Genomic Resources - Ricebean Portal

Integrated genomic strategy for accelerating domestication of
ricebean (Vigna umbellata) under genetic enhancement of minor pulse

Gene Details:

Gene ID	Chr. No.	Start Position	End Position	Function	View on
Vu_22972	LG5	60951773	60952300	hypothetical protein LR48	Map

Annotations

category		relationship type		keyword
Pathway		B 09132 Signal transduction		C 04016 MAPK signaling pathway - plant [PATH:ko04016]

SNP	Position	Effect	Amino acid change
T/C	60951876	missense_variant	p.Gln142Arg
T/A	60951903	missense_variant	p.Glu133Val
C/T	60951983	synonymous_variant	p.Arg106Arg
G/A	60952013	synonymous_variant	p.Phe96Phe
C/A	60952049	synonymous_variant	p.Ala84Ala
A/G	60952073	synonymous_variant	p.Ala76Ala
T/A	60952135	missense_variant	p.Arg56Trp
G/T	60952191	stop_gained	p.Ser37*
A/C	60952192	missense_variant	p.Ser37Ala
G/A	60952272	missense_variant	p.Pro10Leu
G/A	60952283	synonymous_variant	p.Leu6Leu

View accession wise SNPs

Sequence Details:

Protein Sequence:
>Vu_22972.1

MLLYQLLAQPAAPSSHSITSSLSSLSHGSSVAEAEVSVSYRGVRRRPWGKYAAEIRDSTRNGVRVWLGTFDTAEAAALAYDQAALAMRGSMAVLNFPAEMVWQSLRKMEYGFDQGCSPVLELKKRHSINRKWERNKLKNKVQEEEEERVSQNVMVLEDLGAEYLEHLLSVSQDMI*

CDS Sequence:
>Vu_22972.1

ATGCTCCTTTACCAACTCCTCGCTCAGCCTGCTGCACCTTCCTCCCACTCAATAACATCATCGTTATCTTCGTTGTCTCATGGTTCAAGTGTCGCCGAAGCAGAGGTTTCGGTTTCGTACAGAGGGGTTCGGAGGAGGCCGTGGGGGAAGTACGCGGCGGAGATAAGGGACTCCACCAGGAACGGAGTCAGGGTTTGGTTGGGAACCTTCGACACTGCCGAGGCTGCTGCTCTGGCTTACGACCAGGCTGCGTTGGCCATGCGAGGCTCCATGGCGGTGCTCAACTTCCCGGCTGAGATGGTTTGGCAATCGCTTCGGAAAATGGAGTATGGTTTTGACCAAGGGTGTTCCCCTGTTCTGGAGTTGAAAAAGAGACACTCCATTAATAGAAAATGGGAGAGGAACAAGCTCAAGAATAAGGTGCAGGAAGAAGAAGAAGAAAGGGTTTCCCAAAATGTGATGGTGTTGGAGGACTTAGGAGCAGAGTATTTGGAACATCTTCTTAGTGTCTCGCAGGATATGATATGA

Promoter Sequence:
>Vu_22972::LG5:60952300-60954300(-)

ATACTATTTTAGTATTATTTTATAATAATAAAGTCACCAACATTATGTAAATATTTTAATATGTAATAAGTCATCATCATATTTTAATATTTATTTATGGTATTTCACACTTTATCTTAAATACAAAAATTATATTTCTTATTACTAACTTAAAATTATATTTCTTATACTAACTTTTGTATGTAAATCCAAATTATTAGAGTGAAAGAATGTTATCTTACAGTTAAGTTCGAATAATACTATAAAACTTTCAGTCTAATCCAATAATTAATAAGGCTGTGATTACAAATTGTTAAAATAACTTAGAAAAGTATACTTCTATTAAAATAAAAAATATATACTTTTATTAAAATATTTTTCTAAAATTAAATTTGTTTTATATTAAATATTTAACTATAAAATTTAAATATGATTAATACGAACATATACAAAATATTTTAAAACTATACGAAAATAAATTAATATTTTTGAAAAATTTAATTTCATCATATAAAATCACTAACATCTATATCTTATATAGATTAAATACCTATGCAATCAATTAAAAAAATTAAAATACACCTTCCGAAAACCCTTTTCAGTTCAATATATATATAATATATATAATAACCTTGTTTGCTTGAAAGGTTTATTTGATGGAAATGATTGCCAACGAGCATAGTAACATGTATGATACGGACGTGCATATTGTTAAAAAAATAATTGATTTTCTTTTAAATCATATTGTTACTAACTTATTTGATTAAGTCTCACTCCATCAATAACAACAACAGATTCTGAAATTTATATTAATTATATTTTTCATACTAACAAAAAATATAATAATATTTGACTTAAAGAAAAATATCAATAAAACTAAACACTAATTTAATTAGTATATTTTTTATCCAACAAAAACATAATATTTCATAATATGTGATTCTTTAGATTTGTGTCTTTCAACAGTGGCTAAATAGTATAAAATATCTTTTACTTTTAAAATATTTTATTTCCTTTTTAGAAGTCTATATTACTTTAAAATATAATATAACCGTCAAATTCTAATAATTAAATACATAATAATAATTAAACACATAATGAATAAGTTAAATTTTTATTTTATTTTTTCATTTATAAAACTTTTACTTTTTCATTTATAATATCCTGGTCAAGAGATCTTTATTTATATAAAGTTCAAATTCATTATTAAATTGATAAATTCTTTCTTAAATCATTAATCCCATAATAATTTAATTATATTAAAAAATCATTCAACTAACATCCGTTAAATAACCGATATCTAAGTATAATAAACTATTTATTAATTTCCATGATAAGTTTAACTCCAAAAAAATTATATATTTCTCCAAACAAGTTTTTCATTGACAATTCTAAAATAATCCTAACCATTAAAAAAATATTTTTTGATTCACTTCAATGCTATATATCTATATGTAATTTAAAAAATAAAATATTCTAATATTTATCTTATAAAAATTACTACACAGATCTATCCTAATATAAAACTCATTTTTGATTATTATAATATCTGTCATAAGAAGTCTTTAATTTTAATAAAGTATGTTATATCACATGAATTTTTAAAATACTAAACACAATTTTATTATTATTAACCTGAGAAATTTCATATATCTGAAATCTTACGTGCACAAAAGTGCTGTGCATGGCGAAGAATAGCAGTGATCCGAGAAGAGAGGAGAGAAAGAGGAAGGTAGTAGCAGACATGAATATTTGATGTCATGCAATGAATGTGTTGAAGGAAGCGAACCCCAGCAGAGTGTGGCCGCCCCCACAGATTTCTTTGACTCATGTCTGCCCATCACCCTCATTTCCTTAACTTGGGTCCCATTAATCACCACACCATATCTTGCAAGTGGCTAATGCCAATGCACCATTCCTATATAACTAACCACATTCCTCACACCATTTCCGTCAATACACAAACAAATATGACTTCCTCATTCTGTTCCCTTCCTTTCAACGAAAACGACTCTCAAGAA

Gene Sequence:

>Vu_22972(-)