Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_24066	LG5	70806806	70807375	PREDICTED: zinc-finger homeodomain protein 5-like	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
G/C	70806890	synonymous_variant	p.Arg162Arg
G/C	70806893	missense_variant	p.Ser161Arg
C/T	70806901	missense_variant	p.Gly159Ser
C/T	70806926	synonymous_variant	p.Glu150Glu
C/T	70807076	synonymous_variant	p.Arg100Arg
T/G	70807266	missense_variant	p.Asp37Ala
C/G	70807329	missense_variant	p.Ser16Thr
T/G	70807332	missense_variant	p.Glu15Ala
T/G	70807337	synonymous_variant	p.Val13Val
T/G	70807346	synonymous_variant	p.Thr10Thr
T/C	70807348	missense_variant	p.Thr10Ala
C/T	70807354	missense_variant	p.Gly8Ser

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_24066.1

MSSINTSGFTNQVEESDEEEVEYKECRRNHAVAIGGDCYDGCNEYMKPNAERNSQDSFLCACCGCHRNFHRKHNPVQESETENDYLLDVVPFSGTFHPARATDNNNNPEPLQQVRPLRRKRTIFSVEQKNQMRRFADILGWKPHKGNREEIQRFCTDMGISRKIFVVWLNNNRHRAAQNSSQTSLPSST*

CDS Sequence:
>Vu_24066.1

ATGTCAAGCATCAATACCAGCGGTTTCACAAACCAAGTAGAAGAAAGCGACGAGGAAGAGGTTGAGTACAAGGAGTGCCGTCGCAACCATGCAGTGGCCATTGGAGGAGATTGCTATGACGGGTGCAATGAGTATATGAAACCAAACGCCGAGCGAAACTCTCAGGACAGTTTCCTCTGTGCATGTTGCGGTTGTCACCGCAACTTTCACCGCAAGCACAATCCCGTGCAGGAAAGTGAAACAGAGAATGATTATCTTCTTGATGTAGTTCCTTTTTCAGGGACGTTTCACCCAGCAAGGGCTACCGACAACAACAACAACCCAGAGCCACTGCAGCAAGTAAGGCCACTGAGGAGGAAGAGGACCATCTTCTCGGTGGAGCAGAAGAACCAAATGAGAAGGTTTGCTGATATTTTGGGCTGGAAACCTCACAAGGGTAACAGAGAGGAGATTCAACGTTTCTGCACTGACATGGGCATAAGCCGCAAGATCTTCGTGGTCTGGCTCAACAACAATCGTCACCGTGCAGCTCAAAACTCCTCCCAGACAAGTCTTCCATCAAGCACTTGA

Promoter Sequence:
>Vu_24066::LG5:70807375-70809375(-)

AACTAGAACCTTTTCAAAAATTAATTAATAAAAATAAATTTAGAAAGAGAGAATCAAAGATAGTGTATCTGCACCAATATATTTCAATTTCAGTTACATTGCTTCAGTGTTTCAAAAACTAAAATGGCGATAATTTACTAAAAAAGTGGATTTATTTAAATTTAATAAAAGTCAATTACTTTTATTTAATTTTAGTGTTTTCATTTAAAAACAGGTATTCATAAAATATCTCTTACCTCTTATTTCAAGAGGTATATACGGTATTTTACCCTTTATAATGCTAATTTTGATAATTATTTTTAATTAATTGAAAAAAAAATTATTATCCATAATTCCAGTGTGTCTGAATTTGGGTTTTACTGTCTTTCAGCTTTCATTTTTCTTCGCTTTACATCTTTTAAAAAAATTTCAATCTTTCACCTACGTCTTATTATATCCTAAAAAAAAATCAACATTGAAGGCTAAAATTACACAAAGTTACTTTTTCTTTTTCAAATAATTACAGTGTTACTTACCTTTACCTATTTACTTTCAATTAAATATTCTAGCTATTTCTCTGTCTTTCTCTTTTAGAATTAAATTTCGTATATTATTTAGAATAATCTATCTCAATAATCTCCACCTGCCCTTTTCTTATTTATTTTTGTAAAATAATTTAAAATATAAATATAAATAGTTAAAAAAATAAATACTACAATTCAAAATTAAAAATAACTTAAATATTCAAATAATTTGTGATGAATTTTAATTATCAAAAACTATTTATAATGATGGTTTTAAATATATAAAATAAATATCCATCTCTTAAAATTCAGTAGTCAAAAGAATTGGTATTATTATGAAGCAATATCCATCTCTTTCAAGAGTTCAAAACTTAATATACAAGTTTTTAAATTTAATACAACTTATGTATTCAAAATGTTTTATAATACGTTAGAATTATAATATAAATTATATATTAAAATTATTTCTTATAATTTTATCTATATAAAAATAAATATTTATCTTTTAGACCACACAAATAAAATTATCATATCAAATATAAATGAAATTAGATATTAAACTTGATTTATATTTATTCTTCAGAATTTATAAATAATAGGGTAAATTAGATATATTTATTTTTTAGTATAATAAGAAGAAAAAATTACAACTTTAGTACAAAAATTTAATTTTATTTAAACTCTGGTAATTTAACACATACATGTTGTGTTTTACCTTTGGTAATCGTAATGTGTTTATTAAAGATAAAATTAACATCGATATGCAATTAATTTTGATGAAAAATTTTAATATGTGTTTTGTAAATTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTATTGAAAGGAAACTCGCACTATTATCTATAGTGCCTTGTTCATGCTGAGAAGCCATGTATTGTTTCTTTTACAAATTTTTAATGTACAGAAATTGTTTTTCTTTTATTATGTTTCAATTTTATTTTCTTAAAGAGTTCTTTCCATTTTAAATTTCAACGACCTAAATATAAAAAAACAACAAATCTTTCACTATTTAAAATACCGTGTTATGAAAAAAAAATTAATAACTATATAATTATATATTAAGGCTTTTTATTAGTTTGTTTAAGGTATGACGAAACTCTAAACTTAAAAACTTGTCTCTTGTCAATCCTGATAAAGAACTAGTTGATAAGAGATGCTGAAGTTCATTAAAAGAGCCAAAGATCTTAATTAAACCAGTGAAGAAAAAAATTAAATAACCATTAATGCTTCCACTTTAATCCAGAAAGTAAGATGATGGGATGAATTAGCTTTTGAAGAGTTTGTTTAACAAAACAACATCTTAGGATGCAACGAAATATGACATAATCATGCAGTAACATGTAATTACGTGTTACATCCCACCTTCAGTTCTACTCTATATAACATCTCTCCCTCAACACAAATCACCATCAACATCACC

Gene Sequence:

>Vu_24066(-)