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Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
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Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_23360 LG5 64606046 64610262 PREDICTED: serine/threonine-protein kinase HT1-like
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
SNP Position Effect Amino acid change
T/C 64606296 splice_acceptor_variant&intron_variant
A/T 64606307 intron_variant
T/C 64606392 intron_variant
A/C 64606413 intron_variant
C/T 64606891 intron_variant
A/C 64608412 intron_variant
C/T 64608427 intron_variant
G/C 64608432 intron_variant
C/T 64608465 intron_variant
T/C 64608642 missense_variant p.Thr283Ala
G/A 64608657 missense_variant p.Pro278Ser
A/T 64608694 missense_variant p.Phe265Leu
A/T 64609255 intron_variant
A/T 64609263 intron_variant
A/T 64609396 intron_variant
T/A 64609690 intron_variant
C/A 64610007 missense_variant p.Ala86Ser
C/T 64610011 synonymous_variant p.Arg84Arg

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23360.1
MAGSCFHGLRLRMSKSKPLPEPSSSSKLRLESETENMERKRFNSTESWSMILDSMDTWEASKEDQEGEQGEWTADLSQLFIGNRFASGAHSRIYRGVYKQRAVAVKMVKMPSQDEEKKELLEEQFNSEVALLSRLFHFNIVQFIAACKKPPVYCIITEYMSQGNLRMYLNKKEPYSLSIETILRMALDISRGMEYLHSQGVIHRDLKSSNLLLDDDLRVKVADFGTSCLETRCRKSKGNSGTYRWMAPEMVKEKPYTRKVDVYSFGIVLWELTTSLLPFQVMTPVQAAFAVAEKNERPPLPASCEPGLAHLIKRCWSANPSKRPDFTDIVCTLEKYDECMKEGVPMSHHSGLLSRNVIVERLKGCVSMTSSIPVYA*


CDS Sequence:
>Vu_23360.1
ATGGCGGGGTCATGTTTCCACGGACTTAGGCTAAGGATGTCTAAGAGTAAACCTTTACCAGAGCCTTCGTCTTCCTCCAAGTTAAGGTTGGAGAGTGAGACGGAGAACATGGAAAGGAAGAGATTTAATAGCACGGAATCGTGGTCCATGATATTGGACTCGATGGATACATGGGAGGCTTCAAAGGAGGACCAGGAGGGGGAGCAAGGGGAATGGACTGCAGACCTATCACAGCTTTTTATTGGTAACAGGTTTGCTTCTGGAGCTCACAGTCGAATTTACCGTGGAGTCTACAAGCAGAGAGCTGTTGCTGTGAAAATGGTGAAGATGCCATCCCAGGATGAGGAGAAAAAAGAATTACTAGAGGAGCAATTTAACTCTGAAGTGGCTTTGCTTTCACGTCTCTTCCATTTTAACATTGTGCAGTTCATTGCAGCATGTAAAAAACCGCCGGTGTACTGTATCATAACAGAATACATGTCACAAGGGAATCTAAGGATGTATCTGAACAAGAAAGAGCCATACTCACTCTCGATAGAAACAATACTAAGGATGGCTCTAGATATATCAAGGGGCATGGAGTACCTTCATTCACAAGGTGTTATTCACAGAGACTTGAAGTCAAGTAATTTGCTCCTCGACGATGATTTGAGGGTTAAGGTGGCGGATTTTGGCACATCTTGTCTTGAAACAAGATGCCGAAAAAGCAAAGGGAACTCGGGAACATATCGTTGGATGGCACCAGAGATGGTTAAGGAAAAACCTTATACTCGAAAAGTTGATGTCTACAGTTTTGGTATTGTGCTTTGGGAGCTCACTACTTCTCTACTTCCTTTCCAAGTAATGACCCCGGTGCAAGCTGCTTTTGCTGTGGCCGAGAAGAATGAAAGGCCTCCTCTGCCAGCAAGTTGTGAACCAGGACTAGCACATCTGATAAAGCGTTGTTGGTCAGCAAACCCGTCGAAACGGCCAGATTTCACTGACATTGTGTGTACGTTGGAGAAGTACGATGAGTGTATGAAGGAAGGCGTACCAATGAGCCATCATTCAGGGCTACTCAGCAGAAATGTAATTGTCGAACGCCTCAAAGGCTGTGTATCAATGACCTCCTCCATACCTGTCTATGCATGA


Promoter Sequence:
>Vu_23360::LG5:64610262-64612262(-)
AATATGTGTAATCCTCTTAACTTAACTCAAATTATTTTCTTTTACCTATAAACAACATTTCAAACTTTAAACTGTTTATATTATTAACATGTTTCAACTCAAATATTGATTTATAATAAATTGTTGGATTAACATATCCATTCATTCATCAAATATATTAAAATTTAACGCAAAAAGAATTAGAATTTTACATCAAACTCTAGAAATTAAAAACATATTTAAAAAAAAGTGAAACAGCAAGATCTTCCTACAATGCACATAAGAGTGCATGACTGGGGCAACTCGTTCGACAGTTTATGCATTAATATTTTATGTTTATATCGTTTTTTTATTGAAATGTTTGTTTATCACATTTTATATTTTTATTTCACCTATATCTTAAATGTAAACCTATTATTTTTCATTTTTCTAATTAAGGGGAGAGGGTATACTAAATGGCAAAAGAAGAGAATGGTAATATAGATGAATGAGAAAAAAAAAAGAGAGAAAAATTATGATAGTACTTGATACGGAATGTCGAAATTTGTTTTTTGGGCCCTGAGCTAGATCCCCTACATGTTCCTTGTGATAAGCCCATGCCACAAAAACCACACTACGGCGGATACCTAACAATTTGCGGTCCATATCATGTGACCTGGAACCGAATATTGAATGGCTTAGATAGTTTTGGGACGAAACTCTTATGTCTCCTTAACTTTTCTTTCTACCTTTTAATTTCTCCCTCAGACCATTTCTTTCTTTTTTCACAATCTAATTTTATAAACATTTAGATATGCATTTTTCTCCCTACATCTTTCAATTAATCATCTCAGTTTCTTCCATCCGAGTTTACTTATGGTCAAATCGGTAGTCATCAAATGTAATAAATTACAAAACATACATTGGATTGGATCATCTTTAAATTATTATTAATAAATAGAATCGTATACGTATCTTGTAATAAACAGTTGAATAAACACAATCTGTGCAGAGATTGTATATGAACCTAAAAATATTTTTCCATCACCAACTTAAATGCCTTTTTTGGGTTGAACCTTGCTTGATTTTTATTGGTTGTGTTGTGATGAACTTGAATTTCATTGGTAGCAGCAACCCAACACAAAGACGCACTTAGGAGTCAGAGAGTGGCATAGCATATATGTATTGGAATGAGGCAATGTTTTTGACAGCTGAAGGAAAAACAGTAATACGTAGAAATCAGTCACATGTTTGGTATAAACCGAGAGAGGTCTATCTCTTGCAGTTGGCACTTGTCTATTGTTTCTTCTTTTGTTATGGTAGATGCCACTTGTACTCTCAAACTTTTCATGGCCCCAACAAGGATGGGGATATATCCAAAGTCTGAGAAGACTGCAAAGGCAAACACCAATAGTTGGATGTACCAATCGCCAAGCTCAAGTCACCTCGCTCTGCATTGTGTCCACTTACCATTGCATTCATTCATCATAATCCCATCACCAACGAACCTCAATTATAAATTCTTCCAAAAACTCTATCTCTCGCTCTCTATAACAAGCTACTCCACTTTTTACCCAACCACTCACCAGACACCCTTCAAACTTTTCTTCCTCTCAATTCCTCCTCATGCTGCAAAACAACCTAATCTTACTATGAAAAACCCTGAAAACACCTTCTCTTTTTCTTCTTCCTCTCACTAGCATTTGGCTGCAACCATTGAAATCCCCACTTCCTCCTTTTTTTCTACTCGACTCTTGAATGCTGTGAGATAGTTCCTACCCTTCACAATTCTTACACACCAAGTATTAATATTCATACTCAAATAAACCGTGGTCTTGCTGCTTACGTGGATTGATTATCAAAGGTGCAGTTGCTATATACAGCAAGCTCATCAAAATGGTTTTAAAAAACTTATACTCGTTCTTCATTCTTCGTTGGAGCTCGTGTTTGGAATTCAACACTCGGGAGGAAGATTTGTCATGACTGTATGCTCTGACACTCTTCATATCATTGCTGTAAAATACACTTGTTTTCTAGGTTCA


Gene Sequence:
>Vu_23360(-)
ATGGCGGGGTCATGTTTCCACGGACTTAGGCTAAGGATGTCTAAGAGTAAACCTTTACCAGAGCCTTCGTCTTCCTCCAAGTTAAGGTTGGAGAGTGAGACGGAGAACATGGAAAGGAAGAGATTTAATAGCACGGAATCGTGGTCCATGATATTGGACTCGATGGATACATGGGAGGCTTCAAAGGAGGACCAGGAGGGGGAGCAAGGGGAATGGACTGCAGACCTATCACAGCTTTTTATTGGTAACAGGTTTGCTTCTGGAGCTCACAGTCGAATTTACCGTGGAGTCTACAAGCAGAGAGCTGTTGCTGTGAAAATGGTGAAGATGCCATCCCAGGATGAGGAGAAAAAAGAATTACTAGAGGAGCAATTTAACTCTGAAGTGGCTTTGCTTTCACGTCTCTTCCATTTTAACATTGTGCAGGTACGTTGTTTTAATGAACGGATATCTCTTCAACCTTGTTTCGACACTCAATCTTCTTGTCTGCATGGTAGTTTTTTTGTTTATGTATCCATTACGATCGTTTTGTCTGTGAGGATCTGAAACTCAGAGGGTGTAAGCAAGAGAGGAGCTAATAGATAAGTTTTGGTTGTTCCCACTAAGAGACACTGTCACTTGCCACTTCCGGAAAGTCTTAGCTTTTCTAGGTAAAACTGTTTCAGAAACCACAAAAAGGGAAACAGGGACCATTTAATAAGTATATTGGCTGAACTCGGTAGCATATACAATACACCTATCGCTGCCAACTATTGACTTTTCTATTTTGTTCTAGTTTTTGCCTTTTTTAGATGAGTAATGCAGTGATTAATCTTCTTTCTTTCTAGTCCATGGGGTTTTGGAAAGACCATGAAGAATCCTAGCATTTAGTGAGTTAGATTATTTGATTTGGCTCTACTTTTGAATGTCGACAACCACCAAATAGTTTTTATATTGGGGCAATCTAAAGAGACAGTTTTAATTAAAGTTGAGTTACATTAAATTCTGAATTTTGTTGAGTCAATTGGTTGATCAATTATTGAGTTATTCTGAACTACTTGCAAATTGGGGTTCTAAAACCCAAATTCTAAGAAAATTTTAACGTTCATTCATATGTGATGATTGATACTGTAAATGTAACCTTTAGCTGCAGAAGTGTTTGTAATCCCTTCTAGTAACGACTGCATAAACTCCGATAATAAAATGACTCTTATTTTACAGTTCATTGCAGCATGTAAAAAACCGCCGGTGTACTGTATCATAACAGAATACATGTCACAAGGGAATCTAAGGATGTATCTGAACAAGAAAGAGCCATACTCACTCTCGATAGAAACAATACTAAGGATGGCTCTAGATATATCAAGGGGCATGGAGTACCTTCATTCACAAGGTGTTATTCACAGAGACTTGAAGTCAAGTAATTTGCTCCTCGACGATGATTTGAGGGTTAAGGTGGCGGATTTTGGCACATCTTGTCTTGAAACAAGATGCCGAAAAAGCAAAGGGAACTCGGGAACATATCGTTGGATGGCACCAGAGATGGTTAAGGAAAAACCTTATACTCGAAAAGTTGATGTCTACAGTTTTGGTATTGTGCTTTGGGAGCTCACTACTTCTCTACTTCCTTTCCAAGTAATGACCCCGGTGCAAGCTGCTTTTGCTGTGGCCGAGAAGGTAATGGCTATATTTCTAAAGGAAAATGATACTTGAACAACCATTTTTGACAACATTTAGACACGCGCACACGTGTCTAAATTTGAGTGGTCCAGTTGGAAAAATTAAATGAAAATGGACCACTCAAATTTAGACACGTGTGCGCGTGTCTAAATGTTGTCAAAAATGGTTGTTCAAGTGTCATTTTCCATTTCTAAACTCTAAATATCTTCTGTGTTATGTTAATTGCTTTTTGTTTTAGCTCATCCTGCTACACCAGTTTTAATTGCTCTTAGAGAGACAATTGCATCACTTCTCTGCTTACCAATTCTGATAGCTTTATTGATAGAATCTTTCTCTTAATCCCTTCTTGACTTTTTCTAGTCTGACCAAATTCCTTCTTTGTACTCCAACTTCTTGGTCGTGTCTAATGGTGGACGAATAATTCTTGTCTAATTTGACAAATGGCATATTTTTGGATTCTTCGGGTCTCCATGGTTTGGTTTCACAGAACTAAATGTGAGCTGGACTTCGAAATAAACCATTTATCTTTCTCAACGTGTTTAATCAAAGTAGCTTTAACTTGTTTTAAATCGACTGATGAATAAAATATGATTTGGTTTAAAAGGGATTTCTAATTTAAAATCTGTTCTAGAACTGGTTTCTGAACCAAAATTTATTCTGAAATGAATAAAAATTGGTCTGGAAATGATTTTTTTTTTATACATAAAAAGAAGAATTCAGAACTGAAAACAGTTGTTGCATTGTCAAGATGATTGATTGGACAAGTTATTGTAATAAGAATGATTGGTTGGACAAGTTCTCTGTGATAAGAAATATACTCAATAATATGGGAATCTCTGCCTTGGAACAGTTTGATTGCTATAAAGCATGAAGGAAGTTGTCTTTCACACTGTTTGTTCCCTAAATGGGACTGAAGAAATCTGATATCTACCACACTTCAATTTTATAGAAAAAGTTCCAAACATACTAACTAGAGACTTTTGCCCTTTTAGTAACAGTGTAGAAACAACCGTAGCTATGTCACTCAAGTATCTAAAATACCCAAACGGGAAGCTTGGTTTTGATCTCTCCCAATATCCAATCTTTTAAAACCTTATACCACATGCAACAACAACAGTATTTCTAAAACTTTTATCTACCTTCTAATAGTTACTTCGTAGAAAATCTTCTCTAAGGCATAGTTACTCAGAGAATCCTTATCGTGTGGCTGTTATCCATAAGTGCATTCACTATTCTCACGGCTCATGACTTGTGAACATTTTTTTACTATTTACTCATTCACTGTTCTAAATGGCAATGTGTTTCCTTTCCTTCAATGGGATGGGTCAATCAATATATACTTTCACTTTTCAATTTAGTTTAAGTGCCACAAACACCTTTATGCAGAGTTTCAGGGATTCTGCATTTCAGAGATTCTAACCTTCTACTCTCTCTTCTCTTAGCCAGTCTGACAAGATGTAAGTGTTCCTCAAAGAATAAGAGGTGAAGACAAAAATATTGTAACCTCTAATAGTTTTATGCAAGATAATTTCGTTGTCACCACATGGTTTACTTAGTCATAGCACTTTCTTCAGAAAAAGCAAACTACATACCACAGACTACATATAACAAAAAATGTGTCCCTAATTTTCATTTTCATACATAGATAGTTTACCAGTAGTGACTAGTCAGAGTAATTAAAGTACACTAATAACAAATGACTCTGCTTGTTCGTGTTGCTTCTATAGTCAAGCCTCGGGTTAATACCTGACAGAATGCCAGCAATGATCATGGATTATTTTAACTAGAGAGTGCTTTAACAGAGTGAGCTTTTTTATGAAAAGTATAACATTCTAGTCCTAATAATGGGAAACACTGATGCATGGGCCTTGGACATGTTCCCTCCCTAGTCCCAACACGCATCCTTGATATCGCTAAACCTGATAAAAAAATTTGAGGCTAACACAAAAACAGTTGTTACATTTTGGTGTATACATTTTGTCAAAAGTAGTCCTCGAACTTTGCACAAAAGGCTAGCCGCAATATTGTTGTCTCCATTAGTGCCTTCCCATGAGGCACACTCATCCCTTGGACCCCACAAAAAGGCACAGATAAATAGCCATTTGAGTCTAAAATTGTGGAAAACAAATAATAATCAACCTCTAAAATCATAGTACATTAGAAGGTGAGTGATGATTCTAAAGAATGCATTTTGTGCTTGGTTAATTCCTTATAATAGTTTTTGAAGTGTTAAGAATGTATGGTGAAAAGGGTTGATCCTGTGGGAAGTGAAAAGTTTTGATTTGAAAAGTGATTTTGTGTTTGATCAGAATGAAAGGCCTCCTCTGCCAGCAAGTTGTGAACCAGGACTAGCACATCTGATAAAGCGTTGTTGGTCAGCAAACCCGTCGAAACGGCCAGATTTCACTGACATTGTGTGTACGTTGGAGAAGTACGATGAGTGTATGAAGGAAGGCGTACCAATGAGCCATCATTCAGGGCTACTCAGCAGAAATGTAATTGTCGAACGCCTCAAAGGCTGTGTATCAATGACCTCCTCCATACCTGTCTATGCATGA

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