Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_23221	LG5	63462756	63463270	carbamoyl-phosphate synthase large subunit	Map

Annotations

category	relationship type	keyword
Biological Process	involved in	tissue development, root morphogenesis, cell differentiation, root morphogenesis
Cellular Component	located in	nucleus
Molecular Function	enables	transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding

SNP	Position	Effect	Amino acid change
A/C	63462845	missense_variant	p.Leu68Val
A/C	63462856	missense_variant	p.Leu64Arg

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23221.1

MHQRGDAVSSMVYEANARVRDPVYGCVGAISSLQQQIDVLQTQLALAQAEVAHLRSIGKKYIGLHIHLVGVGVVVPVVAGDRGDGGAVVEAVRPLN*

CDS Sequence:
>Vu_23221.1

Promoter Sequence:
>Vu_23221::LG5:63463270-63465270(-)

GCAAAAAATTAAAAAATAAATAATTTATATATTTTTTAATTAAATTTAATTAAAAATAAAATAAAATTATATTTTATTAGTTTAAATTTAATTAAAATTAAATTTTAATTTACATTTAATTTATATTATATATATATATATATTTGTATTTTTATTTAAATTTTATTTTTAAAATGTATTAAATATATTTTTTTAATTTTTTGAGAGTATTCGCAGGTACCCGCGGGTTTTAAAATACTCGCGGATATTTTTTAAACGGGTAACCCGGGTTGCGGGTCGGGTAGCGGATACGATTTTATCCGAGGAGTCGGATTGCGGGTAGGCATTACCCATGCCCGACCCGTTGTCATCCCTACACGTATGTTAGGTAAAAGAAATGTGCAGGCTTAAAAAAATCCTATTTATTTTTTAATATTATGATTTAACTTATACGAAAAAATTTATAAGTTAATTTTCAGTCTTTCGCCCCTTTTACTTAGTGATAGGTCGTTGAAAAAATTTCACTCTTTTGAGCATCACATAAAGGCACCTCTACTAATCTTGGGGGCACGCCATGTGAAAGGAGATCTTCAAATTATTCGAATGTAATCCAATCATAATTATATCGTTTTTATATATTCTTTCTTAAGATAATAAATCTTCAATTATTTTTAAAACCTTTGTATTAAACCTGTCGTTTTTTTATTATACTAAAAATAAATATGCTCATATAAGTTATACTTAATAAACTATTTACCTATTTTCAGTCATTAAAATGATTTATAGAATAAAAGGTACTTTTTTAGTACGTATAAAAAAAAGGTAAATCATATTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTAAAAATAAAAGTATATATGTTATATTTTAAATTATTTTAATAATACCAAGCATTCTAATTTTATTATTTGCACGATTTTAAGTATAATAAACAGTTAATCGTGAGAAAAACTTTAGAGAGACAAATATGATTAGAAGAGCGTTTCATAATTAATTTACCAAGGATGGTTTTCCTTACATTAAAATAAAAGTGTATCACATCTATTTCTTCAAATAGAGCCATAATTTTTAAAAGAAAATAAAAGTAGAGTGATTTAGGTATCTTCTAAAGGAACCAAGAATAATTTATCCAATGGATGAATATATGAGAGAAAATAGTCAAAAATTTAAAAAGAGTTACTTACAGACACAGCAACGTGGGTTTTTCTTCCCAACCCTTTGAAAGTTTAAGGAAAGACCAAGAAGATCGGATGCATTATCTTTCATCATCATCTCTTTCTCTGCTCTTATTTTTAATCTGTCTTTTCATGTTTTGATAAAGATGACAACACTGTCTTGCCGCTCAAAGTTCACGTCTGTGTAAATTTTGTAATTTTAATTTAAGAAAAAAGCATCTCAAGTGTTTTAAAGTTTAAAGTTAAACTCCCACCACATCTTTCGCAAAAATTTCTACACCTAAAAGCCCCACCTAATATGTGTTTTTCTTTTCAAATATAGATCAACAAAACTTCAAATCTGTCGGTGTGTGAATGAATGATTAACAGTTTAATATGTCTGATTAAGCTTTTTTAATTTTTCTTTCTCTTAAAAAACATAATTAATTAAAGCCATACGCGTAAGGGTGTAAAATGATGATTGAATAGTTGTTTAAGATTAAAAAGCAGACTAACTTGTTTAATTATTTGAAAAACTTAACCTTTTATTTCTTTCATTATGATTTGGGTATATGGGGGAGCCAATGGGAGATTGGAAACGTGATGTTGGCACCTAAAGTCAAAGTGAAGCATGAAGCACCAATTGTAGCGTTTGTGAAACAGAAACGATAGTTTTCTTTTTACCATTTATTTATATTATATTATATTATCTTGTTCACTCAATAAAGAAAGAAATAAAATTGTGAGATGAAATTACTTATGATAAAAATAAAATGGAAAAAAAAATGAGGAATAATAAATTTGAATTATTATTTTCAGGACCTACCG

Gene Sequence:

>Vu_23221(-)

ATGCATCAAAGAGGGGATGCAGTGAGTAGCATGGTGTACGAGGCTAATGCCAGAGTCCGAGACCCAGTTTATGGGTGTGTTGGGGCCATCTCTTCTCTTCAGCAACAGATCGATGTGCTACAGACCCAATTGGCCCTGGCCCAGGCTGAGGTGGCCCACCTCAGGGTCAGGCAAAATAGGTGTTTTTCCAATCATGGGCCTAGACCTACTAGCCCAACCAATACATTGGACTCACATGTCAAGCCTATTTTCGACATGGACATGGTGGTGGACCAGGCCAGCTATGGGAGTTCAATGTGGTCATGACTTAATGATAATACTAATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATAGTATAGTTAGTAAGTACCTATTTAGTAGAGCATAGGAAAAAAATATATTGGCCTACACATTCACTTGGTGGGTGTCGGAGTGGTGGTGCCGGTGGTGGCCGGCGACCGTGGTGATGGAGGAGCTGTGGTGGAGGCCGTTCGCCCGCTTAATTGA