Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_23290	LG5	64018261	64022409	PREDICTED: serine/threonine-protein kinase D6PKL2	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09191 Unclassified: metabolism		C 99980 Enzymes with EC numbers

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/T	64018455	5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
T/A	64018536	5_prime_UTR_variant
C/T	64018539	5_prime_UTR_variant
C/A	64018740	intron_variant
G/T	64018829	intron_variant
A/C	64019014	intron_variant
T/G	64019094	intron_variant
A/C	64019457	missense_variant	p.His13Pro
A/T	64019465	stop_gained	p.Lys16*
A/T	64019494	synonymous_variant	p.Ala25Ala
G/T	64020409	downstream_gene_variant
G/C	64020413	downstream_gene_variant
T/A	64020844	downstream_gene_variant
T/A	64020846	downstream_gene_variant
G/A	64020881	downstream_gene_variant
C/T	64021023	downstream_gene_variant
C/T	64021063	downstream_gene_variant
T/A	64021289	downstream_gene_variant
T/G	64022132	synonymous_variant	p.Gly587Gly
G/T	64022133	missense_variant	p.Gly588Cys
T/A	64022256	3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23290.3

MDSKTSSRSLPKHHQKTAGIQTLEAKDNGSSGNPASLKTGKSELAGPEDLSKSVGTVSKQNTGETAENKKLGVSIQKGSADSLSNKSSSGASSSVLDKADRAVNENIGSQESSIDQDKKTSEYGSVKNSSVSAKVSDGASSLAKTSGSAKISDRADFVESGKSSIYRGSTSSDVSDESTCSSFSSSINKPHKANDLRWEAIQAVRSRDGVLGLGHFRLLKRLGCGDIGSVYLSELSGTKCYFAMKVMDKGSLASRKKLLRAQTEREILQSLDHPFLPTLYTHFETEKFSCLVMEFCPGGDLHTLRQKQPGKHFPEQAVKFYVAEVLLALEYLHMLGIVYRDLKPENVLVRDDGHIMLSDFDLSLRCAVSPTLVKTSSTDSEPLRKNPVYCVQPACIEPPSCIQPSCVAPTTCFSPRLFSSKSKKDRKPKTEIGNQVSPLPELIAEPTDARSMSFVGTHEYLAPEIIKGEGHGSAVDWWTFGIFLYELLFGKTPFKGSGNRATLFNVVGQPLRFPEAPVVSFAARDLIRGLLVKEPQHRLAYKRGATEIKQHPFFEGVNWALIRCATPPEIPKVVEFEKIPSPASSGGGEKAVNHMSIANQKGSDNYLEFDFF*

>Vu_23290.1

>Vu_23290.2

CDS Sequence:
>Vu_23290.3

ATGGACTCAAAAACTAGCTCTAGATCTCTTCCGAAACACCATCAGAAGACGGCTGGAATTCAAACCCTTGAGGCAAAAGACAACGGGTCTTCAGGGAATCCAGCTTCTCTGAAAACAGGGAAAAGTGAACTGGCTGGTCCAGAGGATTTATCCAAGTCTGTAGGAACCGTTTCCAAACAGAATACTGGGGAAACTGCTGAAAACAAGAAGTTAGGAGTTTCAATCCAAAAGGGGTCTGCCGATTCCTTGAGCAATAAAAGTAGTTCTGGTGCTTCTTCATCTGTTCTCGACAAGGCGGATCGTGCTGTTAATGAGAACATAGGCTCACAGGAAAGCTCCATTGACCAAGACAAAAAGACATCGGAATATGGAAGTGTAAAGAACAGTTCTGTTTCTGCCAAAGTTAGTGATGGGGCGAGCAGTCTTGCAAAGACAAGTGGAAGTGCCAAGATTAGTGACAGAGCTGATTTTGTTGAGAGTGGTAAGAGCAGTATTTACAGAGGAAGTACAAGCAGTGATGTGAGTGATGAGAGTACTTGTAGTAGCTTTAGTAGCAGCATAAACAAACCTCACAAGGCAAATGACTTGAGATGGGAAGCCATTCAAGCAGTTCGAAGTAGAGATGGGGTGTTGGGATTAGGTCACTTTAGACTACTGAAGAGGCTGGGTTGTGGGGATATAGGCAGTGTTTACCTCTCCGAGTTGAGTGGAACTAAATGTTACTTTGCAATGAAGGTAATGGACAAAGGGTCCCTAGCGAGTCGCAAAAAGCTACTTCGTGCCCAGACAGAAAGAGAAATCCTGCAGTCTCTTGATCACCCATTTCTCCCAACTTTGTATACTCATTTTGAAACTGAGAAATTCTCATGTTTGGTAATGGAATTCTGCCCAGGTGGTGACCTCCATACTCTCAGGCAGAAGCAACCAGGGAAGCATTTTCCTGAGCAGGCAGTAAAATTTTATGTAGCAGAGGTCCTTCTGGCTTTGGAGTACCTGCACATGCTTGGGATTGTCTACCGTGACCTTAAGCCAGAAAATGTCCTTGTTAGGGACGACGGACATATTATGCTCTCTGACTTTGATCTCTCCCTCCGATGTGCTGTCAGTCCGACCCTTGTGAAAACCTCATCCACGGATTCTGAGCCTTTAAGAAAGAACCCTGTTTATTGTGTCCAACCAGCATGTATTGAACCACCTTCCTGCATCCAACCATCCTGTGTTGCACCCACCACATGCTTTTCACCCCGGCTCTTCTCTAGCAAATCAAAGAAAGACCGGAAGCCAAAAACTGAAATTGGCAACCAAGTGAGCCCATTACCTGAGCTGATTGCAGAGCCTACTGATGCTCGGTCCATGTCATTTGTTGGAACTCATGAATACTTGGCACCTGAAATCATCAAGGGTGAAGGTCATGGGAGTGCAGTTGATTGGTGGACTTTTGGGATCTTTCTATACGAGCTGTTGTTCGGTAAAACTCCATTCAAGGGATCCGGTAACCGAGCCACGCTGTTTAACGTTGTCGGGCAGCCGCTGCGTTTTCCAGAAGCACCTGTTGTGAGTTTTGCAGCAAGGGATCTTATAAGGGGGTTGCTGGTGAAAGAACCTCAGCACAGATTGGCATACAAAAGAGGGGCAACTGAGATAAAGCAACACCCTTTTTTTGAAGGTGTGAACTGGGCATTGATCAGATGTGCTACCCCACCAGAGATCCCAAAGGTTGTAGAGTTTGAGAAGATACCCTCCCCAGCCTCATCAGGTGGTGGTGAAAAGGCTGTTAACCACATGTCAATAGCTAATCAGAAAGGTTCTGATAATTATCTGGAGTTTGATTTCTTCTAG

>Vu_23290.1

>Vu_23290.2

Promoter Sequence:
>Vu_23290::LG5:64016261-64018261(+)

TATTTCCAATTATTAACTATTTAACTAATATTCTAGTTCGAAACTTGTGCTCAGTATTTCATGAGAATTCGTGTTAAGATTCAATTCATTATATTTATTATACTCACAGCTGTCAAACAGGTTAAAAATATTTTTTTTTAAATCATCACCAAAATTCGGTATACCATAATGTAATTATCTATTTCATCGAAATATTAAGAAAATAAATTGAAGATTTTGGCTTTCATAATATTTAAACTAGTTTTTATGTTTCTTATCATTTGAACAACCTGTTTAAACTTACAACTTGTGTTTGATATAAATAGGTTTAAAGTAGATCGTACCGTTCCTATAAATATTTAATAAAAACAGTTTTTAAGTAAATTGTAAACTTTTAATGTTATTTTAAGATGTATAAGAAGGAAATCGTTCTTCGTATTTATTTTTTCTTTCTGTCGTAGTAATCATTAAATGTATATATATTTTCTTAAATAAATTAGATTTCATCACACTTTAGGAAATTTCAACCACTATACATACAAACAAACATAGTTAAAGTTAGCGATTAACCGAGAAAGAGCAAGTGTTTGACGTTAAAGAATTTTGTTATGTTTATAACTCATGAATTATAGAAATTTTATTTCTTTTAAAAATAATTACATTTTGTTTAGTTATTTGTCAATATTTCTAGAAATATCCTATAATTTTAAAGTAAAAAGTAAAATGTTGATTTTCCTATAAACTATAATTATTTTCTATATTAAATAATATAATAAAAGTAACATTATTACATTGAAACATTTCCTTAACTCGTGTTATTAGGATGATAAATAAATAAAAAAGATAAATTAAATATTTTAACTTGTTTATAAATTCCTAAAATTTGGTAGTACGTACACATATCGTGTATGTTTCTTTTAAGTTCGTTCATGTTTTTTTTTCGATTTATCTAAAACTACAAAAGTAGTTTTCGTTCGCGTTTATTTATTTTTATTTCAATTGAATTCAAAGTCATTTTTATTTTCAACTAGTATTTAAAAGTTAAAAACTATTATAAATATTATTTATTTTTACAGACAGACTTATAAAATTTATTATTTTACTAATTTAATTAATAAAATTAATGTTATCACAATTTTGTACTCTTATGCTGCATTTCTTATAAACGAAGCATACTTTCTTTTTCAATAATATAAACTTATAATTCTTACAAGTCATGGGAGCCAAAATAAAAAAGATTGACTCATATTATCATCGTCACAGTTTATCTTCTCGTTATGAAAATGATTTTCATAAAAGATAACTACAAATATTTATAAAGAAAAAGAATCAAACATAATATATAAAAAGTTGTAATAATTAAACCTAAAACACATCTTCATAAAACAAAATAAAATTATTTTTGATATAAAATATTATCTAAATACATCATTTTATATTTATCGATTGACATATACTTTTACTAATTCCATATAATTCAATTATCCACAAATTTCAACTAATTAACTTTCAGATTCTATTTAACTTTTCAACCATAACTAACTAACTAACTTTTCAGTACTATATAGTTTTGCCTTATTTGTCCGTATATAGTTTTAATTCTACTCCATATACAAGTAACGTAACATTTTTTATACTAATAATATACACAAAACACCAGTCAAAAATATGTTTAAAAGGGTTTAGTCAAATGATTTTTTTGAAAACACTGAGTATAAATCAGTACATAACAATATTAATTTTTTTCTTGAGATGTAATAAAGTTCATGAATATAATAATAACATTTCCTAATAAAAGAATTGGACTAATAATTTAATACCCATAGTTAGACTTTCCCTTTAATATATTGAAAAAGTTTGAATAATTTGCATAAGATATGAAAATAGTCATCGATGTATGCATACCTTTATACATCACTATTGAAAAATAAATTAAAAAAAAAGAGTAGAATGAATATAAAAGGAGAAGAAAAGAGAAAAAAAAAAGAGATAAAAATGAAAAGGATAAAAGAATTATTTGG

Gene Sequence:

>Vu_23290(+)

GGCAAAGGCATGACAGACAGGTGCAAGACCTCAGAACTGTTTAGTGATTTGGACCTCTCTTGGTTTTGGCGACAAAAACCCTTTGAAATTATTGAATCAAGAAAAAAGCTTTGCTTTACCTTTGACCCCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGCTACCACCAGCTCCCTATCTACAGTGCTATCTCTCTCTCTGCTAAAGCAACGAAGCTGTGTTCTGATCCTTCAATTTAGGTACTCTTTTGTTCTCTTCTTACTTTCCCTTTCTTCCAATCCTTCACTTCTCATTTGCTTTTCGCCATAGCTCTTCAAGTTTAACCCTTTTTCCATCTGGGTTTCTCTCTCCCCCTTCCGATCTGCTTCAGATTCCACTTTTCCTCTTCAAGATCCATTTTTTATACAATTCTCTCAGGATCACTCTCTTCTACCTGCTTCTGGTAATTTCCCTCAAACCCCAATACCCCTTTTCTCTCCAAAATATGCTTCCCCGTTTTTGCCGGCAAATTTGACCTTTTTACTTTACTCTTCTCTTGGTCTTTTAAGTCCACCCCGTGTTCTTCTTCTCTGATTTTTTTGTGTTTTTTTGGTTGATTCTTGTCTTGTTGGTGTTCCGTGACTGTTCTGCTTTACTAATTGGATCGTGCTTTGCATGTAGCTTTGCTAGGGATGTAGATATATGGTATCTCTTCTTGCTAAAATTGGTCTTAGGGTTCTGTCCTCTGTTTGTTCTTGGAATATGGGATGGGGTTCACCTTTCTGGTGCAGTCTGAGGTCTTGGCTGTTTAATTATCTTGTTGTGTTTTGGTTAGGTTGTGATGTACTTGTGCTGTTATGTGTCAAGTGGAGGAACTGTTTTGGTTTTATCTGTTAAAAGGATCTATTTGTCTGATTCTGAATGTGAGGAAATTATGTTCTGATTTTATTGATGTTTGAAGTGTTTGTTCCGTGGATTGGTTCATGAATATCTGTTAACGCGTACCCGTTTAACCAGCATGTTTTTCATACTGTGGCTTGATGGCTGACTGATTTTTTATGATTTTGGTGGCTTTTTATAGGTTGTTTGTTGTTTTTGGAGAGATAAATGGATGCTGAGCCACTGTTTTGGTCGATTTGATCTTGATTGAAACTTTTTAGTATTTCTGATGGACTCAAAAACTAGCTCTAGATCTCTTCCGAAACACCATCAGAAGACGGCTGGAATTCAAACCCTTGAGGCAAAAGACAACGGGTCTTCAGGGAATCCAGCTTCTCTGAAAACAGGGAAAAGTGAACTGGCTGGTCCAGAGGATTTATCCAAGTCTGTAGGAACCGTTTCCAAACAGAATACTGGGGAAACTGCTGAAAACAAGAAGTTAGGAGTTTCAATCCAAAAGGGGTCTGCCGATTCCTTGAGCAATAAAAGTAGTTCTGGTGCTTCTTCATCTGTTCTCGACAAGGCGGATCGTGCTGTTAATGAGAACATAGGCTCACAGGAAAGCTCCATTGACCAAGACAAAAAGACATCGGAATATGGAAGTGTAAAGAACAGTTCTGTTTCTGCCAAAGTTAGTGATGGGGCGAGCAGTCTTGCAAAGACAAGTGGAAGTGCCAAGATTAGTGACAGAGCTGATTTTGTTGAGAGTGGTAAGAGCAGTATTTACAGAGGAAGTACAAGCAGTGATGTGAGTGATGAGAGTACTTGTAGTAGCTTTAGTAGCAGCATAAACAAACCTCACAAGGCAAATGACTTGAGATGGGAAGCCATTCAAGCAGTTCGAAGTAGAGATGGGGTGTTGGGATTAGGTCACTTTAGACTACTGAAGAGGCTGGGTTGTGGGGATATAGGCAGTGTTTACCTCTCCGAGTTGAGTGGAACTAAATGTTACTTTGCAATGAAGGTAATGGACAAAGGGTCCCTAGCGAGTCGCAAAAAGCTACTTCGTGCCCAGACAGAAAGAGAAATCCTGCAGTCTCTTGATCACCCATTTCTCCCAACTTTGTATACTCATTTTGAAACTGAGAAATTCTCATGTTTGGTAATGGAATTCTGCCCAGGTGGTGACCTCCATACTCTCAGGCAGAAGCAACCAGGGAAGCATTTTCCTGAGCAGGCAGTAAAGTATGTTTAAATTACAATTTAATTTTGGTTTATGCATGCTGATTGAGTATTTCTCCTTTAGAGTTTCTCCATTTTCTTATACTACTTGTGAGTGAAAACTGGATCCGATTTCAGATACAGTGCTTTACCGGCTTGTTATTCTACTGGGAAAGAAACTAGATTTGAGTCCTCTCAGGGTGTTGTAATTACAACTAAATCATTTATCTTTTAGTTTCTTTTCAAAGTTGTCCCTGGATAACCCCTTAATTCTAATGTAGGTGGTTGCAGAGTGGTCTCATCCTTATTTGTGCTTATTGCTCTAATTGCTGCACTAGATTTAACCAACCTAATTCTAATGCTTTGATCACTAAATCCTCGTATCTAGGTCCTGGCTACAATTATACAAGCATCTATGACCACTTAATTGCTTAATATGTAAAGAACATAACATTTTTAGTGTAGAATCTTCCTCTCATGCAAGCATGGAAGTATAGGTGGAGGTTGTGATACGAGTTCTTTTGCATGTGGGCTTACTTGTTTTACTTTTCAAATGTTTATGATGCTTCTGGTTGATTTATTCAAGTCCTATATGAAGTCAGATACTGTATTCCAGACAATTTCATAGATCAATTGTGGGTTTGATGTCTGCATTCATTTTTCCAAATGAACAAATCTATACATAATCTCAAACATAGTAAATTGAATCTTCGAAAGCTTCATTGTGGGAAGATAAATTTAGTGGAAATCGTAACTGTCTTTAGTATATCAAAACAACTCTAGGGCATCTGTTTATTTTACTGTGCGCATGCCTTTTCATTTTCTATAAATTCTTTCAGCCGAAAATGAGTTGTCTGAATGTTCCTTAAGCTTCTTAGTCATGATTTCTTCCTTTTTGGGTACTTTGCCTGGTTTTGGCAGTTATGTTAATATATGATCTGATGGTAATCACAGACAATTTCCTTGTAACTTGCAGATTTTATGTAGCAGAGGTCCTTCTGGCTTTGGAGTACCTGCACATGCTTGGGATTGTCTACCGTGACCTTAAGCCAGAAAATGTCCTTGTTAGGGACGACGGACATATTATGCTCTCTGACTTTGATCTCTCCCTCCGATGTGCTGTCAGTCCGACCCTTGTGAAAACCTCATCCACGGATTCTGAGCCTTTAAGAAAGAACCCTGTTTATTGTGTCCAACCAGCATGTATTGAACCACCTTCCTGCATCCAACCATCCTGTGTTGCACCCACCACATGCTTTTCACCCCGGCTCTTCTCTAGCAAATCAAAGAAAGACCGGAAGCCAAAAACTGAAATTGGCAACCAAGTGAGCCCATTACCTGAGCTGATTGCAGAGCCTACTGATGCTCGGTCCATGTCATTTGTTGGAACTCATGAATACTTGGCACCTGAAATCATCAAGGGTGAAGGTCATGGGAGTGCAGTTGATTGGTGGACTTTTGGGATCTTTCTATACGAGCTGTTGTTCGGTAAAACTCCATTCAAGGGATCCGGTAACCGAGCCACGCTGTTTAACGTTGTCGGGCAGCCGCTGCGTTTTCCAGAAGCACCTGTTGTGAGTTTTGCAGCAAGGGATCTTATAAGGGGGTTGCTGGTGAAAGAACCTCAGCACAGATTGGCATACAAAAGAGGGGCAACTGAGATAAAGCAACACCCTTTTTTTGAAGGTGTGAACTGGGCATTGATCAGATGTGCTACCCCACCAGAGATCCCAAAGGTTGTAGAGTTTGAGAAGATACCCTCCCCAGCCTCATCAGGTGGTGGTGAAAAGGCTGTTAACCACATGTCAATAGCTAATCAGAAAGGTTCTGATAATTATCTGGAGTTTGATTTCTTCTAGAGGTAGAGACACTATTTAAGAGGGGAGGAACTTTTTTTCAATGTTTCAGAAAACAGACCATGAGGAATTGTATGTTTGTTTTTTGTTGGCTATTTGCAGTTTCAAATTTGTATGGCACAATTAATGCATGGCTTCTCTGTCATCTCAAAAACAAAGTCACATAAAAACAACATTTATTCACTACCAGCCAATGCTGGTG