People Important Links Contact Us
Chickpea portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Menu

Genetic Resources

Genomic Resources

Agronomic Practice

Publications

Nutrition

Social Resources
  • Maps
  • Gene Families
  • Gene Search
  • MARKERs  
    • SSRs
    • SNPs
  • JBrowse
  • Download

Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_24257 LG6 4707250 4710652 PREDICTED: plant intracellular Ras-group-related LRR protein 6 isoform X1
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
C/T 4707459 upstream_gene_variant
C/A 4707781 upstream_gene_variant
T/A 4707993 upstream_gene_variant
G/C 4708225 upstream_gene_variant
C/A 4708500 missense_variant p.Gln91Lys
T/G 4708504 missense_variant p.Ile92Ser
A/T 4708775 missense_variant p.Lys144Asn
T/C 4709185 upstream_gene_variant
C/T 4709195 upstream_gene_variant
G/A 4709278 upstream_gene_variant
C/T 4709764 upstream_gene_variant
C/G 4709838 missense_variant p.Thr182Ser
A/T,* 4710095 upstream_gene_variant
T/A 4710183 intron_variant
C/A 4710330 intron_variant
T/A 4710340 intron_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24257.1
MEGLGLTAVPSEVWESGEVIKLDLSRNSIQELPVQLSSCVSLQTLILSKNQIIEWPTSVLKSLSSLSCLKMDNNSLRQIPSDGFEVVPKLQILDLSGNAASLLDGPAFSSLPYLQEIYLRRMKLSEVPSDIVVLHQLRILDLSQNSLQSIPVGLKNLTSLKELDLSDNNISVLPPELGLLEPTLQALRLDGNPLRSIRRTVLSKGTKAVLNYLKDKLPE*


CDS Sequence:
>Vu_24257.1
ATGGAGGGGTTGGGATTAACTGCTGTCCCATCAGAAGTGTGGGAATCAGGGGAGGTCATAAAACTTGATCTTTCAAGAAACTCCATCCAGGAGTTGCCTGTTCAACTTTCTTCTTGTGTTTCACTCCAGACATTGATTTTATCTAAGAATCAAATTATAGAGTGGCCAACTTCAGTTCTTAAATCACTTTCAAGCCTTTCATGTTTGAAGATGGACAACAATTCCCTTAGACAGATACCTTCCGATGGCTTTGAAGTGGTGCCTAAGCTTCAGATCCTGGATCTAAGCGGTAATGCAGCTTCATTACTAGATGGACCTGCATTTTCTAGTTTGCCTTACCTGCAAGAGATTTACCTAAGAAGAATGAAGCTCAGTGAAGTCCCATCAGATATAGTGGTGCTGCATCAGCTACGGATCCTAGACTTGAGTCAAAATTCCCTTCAATCAATTCCAGTGGGGTTAAAGAATCTCACTTCTCTCAAGGAGCTTGACCTATCTGATAACAACATCTCAGTTCTTCCACCTGAGCTGGGTTTGCTGGAACCAACCCTGCAGGCGTTGAGACTTGATGGAAATCCTCTTAGAAGCATTCGAAGGACTGTCTTGTCTAAAGGAACTAAAGCTGTTCTGAACTATTTGAAGGACAAATTGCCAGAGTAG


Promoter Sequence:
>Vu_24257::LG6:4705250-4707250(+)
TGTTGGTGATATCTTGCTCTTCTTGCATAGGACTTGAAGCTTTGTCAAAAAATATTCCCTCAATTCTGGTGTTGGATTTACTTGTGACACCAATATCTTGAATTCTTGGATGAATGTTTCCCCGCTCCTGGTCCATGTTACTGCTGCCAAACTCTCAAGTAAAACTTCCACATTCCTTATCCTTAGTTGAGTTGTTGCAATATCTTCCCAAAAAAGGTTCTTGGTTTTTTGTTGCTAGGTCTTGAACCCCTTTTCTTCCCTGTTATTGAAAGTTGGGTGTACTTTTGTTGATCCTTTGATGTTTTGAACTTCAAAAACATTTGCTGCCCTTGTTGTTTGACCTTGGGTGCCATTCCCTTCAAATGTGGACAACTCCACTCTTTCAACCCACGGGCAAAGTGGTTCTTCCTCACCCTTCCTAGTTCCATTATTATCAATGACATCCTCTTATCTTTTCTTCTCCCAATTGATTAAATTTTCTCCTCCATCTAAGAGTTTCTTTGCTTTCTTTATGTCCTACAATCTATCTTTCTCAGCATCCCTACCCGTCTTTAACTCTTTCTTTCCTTTCATGATATCTTGAAGAAGTTCCTCTATCCTTCCCTTTTTTCCTATGTTAACAGAATTCTCCTTACATACTATGTCTGATAGGACTTTGAGAGTGTATGAAAGGAGGAAAAGGAATTAAAAGAAATAGGTTATAAGTTGTAAGGAGGGTTAGGGGGACAGTTAGGGCCGTTAGGAGGTTAGCTGTTGTATGTTCTGGTAGGGGATAGCGCTATAAGGTGGAAGGGGTGTTTAGGGACAAACATGTTTTGTTTTGTTGTATCTTAGAGACAGAACCATTGCATCTTGTGTGAAGGGAGAGGGCTTCCTTGGAAGTGTCTGGGCTGTATACCTTGTATTCTTTGTCATCAAGAATAATAATACAGACTGCTTTTAGTGTTTATCTGTGTGTGTTGGTGTTTTCGGGTGTGAGTTCTGGATTTCTTGTTCCAATAAATCTATCAGTGTCTCATTTCTTGAATATTTTCCCTCACTACTGTCCTCACCTTACACTGTTTGTTGGCCCCACTTTCAAGTGCATTCACTCTGCCTTCCATGATTCTTCCTCTTCTTGATCTGGCAGGTCAGACTAAATTGTTAGGTTTCTAGATAGAGGAAACTAGGAAAATCACTGCAAACTCCTAAACTCACTGAATATACCTCGTATTATTGATTCTAGGCAACAAGTACCGCATGAATGCTTCCAAGGGACAATGCTCCCCTTCCCACAGGATGCCAATGATCCTGTCAACAATTCTCAAACATCAAAAATTATCCCCCTACATACAAAGACCCCACTTTATATAGAAAGTCTCACTCAACCTAACGACCCAACTAACAACTACTTTTTAATATGTTTCCTCCTAACATACACATTACATATCCTATCACTGTGTCTTTGTAGATATCACAATGTGCATTAATTGCTTCAACACGATTGGAAAGTCACTTTGTACTATTGCATACACTGAATAATACATGTGCCAAATAGTTGTTTGAAATTACTTGATTTTTCCAAGGAACTCATTCTTTATGTTTTCTTCTGCTTATAGAGGTTAGTAGGATACTAGGTGATACTTAAATGTTCAAGTGAAAATTCAACTATCAAAGTCAGGCACATGGCGATGTGCTTGTAACAGGAAAAAAGGGTCAAAATCTTTTTTTTTTTTTTCTACTTTTGGTAAGAATTTCAGAATCTTTTGGGGATAAAAATAACAAAAAAACATGAGTATGTTTGTTATGTACCAATCATGTTAATATTGAAGTTGATTACAGTGTAGTTTGACAATGGGTTAATGTTATTGTGTTTTTCTGATATGTGTAATGTAATCCCATTATCGGTTAACAAAAAAAATATTTCTTTGTTAACTTAACTTTCATTAAGTTTCTTTACCTGGACATTCGTTTCCCCTCTAATCACCGATCTATTTATAATTGTCTTCAGGAACTTTCAA


Gene Sequence:
>Vu_24257(+)
ATGGAGGGGTTGGGATTAACTGCTGTCCCATCAGAAGTGTGGGAATCAGGGGAGGTCATAAAACTTGATCTTTCAAGAAACTCCATCCAGGAGTTGCCTGTTCAACTTTCTTCTTGTGTTTCACTCCAGGTTAAACCTTATCTTCTGGTTTTCAAAAGGATCATAATTTTTTCTACCATTTTCTTGTTTTTTTTTTTCATATTTTTCCACATACCATAAATTATTGTTTACGAATTTTTCTTTGCAATTATTCCACTTTTGGTCTTGCGCTGAAATTATACAACAACAAAAATGATCCTTAACATACTAAATTGGAAGGAAAATGTTTTTCACAGTTACCTTCATTTTCTTTGTATTTAGTTAAACATTTTTCATATGGTAAACCCTTTTCTTTCTGTTGAGTGATTATTTCATGAAGATTCAGTCTCAAAGCAATTTATGGATATGTTAATAATGATAATAGGTTTCCAGATTTAATGGTAATTTGTTGATTGATAGATGTTTGAGGGTTAGGAAGATTGCTTAGGTATTCTGATCATAAATGGACCTGCTACAGATTGAAAATAATGTATTAATTCATTTGTACATTGTACACTTTCCAGACATTGATTTTATCTAAGAATCAAATTATAGAGTGGCCAACTTCAGTTCTTAAATCACTTTCAAGCCTTTCATGTTTGAAGATGGACAACAATTCCCTTAGACAGGTAACAACTAATGATCCTGAGAGGTTCTCTCTGTTCTTTTTCTTATAAAATGAATGGTGGTATCAACATGTGTATAGACCGTTACTGGACACAATACTTTATGAATAGTTAATATGGTTTTTCAAATTGTAAAATCCATAGAAATAATGTTTTATCTCTCGTTGATGGTCATTGCTTTTCATACAATTTATAGAGTTATCTTAGAATAAAGAAAAGGTCAATGTATGGTTTAATTCCTCATAGTTATTATATAATTGACAGTTGAAGTGATATATTGCCAAAATAGTAGTTAGTATTTCTCAAAGTTTCACGTGATTAGATTTTTATAATAGGCATGTACTCTGCTGCATGTTATGAAATATTTGCATATATTAATTCCTCTACGTATCTGTCAGTTAGTGACAGAAACACTGTTGGTTGTGAAATTTCTATGTTTACATGCTTTCTTATCGCCATAAATATAAATCAGATGATGGTGTGACTGACCTTATGTCATTTCAACTATAGATACCTTCCGATGGCTTTGAAGTGGTGCCTAAGCTTCAGATCCTGGATCTAAGCGGTAATGCAGCTTCATTACTAGATGGACCTGCATTTTCTAGTTTGCCTTACCTGCAAGAGATTTACCTAAGGTTGGTTATGGCAAGTGTGAGCAGATAACTTCACACACATACACAGATTTAACTTTCATATTCCTTTATCTTCTTGGGAGCCTGGCTTAACTTTCACATCACAAAATTAACAGAAGAATGAAGCTCAGTGAAGTCCCATCAGATATAGTGGTGCTGCATCAGCTACGGATCCTAGACTTGAGTCAAAATTCCCTTCAATCAATTCCAGTGGTAACATTTTTTCTATGACTCGAAAACAGGGATTAAGCTTGTGTAGCTGCTTGCTTATTTATATCTCGTGAAAAGTTATGATAATATCCTTGAACTTGATATTGTTTAGATAATGACAATAGCTTAGGGACCAGCTGTTTGTATTTGTGCCTATTAAATTCAAATCTTATAGATAATGTACTCACAGTAACAAGTTCATAAAATTGAATTTTTTTCTACCATAGGCTTGTGATTGAAGAGAAATGTCACATTTTAATCTTTAGCTCCGTTAAATTCTTTAACATGCTTTCTTAAATTATTAGTGATCAGAAAGCTGAATTTCAAGTATAATTTGACCTCTCGAGCATGAGTCATGTAGATGGACGCACAAATGGAAACTTAGCTCCTAAAACTTGTCTTGTCCAGTATATTACGAACGATTTAACTAATTTTTTCTATTAAGTTTTTCCCTTTGCTTACTATGGACTTTTTTTTCCTTTGCTTACGTATGAACTTGTTTTCAGGGGTTAAAGAATCTCACTTCTCTCAAGGAGCTTGACCTATCTGATAACAACATCTCAGTTCTTCCACCTGAGCTGGTGAGAAATATATAAAGTCCCTCTCTCAAAAGGGGAGAGTGGTTGTTAATTTTGTTGACCTAACTGACAAAAGTTCCAACAGATACCTATAAGTAATTATTTAAGTAGAATCCAAACAATATAGCTTAATAAAAAAATAATTAACATAACAAAAATATGTACATAATTAGTTAAGAAAGAGGTTTAATATTAATAAGAAAAAGGTTAGAAAACAGAAATGATACTTGATAGTGGATTCTAATTTAAAATAAAGGGGTGGTTTCATTTCTTTACTGTGACTGTATTTCCTATTCAAATGTATTCCGAGAAATAGTGGGTGATATAATAAGTGTCACTGATGGGCATGTAACGAGGATCAAACAGGAAATTTGATTGAATTTATTTTGACTCCGTCTCCATGATGTCACTTTGACTCACTTTTATCATCTGTAATTTATTTGATTAGGGTTTGCTGGAACCAACCCTGCAGGCGTTGAGACTTGATGGAAATCCTCTTAGAAGGTAACCTCCCCTTGCCCCAACCTTTCGATGTGCTTTCTAAAAATGGAGAACTATTTTTTTGGCAGCAGTCTGGGTTTTGCAAATATAGTTATTGTTTGCCTCTGCTATATTTATGCTTCAGGTTTAACAATCTTTCACATGAGGAAAGATAAATTCTAAGGGTCAATGCCAAGAACTACATTTTAAAATTATTCCCCCATTCTTCTGCCTTTTTCATAATCAACATTGTGTTCTTGGTTGAATTGGATGGTGCTTCGACGCTTGTGTGACTCACCAATTTAACTATGTTTACTCGTGCTTAGTATTAGCGAAATTACATAATTATCCCCATGTAATTTAGCACTTTCACAACTTACCCTATAAATTGTCACTAAATCCTCATGAATTTTGATTGGAGTGAAAAATATTAAATTTTGTCAACTTCCCTTGATTTAACTAACTAGAGTTTTAGACATATAATAATTGAGCAATTGATAAACTGCAAAGGGTATAGTTTAATTACCCTTACTATTACGTACGGTTTTACTTAACCAACTGGACTGCAAAAGTAGAATTCTATGCAGCTTGAGTTCCTAACAAAGCAGAAATAAAAATATAGAGATCAGCTAGATCTCAATATATGGGAAAGCTGGGTGTCCAAAATGAACTGATAATTGATAACCATGATTGGTGAAAATTTTGATGTTTCTGCACTTGTTTCAGCATTCGAAGGACTGTCTTGTCTAAAGGAACTAAAGCTGTTCTGAACTATTTGAAGGACAAATTGCCAGAGTAG

NIPGR © 2020

This project is funded by the Department of Biotechnology
Ministry of Science and Technology
Government of India

Visits: 1321890