A 10175640 missense_variant p.Glu341Asp
C/T 10175735 missense_variant p.Glu310Lys
T/C 10175784 synonymous_variant p.Glu293Glu
A/G 10175847 synonymous_variant p.Val272Val
C/T 10176148 intron_variant
T/G 10176685 intron_variant
A/G 10176770 intron_variant
A/G 10176772 intron_variant
T/C 10178254 intron_variant
A/T 10178566 intron_variant
T/A 10178600 intron_variant
C/A 10178738 intron_variant
C/T 10178804 intron_variant
A/G 10179001 5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24652.1
MTRLNFEQVLKDNNVSDPSSVTTLHLTYKALSDITCLANFIKLEKLDLKLNNLTSLEGLRSCANLKWLSVVENKLESLEGIQGLTKLTVLNAGKNKLKSIDQIASVVSLRALILNENNISSICKLDQLKELNTLVLSKNPIRNIGDALLKVKSITKLSLSHCQLQDIDTSLKSCVELSELRLAHNEIKSLPDELKFNSKLRNLDVGNNVITRWSEVKVVKFLTNLRNLNLQGNPVAAVDKITRKIKKALPRLQIFNARPVDKDTDNKQSGVVDGTPDFSVDQTGQNLKDSSEEKSARFHTKDKKKYDHLEAPDDLDSERKSSRKRKKTDDVSKKEDRVIDEGNKAGKKDKADRKKDNLIVTVEPDMENKSTKKKVKKDENVLDNKGFVPEENVSKVGNKLKKKRKNEEENELDIIDNAEASFAELFKLNDAENENHGDEMKAQEKVSKDVKVARSTVTSFAKPKNAKMQNMESLSFPVADIGHGGPSTWGDE*


CDS Sequence:
>Vu_24652.1
ATGACTCGCCTGAACTTCGAACAAGTGTTGAAGGACAACAATGTCTCCGACCCATCTTCCGTCACCACTCTGCATCTCACTTACAAAGCTCTTTCCGATATAACATGCTTGGCCAACTTCATAAAATTGGAAAAGCTTGACCTGAAGCTCAACAACCTCACTTCACTTGAGGGGTTGAGATCATGTGCTAATTTGAAGTGGCTATCCGTTGTAGAAAACAAATTAGAAAGCTTGGAAGGGATTCAAGGACTCACTAAGCTCACTGTGCTAAATGCAGGCAAAAATAAGCTTAAATCTATTGATCAGATCGCTTCAGTTGTTAGTCTCCGAGCTCTGATTTTGAATGAAAATAACATTTCCTCCATTTGCAAATTGGATCAGCTGAAAGAATTGAACACTCTTGTTCTATCAAAAAATCCTATCCGTAATATTGGTGATGCTCTGCTGAAGGTGAAATCTATCACGAAGCTTTCCCTCTCTCATTGCCAGCTTCAGGATATTGACACCTCACTCAAGTCTTGTGTTGAGTTGAGCGAGCTCCGCCTTGCTCACAATGAGATCAAGTCTCTTCCTGATGAATTAAAGTTCAATTCAAAGCTCCGGAATTTAGATGTGGGGAATAATGTGATCACGAGGTGGTCAGAAGTAAAGGTGGTCAAATTCCTCACAAATTTGAGAAATCTTAATCTACAAGGAAATCCTGTTGCTGCTGTTGATAAAATTACCAGAAAGATTAAGAAGGCACTGCCAAGACTACAGATATTCAATGCTAGACCAGTAGATAAAGATACTGACAATAAGCAAAGTGGGGTAGTTGATGGAACTCCTGATTTTTCAGTAGACCAGACAGGTCAAAATTTGAAAGACAGCAGCGAAGAAAAGAGTGCAAGATTTCATACAAAAGATAAAAAGAAGTATGATCACCTCGAAGCCCCAGACGATCTTGACTCGGAGAGAAAATCAAGTAGGAAAAGGAAGAAAACTGATGATGTATCCAAGAAGGAAGACAGGGTGATTGATGAGGGAAATAAAGCTGGTAAAAAGGATAAGGCTGATAGAAAGAAAGACAATCTTATAGTTACTGTTGAGCCTGACATGGAGAATAAATCAACCAAGAAAAAGGTAAAAAAGGATGAGAATGTCTTGGACAACAAGGGTTTTGTTCCTGAGGAGAATGTTTCCAAGGTTGGAAACAAGTTGAAGAAGAAACGGAAGAATGAGGAAGAAAATGAACTCGACATTATTGACAATGCAGAAGCTTCATTTGCAGAGCTTTTTAAACTCAATGATGCAGAAAATGAGAATCATGGTGATGAAATGAAGGCACAGGAGAAAGTGTCTAAGGATGTGAAAGTTGCAAGAAGCACAGTAACCTCATTTGCCAAACCTAAGAATGCTAAAATGCAGAATATGGAGTCTCTTTCATTTCCAGTAGCAGATATTGGACATGGAGGGCCATCAACATGGGGTGATGAGTGA


Promoter Sequence:
>Vu_24652::LG6:10179012-10181012(-)
CCATGACCATCACTGTCATCGTCACCATGTCCATCACTGTTACTGTCAACGTCATCGTCGTCACTGCATCGTTACTGTCACCATCATTATTACCTTACCATTACCATTACTGTTACTATTACTTTTACCGTTACTTTTATCGTTATTGTTACTGTTATTGTTACCATTACCGTTATTGTTACTTTTATCGTTATCGTGTTTGTTGTCGTTACCGTTATAGTTATCGTTGTCGTTACCATTATCGTTATAGTTATCGTTGTTGTCGTTTTAGTTATCGTTGTCGTTGATGTCATTGTTACCATTGCCATTATTGTTACTGATACGTTACCGTTATCGTTACTTTTACAGTTATTGTTACCATTACACTTACCGTTGTTGTTATTGTTCCTGTTACCATTGTTGTTACAGTTATTGTTCACGTTCTCATTCCTGTTACCATTACCATTATCATTACCGTTATCGTTACCGTTGTCGTTACAGTTATTGTTGTCGGTGTCGTTGTCGTTACAGTTGCCATTGTCGTTGATCATGCCATTGCGGTTGTCATTATCATTTCCATTACTGTTATCGTTATCATTATCATTATCATTACCATTACCGTTATTATTATTCTATATTGAACTATTAATCATTTTAAACTCAATTTATGCTTATGAAAATTACTTTAAAATACAAATTTTTTCGGATGTGAGATTAAGGTCAAAGTTAGTTCAACGTATAACAGTTAGCAATTAATATAATATTAAATGTACATAACTTAACTTCTTACCTTAAACATTTATTTGTAGGTTTCGTGATGGTTTTTTTTATTGGCGTTGACCTAATTACAGCCAATTGTGAGTAATTATATAATACTCTTAAGTTGATAATCTTTAAGCTTAATTTACTAACTTCAATTCATGGATGACTGATCTATTTGATAACCGACCAAGCTCGTTATCTTGCTCATCAAGATAGTGATTCGCTATTTGAGCTGATACATGACCTGACGACCTATTTGGTGATCAACCGATCTCGGTGACTTGCACTCCAAGTTGTGGGATGTGGGTTCCGAGTTATGAGACATTCATTTGGGCTGGTGTATGATCAGTCGACCTTTCTGTTGGTTAAGCTCCCTAGTTTGTACCTAAGGCGTACATGGTTGGGTGGGCTCACTAAACCACCCTAGCTATAATTGACCATCCATATTGTTGTTGATAAGACAATCATACAAGTATACACGTGTTAAAAATTATTTTTAAAATTAAAAAAAAATTATCTATTATTCTTTAATTCCTAGATACAAAACATGAAAAATTAATTAACATTCACCGATAAAATCACGTGTGTGTTCACTTTTTTTATTATAATAATAATAATAAAATTATTATATTATTAAAAAATTAAACATAAATATTTTTTATCATTTTATTATAATTAAATTTTATTTGTTTTGTTGATAATTTTAGAATTAAAAAAATATTTAAGTTAAAAAAATCCAAATGAAAAAATATTTAATTTAGAAAAAAATTAGTTAAAGAATTAAATTGGTAAATTAACTATTTTAAATTAAAAAAATTTTAAAAATAAAATTGAAAGAAAAATGTTGAATGAGTCCTTACACATAGAAGTAAATATAAGTAAAGTTTAAGAAATTTAGTTAATTTAACCAATAGCATTAAAGTTATCTGAATGTATAATATTTTTCAAAATAACCTCTAAATAATTAATGTATGTACAGGAAATAATAGTGATAACATTTTATTTTTAAAATTTAACTTTCCAATTTTTTAACTTTGAAAAAAACCGTTCATAACTTTTATTATTTGTGAATAAAATTGTTAAAGATTTTGGTAGAGAAATAAAAGGAATAGTTTGTAAATAATCTTGTAAAAGGGAATAAATAAATTCAATATAGTGTCTTATATTTAGAGACGAACAAATATTAAACCCATAAGTTTATTAAAATTATGTTCACTGAATTTTGTTATTATTACCAAAAAAAAATATAGGGTTTTATG


Gene Sequence:
>Vu_24652(-)
ATGCGAGTGAATGTAGGTTTAGAAGTTCGATTAGTCTTTGCTGGTTAGTGGCAACTTTGTCGAATGACCGTGTTTGTGCTGTGAAAGAGAAGAGGCAATGACTCGCCTGAACTTCGAACAAGTGTTGAAGGACAACAATGTCTCCGACCCATCTTCCGTCACCACTCTGCATCTCACTTACAAAGCTCTTTCCGATGTTAGATTCTATGCCCTTTTGTTTTATGTGCGTTTTTGTGGTTATAACGACCAAAGTTATTGACTTTTTTTTACTTTGGAATTTACCCAGATAACATGCTTGGCCAACTTCATAAAATTGGAAAAGCTTGACCTGAAGCTCAACAACCTCACTTCACTTGAGGTACTTTATTTCTTGCCTCTTCTTTATTGAAGAAAAAGAAAAGACATTTTGTATATTTTTGGTTTAAATTATTGGCACTTTCGAGTGATGTGTTGTGCATGCCACTCCAGGGGTTGAGATCATGTGCTAATTTGAAGTGGCTATCCGTTGTAGAAAACAAATTAGAAAGCTTGGAAGGGATTCAAGGACTCACTAAGCTCACTGTAAGCTGCTTTGGGTTTTGTTTTGTTACATTTTAGTTTTAACTGTCAATCTTATGCACGTGTGCTTTGTTTTTTTAAGTGGTTTAGTGAGTAGTGAATTTAGTGTCAACTTGAACTTACTGGCCTGTTAGTTGTTAGAATGGTGGTACATCACTTTTCCTTTCAACAATTCAAATATTTTTCAGCGAAATGTTTCTATTCCGTGCTATTTATATTGGCCCTCCCTAGGAGTAGGTTGTTCAAACTTGCATTGGAAATTTTCATTTGTATGAATATGGTCATGAAAAGGAGACTGGAGAGTCATCTTGTCTTGAAATTGATATGATTGCAACCTCAACTCCCAAATCATGATTCCGGCCTTGATACTTGCTTGTTATACTGGAATTATAAGTACGGTATTTAATTTGTTCATCCTTGCTAAAAGTGTAGAGTTGTTTCCAAGAATTCAAATTTGCACTGATTATTTCATTTCATAGGGAATGTGCAATTGTTTAATTTAATTAAGTTTATTGTTCTTAGAATCTGTTTACTATCATCAAAGATTTTAGAAATAGTGACACGACACCAAACACTAATTCTTCTCTCTTTTCCTTGATGCGCTTGCTTTGTTTGAGCATGCAAATGTTCAGATTAATGAACTTATTTCTTGAATCTTGTCAAATAGCACGCCTAATCTTAGCTCTTCGGATTAAACTCATTGAGTTACATGGGGATTTAGGAGTCACTTTTATATGAATATGTGAACCAGGTGCTAAATGCAGGCAAAAATAAGCTTAAATCTATTGATCAGATCGCTTCAGTTGTTAGTCTCCGAGCTCTGATTTTGAATGGTGAGAATTTTTACATAATCACCTGCTAACCACATCAATTTTCGTACAATGTGAAAAATATTAGCAGTGGTTATTTCTATTTATGTATATTTCCCTTTTCTGCACTCTTACTTTTCTTTTTGGCTTTGGCAGAAAATAACATTTCCTCCATTTGCAAATTGGATCAGCTGAAAGAATTGAACACTCTTGGTATGACTAATTATACCTTCACTCTGATGCTTTCAGCACCTACATATGATAGTGCGATAAGATTTTGTTGTTGTTTATAATTTTATCGACTGATGTCTTGGATGATGTTATGGTTCTTTCACAAATGCACAATAGGCTGTATTGATTTTTTTTTTTTTAGTTTCTTAGTTATTATCTTCATTATTCTTGAAGCAAAGTTTACATGAAGACGAGTAATCAAGAACCCATACCAATGAGGATGAAATAAATTGAAAATTTGAAATTACTTTCTTGATAGATCCTAATACGTTACATATATTTTTGACTAAATTCCAATGATACCTAGTAAGATTTTCTTAAATTACTCTTACATCCATTTCTACATGCATGTGCACGTGTATGTAGAAAGAGGTGACAATGTAATATTCTTGAAACAAAGAGGAGTTTTATGTATAATTTTAAAGAAACAGGGATGTCAGTGTAATTTGAGAAAACCTCAGGACTGTCAGTGTAATTTACTCTACTTTTAGGAGGTTTAGCAGCACATTTTCAAGTTGTAAAAGGCCATTGATAATTTTATATAAGGGGCATATTACGTATTAAGAAGTTAATCTTTGACCTTTCAATCTTGCTTGATATGTATACATGGAAACCAATACCATTATATTTCTTCTTTTAATCTATGTTTGTGTATGTTTGAAATGCATAATTATTTTTGGCCAAATAATATATCACCAACTCACAATGGTTGGAACTCGAACATGTACAAAAGGTATACATATATAATCTTCCAATATCTACTTCTGCAGTTCTATCAAAAAATCCTATCCGTAATATTGGTGATGCTCTGCTGAAGGTGAAATCTATCACGAAGGTAAGAGGTTCCCCAATATGTTGAACTCCTTTGATGCTTGTTTCACCATTGTGTTCCTATTGCCGATGATATCTCTCTTGGTTCCAGCTTTCCCTCTCTCATTGCCAGCTTCAGGATATTGACACCTCACTCAAGTCTTGTGTTGAGTTGAGCGAGCTCCGCCTTGCTCACAATGAGATCAAGGTGTGCTTTTAATACGTGATTTTGGATCAATATCTTGTATCAATACATGAAGCAGAATTCATATTTATTTCGTGACGTCAGTGCTTAAGATTTTTTTAATATTGTTTAAATTGGACTTCAGTCTCTTCCTGATGAATTAAAGTTCAATTCAAAGCTCCGGAATTTAGATGTGGGGAATAATGTGATCACGAGGTGGTCAGAAGTAAAGGTTTGATATTCATATCTAGAGTTTTCACGTTTTCTGGCATGTTTTACAATTGCCTAGAACAAACTCCCTTTACCATGTTCATTCATCATGTTACATTTATAGGTGGTCAAATTCCTCACAAATTTGAGAAATCTTAATCTACAAGGAAATCCTGTTGCTGCTGTTGATAAAATTACCAGAAAGGTGATCCCATTGTGCTTGTTCTGTGAATTCACACATGATTATTCAATTTCATTCATATTGTGTGTAATGATACAGATTAAGAAGGCACTGCCAAGACTACAGATATTCAATGCTAGACCAGTAGATAAAGATACTGACAATAAGCAAAGTGGGGTAGTTGATGGAACTCCTGATTTTTCAGTAGACCAGACAGGTCAAAATTTGAAAGACAGCAGCGAAGAAAAGAGTGCAAGATTTCATACAAAAGATAAAAAGAAGTATGATCACCTCGAAGCCCCAGACGATCTTGACTCGGAGAGAAAATCAAGTAGGAAAAGGAAGAAAACTGATGATGTATCCAAGAAGGAAGACAGGGTGATTGATGAGGGAAATAAAGCTGGTAAAAAGGATAAGGCTGATAGAAAGAAAGACAATCTTATAGTTACTGTTGAGCCTGACATGGAGAATAAATCAACCAAGAAAAAGGTAAAAAAGGATGAGAATGTCTTGGACAACAAGGGTTTTGTTCCTGAGGAGAATGTTTCCAAGGTTGGAAACAAGTTGAAGAAGAAACGGAAGAATGAGGAAGAAAATGAACTCGACATTATTGACAATGCAGAAGCTTCATTTGCAGAGCTTTTTAAACTCAATGATGCAGAAAATGAGAATCATGGTGATGAAATGAAGGCACAGGAGAAAGTGTCTAAGGATGTGAAAGTTGCAAGAAGCACAGTAACCTCATTTGCCAAACCTAAGAATGCTAAAATGCAGAATATGGAGTCTCTTTCATTTCCAGTAGCAGATATTGGACATGGAGGGCCATCAACATGGGGTGATGAGTGATGAAAACTTGTCTTCAAGAAGTTGAGGATTATCTTTCAGACCGACTCTGCTGTCAGATTTCTCATTGCTTCTGAAGTCCAGGGCACTTTTCCTATGCTTTTTGTTGGTGATTTTGTTGTTAATCTGAATTGCTACCAGTTAAAGAAGTTTTCTTTATCTGCCATTACTATTTATTCCAATGAGAAATTGCTATTTTATCTTGCAGAGAAAACTGGCAAAGCGTTTCAGCCAGCCCAATTTAGCCTGCCCCTAGAGCCCGATTTAAGCGGGCCTGTCCTTGGTGGGCTTGTGGCCTGGTGCCCCCATCGACAATATCAATGATTGGTTTTCTAATAAAAGAAATTATTAGCATT