Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_23178 LG5 63002073 63007829 PREDICTED: homeobox-leucine zipper protein HDG11-like isoform X2
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Annotations  
category   relationship type   keyword
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
C/A 63002162 3_prime_UTR_variant
G/A 63002226 3_prime_UTR_variant
C/T 63002418 synonymous_variant p.Leu652Leu
A/G 63002550 synonymous_variant p.Thr608Thr
A/T 63002730 downstream_gene_variant
C/A 63002734 downstream_gene_variant
G/T 63003634 missense_variant p.His408Asn
C/A 63003853 downstream_gene_variant
C/G 63003884 downstream_gene_variant
T/A 63003912 downstream_gene_variant
T/A 63003913 downstream_gene_variant
A/T 63003944 downstream_gene_variant
G/C 63004048 downstream_gene_variant
T/G,C 63004057 downstream_gene_variant
T/C 63004066 downstream_gene_variant
A/C 63004118 downstream_gene_variant
T/A 63004138 downstream_gene_variant
G/A 63004285 synonymous_variant p.Leu365Leu
A/T 63004434 downstream_gene_variant
G/T 63004632 downstream_gene_variant
A/T 63004638 downstream_gene_variant
G/A 63004667 splice_region_variant&intron_variant
A/G 63004946 synonymous_variant p.Asn210Asn
G/A 63005066 synonymous_variant p.Phe170Phe
T/A 63005126 synonymous_variant p.Leu150Leu
C/A 63005164 intron_variant
G/A 63005197 intron_variant
A/G 63005492 intron_variant
C/T 63005510 intron_variant
T/A 63005530 intron_variant
A/G 63005591 intron_variant
T/C 63005648 synonymous_variant p.Arg65Arg
A/G 63006017 intron_variant
T/G 63006104 intron_variant
T/C 63006137 intron_variant
A/T 63006148 intron_variant
G/A 63006162 intron_variant
T/A 63006182 intron_variant
A/T 63006191 intron_variant
G/C 63006244 intron_variant
G/A 63006303 intron_variant
A/G 63006483 intron_variant
C/A 63006546 intron_variant
A/T 63006715 intron_variant
A/T 63006804 intron_variant
A/G 63006916 intron_variant
T/A 63007210 intron_variant
A/T 63007225 intron_variant
C/T 63007265 intron_variant
A/G 63007270 intron_variant
G/A,* 63007715 synonymous_variant p.Ser26Ser

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23178.1
MDSSMASAGGSADEGSQSHNNGRKTSYKRLSSSQTSRLERFIKDCPHPDEAQRRQLAAEIGLEPRQIKFWFQNKRTQIKNQHERADNTALRVENDRIHTENVTMQEALKSMLCPSCGGPPCLEGDREHAIHNMRLENMHLKEEHEKVSRLLSRYLESQMLPPDQFQQGFFPIIGSSSNAAGLGNPLNQVIGGSSSHDPNLALHMMDGGHNLFASEGIEKNLMAKVAATAMDELVRLVRINEPFWIKSSSQDGKLCLLLENYQKMFPKTKHFKGPNVRIEATKESGIVNINSLQLVDMFLDSDKWVNLFPTIVSKAETLKVIERGLPGNRSGALQLMFQQMHVLSPFVQPREFQFLRFCTQIEEGLVIADVSFDSFQQKPSIFQSWKHPSGCLIQELPNGCCMVTWVEHMEVDDKIQTHPLYKDIIVKGVAYGAERWIMELQRICERFAAFYVEKIPDHDAAGVINSLEGRRSIMNFSHRMLKIFCESITMADGLDFPLCDLANTSGVRVSIRESKINGQPSGMIVAAATSIWLPLHYMKVFEFFLDDKNRAQAHKVAHISNGIHPGNCVSVIRPFIPSENNALILQESFTTPMGSYVIYAPTDVATMTAAIMGENSSMLPVLPSGFVICPDGEPNSAMAFDGADTERLGGSLLTVAFQILASADGRNMPNRKAGAAVNSLLTSTILRVRDALNCNN*


CDS Sequence:
>Vu_23178.1
ATGGATTCTTCAATGGCAAGTGCTGGTGGTTCTGCTGATGAAGGTTCTCAAAGCCATAACAATGGAAGGAAAACCTCCTACAAACGTCTCTCTTCTTCTCAAACATCAAGACTTGAAAGGTTCATCAAGGATTGCCCACACCCTGATGAGGCGCAACGACGTCAATTGGCTGCTGAGATTGGTCTTGAGCCAAGACAAATAAAGTTCTGGTTTCAGAATAAGAGGACCCAGATCAAGAATCAACACGAGAGAGCAGATAACACTGCTCTTCGAGTTGAGAATGATAGGATACACACAGAAAATGTTACAATGCAAGAGGCCTTGAAGAGTATGCTTTGCCCATCTTGTGGGGGACCACCGTGTCTTGAAGGAGATCGTGAACATGCTATCCATAATATGAGACTTGAAAATATGCACCTAAAGGAAGAGCATGAGAAGGTGTCTCGTCTACTTTCGAGGTACTTGGAGAGCCAGATGTTACCACCTGATCAGTTCCAACAGGGTTTTTTCCCCATCATAGGATCAAGTTCAAATGCTGCAGGACTTGGAAATCCACTGAACCAAGTGATCGGTGGAAGTTCGAGTCATGATCCAAATCTTGCTTTGCATATGATGGATGGTGGCCATAATTTATTTGCGAGTGAAGGCATAGAAAAAAACCTTATGGCTAAGGTTGCTGCTACCGCAATGGATGAGCTAGTTAGGCTTGTTCGGATTAATGAGCCCTTTTGGATTAAGTCCTCATCTCAAGATGGCAAGCTCTGTCTACTGCTTGAAAACTATCAAAAAATGTTCCCAAAGACCAAACATTTCAAAGGGCCAAACGTGCGTATTGAAGCAACAAAAGAATCAGGAATAGTGAACATTAATAGCCTTCAGCTTGTTGACATGTTTCTTGATTCGGACAAATGGGTGAATTTGTTCCCAACAATTGTCTCAAAAGCAGAAACACTGAAAGTAATCGAAAGAGGTTTGCCAGGAAACCGAAGTGGAGCCTTGCAGCTGATGTTCCAGCAAATGCATGTTCTTTCACCCTTTGTGCAACCTCGTGAATTTCAATTCCTTCGTTTCTGTACACAAATTGAAGAAGGCCTGGTGATAGCAGATGTATCATTTGATTCCTTCCAGCAAAAACCCTCTATTTTTCAGTCTTGGAAACATCCCTCTGGATGCTTGATCCAGGAATTGCCTAATGGCTGCTGCATGGTTACTTGGGTTGAGCACATGGAAGTGGATGATAAAATCCAAACACATCCGCTGTACAAAGATATTATTGTTAAGGGCGTTGCATACGGAGCTGAAAGGTGGATTATGGAACTTCAAAGAATTTGCGAGAGATTTGCTGCCTTTTATGTTGAAAAGATACCTGATCATGACGCTGCAGGAGTGATCAATTCTCTTGAGGGAAGGCGAAGTATAATGAATTTTTCTCATCGTATGCTGAAAATCTTCTGTGAAAGTATAACCATGGCAGATGGCTTGGACTTTCCGCTTTGTGATCTGGCGAACACTAGTGGGGTTAGGGTCTCTATTCGCGAAAGCAAAATCAATGGACAGCCAAGTGGCATGATTGTTGCAGCTGCTACCTCCATTTGGCTTCCTCTCCATTATATGAAAGTTTTTGAGTTCTTCCTAGATGATAAAAACCGTGCTCAGGCACACAAGGTGGCACACATCTCAAATGGAATTCACCCTGGGAACTGTGTATCTGTTATTCGGCCATTCATCCCTAGCGAGAACAATGCACTGATTCTTCAAGAGAGTTTCACAACCCCGATGGGATCGTATGTTATATATGCGCCAACTGATGTAGCAACTATGACTGCGGCCATAATGGGAGAAAACTCTTCAATGTTACCGGTTCTTCCATCAGGTTTTGTGATCTGTCCAGATGGAGAACCAAATTCAGCTATGGCATTTGATGGTGCAGATACTGAAAGATTGGGAGGGTCATTGCTGACTGTGGCATTTCAAATACTAGCTAGTGCTGATGGACGCAATATGCCAAATAGGAAAGCTGGAGCAGCTGTCAACTCTCTTTTAACCTCAACTATTCTCAGAGTCAGGGATGCTCTCAACTGCAACAACTAG


Promoter Sequence:
>Vu_23178::LG5:63007829-63009829(-)
TATACTGTGTTATGAAATTCTACAATCAAGTAATGATCATGTTCCTTAAACCATTTACTTTCTGTGCAGGTTTTGTGATTCATAATAGAAGATGCATCAAGACAGATAAATGGTGTGGAGAATTTTTTGCATAGTTGAAGACCTAGTTTTAGTATGGTTTTGTTTTCGTTAATTTGATGTAACTCTACTGAGAGCGAGTATTCTTGTTGGCACAGTTCTTCATATATTTTATGGTTTTGTTTGTGAAAAAATGGGGTAACTAGATTTAGCTTTTTATATTGAGAGTAATTTCCTTCTTACAACATGTTCTAATTCTTGTTTCAAAAATCGTAAGTATTACTGATTGTTGCATCTTATATTCATCGATCCTCAAAGTAAAAAGAAAAACAAAATATTGCTAAAGAAAGTCAATTGATTGAAGAAAAATATTTCTGAAAACCCTAAGATGGTTTCGCGTGCTTGATTCTAGTCGTCATCCTAACATATATGCGCTATGTCAGAAATAAATAAGTTATTCCAATTTATATACAAAGAAATATATACATATAAGAAAAAAAATGCTCCTTATACAATTTTTCAACTAAGTTCAAATACTAACTTATCAATCATCTCTAAATCAAACATATCTTTTTGCCAAAACATCAAGCCTCTGATACTGCATAGTTTTATGTAAACAGATCTAATATGGTAGTAATTATTGTATGGGTATAACAAGAAAAGAATTATACTTTTTTTTTCTTTTTTCCATGCCTCTCAATTTTTATTCAACAGATCAGTCAAATGTTTCTGACATTGAATCATGTGACTTTGTCGATAAATTTACAACAGAAAAGAAAAACACAACCATCACCCACACAGAGAAAAGCAATCATCCTAGTAACTCAACTTATATAAATAAGCAATTTGATTTTCTCATATATGTTGTGTTTTAGGTTTTCCTCGGGATGTTTTTGTTGATTGTGATGATCATTTGACACTGATCGTTTGAAGATCTGTGATGTTTAATGTTGATGGGTTTGAGGTGTCATAAAGATACAATTCTTATTTATTTCTCTTACTGCATGACTCGACATTGGTCTCTACTTTTTTTTTTTCAAGGTAATGAGGTTCAATTATACACCGGAAAAAGCAAAAGAAAAATTACAAGAATTTTCGTAAACAAATTAACAAGGTGATTTTTAAAATTGAAATTAAATTAAATTAGTCCGCCGCGTGGAGAGTCGTTTCCATCATGCAACACCTTCCACTCATCACAATAAATAAAAGAAAACATTTATTACATAAACCAAATGACATAAGTTATTTAATATTTGCTTTTAAATTATCATACGTTTAACTTTTCATAATTGCTTATTTATGATATAATTGAGTGGAAAAAAGAAGATAAAGAGAATACGCAACATTGACAACGGTACATTTTGTTGTTTAGTTAAAGAAAAAACGAAAAAAATAGGAAAGAAAGAAAAATATCCTTTAAAAATAAAAATTTTTAAAAATTCATTTTATTCTCTCTTCTTTTCAAATTCTAAACTTTCTATCTCGTATTACTTTCTTTCCTTTGAACTGAACAGGAGATTTCAGTACTCATCTCAGTAGAATTATATATATTTTTTTTAAAATACATATTTAACATATACTTTTCATTATTGTGTTGGTTTCACTAAATAACTCGTGCTTTATTTAACGAGACTCTGACATAATTAATTGATTTTATGGTTCTCAAATTATATTTCATTTAGTTTTTATATGGAAGTCTAAATACACGTTTTGTACAATACCTCATCAACAATTAATAAAATTATATTACAAGGAAAATATTAATATTTTTTTCTATTTATCTCAGACAGAAGAATCCAAAAAAATTATCAAGTTTTTTTTTTTTTGTTCTTCTCTTTTTTACTTTTGACTTTTAGTGGAGGACAAGTCATACATGCAAAGACATAGAGGGTGTGAAGGAGTTAGGGCCATATATAAACAACCTAAAGGCTCAGAAATCTGCC


Gene Sequence:
>Vu_23178(-)
ATAGTTGTAATTGCAGTTTGCTTAGTCTGCTTCAGAAATGGATTCTTCAATGGCAAGTGCTGGTGGTTCTGCTGATGAAGGTTCTCAAAGCCATAACAATGGAAGGAAAACCTCCTACAAACGTCTCTCTTCTTCTCAAACATCAAGACTTGAAAGGTAATTAGGTTAACATTCTTTTCTTTCAATTTAATTAATTAATACTTTGATTTGCTTCATTTTGAGGGAGCATTTTGCTTTTTCGGTGAAACAAATTAAAGAGTAAACACATAATTCGTCTAGATTTAATTCTGCATGTTCCTAAAAATCTTTTATTTTTTTTAAATCAAGCTCTATAGATCTCTCTCCACATTTAATTCCTCTTGATTTTGCTTTTCTGGGGTTCGTTAATTTTAATTTTTTTTTTTTTGTGAATTTTGGTTTGATCTATTTGCTCAAGGGTTTTTGTATTAAATTTGGTTTAATGTGGTTTTTATTGTCTCTAGCATCACGATTAATGTACCCATATTAATTTGTACCACGCCCTTTGCTTGTTTGGGTATGTTGTGGAAGGAAAATCAACTTTTTGCGTTGGGTCGAATCGATTTCGATTAAGAGAAGTGGAAAATTTTAATCTCTGCGAAGTAAAATTGATTTTAGATTCGGATTAACAAATTGTATTTTTTGCCTCCGATCTTTATAATTTAGAAAATAATTTTCACAGTTTTCAGTCTAAAGCACACTTTTCACTGCAAATACATGACCAATTTAAACATGCATAGCAAGTTTACTTCACCAACAAAAGAAAAAGTATTCTTCTCTTTCAAAATATGAAACCCTAAATCAAAACTAAATCTTTCAAAATAAATTTTATAGAACTCCAAAACATATGAACCCTCAATTGTTTTAAAGAATCACTTTTGGTGCTTGATTGTAATGATGAATGTCATAATCGTGCACATAAAAACCATAGTGAAATCGATGCTGATAAATTATACTATACAATATATTAACCAATAAGTTTGTATTTTTTTTCAGTCGGCATTTTTTTTAATATTTTACTATTTCTTTTATCTCTTGACTTTGAGACGTTTGCACTATATATATCATTATTTTGTTAAATTGACTGATGCAGTAATTTTTTTCTATCTATACGTGTAATTATAATTAGTATATTTAATGAAGTGTATTATCTTTTTAAATGAATTGTTCTCCTCTTATACAAATCAAATTTAATTTCAATTCATAACTTCTTTTTCCTTCTTACTCAAAATTTCACATAGAGCAAATAACAAATTATTTGAAATGATTATAAATACAACTTAAAGTTAAATTAACCGTAGGCTATGTATATGATTAAGTTGAAGAAGTAACATGTTTTGAACTTATCAAAGGCTTTGATTGTTTTTTCATAATTTAACGACAAGACAAAATATATATTAACACATAATCCGAAGATATGTTTCTTTCTCTCTTGTGTCTAGCTGAATAGAAATATTACTACTACTACTACTACATATATATTTATTTATTTATTTTTATTTAGTATGCATAACCAACTATTTCTTAAGTATAATCATCATACATTATCTCTTATATCAAAGACATACGAAAGCAGTTATATATAACTCATCGTCAATTTTATAATAACATAAATGATTATGTTTTTATAATAATGGATTATTTTTCTGCTCATTTTTTATCATTTTATTCGAAATTGATTTAAGGAGATATTTTTAATCAACAAGAAAAACAGAATATAAAACTGTATATAAAAGTCTCAGCACATGTTCTTTTTGGTAATGCATTTGTTAGTAAATACTCTCGCTATTGGATTATTGAACATCTTTGACTATAAAAGAAAATTACAATATATTACAAGAAAATTATTAAATATGAAAAAAGTATTGTCTAAATTAATTTTTAATTTAAAATTAAAGACCAATTTAAAATCAATAGTTAAAATTTTGATAGTTAAAATTAGAAAGTAATTTAAATTTAAATTTACAAATTAATTATAATCTTTCATTCGTAATAATGAAAATTATTTTAGATGTGAATAACTTTTATTTAATGATTTGTTTTGCTAAGAAAGAATTAACTATTGGGGTTTATTTTTCTTTATAAAAGGTTCATCAAGGATTGCCCACACCCTGATGAGGCGCAACGACGTCAATTGGCTGCTGAGATTGGTCTTGAGCCAAGACAAATAAAGTTCTGGTTTCAGAATAAGAGGACCCAGATCAAGGTATTCATTCTCTTTAGTCTAATCGTGTTAGTCATTTTGGAAAAAGTGTTTTCCACAGTAACATTTTGTACAAAAATTTTATAAAACTATGAAGTGAAGTGAGAGAAATATCATATACAACTCACCATTTTTGTGCATGTTATACGTAAAGAATCAACACGAGAGAGCAGATAACACTGCTCTTCGAGTTGAGAATGATAGGATACACACAGAAAATGTTACAATGCAAGAGGCCTTGAAGAGTATGCTTTGCCCATCTTGTGGGGGACCACCGTGTCTTGAAGGAGATCGTGAACATGCTATCCATAATATGAGACTTGAAAATATGCACCTAAAGGAAGAGGTTCGTGAAGTCATCCATTGATTCATTTTATATTTCATGTGAATATATACAGTATTTGCTTGCTACTGTTTTAAATTCTAATTGACACATTATTTATTGATGTGATTGGTGTTCAGCATGAGAAGGTGTCTCGTCTACTTTCGAGGTACTTGGAGAGCCAGATGTTACCACCTGATCAGTTCCAACAGGGTTTTTTCCCCATCATAGGATCAAGTTCAAATGCTGCAGGACTTGGAAATCCACTGAACCAAGTGATCGGTGGAAGTTCGAGTCATGATCCAAATCTTGCTTTGCATATGATGGATGGTGGCCATAATTTATTTGCGAGTGAAGGCATAGAAAAAAACCTTATGGCTAAGGTTGCTGCTACCGCAATGGATGAGCTAGTTAGGCTTGTTCGGATTAATGAGCCCTTTTGGATTAAGTCCTCATCTCAAGATGGCAAGCTCTGTCTACTGCTTGAAAACTATCAAAAAATGTTCCCAAAGACCAAACATTTCAAAGGGCCAAACGTGCGTATTGAAGCAACAAAAGAATCAGGAATAGTGAACATTAATAGCCTTCAGCTTGTTGACATGTTTCTTGATTCGGTGAGCATATCATAACCCTTTTTCTGTTGACTAGTTTTCTCTTAGTTTTTATTTAATATTGCAATACTGCTATCGATATGATCGTTGATTTCATGTTTTCAGGACAAATGGGTGAATTTGTTCCCAACAATTGTCTCAAAAGCAGAAACACTGAAAGTAATCGAAAGAGGTTTGCCAGGAAACCGAAGTGGAGCCTTGCAGCTGGTATATATTCTCATGCAAACCTTGCTTTTGTAATTTTATTTCATTTTTTTTAACTATAAGTTTTTAATTTGTTGACAATATATACTTTTATGACAGATGTTCCAGCAAATGCATGTTCTTTCACCCTTTGTGCAACCTCGTGAATTTCAATTCCTTCGTTTCTGTACACAAATTGAAGAAGGCCTGGTGATAGCAGATGTATCATTTGATTCCTTCCAGCAAAAACCCTCTATTTTTCAGTCTTGGAAACATCCCTCTGGATGCTTGATCCAGGAATTGCCTAATGGCTGCTGCATGGTTAGTAATTTACATATAGTCATCTACTTTAGTAGATCTTCAACAATAAGATTTAAATTTTAGAGGCCATTCTATATAACATGAAGGCCTAACTGATAATGTAATAGTTCACCTAACCTATTGCTTTGTACCACTTGCTAGGGCAATATATTTATTCAACAAATTAAATATGAAGTGAATTTTCTTTTTTTCAGTTTTTCGTTTTAATTTTTAAACACTATTTTATGTACGTGTGAACTAGCTAGTATAAAATAAAAAAATTCAAATTCTTGGACATTATAAATAAAGTTAATCTATAGACTTATATTTCACTGTGGTGAACTGTTAATATGGATGAATTATAGAATTAGTTTGATGCTAAAACAAATAAAACTTTTTGAGCTTATATCCAGATTTAGAAACTCTGTTATCTTTATTTTGGGATTCACACCGATCACTTCATATCACATAATAATGTAATTAATTCCAATAGTATTCAAAGTAAATCACTGATCACTTCATATATATTATGTTCTATGTTAGGTTACTTGGGTTGAGCACATGGAAGTGGATGATAAAATCCAAACACATCCGCTGTACAAAGATATTATTGTTAAGGGCGTTGCATACGGAGCTGAAAGGTGGATTATGGAACTTCAAAGAATTTGCGAGAGATTTGCTGCCTTTTATGTTGAAAAGATACCTGATCATGACGCTGCAGGAGGTCAAACTTTCTCATATTTAACTCAAAACCCTAACACTTGCACATCTATCTCTCTATTATGATCGATGATTATGTCCTTATAGCTAACTAAAAAAGTTTACCTTATCCATTGTTCAGTGATCAATTCTCTTGAGGGAAGGCGAAGTATAATGAATTTTTCTCATCGTATGCTGAAAATCTTCTGTGAAAGTATAACCATGGCAGATGGCTTGGACTTTCCGCTTTGTGATCTGGCGAACACTAGTGGGGTTAGGGTCTCTATTCGCGAAAGCAAAATCAATGGACAGCCAAGTGGCATGATTGTTGCAGCTGCTACCTCCATTTGGCTTCCTCTCCATTATATGAAAGTTTTTGAGTTCTTCCTAGATGATAAAAACCGTGCTCAGGTTCAAAATACTATACCTATAACTTTATTATATGCAGGAATCATTTTATTAGTTAGTTAGATTTCAATTAATCTTGCTTTGCGCAATGATTAATATTTGCTTTTTCTTATATACTCAGTGGGATGTTCTTACCTGTGGAAATCAGGCACACAAGGTGGCACACATCTCAAATGGAATTCACCCTGGGAACTGTGTATCTGTTATTCGGGTAATTTATTCAAATCTTTCTTTTTGTTTCGTGTTTCAACTTTGTTCTTCTAAGACAGGTTAATTAGTTTAATTTTTAGTACAATTACATCAAACACTTTCATAAATTGTATGGTTAAGGTAACAACAACTTTGAATTAGGTTTTAATAAACACAACCCTAAGTTGACCACTGTTTCTTTAAGTATTTGTGTTGATTTGACCTGAATTTTTCATGTGTAGCCATTCATCCCTAGCGAGAACAATGCACTGATTCTTCAAGAGAGTTTCACAACCCCGATGGGATCGTATGTTATATATGCGCCAACTGATGTAGCAACTATGACTGCGGCCATAATGGGAGAAAACTCTTCAATGTTACCGGTTCTTCCATCAGGTTTTGTGATCTGTCCAGATGGAGAACCAAATTCAGCTATGGCATTTGATGGTGCAGATACTGAAAGATTGGGAGGGTCATTGCTGACTGTGGCATTTCAAATACTAGCTAGTGCTGATGGACGCAATATGCCAAATAGGAAAGCTGGAGCAGCTGTCAACTCTCTTTTAACCTCAACTATTCTCAGAGTCAGGGATGCTCTCAACTGCAACAACTAGGACTCGTCTTTTGGTTATGCAGACTTTCTCTACATTGCTCAAGGACAAAACATTGCCTTGTTTCCTTTGCGTTTCATGACAAACCAGTTTGCTTGACATTTTCACTTTCTTTCGTACATTGCTTCACATTTTCAGCTTGTGCTTCAACTTTGCAATGTCTTTGGTGCATTGCTTGACATTTTAAATTAAATAACATGCTGTTTATTATTC