Gene Details:

Gene ID Chr. No. Start Position End Position Function View on
Vu_23010 LG5 61292212 61298234 PREDICTED: common plant regulatory factor 1-like isoform X4
Map

Annotations  
category   relationship type   keyword
Biological Process   involved in   response to abscisic acid, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, regulation of transcription, DNA-templated, response to abscisic acid, regulation of transcription, DNA-templated
Cellular Component   is active in   nucleus
Cellular Component   located in   nucleus, cytosol, nucleus, nucleus, nucleus
Molecular Function   enables   sequence-specific DNA binding, sequence-specific DNA binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, sequence-specific DNA binding, transcription cis-regulatory region binding, protein binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, protein binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, DNA-binding transcription factor activity, transcription cis-regulatory region binding, protein binding, transcription cis-regulatory region binding, transcription cis-regulatory region binding, DNA-binding transcription factor activity
Pathway   B 09182 Protein families: genetic information processing   C 03000 Transcription factors [BR:ko03000]
SNP Position Effect Amino acid change
G/A 61292249 5_prime_UTR_variant
C/T 61292304 5_prime_UTR_variant
G/T 61292405 5_prime_UTR_variant
G/A 61292462 5_prime_UTR_variant
G/A 61292470 5_prime_UTR_variant
A/T 61292477 5_prime_UTR_premature_start_codon_gain_variant
C/G 61292576 intron_variant
C/T 61292817 intron_variant
A/G 61293021 intron_variant
T/C 61293022 intron_variant
T/A 61293031 intron_variant
G/A 61293046 intron_variant
T/A 61293185 intron_variant
T/A 61293310 intron_variant
C/A 61293341 intron_variant
T/A 61293345 intron_variant
C/A 61293579 intron_variant
A/T 61294963 intron_variant
G/A 61295150 intron_variant
G/T 61296616 intron_variant
A/G 61297236 splice_region_variant&intron_variant
T/A 61297237 splice_region_variant&intron_variant
A/T 61297261 intron_variant
G/T 61297680 missense_variant p.Glu358Asp
G/A 61297926 3_prime_UTR_variant
C/T 61298056 3_prime_UTR_variant

View accession wise SNPs


Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_23010.1
MGNNEEEKSTKTEKPSSPATMDQANQTNQPNIHVYPDWAAMQAYYGQRVTMPPYYNSAVASGHAPHPYMWGPPQPMMPPYGPPYAAIYSHGGVYPAVPIGPHTHSQGVPSSPAAVTPLSIETPPKSSGNNDQGLMKKLKEFDGLAMSIGNGHAESAERGGENRLSPSVDTEGSSDGSDDNTSGANQTRRKRSRGGTPTTDGEEKTEIQSSPISKDTAASNKIVAVAPASVAGTIVGPVVSSGMTTVLELRNPSSVHSKANTTSAPQPSVLPAETWLQNERELKRERRKQSNRESARRSRLRKQAETEELARKVDSLNSENGTLKSEINRLTESCEKMRVENATLREKLKIARLGQTQEITLNIIDSERATPVSTENLLSRVNNNSSSNDRTMEDENDFCENKPNSGAKLHQLLDTSPRADAVAAG*


CDS Sequence:
>Vu_23010.1
ATGGGAAACAATGAGGAAGAAAAATCTACCAAGACTGAAAAGCCTTCTTCACCTGCAACAATGGATCAGGCCAATCAGACCAACCAGCCCAATATTCATGTATATCCTGATTGGGCAGCCATGCAGGCATATTATGGGCAAAGAGTCACCATGCCACCATACTACAACTCGGCTGTGGCTTCTGGTCACGCTCCTCACCCATACATGTGGGGTCCACCACAGCCTATGATGCCACCTTATGGGCCTCCTTATGCAGCAATTTATTCACATGGAGGGGTTTACCCTGCAGTTCCTATCGGGCCACATACACATAGTCAAGGAGTTCCGTCTTCACCTGCTGCTGTGACTCCTTTAAGCATAGAGACGCCACCCAAATCATCAGGAAATAATGATCAGGGTTTAATGAAGAAATTGAAGGAGTTTGATGGACTTGCTATGTCAATAGGCAATGGCCATGCTGAAAGTGCAGAGCGTGGAGGTGAAAACAGGCTGTCACCGAGTGTGGATACTGAGGGTTCCAGTGATGGAAGTGATGACAACACTTCAGGGGCTAATCAAACAAGAAGGAAAAGAAGCCGTGGGGGAACACCAACCACTGATGGAGAAGAGAAAACTGAGATACAAAGCAGTCCCATTTCCAAAGATACTGCAGCTTCTAATAAGATCGTGGCAGTTGCCCCCGCCAGTGTTGCAGGAACAATAGTTGGACCTGTAGTTTCTTCAGGTATGACCACCGTGCTGGAGCTGCGAAATCCTTCCAGTGTTCATTCTAAAGCAAATACCACAAGTGCACCACAACCTTCTGTATTGCCTGCAGAAACTTGGTTACAGAATGAGCGTGAGCTGAAACGAGAGAGGCGGAAACAATCTAACCGAGAATCTGCTAGAAGGTCCAGACTAAGGAAGCAGGCTGAAACTGAAGAACTGGCACGAAAAGTTGATTCCTTGAATTCTGAGAATGGGACACTGAAATCAGAAATAAATCGACTGACTGAAAGTTGCGAAAAAATGAGAGTGGAAAATGCAACATTAAGGGAAAAACTTAAAATTGCTCGACTGGGACAAACACAAGAGATAACTTTGAACATAATTGACAGCGAGAGGGCTACACCTGTAAGCACAGAAAACTTACTATCTAGAGTTAATAATAATTCTAGTTCCAACGATAGAACTATGGAGGATGAGAATGATTTTTGTGAAAATAAACCAAACTCTGGTGCAAAGCTGCATCAACTACTGGACACAAGTCCTAGAGCTGATGCTGTGGCAGCTGGTTGA


Promoter Sequence:
>Vu_23010::LG5:61290212-61292212(+)
AACTACTCATATTTGTAATTATTTTTATAATTTTTCGTGGATAAATATTTATTTTTTAGCCCAACTGCTTTCTCCGTAATTAAAATTTTATCGTGGTCTTCTAATTTTTATAAAAAATTCAATTAAATTCATAATTTTTATTTATTTTGATGTAGTCATTTAATTTTTTAAATGATTCAATTAAGTTATTTTTGTTACATTTCTTTTAAAATTTATATATCAAATAACTTTACCTACAAAATACAATTAATTTGAATATTTATGTTAATTTAGGTGGGTGATTTAATATATAAATTTTAACAAAAATCTAACGTTAATCTAACAAAAGAGTTAATTGAATATTTTTAAAAACTAAAAATCTAAATTAAACCAAATAAAAATTAAAAAAATTGATTTTTCGTAAAAATAAAAATGTAGAAGGATTTTAACCTTTTTCTCCGTAGTTGAGTGCGTTGAAAATTGGGTTTAAATTCAGAATTCTTTTTTCTAGTACATTGTGGTCTTTCACCAGGTTATTTATTCCTAAATTTGCAAAGTAAAAATAATACCTATTAAATGAATGACATAATTTTAATAATTCTCAAAAAAATTTATAAAAAGTTTTATTCCACCTGTTTTATGTTACCAGCTTTCATTTAATTATATATATATATATATAAAATACACATAAATATTCTTGTTTCAATAACATAGTTAAACTTTTTTTTTCTTTCAAATAAAAGACAAGAAATGCTCGACTTAAAAAAAACAAATCTGTACTTTTTAAAATCGTCGTATTTGAGCAAATCGACCAAAATCAATAATATTTTTTACAATTTTAATCCAATCATATATTTTTAAAGCATTAATATATGTTTGTAACTGAGTTTTTTTTTCTCTCTACATTTTATTAGCTCCTCTAATATTACTAATTATCGATATAATTTCATTTTATCTTAAAACTTACATATATTTTTCCTTTACTTTTACACAAACTTGTAGTTCTATTTTTTCGATAATTTAAAATTTTGTTTGCACTCTTTGTCTTGTTAAAAGAAATAAACACTTTTATATTTGTCACCATATATTTATTGCACGTTGACACTTCACGGTATGAGAAAATTGAAAATTAGTTTAACATGTATTTGTATTTATAAATTCAACCAGTAGTAGTTATTGTAATAATTTTAATCATACATACATTTCTATAGTTTGAATAAATATATTCATAAAAATAAAATAAACAAAAATGAAACTCTGTCTCTTATAATGTATTCGTACATGGGATAACAACTTGTGCTGAGAATTGAGACCCACTACAGAGAGAATGGAGTGCTGTATAATTGATGCTACTTTTTGTTTATTAACCATGTATATGGATTATGCAGATTTCAGTTTCAGGAGTCAGCATCTCACCACCACCATCATAATACTGTTGTCATGTTTAATTTTTGAAGGACCAGTTAAATTAATGGTGAAGACATGGCAGTTTCTGGGCATTATTATTAACCACGAAAAGACAACCTTGCCACCTCTGCAACCCTAACTTTGGTTGCTGATGAAAGCGAATTAAAAAATTTGCGGGCTTTACCATAGGTTAGACCTAAAGGCTTTCAAAAGGGATTAAAGAGAAAAGAAAGAAAGAAGATACGATGCACTTCTGTGTGGCAAAAAGTAAGCAAAATATCAGAAACAGTAATCCCTCTTACAAGGTGTGCGTGAGAAAATTGAGCATAGGTGGCTACTGGTGGATTCCAAATGACCTATTCAATTTAGTTTAATGAAATGAAAGTATTAATAATAAATTAATATAATCGATAACGTGAATCTGAAAGGGCACGTAAGGCACATGACAAGAGGGTGTGGTGTGGCTTAGCTAGGCTGGACCCTAACACAAGACGCGTAGATGGATTCCACGACCACCACGTGTACGGCTCTGGTGACGTTGGAATAAACAAATCGCCACCTCAACCAACCACCACACCCACATCGTATATACGCTCTACTCTACCCTACGTATA


Gene Sequence:
>Vu_23010(+)
ACGCCCAATTCCACATACGACACGTGGGAGGTGAGGTGGACTTCGCCTTCGCGCTCCTTCCTTCCCTTCTTGTCACCACCACCACCATACCCCATCTTTGTGTCAAGGCACACTGCTGTTTCCCTCGTTTTTTAGAAAGAGAAAATGCACACTTACCATCTAAATTAATTGCTTCTCCATACCTTGACCCGTTGTTTGGATACTTGGAGCTACCAGGAGTGTTTTCCCCTTGTGTTTTTATGGTTTTTTTGGCTCGGTGTTTTGTAGGTGAGGATAACATTTGGCCAATTGGGTATCTGGTGAGGTACGTGGAATTCTGCAGTGACGTTGGTCGAAAGTTTTGATTTTTAATGCTTTTTGTATTCGGGCATGTGAAAACTGAATGTATGCCTGAAAATTTTAAGTTTCATGATTGGAGAGTGAGTAGAAGAGGAACATATTATATGCTTTTCAGTTTAGATTTTTGTTCATTGGAAACAGCAAGAGAACTTGAGGTACCGTGAATTTTCTGTTCTTTTTTTCATTTGAATTTTTGCCTACTTAAACAAGAGGGTTAGAATTGGGGTTCATCTGGATCTCGTTTTGCATATGTGAGAGTTTCGAGTCTGTGTGCTTTCTTTGTGTTGATTTGCTCAGTGAAGCGTTTTTCATTTCACGTGGATGTTATTTTCTTTTTTTGGCCTCATGCTATTTTTGTGAAATTCGTTTTCCTGTAACTGGAGAGGGTGTCTGGATCGGGGCTAAAATATTGGCTAATTAAGGAGTTTCACTCGTTTTCTCAGCTTCCTTGATTCGTGTGAAAGTGAAAAATGTTTGATTTGGAAGGGTATTTTTGTCATTTAGCTAGCGGGTTGTGTTCCTGGGAGGGATTATAGCACGGTCTGTTGCGTGTGTTCTTCCCTTTCCATACGGCTTGTGGAGTGCTCAAAAGACAGAATTGACCCTTTACCGTTCTGTGTTTGACTCTTGCGTCTACTCGGGATTGAATTATGTATCTGTAGCTTACCATTAATACTGCAGCCTTTCCTGAAAGGTATTTCTGAAATCTCACTTTCTCTAAAACAAGGAGCCAGAAAAGTTGAACTGTGTGTTGGTACCTTCTCTGATGGCCCAGTAGTATCTTTAGGTCCCCCTCTGCTCCTTAAGCATTTACCGTCTCTAATTGATTATGAAATCATCTCATTTTTCTCTACTGTTGAACTTCTCTTCGGTATAGATCAGTCGGTTATACTGACATGTTTTGAAACGTGTTTCACCTTGCCAACTCCATCGTGAATTTTTTACCTATATCAGGATGGTCATCTTTGTTGGGTTCTAGATTTTTCACTTGAGACTCGTTGAATCTAATCCGATGGTTGATTTTCCATCTAGGAAATTATAATTTATTTAGGGTGCTTTCTTATGCTAGCATAGAAGGTAAACTAGACGGCAGAAATTGCTATGCACTATTTGTTTGTGGTGGAATCTTTCTACTGATATGTAGTGTTTATACACTGAATCAGATTTCCACCTGCTGTTATAGCTTCTAAAACATCAATTCCTTCGATGTAATAATGATGTATGTTAGTCCTGCATCTTTGTTTAGCCCCTTCCCCCTTTCTTAAGTTGATTTATCATGTACTAATTTGAAATTGCTGGAATCGCACTTCCCCTTTGCTATTGTTGTATATACTTTCATGGATACAACAGTAAACCGTTTATAATCAGTAAACATTGTATTATCTTGGTTGCCAAGAATATATTGGATGACATGTAGATTTTAAATGAAAGTTATTAATTTCGTTGGGACATTCTCTTGCTTATACCAATTAACAAGCTGACATGCCTCCTGTTAACGCAGTTCAGATATTTTTCCAGAAGTAGGGAAGCTCCTTATACATTATTTGGCTTAGTGCTCTCTATTTGGAGTGTACAATGGGAAACAATGAGGAAGAAAAATCTACCAAGACTGAAAAGCCTTCTTCACCTGCAACAATGGTGAGTTAATAAGGGTGTATCTGGTTCTCGACAAATTTGTAACAAGCTTGTATTTTAATGCTGTTTAAACTTGTGAACAGGATCAGGCCAATCAGACCAACCAGCCCAATATTCATGTATATCCTGATTGGGCAGCCATGCAGGTTACCTACCTTTTGCCTTGAATTACTTTGTCTGTTGGTGACTGAAGTAGTCAATCAGTTTCTTGTTAGCTAGCTTCAATGTAAACTAATACACTCAAATTTTAGTAGTTTAAGCTGTACTATTCTAACAAAATCAATTATTTGATTGTCTACCGGCTTCTTTGCTCTCTTTGAAGATTTTTTGCCAATGAGTTTGTCTTAACACTGACAACCTGGAGAACATTATCTTCATTGTCTTATTTATTCCATATTTGAAATCTTACATCTAAAAATACTGTTTCTGTATTTCTATTTTGTTTTTCACTGGACGAAGCAATGAACAGATAAAAGCTGTTTATATTCCCTCTCGTGAATTATTTATCATTCTCTCTGAATATTAGTATTAGAGGGCCATTCCTTTGGTCCTTTTTATTACCTAGTTCGTATTTTTTATATGCTATCAATATGTTTCCATAAACAATGCCAAACTGAAATTATGCCCTGAATTGCCACTAATTTTGGCAACCAGTTGCGTTAATATCTAGGATCAGACGTGCTTTGATGGTATGAGGCCATTAAGTTTTATCCCTTCCAAATCTATTCTTTATGAGCATATTTGCCCTCTAATTAGGGAATAGAAACTGTTTTATGGATTAAAATGTCTGCTATATATCTCCAGGCATATTATGGGCAAAGAGTCACCATGCCACCATACTACAACTCGGCTGTGGCTTCTGGTCACGCTCCTCACCCATACATGTGGGGTCCACCACAGGTAGTAGTATCTCAATGCAATCATTTGTGTGTGGATAAGGATTCTTTTTTTTTTTGCATGTTTTGTATGTATTCCAGATGACAAGGCTGATTAACTTGCTGACATTATTTCTTCCAGCCTATGATGCCACCTTATGGGCCTCCTTATGCAGCAATTTATTCACATGGAGGGGTTTACCCTGCAGTTCCTATCGTAAGCTAGCATTCTTGCAATTTACTTTTTCCTTTTATTTTTATTTAATTAACCTTTCTCTTATTGGAACTAGTTTTCTTTCTCTGGTCTATGCATGGGTGTACTTATAATGTATTGAAAAAGGAAGGACAACAGATGTTAAGAATATAGTGAGATGTGATTCTTCTGTTTCTGTTGGCCCTTAGTAATCTAGCAGTTGTTTACACCTGGCTGCTTAACTTCTCCATGCCATGATAACCTTAATATAATAAAATCTTGATTTATTTATAGCGTATAAAATGGGTAATAAAAGGCTTTTACTCCTAAGTAGTATGTTTCTTTTGGTAGGAAATTTGAGGCATGTTCTTATGAGTTTTATGTACAAAATATAGGGGCCACATACACATAGTCAAGGAGTTCCGTCTTCACCTGCTGTAAGTTTTAATTTCATCCTAGACCAACTCTTACTAAGTCCTTGAATACTATTAGTTTATGATTGGTTTGAATTGGTATATCAATACAGGCTGTGACTCCTTTAAGCATAGAGACGCCACCCAAATCATCAGGAAATAATGATCAGGGTTTAATGAAGAAATTGAAGGAGTTTGATGGACTTGCTATGTCAATAGGCAATGGCCATGCTGAAAGTGCAGAGCGTGGAGGTGAAAACAGGCTGTCACCGAGGTTCGTTGATCTGTCTTCTTTTTGTATGAATATTTTAATGCATGCTATCTGAGTTTCTAGACATCTCCCACGTGTTGGGGGTGGTGGAGAGGGGAAACTATGTCATTTGACACTCTTAAGTGAGTAAAAACTACTTTCTCCCCCTGCCTAGAATAGTGGTCCACGAATTGATTAATGTAAGGGAGTCTTGTGGATGACTGAATAATTTACCATGATGTGAACAGTGTGGATACTGAGGGTTCCAGTGATGGAAGTGATGACAACACTTCAGGGGTGAGAACTTGCTTGCAATTAGCATTTTTTTTTGCTGCATTTTGTTGACTATTTGAAATTATTCACATGTAGTTTTTTTTTAAATGGCTTGACTAAATTAAAACATTAAAATATGATATTTGCCCATCTTATGCTCAGGCTAATCAAACAAGAAGGAAAAGAAGCCGTGGGGGAACACCAACCACTGGTATGACTCTGTTCTTCACCAAGTATCACATCTTGATGAATAATAGAGTTGACCTGGGATCACGATTATTCTTCTGTTGTCATCACTCTACGCATGGTGTTCAATCTGTTTATTCAGTTGGGTCTTGATAATTAAATGCTATTGTTAAATATTTTCATCAAGGTGAAATTGCCGAGGTTTTCATACTTGCCATTAGTTTGGTAAATGTGGTATGGGGTATTGGTGTCTCATGGTTGCAAATTACAATTGTTGTTGAAATGTCTTACAAGCCAAAGTGTGTTATTTTAAGTACAGGAGTCTGAAGTTTACAGTAGGTTCCGAACATAATCTGTGTTGATGGTTGTTCTTTTCTGCACTGTTTTAGCAGATGGAGAAGAGAAAACTGAGATACAAAGCAGTCCCATTTCCAAAGATACTGCAGCTTCTAATAAGATCGTGGCAGTTGCCCCCGCCAGTGTTGCAGGAACAATAGTTGGACCTGTAGTTTCTTCAGGTATGACCACCGTGCTGGAGCTGCGAAATCCTTCCAGTGTTCATTCTAAAGCAAATACCACAAGTGCACCACAACCTTCTGTATTGCCTGCAGAAACTTGGTTACAGGTATGGTCAGCATATATAATTCATCCTAGCTGTTCAGATCATATATAGCACGTTTATATACATGTAAATGTGTATGATATGTAATAATAATGAGGTTTCGTCGTCTTTTTCTGACACCAAAGTAATTCTTGTGGGTATGATGTACTTATGTAGAATGAGCGTGAGCTGAAACGAGAGAGGCGGAAACAATCTAACCGAGAATCTGCTAGAAGGTCCAGACTAAGGAAGCAGGTATATAAATATTGTGGGGTTTCTTCTAAAACATTGTAAACCTTCTATTACTTCTTGCGTTGCCAATTTAAAAATCATAATTGATATCACTCACTTGAACATTTGTTGCACGTGATTCCTGCGCATGCAACCCTCCAGAAAAACAAAAGTAAAGATTGTATTCGATGGACTTGTGACTAATGCTCACATTCATGCTTCTCAGGCTGAAACTGAAGAACTGGCACGAAAAGTTGATTCCTTGAATTCTGAGAATGGGACACTGAAATCAGAAATAAATCGACTGACTGAAAGTTGCGAAAAAATGAGAGTGGAAAATGCAACATTAAGGGTACTCTTCACTGACTATTCCTCATTGCACATGCATTTAATTGTGTTACTTAATGCTGAATGTCATTCTGTCTTTGACTCAGGAAAAACTTAAAATTGCTCGACTGGGACAAACACAAGAGATAACTTTGAACATAATTGACAGCGAGAGGGCTACACCTGTAAGCACAGAAAACTTACTATCTAGAGTTAATAATAATTCTAGTTCCAACGATAGAACTATGGAGGATGAGAATGATTTTTGTGAAAATAAACCAAACTCTGGTGCAAAGCTGCATCAACTACTGGACACAAGTCCTAGAGCTGATGCTGTGGCAGCTGGTTGATACAGAAAGCCAGTAATTGTACTGGCTGATCAGGTGGTTTTGGCATATTACAAGCCCAAAATTACCGCTAACAGTTTCCAGAGGGATGGATCAGCTGAATTTTAGTATCTAAATCCATCAAAATCAGAACTAATTCATTGCTTGTCAGTTTACCTAGGACAAAATCTGTTACTATTAGATTTGACAAAAGTGGATGACTAAGTTTGTAAAATGAACAAGAGAACTAGAGATTTCAGTTTGGAGAGGGTTGTTGAACCGATACATAATTGTGTTTGTATCATTAACTATTGGTTTGGAGTTCCCAATGGTATCTGATATAAAGTTATTTTGGCTTATATTTTTGTGCTACC