Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_23265	LG5	63834455	63838678	PREDICTED: myb family transcription factor PHL7 isoform X1	Map

Annotations

category		relationship type		keyword

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/G	63834512	3_prime_UTR_variant
C/G	63835070	missense_variant	p.Asp202His
T/C	63835434	downstream_gene_variant
C/T	63836130	downstream_gene_variant
G/A	63836145	downstream_gene_variant
G/C	63836289	downstream_gene_variant
T/A	63836359	missense_variant	p.Met84Leu
T/C	63836363	synonymous_variant	p.Arg82Arg
G/A	63836368	missense_variant	p.Leu81Phe
G/A	63836369	synonymous_variant	p.Val80Val
G/A	63836600	intron_variant
A/C	63836634	intron_variant
A/T	63836638	intron_variant
T/A	63836732	missense_variant	p.Gln50His
C/A	63836772	missense_variant	p.Gly37Val
A/T	63836826	missense_variant	p.Val19Asp
A/C	63836927	intron_variant
T/C	63836937	intron_variant
A/T	63836974	intron_variant
A/G	63837013	intron_variant
C/T	63837243	intron_variant
T/C	63837320	5_prime_UTR_variant
A/C	63837449	intron_variant
A/G	63837483	intron_variant
G/T	63837484	intron_variant
T/A	63837719	intron_variant
G/T	63837877	intron_variant
C/A	63837979	intron_variant
C/T	63837982	intron_variant
A/T	63837989	intron_variant
G/T	63837995	intron_variant
C/T	63838029	intron_variant
C/T	63838184	intron_variant
G/A	63838423	downstream_gene_variant
G/T	63838425	downstream_gene_variant
C/T	63838450	downstream_gene_variant
T/A	63838620	5_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23265.1

MYHSKNVPSASLVGGNSLVHGQHIDCGGSAMDPGNGGNSHSNNSNLTSKQRLRWTHELHERFVDAVAQLGGPDRATPKGVLRVMGVQGLTIYHVKSHLQKYRLAKYLPDSSSDEGKKADKKETGDVLSNLDGSSGMQITEALKLQMEVQKRLHEQLEVQRQLQLRIEAQGKYLKKIIEEQQRLSGVLSEAPDTEVVAVVPGDVCQEPDNKTDPSTPDPEKAAKDRVPAKSLSMESFSSHHEPLTPDSGCHIGSPADSPKGERSTKKQRLNMDGSYSKPDMVLPLQILESSMSQYQHPSTVFLGQEQFDPSLGMSTRSGEELDKVGGSNL*

>Vu_23265.3

>Vu_23265.2

CDS Sequence:
>Vu_23265.1

ATGTATCATTCAAAGAATGTTCCTAGTGCAAGTTTAGTTGGAGGTAATTCATTAGTTCATGGTCAGCACATAGATTGTGGTGGCAGCGCAATGGATCCTGGCAATGGAGGAAACAGTCATAGCAACAACTCTAATCTTACCTCAAAACAACGTCTACGGTGGACACATGAATTACACGAGCGCTTCGTTGATGCTGTGGCTCAACTTGGTGGGCCAGATCGTGCCACACCCAAAGGTGTCCTTAGAGTTATGGGTGTACAAGGATTGACCATTTACCATGTCAAAAGCCATTTACAGAAGTACCGACTAGCAAAATATTTACCGGATTCCTCATCTGATGAAGGGAAAAAGGCTGACAAGAAAGAAACTGGGGATGTGCTTTCCAATCTCGATGGTTCATCTGGGATGCAGATTACTGAAGCACTAAAGCTTCAAATGGAGGTCCAGAAGCGACTACATGAACAATTGGAGGTGCAGAGACAGCTACAATTACGGATAGAAGCCCAGGGTAAATACCTGAAAAAGATAATCGAAGAACAACAGCGGCTCAGTGGGGTTCTTTCAGAGGCACCTGACACTGAGGTTGTGGCTGTGGTTCCGGGGGACGTGTGCCAAGAACCGGATAATAAGACCGACCCGTCTACCCCCGACCCAGAAAAGGCTGCCAAAGACCGTGTCCCAGCAAAGAGTCTTTCCATGGAATCTTTTTCATCACACCATGAACCATTGACTCCAGATTCTGGTTGCCATATTGGTTCCCCTGCTGACAGCCCTAAAGGGGAGAGATCAACCAAGAAGCAACGGCTAAACATGGACGGATCGTATTCAAAGCCAGACATGGTGCTTCCACTTCAGATACTGGAGTCAAGCATGTCACAATACCAACATCCTAGCACTGTTTTTCTTGGCCAAGAGCAATTTGATCCTTCATTGGGTATGTCTACCAGAAGTGGTGAGGAATTGGATAAGGTTGGTGGCAGTAATCTGTGA

>Vu_23265.3

>Vu_23265.2

Promoter Sequence:
>Vu_23265::LG5:63838678-63840678(-)

AAAATATTGAGTAGATTCATGATTGAAAAAATATATTAAAATTATAATGTGTGGATTTTTCTATTTAACTTTAATTATATTTTCAGTGAGAGCATTTTGATTTTTTGATGTTTCATAAAACCTTTAAAAGTTCAATTAAAAGAACAACTGTAACATAAAATACGTAATATCAAATCTTGCTGTCTTTTTAGGGCAAGCACTTTTAGTTTATGACTAAGTTTTTTTTAGTGATTGAAAAACTTTTTGCCTTGTTAACAATGATTGACGAAAACATAGCTTCTAATAGGATACACTGTTTTTATATTTTATTTCAAATGATTTTTTTTTTCTAAAACACTAGTTTTACAGTTTGTTCTCTTTTTTATCTTTAAAATATTCATTAAACTTTCTTATTATTTATCCTTTAACCATTATATTATTTATATCTTTTATAAATTTTTATCCCATTTCACATTATATTTCGAGATATTTTAGCTATTATATCAGTTAATATAATAGAATTATGACATTATGGCATAAGTATATGTTAACCTATTTTATTTTAAATTTGATTTTTTTTAAAGATATGATGTAAAATTAATAATGGAGTGGATAAATAAATAAAGTTAAAATATCTATAAATATTAAATAAAATTAATTTAAAAACAATTAAAATAAAAAATTATAATCACTCAAAATATATCATAGCAGTAGAATTAAATTTGATAAAAAATATCGTATAATTATATTCATATAGATGATCTTATATTTAACAAAAGTTTCAACTGATTATTATATCAAACACTAATAACTCAAAAAATCATCTCATACATGTTACTTTTAATTGTGATTGAAATTTAAAAACACTAATAACATGAAATAAATTATATATAAGAAGTTAAATAAATAAATTTTAAATATAGAGAATAAAAGATAAAGTTTAATTGATTAGAGTGATCAAATAGGTAATACACTCATAAATAAATAAAAAAAATATATTAGAAGTCTCTTAAAAACTGCAGTTTCCCATTGGTTTAAGTCAAAAAGAAAGAAAATAGGGAAAAAAAATCTCAGTTATATTTCCTAACATAAGATTAGTAGACCAATCATACATAAGTAAAAAAAAAAATTGATAATAAATTAACTAAATTAAAATTATTTAAAAAAAAATTCAAAATGTTTCTGATTCATCTAGTGACCAGTAATAGCAGGGAGAATGGCATGAAGTCAACGGTGGACAAAAACCAGAAAATGAATAGACTAATTGAAGAACGAAGGAATTTTGGCAGGTTCAACGGTCAAAAGTCTAATTTAATTTTATTAATTTTCAAAATGCGAAATTATTTTAGACAAATTAAAAATAGCAAAAATGACTACTAAAATTAAATATTGGGTTCGTTAAACTAATACTAAAAGTGCCAAATGCTAATTTAATTGAAAATTTGTATGTTTCAAAAGTTTATATAATATTTTTTGATGCCTTTAAAGGATCACTTTTATTTATTAATAAATACTGATATTTCAATGCATTATTATTAAGGAATGAACTTTAACGATCTATTTCTCTTGAATCGTATTTTTATGACTCATACATATAAACCAGGAATTGGAGTTTAATTGTAAAACATTATTAAATAAAGTTTAATAGACGGCAGTATAAATGATTTCATATTATCAATTAATAAAAAAATGTTTTTAATATAAACTTTAAAATAATTAGTTTAAAAGGTTTTAACATGACCATATATTTATCATTAAGTGATAATAGGATGATGTAAAAAGTGGTTTTTGAATGATTTTAAAATGATTACTTGAAAGTTAATAACTCTTAATTATATCACAGGACTTGATTAGAATTTTAGAGTTTGAAAACTCTATCGTAATTAAACTATTTCTATCAATAGTATTGCGTAAAGTGAGAAAGAAAACGCGTGGCATTAATCTTAGTTTTTGTTTTGTTTTCCTTTTTTTCATTCTTTTAATTAATAATTATAATAATAAGATTAATAATTTACTATAGC

Gene Sequence:

>Vu_23265(-)

AATCCCCTAAAAATCGATTAATTTCATTGGAGGGCATCACTGTGTTTGAAGAGAGAGAAACGAAGAGAGAGAAACGAAGAGAGAGAGAAAAACACAGAGCACAGCACTCCTCAGCTCCGAAATTGGAGTGGGGAGAAAATTTGTATGCGTTGGATTTTGTAGATCTGAGTATGTATTTCTCTTCCCCCTTTTCTTCCTTCTATCGATTTCAGTTTTTAGTCAAGCTTTGTATTCTATCCGTCTCTCTCTTTCTCTCTGCATCTGTCACTGAGGATTGTGCTTCTGTGGTTTCTTTCATTTGTGTTTTTTGTTTTTATCATTTTTGGTGACCCTTTAGGTTTCTTTGGTTTGAGCTTCATCTTAATGAGGCAACTGTCCATGCCTTGGCTTGAAGTTCGCGTTTTACATTTTTATACTTTGATTTTTGTATTGCCCCACTTTTGAAGTTTTGGGCTTGGTGCTGGGAAATAGAACATTTCAAAGAGTTGGTCTGGGAGGTGTAAAATTTGCAGTTTTTTTTTTTTTTTCCATTTGAGAGTTGTGGTGTTCTTCATGTGGGGCCAGAACCCCAGTTACCAGGAGTAGGTTTGTGTTTTTTAATGTCGGTTAGTTGGTTTGTTACAATTGTTTCAGCTATGGTGAGAATCCTGGGGGTGTTCTGTTCCATGTGTAATGTTTCTAATCATCGATTTTGTTGGTGCTAATTGATATTCAAAGGTGTTAGCATGATGAAAATAAGTCAACTTTTAGCTCTGGGTCCCAATTTGCTGATGTTATCAGGTTGCATCTGATTAATGAATTCTTTTGCAAGCAGCAATTACGATAGTGATTTTTTAGCGCTATACAAATAAGAATGATGTCTCTTTCAATTTCCTAGTATCTGCAAAAATCAGCCTTGTTGGATGGGGTGCTAGGCTTTTCATCTCGGACATTCTGGGTGGGTTTAACCTATGTTAGGGAAAGAAGGATCACCTTAAATTTTGATGGTTTATTTTTTTCTGATGTGCTCTTCGTTTCTAGCAGTATCGATATTTATTCTGCAAAACTGCAGCTGATGATTTAGTTTTATTAGGATTAGATGATATTTGAAGGATACAGTTTATAAATTTACAAAGGCTAAACTCACTTATAAGTTCATTTGATTTGTGTTTCTATCGAGTGCTTTCATCAAGTACAAACACTACAGAATTTTACCTAGTTATCAGATGACTTTAGGCTAAGAATCACTCTTCTTTATGTGTTGTAGACAAGGAAACAGTGTGCCTTTCCATGAGGCTCGAGTTTTTTCCTGGGAACTCACCTGAAGAAAGAAATCGAGAGGCTTTAGGTAAAGAAGAGCTTTGCAATAAAATGAATGAAAATTCTATTCAACTTTGATGAAATGGTCCATTGGATGTCAGGGATTATTTTTAAGGTTTGTGTTCAGAGTTTTAAAGGATCCATTGTGTAAATTTTGTTAATGACAACCGGAAAAGTTGATTGAGGGAGACTTACATAATGTGAGTTCACGATAGAACCAAATATGAATTGAATTAATTCGCATCAGGAATTGGGACAAAACATGCTAATTTTGTAATACTATAAGTAATGTATACACTATGAACTAAGAAAATTCAAAAGGTTGCTCTTTTCTTGTGGAATCAGTAGATTTATGTGTCTGCCCGCTTGCATGTCTGATTCTTCCCTCTGTTTTTTACAAACCTCTCTTTCAATATGCTGTCAAGTTGACGGTGATTGAATTAATTTCCATATTGCATTATATTCACTTTTATTTGTTTGCTGTCAGATAAATGACAAATGTATCATTCAAAGAATGTTCCTAGTGCAAGTTTAGTTGGAGGTAATTCATTAGTTCATGGTCAGCACATAGATTGTGGTGGCAGCGCAATGGATCCTGGCAATGGAGGAAACAGTCATAGCAACAACTCTAATCTTACCTCAAAACAACGTCTACGGTGGACACATGAATTACACGAGCGCTTCGTTGATGCTGTGGCTCAACTTGGTGGGCCAGATCGTGAGTATTTCTTCCTCTATTTTTGCTTAACTGGGATCTGAAAGTTGTTTTTTGCTGCTCTCAAACTTAAAACGCAACTTTAGTCCGTAAAATGAGAAGGCTAGGTTGTGTAGCGGGTAATAAAATAAATGCATCTACTACTCGTCAATTTTGTATCTGTATACTTATGCTGGTTAGATATCCTATTGTTAGCTGAGGAGTATTTCGAGCTTCTATGCATGATTTTACCATTCCTTATAAAAGTGTTTTAAATATAACTGTTCTTTTTGCTAGGTGCCACACCCAAAGGTGTCCTTAGAGTTATGGGTGTACAAGGATTGACCATTTACCATGTCAAAAGCCATTTACAGGTAATGTGCACTTAAAGGGCCTCTTAACTTGATGTCCATTATTCTATGTAAATACTGGTTTTTCATTTTCTTCCCTGTTTCTTACAGAAGTACCGACTAGCAAAATATTTACCGGATTCCTCATCTGATGGTATGTCTATCTGACTTCTGTAATTTAAACTATTTGCGTAAATCACGTTGAGGGCTTTTTTTCTTTGTTACTTCTAGTCAATTAAGCATTTATTGTACTCTGGTTTCTCCTTTAGATTTGTTTGGTATGATAACTTCTAAATTTGTTGATAGAAGGGAAAAAGGCTGACAAGAAAGAAACTGGGGATGTGCTTTCCAATCTCGATGGTTCATCGTGAGTATTGCTGCTTCTTATTCCCCCCTCACGTTTGGGATTTTATACTTCTACGAGTTGGTGATGGCGTATAATTAAAAAAGAAAAATTATTCGGGTCACTAGAGCACATTTTGCAAGGCTTTAACCGTCACCAATACTTTCACATCCCGATGAAATTTGCTAGTGTTAACAAACACAGTTTTATCTGTTTTTCTGTATTCAATGCGTTATAAATATTAATGGATAATGTAACTCTTTAACCAACAGCTCTTGATTGTTTGATGATTGGTGGTATAATAAGGGATTAATAATTTACTTGTGGGCTTATCTGTCTGCAGTGGGATGCAGATTACTGAAGCACTAAAGCTTCAAATGGAGGTCCAGAAGCGACTACATGAACAATTGGAGGTATATTTTCCTATTTCGGCTGATCTGATGACTTCACAGTGTCAACTGATTGTATTTTATGATTTCTATTTCACGTTATCATGTGAGAGGTATTGATCTCTCTATGGATTTATGCCAGTTACACAAATTAGTTATATGATAACTTAGTTCTTGGTTGTACCATTCAAACTGTATGTATGTCTCATGATGAAACATCGACACATATCTGGCTCAAGCTGTACTGCATTATATGAAAATGGAGTTTAAAATTTGTGTTTTTGTTGATCTAAATTTAACTTTATAATTTTTTGAACAAAGTGAAGATAGAATAAACAGACTGATTAATTATTTGTAATTAAGATGCCAAGCTAGTAATTTTGTATTTTAATGTGAAACAGGTGCAGAGACAGCTACAATTACGGATAGAAGCCCAGGGTAAATACCTGAAAAAGATAATCGAAGAACAACAGCGGCTCAGTGGGGTTCTTTCAGAGGCACCTGACACTGAGGTTGTGGCTGTGGTTCCGGGGGACGTGTGCCAAGAACCGGATAATAAGACCGACCCGTCTACCCCCGACCCAGAAAAGGCTGCCAAAGACCGTGTCCCAGCAAAGAGTCTTTCCATGGAATCTTTTTCATCACACCATGAACCATTGACTCCAGATTCTGGTTGCCATATTGGTTCCCCTGCTGACAGCCCTAAAGGGGAGAGATCAACCAAGAAGCAACGGCTAAACATGGACGGATCGTATTCAAAGCCAGACATGGTGCTTCCACTTCAGATACTGGAGTCAAGCATGTCACAATACCAACATCCTAGCACTGTTTTTCTTGGCCAAGAGCAATTTGATCCTTCATTGGGTATGTCTACCAGAAGTGGTGAGGAATTGGATAAGGTTGGTGGCAGTAATCTGTGATTTGGTGTAATGTGTAGGTTGTGTTCTAGGACTCATTCTATCTTCCTTCTAAGCTTAGTTTCTGTTTTCTATGTATTTCTTAATAGACGAGAGGATCTGATCATCATAGATTTCCAAGGTTCTTAGTTTTCAGTTCAAATGTTCAGTACTTGACTAAGCATCCAGCCTTCAATTATTTTAGAGAACTAATTTGAATTGGGTTAATAGAAAAAATCTTATCATCTGCTTC